classifyseqscommand.h

   1 #ifndef CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   2 #define CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  classifyseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/2/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 //#include "alignment.hpp"
  16 #include "classify.h"
  17
  18 //KNN and Bayesian methods modeled from algorithms in
  19 //Naı¨ve Bayesian Classiﬁer for Rapid Assignment of rRNA Sequences
  20 //into the New Bacterial Taxonomy􏰎†
  21 //Qiong Wang,1 George M. Garrity,1,2 James M. Tiedje,1,2 and James R. Cole1*
  22 //Center for Microbial Ecology1 and Department of Microbiology and Molecular Genetics,2 Michigan State University,
  23 //East Lansing, Michigan 48824
  24 //Received 10 January 2007/Accepted 18 June 2007
  25
  26
  27
  28 class ClassifySeqsCommand : public Command {
  29
  30 public:
  31         ClassifySeqsCommand(string);
  32         ClassifySeqsCommand();
  33         ~ClassifySeqsCommand();
  34         vector<string> getRequiredParameters();
  35         vector<string> getValidParameters();
  36         vector<string> getRequiredFiles();
  37         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  38         int execute();
  39         void help();
  40
  41 private:
  42         struct linePair {
  43                 unsigned long int start;
  44                 unsigned long int end;
  45                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  46         };
  47
  48         vector<int> processIDS;   //processid
  49         vector<linePair*> lines;
  50         vector<string> fastaFileNames;
  51         vector<string> namefileNames;
  52         vector<string> groupfileNames;
  53         vector<string> outputNames;
  54         map<string, vector<string> > nameMap;
  55         map<string,  vector<string> >::iterator itNames;
  56         map<string, vector<string> > outputTypes;
  57
  58         Classify* classify;
  59
  60         string fastaFileName, templateFileName, distanceFileName, namefile, search, method, taxonomyFileName, outputDir, groupfile;
  61         int processors, kmerSize, numWanted, cutoff, iters;
  62         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend;
  63         bool abort, probs;
  64
  65         int driver(linePair*, string, string, string);
  66         void appendTaxFiles(string, string);
  67         int createProcesses(string, string, string);
  68         string addUnclassifieds(string, int);
  69
  70         int MPIReadNamesFile(string);
  71         #ifdef USE_MPI
  72         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  73         #endif
  74 };
  75
  76 #endif
  77