blastdb.hpp

   1 #ifndef BLASTDB_HPP
   2 #define BLASTDB_HPP
   3
   4
   5 /*
   6  *  blastdb.hpp
   7  *
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 12/22/08.
  10  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16
  17 class BlastDB : public Database {
  18
  19 public:
  20         BlastDB(float, float, float, float);
  21         BlastDB();
  22         ~BlastDB();
  23
  24         void generateDB();
  25         void addSequence(Sequence);
  26         vector<int> findClosestSequences(Sequence*, int);
  27         vector<int> findClosestMegaBlast(Sequence*, int);
  28
  29         #ifdef USE_MPI
  30         int MPISend(int); //just sends gapOpen, gapExtend, match and mismatch
  31         int MPIRecv(int);
  32         #endif
  33
  34 private:
  35         string dbFileName;
  36         string queryFileName;
  37         string blastFileName;
  38         string path;
  39
  40         int count;
  41         float gapOpen;
  42         float gapExtend;
  43         float match;
  44         float misMatch;
  45         GlobalData* globaldata;
  46 };
  47
  48 #endif