cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4 using namespace std;
   5
   6 #include <iostream>
   7 #include <list>
   8
   9 #include "utilities.hpp"
  10 #include "sparsematrix.hpp"
  11 #include "rabundvector.hpp"
  12
  13 class RAbundVector;
  14 class ListVector;
  15 class SparseMatrix;
  16
  17 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  18
  19 class Cluster {
  20
  21 public:
  22         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  23         virtual void update() = 0;
  24
  25 protected:
  26         void getRowColCells();
  27         virtual void clusterBins();
  28         virtual void clusterNames();
  29
  30         RAbundVector* rabund;
  31         ListVector* list;
  32         SparseMatrix* dMatrix;
  33
  34         int smallRow;
  35         int smallCol;
  36         float smallDist;
  37         vector<MatData> rowCells;
  38         vector<MatData> colCells;
  39         ull nRowCells;
  40         ull nColCells;
  41 };
  42
  43 /***********************************************************************/
  44
  45 class CompleteLinkage : public Cluster {
  46 public:
  47         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  48         void update();
  49
  50 private:
  51
  52 };
  53
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 class SingleLinkage : public Cluster {
  57 public:
  58         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  59         void update();
  60
  61 private:
  62
  63 };
  64
  65 /***********************************************************************/
  66
  67 class AverageLinkage : public Cluster {
  68 public:
  69         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  70         void update();
  71
  72 private:
  73
  74 };
  75
  76 /***********************************************************************/
  77
  78 #endif