dlibshuff.cpp

   1 /*
   2  *  DLibshuff.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 4/8/09.
   6  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
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  10 #include "dlibshuff.h"
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  12 /***********************************************************************/
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  14 DLibshuff::DLibshuff(FullMatrix* D, int it, float step, float co) : Libshuff(D, it, step, co){
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  16         numDXs = int(cutOff / stepSize);
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  18 }
  19
  20 /***********************************************************************/
  21
  22 float DLibshuff::evaluatePair(int i, int j){
  23         return dCalculate(i,j);
  24 }
  25
  26 /***********************************************************************/
  27
  28 vector<vector<double> > DLibshuff::evaluateAll(){
  29         savedMins.resize(numGroups);
  30         vector<vector<double> > dCXYValues(numGroups);
  31
  32         for(int i=0;i<numGroups;i++){
  33                 savedMins[i].resize(numGroups);
  34                 dCXYValues[i].resize(numGroups);
  35                 for(int j=0;j<numGroups;j++){
  36                         if(i!=j){       dCXYValues[i][j] = dCalculate(i,j);     }
  37                         savedMins[i][i] = minX;
  38                         savedMins[i][j] = minXY;
  39                 }
  40         }
  41
  42         return dCXYValues;
  43 }
  44
  45 /***********************************************************************/
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  47 double DLibshuff::dCalculate(int x, int y){
  48
  49         minX = getMinX(x);
  50         minXY = getMinXY(x, y);
  51
  52         vector<int> nx = calcN(minX);
  53         vector<int> nxy = calcN(minXY);
  54
  55         double sum = 0;
  56
  57         for(int i=0;i<numDXs;i++){
  58                 float h = (nx[i] - nxy[i]) / (float) groupSizes[x];
  59                 sum += h * h * stepSize;
  60         }
  61
  62         return sum;
  63 }
  64
  65 /***********************************************************************/
  66
  67 vector<int> DLibshuff::calcN(vector<double> minVector){
  68
  69         vector<int> counts(numDXs,0);
  70
  71         int precision = int(1 / stepSize);
  72
  73         for(int i=0;i<minVector.size();i++){
  74                 int bin = int (precision * minVector[i]);
  75                 if(bin < numDXs){       counts[bin]++;  }
  76         }
  77
  78         for(int i=1;i<numDXs;i++){
  79                 counts[i] += counts[i-1];
  80         }
  81
  82         return counts;
  83 }
  84
  85 /***********************************************************************/