git.donarmstrong.com Git - mothur.git/tree

-rw-r--r--	3119	Mothur.1	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	Mothur.xcodeproj	tree \| history
-rw-r--r--	4361	ace.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	686	ace.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1976	averagelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	979	bergerparker.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	712	bergerparker.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5376	binsequencecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	791	binsequencecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1191	bootstrap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	692	bootstrap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10486	bootstrapsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1157	bootstrapsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2381	bstick.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	772	bstick.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	38243	calculator.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9102	calculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2164	chao1.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	661	chao1.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3746	cluster.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1353	cluster.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5647	clustercommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1486	clustercommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7875	collect.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1073	collect.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5850	collectcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1900	collectcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2667	collectdisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1962	collectorscurvedata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8345	collectsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2196	collectsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	371	command.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4552	commandfactory.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	372	commandfactory.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1864	commandoptionparser.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	469	commandoptionparser.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1697	completelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6399	concensuscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1007	concensuscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	866	coverage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	679	coverage.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1374	database.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	376	database.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1403	datavector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1667	deconvolutecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	816	deconvolutecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	629	display.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1857	dlibshuff.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	483	dlibshuff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5311	engine.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	963	engine.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	22540	errorchecking.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1083	errorchecking.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5148	fastamap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1871	fastamap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15198	fileoutput.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3589	fileoutput.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7817	fullmatrix.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1182	fullmatrix.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2781	geom.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	778	geom.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1609	getgroupcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	450	getgroupcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1746	getlabelcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	447	getlabelcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1761	getlinecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	442	getlinecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7186	getoturepcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1227	getoturepcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	17648	globaldata.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2877	globaldata.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2526	groupmap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	940	groupmap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11678	heatmap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	810	heatmap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3385	heatmapcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	691	heatmapcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	31194	helpcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	584	helpcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8116	inputdata.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	836	inputdata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4247	jackknife.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	819	jackknife.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2788	kmer.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	629	kmer.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3255	kmerdb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	454	kmerdb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5032	libshuff.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	891	libshuff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11523	libshuffcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	853	libshuffcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8183	listvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1388	listvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6296	logsd.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	724	logsd.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1177	mothur.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12521	mothur.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2784	nameassignment.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	355	nameassignment.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	924	nocommands.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	392	nocommands.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1495	npshannon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	701	npshannon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	641	nseqs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	410	observable.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6442	ordervector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1772	ordervector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5699	parselistcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1400	parselistcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4280	parsimony.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	756	parsimony.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11535	parsimonycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2261	parsimonycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3665	progress.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	260	progress.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2153	qstat.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	688	qstat.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	768	quitcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	481	quitcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9487	rabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1560	rabundvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1552	rarecalc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	761	rarecalc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5120	raredisplay.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	978	raredisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5010	rarefact.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	864	rarefact.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4803	rarefactcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2140	rarefactcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1778	rarefactioncurvedata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4405	rarefactsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2066	rarefactsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5231	readcolumn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	528	readcolumn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2880	readdistcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1200	readdistcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	799	readmatrix.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3269	readotu.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	816	readotu.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2215	readotucommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2014	readotucommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4400	readphylip.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	528	readphylip.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12478	readtree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1333	readtree.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3010	readtreecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	503	readtreecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7916	sabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1578	sabundvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3328	sequence.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	787	sequence.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1722	shannon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	692	shannon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2435	shared.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	756	shared.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4117	sharedace.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	727	sharedace.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	636	sharedanderberg.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1499	sharedanderbergs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	604	sharedanderbergs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1747	sharedbraycurtis.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	606	sharedbraycurtis.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9477	sharedchao1.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1359	sharedchao1.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3389	sharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1049	sharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1098	sharedjabund.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	703	sharedjabund.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1512	sharedjclass.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	690	sharedjclass.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1669	sharedjest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	677	sharedjest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2585	sharedkstest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	671	sharedkstest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1488	sharedkulczynski.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	606	sharedkulczynski.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1520	sharedkulczynskicody.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	632	sharedkulczynskicody.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1582	sharedlennon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	584	sharedlennon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12170	sharedlistvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2164	sharedlistvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1843	sharedmorisitahorn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	599	sharedmorisitahorn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	722	sharednseqs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1469	sharedochiai.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	581	sharedochiai.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11176	sharedordervector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2577	sharedordervector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14115	sharedrabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2236	sharedrabundvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8684	sharedsabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1734	sharedsabundvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1296	sharedsobs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	734	sharedsobs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1379	sharedsobscollectsummary.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	714	sharedsobscollectsummary.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1090	sharedsorabund.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	716	sharedsorabund.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1519	sharedsorclass.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	704	sharedsorclass.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1672	sharedsorest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	691	sharedsorest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1958	sharedthetan.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	691	sharedthetan.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1674	sharedthetayc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	699	sharedthetayc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12696	sharedutilities.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1374	sharedutilities.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1855	simpson.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	675	simpson.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1734	singlelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2798	slibshuff.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	428	slibshuff.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	737	sobs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6532	sparsematrix.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1123	sparsematrix.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5221	summarycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1775	summarycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	929	summarydata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	717	summarydisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9240	summarysharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2221	summarysharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	19151	tree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1649	tree.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	854	treecalculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9927	treegroupscommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1435	treegroupscommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4993	treemap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1253	treemap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3248	treenode.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1647	treenode.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7212	unifracunweightedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1796	unifracunweightedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10136	unifracweightedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2098	unifracweightedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14116	unweighted.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	689	unweighted.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3126	uvest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	642	uvest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	18768	validcalculator.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1301	validcalculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3616	validcommands.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	686	validcommands.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13600	validparameter.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1464	validparameter.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	31752	venn.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	776	venn.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5371	venncommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	753	venncommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6662	weighted.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	774	weighted.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1083	whittaker.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	685	whittaker.h	blob \| history \| raw