emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  36     (setq package-enable-at-startup nil)
  37     (setq package--init-file-ensured t)
  38     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  39     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  40                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  41                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  42     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  43   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  44     (eval-when-compile
  45       (package-initialize)
  46       (unless (package-installed-p 'use-package)
  47         (package-refresh-contents)
  48         (package-install 'use-package))
  49       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  50         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  51         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  52         (nreverse (apply #'nconc
  53                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  54                  (mapcar #'(lambda (path)
  55                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  56                          (list path)
  57                        nil))
  58                      load-path))))))
  59
  60   ;;; fix up info paths for packages
  61   (with-eval-after-load "info"
  62     (info-initialize)
  63     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  64       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  65         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  66                     (not (file-directory-p fdir))
  67                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  68           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  69
  70
  71   (eval-when-compile
  72     (require 'use-package))
  73   (require 'diminish)
  74   (require 'bind-key)
  75 #+END_SRC
  76 ** Paradox
  77 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  78   (use-package paradox
  79     :ensure paradox
  80     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  81     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  82     )
  83 #+END_SRC
  84 * Add library paths
  85
  86 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  87   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  88   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  89 #+END_SRC
  90 * Disable custom-vars
  91 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  92   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  93   (setq custom-file "/dev/null")
  94 #+END_SRC
  95 * Misc functions
  96 ** with-library
  97 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  98 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
  99 ;; execute conditional code when loading libraries
 100 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 101   `(when (require ,symbol nil t)
 102      ,@body))
 103 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 104 #+END_SRC
 105
 106 * Variables
 107 ** Safe Local Variables
 108 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 109   (setq safe-local-variable-values
 110         (quote ((auto-save-default)
 111                 (make-backup-files)
 112                 (cperl-indent-level . 4)
 113                 (indent-level . 4)
 114                 (indent-tabs-mode . f)
 115                 )))
 116 #+END_SRC
 117 * Memory
 118 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 119   (setq global-mark-ring-max 128
 120         mark-ring-max 128
 121         kill-ring-max 128)
 122
 123   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 124     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 125
 126   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 127     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 128
 129   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 130   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 131 #+END_SRC
 132 * Modules
 133 ** Hippie Expand
 134 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 135   (use-package hippie-exp
 136     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 137     )
 138 #+END_SRC
 139 ** Flyspell 🐝
 140 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 141   (use-package flyspell
 142     :ensure t
 143     :diminish flyspell-mode 🐝
 144     :config
 145     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 146     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 147     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 148     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 149     :init
 150     (setq ispell-program-name "ispell")
 151     )
 152
 153 #+END_SRC
 154 ** Flymake
 155 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 156   (use-package flymake
 157     :diminish "Φ")
 158 #+end_src
 159
 160 ** Winnermode
 161 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 162   (winner-mode 1)
 163 #+END_SRC
 164 ** Eyebrowse
 165
 166 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 167   (use-package eyebrowse
 168     :ensure t
 169     :diminish eyebrowse-mode
 170     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 171     :config (progn
 172               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 173               (eyebrowse-mode t)
 174
 175               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 176                 (interactive)
 177                 (let ((done nil))
 178                   (dotimes (i 10)
 179                     ;; start at 1 run till 0
 180                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 181                       (when (and (not done)
 182                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 183                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 184                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 185                         (setq done t)
 186                         ))
 187                     )))
 188
 189               ;; I don't use latex-preview-pane
 190               ;; (require 'latex-preview-pane)
 191               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 192               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 193               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 194               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 195               ;;   ;; edit the TeX file.
 196               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 197               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 198
 199               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 200               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 201
 202               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 203               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 204               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 205               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 206               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 207               )
 208     )
 209 #+END_SRC
 210
 211 ** Window handling
 212
 213 *** Splitting
 214 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 215   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 216     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 217     (interactive)
 218     (split-window-vertically)
 219     (other-window 1 nil)
 220     (switch-to-next-buffer))
 221
 222   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 223     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 224     (interactive)
 225     (split-window-horizontally)
 226     (other-window 1 nil)
 227     (switch-to-next-buffer))
 228
 229   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 230   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 231
 232   (setq split-width-threshold  100)
 233   (setq split-height-threshold 60)
 234
 235   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 236     "If there's only one window (excluding any possibly active
 237            minibuffer), then split the current window horizontally."
 238     (if (and (one-window-p t)
 239              (not (active-minibuffer-window))
 240              ( < (frame-width) (frame-height))
 241              )
 242         (let ((split-width-threshold nil))
 243           (split-window-sensibly window))
 244       (split-window-sensibly window)))
 245
 246   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 247   (setq window-combination-resize t)
 248 #+END_SRC
 249
 250 *** Compilation window
 251
 252 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 253 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 254 the former case, if there was no error the window closes
 255 automatically.
 256
 257 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 258   (add-to-list 'display-buffer-alist
 259                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 260                  (display-buffer-reuse-window
 261                   display-buffer-in-side-window)
 262                  (reusable-frames . visible)
 263                  (side            . bottom)
 264                  (window-height   . 0.4)))
 265 #+END_SRC
 266
 267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 268   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 269     ;; If M-x compile exists with a 0
 270     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 271       ;; and delete the *compilation* window
 272       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 273         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 274                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 275                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 276           (delete-window compilation-window))))
 277     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 278     (cons msg code))
 279
 280   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 281   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 282 #+END_SRC
 283
 284 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 285 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 286 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 287 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 288 value, scrolling continues until there is no more output.
 289
 290 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 291   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 292 #+END_SRC
 293
 294 ** Mode line cleaning
 295 *** Diminish
 296 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 297   (use-package diminish
 298     :ensure t)
 299 #+END_SRC
 300
 301 *** Delight
 302 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 303   (use-package delight
 304     :ensure t)
 305 #+END_SRC
 306
 307 ** Jumping
 308 *** Avy
 309 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 310   (use-package avy
 311     :ensure t
 312     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 313            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 314            ("M-g g" . avy-goto-line))
 315     :config (progn (setq avy-background t))
 316     )
 317 #+END_SRC
 318 *** Ace-link (jumping to links)
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 320   (use-package ace-link
 321     :ensure t
 322     ; bind o in most modes
 323     :config (ace-link-setup-default))
 324 #+END_SRC
 325 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 326 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 327   (use-package goto-chg
 328     :ensure t
 329     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 330            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 331     )
 332 #+END_SRC
 333 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 334 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 335   (use-package bm
 336     :ensure t
 337     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 338            ("C-c j b ," . bm-previous)
 339            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 340 #+END_SRC
 341
 342 ** Snippets
 343 *** Yasnippet
 344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 345   (use-package yasnippet
 346     :ensure t
 347     :diminish yas-minor-mode
 348     :config (progn
 349               (yas-global-mode)
 350               (setq yas-verbosity 1)
 351               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 352               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 353               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 354               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 355                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 356               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 357                                'yas-hippie-try-expand)
 358               (yas-reload-all)
 359               )
 360     )
 361 #+END_SRC
 362 *** Auto-YASnippet
 363 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 364   (use-package auto-yasnippet
 365     :ensure t
 366     :bind (("H-w" . aya-create)
 367            ("H-y" . aya-expand)
 368            )
 369     )
 370 #+END_SRC
 371 ** Company
 372 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 373   (use-package company
 374     :ensure t
 375     :bind (("M-/" . company-complete))
 376     :config
 377     (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 378           company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 379           company-selection-wrap-around t
 380           company-require-match nil
 381           company-dabbrev-ignore-case t
 382           company-dabbrev-ignore-invisible t
 383           company-dabbrev-other-buffers t
 384           company-dabbrev-downcase nil
 385           company-dabbrev-code-everywhere t
 386           company-tooltip-align-annotations t
 387           company-minimum-prefix-length 1
 388           company-global-modes '(not)
 389           company-lighter-base "(C)")
 390     (global-company-mode 1)
 391
 392     (bind-key "C-n"   #'company-select-next company-active-map)
 393     (bind-key "C-p"   #'company-select-previous company-active-map)
 394     ; (bind-key "<tab>" #'company-complete company-active-map)
 395     (bind-key "M-?"   #'company-show-doc-buffer company-active-map)
 396     (bind-key "M-."   #'company-show-location company-active-map)
 397     (bind-key "M-/"   #'company-complete-common org-mode-map)
 398     )
 399 #+END_SRC
 400 *** C/C++
 401 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 402   (use-package company-c-headers
 403     :ensure t
 404     :config (progn
 405               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 406                 "Return the system include path for the current buffer."
 407                 (when ede-object
 408                   (ede-system-include-path ede-object)))
 409
 410               (setq company-c-headers-path-system
 411                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 412
 413               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 414 #+END_SRC
 415 *** Python
 416 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 417 (use-package company-anaconda
 418   :ensure t
 419   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 420 #+END_SRC
 421 *** Perl
 422 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 423   (use-package company-plsense
 424     :ensure t
 425     )
 426 #+END_SRC
 427 *** LaTeX
 428 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 429   (use-package company-math
 430     :ensure t)
 431 #+END_SRC
 432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 433   (use-package company-auctex
 434     :ensure t
 435     :config (progn
 436               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 437                 "company-auctex-labels backend"
 438                 (interactive (list 'interactive))
 439                 (case command
 440                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 441                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 442                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 443
 444               (add-to-list 'company-backends
 445                            '(company-auctex-macros
 446                              company-auctex-environments
 447                              company-math-symbols-unicode
 448                              company-math-symbols-latex))
 449
 450               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 451               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 452               )
 453     )
 454 #+END_SRC
 455 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 456   (use-package company-bibtex
 457     :ensure t
 458     )
 459 #+END_SRC
 460 *** Shell
 461
 462  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 463    (use-package company-shell
 464      :ensure t
 465      :config (progn
 466                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 467                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 468  #+END_SRC
 469
 470 *** YaSnippet
 471
 472  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 473
 474  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 475
 476  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 477    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 478      "Enable yasnippet for all backends.")
 479
 480    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 481      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 482              (and (listp backend)
 483                   (member 'company-yasnippet backend)))
 484          backend
 485        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 486                '(:with company-yasnippet))))
 487
 488    (setq company-backends
 489          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 490  #+END_SRC
 491
 492 *** All the words
 493
 494  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 495
 496  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 497    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 498      (interactive)
 499      (cond
 500       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 501        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 502        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 503        (message "company-ispell disabled"))
 504       (t
 505        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 506        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 507        (message "company-ispell enabled!"))))
 508
 509    (defun malb/company-ispell-setup ()
 510      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 511      (when (boundp 'company-backends)
 512        (make-local-variable 'company-backends)
 513        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 514        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 515        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 516        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 517                 ispell-alternate-dictionary)
 518            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 519  #+END_SRC
 520
 521 *** Tab DWIM
 522
 523  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 524
 525  2. This function then hopefully does what I want:
 526
 527     a. if a region is active, just indent
 528     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 529     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 530     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 531
 532  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 533
 534 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 535   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 536     (interactive "P")
 537     (cond
 538      ;; if a region is active, indent
 539      ((use-region-p)
 540       (indent-region (region-beginning)
 541                      (region-end)))
 542      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 543      ((and (not (active-minibuffer-window))
 544            (or (looking-at " ")
 545                (looking-at "$"))
 546            (looking-back "[^[:space:]]")
 547            (not (looking-back "^")))
 548
 549       (cond (company-mode (company-complete-common))
 550             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 551
 552      ;; no whitespace anywhere
 553      ((and (not (active-minibuffer-window))
 554            (looking-at "[^[:space:]]")
 555            (looking-back "[^[:space:]]")
 556            (not (looking-back "^")))
 557       (cond
 558        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 559         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 560        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 561         (save-excursion (outline-cycle)))))
 562
 563      ;; by default just call whatever was bound
 564      (t
 565       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 566                     'indent-for-tab-command)))
 567         (if (not (called-interactively-p 'any))
 568             (fn arg)
 569           (setq this-command fn)
 570           (call-interactively fn))))))
 571
 572   (defun malb/toggle-fold ()
 573     (interactive)
 574     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 575            (org-force-cycle-archived))
 576           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 577            (save-excursion
 578              (end-of-line)
 579              (hs-toggle-hiding)))
 580
 581           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 582            (save-excursion
 583              (outline-cycle)))))
 584
 585   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 586   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 587 #+END_SRC
 588 ** Tinyprocmail
 589
 590 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 591   ;; load tinyprocmail
 592   (use-package tinyprocmail
 593     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 594     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 595     )
 596 #+END_SRC
 597
 598 ** Magit
 599 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 600   (use-package magit
 601     :ensure t
 602     :bind (("C-x g" . magit-status)
 603            ("C-x C-g" . magit-status))
 604     :config
 605     ;; refine diffs always (hilight words)
 606     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 607     )
 608   (use-package magit-annex
 609     :ensure t
 610     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 611     )
 612   (use-package magit-vcsh
 613     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 614     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 615     )
 616 #+END_SRC
 617
 618 ** Perl
 619 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 620   (use-package cperl-mode
 621     :config
 622     (progn
 623       ;; Use c-mode for perl .xs files
 624       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 625       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 626       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 627       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 628       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 629       (setq cperl-hairy t
 630             cperl-indent-level 4
 631             cperl-auto-newline nil
 632             cperl-auto-newline-after-colon nil
 633             cperl-continued-statement-offset 4
 634             cperl-brace-offset -1
 635             cperl-continued-brace-offset 0
 636             cperl-label-offset -4
 637             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 638             cperl-electric-lbrace-space nil
 639             cperl-indent-parens-as-block nil
 640             cperl-close-paren-offset -1
 641             cperl-tab-always-indent t)
 642       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 643   ))
 644 #+END_SRC
 645
 646 ** Markdown mode
 647 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 648   (use-package markdown-mode
 649     :ensure t
 650     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 651            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 652            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 653            )
 654     :config
 655     (setq markdown-enable-math t)
 656     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 657     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 658     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 659     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 660     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 661   )
 662
 663 #+END_SRC
 664 ** SQL mode
 665 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 666   ; load sql-indent when sql is loaded
 667 (use-package sql
 668   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 669   :config
 670   (require sql-indent))
 671 #+END_SRC
 672 ** Ediff
 673 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 674   (use-package ediff
 675     :commands ediff ediff3
 676     :ensure f
 677     :config
 678     ;; ediff configuration
 679     ;; don't use the multi-window configuration
 680     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 681   )
 682 #+END_SRC
 683 ** VCL --editing varnish configuration files
 684 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 685   (use-package vcl-mode
 686     :ensure t
 687     :mode "\\.vcl\\'"
 688     )
 689
 690 #+END_SRC
 691 ** Helm
 692 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 693   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 694     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 695     (interactive)
 696     (unless helm-source-buffers-list
 697       (setq helm-source-buffers-list
 698             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 699     (helm-other-buffer
 700      (append
 701
 702      (if (projectile-project-p)
 703           '(helm-source-projectile-buffers-list
 704             helm-source-buffers-list)
 705         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 706
 707       `(((name . "Virtual Workspace")
 708          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 709                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 710          (action . (lambda (candidate)
 711                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 712
 713       (if (projectile-project-p)
 714           '(helm-source-projectile-recentf-list
 715             helm-source-recentf)
 716         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 717
 718       ;; always make some common files easily accessible
 719       ;;'(((name . "Common Files")
 720        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 721         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 722
 723       '(helm-source-files-in-current-dir
 724         helm-source-locate
 725         helm-source-bookmarks
 726         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 727         ))
 728      "*Helm all the things*"))
 729   (use-package helm
 730     :ensure helm
 731     :diminish helm-mode
 732     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 733            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 734            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 735            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 736            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 737     :config
 738     (require 'helm-config)
 739     (require 'helm-for-files)
 740     (require 'helm-bookmark)
 741
 742     (helm-mode 1)
 743     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 744     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 745     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 746     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 747     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 748       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 749       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 750     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 751   )
 752 #+END_SRC
 753 *** Helm Flx
 754
 755  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 756
 757  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 758  (use-package helm-flx
 759    :ensure t
 760    :config (progn
 761              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 762              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 763                    helm-bookmark-show-location           t
 764                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 765                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 766                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 767                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 768                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 769                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 770                    helm-quick-update                     t
 771                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 772                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 773              (helm-flx-mode +1)))
 774  #+END_SRC
 775 *** Helm Swoop
 776 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 777
 778   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 779   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 780     (thing-at-point 'symbol))
 781     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 782     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 783           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 784           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 785           ein:notebook-multilang-mode))
 786
 787     (defun malb/swoop-or-search ()
 788       (interactive)
 789       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 790               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 791           (isearch-forward)
 792         (helm-swoop)))
 793
 794     (use-package helm-swoop
 795       :ensure t
 796       :commands helm-swoop
 797       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 798              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 799              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 800       :config (progn
 801
 802                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 803                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 804                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 805                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 806                       helm-swoop-speed-or-color t)
 807
 808                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 809                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 810                   (interactive)
 811                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 812                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 813                           (previous-history-element 1)
 814                         (helm-next-line))
 815                     (helm-next-line)))
 816
 817                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 818                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 819                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 820                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 821                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 822                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 823       )
 824
 825 #+END_SRC
 826 *** Helm Ag
 827 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 828 (use-package helm-ag
 829   :ensure t
 830   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 831                 helm-ag-command-option "--all-text"
 832                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 833                 helm-ag-fuzzy-match t
 834                 helm-ag-use-temp-buffer t
 835                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 836                 helm-ag-use-agignore t))
 837 #+END_SRC
 838 *** Helm Descbinds
 839 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 840   (use-package helm-descbinds
 841     :ensure t
 842     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 843     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 844 #+END_SRC
 845
 846 *** Helm YaSnippet
 847 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 848   (use-package helm-c-yasnippet
 849     :ensure t
 850     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 851     :config (progn
 852               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 853 #+END_SRC
 854 *** Helm Org Rifle
 855 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 856   (use-package helm-org-rifle
 857     :ensure t
 858     :config (progn
 859               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 860                 (interactive "p")
 861                 (let ((current-prefix-arg nil))
 862                   (cond
 863                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 864                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 865                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 866 #+END_SRC
 867 *** Helm Google
 868 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 869 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 870   (use-package helm-google
 871     :ensure t
 872     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 873     :config
 874     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 875                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 876                                          (let ((url
 877                                                 (replace-regexp-in-string
 878                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 879                                                  "\\1" candidate)))
 880                                            (kill-new url))))
 881                         t
 882                         )
 883
 884            (add-to-list 'helm-google-actions
 885                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 886                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 887                                                      (url
 888                                                       (replace-regexp-in-string
 889                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 890                                                        "\\1" candidate)))
 891                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 892                         t)
 893            ))
 894 #+END_SRC
 895
 896 ** Projectile -- Project management
 897 #+begin_src emacs-lisp
 898   (use-package projectile
 899     :ensure t
 900     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 901            ("<f6>" . next-error))
 902     :config (progn
 903               (use-package magit :ensure t)
 904               (require 'helm-projectile)
 905               (helm-projectile-on)
 906
 907               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 908                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 909                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 910
 911               (projectile-global-mode)))
 912 #+end_src
 913
 914 *** helm integration
 915 #+begin_src emacs-lisp
 916   (use-package helm-projectile
 917     :ensure t
 918     :config (progn
 919               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 920                 (helm-build-dummy-source
 921                     "Create file"
 922                   :action 'find-file))
 923
 924               (add-to-list
 925                'helm-projectile-sources-list
 926                malb/helm-source-file-not-found t)
 927
 928               (helm-delete-action-from-source
 929                "Grep in projects `C-s'"
 930                helm-source-projectile-projects)
 931
 932               (helm-add-action-to-source
 933                "Grep in projects `C-s'"
 934                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 935 #+end_src
 936 ** Zap to char
 937 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 938   (use-package avy-zap
 939     :ensure t
 940     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 941 #+END_SRC
 942 ** Hydra
 943 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 944   (use-package hydra
 945     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 946            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 947            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 948            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 949            )
 950     :config
 951     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 952     "
 953   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 954   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 955   _p_: read papers      _R_: paper notes
 956   _h_: hpcbio
 957   _q_: quit
 958   _z_: quit
 959   "
 960     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 961     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 962     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 963     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 964     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 965     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 966     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 967     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 968     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 969     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 970     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 971     ("q" nil "quit")
 972     ("z" nil "quit")
 973     )
 974
 975     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 976     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 977     "
 978   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 979   ^^^^^^------------------------------------------------------
 980   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 981   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 982   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
 983   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
 984   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
 985   _d_: subtree
 986
 987   "
 988     ;; Hide
 989     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 990     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 991     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
 992     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
 993     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 994     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 995     ;; Show
 996     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
 997     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
 998     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 999     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1000     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1001     ;; Move
1002     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1003     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1004     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1005     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1006     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1007     ("z" nil "leave"))
1008   )
1009 #+END_SRC
1010
1011 ** Tramp
1012 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1013   (use-package tramp
1014     :config
1015     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1016                                   (tramp-login-program "vcsh")
1017                                   (tramp-login-args
1018                                    (("enter")
1019                                     ("%h")))
1020                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1021                                   (tramp-remote-shell-args
1022                                    ("-c")))))
1023 #+END_SRC
1024 ** Reftex
1025 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1026   (use-package reftex
1027     :ensure t
1028     :config
1029     (setq-default reftex-default-bibliography
1030                     '("~/projects/research/references.bib")))
1031 #+END_SRC
1032 ** BibTex
1033 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1034   (use-package bibtex
1035     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1036                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1037                           ("abstract" "")
1038                   ("pmid" "")
1039                   ("doi" ""))))
1040     )
1041
1042 #+END_SRC
1043 ** LaTeX
1044 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1045   (use-package tex
1046     :defer t
1047     :ensure auctex
1048     :config
1049     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1050     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1051     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1052     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1053     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1054     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1055     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1056     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1057     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1058     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1059     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1060
1061     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1062     ;; support fake section headers
1063     (setq TeX-outline-extra
1064           '(("%chapter" 1)
1065             ("%section" 2)
1066             ("%subsection" 3)
1067             ("%subsubsection" 4)
1068             ("%paragraph" 5)))
1069     ;; add font locking to the headers
1070     (font-lock-add-keywords
1071      'latex-mode
1072      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1073         0 'font-lock-keyword-face t)
1074        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1075        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1076        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1077        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1078        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1079
1080     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1081     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1082     (setq TeX-open-quote "“")
1083     (setq TeX-close-quote "”")
1084
1085     ;; (TeX-add-style-hook
1086     ;;  "latex"
1087     ;;  (lambda ()
1088     ;;    (TeX-add-symbols
1089     ;;     '("DLA" 1))))
1090     ;; (custom-set-variables
1091     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1092     ;;    '(("fixme"
1093     ;;       ("DLA" "RZ")
1094     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1095     ;; )
1096     (setq-default TeX-parse-self t)
1097     (setq-default TeX-auto-save t)
1098     (setq-default TeX-master nil)
1099     (eval-after-load
1100         "latex"
1101       '(TeX-add-style-hook
1102         "cleveref"
1103         (lambda ()
1104           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1105               (add-to-list
1106                'reftex-ref-style-alist
1107                '("Cleveref" "cleveref"
1108                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1109           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1110           (TeX-add-symbols
1111            '("cref" TeX-arg-ref)
1112            '("Cref" TeX-arg-ref)
1113            '("cpageref" TeX-arg-ref)
1114            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1115     (eval-after-load
1116         "latex"
1117       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1118                     '("Sexpr")))
1119
1120     (use-package font-latex
1121       :config
1122       (setq font-latex-match-reference-keywords
1123             '(
1124               ("fref" "{")
1125               ("Fref" "{")
1126               ("citep" "{")
1127               ("citet" "{")
1128               ("acs" "{")
1129               ("acsp" "{")
1130               ("ac" "{")
1131               ("acp" "{")
1132               ("acl" "{")
1133               ("aclp" "{")
1134               ("acsu" "{")
1135               ("aclu" "{")
1136               ("acused" "{")
1137               ("DLA" "{")
1138               ("RZ" "{")
1139               ("OM" "{")
1140               ("DL" "{")
1141               ("fixme" "{"))
1142             )
1143       )
1144     (setq font-latex-fontify-script nil)
1145     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1146     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1147   )
1148
1149 #+END_SRC
1150 ** ESS
1151 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1152   (use-package ess
1153     :ensure t
1154     :commands R
1155     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1156     :bind (:map ess-mode-map
1157                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1158     :init
1159     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1160     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1161     :config
1162     ; actually load the rest of ess
1163     (require 'ess-site)
1164     (defun ess-change-directory (path)
1165       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1166       (interactive "Directory to change to: ")
1167
1168       (when (file-exists-p path)
1169         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1170         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1171         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1172     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1173     ;; outlining support for ess modes
1174     (add-hook
1175      'ess-mode-hook
1176      '(lambda ()
1177         (outline-minor-mode)
1178         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1179         (defun outline-level ()
1180           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1181                 ((looking-at "^#### ") 2)
1182                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1183                 (t 1000)))
1184         ))
1185     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1186       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1187       (interactive "r")
1188       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1189       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1190     ;; Don't restore history or save workspace image
1191     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1192     )
1193 #+END_SRC
1194
1195 ** Rainbowmode
1196 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1197
1198 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1199   (use-package rainbow-mode
1200     ;; add ess to the x major mode
1201     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1202     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1203   )
1204 #+END_SRC
1205
1206 ** Polymode
1207 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1208   (use-package polymode
1209     :config
1210     (use-package poly-R)
1211     (use-package poly-noweb)
1212     (use-package poly-markdown)
1213     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1214     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1215     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1216     )
1217 #+END_SRC
1218
1219 ** Outlining
1220 *** Outline magic
1221 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1222   (use-package outline-magic)
1223 #+END_SRC
1224 *** Outline mode
1225 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1226 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1227 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1228 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1229 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1230 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1231
1232 #+END_SRC
1233 ** Writeroom Mode
1234 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1235   (use-package writeroom-mode
1236     :config
1237     (defun my/writing-mode ()
1238       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1239       (interactive)
1240       (if writeroom-mode
1241           (progn
1242             (writeroom-mode -1)
1243             (visual-line-mode -1)
1244             (auto-fill-mode -1)
1245             (visual-fill-column-mode -1)
1246             )
1247         (visual-line-mode 1)
1248         (auto-fill-mode 1)
1249         (visual-fill-column-mode 1)
1250         (writeroom-mode 1))
1251       )
1252     )
1253 #+END_SRC
1254 ** GhostText/Atomic Chrome
1255 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1256   (use-package atomic-chrome
1257     :config
1258     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1259     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1260     )
1261 #+END_SRC
1262 ** Multiple Cursors
1263    :PROPERTIES:
1264    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1265    :END:
1266 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1268   (use-package multiple-cursors
1269     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1270             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1271             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1272             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1273     )
1274 #+END_SRC
1275 ** Web Mode
1276 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1277   (use-package web-mode
1278     :config
1279     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1280     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1281     (setq web-mode-engines-alist
1282           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1283     )
1284 #+END_SRC
1285 ** Spamassassin Mode
1286 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1287   (use-package spamassassin-mode
1288     :commands spamassassin-mode
1289     :ensure f
1290     )
1291 #+END_SRC
1292 ** Password Store
1293 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1294   (use-package password-store
1295     :ensure f
1296     :commands password-store-edit password-store-generate
1297     )
1298 #+END_SRC
1299 ** CSS mode
1300 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1301   (use-package css
1302     :mode "\\.css'"
1303     :config
1304     ;; fix up css mode to not be silly
1305     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1306     (setq cssm-indent-level 4)
1307     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1308     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1309     (setq cssm-mirror-mode nil))
1310 #+END_SRC
1311 ** Abbrev Mode
1312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1313   (use-package abbrev
1314     :diminish abbrev-mode
1315     :config
1316     ;; load abbreviations from
1317     (setq abbrev-file-name
1318           "~/.emacs_abbrev_def")
1319
1320     ;; read the abbrev file if it exists
1321     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1322         (quietly-read-abbrev-file))
1323
1324     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1325     (setq default-abbrev-mode t))
1326 #+END_SRC
1327
1328 * Email
1329 ** Mutt
1330 *** Message-mode
1331 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1332   (use-package message
1333     :ensure f
1334     :diminish (message "✉")
1335     :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1336     :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1337     :hook 'my/message-mode-settings
1338     :hook 'turn-on-flyspell
1339     :bind (:map message-mode-map
1340         ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1341     :delight (message-mode "✉")
1342     :config
1343     (defun my/message-mode-settings ()
1344       (font-lock-add-keywords nil
1345                   '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1346                  (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1347                 ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1348                  (0 'message-double-quoted-text-face))))
1349       )
1350
1351     (defun my/post-attach-file ()
1352       "Prompt for an attachment."
1353       (interactive)
1354       (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1355         (my/header-attach-file file "")))
1356
1357     (defun my/header-attach-file (file description)
1358       "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1359     Argument DESCRIPTION MIME description."
1360       (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1361       (when (> (length file) 0)
1362     (save-excursion
1363       (save-match-data
1364         (save-restriction
1365           (widen)
1366           (goto-char (point-min))
1367           (search-forward-regexp "^$")
1368           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1369                   description "\n"))
1370           (message (concat "Attached '" file "'."))
1371           (setq post-has-attachment t))))))
1372
1373     (setq mail-yank-prefix "> ")
1374   )
1375 #+END_SRC
1376 *** Muttrc mode
1377 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1378   (use-package muttrc-mode
1379     :mode "muttngrc"
1380     :mode "muttrc"
1381   )
1382
1383 #+END_SRC
1384 * Base emacs
1385 ** Reverting buffers
1386 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1387   (use-package autorevert
1388     :diminish auto-revert-mode
1389     :config
1390     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1391           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1392           auto-revert-verbose nil)
1393     (global-auto-revert-mode 1))
1394 #+END_SRC
1395 * Org Mode
1396 ** Use-package and load things
1397 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1398
1399   (use-package org
1400     :delight (org-mode "ø")
1401     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1402     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1403            ("C-c a"  . org-agenda)
1404            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1405 #+END_SRC
1406 ** Agenda Configuration
1407 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1408   :config
1409   (setq-default org-log-done 'time)
1410   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1411
1412   (setq org-agenda-sticky t)
1413   (defun dla/show-org-agenda ()
1414     (interactive)
1415     (let (agendabuffer
1416           '(delq nil
1417                 (mapcar (lambda (x)
1418                           (and (string-match-p
1419                                 "\*Org Agenda.*\*"
1420                                 (buffer-name x))
1421                                x)
1422                           )
1423                         (buffer-list))))
1424       (if agendabuffer
1425           (switch-to-buffer
1426            (buffer-name agendabuffer))
1427         (org-agenda-list)))
1428       (delete-other-windows))
1429
1430   ;; agenda configuration
1431   ;; Do not dim blocked tasks
1432   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1433   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1434   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1435
1436   ;; Compact the block agenda view
1437   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1438
1439   ;; Custom agenda command definitions
1440   (setq org-agenda-custom-commands
1441         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1442                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1443                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1444                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1445                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1446                   (org-agenda-sorting-strategy
1447                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1448                 (" " "Agenda"
1449                  ((agenda "" nil)
1450                   (tags "REFILE"
1451                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1452                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1453                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1454                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1455                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1456                               (org-agenda-sorting-strategy
1457                                '(category-keep))))
1458                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1459                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1460                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1461                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1462                               (org-agenda-sorting-strategy
1463                                '(category-keep))))
1464                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1465                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1466                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1467                                                                         ""
1468                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1469                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1470                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1471                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1472                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1473                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1474                               (org-agenda-sorting-strategy
1475                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1476                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1477                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1478                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1479                                                                         ""
1480                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1481                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1482                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1483                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1484                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1485                               (org-agenda-sorting-strategy
1486                                '(category-keep))))
1487                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1488                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1489                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1490                                                                         ""
1491                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1492                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1493                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1494                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1495                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1496                               (org-agenda-sorting-strategy
1497                                '(category-keep))))
1498                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1499                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1500                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1501                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1502                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1503                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1504                   (tags "-REFILE/"
1505                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1506                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1507                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1508                  nil))))
1509
1510   ; org mode agenda files
1511   (setq org-agenda-files
1512         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1513             "~/projects/org-notes/notes.org"
1514             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1515             "~/projects/org-notes/refile.org"
1516             "~/projects/org-notes/diary.org"
1517             "~/projects/org-notes/ool.org"
1518             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1519             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1520             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1521             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1522             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1523             "~/projects/org-notes/laurel.org"
1524             "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
1525             "~/org-mode/from-mobile.org"
1526             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1527
1528   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1529   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1530   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1531   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1532   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1533   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1534   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1535   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1536   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1537   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1538   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1539     (interactive "P")
1540     (with-temp-buffer
1541       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1542         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1543         (goto-char (point-max))
1544         (newline))
1545       (write-file "/tmp/timeline.org")
1546       (org-agenda arg "L")))
1547   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1548
1549 #+END_SRC
1550 ** General config
1551 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1552   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1553   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1554
1555   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1556   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1557 #+END_SRC
1558 ** Capture Templates
1559 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1560   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1561         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1562            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1563           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1564            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1565           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1566            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1567           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1568            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1569           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1570            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1571           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1572            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1573           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1574            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1575           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1576            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1577           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1578            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1579           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1580            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1581           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1582            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1583            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1584                                        "Jobs"
1585                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1586            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1587           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1588            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1589           )
1590         )
1591
1592   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1593   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1594     (interactive)
1595     (save-excursion
1596       (beginning-of-line 0)
1597       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1598
1599   (defun my/org-add-id ()
1600     (interactive)
1601     (save-excursion
1602       (if (org-current-level)
1603           ()
1604         (forward-char 1)
1605         )
1606       (org-id-get-create)
1607       )
1608   )
1609
1610 #+END_SRC
1611 ** Org mode key bindings
1612 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1613   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1614   ;; Custom Key Bindings
1615   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1616           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1617           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1618           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1619           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1620           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1621           ("<S-f5>" . bh/widen)
1622           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1623           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1624           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1625           ("<f9> b" . bbdb)
1626           ("<f9> c" . calendar)
1627           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1628           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1629           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1630           ("<f9> w" . widen)
1631
1632           ("<f9> r" . boxquote-region)
1633           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1634
1635           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1636           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1637
1638           ("<f9> v" . visible-mode)
1639           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1640           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1641           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1642           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1643           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1644           ("C-<f10>" . next-buffer)
1645           ("<f11>" . org-clock-goto)
1646           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1647           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1648           ("C-c c" . org-capture))
1649   :config
1650 #+END_SRC
1651 ** Utility Functions
1652 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1653   (defun bh/hide-other ()
1654     (interactive)
1655     (save-excursion
1656       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1657       (hide-other)
1658       (org-cycle)
1659       (org-cycle)
1660       (org-cycle)))
1661
1662   (defun bh/set-truncate-lines ()
1663     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1664     (interactive)
1665     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1666     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1667     (save-excursion
1668       (set-window-start (selected-window)
1669                         (window-start (selected-window)))))
1670
1671   (defun bh/switch-to-scratch ()
1672     (interactive)
1673     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1674
1675   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1676   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1677
1678   ; create function to create headlines in file. This comes from
1679   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1680   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1681     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1682   do not already have one."
1683     (interactive)
1684     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1685   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1686     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1687   (or narrowed region)."
1688     (interactive)
1689     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1690   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1691   ; (add-hook 'org-mode-hook
1692   ;           (lambda ()
1693   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1694 #+END_SRC
1695 ** Keywords (TODO)
1696 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1697   (setq org-todo-keywords
1698         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1699                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1700
1701   (setq org-todo-keyword-faces
1702         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1703                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1704                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1705                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1706                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1707                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1708                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1709                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1710
1711   (setq org-todo-state-tags-triggers
1712         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1713                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1714                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1715                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1716                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1717                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1718                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1719
1720
1721
1722   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1723   ; add ids on creation of nodes
1724   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1725
1726
1727   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1728   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1729   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1730
1731   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1732   ; use C-M-r for org mode capture
1733   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1734
1735   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1736   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1737                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1738
1739   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1740   (setq org-refile-use-outline-path t)
1741
1742   ; Targets complete directly with IDO
1743   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1744
1745   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1746   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1747
1748   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1749   ; (setq org-completion-use-ido t)
1750   ; (setq ido-everywhere t)
1751   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1752   ; (ido-mode (quote both))
1753   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1754   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1755   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1756   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1757   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1758
1759
1760   ;;;; Refile settings
1761   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1762   (defun bh/verify-refile-target ()
1763     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1764     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1765
1766   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1767
1768   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1769   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1770   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1771   (require 'org-protocol)
1772   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1773   (setq my-org-protocol-flag nil)
1774   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1775     "Delete frame at remember finalization"
1776     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1777            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1778   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1779     "Delete frame at remember refile"
1780     (if my-org-protocol-flag
1781         (progn
1782           (setq my-org-protocol-flag nil)
1783           ad-do-it
1784           (delete-frame))
1785       ad-do-it)
1786     )
1787   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1788     "Delete frame at remember abort"
1789     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1790            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1791   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1792     (setq my-org-protocol-flag t))
1793
1794   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1795     (unless (org-in-item-p)
1796       (org-id-get-create)
1797       )
1798     )
1799
1800   ;; org modules
1801   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1802
1803   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1804   (defun open-mail-in-mutt (message)
1805     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1806
1807   Message can be specified either by a path pointing inside a
1808   Maildir, or by Message-ID."
1809     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1810     (shell-command
1811      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1812          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1813
1814   ;; add support for "mutt:ID" links
1815   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1816
1817   (defun my-org-mode-setup ()
1818     ; (load-library "reftex")
1819     (and (buffer-file-name)
1820          (file-exists-p (buffer-file-name))
1821          (progn
1822            ; (reftex-parse-all)
1823            (reftex-set-cite-format
1824             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1825               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1826               (?c . "\\cite{%l}")
1827               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1828            ))
1829     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1830     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1831     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1832     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1833     )
1834   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1835
1836   (defun org-mode-reftex-search ()
1837     (interactive)
1838     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1839
1840   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1841     "Open a paper by bibtex key"
1842     (interactive "bibtex key: ")
1843     (shell-command
1844      (format "%s %s"
1845          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1846   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1847   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1848     "Open a paper pdf by bibtex key"
1849     (interactive "bibtex key: ")
1850     (shell-command
1851      (format "%s -p evince_annot %s"
1852          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1853   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1854
1855   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1856                '("notes" .
1857                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1858
1859   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1860   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1861
1862   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1863   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1864                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1865
1866    ;; stolen from
1867   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1868   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1869     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1870     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1871                      (match-string 1 path)))
1872            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1873       (cond ((eq format 'latex)
1874              (if (or (not desc)
1875                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1876                  (format "\\cite{%s}" search)
1877                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1878
1879   (org-add-link-type "rtcite"
1880                      'org-bibtex-open
1881                      'my-rtcite-export-handler)
1882
1883
1884 #+END_SRC
1885 ** Org Mobile Configuration
1886 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1887   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1888   (when (string= system-name "linnode")
1889     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1890   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1891   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1892
1893 #+END_SRC
1894 ** Org iCal Support
1895 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1896   ;; org mode ical export
1897   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1898   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1899   ;; we already add the id manually
1900   (setq org-icalendar-store-UID t)
1901
1902 #+END_SRC
1903 ** General Org Babel Configuration
1904 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1905 ;; org babel support
1906 (org-babel-do-load-languages
1907  'org-babel-load-languages
1908  '((emacs-lisp . t )
1909    (R . t)
1910    (latex . t)
1911    (ditaa . t)
1912    (dot . t)
1913    ))
1914 ;; use graphviz-dot for dot things
1915 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1916 ;; do not indent begin_src blocks
1917 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
1918 ;; org-babel-by-backend
1919 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1920    `(case (if (boundp 'backend)
1921               (org-export-backend-name backend)
1922             nil) ,@body))
1923
1924 (defun my/fix-inline-images ()
1925   (when org-inline-image-overlays
1926     (org-redisplay-inline-images)))
1927
1928 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1929            'my/fix-inline-images)
1930
1931 #+END_SRC
1932 ** LaTeX configuration
1933    :PROPERTIES:
1934    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1935    :END:
1936 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1937   (require 'ox-latex)
1938   (add-to-list 'org-latex-classes
1939            '("memarticle"
1940          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1941          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1942          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1943          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1944          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1945          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1946
1947   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1948   (add-to-list 'org-latex-classes
1949            '("beamer"
1950          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1951   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1952   [PACKAGES]
1953   [EXTRA]"
1954          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1955          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1956          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1957          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1958          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1959
1960   (add-to-list 'org-latex-classes
1961            '("membook"
1962          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1963          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1964          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1965          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1966          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1967
1968   (add-to-list 'org-latex-classes
1969            '("letter"
1970          "\\documentclass[11pt]{letter}
1971   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1972   [PACKAGES]
1973   [EXTRA]"
1974      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1975          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1976          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1977          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1978          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1979
1980   (add-to-list 'org-latex-classes
1981            '("dlacv"
1982          "\\documentclass{dlacv}
1983   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1984   [NO-PACKAGES]
1985   [NO-EXTRA]"
1986          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1987          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1988          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1989          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1990          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1991
1992
1993   (add-to-list 'org-latex-classes
1994            '("dlaresume"
1995          "\\documentclass{dlaresume}
1996   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1997   [NO-PACKAGES]
1998   [NO-EXTRA]"
1999          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2000          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2001          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2002          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2003          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2004
2005
2006   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2007   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2008   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2009
2010   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2011   (setq org-latex-default-packages-alist
2012     '(("" "amsmath" t)
2013       ("" "unicode-math" t)
2014       ))
2015   (setq org-latex-packages-alist
2016     '(("" "graphicx" t)
2017       ("" "fontspec" t)
2018       ("" "xunicode" t)
2019       ("" "hyperref" t)
2020       ("" "url" t)
2021       ("" "rotating" t)
2022       ("" "longtable" nil)
2023       ("" "float" )))
2024
2025   ;; make equations larger
2026   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2027
2028   (defun org-create-formula--latex-header ()
2029     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2030     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2031              (org-export-get-backend 'latex))
2032             (org-export--get-inbuffer-options
2033              (org-export-get-backend 'latex)))))
2034       (org-latex-guess-babel-language
2035        (org-latex-guess-inputenc
2036     (org-splice-latex-header
2037      org-format-latex-header
2038      org-latex-default-packages-alist
2039      nil t
2040      (plist-get info :latex-header)))
2041        info)))
2042
2043
2044   ; support ignoring headers in org mode export to latex
2045   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2046   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2047                     (headline contents info) activate)
2048     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2049     (setq ad-return-value contents)
2050       ad-do-it))
2051
2052   ;; keep latex logfiles
2053
2054   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2055
2056   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2057   (org-clock-persistence-insinuate)
2058   ;;
2059   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2060   (setq org-clock-history-length 23)
2061   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2062   (setq org-clock-in-resume t)
2063   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2064   ;; there are things like PHONE calls
2065   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2066   ;; Separate drawers for clocking and logs
2067   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2068   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2069   (setq org-clock-into-drawer t)
2070   (setq org-log-into-drawer t)
2071   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2072   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2073   ;; Clock out when moving task to a done state
2074   (setq org-clock-out-when-done t)
2075   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2076   (setq org-clock-persist t)
2077   ;; Do not prompt to resume an active clock
2078   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2079   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2080   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2081   ;; Include current clocking task in clock reports
2082   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2083
2084   ;; the cache seems to be broken
2085   (setq org-element-use-cache nil)
2086
2087   (defvar bh/keep-clock-running nil)
2088
2089   (defun bh/is-task-p ()
2090     "Any task with a todo keyword and no subtask"
2091     (save-restriction
2092       (widen)
2093       (let ((has-subtask)
2094             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2095             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2096         (save-excursion
2097           (forward-line 1)
2098           (while (and (not has-subtask)
2099                       (< (point) subtree-end)
2100                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2101             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2102               (setq has-subtask t))))
2103         (and is-a-task (not has-subtask)))))
2104   (defun bh/is-project-p ()
2105     "Any task with a todo keyword subtask"
2106     (save-restriction
2107       (widen)
2108       (let ((has-subtask)
2109             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2110             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2111         (save-excursion
2112           (forward-line 1)
2113           (while (and (not has-subtask)
2114                       (< (point) subtree-end)
2115                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2116             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2117               (setq has-subtask t))))
2118         (and is-a-task has-subtask))))
2119
2120   (defun bh/is-subproject-p ()
2121     "Any task which is a subtask of another project"
2122     (let ((is-subproject)
2123           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2124       (save-excursion
2125         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2126           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2127             (setq is-subproject t))))
2128       (and is-a-task is-subproject)))
2129
2130
2131   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2132     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2133   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2134   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2135     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2136       (cond
2137        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2138          (bh/is-task-p))
2139     "NEXT")
2140        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2141          (bh/is-project-p))
2142     "TODO"))))
2143
2144   (defun bh/punch-in (arg)
2145     "Start continuous clocking and set the default task to the
2146   selected task.  If no task is selected set the Organization task
2147   as the default task."
2148     (interactive "p")
2149     (setq bh/keep-clock-running t)
2150     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2151     ;;
2152     ;; We're in the agenda
2153     ;;
2154     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2155            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2156       (if (and (eq arg 4) tags)
2157           (org-agenda-clock-in '(16))
2158         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2159       ;;
2160       ;; We are not in the agenda
2161       ;;
2162       (save-restriction
2163     (widen)
2164     ; Find the tags on the current task
2165     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2166         (org-clock-in '(16))
2167       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2168
2169   (defun bh/punch-out ()
2170     (interactive)
2171     (setq bh/keep-clock-running nil)
2172     (when (org-clock-is-active)
2173       (org-clock-out))
2174     (org-agenda-remove-restriction-lock))
2175
2176   (defun bh/clock-in-default-task ()
2177     (save-excursion
2178       (org-with-point-at org-clock-default-task
2179     (org-clock-in))))
2180
2181   (defun bh/clock-in-parent-task ()
2182     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2183     (let ((parent-task))
2184       (save-excursion
2185     (save-restriction
2186       (widen)
2187       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2188         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2189           (setq parent-task (point))))
2190       (if parent-task
2191           (org-with-point-at parent-task
2192         (org-clock-in))
2193         (when bh/keep-clock-running
2194           (bh/clock-in-default-task)))))))
2195
2196   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2197
2198   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2199     (interactive)
2200     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2201       (org-clock-in '(16))))
2202
2203   (defun bh/clock-out-maybe ()
2204     (when (and bh/keep-clock-running
2205            (not org-clock-clocking-in)
2206            (marker-buffer org-clock-default-task)
2207            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2208       (bh/clock-in-parent-task)))
2209
2210   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2211
2212   (require 'org-id)
2213   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2214     "Clock in a task by id"
2215     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2216       (org-clock-in nil)))
2217
2218   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2219     "Clock in the interrupted task if there is one
2220   Skip the default task and get the next one.
2221   A prefix arg forces clock in of the default task."
2222     (interactive "p")
2223     (let ((clock-in-to-task
2224        (cond
2225         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2226         ((and (org-clock-is-active)
2227           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2228          (caddr org-clock-history))
2229         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2230         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2231         (t (car org-clock-history)))))
2232       (widen)
2233       (org-with-point-at clock-in-to-task
2234     (org-clock-in nil))))
2235
2236
2237   (defun org-export-to-ods ()
2238     (interactive)
2239     (let ((csv-file "data.csv"))
2240       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2241       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2242
2243   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2244   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2245   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2246   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2247
2248   ;; support inserting screen shots
2249   (defun my/org-insert-screenshot ()
2250     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2251   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2252     (interactive)
2253     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2254     (setq my/org-insert-screenshot/filename
2255       (read-file-name
2256        "Screenshot to insert: "
2257        nil
2258        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2259        )
2260       )
2261     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2262     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2263     (org-display-inline-images))
2264
2265   (defun my/fix-inline-images ()
2266     (when org-inline-image-overlays
2267       (org-redisplay-inline-images)))
2268
2269   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2270
2271   ;; use xelatex to preview with imagemagick
2272   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2273            '(xelateximagemagick
2274         :programs ("xelatex" "convert")
2275         :description "pdf > png"
2276         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2277         :use-xcolor t
2278         :image-input-type "pdf"
2279         :image-output-type "png"
2280         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2281         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2282         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2283            )
2284   ;; use xelatex by default
2285   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2286
2287   ; from http://orgmode.org/Changes.html
2288   (defun my/org-repair-property-drawers ()
2289     "Fix properties drawers in current buffer.
2290    Ignore non Org buffers."
2291     (interactive)
2292     (when (eq major-mode 'org-mode)
2293       (org-with-wide-buffer
2294        (goto-char (point-min))
2295        (let ((case-fold-search t)
2296          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2297                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2298                      "END[ \t]*$"))))
2299      (org-map-entries
2300       (lambda ()
2301         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2302           (save-excursion
2303         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2304           (forward-line)
2305           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2306           (when (and (< (point) end)
2307                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2308                  (save-excursion
2309                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2310                     (eq (org-element-type
2311                      (save-match-data (org-element-at-point)))
2312                     'drawer))))
2313             (insert (delete-and-extract-region
2314                  (match-beginning 0)
2315                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
2316             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2317
2318 #+END_SRC
2319 ** Org-Gcal
2320 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2321   (use-package calfw
2322     :ensure f
2323     )
2324   (use-package calfw-org
2325     :ensure f
2326     )
2327   (use-package org-gcal
2328     :ensure f
2329     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2330                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2331               )
2332     )
2333 #+END_SRC
2334 ** appt integration
2335 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2336   (use-package appt
2337     :ensure f
2338     :config
2339     ;; Show notification 10 minutes before event
2340     (setq appt-message-warning-time 10)
2341     ;; Disable multiple reminders
2342     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2343     (setq appt-display-mode-line nil)
2344
2345     ;; add automatic reminders for appointments
2346     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2347       (interactive)
2348       (setq appt-time-msg-list nil)
2349       (org-agenda-to-appt))
2350     ;; add reminders when starting emacs
2351     (my/org-agenda-to-appt)
2352     ;; when rebuilding the agenda
2353     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2354       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2355       (my/org-agenda-to-appt)
2356       )
2357     ;; when saving all org buffers
2358     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2359       "Re-add appts after saving all org buffers"
2360       (my/org-agenda-to-appt))
2361     ;; Display appointments as a window manager notification
2362     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2363     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2364
2365     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2366
2367     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2368       (if (atom min-to-app)
2369       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2370     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2371       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2372                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2373       )
2374     )
2375
2376
2377 #+END_SRC
2378 ** End use-package
2379 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2380   )
2381 #+END_SRC
2382 * Keybindings
2383 ** Goto line
2384 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2385   (global-unset-key "\M-g")
2386   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2387 #+END_SRC
2388 * Debian
2389 ** debian-changelog
2390 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2391   (use-package debian-changelog-mode
2392     :mode "debian/changelog"
2393     :config
2394     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2395     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2396 #+END_SRC
2397 * Misc (uncharacterized)
2398 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2399   (setq calendar-latitude 38.6)
2400   (setq calendar-longitude -121.5)
2401   (setq case-fold-search t)
2402   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2403   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2404   (global-font-lock-mode 1)
2405   (icomplete-mode 1)
2406   (setq log-edit-keep-buffer t)
2407   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2408   (setq markdown-enable-math t)
2409   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2410   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2411   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2412   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2413   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2414   (setq ps-line-number-color "blue")
2415   (setq ps-print-footer t)
2416   (setq ps-print-footer-frame nil)
2417   (setq ps-print-only-one-header t)
2418   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2419   ]*")
2420   (setq sentence-end-double-space nil)
2421   ; enable matching parenthesis
2422   (show-paren-mode 1)
2423   (tool-bar-mode -1)
2424   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2425   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2426   (setq vc-follow-symlinks t)
2427
2428   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2429   ;; repositories inside of git directories
2430   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2431
2432   ;; switch back to the old primary selection method
2433   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2434   (setq x-select-enable-primary t)
2435   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2436
2437   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2438   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2439
2440   ;; tramp configuration
2441   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2442
2443   (setq-default c-indent-level 4)
2444   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2445   (setq-default c-brace-offset -4)
2446   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2447   (setq-default c-label-offset -4)
2448   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2449   ; tabs are annoying
2450   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2451   (setq-default tab-width 4)
2452
2453
2454   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2455   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2456   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2457   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2458   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2459
2460
2461   (defun insert-date ()
2462     "Insert date at point."
2463     (interactive)
2464     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2465   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2466
2467   (defun unfill-paragraph (arg)
2468     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2469     (interactive "*p")
2470     (let ((fill-column 10000))
2471       (fill-paragraph arg))
2472     )
2473
2474   (column-number-mode t)
2475
2476 #+END_SRC
2477 ** Desktop-save-mode
2478 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2479 emacs, and use a different desktop file to restore history
2480 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2481   (use-package desktop
2482     :demand
2483     :config
2484     (setq desktop-base-file-name
2485           (convert-standard-filename
2486            (concat ".emacs"
2487                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2488                        "")
2489                    ".desktop")
2490            ))
2491     (setq desktop-base-lock-name
2492           (convert-standard-filename
2493            (concat desktop-base-file-name
2494                    ".lock")))
2495     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2496     (setq desktop-restore-eager 5)
2497     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2498     (desktop-save-mode 1)
2499     ; (desktop-read)
2500   )
2501 #+END_SRC
2502 ** Misc (Uncharacterized)
2503 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2504   '(icomplete-mode on)
2505   (custom-set-faces
2506    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2507    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2508    ;; Your init file should contain only one such instance.
2509    ;; If there is more than one, they won't work right.
2510    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2511
2512
2513   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2514   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2515   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2516
2517   ; (defun turn-on-flyspell ()
2518   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2519   ;    (interactive)
2520   ;    (flyspell-mode 1))
2521
2522
2523    ; Outline-minor-mode key map
2524    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2525    ; HIDE
2526    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2527    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2528    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2529    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2530    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2531    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2532    ; SHOW
2533    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2534    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2535    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2536    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2537    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2538    ; MOVE
2539    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2540    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2541    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2542    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2543    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2544    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2545   ; fix up tmux xterm keys
2546   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2547   (defun fix-up-tmux-keys ()
2548       "Fix up tmux xterm keys"
2549       (if (getenv "TMUX")
2550           (progn
2551             (let ((x 2) (tkey ""))
2552               (while (<= x 8)
2553                 ;; shift
2554                 (if (= x 2)
2555                     (setq tkey "S-"))
2556                 ;; alt
2557                 (if (= x 3)
2558                     (setq tkey "M-"))
2559                 ;; alt + shift
2560                 (if (= x 4)
2561                     (setq tkey "M-S-"))
2562                 ;; ctrl
2563                 (if (= x 5)
2564                     (setq tkey "C-"))
2565                 ;; ctrl + shift
2566                 (if (= x 6)
2567                     (setq tkey "C-S-"))
2568                 ;; ctrl + alt
2569                 (if (= x 7)
2570                     (setq tkey "C-M-"))
2571                 ;; ctrl + alt + shift
2572                 (if (= x 8)
2573                     (setq tkey "C-M-S-"))
2574
2575                 ;; arrows
2576                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2577                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2578                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2579                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2580                 ;; home
2581                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2582                 ;; end
2583                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2584                 ;; page up
2585                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2586                 ;; page down
2587                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2588                 ;; insert
2589                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2590                 ;; delete
2591                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2592                 ;; f1
2593                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2594                 ;; f2
2595                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2596                 ;; f3
2597                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2598                 ;; f4
2599                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2600                 ;; f5
2601                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2602                 ;; f6
2603                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2604                 ;; f7
2605                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2606                 ;; f8
2607                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2608                 ;; f9
2609                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2610                 ;; f10
2611                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2612                 ;; f11
2613                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2614                 ;; f12
2615                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2616                 ;; f13
2617                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2618                 ;; f14
2619                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2620                 ;; f15
2621                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2622                 ;; f16
2623                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2624                 ;; f17
2625                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2626                 ;; f18
2627                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2628                 ;; f19
2629                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2630                 ;; f20
2631                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2632
2633                 (setq x (+ x 1))
2634                 ))
2635             )
2636         )
2637       )
2638   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2639
2640   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2641     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2642     (if (or (buffer-modified-p)
2643             (verify-visited-file-modtime)
2644             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2645             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2646         ad-do-it
2647       (clear-visited-file-modtime)
2648       (not-modified)))
2649   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2650 #+END_SRC
2651
2652 * Start Server
2653 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2654   (use-package server
2655     :config
2656     (setq server-name
2657           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2658               "server"))
2659     (unless (server-running-p)
2660       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2661       (server-start)))
2662 #+END_SRC
2663
2664
2665
2666 * END
2667 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2668   (provide 'don-configuration)
2669 #+END_SRC