filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  filterseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "filters.h"
  15
  16 class Sequence;
  17 class FilterSeqsCommand : public Command {
  18
  19 public:
  20         FilterSeqsCommand(string);
  21         ~FilterSeqsCommand() {};
  22         int execute();
  23         void help();
  24
  25 private:
  26         string vertical, filter, fastafile, hard, outputDir;
  27         int alignmentLength;
  28
  29         char trump;
  30         bool abort;
  31         float soft;
  32         int numSeqs;
  33
  34         Filters F;
  35
  36         vector<int> a, t, g, c, gap;
  37
  38 };
  39
  40 #endif