classify.h

   1 #ifndef CLASSIFY_H
   2 #define CLASSIFY_H
   3
   4 /*
   5  *  classify.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 /* This class is a parent to bayesian, knn.  */
  15
  16 #include "mothur.h"
  17 #include "database.hpp"
  18 #include "phylotree.h"
  19
  20
  21 class Sequence;
  22
  23
  24 /**************************************************************************************************/
  25
  26 class Classify {
  27
  28 public:
  29         Classify();
  30         virtual ~Classify(){};
  31         virtual string getTaxonomy(Sequence*) = 0;
  32         virtual string getSimpleTax()  { return simpleTax;      }
  33         virtual bool getFlipped()  { return flipped;    }
  34         virtual void generateDatabaseAndNames(string, string, string, int, float, float, float, float);
  35         virtual void setDistName(string s) {} //for knn, so if distance method is selected with knn you can create the smallest distance file in the right place.
  36
  37 protected:
  38
  39         map<string, string> taxonomy;  //name maps to taxonomy
  40         //map<string, int> genusCount;  //maps genus to count - in essence a list of how many seqs are in each taxonomy
  41         map<string, int>::iterator itTax;
  42         map<string, string>::iterator it;
  43         Database* database;
  44         PhyloTree* phyloTree;
  45
  46         string taxFile, templateFile, simpleTax;
  47         vector<string> names;
  48         int threadID;
  49         bool flip, flipped;
  50
  51         int readTaxonomy(string);
  52         vector<string> parseTax(string);
  53         MothurOut* m;
  54
  55 };
  56
  57 /**************************************************************************************************/
  58
  59 #endif
  60