fileoutput.h

   1 #ifndef FILEOUTPUT_H
   2 #define FILEOUTPUT_H
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "globaldata.hpp"
   6
   7 using namespace std;
   8
   9 /***********************************************************************/
  10
  11 class FileOutput {
  12
  13 public:
  14         FileOutput(){};
  15         ~FileOutput(){};
  16
  17         virtual void initFile(string) = 0;
  18         virtual void initFile(string, vector<string>) = 0;
  19         virtual void output(int, vector<double>) = 0;
  20         virtual void output(vector<double>) = 0;
  21         virtual void resetFile() = 0;
  22         virtual string getFileName() = 0;
  23
  24 protected:
  25         GlobalData* globaldata;
  26         int renameOk;
  27
  28 };
  29
  30 /***********************************************************************/
  31
  32 class ThreeColumnFile : public FileOutput {
  33
  34 public:
  35         ThreeColumnFile(string n) : FileOutput(), inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp") { };
  36         ~ThreeColumnFile();
  37         void initFile(string);
  38         void output(int, vector<double>);
  39         void resetFile();
  40         string getFileName()    { return inName;        };
  41
  42         void initFile(string, vector<string>){};
  43         void output(vector<double>) {};
  44
  45 private:
  46         string inName;
  47         string outName;
  48         ifstream inFile;
  49         ofstream outFile;
  50         int counter;
  51 };
  52
  53
  54 /***********************************************************************/
  55 class OneColumnFile : public FileOutput {
  56
  57
  58 public:
  59         OneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp") {};
  60         ~OneColumnFile();
  61         void output(int, vector<double>);
  62         void initFile(string);
  63         void resetFile();
  64         string getFileName()    { return inName;        };
  65
  66         void initFile(string, vector<string>) {};
  67         void output(vector<double>) {};
  68
  69
  70 private:
  71         string outName;
  72         ifstream inFile;
  73         string inName;
  74         ofstream outFile;
  75         int counter;
  76 };
  77
  78 /***********************************************************************/
  79 class SharedOneColumnFile : public FileOutput {
  80
  81
  82 public:
  83         SharedOneColumnFile(string n) : inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp") {};
  84         ~SharedOneColumnFile();
  85         void output(int, vector<double>);
  86         void initFile(string);
  87         void resetFile();
  88         string getFileName()    { return inName;        };
  89
  90         void initFile(string, vector<string>) {};
  91         void output(vector<double>) {};
  92
  93
  94 private:
  95         string outName;
  96         ifstream inFile;
  97         string inName;
  98         ofstream outFile;
  99         int counter;
 100
 101 };
 102
 103 /***********************************************************************/
 104
 105 class SharedThreeColumnFile : public FileOutput {
 106
 107 public:
 108         SharedThreeColumnFile(string n, string groups) : FileOutput(), groupLabel(groups), inName(n), counter(0), numGroup(1), outName(getPathName(n) + ".temp") {      };
 109         ~SharedThreeColumnFile();
 110         void initFile(string);
 111         void output(int, vector<double>);
 112         void resetFile();
 113         string getFileName()    { return inName;        };
 114
 115
 116         void initFile(string, vector<string>) {};
 117         void output(vector<double>) {};
 118
 119 private:
 120         string inName, groupLabel;
 121         string outName;
 122         ifstream inFile;
 123         ofstream outFile;
 124         int counter, numGroup;
 125 };
 126
 127 /***********************************************************************/
 128 //used by parsimony, unifrac.weighted and unifrac.unweighted
 129 class ColumnFile : public FileOutput {
 130
 131 public:
 132         ColumnFile(string n) : FileOutput(), inName(n), counter(0), outName(getPathName(n) + ".temp") { globaldata = GlobalData::getInstance(); };
 133         ~ColumnFile();
 134
 135         //to make compatible with parent class
 136         void output(int, vector<double>){};
 137         void initFile(string){};
 138
 139         void initFile(string, vector<string>);
 140         void output(vector<double>);
 141         void resetFile();
 142         string getFileName()    { return inName;        };
 143 private:
 144         string inName;
 145         string outName;
 146         ifstream inFile;
 147         ofstream outFile;
 148         int counter;
 149 };
 150
 151 /***********************************************************************/
 152
 153 #endif