cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4
   5
   6 #include "mothur.h"
   7 #include "sparsedistancematrix.h"
   8 #include "mothurout.h"
   9
  10 class RAbundVector;
  11 class ListVector;
  12
  13 class Cluster {
  14
  15 public:
  16         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  17     virtual void update(double&);
  18         virtual string getTag() = 0;
  19         virtual void setMapWanted(bool m);
  20         virtual map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  21
  22 protected:
  23         virtual bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell) = 0;
  24
  25         virtual void clusterBins();
  26         virtual void clusterNames();
  27         virtual void updateMap();
  28
  29         RAbundVector* rabund;
  30         ListVector* list;
  31         SparseDistanceMatrix* dMatrix;
  32
  33         ull smallRow;
  34         ull smallCol;
  35         float smallDist;
  36         bool mapWanted;
  37         float cutoff;
  38         map<string, int> seq2Bin;
  39         string method;
  40
  41         ull nRowCells;
  42         ull nColCells;
  43         MothurOut* m;
  44 };
  45
  46 /***********************************************************************/
  47
  48 class CompleteLinkage : public Cluster {
  49 public:
  50         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  51         bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell);
  52         string getTag();
  53
  54 private:
  55
  56 };
  57
  58 /***********************************************************************/
  59
  60 class SingleLinkage : public Cluster {
  61 public:
  62         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  63     void update(double&);
  64         bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell);
  65         string getTag();
  66
  67 private:
  68
  69 };
  70
  71 /***********************************************************************/
  72
  73 class AverageLinkage : public Cluster {
  74 public:
  75         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  76         bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell);
  77         string getTag();
  78
  79 private:
  80         int saveRow;
  81         int saveCol;
  82         int rowBin;
  83         int colBin;
  84         int totalBin;
  85
  86 };
  87
  88 /***********************************************************************/
  89
  90 class WeightedLinkage : public Cluster {
  91 public:
  92         WeightedLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseDistanceMatrix*, float, string);
  93         bool updateDistance(PDistCell& colCell, PDistCell& rowCell);
  94         string getTag();
  95
  96 private:
  97         int saveRow;
  98         int saveCol;
  99 };
 100
 101 /***********************************************************************/
 102
 103
 104
 105 #endif