]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/blob - clustercommand.h
added pipeline commands which involved change to command factory and command class...
[mothur.git] / clustercommand.h
1 #ifndef CLUSTERCOMMAND_H
2 #define CLUSTERCOMMAND_H
3 /*
4  *  clustercommand.h
5  *  Dotur
6  *
7  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
9  *
10  */
11
12 #include "command.hpp"
13 #include "globaldata.hpp"
14 #include "rabundvector.hpp"
15 #include "sabundvector.hpp"
16 #include "listvector.hpp"
17 #include "cluster.hpp"
18 #include "sparsematrix.hpp"
19
20 /* The cluster() command:
21         The cluster command can only be executed after a successful read.phylip or read.column command.   
22         The cluster command outputs a .list , .rabund and .sabund files.  
23         The cluster command parameter options are method, cuttoff and precision. No parameters are required.  
24         The cluster command should be in the following format: cluster(method=yourMethod, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision).  
25         The acceptable methods are furthest, nearest and average.  If you do not provide a method the default algorythm is furthest neighbor.  
26         The cluster() command outputs three files *.list, *.rabund, and *.sabund.   */
27
28
29 class ClusterCommand : public Command {
30         
31 public:
32         ClusterCommand(string);
33         ClusterCommand();
34         ~ClusterCommand();
35         vector<string> getRequiredParameters();
36         vector<string> getValidParameters();
37         vector<string> getRequiredFiles();
38         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
39         int execute();  
40         void help();
41         
42 private:
43         GlobalData* globaldata;
44         Cluster* cluster;
45         SparseMatrix* matrix;
46         ListVector* list;
47         RAbundVector* rabund;
48         RAbundVector oldRAbund;
49         ListVector oldList;
50
51         bool abort, hard;
52
53         string method, fileroot, tag, outputDir;
54         double cutoff;
55         string showabund, timing;
56         int precision, length;
57         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
58
59         bool print_start;
60         time_t start;
61         unsigned long loops;
62         
63         void printData(string label);
64         vector<string> outputNames;
65         map<string, vector<string> > outputTypes;
66 };
67
68 #endif