classify.h

   1 #ifndef CLASSIFY_H
   2 #define CLASSIFY_H
   3
   4 /*
   5  *  classify.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 /* This class is a parent to phylotyp, bayesian, knn.  */
  15
  16 #include "mothur.h"
  17 #include "database.hpp"
  18
  19
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  21 class Sequence;
  22
  23 /**************************************************************************************************/
  24
  25 class Classify {
  26
  27 public:
  28         Classify(string, string, string, int, int, int, int, int);
  29         Classify(){};
  30
  31         virtual ~Classify(){};
  32         virtual string getTaxonomy(Sequence*) = 0;
  33
  34 protected:
  35
  36         map<string, string> taxonomy;  //name maps to taxonomy
  37         map<string, string>::iterator it;
  38         Database* database;
  39
  40         string taxFile, templateFile;
  41         vector<string> names;
  42
  43         void readTaxonomy(string);
  44
  45 };
  46
  47 /**************************************************************************************************/
  48
  49 #endif
  50