chimeraseqscommand.h

   1 #ifndef CHIMERACOMMAND_H
   2 #define CHIMERACOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  chimeraseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 6/29/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "chimera.h"
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  17
  18 /***********************************************************/
  19
  20 class ChimeraSeqsCommand : public Command {
  21 public:
  22         ChimeraSeqsCommand(string);
  23         ~ChimeraSeqsCommand();
  24         int execute();
  25         void help();
  26
  27
  28 private:
  29
  30         bool abort;
  31         string method, fastafile, templatefile, consfile, quanfile, maskfile, namefile, outputDir;
  32         bool filter, correction, svg, printAll;
  33         int processors, midpoint, averageLeft, averageRight, window, iters, increment, numwanted, ksize, match, mismatch, parents, minSimilarity;
  34         float divR;
  35         Chimera* chimera;
  36
  37
  38 };
  39
  40 /***********************************************************/
  41
  42 #endif
  43