datavector.hpp

   1 #ifndef datavector_h
   2 #define datavector_h
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "mothurout.h"
   7
   8 /* This class is parent to listvector, ordervector, rabundvector, sabundvector, sharedordervector, sharedrabundvector, sharedsabundvector.
   9         The child classes all contain OTU information in different forms. */
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  11
  12 class RAbundVector;
  13 class SAbundVector;
  14 class OrderVector;
  15 class SharedListVector;
  16 class SharedOrderVector;
  17 class SharedSAbundVector;
  18 class SharedRAbundVector;
  19
  20 class DataVector {
  21
  22 public:
  23         DataVector(){ m = MothurOut::getInstance(); }// : maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  24         DataVector(string l) : label(l) {};
  25         DataVector(const DataVector& dv) : label(dv.label){};//, maxRank(dv.maxRank), numBins(dv.numBins), numSeqs(dv.numSeqs) {};
  26         DataVector(ifstream&);
  27         virtual ~DataVector(){};
  28
  29 //      virtual int getNumBins()        {       return numBins;         }
  30 //      virtual int getNumSeqs()        {       return numSeqs;         }
  31 //      virtual int getMaxRank()        {       return maxRank;         }
  32
  33         virtual void resize(int) = 0;
  34         virtual int size()      = 0;
  35         virtual void print(ostream&) = 0;
  36
  37         void setLabel(string l)         {       label = l;                      }
  38         string getLabel()                       {       return label;           }
  39
  40         virtual RAbundVector getRAbundVector() = 0;
  41         virtual SAbundVector getSAbundVector() = 0;
  42         virtual OrderVector getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL) = 0;
  43
  44 protected:
  45         string label;
  46         MothurOut* m;
  47 //      int maxRank;
  48 //      int numBins;
  49 //      int numSeqs;
  50 };
  51
  52 /***********************************************************************/
  53
  54 #endif