getlabelcommand.cpp

   1 /*
   2  *  GetlabelCommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 1/30/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "getlabelcommand.h"
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  12 //**********************************************************************************************************************
  13
  14 GetlabelCommand::GetlabelCommand(string option){
  15         try {
  16                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  17                 abort = false;
  18
  19                 //allow user to run help
  20                 if(option == "help") { help(); abort = true; }
  21
  22                 else {
  23                         if (option != "") { cout << "There are no valid parameters for the get.label command." << endl; abort = true; }
  24
  25                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label command." << endl; abort = true; }
  26                 }
  27
  28         }
  29         catch(exception& e) {
  30                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetlabelCommand class Function GetlabelCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  31                 exit(1);
  32         }
  33         catch(...) {
  34                 cout << "An unknown error has occurred in the GetlabelCommand class function GetlabelCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  35                 exit(1);
  36         }
  37
  38 }
  39 //**********************************************************************************************************************
  40
  41 void GetlabelCommand::help(){
  42         try {
  43                 cout << "The get.label command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
  44                 cout << "You may not use any parameters with the get.label command." << "\n";
  45                 cout << "The get.label command should be in the following format: " << "\n";
  46                 cout << "get.label()" << "\n";
  47                 cout << "Example get.label()." << "\n";
  48         }
  49         catch(exception& e) {
  50                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetlabelCommand class Function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  51                 exit(1);
  52         }
  53         catch(...) {
  54                 cout << "An unknown error has occurred in the GetlabelCommand class function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  55                 exit(1);
  56         }
  57 }
  58
  59 //**********************************************************************************************************************
  60
  61 GetlabelCommand::~GetlabelCommand(){
  62 }
  63
  64 //**********************************************************************************************************************
  65
  66 int GetlabelCommand::execute(){
  67         try {
  68
  69                 if (abort == true) { return 0; }
  70
  71                 filename = globaldata->inputFileName;
  72                 ifstream in;
  73                 openInputFile(filename, in);
  74                 string label;
  75                 int numBins = 0;
  76                 int count = -1;
  77                 while(in.good()) {
  78                         if(count > numBins)
  79                                 count = 0;
  80                         if(count == 0) {
  81                                 cout << label << "\n";
  82                                 in >> numBins;
  83                         }
  84                         in >> label;
  85                         count++;
  86                 }
  87
  88                 in.close();
  89                 return 0;
  90         }
  91
  92         catch(exception& e) {
  93                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetlabelCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  94                 exit(1);
  95         }
  96         catch(...) {
  97                 cout << "An unknown error has occurred in the GetlabelCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  98                 exit(1);
  99         }
 100 }
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