getoturepcommand.h

   1 #ifndef GETOTUREPCOMMAND_H
   2 #define GETOTUREPCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  getoturepcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12  /* The get.oturep command outputs a .fastarep file for each distance you specify, selecting one OTU representative for each bin. */
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16 #include "listvector.hpp"
  17 #include "inputdata.h"
  18 #include "readotu.h"
  19 #include "fastamap.h"
  20 #include "groupmap.h"
  21 #include "readmatrix.hpp"
  22 #include "formatmatrix.h"
  23
  24 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  25 typedef map<int, float> SeqMap;
  26
  27 struct repStruct {
  28                 string name;
  29                 int     bin;
  30                 int size;
  31                 string group;
  32
  33                 repStruct(){}
  34                 repStruct(string n, int b, int s, string g) : name(n), bin(b), size(s), group(g) {}
  35                 ~repStruct() {}
  36 };
  37
  38 class GetOTURepCommand : public Command {
  39
  40 public:
  41         GetOTURepCommand(string);
  42         ~GetOTURepCommand();
  43         int execute();
  44         void help();
  45
  46 private:
  47         GlobalData* globaldata;
  48         ListVector* list;
  49         ReadOTUFile* read;
  50         InputData* input;
  51         FastaMap* fasta;
  52         GroupMap* groupMap;
  53         ReadMatrix* readMatrix;
  54         FormatMatrix* formatMatrix;
  55         NameAssignment* nameMap;
  56         string filename, fastafile, listfile, namefile, groupfile, label, sorted, phylipfile, columnfile, distFile, format, outputDir;
  57         ofstream out;
  58         ifstream in, inNames, inRow;
  59         bool abort, allLines, groupError, large;
  60         set<string> labels; //holds labels to be used
  61         map<string, int> nameToIndex;  //maps sequence name to index in sparsematrix
  62         vector<string> outputNames;
  63         float cutoff;
  64         int precision;
  65         vector<SeqMap> seqVec;                  // contains maps with sequence index and distance
  66                                                                         // for all distances related to a certain sequence
  67         vector<int> rowPositions;
  68
  69         void readNamesFile();
  70         int process(ListVector*);
  71         SeqMap getMap(int);
  72         string findRep(int, string&, ListVector*, int&);        // returns the name of the "representative" sequence of given bin,
  73                                                                         // fills a string containing the groups in that bin if a groupfile is given,
  74                                                                         // and returns the number of sequences in the given bin
  75
  76 };
  77
  78 #endif
  79