emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (require 'gnutls)
  36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  37     (setq package-enable-at-startup nil)
  38     (setq package--init-file-ensured t)
  39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  45     (eval-when-compile
  46       (package-initialize)
  47       (unless (package-installed-p 'use-package)
  48         (package-refresh-contents)
  49         (package-install 'use-package))
  50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  53         (nreverse (apply #'nconc
  54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  55                  (mapcar #'(lambda (path)
  56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  57                          (list path)
  58                        nil))
  59                      load-path))))))
  60
  61   ;;; fix up info paths for packages
  62   (with-eval-after-load "info"
  63     (info-initialize)
  64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  67                     (not (file-directory-p fdir))
  68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  70
  71
  72   (eval-when-compile
  73     (require 'use-package))
  74   (require 'diminish)
  75   (require 'bind-key)
  76 #+END_SRC
  77 ** Paradox
  78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  79   (use-package paradox
  80     :ensure paradox
  81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  82     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83     )
  84 #+END_SRC
  85 * Add library paths
  86
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  89   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  90 #+END_SRC
  91 * Disable custom-vars
  92 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  93   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  94   (setq custom-file "/dev/null")
  95 #+END_SRC
  96 * Misc functions
  97 ** with-library
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
 100 ;; execute conditional code when loading libraries
 101 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 102   `(when (require ,symbol nil t)
 103      ,@body))
 104 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 105 #+END_SRC
 106
 107 * Variables
 108 ** Safe Local Variables
 109 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 110 (setq safe-local-variable-values
 111       (quote ((auto-save-default)
 112               (make-backup-files)
 113               (cperl-indent-level . 4)
 114               (indent-level . 4)
 115               (indent-tabs-mode . f)
 116               (vcl-indent-level . 4)
 117               )))
 118 #+END_SRC
 119 * Memory
 120 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 121   (setq global-mark-ring-max 128
 122         mark-ring-max 128
 123         kill-ring-max 128)
 124
 125   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 126     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 127
 128   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 129     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 130
 131   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 132   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 133 #+END_SRC
 134 * Modules
 135 ** Hippie Expand
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137   (use-package hippie-exp
 138     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 139     )
 140 #+END_SRC
 141 ** Flyspell 🐝
 142 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 143   (use-package flyspell
 144     :ensure t
 145     :diminish flyspell-mode 🐝
 146     :config
 147     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 148     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 149     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 150     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 151     :init
 152     (setq ispell-program-name "ispell")
 153     )
 154
 155 #+END_SRC
 156 ** Flymake
 157 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 158   (use-package flymake
 159     :diminish "Φ")
 160 #+end_src
 161
 162 ** Winnermode
 163 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 164   (winner-mode 1)
 165 #+END_SRC
 166 ** Eyebrowse
 167
 168 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 169   (use-package eyebrowse
 170     :ensure t
 171     :diminish eyebrowse-mode
 172     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 173     :config (progn
 174               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 175               (eyebrowse-mode t)
 176
 177               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 178                 (interactive)
 179                 (let ((done nil))
 180                   (dotimes (i 10)
 181                     ;; start at 1 run till 0
 182                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 183                       (when (and (not done)
 184                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 185                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 186                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 187                         (setq done t)
 188                         ))
 189                     )))
 190
 191               ;; I don't use latex-preview-pane
 192               ;; (require 'latex-preview-pane)
 193               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 194               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 195               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 196               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 197               ;;   ;; edit the TeX file.
 198               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 199               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 200
 201               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 202               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 203
 204               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 205               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 206               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 207               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 208               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 209               )
 210     )
 211 #+END_SRC
 212
 213 ** Window handling
 214
 215 *** Splitting
 216 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 217   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 218     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 219     (interactive)
 220     (split-window-vertically)
 221     (other-window 1 nil)
 222     (switch-to-next-buffer))
 223
 224   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 225     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 226     (interactive)
 227     (split-window-horizontally)
 228     (other-window 1 nil)
 229     (switch-to-next-buffer))
 230
 231   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 232   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 233
 234   (setq split-width-threshold  100)
 235   (setq split-height-threshold 60)
 236
 237   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 238     "If there's only one window (excluding any possibly active
 239            minibuffer), then split the current window horizontally."
 240     (if (and (one-window-p t)
 241              (not (active-minibuffer-window))
 242              ( < (frame-width) (frame-height))
 243              )
 244         (let ((split-width-threshold nil))
 245           (split-window-sensibly window))
 246       (split-window-sensibly window)))
 247
 248   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 249   (setq window-combination-resize t)
 250 #+END_SRC
 251
 252 *** Compilation window
 253
 254 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 255 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 256 the former case, if there was no error the window closes
 257 automatically.
 258
 259 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 260   (add-to-list 'display-buffer-alist
 261                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 262                  (display-buffer-reuse-window
 263                   display-buffer-in-side-window)
 264                  (reusable-frames . visible)
 265                  (side            . bottom)
 266                  (window-height   . 0.4)))
 267 #+END_SRC
 268
 269 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 270   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 271     ;; If M-x compile exists with a 0
 272     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 273       ;; and delete the *compilation* window
 274       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 275         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 276                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 277                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 278           (delete-window compilation-window))))
 279     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 280     (cons msg code))
 281
 282   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 283   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 284 #+END_SRC
 285
 286 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 287 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 288 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 289 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 290 value, scrolling continues until there is no more output.
 291
 292 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 293   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 294 #+END_SRC
 295
 296 ** Mode line cleaning
 297 *** Diminish
 298 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 299   (use-package diminish
 300     :ensure t)
 301 #+END_SRC
 302
 303 *** Delight
 304 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 305   (use-package delight
 306     :ensure t)
 307 #+END_SRC
 308
 309 ** Jumping
 310 *** Avy
 311 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 312   (use-package avy
 313     :ensure t
 314     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 315            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 316            ("M-g g" . avy-goto-line))
 317     :config (progn (setq avy-background t))
 318     )
 319 #+END_SRC
 320 *** Ace-link (jumping to links)
 321 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 322   (use-package ace-link
 323     :ensure t
 324     ; bind o in most modes
 325     :config (ace-link-setup-default))
 326 #+END_SRC
 327 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 328 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 329   (use-package goto-chg
 330     :ensure t
 331     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 332            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 333     )
 334 #+END_SRC
 335 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 336 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 337   (use-package bm
 338     :ensure t
 339     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 340            ("C-c j b ," . bm-previous)
 341            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 342 #+END_SRC
 343
 344 ** Snippets
 345 *** Yasnippet
 346 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 347   (use-package yasnippet
 348     :ensure t
 349     :diminish yas-minor-mode
 350     :config (progn
 351               (yas-global-mode)
 352               (setq yas-verbosity 1)
 353               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 354               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 355               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 356               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 357                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 358               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 359                                'yas-hippie-try-expand)
 360               (yas-reload-all)
 361               )
 362     )
 363 #+END_SRC
 364 *** Auto-YASnippet
 365 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 366   (use-package auto-yasnippet
 367     :ensure t
 368     :bind (("H-w" . aya-create)
 369            ("H-y" . aya-expand)
 370            )
 371     )
 372 #+END_SRC
 373 ** Company
 374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 375   (use-package company
 376     :ensure t
 377     :bind (("M-/" . company-complete))
 378     :config
 379     (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 380           company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 381           company-selection-wrap-around t
 382           company-require-match nil
 383           company-dabbrev-ignore-case t
 384           company-dabbrev-ignore-invisible t
 385           company-dabbrev-other-buffers t
 386           company-dabbrev-downcase nil
 387           company-dabbrev-code-everywhere t
 388           company-tooltip-align-annotations t
 389           company-minimum-prefix-length 1
 390           company-global-modes '(not)
 391           company-lighter-base "(C)")
 392     (global-company-mode 1)
 393
 394     (bind-key "C-n"   #'company-select-next company-active-map)
 395     (bind-key "C-p"   #'company-select-previous company-active-map)
 396     ; (bind-key "<tab>" #'company-complete company-active-map)
 397     (bind-key "M-?"   #'company-show-doc-buffer company-active-map)
 398     (bind-key "M-."   #'company-show-location company-active-map)
 399     (bind-key "M-/"   #'company-complete-common org-mode-map)
 400     )
 401 #+END_SRC
 402 *** C/C++
 403 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 404   (use-package company-c-headers
 405     :ensure t
 406     :config (progn
 407               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 408                 "Return the system include path for the current buffer."
 409                 (when ede-object
 410                   (ede-system-include-path ede-object)))
 411
 412               (setq company-c-headers-path-system
 413                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 414
 415               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 416 #+END_SRC
 417 *** Python
 418 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 419 (use-package company-anaconda
 420   :ensure t
 421   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 422 #+END_SRC
 423 *** Perl
 424 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 425   (use-package company-plsense
 426     :ensure t
 427     )
 428 #+END_SRC
 429 *** LaTeX
 430 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 431   (use-package company-math
 432     :ensure t)
 433 #+END_SRC
 434 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 435   (use-package company-auctex
 436     :ensure t
 437     :config (progn
 438               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 439                 "company-auctex-labels backend"
 440                 (interactive (list 'interactive))
 441                 (case command
 442                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 443                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 444                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 445
 446               (add-to-list 'company-backends
 447                            '(company-auctex-macros
 448                              company-auctex-environments
 449                              company-math-symbols-unicode
 450                              company-math-symbols-latex))
 451
 452               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 453               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 454               )
 455     )
 456 #+END_SRC
 457 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 458   (use-package company-bibtex
 459     :ensure t
 460     )
 461 #+END_SRC
 462 *** Shell
 463
 464  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 465    (use-package company-shell
 466      :ensure t
 467      :config (progn
 468                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 469                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 470  #+END_SRC
 471
 472 *** YaSnippet
 473
 474  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 475
 476  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 477
 478  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 479    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 480      "Enable yasnippet for all backends.")
 481
 482    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 483      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 484              (and (listp backend)
 485                   (member 'company-yasnippet backend)))
 486          backend
 487        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 488                '(:with company-yasnippet))))
 489
 490    (setq company-backends
 491          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 492  #+END_SRC
 493
 494 *** All the words
 495
 496  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 497
 498  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 499    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 500      (interactive)
 501      (cond
 502       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 503        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 504        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 505        (message "company-ispell disabled"))
 506       (t
 507        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 508        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 509        (message "company-ispell enabled!"))))
 510
 511    (defun malb/company-ispell-setup ()
 512      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 513      (when (boundp 'company-backends)
 514        (make-local-variable 'company-backends)
 515        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 516        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 517        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 518        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 519                 ispell-alternate-dictionary)
 520            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 521  #+END_SRC
 522
 523 *** Tab DWIM
 524
 525  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 526
 527  2. This function then hopefully does what I want:
 528
 529     a. if a region is active, just indent
 530     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 531     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 532     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 533
 534  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 535
 536 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 537   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 538     (interactive "P")
 539     (cond
 540      ;; if a region is active, indent
 541      ((use-region-p)
 542       (indent-region (region-beginning)
 543                      (region-end)))
 544      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 545      ((and (not (active-minibuffer-window))
 546            (or (looking-at " ")
 547                (looking-at "$"))
 548            (looking-back "[^[:space:]]")
 549            (not (looking-back "^")))
 550
 551       (cond (company-mode (company-complete-common))
 552             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 553
 554      ;; no whitespace anywhere
 555      ((and (not (active-minibuffer-window))
 556            (looking-at "[^[:space:]]")
 557            (looking-back "[^[:space:]]")
 558            (not (looking-back "^")))
 559       (cond
 560        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 561         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 562        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 563         (save-excursion (outline-cycle)))))
 564
 565      ;; by default just call whatever was bound
 566      (t
 567       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 568                     'indent-for-tab-command)))
 569         (if (not (called-interactively-p 'any))
 570             (fn arg)
 571           (setq this-command fn)
 572           (call-interactively fn))))))
 573
 574   (defun malb/toggle-fold ()
 575     (interactive)
 576     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 577            (org-force-cycle-archived))
 578           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 579            (save-excursion
 580              (end-of-line)
 581              (hs-toggle-hiding)))
 582
 583           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 584            (save-excursion
 585              (outline-cycle)))))
 586
 587   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 588   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 589 #+END_SRC
 590 ** Tinyprocmail
 591
 592 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 593   ;; load tinyprocmail
 594   (use-package tinyprocmail
 595     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 596     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 597     )
 598 #+END_SRC
 599
 600 ** Magit
 601 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 602   (use-package magit
 603     :ensure t
 604     :bind (("C-x g" . magit-status)
 605            ("C-x C-g" . magit-status))
 606     :config
 607     ;; refine diffs always (hilight words)
 608     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 609     )
 610   (use-package magit-annex
 611     :ensure t
 612     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 613     )
 614   (use-package magit-vcsh
 615     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 616     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 617     )
 618 #+END_SRC
 619
 620 ** Perl
 621 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 622   (use-package cperl-mode
 623     :config
 624     (progn
 625       ;; Use c-mode for perl .xs files
 626       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 627       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 628       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 629       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 630       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 631       (setq cperl-hairy t
 632             cperl-indent-level 4
 633             cperl-auto-newline nil
 634             cperl-auto-newline-after-colon nil
 635             cperl-continued-statement-offset 4
 636             cperl-brace-offset -1
 637             cperl-continued-brace-offset 0
 638             cperl-label-offset -4
 639             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 640             cperl-electric-lbrace-space nil
 641             cperl-indent-parens-as-block nil
 642             cperl-close-paren-offset -1
 643             cperl-tab-always-indent t)
 644       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 645   ))
 646 #+END_SRC
 647
 648 ** Markdown mode
 649 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 650   (use-package markdown-mode
 651     :ensure t
 652     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 653            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 654            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 655            )
 656     :config
 657     (setq markdown-enable-math t)
 658     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 659     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 660     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 661     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 662     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 663   )
 664
 665 #+END_SRC
 666 ** SQL mode
 667 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 668   ; load sql-indent when sql is loaded
 669 (use-package sql
 670   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 671   :config
 672   (require sql-indent))
 673 #+END_SRC
 674 ** Ediff
 675 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 676   (use-package ediff
 677     :commands ediff ediff3
 678     :ensure f
 679     :config
 680     ;; ediff configuration
 681     ;; don't use the multi-window configuration
 682     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 683   )
 684 #+END_SRC
 685 ** Do the Right Thing Indenting
 686 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 687 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 688 (use-package dtrt-indent
 689   :ensure t
 690 )
 691 #+END_SRC
 692 ** VCL --editing varnish configuration files
 693 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 694   (use-package vcl-mode
 695     :ensure t
 696     :mode "\\.vcl\\'"
 697     )
 698
 699 #+END_SRC
 700 ** Helm
 701 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 702   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 703     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 704     (interactive)
 705     (unless helm-source-buffers-list
 706       (setq helm-source-buffers-list
 707             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 708     (helm-other-buffer
 709      (append
 710
 711      (if (projectile-project-p)
 712           '(helm-source-projectile-buffers-list
 713             helm-source-buffers-list)
 714         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 715
 716       `(((name . "Virtual Workspace")
 717          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 718                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 719          (action . (lambda (candidate)
 720                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 721
 722       (if (projectile-project-p)
 723           '(helm-source-projectile-recentf-list
 724             helm-source-recentf)
 725         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 726
 727       ;; always make some common files easily accessible
 728       ;;'(((name . "Common Files")
 729        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 730         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 731
 732       '(helm-source-files-in-current-dir
 733         helm-source-locate
 734         helm-source-bookmarks
 735         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 736         ))
 737      "*Helm all the things*"))
 738   (use-package helm
 739     :ensure helm
 740     :diminish helm-mode
 741     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 742            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 743            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 744            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 745            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 746     :config
 747     (require 'helm-config)
 748     (require 'helm-for-files)
 749     (require 'helm-bookmark)
 750
 751     (helm-mode 1)
 752     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 753     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 754     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 755     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 756     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 757       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 758       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 759     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 760   )
 761 #+END_SRC
 762 *** Helm Flx
 763
 764  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 765
 766  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 767  (use-package helm-flx
 768    :ensure t
 769    :config (progn
 770              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 771              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 772                    helm-bookmark-show-location           t
 773                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 774                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 775                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 776                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 777                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 778                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 779                    helm-quick-update                     t
 780                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 781                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 782              (helm-flx-mode +1)))
 783  #+END_SRC
 784 *** Helm Swoop
 785 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 786
 787   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 788   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 789     (thing-at-point 'symbol))
 790     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 791     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 792           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 793           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 794           ein:notebook-multilang-mode))
 795
 796     (defun malb/swoop-or-search ()
 797       (interactive)
 798       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 799               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 800           (isearch-forward)
 801         (helm-swoop)))
 802
 803     (use-package helm-swoop
 804       :ensure t
 805       :commands helm-swoop
 806       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 807              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 808              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 809       :config (progn
 810
 811                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 812                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 813                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 814                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 815                       helm-swoop-speed-or-color t)
 816
 817                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 818                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 819                   (interactive)
 820                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 821                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 822                           (previous-history-element 1)
 823                         (helm-next-line))
 824                     (helm-next-line)))
 825
 826                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 827                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 828                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 829                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 830                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 831                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 832       )
 833
 834 #+END_SRC
 835 *** Helm Ag
 836 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 837 (use-package helm-ag
 838   :ensure t
 839   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 840                 helm-ag-command-option "--all-text"
 841                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 842                 helm-ag-fuzzy-match t
 843                 helm-ag-use-temp-buffer t
 844                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 845                 helm-ag-use-agignore t))
 846 #+END_SRC
 847 *** Helm Descbinds
 848 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 849   (use-package helm-descbinds
 850     :ensure t
 851     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 852     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 853 #+END_SRC
 854
 855 *** Helm YaSnippet
 856 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 857   (use-package helm-c-yasnippet
 858     :ensure t
 859     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 860     :config (progn
 861               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 862 #+END_SRC
 863 *** Helm Org Rifle
 864 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 865   (use-package helm-org-rifle
 866     :ensure t
 867     :config (progn
 868               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 869                 (interactive "p")
 870                 (let ((current-prefix-arg nil))
 871                   (cond
 872                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 873                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 874                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 875 #+END_SRC
 876 *** Helm Google
 877 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 878 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 879   (use-package helm-google
 880     :ensure t
 881     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 882     :config
 883     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 884                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 885                                          (let ((url
 886                                                 (replace-regexp-in-string
 887                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 888                                                  "\\1" candidate)))
 889                                            (kill-new url))))
 890                         t
 891                         )
 892
 893            (add-to-list 'helm-google-actions
 894                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 895                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 896                                                      (url
 897                                                       (replace-regexp-in-string
 898                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 899                                                        "\\1" candidate)))
 900                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 901                         t)
 902            ))
 903 #+END_SRC
 904
 905 ** Projectile -- Project management
 906 #+begin_src emacs-lisp
 907   (use-package projectile
 908     :ensure t
 909     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 910            ("<f6>" . next-error))
 911     :config (progn
 912               (use-package magit :ensure t)
 913               (require 'helm-projectile)
 914               (helm-projectile-on)
 915
 916               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 917                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 918                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 919
 920               (projectile-global-mode)))
 921 #+end_src
 922
 923 *** helm integration
 924 #+begin_src emacs-lisp
 925   (use-package helm-projectile
 926     :ensure t
 927     :config (progn
 928               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 929                 (helm-build-dummy-source
 930                     "Create file"
 931                   :action 'find-file))
 932
 933               (add-to-list
 934                'helm-projectile-sources-list
 935                malb/helm-source-file-not-found t)
 936
 937               (helm-delete-action-from-source
 938                "Grep in projects `C-s'"
 939                helm-source-projectile-projects)
 940
 941               (helm-add-action-to-source
 942                "Grep in projects `C-s'"
 943                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 944 #+end_src
 945 ** Zap to char
 946 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 947   (use-package avy-zap
 948     :ensure t
 949     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 950 #+END_SRC
 951 ** Hydra
 952 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 953   (use-package hydra
 954     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 955            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 956            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 957            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 958            )
 959     :config
 960     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 961     "
 962   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 963   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 964   _p_: read papers      _R_: paper notes
 965   _h_: hpcbio
 966   _q_: quit
 967   _z_: quit
 968   "
 969     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 970     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 971     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 972     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 973     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 974     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 975     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 976     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 977     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 978     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 979     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 980     ("q" nil "quit")
 981     ("z" nil "quit")
 982     )
 983
 984     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 985     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 986     "
 987   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 988   ^^^^^^------------------------------------------------------
 989   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 990   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 991   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
 992   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
 993   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
 994   _d_: subtree
 995
 996   "
 997     ;; Hide
 998     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 999     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1000     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1001     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1002     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1003     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1004     ;; Show
1005     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1006     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1007     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1008     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1009     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1010     ;; Move
1011     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1012     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1013     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1014     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1015     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1016     ("z" nil "leave"))
1017   )
1018 #+END_SRC
1019
1020 ** Tramp
1021 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1022   (use-package tramp
1023     :config
1024     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1025                                   (tramp-login-program "vcsh")
1026                                   (tramp-login-args
1027                                    (("enter")
1028                                     ("%h")))
1029                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1030                                   (tramp-remote-shell-args
1031                                    ("-c")))))
1032 #+END_SRC
1033 ** Reftex
1034 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1035   (use-package reftex
1036     :ensure t
1037     :config
1038     (setq-default reftex-default-bibliography
1039                     '("~/projects/research/references.bib")))
1040 #+END_SRC
1041 ** BibTex
1042 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1043   (use-package bibtex
1044     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1045                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1046                           ("abstract" "")
1047                   ("pmid" "")
1048                   ("doi" ""))))
1049     )
1050
1051 #+END_SRC
1052 ** LaTeX
1053 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1054   (use-package tex
1055     :defer t
1056     :ensure auctex
1057     :config
1058     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1059     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1060     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1061     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1062     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1063     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1064     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1065     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1066     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1067     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1068     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1069
1070     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1071     ;; support fake section headers
1072     (setq TeX-outline-extra
1073           '(("%chapter" 1)
1074             ("%section" 2)
1075             ("%subsection" 3)
1076             ("%subsubsection" 4)
1077             ("%paragraph" 5)))
1078     ;; add font locking to the headers
1079     (font-lock-add-keywords
1080      'latex-mode
1081      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1082         0 'font-lock-keyword-face t)
1083        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1084        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1085        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1086        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1087        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1088
1089     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1090     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1091     (setq TeX-open-quote "“")
1092     (setq TeX-close-quote "”")
1093
1094     ;; (TeX-add-style-hook
1095     ;;  "latex"
1096     ;;  (lambda ()
1097     ;;    (TeX-add-symbols
1098     ;;     '("DLA" 1))))
1099     ;; (custom-set-variables
1100     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1101     ;;    '(("fixme"
1102     ;;       ("DLA" "RZ")
1103     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1104     ;; )
1105     (setq-default TeX-parse-self t)
1106     (setq-default TeX-auto-save t)
1107     (setq-default TeX-master nil)
1108     (eval-after-load
1109         "latex"
1110       '(TeX-add-style-hook
1111         "cleveref"
1112         (lambda ()
1113           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1114               (add-to-list
1115                'reftex-ref-style-alist
1116                '("Cleveref" "cleveref"
1117                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1118           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1119           (TeX-add-symbols
1120            '("cref" TeX-arg-ref)
1121            '("Cref" TeX-arg-ref)
1122            '("cpageref" TeX-arg-ref)
1123            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1124     (eval-after-load
1125         "latex"
1126       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1127                     '("Sexpr")))
1128
1129     (use-package font-latex
1130       :config
1131       (setq font-latex-match-reference-keywords
1132             '(
1133               ("fref" "{")
1134               ("Fref" "{")
1135               ("citep" "{")
1136               ("citet" "{")
1137               ("acs" "{")
1138               ("acsp" "{")
1139               ("ac" "{")
1140               ("acp" "{")
1141               ("acl" "{")
1142               ("aclp" "{")
1143               ("acsu" "{")
1144               ("aclu" "{")
1145               ("acused" "{")
1146               ("DLA" "{")
1147               ("RZ" "{")
1148               ("OM" "{")
1149               ("DL" "{")
1150               ("fixme" "{"))
1151             )
1152       )
1153     (setq font-latex-fontify-script nil)
1154     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1155     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1156   )
1157
1158 #+END_SRC
1159 ** ESS
1160 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1161   (use-package ess
1162     :ensure t
1163     :commands R
1164     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1165     :bind (:map ess-mode-map
1166                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1167     :init
1168     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1169     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1170     :config
1171     ; actually load the rest of ess
1172     (require 'ess-site)
1173     (defun ess-change-directory (path)
1174       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1175       (interactive "Directory to change to: ")
1176
1177       (when (file-exists-p path)
1178         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1179         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1180         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1181     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1182     ;; outlining support for ess modes
1183     (add-hook
1184      'ess-mode-hook
1185      '(lambda ()
1186         (outline-minor-mode)
1187         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1188         (defun outline-level ()
1189           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1190                 ((looking-at "^#### ") 2)
1191                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1192                 (t 1000)))
1193         ))
1194     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1195       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1196       (interactive "r")
1197       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1198       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1199     ;; Don't restore history or save workspace image
1200     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1201     )
1202 #+END_SRC
1203
1204 ** Rainbowmode
1205 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1206
1207 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1208   (use-package rainbow-mode
1209     ;; add ess to the x major mode
1210     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1211     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1212   )
1213 #+END_SRC
1214
1215 ** Polymode
1216 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1217   (use-package polymode
1218     :config
1219     (use-package poly-R)
1220     (use-package poly-noweb)
1221     (use-package poly-markdown)
1222     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1223     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1224     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1225     )
1226 #+END_SRC
1227
1228 ** Outlining
1229 *** Outline magic
1230 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1231   (use-package outline-magic)
1232 #+END_SRC
1233 *** Outline mode
1234 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1235 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1236 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1237 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1238 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1239 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1240
1241 #+END_SRC
1242 ** Writeroom Mode
1243 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1244   (use-package writeroom-mode
1245     :config
1246     (defun my/writing-mode ()
1247       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1248       (interactive)
1249       (if writeroom-mode
1250           (progn
1251             (writeroom-mode -1)
1252             (visual-line-mode -1)
1253             (auto-fill-mode -1)
1254             (visual-fill-column-mode -1)
1255             )
1256         (visual-line-mode 1)
1257         (auto-fill-mode 1)
1258         (visual-fill-column-mode 1)
1259         (writeroom-mode 1))
1260       )
1261     )
1262 #+END_SRC
1263 ** GhostText/Atomic Chrome
1264 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1265   (use-package atomic-chrome
1266     :config
1267     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1268     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1269     )
1270 #+END_SRC
1271 ** Multiple Cursors
1272    :PROPERTIES:
1273    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1274    :END:
1275 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1276 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1277   (use-package multiple-cursors
1278     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1279             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1280             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1281             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1282     )
1283 #+END_SRC
1284 ** Web Mode
1285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1286   (use-package web-mode
1287     :config
1288     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1289     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1290     (setq web-mode-engines-alist
1291           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1292     )
1293 #+END_SRC
1294 ** Spamassassin Mode
1295 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1296   (use-package spamassassin-mode
1297     :commands spamassassin-mode
1298     :ensure f
1299     )
1300 #+END_SRC
1301 ** Password Store
1302 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1303   (use-package password-store
1304     :ensure f
1305     :commands password-store-edit password-store-generate
1306     )
1307 #+END_SRC
1308 ** CSS mode
1309 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1310   (use-package css
1311     :mode "\\.css'"
1312     :config
1313     ;; fix up css mode to not be silly
1314     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1315     (setq cssm-indent-level 4)
1316     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1317     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1318     (setq cssm-mirror-mode nil))
1319 #+END_SRC
1320 ** Abbrev Mode
1321 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1322   (use-package abbrev
1323     :diminish abbrev-mode
1324     :config
1325     ;; load abbreviations from
1326     (setq abbrev-file-name
1327           "~/.emacs_abbrev_def")
1328
1329     ;; read the abbrev file if it exists
1330     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1331         (quietly-read-abbrev-file))
1332
1333     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1334     (setq default-abbrev-mode t))
1335 #+END_SRC
1336
1337 * Email
1338 ** Mutt
1339 *** Message-mode
1340 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1341   (use-package message
1342     :ensure f
1343     :diminish (message "✉")
1344     :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1345     :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1346     :hook 'my/message-mode-settings
1347     :hook 'turn-on-flyspell
1348     :bind (:map message-mode-map
1349         ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1350     :delight (message-mode "✉")
1351     :config
1352     (defun my/message-mode-settings ()
1353       (font-lock-add-keywords nil
1354                   '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1355                  (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1356                 ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1357                  (0 'message-double-quoted-text-face))))
1358       )
1359
1360     (defun my/post-attach-file ()
1361       "Prompt for an attachment."
1362       (interactive)
1363       (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1364         (my/header-attach-file file "")))
1365
1366     (defun my/header-attach-file (file description)
1367       "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1368     Argument DESCRIPTION MIME description."
1369       (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1370       (when (> (length file) 0)
1371     (save-excursion
1372       (save-match-data
1373         (save-restriction
1374           (widen)
1375           (goto-char (point-min))
1376           (search-forward-regexp "^$")
1377           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1378                   description "\n"))
1379           (message (concat "Attached '" file "'."))
1380           (setq post-has-attachment t))))))
1381
1382     (setq mail-yank-prefix "> ")
1383   )
1384 #+END_SRC
1385 *** Muttrc mode
1386 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1387   (use-package muttrc-mode
1388     :mode "muttngrc"
1389     :mode "muttrc"
1390   )
1391
1392 #+END_SRC
1393 * Base emacs
1394 ** Reverting buffers
1395 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1396   (use-package autorevert
1397     :diminish auto-revert-mode
1398     :config
1399     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1400           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1401           auto-revert-verbose nil)
1402     (global-auto-revert-mode 1))
1403 #+END_SRC
1404 * Org Mode
1405 ** Use-package and load things
1406 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1407
1408   (use-package org
1409     :delight (org-mode "ø")
1410     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1411     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1412            ("C-c a"  . org-agenda)
1413            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1414 #+END_SRC
1415 ** Agenda Configuration
1416 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1417   :config
1418   (setq-default org-log-done 'time)
1419   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1420
1421   (setq org-agenda-sticky t)
1422   (defun dla/show-org-agenda ()
1423     (interactive)
1424     (let (agendabuffer
1425           '(delq nil
1426                 (mapcar (lambda (x)
1427                           (and (string-match-p
1428                                 "\*Org Agenda.*\*"
1429                                 (buffer-name x))
1430                                x)
1431                           )
1432                         (buffer-list))))
1433       (if agendabuffer
1434           (switch-to-buffer
1435            (buffer-name agendabuffer))
1436         (org-agenda-list)))
1437       (delete-other-windows))
1438
1439   ;; agenda configuration
1440   ;; Do not dim blocked tasks
1441   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1442   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1443   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1444
1445   ;; Compact the block agenda view
1446   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1447
1448   ;; Custom agenda command definitions
1449   (setq org-agenda-custom-commands
1450         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1451                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1452                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1453                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1454                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1455                   (org-agenda-sorting-strategy
1456                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1457                 (" " "Agenda"
1458                  ((agenda "" nil)
1459                   (tags "REFILE"
1460                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1461                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1462                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1463                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1464                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1465                               (org-agenda-sorting-strategy
1466                                '(category-keep))))
1467                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1468                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1469                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1470                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1471                               (org-agenda-sorting-strategy
1472                                '(category-keep))))
1473                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1474                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1475                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1476                                                                         ""
1477                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1478                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1479                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1480                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1481                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1482                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1483                               (org-agenda-sorting-strategy
1484                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1485                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1486                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1487                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1488                                                                         ""
1489                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1490                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1491                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1492                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1493                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1494                               (org-agenda-sorting-strategy
1495                                '(category-keep))))
1496                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1497                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1498                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1499                                                                         ""
1500                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1501                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1502                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1503                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1504                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1505                               (org-agenda-sorting-strategy
1506                                '(category-keep))))
1507                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1508                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1509                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1510                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1511                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1512                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1513                   (tags "-REFILE/"
1514                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1515                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1516                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1517                  nil))))
1518
1519   ; org mode agenda files
1520   (setq org-agenda-files
1521         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1522             "~/projects/org-notes/notes.org"
1523             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1524             "~/projects/org-notes/refile.org"
1525             "~/projects/org-notes/diary.org"
1526             "~/projects/org-notes/ool.org"
1527             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1528             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1529             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1530             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1531             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1532             "~/projects/org-notes/laurel.org"
1533             "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
1534             "~/org-mode/from-mobile.org"
1535             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1536
1537   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1538   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1539   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1540   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1541   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1542   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1543   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1544   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1545   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1546   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1547   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1548     (interactive "P")
1549     (with-temp-buffer
1550       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1551         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1552         (goto-char (point-max))
1553         (newline))
1554       (write-file "/tmp/timeline.org")
1555       (org-agenda arg "L")))
1556   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1557
1558 #+END_SRC
1559 ** General config
1560 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1561   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1562   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1563
1564   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1565   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1566 #+END_SRC
1567 ** Capture Templates
1568 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1569   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1570         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1571            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1572           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1573            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1574           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1575            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1576           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1577            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1578           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1579            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1580           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1581            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1582           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1583            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1584           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1585            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1586           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1587            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1588           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1589            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1590           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1591            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1592            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1593                                        "Jobs"
1594                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1595            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1596           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1597            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1598           )
1599         )
1600
1601   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1602   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1603     (interactive)
1604     (save-excursion
1605       (beginning-of-line 0)
1606       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1607
1608   (defun my/org-add-id ()
1609     (interactive)
1610     (save-excursion
1611       (if (org-current-level)
1612           ()
1613         (forward-char 1)
1614         )
1615       (org-id-get-create)
1616       )
1617   )
1618
1619 #+END_SRC
1620 ** Org mode key bindings
1621 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1622   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1623   ;; Custom Key Bindings
1624   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1625           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1626           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1627           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1628           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1629           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1630           ("<S-f5>" . bh/widen)
1631           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1632           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1633           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1634           ("<f9> b" . bbdb)
1635           ("<f9> c" . calendar)
1636           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1637           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1638           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1639           ("<f9> w" . widen)
1640
1641           ("<f9> r" . boxquote-region)
1642           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1643
1644           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1645           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1646
1647           ("<f9> v" . visible-mode)
1648           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1649           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1650           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1651           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1652           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1653           ("C-<f10>" . next-buffer)
1654           ("<f11>" . org-clock-goto)
1655           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1656           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1657           ("C-c c" . org-capture))
1658   :config
1659 #+END_SRC
1660 ** Utility Functions
1661 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1662   (defun bh/hide-other ()
1663     (interactive)
1664     (save-excursion
1665       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1666       (hide-other)
1667       (org-cycle)
1668       (org-cycle)
1669       (org-cycle)))
1670
1671   (defun bh/set-truncate-lines ()
1672     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1673     (interactive)
1674     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1675     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1676     (save-excursion
1677       (set-window-start (selected-window)
1678                         (window-start (selected-window)))))
1679
1680   (defun bh/switch-to-scratch ()
1681     (interactive)
1682     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1683
1684   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1685   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1686
1687   ; create function to create headlines in file. This comes from
1688   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1689   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1690     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1691   do not already have one."
1692     (interactive)
1693     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1694   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1695     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1696   (or narrowed region)."
1697     (interactive)
1698     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1699   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1700   ; (add-hook 'org-mode-hook
1701   ;           (lambda ()
1702   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1703 #+END_SRC
1704 ** Keywords (TODO)
1705 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1706   (setq org-todo-keywords
1707         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1708                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1709
1710   (setq org-todo-keyword-faces
1711         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1712                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1713                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1714                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1715                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1716                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1717                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1718                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1719
1720   (setq org-todo-state-tags-triggers
1721         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1722                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1723                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1724                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1725                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1726                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1727                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1728
1729
1730
1731   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1732   ; add ids on creation of nodes
1733   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1734
1735
1736   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1737   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1738   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1739
1740   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1741   ; use C-M-r for org mode capture
1742   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1743
1744   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1745   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1746                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1747
1748   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1749   (setq org-refile-use-outline-path t)
1750
1751   ; Targets complete directly with IDO
1752   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1753
1754   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1755   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1756
1757   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1758   ; (setq org-completion-use-ido t)
1759   ; (setq ido-everywhere t)
1760   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1761   ; (ido-mode (quote both))
1762   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1763   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1764   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1765   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1766   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1767
1768
1769   ;;;; Refile settings
1770   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1771   (defun bh/verify-refile-target ()
1772     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1773     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1774
1775   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1776
1777   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1778   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1779   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1780   (require 'org-protocol)
1781   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1782   (setq my-org-protocol-flag nil)
1783   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1784     "Delete frame at remember finalization"
1785     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1786            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1787   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1788     "Delete frame at remember refile"
1789     (if my-org-protocol-flag
1790         (progn
1791           (setq my-org-protocol-flag nil)
1792           ad-do-it
1793           (delete-frame))
1794       ad-do-it)
1795     )
1796   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1797     "Delete frame at remember abort"
1798     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1799            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1800   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1801     (setq my-org-protocol-flag t))
1802
1803   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1804     (unless (org-in-item-p)
1805       (org-id-get-create)
1806       )
1807     )
1808
1809   ;; org modules
1810   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1811
1812   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1813   (defun open-mail-in-mutt (message)
1814     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1815
1816   Message can be specified either by a path pointing inside a
1817   Maildir, or by Message-ID."
1818     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1819     (shell-command
1820      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1821          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1822
1823   ;; add support for "mutt:ID" links
1824   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1825
1826   (defun my-org-mode-setup ()
1827     ; (load-library "reftex")
1828     (and (buffer-file-name)
1829          (file-exists-p (buffer-file-name))
1830          (progn
1831            ; (reftex-parse-all)
1832            (reftex-set-cite-format
1833             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1834               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1835               (?c . "\\cite{%l}")
1836               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1837            ))
1838     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1839     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1840     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1841     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1842     )
1843   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1844
1845   (defun org-mode-reftex-search ()
1846     (interactive)
1847     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1848
1849   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1850     "Open a paper by bibtex key"
1851     (interactive "bibtex key: ")
1852     (shell-command
1853      (format "%s %s"
1854          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1855   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1856   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1857     "Open a paper pdf by bibtex key"
1858     (interactive "bibtex key: ")
1859     (shell-command
1860      (format "%s -p evince_annot %s"
1861          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1862   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1863
1864   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1865                '("notes" .
1866                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1867
1868   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1869   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1870
1871   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1872   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1873                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1874
1875    ;; stolen from
1876   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1877   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1878     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1879     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1880                      (match-string 1 path)))
1881            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1882       (cond ((eq format 'latex)
1883              (if (or (not desc)
1884                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1885                  (format "\\cite{%s}" search)
1886                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1887
1888   (org-add-link-type "rtcite"
1889                      'org-bibtex-open
1890                      'my-rtcite-export-handler)
1891
1892
1893 #+END_SRC
1894 ** Org Mobile Configuration
1895 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1896   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1897   (when (string= system-name "linnode")
1898     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1899   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1900   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1901
1902 #+END_SRC
1903 ** Org iCal Support
1904 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1905   ;; org mode ical export
1906   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1907   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1908   ;; we already add the id manually
1909   (setq org-icalendar-store-UID t)
1910
1911 #+END_SRC
1912 ** General Org Babel Configuration
1913 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1914 ;; org babel support
1915 (org-babel-do-load-languages
1916  'org-babel-load-languages
1917  '((emacs-lisp . t )
1918    (R . t)
1919    (latex . t)
1920    (ditaa . t)
1921    (dot . t)
1922    ))
1923 ;; use graphviz-dot for dot things
1924 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1925 ;; do not indent begin_src blocks
1926 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
1927 ;; org-babel-by-backend
1928 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1929    `(case (if (boundp 'backend)
1930               (org-export-backend-name backend)
1931             nil) ,@body))
1932
1933 (defun my/fix-inline-images ()
1934   (when org-inline-image-overlays
1935     (org-redisplay-inline-images)))
1936
1937 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1938            'my/fix-inline-images)
1939
1940 #+END_SRC
1941 ** LaTeX configuration
1942    :PROPERTIES:
1943    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1944    :END:
1945 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1946   (require 'ox-latex)
1947   (add-to-list 'org-latex-classes
1948            '("memarticle"
1949          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1950          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1951          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1952          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1953          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1954          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1955
1956   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1957   (add-to-list 'org-latex-classes
1958            '("beamer"
1959          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1960   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1961   [PACKAGES]
1962   [EXTRA]"
1963          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1964          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1965          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1966          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1967          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1968
1969   (add-to-list 'org-latex-classes
1970            '("membook"
1971          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1972          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1973          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1974          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1975          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1976
1977   (add-to-list 'org-latex-classes
1978            '("letter"
1979          "\\documentclass[11pt]{letter}
1980   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1981   [PACKAGES]
1982   [EXTRA]"
1983      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1984          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1985          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1986          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1987          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1988
1989   (add-to-list 'org-latex-classes
1990            '("dlacv"
1991          "\\documentclass{dlacv}
1992   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1993   [NO-PACKAGES]
1994   [NO-EXTRA]"
1995          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1996          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1997          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1998          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1999          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2000
2001
2002   (add-to-list 'org-latex-classes
2003            '("dlaresume"
2004          "\\documentclass{dlaresume}
2005   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2006   [NO-PACKAGES]
2007   [NO-EXTRA]"
2008          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2009          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2010          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2011          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2012          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2013
2014
2015   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2016   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2017   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2018
2019   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2020   (setq org-latex-default-packages-alist
2021     '(("" "amsmath" t)
2022       ("" "unicode-math" t)
2023       ))
2024   (setq org-latex-packages-alist
2025     '(("" "graphicx" t)
2026       ("" "fontspec" t)
2027       ("" "xunicode" t)
2028       ("" "hyperref" t)
2029       ("" "url" t)
2030       ("" "rotating" t)
2031       ("" "longtable" nil)
2032       ("" "float" )))
2033
2034   ;; make equations larger
2035   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2036
2037   (defun org-create-formula--latex-header ()
2038     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2039     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2040              (org-export-get-backend 'latex))
2041             (org-export--get-inbuffer-options
2042              (org-export-get-backend 'latex)))))
2043       (org-latex-guess-babel-language
2044        (org-latex-guess-inputenc
2045     (org-splice-latex-header
2046      org-format-latex-header
2047      org-latex-default-packages-alist
2048      nil t
2049      (plist-get info :latex-header)))
2050        info)))
2051
2052
2053   ; support ignoring headers in org mode export to latex
2054   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2055   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2056                     (headline contents info) activate)
2057     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2058     (setq ad-return-value contents)
2059       ad-do-it))
2060
2061   ;; keep latex logfiles
2062
2063   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2064
2065   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2066   (org-clock-persistence-insinuate)
2067   ;;
2068   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2069   (setq org-clock-history-length 23)
2070   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2071   (setq org-clock-in-resume t)
2072   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2073   ;; there are things like PHONE calls
2074   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2075   ;; Separate drawers for clocking and logs
2076   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2077   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2078   (setq org-clock-into-drawer t)
2079   (setq org-log-into-drawer t)
2080   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2081   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2082   ;; Clock out when moving task to a done state
2083   (setq org-clock-out-when-done t)
2084   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2085   (setq org-clock-persist t)
2086   ;; Do not prompt to resume an active clock
2087   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2088   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2089   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2090   ;; Include current clocking task in clock reports
2091   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2092
2093   ;; the cache seems to be broken
2094   (setq org-element-use-cache nil)
2095
2096   (defvar bh/keep-clock-running nil)
2097
2098   (defun bh/is-task-p ()
2099     "Any task with a todo keyword and no subtask"
2100     (save-restriction
2101       (widen)
2102       (let ((has-subtask)
2103             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2104             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2105         (save-excursion
2106           (forward-line 1)
2107           (while (and (not has-subtask)
2108                       (< (point) subtree-end)
2109                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2110             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2111               (setq has-subtask t))))
2112         (and is-a-task (not has-subtask)))))
2113   (defun bh/is-project-p ()
2114     "Any task with a todo keyword subtask"
2115     (save-restriction
2116       (widen)
2117       (let ((has-subtask)
2118             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2119             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2120         (save-excursion
2121           (forward-line 1)
2122           (while (and (not has-subtask)
2123                       (< (point) subtree-end)
2124                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2125             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2126               (setq has-subtask t))))
2127         (and is-a-task has-subtask))))
2128
2129   (defun bh/is-subproject-p ()
2130     "Any task which is a subtask of another project"
2131     (let ((is-subproject)
2132           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2133       (save-excursion
2134         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2135           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2136             (setq is-subproject t))))
2137       (and is-a-task is-subproject)))
2138
2139
2140   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2141     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2142   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2143   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2144     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2145       (cond
2146        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2147          (bh/is-task-p))
2148     "NEXT")
2149        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2150          (bh/is-project-p))
2151     "TODO"))))
2152
2153   (defun bh/punch-in (arg)
2154     "Start continuous clocking and set the default task to the
2155   selected task.  If no task is selected set the Organization task
2156   as the default task."
2157     (interactive "p")
2158     (setq bh/keep-clock-running t)
2159     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2160     ;;
2161     ;; We're in the agenda
2162     ;;
2163     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2164            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2165       (if (and (eq arg 4) tags)
2166           (org-agenda-clock-in '(16))
2167         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2168       ;;
2169       ;; We are not in the agenda
2170       ;;
2171       (save-restriction
2172     (widen)
2173     ; Find the tags on the current task
2174     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2175         (org-clock-in '(16))
2176       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2177
2178   (defun bh/punch-out ()
2179     (interactive)
2180     (setq bh/keep-clock-running nil)
2181     (when (org-clock-is-active)
2182       (org-clock-out))
2183     (org-agenda-remove-restriction-lock))
2184
2185   (defun bh/clock-in-default-task ()
2186     (save-excursion
2187       (org-with-point-at org-clock-default-task
2188     (org-clock-in))))
2189
2190   (defun bh/clock-in-parent-task ()
2191     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2192     (let ((parent-task))
2193       (save-excursion
2194     (save-restriction
2195       (widen)
2196       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2197         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2198           (setq parent-task (point))))
2199       (if parent-task
2200           (org-with-point-at parent-task
2201         (org-clock-in))
2202         (when bh/keep-clock-running
2203           (bh/clock-in-default-task)))))))
2204
2205   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2206
2207   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2208     (interactive)
2209     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2210       (org-clock-in '(16))))
2211
2212   (defun bh/clock-out-maybe ()
2213     (when (and bh/keep-clock-running
2214            (not org-clock-clocking-in)
2215            (marker-buffer org-clock-default-task)
2216            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2217       (bh/clock-in-parent-task)))
2218
2219   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2220
2221   (require 'org-id)
2222   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2223     "Clock in a task by id"
2224     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2225       (org-clock-in nil)))
2226
2227   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2228     "Clock in the interrupted task if there is one
2229   Skip the default task and get the next one.
2230   A prefix arg forces clock in of the default task."
2231     (interactive "p")
2232     (let ((clock-in-to-task
2233        (cond
2234         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2235         ((and (org-clock-is-active)
2236           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2237          (caddr org-clock-history))
2238         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2239         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2240         (t (car org-clock-history)))))
2241       (widen)
2242       (org-with-point-at clock-in-to-task
2243     (org-clock-in nil))))
2244
2245
2246   (defun org-export-to-ods ()
2247     (interactive)
2248     (let ((csv-file "data.csv"))
2249       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2250       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2251
2252   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2253   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2254   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2255   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2256
2257   ;; support inserting screen shots
2258   (defun my/org-insert-screenshot ()
2259     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2260   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2261     (interactive)
2262     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2263     (setq my/org-insert-screenshot/filename
2264       (read-file-name
2265        "Screenshot to insert: "
2266        nil
2267        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2268        )
2269       )
2270     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2271     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2272     (org-display-inline-images))
2273
2274   (defun my/fix-inline-images ()
2275     (when org-inline-image-overlays
2276       (org-redisplay-inline-images)))
2277
2278   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2279
2280   ;; use xelatex to preview with imagemagick
2281   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2282            '(xelateximagemagick
2283         :programs ("xelatex" "convert")
2284         :description "pdf > png"
2285         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2286         :use-xcolor t
2287         :image-input-type "pdf"
2288         :image-output-type "png"
2289         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2290         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2291         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2292            )
2293   ;; use xelatex by default
2294   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2295
2296   ; from http://orgmode.org/Changes.html
2297   (defun my/org-repair-property-drawers ()
2298     "Fix properties drawers in current buffer.
2299    Ignore non Org buffers."
2300     (interactive)
2301     (when (eq major-mode 'org-mode)
2302       (org-with-wide-buffer
2303        (goto-char (point-min))
2304        (let ((case-fold-search t)
2305          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2306                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2307                      "END[ \t]*$"))))
2308      (org-map-entries
2309       (lambda ()
2310         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2311           (save-excursion
2312         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2313           (forward-line)
2314           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2315           (when (and (< (point) end)
2316                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2317                  (save-excursion
2318                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2319                     (eq (org-element-type
2320                      (save-match-data (org-element-at-point)))
2321                     'drawer))))
2322             (insert (delete-and-extract-region
2323                  (match-beginning 0)
2324                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
2325             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2326
2327 #+END_SRC
2328 ** Org-Gcal
2329 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2330   (use-package calfw
2331     :ensure f
2332     )
2333   (use-package calfw-org
2334     :ensure f
2335     )
2336   (use-package org-gcal
2337     :ensure f
2338     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2339                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2340               )
2341     )
2342 #+END_SRC
2343 ** appt integration
2344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2345   (use-package appt
2346     :ensure f
2347     :config
2348     ;; Show notification 10 minutes before event
2349     (setq appt-message-warning-time 10)
2350     ;; Disable multiple reminders
2351     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2352     (setq appt-display-mode-line nil)
2353
2354     ;; add automatic reminders for appointments
2355     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2356       (interactive)
2357       (setq appt-time-msg-list nil)
2358       (org-agenda-to-appt))
2359     ;; add reminders when starting emacs
2360     (my/org-agenda-to-appt)
2361     ;; when rebuilding the agenda
2362     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2363       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2364       (my/org-agenda-to-appt)
2365       )
2366     ;; when saving all org buffers
2367     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2368       "Re-add appts after saving all org buffers"
2369       (my/org-agenda-to-appt))
2370     ;; Display appointments as a window manager notification
2371     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2372     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2373
2374     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2375
2376     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2377       (if (atom min-to-app)
2378       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2379     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2380       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2381                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2382       )
2383     )
2384
2385
2386 #+END_SRC
2387 ** End use-package
2388 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2389   )
2390 #+END_SRC
2391 * Keybindings
2392 ** Goto line
2393 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2394   (global-unset-key "\M-g")
2395   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2396 #+END_SRC
2397 * Debian
2398 ** debian-changelog
2399 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2400   (use-package debian-changelog-mode
2401     :mode "debian/changelog"
2402     :config
2403     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2404     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2405 #+END_SRC
2406 * Misc (uncharacterized)
2407 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2408   (setq calendar-latitude 38.6)
2409   (setq calendar-longitude -121.5)
2410   (setq case-fold-search t)
2411   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2412   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2413   (global-font-lock-mode 1)
2414   (icomplete-mode 1)
2415   (setq log-edit-keep-buffer t)
2416   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2417   (setq markdown-enable-math t)
2418   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2419   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2420   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2421   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2422   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2423   (setq ps-line-number-color "blue")
2424   (setq ps-print-footer t)
2425   (setq ps-print-footer-frame nil)
2426   (setq ps-print-only-one-header t)
2427   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2428   ]*")
2429   (setq sentence-end-double-space nil)
2430   ; enable matching parenthesis
2431   (show-paren-mode 1)
2432   (tool-bar-mode -1)
2433   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2434   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2435   (setq vc-follow-symlinks t)
2436
2437   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2438   ;; repositories inside of git directories
2439   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2440
2441   ;; switch back to the old primary selection method
2442   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2443   (setq x-select-enable-primary t)
2444   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2445
2446   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2447   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2448
2449   ;; tramp configuration
2450   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2451
2452   (setq-default c-indent-level 4)
2453   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2454   (setq-default c-brace-offset -4)
2455   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2456   (setq-default c-label-offset -4)
2457   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2458   ; tabs are annoying
2459   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2460   (setq-default tab-width 4)
2461
2462
2463   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2464   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2465   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2466   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2467   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2468
2469
2470   (defun insert-date ()
2471     "Insert date at point."
2472     (interactive)
2473     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2474   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2475
2476   (defun unfill-paragraph (arg)
2477     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2478     (interactive "*p")
2479     (let ((fill-column 10000))
2480       (fill-paragraph arg))
2481     )
2482
2483   (column-number-mode t)
2484
2485 #+END_SRC
2486 ** Desktop-save-mode
2487 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2488 emacs, and use a different desktop file to restore history
2489 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2490   (use-package desktop
2491     :demand
2492     :config
2493     (setq desktop-base-file-name
2494           (convert-standard-filename
2495            (concat ".emacs"
2496                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2497                        "")
2498                    ".desktop")
2499            ))
2500     (setq desktop-base-lock-name
2501           (convert-standard-filename
2502            (concat desktop-base-file-name
2503                    ".lock")))
2504     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2505     (setq desktop-restore-eager 5)
2506     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2507     (desktop-save-mode 1)
2508     ; (desktop-read)
2509   )
2510 #+END_SRC
2511 ** Misc (Uncharacterized)
2512 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2513   '(icomplete-mode on)
2514   (custom-set-faces
2515    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2516    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2517    ;; Your init file should contain only one such instance.
2518    ;; If there is more than one, they won't work right.
2519    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2520
2521
2522   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2523   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2524   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2525
2526   ; (defun turn-on-flyspell ()
2527   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2528   ;    (interactive)
2529   ;    (flyspell-mode 1))
2530
2531
2532    ; Outline-minor-mode key map
2533    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2534    ; HIDE
2535    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2536    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2537    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2538    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2539    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2540    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2541    ; SHOW
2542    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2543    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2544    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2545    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2546    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2547    ; MOVE
2548    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2549    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2550    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2551    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2552    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2553    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2554   ; fix up tmux xterm keys
2555   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2556   (defun fix-up-tmux-keys ()
2557       "Fix up tmux xterm keys"
2558       (if (getenv "TMUX")
2559           (progn
2560             (let ((x 2) (tkey ""))
2561               (while (<= x 8)
2562                 ;; shift
2563                 (if (= x 2)
2564                     (setq tkey "S-"))
2565                 ;; alt
2566                 (if (= x 3)
2567                     (setq tkey "M-"))
2568                 ;; alt + shift
2569                 (if (= x 4)
2570                     (setq tkey "M-S-"))
2571                 ;; ctrl
2572                 (if (= x 5)
2573                     (setq tkey "C-"))
2574                 ;; ctrl + shift
2575                 (if (= x 6)
2576                     (setq tkey "C-S-"))
2577                 ;; ctrl + alt
2578                 (if (= x 7)
2579                     (setq tkey "C-M-"))
2580                 ;; ctrl + alt + shift
2581                 (if (= x 8)
2582                     (setq tkey "C-M-S-"))
2583
2584                 ;; arrows
2585                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2586                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2587                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2588                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2589                 ;; home
2590                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2591                 ;; end
2592                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2593                 ;; page up
2594                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2595                 ;; page down
2596                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2597                 ;; insert
2598                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2599                 ;; delete
2600                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2601                 ;; f1
2602                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2603                 ;; f2
2604                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2605                 ;; f3
2606                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2607                 ;; f4
2608                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2609                 ;; f5
2610                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2611                 ;; f6
2612                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2613                 ;; f7
2614                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2615                 ;; f8
2616                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2617                 ;; f9
2618                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2619                 ;; f10
2620                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2621                 ;; f11
2622                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2623                 ;; f12
2624                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2625                 ;; f13
2626                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2627                 ;; f14
2628                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2629                 ;; f15
2630                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2631                 ;; f16
2632                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2633                 ;; f17
2634                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2635                 ;; f18
2636                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2637                 ;; f19
2638                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2639                 ;; f20
2640                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2641
2642                 (setq x (+ x 1))
2643                 ))
2644             )
2645         )
2646       )
2647   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2648
2649   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2650     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2651     (if (or (buffer-modified-p)
2652             (verify-visited-file-modtime)
2653             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2654             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2655         ad-do-it
2656       (clear-visited-file-modtime)
2657       (not-modified)))
2658   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2659 #+END_SRC
2660
2661 * Start Server
2662 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2663   (use-package server
2664     :config
2665     (setq server-name
2666           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2667               "server"))
2668     (unless (server-running-p)
2669       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2670       (server-start)))
2671 #+END_SRC
2672
2673
2674
2675 * END
2676 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2677   (provide 'don-configuration)
2678 #+END_SRC