datavector.hpp

   1 #ifndef datavector_h
   2 #define datavector_h
   3
   4 using namespace std;
   5
   6 #include <iostream>
   7 #include <string>
   8 #include <vector>
   9 #include <map>
  10
  11 class RAbundVector;
  12 class SAbundVector;
  13 class OrderVector;
  14
  15 class DataVector {
  16
  17 public:
  18         DataVector(){};// : maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  19         DataVector(string l) : label(l) {};
  20         DataVector(const DataVector& dv) : label(dv.label){};//, maxRank(dv.maxRank), numBins(dv.numBins), numSeqs(dv.numSeqs) {};
  21         DataVector(ifstream&);
  22         ~DataVector(){};
  23
  24 //      virtual int getNumBins()        {       return numBins;         }
  25 //      virtual int getNumSeqs()        {       return numSeqs;         }
  26 //      virtual int getMaxRank()        {       return maxRank;         }
  27
  28         virtual void resize(int) = 0;
  29         virtual int size()      = 0;
  30         virtual void print(ostream&) = 0;
  31
  32         void setLabel(string l)         {       label = l;                      }
  33         string getLabel()                       {       return label;           }
  34
  35         //virtual RAbundVector getRAbundVector() = 0;
  36         virtual SAbundVector getSAbundVector() = 0;
  37         virtual OrderVector getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL) = 0;
  38
  39 protected:
  40         string label;
  41 //      int maxRank;
  42 //      int numBins;
  43 //      int numSeqs;
  44 };
  45
  46 /***********************************************************************/
  47
  48 #endif