deconvolutecommand.cpp

   1 /*
   2  *  deconvolute.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "deconvolutecommand.h"
  11
  12 /**************************************************************************************/
  13 DeconvoluteCommand::DeconvoluteCommand(string option) {
  14         try {
  15                 abort = false;
  16
  17                 //allow user to run help
  18                 if(option == "help") { help(); abort = true; }
  19
  20                 else {
  21                         //valid paramters for this command
  22                         string Array[] =  {"fasta"};
  23                         vector<string> myArray (Array, Array+(sizeof(Array)/sizeof(string)));
  24
  25                         OptionParser parser(option);
  26                         map<string,string> parameters = parser.getParameters();
  27
  28                         ValidParameters validParameter;
  29
  30                         //check to make sure all parameters are valid for command
  31                         for (map<string, string>::iterator it = parameters.begin(); it != parameters.end(); it++) {
  32                                 if (validParameter.isValidParameter(it->first, myArray, it->second) != true) {  abort = true;  }
  33                         }
  34
  35                         //check for required parameters
  36                         filename = validParameter.validFile(parameters, "fasta", true);
  37                         if (filename == "not open") { abort = true; }
  38                         else if (filename == "not found") { filename = ""; cout << "fasta is a required parameter for the unique.seqs command." << endl; abort = true;  }
  39
  40                 }
  41
  42         }
  43         catch(exception& e) {
  44                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the DeconvoluteCommand class Function DeconvoluteCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  45                 exit(1);
  46         }
  47         catch(...) {
  48                 cout << "An unknown error has occurred in the DeconvoluteCommand class function DeconvoluteCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  49                 exit(1);
  50         }
  51 }
  52 //**********************************************************************************************************************
  53
  54 void DeconvoluteCommand::help(){
  55         try {
  56                 cout << "The unique.seqs command reads a fastafile and creates a namesfile." << "\n";
  57                 cout << "It creates a file where the first column is the groupname and the second column is a list of sequence names who have the same sequence. " << "\n";
  58                 cout << "If the sequence is unique the second column will just contain its name. " << "\n";
  59                 cout << "The unique.seqs command parameter is fasta and it is required." << "\n";
  60                 cout << "The unique.seqs command should be in the following format: " << "\n";
  61                 cout << "unique.seqs(fasta=yourFastaFile) " << "\n";
  62         }
  63         catch(exception& e) {
  64                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the DeconvoluteCommand class Function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  65                 exit(1);
  66         }
  67         catch(...) {
  68                 cout << "An unknown error has occurred in the DeconvoluteCommand class function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  69                 exit(1);
  70         }
  71 }
  72
  73 /**************************************************************************************/
  74 int DeconvoluteCommand::execute() {
  75         try {
  76
  77                 if (abort == true) { return 0; }
  78
  79                 //prepare filenames and open files
  80                 outputFileName = (getRootName(filename) + "names");
  81                 outFastafile = (getRootName(filename) + "unique.fasta");
  82
  83                 openInputFile(filename, in);
  84                 openOutputFile(outputFileName, out);
  85                 openOutputFile(outFastafile, outFasta);
  86
  87                 //constructor reads in file and store internally
  88                 fastamap = new FastaMap();
  89
  90                 //two columns separated by tabs sequence name and then sequence
  91                 fastamap->readFastaFile(in);
  92
  93                 //print out new names file
  94                 //file contains 2 columns separated by tabs.  the first column is the groupname(name of first sequence found.
  95                 //the second column is the list of names of identical sequences separated by ','.
  96                 fastamap->printNamesFile(out);
  97                 fastamap->printCondensedFasta(outFasta);
  98
  99                 in.close();
 100                 out.close();
 101                 outFasta.close();
 102
 103                 return 0;
 104         }
 105         catch(exception& e) {
 106                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the DeconvoluteCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 107                 exit(1);
 108         }
 109         catch(...) {
 110                 cout << "An unknown error has occurred in the DeconvoluteCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 111                 exit(1);
 112         }
 113 }
 114 /**************************************************************************************/