]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/tree
added set.dir command and modified commands to redirect input and output, removed...
-rw-r--r-- 3119 Mothur.1
drwxr-xr-x - Mothur.xcodeproj
-rw-r--r-- 4055 ace.cpp
-rw-r--r-- 686 ace.h
-rw-r--r-- 22115 aligncommand.cpp
-rw-r--r-- 1110 aligncommand.h
-rw-r--r-- 6435 alignment.cpp
-rw-r--r-- 1308 alignment.hpp
-rw-r--r-- 733 alignmentcell.cpp
-rw-r--r-- 781 alignmentcell.hpp
-rw-r--r-- 3323 alignmentdb.cpp
-rw-r--r-- 911 alignmentdb.h
-rw-r--r-- 1872 averagelinkage.cpp
-rw-r--r-- 9503 bayesian.cpp
-rw-r--r-- 1095 bayesian.h
-rw-r--r-- 14232 bellerophon.cpp
-rw-r--r-- 1087 bellerophon.h
-rw-r--r-- 670 bergerparker.cpp
-rw-r--r-- 712 bergerparker.h
-rw-r--r-- 12459 binsequencecommand.cpp
-rw-r--r-- 980 binsequencecommand.h
-rw-r--r-- 5889 blastalign.cpp
-rw-r--r-- 886 blastalign.hpp
-rw-r--r-- 4136 blastdb.cpp
-rw-r--r-- 625 blastdb.hpp
-rw-r--r-- 1725 boneh.cpp
-rw-r--r-- 739 boneh.h
-rw-r--r-- 879 bootstrap.cpp
-rw-r--r-- 692 bootstrap.h
-rw-r--r-- 15971 bootstrapsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1479 bootstrapsharedcommand.h
-rw-r--r-- 2082 bstick.cpp
-rw-r--r-- 772 bstick.h
-rw-r--r-- 35868 calculator.cpp
-rw-r--r-- 9127 calculator.h
-rw-r--r-- 51777 ccode.cpp
-rw-r--r-- 4689 ccode.h
-rw-r--r-- 2227 chao1.cpp
-rw-r--r-- 661 chao1.h
-rw-r--r-- 12902 chimera.cpp
-rw-r--r-- 3085 chimera.h
-rw-r--r-- 15771 chimeracheckrdp.cpp
-rw-r--r-- 1503 chimeracheckrdp.h
-rw-r--r-- 15028 chimeraseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 886 chimeraseqscommand.h
-rw-r--r-- 9553 chimeraslayer.cpp
-rw-r--r-- 1222 chimeraslayer.h
-rw-r--r-- 4077 classify.cpp
-rw-r--r-- 1330 classify.h
-rw-r--r-- 20982 classifyseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 1630 classifyseqscommand.h
-rw-r--r-- 7962 cluster.cpp
-rw-r--r-- 2039 cluster.hpp
-rw-r--r-- 8587 clustercommand.cpp
-rw-r--r-- 1595 clustercommand.h
-rw-r--r-- 7319 collect.cpp
-rw-r--r-- 1049 collect.h
-rw-r--r-- 13835 collectcommand.cpp
-rw-r--r-- 2039 collectcommand.h
-rw-r--r-- 2787 collectdisplay.h
-rw-r--r-- 1950 collectorscurvedata.h
-rw-r--r-- 13507 collectsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1086 collectsharedcommand.h
-rw-r--r-- 427 command.hpp
-rw-r--r-- 12270 commandfactory.cpp
-rw-r--r-- 942 commandfactory.hpp
-rw-r--r-- 1872 commandoptionparser.cpp
-rw-r--r-- 510 commandoptionparser.hpp
-rw-r--r-- 942 completelinkage.cpp
-rw-r--r-- 13179 consensuscommand.cpp
-rw-r--r-- 1939 consensuscommand.h
-rw-r--r-- 554 coverage.cpp
-rw-r--r-- 679 coverage.h
-rw-r--r-- 959 database.cpp
-rw-r--r-- 1917 database.hpp
-rw-r--r-- 1390 datavector.hpp
-rw-r--r-- 23538 decalc.cpp
-rw-r--r-- 2773 decalc.h
-rw-r--r-- 4547 deconvolutecommand.cpp
-rw-r--r-- 698 deconvolutecommand.h
-rw-r--r-- 747 display.h
-rw-r--r-- 604 dist.h
-rw-r--r-- 11235 distancecommand.cpp
-rw-r--r-- 942 distancecommand.h
-rw-r--r-- 1911 distancedb.cpp
-rw-r--r-- 486 distancedb.hpp
-rw-r--r-- 1857 dlibshuff.cpp
-rw-r--r-- 483 dlibshuff.h
-rw-r--r-- 1194 eachgapdist.h
-rw-r--r-- 1133 eachgapignore.h
-rw-r--r-- 725 efron.cpp
-rw-r--r-- 701 efron.h
-rw-r--r-- 7505 engine.cpp
-rw-r--r-- 1235 engine.hpp
-rw-r--r-- 4967 fastamap.cpp
-rw-r--r-- 1641 fastamap.h
-rw-r--r-- 10606 fileoutput.cpp
-rw-r--r-- 3445 fileoutput.h
-rw-r--r-- 2140 filters.h
-rw-r--r-- 7412 filterseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 612 filterseqscommand.h
-rw-r--r-- 5079 formatcolumn.cpp
-rw-r--r-- 528 formatcolumn.h
-rw-r--r-- 2051 formatmatrix.h
-rw-r--r-- 5573 formatphylip.cpp
-rw-r--r-- 525 formatphylip.h
-rw-r--r-- 6376 fullmatrix.cpp
-rw-r--r-- 1348 fullmatrix.h
-rw-r--r-- 2163 geom.cpp
-rw-r--r-- 778 geom.h
-rw-r--r-- 4055 getgroupcommand.cpp
-rw-r--r-- 526 getgroupcommand.h
-rw-r--r-- 2236 getlabelcommand.cpp
-rw-r--r-- 481 getlabelcommand.h
-rw-r--r-- 7720 getlistcountcommand.cpp
-rw-r--r-- 837 getlistcountcommand.h
-rw-r--r-- 23970 getoturepcommand.cpp
-rw-r--r-- 2064 getoturepcommand.h
-rw-r--r-- 7067 getrabundcommand.cpp
-rw-r--r-- 713 getrabundcommand.h
-rw-r--r-- 6637 getsabundcommand.cpp
-rw-r--r-- 714 getsabundcommand.h
-rw-r--r-- 15494 getseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 636 getseqscommand.h
-rw-r--r-- 15367 getsharedotucommand.cpp
-rw-r--r-- 1111 getsharedotucommand.h
-rw-r--r-- 5459 globaldata.cpp
-rw-r--r-- 2253 globaldata.hpp
-rw-r--r-- 731 goodscoverage.cpp
-rw-r--r-- 719 goodscoverage.h
-rw-r--r-- 3763 gotohoverlap.cpp
-rw-r--r-- 1411 gotohoverlap.hpp
-rw-r--r-- 3352 groupmap.cpp
-rw-r--r-- 1195 groupmap.h
-rw-r--r-- 24504 hcluster.cpp
-rw-r--r-- 2004 hcluster.h
-rw-r--r-- 10968 hclustercommand.cpp
-rw-r--r-- 1844 hclustercommand.h
-rw-r--r-- 10404 heatmap.cpp
-rw-r--r-- 821 heatmap.h
-rw-r--r-- 10605 heatmapcommand.cpp
-rw-r--r-- 848 heatmapcommand.h
-rw-r--r-- 7478 heatmapsim.cpp
-rw-r--r-- 791 heatmapsim.h
-rw-r--r-- 16314 heatmapsimcommand.cpp
-rw-r--r-- 1038 heatmapsimcommand.h
-rw-r--r-- 1188 helpcommand.cpp
-rw-r--r-- 501 helpcommand.h
-rw-r--r-- 1242 ignoregaps.h
-rw-r--r-- 15866 inputdata.cpp
-rw-r--r-- 1334 inputdata.h
-rw-r--r-- 3318 jackknife.cpp
-rw-r--r-- 819 jackknife.h
-rw-r--r-- 6169 kmer.cpp
-rw-r--r-- 710 kmer.hpp
-rw-r--r-- 6969 kmerdb.cpp
-rw-r--r-- 1444 kmerdb.hpp
-rw-r--r-- 3337 knn.cpp
-rw-r--r-- 633 knn.h
-rw-r--r-- 3563 libshuff.cpp
-rw-r--r-- 891 libshuff.h
-rw-r--r-- 16245 libshuffcommand.cpp
-rw-r--r-- 957 libshuffcommand.h
-rw-r--r-- 10032 listseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 626 listseqscommand.h
-rw-r--r-- 5674 listvector.cpp
-rw-r--r-- 1388 listvector.hpp
-rw-r--r-- 5669 logsd.cpp
-rw-r--r-- 724 logsd.h
-rw-r--r-- 12479 maligner.cpp
-rw-r--r-- 2133 maligner.h
-rw-r--r-- 1479 mallard.h
-rw-r--r-- 11713 matrixoutputcommand.cpp
-rw-r--r-- 1401 matrixoutputcommand.h
-rw-r--r-- 4104 mergefilecommand.cpp
-rw-r--r-- 481 mergefilecommand.h
-rw-r--r-- 16858 mgclustercommand.cpp
-rw-r--r-- 1242 mgclustercommand.h
-rw-r--r-- 3086 mothur.cpp
-rw-r--r-- 27318 mothur.h
-rw-r--r-- 2509 nameassignment.cpp
-rw-r--r-- 424 nameassignment.hpp
-rw-r--r-- 15204 nast.cpp
-rw-r--r-- 1304 nast.hpp
-rw-r--r-- 3722 nastreport.cpp
-rw-r--r-- 1131 nastreport.hpp
-rw-r--r-- 3946 needlemanoverlap.cpp
-rw-r--r-- 1305 needlemanoverlap.hpp
-rw-r--r-- 721 noalign.cpp
-rw-r--r-- 529 noalign.hpp
-rw-r--r-- 937 nocommands.cpp
-rw-r--r-- 444 nocommands.h
-rw-r--r-- 1075 npshannon.cpp
-rw-r--r-- 701 npshannon.h
-rw-r--r-- 641 nseqs.h
-rw-r--r-- 415 observable.h
-rw-r--r-- 1747 onegapdist.h
-rw-r--r-- 1702 onegapignore.h
-rw-r--r-- 1013 optionparser.cpp
-rw-r--r-- 536 optionparser.h
-rw-r--r-- 4852 ordervector.cpp
-rw-r--r-- 1772 ordervector.hpp
-rw-r--r-- 9454 otuhierarchycommand.cpp
-rw-r--r-- 796 otuhierarchycommand.h
-rw-r--r-- 2843 overlap.cpp
-rw-r--r-- 1241 overlap.hpp
-rw-r--r-- 3596 parsimony.cpp
-rw-r--r-- 758 parsimony.h
-rw-r--r-- 14199 parsimonycommand.cpp
-rw-r--r-- 2263 parsimonycommand.h
-rw-r--r-- 15021 pcacommand.cpp
-rw-r--r-- 1320 pcacommand.h
-rw-r--r-- 7816 phylotree.cpp
-rw-r--r-- 1793 phylotree.h
-rw-r--r-- 8087 phylotypecommand.cpp
-rw-r--r-- 787 phylotypecommand.h
-rw-r--r-- 29932 pintail.cpp
-rw-r--r-- 3150 pintail.h
-rw-r--r-- 10760 preclustercommand.cpp
-rw-r--r-- 1395 preclustercommand.h
-rw-r--r-- 2266 progress.cpp
-rw-r--r-- 238 progress.hpp
-rw-r--r-- 1773 qstat.cpp
-rw-r--r-- 688 qstat.h
-rw-r--r-- 1283 quitcommand.cpp
-rw-r--r-- 511 quitcommand.h
-rw-r--r-- 7000 rabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1592 rabundvector.hpp
-rw-r--r-- 1241 rarecalc.cpp
-rw-r--r-- 761 rarecalc.h
-rw-r--r-- 2870 raredisplay.cpp
-rw-r--r-- 816 raredisplay.h
-rw-r--r-- 3656 rarefact.cpp
-rw-r--r-- 804 rarefact.h
-rw-r--r-- 12254 rarefactcommand.cpp
-rw-r--r-- 981 rarefactcommand.h
-rw-r--r-- 1756 rarefactioncurvedata.h
-rw-r--r-- 9699 rarefactsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 931 rarefactsharedcommand.h
-rw-r--r-- 11430 readblast.cpp
-rw-r--r-- 1534 readblast.h
-rw-r--r-- 4580 readcluster.cpp
-rw-r--r-- 814 readcluster.h
-rw-r--r-- 4004 readcolumn.cpp
-rw-r--r-- 531 readcolumn.h
-rw-r--r-- 11172 readdistcommand.cpp
-rw-r--r-- 1303 readdistcommand.h
-rw-r--r-- 825 readmatrix.hpp
-rw-r--r-- 3369 readotu.cpp
-rw-r--r-- 819 readotu.h
-rw-r--r-- 9779 readotucommand.cpp
-rw-r--r-- 778 readotucommand.h
-rw-r--r-- 8923 readphylip.cpp
-rw-r--r-- 529 readphylip.h
-rw-r--r-- 10241 readtree.cpp
-rw-r--r-- 1319 readtree.h
-rw-r--r-- 5510 readtreecommand.cpp
-rw-r--r-- 558 readtreecommand.h
-rw-r--r-- 15434 removeseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 654 removeseqscommand.h
-rw-r--r-- 3964 reversecommand.cpp
-rw-r--r-- 438 reversecommand.h
-rw-r--r-- 5362 sabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1556 sabundvector.hpp
-rw-r--r-- 14773 screenseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 661 screenseqscommand.h
-rw-r--r-- 8234 secondarystructurecommand.cpp
-rw-r--r-- 1077 secondarystructurecommand.h
-rw-r--r-- 7360 seqsummarycommand.cpp
-rw-r--r-- 445 seqsummarycommand.h
-rw-r--r-- 8949 sequence.cpp
-rw-r--r-- 1550 sequence.hpp
-rw-r--r-- 4205 sequencedb.cpp
-rw-r--r-- 1266 sequencedb.h
-rw-r--r-- 5112 setdircommand.cpp
-rw-r--r-- 600 setdircommand.h
-rw-r--r-- 1412 shannon.cpp
-rw-r--r-- 692 shannon.h
-rw-r--r-- 3804 sharedace.cpp
-rw-r--r-- 727 sharedace.h
-rw-r--r-- 630 sharedanderberg.h
-rw-r--r-- 1187 sharedanderbergs.cpp
-rw-r--r-- 603 sharedanderbergs.h
-rw-r--r-- 1432 sharedbraycurtis.cpp
-rw-r--r-- 606 sharedbraycurtis.h
-rw-r--r-- 7462 sharedchao1.cpp
-rw-r--r-- 1359 sharedchao1.h
-rw-r--r-- 11951 sharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1315 sharedcommand.h
-rw-r--r-- 819 sharedjabund.cpp
-rw-r--r-- 703 sharedjabund.h
-rw-r--r-- 3872 sharedjackknife.cpp
-rw-r--r-- 1000 sharedjackknife.h
-rw-r--r-- 1203 sharedjclass.cpp
-rw-r--r-- 690 sharedjclass.h
-rw-r--r-- 1465 sharedjest.cpp
-rw-r--r-- 677 sharedjest.h
-rw-r--r-- 1681 sharedkstest.cpp
-rw-r--r-- 671 sharedkstest.h
-rw-r--r-- 1175 sharedkulczynski.cpp
-rw-r--r-- 605 sharedkulczynski.h
-rw-r--r-- 1203 sharedkulczynskicody.cpp
-rw-r--r-- 631 sharedkulczynskicody.h
-rw-r--r-- 1273 sharedlennon.cpp
-rw-r--r-- 583 sharedlennon.h
-rw-r--r-- 10905 sharedlistvector.cpp
-rw-r--r-- 2265 sharedlistvector.h
-rw-r--r-- 992 sharedmarczewski.cpp
-rw-r--r-- 631 sharedmarczewski.h
-rw-r--r-- 1487 sharedmorisitahorn.cpp
-rw-r--r-- 599 sharedmorisitahorn.h
-rw-r--r-- 722 sharednseqs.h
-rw-r--r-- 1160 sharedochiai.cpp
-rw-r--r-- 582 sharedochiai.h
-rw-r--r-- 8394 sharedordervector.cpp
-rw-r--r-- 2600 sharedordervector.h
-rw-r--r-- 12563 sharedrabundvector.cpp
-rw-r--r-- 2435 sharedrabundvector.h
-rw-r--r-- 6041 sharedsabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1713 sharedsabundvector.h
-rw-r--r-- 983 sharedsobs.cpp
-rw-r--r-- 734 sharedsobs.h
-rw-r--r-- 1065 sharedsobscollectsummary.cpp
-rw-r--r-- 714 sharedsobscollectsummary.h
-rw-r--r-- 779 sharedsorabund.cpp
-rw-r--r-- 716 sharedsorabund.h
-rw-r--r-- 1208 sharedsorclass.cpp
-rw-r--r-- 704 sharedsorclass.h
-rw-r--r-- 1467 sharedsorest.cpp
-rw-r--r-- 691 sharedsorest.h
-rw-r--r-- 1649 sharedthetan.cpp
-rw-r--r-- 691 sharedthetan.h
-rw-r--r-- 1364 sharedthetayc.cpp
-rw-r--r-- 699 sharedthetayc.h
-rw-r--r-- 10229 sharedutilities.cpp
-rw-r--r-- 1376 sharedutilities.h
-rw-r--r-- 771 shen.cpp
-rw-r--r-- 723 shen.h
-rw-r--r-- 1552 simpson.cpp
-rw-r--r-- 675 simpson.h
-rw-r--r-- 3085 singlelinkage.cpp
-rw-r--r-- 12046 slayer.cpp
-rw-r--r-- 2272 slayer.h
-rw-r--r-- 2164 slibshuff.cpp
-rw-r--r-- 428 slibshuff.h
-rw-r--r-- 737 sobs.h
-rw-r--r-- 681 solow.cpp
-rw-r--r-- 701 solow.h
-rw-r--r-- 4691 sparsematrix.cpp
-rw-r--r-- 1121 sparsematrix.hpp
-rw-r--r-- 2991 suffixdb.cpp
-rw-r--r-- 1252 suffixdb.hpp
-rw-r--r-- 4541 suffixnodes.cpp
-rw-r--r-- 2840 suffixnodes.hpp
-rw-r--r-- 12438 suffixtree.cpp
-rw-r--r-- 2141 suffixtree.hpp
-rw-r--r-- 13436 summarycommand.cpp
-rw-r--r-- 928 summarycommand.h
-rw-r--r-- 907 summarydata.h
-rw-r--r-- 717 summarydisplay.h
-rw-r--r-- 15085 summarysharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1022 summarysharedcommand.h
-rw-r--r-- 1922 systemcommand.cpp
-rw-r--r-- 420 systemcommand.h
-rw-r--r-- 4542 taxonomyequalizer.cpp
-rw-r--r-- 1325 taxonomyequalizer.h
-rw-r--r-- 19415 tree.cpp
-rw-r--r-- 2031 tree.h
-rw-r--r-- 841 treecalculator.h
-rw-r--r-- 20299 treegroupscommand.cpp
-rw-r--r-- 2009 treegroupscommand.h
-rw-r--r-- 5255 treemap.cpp
-rw-r--r-- 1526 treemap.h
-rw-r--r-- 3223 treenode.cpp
-rw-r--r-- 1676 treenode.h
-rw-r--r-- 20155 trimseqscommand.cpp
-rw-r--r-- 1053 trimseqscommand.h
-rw-r--r-- 12304 unifracunweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1878 unifracunweightedcommand.h
-rw-r--r-- 14409 unifracweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2183 unifracweightedcommand.h
-rw-r--r-- 13567 unweighted.cpp
-rw-r--r-- 688 unweighted.h
-rw-r--r-- 2817 uvest.cpp
-rw-r--r-- 619 uvest.h
-rw-r--r-- 18153 validcalculator.cpp
-rw-r--r-- 1442 validcalculator.h
-rw-r--r-- 7909 validparameter.cpp
-rw-r--r-- 923 validparameter.h
-rw-r--r-- 39340 venn.cpp
-rw-r--r-- 746 venn.h
-rw-r--r-- 13121 venncommand.cpp
-rw-r--r-- 915 venncommand.h
-rw-r--r-- 6040 weighted.cpp
-rw-r--r-- 775 weighted.h
-rw-r--r-- 772 whittaker.cpp
-rw-r--r-- 686 whittaker.h