emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Add library paths
  11
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  14   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
  15   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
  16   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  17 #+END_SRC
  18
  19 * Package management
  20 ** package repositories and package manager
  21 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  22   (require 'package)
  23   (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  24                            ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  25                            ("org" . "http://orgmode.org/elpa/") ))
  26 #+END_SRC
  27 ** [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]]
  28 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  29   (package-initialize)
  30   (require 'use-package)
  31 #+END_SRC
  32 ** Paradox
  33 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  34   (use-package paradox
  35     :ensure paradox
  36   )
  37 #+END_SRC
  38 * Disable custom-vars
  39 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  40   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  41   (setq custom-file "/dev/null")
  42 #+END_SRC
  43 * Misc functions
  44 ** with-library
  45 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  46 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
  47 ;; execute conditional code when loading libraries
  48 (defmacro with-library (symbol &rest body)
  49   `(when (require ,symbol nil t)
  50      ,@body))
  51 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
  52 #+END_SRC
  53
  54 * Variables
  55 ** Safe Local Variables
  56 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  57   (setq safe-local-variable-values
  58         (quote ((auto-save-default)
  59                 (make-backup-files)
  60                 (cperl-indent-level . 4)
  61                 (indent-level . 4)
  62                 (indent-tabs-mode . f)
  63                 )))
  64 #+END_SRC
  65 * Memory
  66 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  67   (setq global-mark-ring-max 128
  68         mark-ring-max 128
  69         kill-ring-max 128)
  70
  71   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
  72     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
  73
  74   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
  75     (setq gc-cons-threshold 1048576))
  76
  77   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
  78   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
  79 #+END_SRC
  80 * Modules
  81 ** Flyspell 🐝
  82 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  83   (use-package flyspell
  84     :ensure t
  85     :diminish flyspell-mode 🐝
  86     :config
  87     (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
  88     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
  89     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
  90     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
  91     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
  92     :init
  93     (setq ispell-program-name "ispell")
  94     )
  95
  96 #+END_SRC
  97 ** Winnermode
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99   (winner-mode 1)
 100 #+END_SRC
 101 ** Eyebrowse
 102
 103 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 104   ;; (use-package eyebrowse
 105   ;;   :ensure t
 106   ;;   :diminish eyebrowse-mode
 107   ;;   :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c C-\\"))
 108   ;;   :config (progn
 109   ;;             (setq eyebrowse-wrap-around t)
 110   ;;             (eyebrowse-mode t)
 111   ;;
 112   ;;             (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 113   ;;               (interactive)
 114   ;;               (let ((done nil))
 115   ;;                 (dotimes (i 10)
 116   ;;                   ;; start at 1 run till 0
 117   ;;                   (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 118   ;;                     (when (and (not done)
 119   ;;                                (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 120   ;;                       (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 121   ;;                       (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 122   ;;                       (setq done t)
 123   ;;                       ))
 124   ;;                   )))
 125   ;;
 126   ;;             ;; I don't use latex-preview-pane
 127   ;;             ;; (require 'latex-preview-pane)
 128   ;;             ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 129   ;;             ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 130   ;;             ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 131   ;;             ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 132   ;;             ;;   ;; edit the TeX file.
 133   ;;             ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 134   ;;             ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 135   ;;
 136   ;;             ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 137   ;;             ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 138   ;;
 139   ;;             ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 140   ;;             ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 141   ;;             ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 142   ;;             ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 143   ;;             ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 144   ;;             )
 145   ;;   )
 146 #+END_SRC
 147
 148 ** Window handling
 149
 150 *** Splitting
 151 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 152   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 153     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 154     (interactive)
 155     (split-window-vertically)
 156     (other-window 1 nil)
 157     (switch-to-next-buffer))
 158
 159   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 160     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 161     (interactive)
 162     (split-window-horizontally)
 163     (other-window 1 nil)
 164     (switch-to-next-buffer))
 165
 166   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 167   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 168
 169   (setq split-width-threshold  100)
 170   (setq split-height-threshold 60)
 171
 172   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 173     "If there's only one window (excluding any possibly active
 174            minibuffer), then split the current window horizontally."
 175     (if (and (one-window-p t)
 176              (not (active-minibuffer-window))
 177              ( < (frame-width) (frame-height))
 178              )
 179         (let ((split-width-threshold nil))
 180           (split-window-sensibly window))
 181       (split-window-sensibly window)))
 182
 183   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 184   (setq window-combination-resize t)
 185 #+END_SRC
 186
 187 *** Compilation window
 188
 189 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 190 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 191 the former case, if there was no error the window closes
 192 automatically.
 193
 194 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 195   (add-to-list 'display-buffer-alist
 196                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 197                  (display-buffer-reuse-window
 198                   display-buffer-in-side-window)
 199                  (reusable-frames . visible)
 200                  (side            . bottom)
 201                  (window-height   . 0.4)))
 202 #+END_SRC
 203
 204 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 205   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 206     ;; If M-x compile exists with a 0
 207     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 208       ;; and delete the *compilation* window
 209       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 210         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 211                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 212                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 213           (delete-window compilation-window))))
 214     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 215     (cons msg code))
 216
 217   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 218   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 219 #+END_SRC
 220
 221 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 222 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 223 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 224 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 225 value, scrolling continues until there is no more output.
 226
 227 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 228   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 229 #+END_SRC
 230
 231 ** Mode line cleaning
 232 *** Diminish
 233 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 234   (use-package diminish
 235     :ensure t)
 236 #+END_SRC
 237
 238 *** Delight
 239 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 240   (use-package delight
 241     :ensure t)
 242 #+END_SRC
 243
 244 ** Jumping
 245 *** Avy
 246 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 247 (use-package avy
 248   :ensure t
 249   :bind ("C-c C-SPC" . avy-goto-word-1)
 250   :config (progn
 251             (setq avy-background t)
 252             (key-chord-define-global "jj"  #'avy-goto-word-1)))
 253 #+END_SRC
 254
 255 ** Snippets
 256 *** Yasnippet
 257 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 258   (use-package yasnippet
 259     :ensure t
 260     :diminish yas-minor-mode
 261     :config (progn
 262               (yas-global-mode)
 263               (setq yas-verbosity 1)
 264               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 265               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 266               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 267               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 268                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 269               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 270                                'yas-hippie-try-expand)
 271               )
 272     )
 273 #+END_SRC
 274 *** Auto-YASnippet
 275 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 276   (use-package auto-yasnippet
 277     :bind (("H-w" . aya-create)
 278            ("H-y" . aya-expand)
 279            )
 280     )
 281 #+END_SRC
 282 ** Helm Flx
 283
 284 [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 285
 286 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 287 (use-package helm-flx
 288   :ensure t
 289   :config (progn
 290             ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 291             (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 292                   helm-bookmark-show-location           t
 293                   helm-buffers-fuzzy-matching           t
 294                   helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 295                   helm-file-cache-fuzzy-match           t
 296                   helm-imenu-fuzzy-match                t
 297                   helm-mode-fuzzy-match                 t
 298                   helm-locate-fuzzy-match               nil
 299                   helm-quick-update                     t
 300                   helm-recentf-fuzzy-match              nil
 301                   helm-semantic-fuzzy-match             t)
 302             (helm-flx-mode +1)))
 303 #+END_SRC
 304
 305
 306 ** Tinyprocmail
 307
 308 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 309   ;; load tinyprocmail
 310   (use-package tinyprocmail
 311     :ensure f
 312     :config (with-library 'tinyprocmail
 313               ;; (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
 314               (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install))
 315   )
 316 #+END_SRC
 317
 318 ** Magit
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 320   (use-package magit
 321     :ensure t
 322     :bind (("C-x g" . magit-status)
 323            ("C-x C-g" . magit-status))
 324     :config
 325     ;; don't verify where we are pushing
 326     (setq magit-push-always-verify nil)
 327     ;; refine diffs always (hilight words)
 328     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 329     ;; load magit-annex
 330     (setq load-path
 331           (append '("~/lib/emacs_el/magit-annex")
 332                   load-path))
 333     ;; load magit-vcsh
 334     (setq load-path
 335           (append '("~/lib/emacs_el/magit-vcsh")
 336                   load-path))
 337     )
 338   (use-package magit-annex
 339     :ensure t
 340   )
 341   (use-package magit-vcsh
 342     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 343   )
 344 #+END_SRC
 345
 346 ** Perl
 347 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 348   (require 'cperl-mode)
 349   ;; Use c-mode for perl .xs files
 350   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 351   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 352   (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 353   (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 354   (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 355   (setq cperl-hairy t
 356         cperl-indent-level 4
 357         cperl-auto-newline nil
 358         cperl-auto-newline-after-colon nil
 359         cperl-continued-statement-offset 4
 360         cperl-brace-offset -1
 361         cperl-continued-brace-offset 0
 362         cperl-label-offset -4
 363         cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 364         cperl-electric-lbrace-space nil
 365         cperl-indent-parens-as-block nil
 366         cperl-close-paren-offset -1
 367         cperl-tab-always-indent t)
 368   ;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 369 #+END_SRC
 370
 371 ** Helm
 372 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 373   (use-package helm
 374     :ensure t
 375     :config
 376     (helm-mode 1)
 377     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 378     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 379     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 380     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 381     (global-set-key (kbd "M-x") 'helm-M-x)
 382     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 383       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 384       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 385     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 386   )
 387 #+END_SRC
 388 ** Hydra
 389 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 390 (require 'don-hydra)
 391 #+END_SRC
 392
 393 ** Tramp
 394 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 395   (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
 396                                 (tramp-login-program "vcsh")
 397                                 (tramp-login-args
 398                                  (("enter")
 399                                   ("%h")))
 400                                 (tramp-remote-shell "/bin/sh")
 401                                 (tramp-remote-shell-args
 402                                  ("-c"))))
 403 #+END_SRC
 404 ** Reftex
 405 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 406   (use-package reftex
 407     :ensure t
 408     :config
 409     (setq-default reftex-default-bibliography
 410                     '("~/projects/research/references.bib")))
 411 #+END_SRC
 412 ** LaTeX
 413 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 414   (use-package tex
 415     :defer t
 416     :ensure auctex
 417     :config
 418     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
 419     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
 420     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
 421     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
 422     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
 423     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
 424     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
 425     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 426     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
 427     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 428     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 429
 430     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 431     ;; support fake section headers
 432     (setq TeX-outline-extra
 433           '(("%chapter" 1)
 434             ("%section" 2)
 435             ("%subsection" 3)
 436             ("%subsubsection" 4)
 437             ("%paragraph" 5)))
 438     ;; add font locking to the headers
 439     (font-lock-add-keywords
 440      'latex-mode
 441      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
 442         0 'font-lock-keyword-face t)
 443        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
 444        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
 445        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
 446        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
 447        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
 448
 449     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
 450     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 451     (setq TeX-open-quote "“")
 452     (setq TeX-close-quote "”")
 453
 454     ;; (TeX-add-style-hook
 455     ;;  "latex"
 456     ;;  (lambda ()
 457     ;;    (TeX-add-symbols
 458     ;;     '("DLA" 1))))
 459     ;; (custom-set-variables
 460     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
 461     ;;    '(("fixme"
 462     ;;       ("DLA" "RZ")
 463     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
 464     ;; )
 465     (setq-default TeX-parse-self t)
 466     (setq-default TeX-auto-save t)
 467     (setq-default TeX-master nil)
 468     (eval-after-load
 469         "latex"
 470       '(TeX-add-style-hook
 471         "cleveref"
 472         (lambda ()
 473           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
 474               (add-to-list
 475                'reftex-ref-style-alist
 476                '("Cleveref" "cleveref"
 477                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
 478           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
 479           (TeX-add-symbols
 480            '("cref" TeX-arg-ref)
 481            '("Cref" TeX-arg-ref)
 482            '("cpageref" TeX-arg-ref)
 483            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
 484     (eval-after-load
 485         "latex"
 486       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
 487                     '("Sexpr")))
 488
 489     (use-package font-latex
 490       :config
 491       (setq font-latex-match-reference-keywords
 492             '(
 493               ("fref" "{")
 494               ("Fref" "{")
 495               ("citep" "{")
 496               ("citet" "{")
 497               ("acs" "{")
 498               ("acsp" "{")
 499               ("ac" "{")
 500               ("acp" "{")
 501               ("acl" "{")
 502               ("aclp" "{")
 503               ("acsu" "{")
 504               ("aclu" "{")
 505               ("acused" "{")
 506               ("DLA" "{")
 507               ("RZ" "{")
 508               ("OM" "{")
 509               ("DL" "{")
 510               ("fixme" "{"))
 511             )
 512       )
 513   )
 514
 515 #+END_SRC
 516 *** Org-Gcal
 517 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 518   (use-package calfw
 519     :ensure f
 520     )
 521   (use-package calfw-org
 522     :ensure f
 523     )
 524   (use-package org-gcal
 525     :ensure f
 526     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
 527                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
 528               )
 529     )
 530 #+END_SRC
 531 ** ESS
 532 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 533   (use-package ess
 534     :ensure t
 535     :config
 536     (defun ess-change-directory (path)
 537       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
 538       (interactive "DDirectory to change to: ")
 539
 540       (when (file-exists-p path)
 541         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
 542         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
 543         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 544     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 545     ;; outlining support for ess modes
 546     (add-hook
 547      'ess-mode-hook
 548      '(lambda ()
 549         (outline-minor-mode)
 550         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
 551         (defun outline-level ()
 552           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
 553                 ((looking-at "^#### ") 2)
 554                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
 555                 (t 1000)))
 556         ))
 557     (add-hook 'ess-mode-hook
 558               '(lambda ()
 559                  (local-set-key (kbd "C-c C-R")
 560                                 'dla/ess-region-remote-eval)))
 561
 562     ;; Don't restore history or save workspace image
 563     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
 564     )
 565 #+END_SRC
 566
 567 ** Rainbowmode
 568 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
 569
 570 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 571   (use-package rainbow-mode
 572     ;; add ess to the x major mode
 573     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
 574     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
 575   )
 576 #+END_SRC
 577
 578 ** Polymode
 579 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 580   (use-package polymode
 581     :config
 582     (use-package poly-R)
 583     (use-package poly-noweb)
 584     (use-package poly-markdown)
 585     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
 586     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
 587     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
 588     )
 589 #+END_SRC
 590
 591 ** Outlining
 592 *** Outline magic
 593 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 594   (use-package outline-magic)
 595 #+END_SRC
 596 ** Writeroom Mode
 597 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 598   (use-package writeroom-mode
 599     :config (add-hook 'writeroom-mode-hook 'auto-fill-mode)
 600     )
 601 #+END_SRC
 602 ** GhostText/Atomic Chrome
 603 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 604   (use-package atomic-chrome
 605     :config (atomic-chrome-start-server)
 606     )
 607 #+END_SRC
 608 * Org Mode
 609 ** Use-package and load things
 610 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 611
 612   (use-package org
 613     :config
 614
 615 #+END_SRC
 616 ** Agenda Configuration
 617 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 618   ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 619   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)$" . org-mode))
 620   (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 621   (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 622   (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
 623   (setq-default org-log-done 'time)
 624   (setq-default org-agenda-ndays 5)
 625
 626   ;; agenda configuration
 627   ;; Do not dim blocked tasks
 628   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
 629   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
 630   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
 631
 632   ;; Compact the block agenda view
 633   (setq org-agenda-compact-blocks t)
 634
 635   ;; Custom agenda command definitions
 636   (setq org-agenda-custom-commands
 637         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
 638                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
 639                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
 640                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
 641                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
 642                   (org-agenda-sorting-strategy
 643                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
 644                 (" " "Agenda"
 645                  ((agenda "" nil)
 646                   (tags "REFILE"
 647                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
 648                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
 649                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
 650                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
 651                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
 652                               (org-agenda-sorting-strategy
 653                                '(category-keep))))
 654                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
 655                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
 656                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
 657                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
 658                               (org-agenda-sorting-strategy
 659                                '(category-keep))))
 660                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
 661                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
 662                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
 663                                                                         ""
 664                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
 665                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
 666                               (org-tags-match-list-sublevels t)
 667                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 668                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 669                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 670                               (org-agenda-sorting-strategy
 671                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
 672                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
 673                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
 674                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
 675                                                                         ""
 676                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
 677                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
 678                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 679                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 680                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 681                               (org-agenda-sorting-strategy
 682                                '(category-keep))))
 683                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
 684                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
 685                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
 686                                                                         ""
 687                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
 688                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
 689                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 690                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 691                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 692                               (org-agenda-sorting-strategy
 693                                '(category-keep))))
 694                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
 695                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
 696                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
 697                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
 698                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
 699                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
 700                   (tags "-REFILE/"
 701                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
 702                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
 703                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
 704                  nil))))
 705
 706   ; org mode agenda files
 707   (setq org-agenda-files
 708         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
 709             "~/projects/org-notes/notes.org"
 710             "~/projects/org-notes/holidays.org"
 711             "~/projects/org-notes/refile.org"
 712             "~/projects/org-notes/diary.org"
 713             "~/projects/org-notes/ool.org"
 714             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
 715             "~/projects/org-notes/chaim.org"
 716             "~/projects/org-notes/wildman.org"
 717             "~/projects/org-notes/uddin.org"
 718             "~/projects/org-notes/reviews.org"
 719             "~/projects/org-notes/hpcbio.org"
 720             "~/org-mode/from-mobile.org"
 721             "~/projects/org-notes/fh.org")))
 722
 723   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 724   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 725   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 726   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 727   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 728   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 729   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 730   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
 731   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
 732   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
 733   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
 734     (interactive "P")
 735     (with-temp-buffer
 736       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
 737         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
 738         (end-of-buffer)
 739         (newline))
 740       (write-file "/tmp/timeline.org")
 741       (org-agenda arg "L")))
 742   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
 743   ;; add automatic reminders for appointments
 744   (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
 745     "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
 746     (progn
 747       (setq appt-time-msg-list nil)
 748       (org-agenda-to-appt)))
 749
 750 #+END_SRC
 751 ** General config
 752 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 753   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
 754   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
 755
 756   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
 757   (setq org-id-link-to-org-use-id t)
 758 #+END_SRC
 759 ** Capture Templates
 760 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 761   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
 762         '(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 763            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
 764           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 765            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 766           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 767            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
 768           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 769            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 770           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 771            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 772           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
 773            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
 774           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 775            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
 776           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 777            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 778           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 779            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 780           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
 781            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 782           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 783            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 784           ("J" "job" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 785            "* TODO Apply for %a%? :job:\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d 17:00-17:30>\")\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 786           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 787            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
 788           )
 789         )
 790
 791   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
 792   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
 793     (interactive)
 794     (save-excursion
 795       (beginning-of-line 0)
 796       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
 797
 798   (defun my/org-add-id ()
 799     (interactive)
 800     (save-excursion
 801       (if (org-current-level)
 802           ()
 803         (forward-char 1)
 804         )
 805       (org-id-get-create)
 806       )
 807   )
 808
 809 #+END_SRC
 810 ** Org mode key bindings
 811 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 812   ; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
 813   ;; Custom Key Bindings
 814   (global-set-key (kbd "<f12>") 'org-agenda)
 815   (global-set-key (kbd "<f5>") 'bh/org-todo)
 816   (global-set-key (kbd "<S-f5>") 'bh/widen)
 817   (global-set-key (kbd "<f7>") 'bh/set-truncate-lines)
 818   (global-set-key (kbd "<f8>") 'org-cycle-agenda-files)
 819   (global-set-key (kbd "<f9> <f9>") 'bh/show-org-agenda)
 820   (global-set-key (kbd "<f9> b") 'bbdb)
 821   (global-set-key (kbd "<f9> c") 'calendar)
 822   (global-set-key (kbd "<f9> f") 'boxquote-insert-file)
 823   (global-set-key (kbd "<f9> h") 'bh/hide-other)
 824   (global-set-key (kbd "<f9> n") 'bh/toggle-next-task-display)
 825   (global-set-key (kbd "<f9> w") 'widen)
 826
 827   ; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
 828   (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
 829   ;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
 830   ;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
 831   ;                                    outline-mode-prefix-map)))
 832
 833   (global-set-key (kbd "<f9> I") 'bh/punch-in)
 834   (global-set-key (kbd "<f9> O") 'bh/punch-out)
 835
 836   (global-set-key (kbd "<f9> o") 'bh/make-org-scratch)
 837
 838   (global-set-key (kbd "<f9> r") 'boxquote-region)
 839   (global-set-key (kbd "<f9> s") 'bh/switch-to-scratch)
 840
 841   (global-set-key (kbd "<f9> t") 'bh/insert-inactive-timestamp)
 842   (global-set-key (kbd "<f9> T") 'bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
 843
 844   (global-set-key (kbd "<f9> v") 'visible-mode)
 845   (global-set-key (kbd "<f9> l") 'org-toggle-link-display)
 846   (global-set-key (kbd "<f9> SPC") 'bh/clock-in-last-task)
 847   (global-set-key (kbd "C-<f9>") 'previous-buffer)
 848   (global-set-key (kbd "M-<f9>") 'org-toggle-inline-images)
 849   (global-set-key (kbd "C-x n r") 'narrow-to-region)
 850   (global-set-key (kbd "C-<f10>") 'next-buffer)
 851   (global-set-key (kbd "<f11>") 'org-clock-goto)
 852   (global-set-key (kbd "C-<f11>") 'org-clock-in)
 853   (global-set-key (kbd "C-s-<f12>") 'bh/save-then-publish)
 854   (global-set-key (kbd "C-c c") 'org-capture)
 855
 856 #+END_SRC
 857 ** Utility Functions
 858 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 859   (defun bh/hide-other ()
 860     (interactive)
 861     (save-excursion
 862       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
 863       (hide-other)
 864       (org-cycle)
 865       (org-cycle)
 866       (org-cycle)))
 867
 868   (defun bh/set-truncate-lines ()
 869     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
 870     (interactive)
 871     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
 872     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
 873     (save-excursion
 874       (set-window-start (selected-window)
 875                         (window-start (selected-window)))))
 876
 877   (defun bh/make-org-scratch ()
 878     (interactive)
 879     (find-file "/tmp/publish/scratch.org")
 880     (gnus-make-directory "/tmp/publish"))
 881
 882   (defun bh/switch-to-scratch ()
 883     (interactive)
 884     (switch-to-buffer "*scratch*"))
 885
 886   (setq org-use-fast-todo-selection t)
 887   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
 888
 889   ; create function to create headlines in file. This comes from
 890   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
 891   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
 892     "Add ID properties to all headlines in the current file which
 893   do not already have one."
 894     (interactive)
 895     (org-map-entries 'org-id-get-create))
 896   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
 897   ; (add-hook 'org-mode-hook
 898   ;           (lambda ()
 899   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
 900 #+END_SRC
 901 ** Keywords (TODO)
 902 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 903   (setq org-todo-keywords
 904         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
 905                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
 906
 907   (setq org-todo-keyword-faces
 908         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
 909                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
 910                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
 911                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
 912                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
 913                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
 914                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
 915                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
 916
 917   (setq org-todo-state-tags-triggers
 918         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
 919                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
 920                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
 921                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
 922                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
 923                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
 924                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
 925
 926
 927
 928   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
 929   ; add ids on creation of nodes
 930   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
 931
 932
 933   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
 934   ; (setq org-clock-idle-time 10)
 935   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
 936
 937   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
 938   ; use C-M-r for org mode capture
 939   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
 940
 941   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
 942   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
 943                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
 944
 945   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
 946   (setq org-refile-use-outline-path t)
 947
 948   ; Targets complete directly with IDO
 949   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
 950
 951   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
 952   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
 953
 954   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
 955   ; (setq org-completion-use-ido t)
 956   ; (setq ido-everywhere t)
 957   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
 958   ; (ido-mode (quote both))
 959   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
 960   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
 961   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
 962   ; ; Use the current window for indirect buffer display
 963   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
 964
 965
 966   ;;;; Refile settings
 967   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
 968   (defun bh/verify-refile-target ()
 969     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
 970     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
 971
 972   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
 973
 974   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
 975   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
 976   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
 977   (require 'org-protocol)
 978   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
 979   (setq my-org-protocol-flag nil)
 980   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
 981     "Delete frame at remember finalization"
 982     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 983            (setq my-org-protocol-flag nil)))
 984   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
 985     "Delete frame at remember refile"
 986     (if my-org-protocol-flag
 987         (progn
 988           (setq my-org-protocol-flag nil)
 989           ad-do-it
 990           (delete-frame))
 991       ad-do-it)
 992     )
 993   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
 994     "Delete frame at remember abort"
 995     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 996            (setq my-org-protocol-flag nil)))
 997   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
 998     (setq my-org-protocol-flag t))
 999
1000   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1001     (org-id-get-create)
1002     )
1003
1004   ;; org modules
1005   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1006
1007   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1008   (defun open-mail-in-mutt (message)
1009     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1010
1011   Message can be specified either by a path pointing inside a
1012   Maildir, or by Message-ID."
1013     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1014     (shell-command
1015      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1016          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1017
1018   ;; add support for "mutt:ID" links
1019   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1020
1021   (defun my-org-mode-setup ()
1022     (load-library "reftex")
1023     (and (buffer-file-name)
1024          (file-exists-p (buffer-file-name))
1025          (progn
1026            (reftex-parse-all)
1027            (reftex-set-cite-format
1028             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1029               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1030               (?c . "\\cite{%l}")
1031               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1032            ))
1033     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1034     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1035     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1036     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1037     )
1038   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1039
1040   (defun org-mode-reftex-search ()
1041     (interactive)
1042     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1043
1044   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1045     "Open a paper by bibtex key"
1046     (interactive "bibtex key: ")
1047     (shell-command
1048      (format "%s %s"
1049          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1050   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1051   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1052     "Open a paper pdf by bibtex key"
1053     (interactive "bibtex key: ")
1054     (shell-command
1055      (format "%s -p evince_annot %s"
1056          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1057   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1058
1059   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1060                '("notes" .
1061                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1062
1063   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1064   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1065
1066   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1067   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1068                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1069
1070    ;; stolen from
1071   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1072   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1073     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1074     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1075                      (match-string 1 path)))
1076            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1077       (cond ((eq format 'latex)
1078              (if (or (not desc)
1079                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1080                  (format "\\cite{%s}" search)
1081                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1082
1083   (org-add-link-type "rtcite"
1084                      'org-bibtex-open
1085                      'my-rtcite-export-handler)
1086
1087
1088 #+END_SRC
1089 ** Org Mobile Configuration
1090 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1091   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1092   (when (string= system-name "linnode")
1093     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1094   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1095   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1096
1097 #+END_SRC
1098 ** Org iCal Support
1099 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1100   ;; org mode ical export
1101   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1102   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1103   ;; we already add the id manually
1104   ;; (setq org-icalendar-store-UID t)
1105
1106 #+END_SRC
1107 ** General Org Babel Configuration
1108 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1109   ;; org babel support
1110   (org-babel-do-load-languages
1111    'org-babel-load-languages
1112    '((emacs-lisp . t )
1113      (R . t)
1114      (latex . t)
1115      (ditaa . t)
1116      (dot . t)
1117      ))
1118   ;; use graphviz-dot for dot things
1119   (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1120   ;; org-babel-by-backend
1121   (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1122      `(case (if (boundp 'backend)
1123                 (org-export-backend-name backend)
1124               nil) ,@body))
1125
1126   (defun my/fix-inline-images ()
1127     (when org-inline-image-overlays
1128       (org-redisplay-inline-images)))
1129
1130   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1131              'my/fix-inline-images)
1132
1133 #+END_SRC
1134 ** LaTeX configuration
1135    :PROPERTIES:
1136    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1137    :END:
1138 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1139   (require 'ox-latex)
1140   (add-to-list 'org-latex-classes
1141            '("memarticle"
1142          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1143          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1144          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1145          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1146          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1147          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1148
1149   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1150   (add-to-list 'org-latex-classes
1151            '("beamer"
1152          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1153   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1154   [PACKAGES]
1155   [EXTRA]"
1156          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1157          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1158          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1159          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1160          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1161
1162   (add-to-list 'org-latex-classes
1163            '("membook"
1164          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1165          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1166          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1167          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1168          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1169
1170   (add-to-list 'org-latex-classes
1171            '("letter"
1172          "\\documentclass[11pt]{letter}
1173   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1174   [PACKAGES]
1175   [EXTRA]"
1176      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1177          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1178          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1179          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1180          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1181
1182   (add-to-list 'org-latex-classes
1183            '("dlacv"
1184          "\\documentclass{dlacv}
1185   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1186   [NO-PACKAGES]
1187   [NO-EXTRA]"
1188          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1189          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1190          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1191          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1192          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1193
1194
1195   (add-to-list 'org-latex-classes
1196            '("dlaresume"
1197          "\\documentclass{dlaresume}
1198   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1199   [NO-PACKAGES]
1200   [NO-EXTRA]"
1201          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1202          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1203          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1204          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1205          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1206
1207
1208   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
1209   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
1210   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
1211
1212   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
1213   (setq org-latex-default-packages-alist
1214     '(("" "amsmath" t)
1215       ("" "unicode-math" t)
1216       ))
1217   (setq org-latex-packages-alist
1218     '(("" "graphicx" t)
1219       ("" "fontspec" t)
1220       ("" "xunicode" t)
1221       ("" "hyperref" t)
1222       ("" "url" t)
1223       ("" "rotating" t)
1224       ("" "longtable" nil)
1225       ("" "float" )))
1226
1227   ;; make equations larger
1228   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
1229
1230   (defun org-create-formula--latex-header ()
1231     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
1232     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
1233              (org-export-get-backend 'latex))
1234             (org-export--get-inbuffer-options
1235              (org-export-get-backend 'latex)))))
1236       (org-latex-guess-babel-language
1237        (org-latex-guess-inputenc
1238     (org-splice-latex-header
1239      org-format-latex-header
1240      org-latex-default-packages-alist
1241      nil t
1242      (plist-get info :latex-header)))
1243        info)))
1244
1245
1246   ; support ignoring headers in org mode export to latex
1247   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
1248   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
1249                     (headline contents info) activate)
1250     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
1251     (setq ad-return-value contents)
1252       ad-do-it))
1253
1254   ;; keep latex logfiles
1255
1256   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
1257
1258   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
1259   (org-clock-persistence-insinuate)
1260   ;;
1261   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
1262   (setq org-clock-history-length 23)
1263   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
1264   (setq org-clock-in-resume t)
1265   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
1266   ;; there are things like PHONE calls
1267   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
1268   ;; Separate drawers for clocking and logs
1269   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
1270   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
1271   (setq org-clock-into-drawer t)
1272   (setq org-log-into-drawer t)
1273   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
1274   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
1275   ;; Clock out when moving task to a done state
1276   (setq org-clock-out-when-done t)
1277   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
1278   (setq org-clock-persist t)
1279   ;; Do not prompt to resume an active clock
1280   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
1281   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
1282   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
1283   ;; Include current clocking task in clock reports
1284   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
1285
1286   ;; the cache seems to be broken
1287   (setq org-element-use-cache nil)
1288
1289   (defvar bh/keep-clock-running nil)
1290
1291   (defun bh/is-task-p ()
1292     "Any task with a todo keyword and no subtask"
1293     (save-restriction
1294       (widen)
1295       (let ((has-subtask)
1296             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
1297             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1298         (save-excursion
1299           (forward-line 1)
1300           (while (and (not has-subtask)
1301                       (< (point) subtree-end)
1302                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
1303             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
1304               (setq has-subtask t))))
1305         (and is-a-task (not has-subtask)))))
1306
1307   (defun bh/is-subproject-p ()
1308     "Any task which is a subtask of another project"
1309     (let ((is-subproject)
1310           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1311       (save-excursion
1312         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
1313           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
1314             (setq is-subproject t))))
1315       (and is-a-task is-subproject)))
1316
1317
1318   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
1319     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
1320   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
1321   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
1322     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
1323       (cond
1324        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
1325          (bh/is-task-p))
1326     "NEXT")
1327        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
1328          (bh/is-project-p))
1329     "TODO"))))
1330
1331   (defun bh/punch-in (arg)
1332     "Start continuous clocking and set the default task to the
1333   selected task.  If no task is selected set the Organization task
1334   as the default task."
1335     (interactive "p")
1336     (setq bh/keep-clock-running t)
1337     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
1338     ;;
1339     ;; We're in the agenda
1340     ;;
1341     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
1342            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
1343       (if (and (eq arg 4) tags)
1344           (org-agenda-clock-in '(16))
1345         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
1346       ;;
1347       ;; We are not in the agenda
1348       ;;
1349       (save-restriction
1350     (widen)
1351     ; Find the tags on the current task
1352     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
1353         (org-clock-in '(16))
1354       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
1355
1356   (defun bh/punch-out ()
1357     (interactive)
1358     (setq bh/keep-clock-running nil)
1359     (when (org-clock-is-active)
1360       (org-clock-out))
1361     (org-agenda-remove-restriction-lock))
1362
1363   (defun bh/clock-in-default-task ()
1364     (save-excursion
1365       (org-with-point-at org-clock-default-task
1366     (org-clock-in))))
1367
1368   (defun bh/clock-in-parent-task ()
1369     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
1370     (let ((parent-task))
1371       (save-excursion
1372     (save-restriction
1373       (widen)
1374       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
1375         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
1376           (setq parent-task (point))))
1377       (if parent-task
1378           (org-with-point-at parent-task
1379         (org-clock-in))
1380         (when bh/keep-clock-running
1381           (bh/clock-in-default-task)))))))
1382
1383   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
1384
1385   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
1386     (interactive)
1387     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
1388       (org-clock-in '(16))))
1389
1390   (defun bh/clock-out-maybe ()
1391     (when (and bh/keep-clock-running
1392            (not org-clock-clocking-in)
1393            (marker-buffer org-clock-default-task)
1394            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
1395       (bh/clock-in-parent-task)))
1396
1397   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
1398
1399   (require 'org-id)
1400   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
1401     "Clock in a task by id"
1402     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
1403       (org-clock-in nil)))
1404
1405   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
1406     "Clock in the interrupted task if there is one
1407   Skip the default task and get the next one.
1408   A prefix arg forces clock in of the default task."
1409     (interactive "p")
1410     (let ((clock-in-to-task
1411        (cond
1412         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
1413         ((and (org-clock-is-active)
1414           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
1415          (caddr org-clock-history))
1416         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
1417         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
1418         (t (car org-clock-history)))))
1419       (widen)
1420       (org-with-point-at clock-in-to-task
1421     (org-clock-in nil))))
1422
1423
1424   (defun org-export-to-ods ()
1425     (interactive)
1426     (let ((csv-file "data.csv"))
1427       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
1428       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
1429
1430   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
1431   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
1432   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
1433   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
1434
1435   ;; support inserting screen shots
1436   (defun my/org-insert-screenshot ()
1437     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
1438   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
1439     (interactive)
1440     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
1441     (setq my/org-insert-screenshot/filename
1442       (read-file-name
1443        "Screenshot to insert: "
1444        nil
1445        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
1446        )
1447       )
1448     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
1449     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
1450     (org-display-inline-images))
1451
1452   (defun my/fix-inline-images ()
1453     (when org-inline-image-overlays
1454       (org-redisplay-inline-images)))
1455
1456   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
1457
1458   ;; use xelatex to preview with imagemagick
1459   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
1460            '(xelateximagemagick
1461         :programs ("xelatex" "convert")
1462         :description "pdf > png"
1463         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
1464         :use-xcolor t
1465         :image-input-type "pdf"
1466         :image-output-type "png"
1467         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
1468         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
1469         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
1470            )
1471   ;; use xelatex by default
1472   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
1473
1474   ; from http://orgmode.org/Changes.html
1475   (defun my/org-repair-property-drawers ()
1476     "Fix properties drawers in current buffer.
1477    Ignore non Org buffers."
1478     (interactive)
1479     (when (eq major-mode 'org-mode)
1480       (org-with-wide-buffer
1481        (goto-char (point-min))
1482        (let ((case-fold-search t)
1483          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
1484                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
1485                      "END[ \t]*$"))))
1486      (org-map-entries
1487       (lambda ()
1488         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
1489           (save-excursion
1490         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
1491           (forward-line)
1492           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
1493           (when (and (< (point) end)
1494                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
1495                  (save-excursion
1496                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
1497                     (eq (org-element-type
1498                      (save-match-data (org-element-at-point)))
1499                     'drawer))))
1500             (insert (delete-and-extract-region
1501                  (match-beginning 0)
1502                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
1503             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
1504
1505 #+END_SRC
1506 ** End use-package
1507 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1508   )
1509 #+END_SRC
1510 * Keybindings
1511 ** Override other things
1512 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1513   ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
1514   ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
1515
1516   (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
1517
1518   ; use iedit everywhere
1519   (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
1520   ;; use outline mode keybindings everywhere
1521   ;; (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'my/mydra-outline/body)
1522
1523   (define-minor-mode my-keys-minor-mode
1524     "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
1525     t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
1526
1527   (my-keys-minor-mode 1)
1528   (defun my-minibuffer-setup-hook ()
1529     (my-keys-minor-mode 0))
1530
1531   (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
1532   (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
1533     "Try to ensure that my keybindings always have priority."
1534     (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
1535         (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
1536           (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
1537           (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
1538   (ad-activate 'load)
1539 #+END_SRC
1540
1541 * Misc (uncharacterized)
1542 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1543   (setq bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
1544   (setq calendar-latitude 40.11)
1545   (setq calendar-longitude -88.24)
1546   (setq case-fold-search t)
1547   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
1548   (setq cperl-lazy-help-time nil)
1549   (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
1550   (display-time)
1551   (setq display-time-24hr-format t)
1552   (setq display-time-day-and-date t)
1553   (display-time-mode 1)
1554   (setq font-latex-fontify-script nil)
1555   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1556   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1557   (global-auto-revert-mode 1)
1558   (global-font-lock-mode 1)
1559   (icomplete-mode 1)
1560   (setq log-edit-keep-buffer t)
1561   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
1562   (setq markdown-enable-math t)
1563   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
1564   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
1565   (setq post-email-address "don@donarmstrong.com")
1566   (setq post-kill-quoted-sig nil)
1567   (setq post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
1568   (setq post-uses-fill-mode nil)
1569   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
1570   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
1571   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
1572   (setq ps-line-number-color "blue")
1573   (setq ps-print-footer t)
1574   (setq ps-print-footer-frame nil)
1575   (setq ps-print-only-one-header t)
1576   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
1577   ]*")
1578   (setq sentence-end-double-space nil)
1579   ; enable matching parenthesis
1580   (show-paren-mode 1)
1581   (tool-bar-mode -1)
1582   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
1583   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
1584   (setq vc-follow-symlinks t)
1585
1586   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
1587   ;; repositories inside of git directories
1588   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
1589
1590   ;; switch back to the old primary selection method
1591   (setq x-select-enable-clipboard nil)
1592   (setq x-select-enable-primary t)
1593   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
1594
1595   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
1596   ;;(load-file "cperl-mode.el")
1597
1598   (require 'vcl-mode)
1599
1600   (require 'tex-site)
1601   ;;(require 'psvn)
1602   ;;(require 'ecasound)
1603   ;;(require 'emacs-wiki)
1604   (require 'bibtex)
1605   (require 'post)
1606   ;;(require 'fixme)
1607   ; (require 'google-weather)
1608   ; (require 'org-google-weather)
1609   ; (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
1610
1611   (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
1612
1613   (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" .
1614                     (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
1615                   auto-mode-alist))
1616
1617
1618   ; use markdown mode for mdwn files
1619   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
1620   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.md$" . markdown-mode))
1621
1622
1623   ;; tramp configuration
1624   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
1625
1626   ; mail configuration
1627   (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
1628   (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
1629
1630   (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
1631   (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
1632   (defun my-message-mode-settings ()
1633     (font-lock-add-keywords nil
1634                             '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1635                                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1636                               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1637                                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1638     (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
1639     )
1640   (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
1641
1642   (defun my-post-attach-file ()
1643     "Prompt for an attachment."
1644     (interactive)
1645     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
1646           (description (string-read "Description: ")))
1647       (my-header-attach-file file description)))
1648
1649   (symbol-function 'my-post-attach-file)
1650
1651   (defun my-header-attach-file (file description)
1652     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1653   Argument DESCRIPTION MIME description."
1654     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1655     (when (> (length file) 0)
1656       (save-excursion
1657         (save-match-data
1658           (save-restriction
1659             (widen)
1660             (goto-char (point-min))
1661             (search-forward-regexp "^$")
1662             (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1663                             description "\n"))
1664             (message (concat "Attached '" file "'."))
1665             (setq post-has-attachment t))))))
1666
1667
1668
1669   (setq mail-yank-prefix "> ")
1670
1671   (global-unset-key "\M-g")
1672   (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
1673
1674   ;; self-insert-command hack.
1675   ;;   Without this, "if<SP>" expands to
1676   ;;   if ( -!-) {
1677   ;;   }
1678   ;;   which really should be,
1679   ;;   if (-!-) {
1680   ;;   }
1681
1682
1683
1684   ;(load-library "php-mode")
1685
1686   (setq-default c-indent-level 4)
1687   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
1688   (setq-default c-brace-offset -4)
1689   (setq-default c-argdecl-indent 4)
1690   (setq-default c-label-offset -4)
1691   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
1692   ; tabs are annoying
1693   (setq-default indent-tabs-mode nil)
1694   (setq-default tab-width 4)
1695
1696
1697   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
1698   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
1699   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
1700   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
1701   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
1702
1703
1704   (defun insert-date ()
1705     "Insert date at point."
1706     (interactive)
1707     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
1708   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
1709
1710   (defun unfill-paragraph (arg)
1711     "Pull this whole paragraph up onto one line."
1712     (interactive "*p")
1713     (let ((fill-column 10000))
1714       (fill-paragraph arg))
1715     )
1716
1717   (column-number-mode t)
1718
1719   (server-start)
1720
1721   ; (require 'mode-compile)
1722
1723   (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
1724     "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
1725       message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
1726     (if (eq major-mode 'post-mode)
1727         (message
1728          (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
1729                       ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
1730                       ; number if you have a faster computer or read slower than me.
1731   '(font-lock-verbose 1000)
1732   ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
1733   ; (add-hook 'server-switch-hook
1734   ;     (function (lambda()
1735   ;             (cond ((string-match "Post" mode-name)
1736   ;                (post-goto-body)))
1737   ;             set-buffer-file-coding-system 'utf-8
1738   ;             )))
1739   ;
1740
1741   (add-hook 'post-mode-hook
1742         (auto-fill-mode nil)
1743         )
1744   ; abbrev mode settings
1745   ; load abbreviations from
1746   (setq abbrev-file-name
1747         "~/.emacs_abbrev_def")
1748
1749   ; read the abbrev file if it exists
1750   (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1751       (quietly-read-abbrev-file))
1752
1753   ; for now, use abbrev mode everywhere
1754   (setq default-abbrev-mode t)
1755
1756
1757   (defun insert-function-documentation ()
1758     "Insert function documentation"
1759     (interactive)
1760     (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
1761   (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
1762
1763   (eval-after-load "lilypond-mode"
1764     '(progn
1765        (load-library "lyqi-mode")
1766        (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
1767
1768   (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
1769
1770   (desktop-load-default)
1771   (desktop-read)
1772   '(icomplete-mode on)
1773   (custom-set-faces
1774    ;; custom-set-faces was added by Custom.
1775    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
1776    ;; Your init file should contain only one such instance.
1777    ;; If there is more than one, they won't work right.
1778    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
1779
1780
1781   (put 'upcase-region 'disabled nil)
1782   (put 'downcase-region 'disabled nil)
1783   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
1784
1785   ; (defun turn-on-flyspell ()
1786   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
1787   ;    (interactive)
1788   ;    (flyspell-mode 1))
1789
1790
1791    ; Outline-minor-mode key map
1792    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
1793    ; HIDE
1794    (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1795    (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1796    (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
1797    (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
1798    (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1799    (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1800    ; SHOW
1801    (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
1802    (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
1803    (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1804    (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1805    (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1806    ; MOVE
1807    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
1808    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
1809    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1810    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1811    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1812    (global-set-key "\M-o" cm-map)
1813
1814
1815   ; debian stuff
1816   (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
1817   (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
1818
1819   ; ediff configuration
1820   ; don't use the multi-window configuration
1821   (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
1822
1823   ; use iedit
1824   (require 'iedit)
1825   (define-key global-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
1826   (global-set-key  (kbd "C-;") 'iedit-mode)
1827
1828   ; fix up css mode to not be silly
1829   ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1830   (setq cssm-indent-level 4)
1831   (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1832   (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1833   (setq cssm-mirror-mode nil)
1834
1835   (require 'multi-web-mode)
1836   (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
1837   (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
1838                     (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
1839                     (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
1840   (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
1841   (multi-web-global-mode 1)
1842
1843   ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
1844   ;;; `flymake-report-status'
1845   (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
1846   (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
1847     "Show \"slim\" flymake status in mode line."
1848     (when e-w
1849       (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
1850     (when status
1851       (setq flymake-mode-line-status status))
1852     (let* ((mode-line " Φ"))
1853       (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
1854         (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
1855       (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
1856       (setq flymake-mode-line mode-line)
1857       (force-mode-line-update)))
1858
1859   ; load sql-indent when sql is loaded
1860   (eval-after-load "sql"
1861     '(load-library "sql-indent"))
1862
1863   ; fix up tmux xterm keys
1864   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
1865   (defun fix-up-tmux-keys ()
1866       "Fix up tmux xterm keys"
1867       (if (getenv "TMUX")
1868           (progn
1869             (let ((x 2) (tkey ""))
1870               (while (<= x 8)
1871                 ;; shift
1872                 (if (= x 2)
1873                     (setq tkey "S-"))
1874                 ;; alt
1875                 (if (= x 3)
1876                     (setq tkey "M-"))
1877                 ;; alt + shift
1878                 (if (= x 4)
1879                     (setq tkey "M-S-"))
1880                 ;; ctrl
1881                 (if (= x 5)
1882                     (setq tkey "C-"))
1883                 ;; ctrl + shift
1884                 (if (= x 6)
1885                     (setq tkey "C-S-"))
1886                 ;; ctrl + alt
1887                 (if (= x 7)
1888                     (setq tkey "C-M-"))
1889                 ;; ctrl + alt + shift
1890                 (if (= x 8)
1891                     (setq tkey "C-M-S-"))
1892
1893                 ;; arrows
1894                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
1895                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
1896                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
1897                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
1898                 ;; home
1899                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
1900                 ;; end
1901                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
1902                 ;; page up
1903                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
1904                 ;; page down
1905                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
1906                 ;; insert
1907                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
1908                 ;; delete
1909                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
1910                 ;; f1
1911                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
1912                 ;; f2
1913                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
1914                 ;; f3
1915                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
1916                 ;; f4
1917                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
1918                 ;; f5
1919                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
1920                 ;; f6
1921                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
1922                 ;; f7
1923                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
1924                 ;; f8
1925                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
1926                 ;; f9
1927                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
1928                 ;; f10
1929                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
1930                 ;; f11
1931                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
1932                 ;; f12
1933                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
1934                 ;; f13
1935                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
1936                 ;; f14
1937                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
1938                 ;; f15
1939                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
1940                 ;; f16
1941                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
1942                 ;; f17
1943                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
1944                 ;; f18
1945                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
1946                 ;; f19
1947                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
1948                 ;; f20
1949                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
1950
1951                 (setq x (+ x 1))
1952                 ))
1953             )
1954         )
1955       )
1956   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
1957
1958   ; procmailmode configuration
1959   (load "procmail_mode")
1960
1961   (load "mode-line-cleaner")
1962
1963   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
1964     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
1965     (if (or (buffer-modified-p)
1966             (verify-visited-file-modtime)
1967             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
1968             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
1969         ad-do-it
1970       (clear-visited-file-modtime)
1971       (not-modified)))
1972   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
1973
1974   ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
1975   ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
1976
1977   (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
1978
1979   ; use iedit everywhere
1980   (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
1981
1982   (define-minor-mode my-keys-minor-mode
1983     "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
1984     t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
1985
1986   (my-keys-minor-mode 1)
1987   (defun my-minibuffer-setup-hook ()
1988     (my-keys-minor-mode 0))
1989
1990   (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
1991   (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
1992     "Try to ensure that my keybindings always have priority."
1993     (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
1994         (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
1995           (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
1996           (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
1997   (ad-activate 'load)
1998   (global-set-key "\M- " 'hippie-expand)
1999
2000 #+END_SRC
2001
2002 * END
2003 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2004   (provide 'don-configuration)
2005 #+END_SRC