blastdb.hpp

   1 #ifndef BLASTDB_HPP
   2 #define BLASTDB_HPP
   3
   4
   5 /*
   6  *  blastdb.hpp
   7  *
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 12/22/08.
  10  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16
  17 class BlastDB : public Database {
  18 public:
  19         BlastDB(string, float, float, float, float);
  20         ~BlastDB();
  21         Sequence findClosestSequence(Sequence*);
  22
  23 private:
  24         string dbFileName;
  25         string queryFileName;
  26         string blastFileName;
  27         string path;
  28
  29         float gapOpen;
  30         float gapExtend;
  31         float match;
  32         float misMatch;
  33         Sequence emptySequence;
  34         GlobalData* globaldata;
  35 };
  36
  37 #endif