cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "sparsematrix.hpp"
   7 #include "mothurout.h"
   8
   9 class RAbundVector;
  10 class ListVector;
  11
  12 typedef vector<MatData> MatVec;
  13
  14 class Cluster {
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  16 public:
  17         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float, string);
  18     virtual void update(double&);
  19         virtual string getTag() = 0;
  20         virtual void setMapWanted(bool m);
  21         virtual map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  22
  23 protected:
  24         void getRowColCells();
  25     void removeCell(const MatData& cell, int vrow, int vcol, bool rmMatrix=true);
  26
  27         virtual bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell) = 0;
  28
  29         virtual void clusterBins();
  30         virtual void clusterNames();
  31         virtual void updateMap();
  32
  33         RAbundVector* rabund;
  34         ListVector* list;
  35         SparseMatrix* dMatrix;
  36
  37         int smallRow;
  38         int smallCol;
  39         float smallDist;
  40         bool mapWanted;
  41         float cutoff;
  42         map<string, int> seq2Bin;
  43         string method;
  44
  45         vector<MatVec> seqVec;          // contains vectors of cells related to a certain sequence
  46         MatVec rowCells;
  47         MatVec colCells;
  48         ull nRowCells;
  49         ull nColCells;
  50         MothurOut* m;
  51 };
  52
  53 /***********************************************************************/
  54
  55 class CompleteLinkage : public Cluster {
  56 public:
  57         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float, string);
  58         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  59         string getTag();
  60
  61 private:
  62
  63 };
  64
  65 /***********************************************************************/
  66
  67 class SingleLinkage : public Cluster {
  68 public:
  69         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float, string);
  70     void update(double&);
  71         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  72         string getTag();
  73
  74 private:
  75
  76 };
  77
  78 /***********************************************************************/
  79
  80 class AverageLinkage : public Cluster {
  81 public:
  82         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float, string);
  83         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  84         string getTag();
  85
  86 private:
  87         int saveRow;
  88         int saveCol;
  89         int rowBin;
  90         int colBin;
  91         int totalBin;
  92
  93 };
  94
  95 /***********************************************************************/
  96
  97 class WeightedLinkage : public Cluster {
  98 public:
  99         WeightedLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float, string);
 100         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
 101         string getTag();
 102
 103 private:
 104         int saveRow;
 105         int saveCol;
 106 };
 107
 108 /***********************************************************************/
 109
 110 #endif