deconvolutecommand.h

   1 #ifndef DECONVOLUTECOMMAND_H
   2 #define DECONVOLUTECOMMAND_H
   3 /*
   4  *  deconvolute.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "fastamap.h"
  14
  15 /* The unique.seqs command reads a fasta file, finds the duplicate sequences and outputs a names file
  16         containing 2 columns.  The first being the groupname and the second the list of identical sequence names. */
  17
  18
  19 class DeconvoluteCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22         DeconvoluteCommand(string);
  23         DeconvoluteCommand();
  24         ~DeconvoluteCommand() {}
  25         vector<string> getRequiredParameters();
  26         vector<string> getValidParameters();
  27         vector<string> getRequiredFiles();
  28         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  29         int execute();
  30         void help();
  31
  32 private:
  33         string inFastaName, oldNameMapFName, outputDir;
  34         vector<string> outputNames;
  35         map<string, vector<string> > outputTypes;
  36
  37         bool abort;
  38 };
  39
  40 #endif