doTaxonomy.h

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   2  *  doTaxonomy.h
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 6/17/09.
   6  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
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  10 #include "mothur.h"
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  12 /**************************************************************************************************/
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  14 struct TaxNode {
  15         vector<string> accessions;
  16         map<string, int> children;
  17         int parent, childNumber, level;
  18         string name, heirarchyID;
  19
  20         TaxNode(string n) : name(n), level(0), parent(-1) {             }
  21         TaxNode(){}
  22 };
  23
  24 /**************************************************************************************************/
  25
  26 class PhyloTree {
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  28 public:
  29         PhyloTree();
  30         void addSeqToTree(string, string);
  31         void assignHeirarchyIDs(int);
  32         void print(ofstream&);
  33 private:
  34         string getNextTaxon(string&);
  35         vector<TaxNode> tree;
  36         void print(int, ofstream&);
  37         int numNodes;
  38         int numSeqs;
  39 };
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  41 /**************************************************************************************************/
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