errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  27         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  28         //listfile = globaldata->getListFile();
  29         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  30         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  31         //namefile = globaldata->getNameFile();
  32         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  33         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  34         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  35         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  36         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  37         //format = globaldata->getFormat();
  38         //method = globaldata->getMethod();
  39         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  40         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  41 }
  42
  43 /*******************************************************/
  44
  45 /******************************************************/
  46
  47 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  48         delete validCommand;
  49         delete validParameter;
  50 }
  51
  52 /*******************************************************/
  53
  54 /******************************************************/
  55
  56 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  57                 errorFree = true;
  58                 clear();
  59
  60                 //refresh variable
  61                 refresh();
  62
  63                 //get command name and parameters
  64                 int openParen = input.find_first_of('(');
  65                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  66
  67                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  68                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  69                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  70                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  71                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  72                         return false;
  73                 }
  74
  75                 //is it a valid command
  76                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  77
  78                 string parameter, value;
  79
  80                 //reads in parameters and values
  81                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  82                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  83                                 splitAtComma(value, optionText);
  84                                 splitAtEquals(parameter, value);
  85
  86                                 //is it a valid parameter
  87                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  88
  89                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  90                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  91                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  92                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  93                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  95                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  96                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  97                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
  98                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
  99                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 100                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 101                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 102                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 103                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 104                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 105                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 106                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 107                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 108                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 109                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 110                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 111                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 112                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 113
 114                         }
 115
 116                         //gets the last parameter and value
 117                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 118                                 value = optionText;
 119                                 splitAtEquals(parameter, value);
 120                                 //is it a valid parameter
 121                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 122
 123
 124                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 125                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 126                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 127                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 128                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 129                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 130                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 131                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 132                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 133                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 134                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 135                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 136                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 137                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 138                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 139                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 140                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 141                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 142                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 143                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 144                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 145                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 146                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 147                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 148                         }
 149                 }
 150
 151                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 152                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 153
 154                 //check for valid files
 155                 if (commandName == "read.dist") {
 156                         validateReadFiles();
 157                         validateReadDist();
 158                 }else if (commandName == "read.otu") {
 159                         //you want to do shared commands
 160                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 161                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 162                         //you want to do single commands
 163                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 164                                 validateReadFiles();
 165                                 validateReadPhil();
 166                         //you have not given a file
 167                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 168                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 169                         //you want to do shared commands with a shared file
 170                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 171                                 validateReadFiles();
 172                         }
 173                 }else if (commandName == "read.tree") {
 174                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 175                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 176                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 177                         validateReadFiles();
 178                 }
 179
 180                 //are you trying to cluster before you have read something
 181                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 182                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 183                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 184                                 errorFree = false;
 185                 }
 186
 187                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 188                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 189                 }
 190
 191                 if (commandName == "parsimony") {
 192                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 193                         if (randomtree == "")  {
 194                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 195                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 196                         }
 197                 }
 198
 199                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 200                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 201                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 202                 }
 203
 204                 //check for valid method
 205                 if(commandName == "get.group") {
 206                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 207                 }
 208                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 209                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 210                 }
 211                 if (commandName == "cluster") {
 212                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 213                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 214                 }
 215
 216                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 217                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 218                 }
 219
 220                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "tree.shared") || (commandName == "bootstrap.shared")){
 221                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 222                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 223                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 224                         }
 225                 }
 226
 227                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 228                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 229                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 230                         }
 231                 }
 232
 233                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 234                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs command." << endl; return false; }
 235                         validateBinFiles();
 236                 }
 237
 238                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 239                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 240                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 241                                 errorFree = false;
 242                         }
 243                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 244                         validateBinFiles();
 245                 }
 246
 247
 248                 return errorFree;
 249 }
 250
 251 /*******************************************************/
 252
 253 /******************************************************/
 254 //This function checks to make sure the user entered a file to
 255 // read and that the file exists and can be opened.
 256 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 257         try {
 258                 //Validating files for read
 259                 ifstream filehandle;
 260                 int ableToOpen;
 261
 262                 //are we reading a phylipfile
 263                 if (phylipfile != "") {
 264                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 265                         filehandle.close();
 266                         //unable to open
 267                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 268                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 269                 //are we reading a columnfile
 270                 }else if (columnfile != "") {
 271                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 272                         filehandle.close();
 273                         //unable to open
 274                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 275                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 276                 //are we reading a listfile
 277                 }else if (listfile!= "") {
 278                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 279                         filehandle.close();
 280                         //unable to open
 281                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 282                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 283                 //are we reading a rabundfile
 284                 }else if (rabundfile != "") {
 285                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 286                         filehandle.close();
 287                         //unable to open
 288                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 289                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 290                 //are we reading a sabundfile
 291                 }else if (sabundfile != "") {
 292                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 293                         filehandle.close();
 294                         //unable to open
 295                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 296                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 297                 }else if (fastafile != "") {
 298                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 299                         filehandle.close();
 300                         //unable to open
 301                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 302                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 303                 }else if (sharedfile != "") {
 304                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 305                         filehandle.close();
 306                         //unable to open
 307                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 308                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 309                 }else{ //no file given
 310                         errorFree = false;
 311                 }
 312         }
 313         catch(exception& e) {
 314                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 315                 exit(1);
 316         }
 317         catch(...) {
 318                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 319                 exit(1);
 320         }
 321
 322 }
 323 /*******************************************************/
 324
 325 /******************************************************/
 326 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 327 // format parameters on a distfile read
 328 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 329         try {
 330                 ifstream filehandle;
 331                 int ableToOpen;
 332
 333                 if (groupfile != "") {
 334                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 335                         filehandle.close();
 336                         //unable to open
 337                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 338                 }
 339
 340                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 341                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 342
 343                 if (columnfile != "") {
 344                         if (namefile == "") {
 345                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 346                                 errorFree = false;
 347                         }else {
 348                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 349                                 filehandle.close();
 350                                 //unable to open
 351                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 352                         }
 353                 }
 354         }
 355         catch(exception& e) {
 356                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 357                 exit(1);
 358         }
 359         catch(...) {
 360                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 361                 exit(1);
 362         }
 363 }
 364 /*******************************************************/
 365
 366 /******************************************************/
 367 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 368 // format parameters on a parselistcommand
 369 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 370         try {
 371                 ifstream filehandle;
 372                 int ableToOpen;
 373
 374                 //checks for valid files
 375
 376                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 377                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 378
 379                 //checks parameters on the read command
 380                 if (listfile != "") {
 381                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 382                         filehandle.close();
 383                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 384                                 errorFree = false;
 385                         }
 386                         if (groupfile != "") {
 387                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 388                                 filehandle.close();
 389                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 390                                         errorFree = false;;
 391                                 }
 392                         }
 393                 }
 394         }
 395         catch(exception& e) {
 396                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 397                 exit(1);
 398         }
 399         catch(...) {
 400                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 401                 exit(1);
 402         }
 403 }
 404 /*******************************************************/
 405
 406 /******************************************************/
 407 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 408 // format parameters on a parselistcommand
 409 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 410         try {
 411                 ifstream filehandle;
 412                 int ableToOpen;
 413
 414                 //checks for valid files
 415
 416                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 417                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 418
 419                 //checks parameters on the read command
 420                 if (treefile != "") {
 421                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 422                         filehandle.close();
 423                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 424                                 errorFree = false;
 425                         }
 426                         if (groupfile != "") {
 427                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 428                                 filehandle.close();
 429                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 430                                         errorFree = false;;
 431                                 }
 432                         }
 433                 }
 434         }
 435         catch(exception& e) {
 436                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 437                 exit(1);
 438         }
 439         catch(...) {
 440                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 441                 exit(1);
 442         }
 443 }
 444
 445 /*******************************************************/
 446
 447 /******************************************************/
 448 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 449 // format parameters on a distfile read
 450 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 451         try {
 452                 ifstream filehandle;
 453                 int ableToOpen;
 454
 455                 //checks to make sure only one file type is given
 456                 if (listfile != "") {
 457                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 458                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 459                 }else if (rabundfile != "") {
 460                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 461                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 462                 }else if (sabundfile != "") {
 463                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 464                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 465                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 466                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 467                 }
 468
 469                 //checks parameters on the read command
 470                 if (orderfile != "") {
 471                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 472                         filehandle.close();
 473                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 474                                 errorFree = false;
 475                         }
 476                 }
 477         }
 478         catch(exception& e) {
 479                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 480                 exit(1);
 481         }
 482         catch(...) {
 483                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 484                 exit(1);
 485         }
 486 }
 487 /*******************************************************/
 488
 489 /******************************************************/
 490 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 491 // format parameters on a bin.seq command
 492 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 493         try {
 494                 ifstream filehandle;
 495                 int ableToOpen;
 496
 497                 if (fastafile == "") {
 498                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs and get.oturep commands." << endl; errorFree = false;
 499                 }else if (fastafile != "") {
 500                         //is it a valid filename'
 501                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 502                         filehandle.close();
 503                         //unable to open
 504                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 505                 }else if (listfile != "") {
 506                         //is it a valid filename'
 507                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 508                         filehandle.close();
 509                         //unable to open
 510                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 511                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 512                         //is it a valid filename'
 513                         ifstream filehandle;
 514                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 515                         filehandle.close();
 516                         //unable to open
 517                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 518                 }else if (namefile != "") {
 519                         //is it a valid filename'
 520                         ifstream filehandle;
 521                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 522                         filehandle.close();
 523                         //unable to open
 524                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 525                 }
 526
 527
 528         }
 529         catch(exception& e) {
 530                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 531                 exit(1);
 532         }
 533         catch(...) {
 534                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 535                 exit(1);
 536         }
 537 }
 538
 539 /*******************************************************/
 540
 541 /******************************************************/
 542
 543 void ErrorCheck::clear() {
 544         //option definitions should go here...
 545         phylipfile              =       "";
 546         columnfile              =       "";
 547         listfile                =       "";
 548         rabundfile              =       "";
 549         sabundfile              =       "";
 550         namefile                =       "";
 551         groupfile               =       "";
 552         orderfile               =       "";
 553         sharedfile              =       "";
 554         line                    =       "";
 555         label                   =       "";
 556         method                  =   "furthest";
 557 }
 558 /*******************************************************/
 559
 560 /******************************************************/
 561