]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/tree
fixed some bugs
-rw-r--r-- 3119 Mothur.1
drwxr-xr-x - Mothur.xcodeproj
-rw-r--r-- 4361 ace.cpp
-rw-r--r-- 686 ace.h
-rw-r--r-- 16633 aligncommand.cpp
-rw-r--r-- 981 aligncommand.h
-rw-r--r-- 6183 alignment.cpp
-rw-r--r-- 1252 alignment.hpp
-rw-r--r-- 733 alignmentcell.cpp
-rw-r--r-- 781 alignmentcell.hpp
-rw-r--r-- 1976 averagelinkage.cpp
-rw-r--r-- 985 bergerparker.cpp
-rw-r--r-- 712 bergerparker.h
-rw-r--r-- 12865 binsequencecommand.cpp
-rw-r--r-- 1021 binsequencecommand.h
-rw-r--r-- 5828 blastalign.cpp
-rw-r--r-- 860 blastalign.hpp
-rw-r--r-- 3657 blastdb.cpp
-rw-r--r-- 585 blastdb.hpp
-rw-r--r-- 2039 boneh.cpp
-rw-r--r-- 739 boneh.h
-rw-r--r-- 1191 bootstrap.cpp
-rw-r--r-- 692 bootstrap.h
-rw-r--r-- 16495 bootstrapsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1351 bootstrapsharedcommand.h
-rw-r--r-- 2373 bstick.cpp
-rw-r--r-- 772 bstick.h
-rw-r--r-- 38075 calculator.cpp
-rw-r--r-- 9086 calculator.h
-rw-r--r-- 2163 chao1.cpp
-rw-r--r-- 661 chao1.h
-rw-r--r-- 3746 cluster.cpp
-rw-r--r-- 1332 cluster.hpp
-rw-r--r-- 8080 clustercommand.cpp
-rw-r--r-- 1519 clustercommand.h
-rw-r--r-- 8052 collect.cpp
-rw-r--r-- 1049 collect.h
-rw-r--r-- 12683 collectcommand.cpp
-rw-r--r-- 2120 collectcommand.h
-rw-r--r-- 2627 collectdisplay.h
-rw-r--r-- 1921 collectorscurvedata.h
-rw-r--r-- 14156 collectsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2283 collectsharedcommand.h
-rw-r--r-- 427 command.hpp
-rw-r--r-- 9760 commandfactory.cpp
-rw-r--r-- 511 commandfactory.hpp
-rw-r--r-- 2174 commandoptionparser.cpp
-rw-r--r-- 510 commandoptionparser.hpp
-rw-r--r-- 1697 completelinkage.cpp
-rw-r--r-- 13795 concensuscommand.cpp
-rw-r--r-- 1752 concensuscommand.h
-rw-r--r-- 865 coverage.cpp
-rw-r--r-- 679 coverage.h
-rw-r--r-- 2358 database.cpp
-rw-r--r-- 598 database.hpp
-rw-r--r-- 1390 datavector.hpp
-rw-r--r-- 4348 deconvolutecommand.cpp
-rw-r--r-- 774 deconvolutecommand.h
-rw-r--r-- 630 display.h
-rw-r--r-- 603 dist.h
-rw-r--r-- 12305 distancecommand.cpp
-rw-r--r-- 929 distancecommand.h
-rw-r--r-- 1860 distancedb.cpp
-rw-r--r-- 497 distancedb.hpp
-rw-r--r-- 1857 dlibshuff.cpp
-rw-r--r-- 483 dlibshuff.h
-rw-r--r-- 1192 eachgapdist.h
-rw-r--r-- 1133 eachgapignore.h
-rw-r--r-- 1057 efron.cpp
-rw-r--r-- 701 efron.h
-rw-r--r-- 9478 engine.cpp
-rw-r--r-- 1162 engine.hpp
-rw-r--r-- 4777 fastamap.cpp
-rw-r--r-- 1912 fastamap.h
-rw-r--r-- 15154 fileoutput.cpp
-rw-r--r-- 3518 fileoutput.h
-rw-r--r-- 8396 filterseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 668 filterseqscommand.h
-rw-r--r-- 7817 fullmatrix.cpp
-rw-r--r-- 1161 fullmatrix.h
-rw-r--r-- 2763 geom.cpp
-rw-r--r-- 778 geom.h
-rw-r--r-- 4208 getgroupcommand.cpp
-rw-r--r-- 526 getgroupcommand.h
-rw-r--r-- 3297 getlabelcommand.cpp
-rw-r--r-- 480 getlabelcommand.h
-rw-r--r-- 3277 getlinecommand.cpp
-rw-r--r-- 457 getlinecommand.h
-rw-r--r-- 15808 getoturepcommand.cpp
-rw-r--r-- 1452 getoturepcommand.h
-rw-r--r-- 7595 getrabundcommand.cpp
-rw-r--r-- 752 getrabundcommand.h
-rw-r--r-- 7688 getsabundcommand.cpp
-rw-r--r-- 786 getsabundcommand.h
-rw-r--r-- 6100 globaldata.cpp
-rw-r--r-- 2397 globaldata.hpp
-rw-r--r-- 1047 goodscoverage.cpp
-rw-r--r-- 719 goodscoverage.h
-rw-r--r-- 3536 gotohoverlap.cpp
-rw-r--r-- 1409 gotohoverlap.hpp
-rw-r--r-- 2525 groupmap.cpp
-rw-r--r-- 940 groupmap.h
-rw-r--r-- 11717 heatmap.cpp
-rw-r--r-- 802 heatmap.h
-rw-r--r-- 11264 heatmapcommand.cpp
-rw-r--r-- 884 heatmapcommand.h
-rw-r--r-- 5746 heatmapsim.cpp
-rw-r--r-- 717 heatmapsim.h
-rw-r--r-- 10571 heatmapsimcommand.cpp
-rw-r--r-- 990 heatmapsimcommand.h
-rw-r--r-- 1298 helpcommand.cpp
-rw-r--r-- 501 helpcommand.h
-rw-r--r-- 1242 ignoregaps.h
-rw-r--r-- 8227 inputdata.cpp
-rw-r--r-- 814 inputdata.h
-rw-r--r-- 4247 jackknife.cpp
-rw-r--r-- 819 jackknife.h
-rw-r--r-- 4978 kmer.cpp
-rw-r--r-- 628 kmer.hpp
-rw-r--r-- 5964 kmerdb.cpp
-rw-r--r-- 1158 kmerdb.hpp
-rw-r--r-- 5032 libshuff.cpp
-rw-r--r-- 891 libshuff.h
-rw-r--r-- 15589 libshuffcommand.cpp
-rw-r--r-- 946 libshuffcommand.h
-rw-r--r-- 8159 listvector.cpp
-rw-r--r-- 1388 listvector.hpp
-rw-r--r-- 6276 logsd.cpp
-rw-r--r-- 724 logsd.h
-rw-r--r-- 13357 matrixoutputcommand.cpp
-rw-r--r-- 1446 matrixoutputcommand.h
-rw-r--r-- 4083 mergefilecommand.cpp
-rw-r--r-- 481 mergefilecommand.h
-rw-r--r-- 1299 mothur.cpp
-rw-r--r-- 17267 mothur.h
-rw-r--r-- 2764 nameassignment.cpp
-rw-r--r-- 333 nameassignment.hpp
-rw-r--r-- 14710 nast.cpp
-rw-r--r-- 1292 nast.hpp
-rw-r--r-- 3723 nastreport.cpp
-rw-r--r-- 1131 nastreport.hpp
-rw-r--r-- 3478 needlemanoverlap.cpp
-rw-r--r-- 1304 needlemanoverlap.hpp
-rw-r--r-- 721 noalign.cpp
-rw-r--r-- 529 noalign.hpp
-rw-r--r-- 945 nocommands.cpp
-rw-r--r-- 444 nocommands.h
-rw-r--r-- 1497 npshannon.cpp
-rw-r--r-- 701 npshannon.h
-rw-r--r-- 641 nseqs.h
-rw-r--r-- 415 observable.h
-rw-r--r-- 1747 onegapdist.h
-rw-r--r-- 1702 onegapignore.h
-rw-r--r-- 1323 optionparser.cpp
-rw-r--r-- 536 optionparser.h
-rw-r--r-- 6419 ordervector.cpp
-rw-r--r-- 1772 ordervector.hpp
-rw-r--r-- 2842 overlap.cpp
-rw-r--r-- 1241 overlap.hpp
-rw-r--r-- 8040 parselistcommand.cpp
-rw-r--r-- 1469 parselistcommand.h
-rw-r--r-- 4280 parsimony.cpp
-rw-r--r-- 756 parsimony.h
-rw-r--r-- 15186 parsimonycommand.cpp
-rw-r--r-- 2227 parsimonycommand.h
-rw-r--r-- 3643 progress.cpp
-rw-r--r-- 238 progress.hpp
-rw-r--r-- 2137 qstat.cpp
-rw-r--r-- 688 qstat.h
-rw-r--r-- 1720 quitcommand.cpp
-rw-r--r-- 511 quitcommand.h
-rw-r--r-- 9463 rabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1560 rabundvector.hpp
-rw-r--r-- 1552 rarecalc.cpp
-rw-r--r-- 761 rarecalc.h
-rw-r--r-- 5141 raredisplay.cpp
-rw-r--r-- 955 raredisplay.h
-rw-r--r-- 4440 rarefact.cpp
-rw-r--r-- 710 rarefact.h
-rw-r--r-- 11043 rarefactcommand.cpp
-rw-r--r-- 2329 rarefactcommand.h
-rw-r--r-- 1756 rarefactioncurvedata.h
-rw-r--r-- 10479 rarefactsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2027 rarefactsharedcommand.h
-rw-r--r-- 5235 readcolumn.cpp
-rw-r--r-- 528 readcolumn.h
-rw-r--r-- 7828 readdistcommand.cpp
-rw-r--r-- 1292 readdistcommand.h
-rw-r--r-- 825 readmatrix.hpp
-rw-r--r-- 3558 readotu.cpp
-rw-r--r-- 818 readotu.h
-rw-r--r-- 8730 readotucommand.cpp
-rw-r--r-- 2238 readotucommand.h
-rw-r--r-- 9219 readphylip.cpp
-rw-r--r-- 528 readphylip.h
-rw-r--r-- 12503 readtree.cpp
-rw-r--r-- 1319 readtree.h
-rw-r--r-- 5438 readtreecommand.cpp
-rw-r--r-- 558 readtreecommand.h
-rw-r--r-- 3899 reversecommand.cpp
-rw-r--r-- 427 reversecommand.h
-rw-r--r-- 7893 sabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1556 sabundvector.hpp
-rw-r--r-- 12302 screenseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 650 screenseqscommand.h
-rw-r--r-- 6651 seqsummarycommand.cpp
-rw-r--r-- 434 seqsummarycommand.h
-rw-r--r-- 7575 sequence.cpp
-rw-r--r-- 1475 sequence.hpp
-rw-r--r-- 7248 sequencedb.cpp
-rw-r--r-- 1266 sequencedb.h
-rw-r--r-- 1722 shannon.cpp
-rw-r--r-- 692 shannon.h
-rw-r--r-- 2515 shared.cpp
-rw-r--r-- 780 shared.h
-rw-r--r-- 4117 sharedace.cpp
-rw-r--r-- 727 sharedace.h
-rw-r--r-- 630 sharedanderberg.h
-rw-r--r-- 1499 sharedanderbergs.cpp
-rw-r--r-- 604 sharedanderbergs.h
-rw-r--r-- 1747 sharedbraycurtis.cpp
-rw-r--r-- 606 sharedbraycurtis.h
-rw-r--r-- 9674 sharedchao1.cpp
-rw-r--r-- 1359 sharedchao1.h
-rw-r--r-- 5751 sharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1104 sharedcommand.h
-rw-r--r-- 1128 sharedjabund.cpp
-rw-r--r-- 703 sharedjabund.h
-rw-r--r-- 4524 sharedjackknife.cpp
-rw-r--r-- 1000 sharedjackknife.h
-rw-r--r-- 1512 sharedjclass.cpp
-rw-r--r-- 690 sharedjclass.h
-rw-r--r-- 1772 sharedjest.cpp
-rw-r--r-- 677 sharedjest.h
-rw-r--r-- 2601 sharedkstest.cpp
-rw-r--r-- 671 sharedkstest.h
-rw-r--r-- 1488 sharedkulczynski.cpp
-rw-r--r-- 606 sharedkulczynski.h
-rw-r--r-- 1520 sharedkulczynskicody.cpp
-rw-r--r-- 632 sharedkulczynskicody.h
-rw-r--r-- 1582 sharedlennon.cpp
-rw-r--r-- 584 sharedlennon.h
-rw-r--r-- 12384 sharedlistvector.cpp
-rw-r--r-- 2203 sharedlistvector.h
-rw-r--r-- 1311 sharedmarczewski.cpp
-rw-r--r-- 630 sharedmarczewski.h
-rw-r--r-- 1843 sharedmorisitahorn.cpp
-rw-r--r-- 599 sharedmorisitahorn.h
-rw-r--r-- 722 sharednseqs.h
-rw-r--r-- 1469 sharedochiai.cpp
-rw-r--r-- 581 sharedochiai.h
-rw-r--r-- 11101 sharedordervector.cpp
-rw-r--r-- 2600 sharedordervector.h
-rw-r--r-- 16941 sharedrabundvector.cpp
-rw-r--r-- 2413 sharedrabundvector.h
-rw-r--r-- 8683 sharedsabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1713 sharedsabundvector.h
-rw-r--r-- 1296 sharedsobs.cpp
-rw-r--r-- 734 sharedsobs.h
-rw-r--r-- 1379 sharedsobscollectsummary.cpp
-rw-r--r-- 714 sharedsobscollectsummary.h
-rw-r--r-- 1090 sharedsorabund.cpp
-rw-r--r-- 716 sharedsorabund.h
-rw-r--r-- 1519 sharedsorclass.cpp
-rw-r--r-- 704 sharedsorclass.h
-rw-r--r-- 1776 sharedsorest.cpp
-rw-r--r-- 691 sharedsorest.h
-rw-r--r-- 1958 sharedthetan.cpp
-rw-r--r-- 691 sharedthetan.h
-rw-r--r-- 1674 sharedthetayc.cpp
-rw-r--r-- 699 sharedthetayc.h
-rw-r--r-- 12653 sharedutilities.cpp
-rw-r--r-- 1377 sharedutilities.h
-rw-r--r-- 1087 shen.cpp
-rw-r--r-- 723 shen.h
-rw-r--r-- 1855 simpson.cpp
-rw-r--r-- 675 simpson.h
-rw-r--r-- 1734 singlelinkage.cpp
-rw-r--r-- 2798 slibshuff.cpp
-rw-r--r-- 428 slibshuff.h
-rw-r--r-- 737 sobs.h
-rw-r--r-- 995 solow.cpp
-rw-r--r-- 701 solow.h
-rw-r--r-- 6509 sparsematrix.cpp
-rw-r--r-- 1123 sparsematrix.hpp
-rw-r--r-- 2759 suffixdb.cpp
-rw-r--r-- 1144 suffixdb.hpp
-rw-r--r-- 4378 suffixnodes.cpp
-rw-r--r-- 2840 suffixnodes.hpp
-rw-r--r-- 10585 suffixtree.cpp
-rw-r--r-- 2112 suffixtree.hpp
-rw-r--r-- 12194 summarycommand.cpp
-rw-r--r-- 1970 summarycommand.h
-rw-r--r-- 907 summarydata.h
-rw-r--r-- 717 summarydisplay.h
-rw-r--r-- 15982 summarysharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2329 summarysharedcommand.h
-rw-r--r-- 24591 tree.cpp
-rw-r--r-- 2032 tree.h
-rw-r--r-- 840 treecalculator.h
-rw-r--r-- 21469 treegroupscommand.cpp
-rw-r--r-- 2067 treegroupscommand.h
-rw-r--r-- 6011 treemap.cpp
-rw-r--r-- 1399 treemap.h
-rw-r--r-- 3480 treenode.cpp
-rw-r--r-- 1676 treenode.h
-rw-r--r-- 16906 trimseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 1035 trimseqscommand.h
-rw-r--r-- 10404 unifracunweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1822 unifracunweightedcommand.h
-rw-r--r-- 13296 unifracweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2104 unifracweightedcommand.h
-rw-r--r-- 14116 unweighted.cpp
-rw-r--r-- 689 unweighted.h
-rw-r--r-- 3126 uvest.cpp
-rw-r--r-- 619 uvest.h
-rw-r--r-- 23191 validcalculator.cpp
-rw-r--r-- 1442 validcalculator.h
-rw-r--r-- 9436 validparameter.cpp
-rw-r--r-- 923 validparameter.h
-rw-r--r-- 28653 venn.cpp
-rw-r--r-- 729 venn.h
-rw-r--r-- 13868 venncommand.cpp
-rw-r--r-- 950 venncommand.h
-rw-r--r-- 6662 weighted.cpp
-rw-r--r-- 774 weighted.h
-rw-r--r-- 1083 whittaker.cpp
-rw-r--r-- 685 whittaker.h