]> git.donarmstrong.com Git - lib.git/blob - emacs_el/configuration/don-configuration.org
fix tex loading
[lib.git] / emacs_el / configuration / don-configuration.org
1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
2 #+OPTIONS: auto-id:f
3
4 * General Notes
5
6 ** Delight
7 To look up options for symbols for delight, check out https://en.wikipedia.org/wiki/Emoji#Unicode_blocks
8
9 * Load debugger
10
11 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
12 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
13
14 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
15 (setq debug-on-event 'siguser2)
16 #+END_SRC
17 * Paths
18 ** Update PATH
19 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
20 (add-to-list 'exec-path '"/usr/local/bin")
21 (add-to-list 'exec-path '"~/bin/")
22 #+END_SRC
23 ** Add library paths
24 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
25 (let ((default-directory "~/lib/emacs_el/"))
26   (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
27 ;; (eval-and-compile
28 ;;   (let ((default-directory "~/var/emacs/elpa"))
29 ;;     (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
30 ;; )
31 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el")
32 (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
33
34 #+END_SRC
35 * Initial startup stuff
36 ** Disable startup screen
37 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
38 (setq inhibit-startup-screen t)
39 #+END_SRC
40 ** Disable cluter
41 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
42 ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
43 (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
44 (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
45 #+END_SRC
46 ** Fullscreen
47 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
48 (setq frame-resize-pixelwise t)
49 (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
50 #+END_SRC
51 * Package management
52 ** Bootstrap straight.el
53 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
54 (defvar bootstrap-version)
55 (setq straight-base-dir '"~/var/emacs/")
56 (let ((bootstrap-file
57        (expand-file-name "straight/repos/straight.el/bootstrap.el" straight-base-dir))
58       (bootstrap-version 6))
59   (unless (file-exists-p bootstrap-file)
60     (with-current-buffer
61         (url-retrieve-synchronously
62          "https://raw.githubusercontent.com/radian-software/straight.el/develop/install.el"
63          'silent 'inhibit-cookies)
64       (goto-char (point-max))
65       (eval-print-last-sexp)))
66   (load bootstrap-file nil 'nomessage))
67 #+END_SRC
68 ** package repositories and package manager
69 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
70 (straight-use-package 'use-package)
71 (setq straight-use-package-by-default t)
72 (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file)))
73 (require 'gnutls)
74 (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
75 #+END_SRC
76 ** Paradox
77 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
78 (use-package paradox
79   ;:ensure paradox
80   :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
81   :config
82   (setq paradox-execute-asynchronously t)
83   (setq paradox-github-token t) ; I don't want to be prompted about this integration
84   )
85 #+END_SRC
86 * Disable custom-vars
87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
88 ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
89 (setq custom-file "/dev/null")
90 #+END_SRC
91 * Misc functions
92 ** with-library
93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
94 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
95 ;; execute conditional code when loading libraries
96 ; (defmacro with-library (symbol &rest body)
97 ;   `(when (require ,symbol nil t)
98 ;     ,@body))
99 ; (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
100 #+END_SRC
101
102 * Variables
103 ** Safe Local Variables
104 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
105 (setq safe-local-variable-values
106       (quote ((auto-save-default)
107               (make-backup-files)
108               (cperl-indent-level . 4)
109               (indent-level . 4)
110               (indent-tabs-mode . f)
111               (vcl-indent-level . 4)
112               )))
113 #+END_SRC
114 * Memory
115 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
116 (setq global-mark-ring-max 128
117       mark-ring-max 128
118       kill-ring-max 128)
119
120 (defun don/minibuffer-setup-hook ()
121   (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
122
123 (defun don/minibuffer-exit-hook ()
124   (setq gc-cons-threshold 1048576))
125
126 (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
127 (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
128 #+END_SRC
129 * Modules
130 ** Tree sitter
131 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
132 (use-package tree-sitter
133   :defer t
134   :config
135   (global-tree-sitter-mode)
136   )
137 (use-package tree-sitter-langs
138   :ensure t
139   :defer 1
140   :after tree-sitter
141 ;   :config
142 ;   (defun dla/python-function-at-point ()
143 ;     "Return a list of function arguments
144
145 ; Borrowed from https://xenodium.com/emacs-generate-a-swift-initializer/
146 ; "
147 ;   (interactive)
148 ;   (cl-assert (seq-contains-p local-minor-modes 'tree-sitter-mode) "tree-sitter-mode not enabled")
149 ;   (let* ((node (tree-sitter-node-at-point 'function_definition)
150 ;                )
151 ;          (args)
152 ;          (arg)
153 ;          (ret))
154 ;     (unless node
155 ;       (error "Not in function"))
156 ;     (mapc
157 ;      (lambda (item)
158 ;        (cond ((eq 'func_name
159 ;                   (car item))
160 ;               ; (when arg
161 ;               ;   (setq args (append args (list arg)))
162 ;               ;   )
163 ;               (setq arg (list (cons 'function (tsc-node-text
164 ;                                            (cdr item))))))
165 ;              ((eq 'ident
166 ;                   (car item))
167 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident (tsc-node-text
168 ;                                                (cdr item)))))
169 ;              ((eq 'ident_type
170 ;                   (car item))
171 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident_type (tsc-node-text
172 ;                                                (cdr item)))))
173 ;              ((eq 'ret_type
174 ;                   (car item))
175 ;               (setq arg (map-insert arg 'ret_type (tsc-node-text
176 ;                                                (cdr item)))))
177 ;              ))
178 ;      (tsc-query-captures
179 ;       (tsc-make-query tree-sitter-language
180 ;                       "(function_definition (identifier) @func_name (parameters [(identifier) @ident (typed_parameter (identifier) @ident (type) @ident_type)]) (type)? @ret_type)")
181 ;       (tree-sitter-node-at-point 'function_definition) nil))
182 ;     (when arg
183 ;       (setq args (append args (list arg))))
184 ;     args))
185
186 )
187 #+END_SRC
188 ** Spacemacs theme
189 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
190 (use-package spacemacs-theme
191   :config
192   (load-theme 'spacemacs-dark t)
193   )
194 #+END_SRC
195 ** Hippie Expand
196 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
197 (use-package hippie-exp
198   :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
199   )
200 #+END_SRC
201 ** Flyspell 🐝 
202 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
203 (use-package flyspell
204   ; :delight flyspell-mode 🐝
205   :config
206   (setq flyspell-mode-line-string " 🐝")
207   (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
208   (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
209   (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
210   (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
211   :init
212   (setq ispell-program-name "ispell")
213   )
214 #+END_SRC
215
216 ** Flycheck
217 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
218 (use-package flycheck
219   :delight 🦋
220   :if (version<= "24.4" emacs-version)
221   :commands flycheck-mode
222   :hook ((prog-mode . flycheck-mode)
223          )
224 )
225 ;; Other pkgs
226 (use-package flycheck-tip
227   :commands 'flycheck-tip-cycle
228   :after flycheck
229   :bind (:map flycheck-mode-map
230               ("C-c C-n" . flycheck-tip-cycle)))
231
232 (use-package flycheck-package)
233
234 (use-package flycheck-checkpatch
235   :config (flycheck-checkpatch-setup)
236   :config (setq flycheck-checkers (delete 'checkpatch
237   flycheck-checkers))
238   :config (add-to-list 'flycheck-checkers 'checkpatch t))
239 #+end_src  
240
241 ** Flymake
242 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
243   (use-package flymake
244     :delight "Φ")
245 #+END_SRC
246
247 ** Winnermode
248 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
249   (winner-mode 1)
250 #+END_SRC
251 ** Eyebrowse
252
253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
254   (use-package eyebrowse
255     :ensure t
256     :delight eyebrowse-mode
257     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
258     :config (progn
259               (setq eyebrowse-wrap-around t)
260               (eyebrowse-mode t)
261
262               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
263                 (interactive)
264                 (let ((done nil))
265                   (dotimes (i 10)
266                     ;; start at 1 run till 0
267                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
268                       (when (and (not done)
269                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
270                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
271                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
272                         (setq done t)
273                         ))
274                     )))
275
276               ;; I don't use latex-preview-pane
277               ;; (require 'latex-preview-pane)
278               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
279               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
280               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
281               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
282               ;;   ;; edit the TeX file.
283               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
284               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
285
286               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
287               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
288
289               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
290               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
291               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
292               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
293               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
294               )
295     )
296 #+END_SRC
297
298 ** Window handling
299
300 *** Splitting
301 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
302   (defun my/vsplit-last-buffer ()
303     "Split the window vertically and display the previous buffer."
304     (interactive)
305     (split-window-vertically)
306     (other-window 1 nil)
307     (switch-to-next-buffer))
308
309   (defun my/hsplit-last-buffer ()
310     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
311     (interactive)
312     (split-window-horizontally)
313     (other-window 1 nil)
314     (switch-to-next-buffer))
315
316   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
317   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
318
319   (setq split-width-threshold  100)
320   (setq split-height-threshold 60)
321
322   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
323     "If there's only one window (excluding any possibly active
324            minibuffer), then split the current window horizontally."
325     (if (and (one-window-p t)
326              (not (active-minibuffer-window))
327              ( < (frame-width) (frame-height))
328              )
329         (let ((split-width-threshold nil))
330           (split-window-sensibly window))
331       (split-window-sensibly window)))
332
333   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
334   (setq window-combination-resize t)
335 #+END_SRC
336
337 *** Compilation window
338
339 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
340 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
341 the former case, if there was no error the window closes
342 automatically.
343
344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
345   (add-to-list 'display-buffer-alist
346                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
347                  (display-buffer-reuse-window
348                   display-buffer-in-side-window)
349                  (reusable-frames . visible)
350                  (side            . bottom)
351                  (window-height   . 0.4)))
352 #+END_SRC
353
354 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
355   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
356     ;; If M-x compile exists with a 0
357     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
358       ;; and delete the *compilation* window
359       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
360         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
361                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
362                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
363           (delete-window compilation-window))))
364     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
365     (cons msg code))
366
367   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
368   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
369 #+END_SRC
370
371 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
372 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
373 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
374 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
375 value, scrolling continues until there is no more output.
376
377 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
378   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
379 #+END_SRC
380
381 ** Mode line cleaning
382 *** Delight 
383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
384 (use-package delight
385   :demand t)
386 #+END_SRC
387
388 ** Jumping
389 *** Avy
390 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
391   (use-package avy
392     :if (>= emacs-major-version 25)
393     :ensure t
394     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
395            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
396            ("M-g g" . avy-goto-line))
397     :config (progn (setq avy-background t))
398     )
399 #+END_SRC
400 *** Ace-link (jumping to links)
401 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
402   (use-package ace-link
403     :ensure t
404     ; bind o in most modes
405     :config (ace-link-setup-default))
406 #+END_SRC
407 *** Jumping through edit points (goto-chg)
408 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
409   (use-package goto-chg
410     :ensure t
411     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
412            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
413     )
414 #+END_SRC
415 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
416 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
417   (use-package bm
418     :ensure t
419     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
420            ("C-c j b ," . bm-previous)
421            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
422 #+END_SRC
423
424 ** Snippets
425 *** Yasnippet
426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
427 (use-package yasnippet
428   :ensure t
429   :delight yas-minor-mode
430   :config (progn
431             (yas-global-mode)
432             (setq yas-verbosity 1)
433             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
434             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
435             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
436             (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
437                                      "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
438             (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
439                              'yas-hippie-try-expand)
440             (yas-reload-all)
441             )
442   )
443 #+END_SRC
444 *** Auto-YASnippet
445 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
446 (use-package auto-yasnippet
447   :ensure t
448   :bind (("H-w" . aya-create)
449          ("H-y" . aya-expand)
450          )
451   )
452 #+END_SRC
453 ** Treemacs: Tree file viewer
454 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
455 ;; Provides workspaces with file browsing (tree file viewer)
456 ;; and project management when coupled with `projectile`.
457
458 ; (use-package treemacs
459 ;   :ensure t
460 ;   :defer t
461 ;   :config
462 ;   (setq treemacs-no-png-images t
463 ;         treemacs-width 24)
464 ;   :bind ("C-c t" . treemacs))
465 #+END_SRC
466 ** LSP mode
467 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
468 (use-package lsp-mode
469   :defer t
470   :commands (lsp lsp-deferred)
471   :init (setq lsp-keymap-prefix "C-c l")
472   (defun my/orderless-dispatch-flex-first (_pattern index _total)
473     (and (eq index 0) 'orderless-flex))
474
475   (defun my/lsp-mode-setup-completion ()
476     (setf (alist-get 'styles (alist-get 'lsp-capf completion-category-defaults))
477           '(orderless)))
478
479   ;; Optionally configure the first word as flex filtered.
480   (add-hook 'orderless-style-dispatchers #'my/orderless-dispatch-flex-first nil 'local)
481
482   ;; Optionally configure the cape-capf-buster.
483   ; (setq-local completion-at-point-functions (list (cape-capf-buster #'lsp-completion-at-point)))
484
485   :hook (python-mode . lsp-deferred)
486         (cperl-mode . lsp-deferred)
487   (lsp-completion-mode . my/lsp-mode-setup-completion)
488   :custom
489   (lsp-completion-provider :none) ;; we use Corfu!
490   :config
491    (add-to-list 'lsp-file-watch-ignored-directories "[/\\\\]venv\\'")
492 )
493 #+END_SRC
494 ** LSP mode
495 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
496 ;; provides visual help in the buffer 
497 ;; for example definitions on hover. 
498 ;; the `imenu` lets me browse definitions quickly.
499 (use-package lsp-ui
500   :defer t
501   :after lsp-mode
502   :config
503   (setq lsp-ui-sideline-enable t
504             lsp-ui-doc-delay 2)
505   :hook (lsp-mode . lsp-ui-mode)
506   :bind (:map lsp-ui-mode-map
507               ("c-c i" . lsp-ui-imenu)))
508 #+END_SRC
509 *** LSP Pyright -- Python language server
510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
511 ;; language server for python 
512 ;; read the docs for the different variables set in the config.
513 (use-package lsp-pyright
514   :defer t
515   :config
516   (setq lsp-clients-python-library-directories '("/usr/"))
517   (setq lsp-pyright-disable-language-service nil
518         lsp-pyright-disable-organize-imports nil
519         lsp-pyright-auto-import-completions t
520         lsp-pyright-use-library-code-for-types t
521         lsp-pyright-venv-path "venv")
522   :hook ((python-mode . (lambda () 
523                           (require 'lsp-pyright) (lsp-deferred)))))
524 #+END_SRC
525 ** Corfu
526 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
527 (use-package corfu
528   ;; Optional customizations
529   :custom
530   (corfu-cycle t)                ;; Enable cycling for `corfu-next/previous'
531   (corfu-auto t)                 ;; Enable auto completion
532   (corfu-separator ?\s)          ;; Orderless field separator
533   (corfu-quit-at-boundary t)
534   (corfu-quit-no-match 'separator)
535   (corfu-preview-current nil)    ;; Disable current candidate preview
536   (corfu-preselect 'prompt)      ;; Preselect the prompt
537   (corfu-on-exact-match nil)     ;; Configure handling of exact matches
538   (corfu-scroll-margin 5)        ;; Use scroll margin
539
540   :bind (
541          :map corfu-map
542               ("M-m" , corfu-move-to-minibuffer)
543               )
544   :init
545   (global-corfu-mode)
546   (setq completion-cycle-threshold 3)
547   (setq tab-always-indent 'complete)
548   :config
549   (defun corfu-move-to-minibuffer ()
550     (interactive)
551     (when completion-in-region--data
552       (let ((completion-extra-properties corfu--extra)
553             completion-cycle-threshold completion-cycling)
554         (apply #'consult-completion-in-region completion-in-region--data))))
555   (add-to-list 'corfu-continue-commands #'corfu-move-to-minibuffer)
556   )
557 #+END_SRC
558 ** Dabbrv
559 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
560 (use-package dabbrev
561   :ensure t
562   ;; Swap M-/ and C-M-/
563   :bind (("M-/" . dabbrev-completion)
564          ("C-M-/" . dabbrev-expand))
565   ;; Other useful Dabbrev configurations.
566   :custom
567   (dabbrev-ignored-buffer-regexps '("\\.\\(?:pdf\\|jpe?g\\|png\\)\\'")))
568 #+END_SRC
569 ** Tinyprocmail
570
571 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
572 ;; load tinyprocmail
573 (use-package tinyprocmail
574   :straight (tinytools :type git :type git :host github :repo "jaalto/project--emacs-tiny-tools")
575   ; :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
576   :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
577   )
578 #+END_SRC
579
580 ** Magit
581 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
582 (use-package magit
583   :defer t
584   :bind (("C-x g" . magit-status)
585          ("C-x C-g" . magit-status))
586   :config
587   ;; refine diffs always (hilight words)
588   (setq magit-diff-refine-hunk nil)
589   )
590 (use-package magit-annex
591   :defer t
592   :after magit
593   )
594 (use-package magit-vcsh
595   :defer t
596   :after magit
597   )
598 #+END_SRC
599
600 *** Forge (github/gitlab)
601 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
602 (use-package forge
603   :defer t
604   :after magit
605   )
606 #+END_SRC
607
608 ** Perl
609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
610 (use-package cperl-mode
611   :mode ("\\.pl'" . cperl-mode)
612   ("\\.perl5\\'" . cperl-mode)
613   ("\\.perl\\'" . cperl-mode)
614   ("\\.miniperl\\'" . cperl-mode)
615   ("\\.\\([Pp][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode)
616     ;; use c-mode for perl .xs files
617   ("\\.xs\\'" . c-mode)
618   :config
619        (setq cperl-hairy t
620           cperl-indent-level 4
621           cperl-auto-newline nil
622           cperl-auto-newline-after-colon nil
623           cperl-continued-statement-offset 4
624           cperl-brace-offset -1
625           cperl-continued-brace-offset 0
626           cperl-label-offset -4
627           cperl-highlight-variables-indiscriminately t
628           cperl-electric-lbrace-space nil
629           cperl-indent-parens-as-block nil
630           cperl-close-paren-offset -1
631           cperl-tab-always-indent t)
632     (setq cperl-lazy-help-time nil)
633     ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
634 )
635 #+END_SRC
636
637 ** Markdown mode
638 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
639 (use-package markdown-mode
640   :defer t
641   :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
642          ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
643          ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
644          )
645   :config
646   (setq markdown-enable-math t)
647   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
648   (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
649   (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
650   (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
651   (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
652 )
653
654 #+END_SRC
655 ** SQL mode
656 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
657 ; load sql-indent when sql is loaded
658 (use-package sql-indent
659   :after sql
660   :hook sql-mode
661   )
662 (use-package sql
663   :commands (sql-mode)
664   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
665   )
666 #+END_SRC
667 ** Ediff
668 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
669 (use-package ediff
670   :commands ediff ediff3
671   :config
672   ;; ediff configuration
673   ;; don't use the multi-window configuration
674   (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
675 )
676 #+END_SRC
677 ** Do the Right Thing Indenting
678 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
679 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
680 (use-package dtrt-indent
681 )  
682 #+END_SRC
683 ** VCL --editing varnish configuration files
684 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
685 (use-package vcl-mode
686   :mode "\\.vcl\\'"
687   )
688 #+END_SRC
689 ** Vertico
690 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
691 (use-package vertico
692   :demand t
693   :config
694   (vertico-mode)
695   ; (define-key vertico-map "\r" #'vertico-directory-enter)
696   ; (define-key vertico-map "\d" #'vertico-directory-delete-char)
697   ; (define-key vertico-map "\M-\d" #'vertico-directory-delete-word)
698   ; (add-hook 'rfn-eshadow-update-overlay-hook #'vertico-directory-tidy)
699
700   ;; Different scroll margin
701   ;; (setq vertico-scroll-margin 0)
702
703   ;; Show more candidates
704   ;; (setq vertico-count 20)
705
706   ;; Grow and shrink the Vertico minibuffer
707   ;; (setq vertico-resize t)
708
709   ;; Optionally enable cycling for `vertico-next' and `vertico-previous'.
710   ;; (setq vertico-cycle t)
711   :custom
712   (vertico-grid-separator "       ")
713   (vertico-grid-lookahead 50)
714 )
715 (use-package vertico-multiform
716   :straight nil
717   :load-path "~/var/emacs/straight/build/vertico/extensions/"
718   :after vertico
719   :config
720   (setq vertico-multiform-categories
721      '((file reverse)
722        (consult-grep buffer)
723        (consult-location)
724        (imenu buffer)
725        (library reverse indexed)
726        (org-roam-node reverse indexed)
727        ; (t reverse)
728        )
729      )
730   (setq vertico-multiform-commands
731         '(("flyspell-correct-*" grid reverse)
732           (org-refile grid reverse indexed)
733           (consult-yank-pop indexed)
734           (consult-flycheck)
735           (consult-lsp-diagnostics)
736           )
737         )
738   (vertico-multiform-mode)
739   )
740
741 (use-package vertico-grid
742   :straight nil
743   :after vertico
744   )
745 (use-package vertico-reverse
746   :straight nil
747   :after vertico
748   )
749 (use-package vertico-indexed
750   :straight nil
751   :after vertico
752   )
753 (use-package vertico-buffer
754   :straight nil
755   :after vertico
756   )
757
758
759 ;; Persist history over Emacs restarts. Vertico sorts by history position.
760 (use-package savehist
761   :demand t
762   :config
763   (savehist-mode))
764
765 #+END_SRC
766 ** Orderless: advanced completion style
767 #+begin_src emacs-lisp
768 (use-package orderless
769   :init
770   ;; Configure a custom style dispatcher (see the Consult wiki)
771   ;; (setq orderless-style-dispatchers '(+orderless-dispatch)
772   ;;       orderless-component-separator #'orderless-escapable-split-on-space)
773   (setq completion-styles '(orderless basic)
774         completion-category-defaults nil
775         completion-category-overrides '((file (styles partial-completion)))))
776 #+end_src
777 ** Marginalia: Rich annotations in the minibuffer
778 #+begin_src emacs-lisp
779 (use-package marginalia
780   :demand t
781   :bind (:map minibuffer-local-map
782          ("M-A" . marginalia-cycle))
783   :config
784   (marginalia-mode)
785   )
786 #+end_src
787 ** Embark: Minibuffer actions and context menu
788 #+begin_src emacs-lisp
789 (use-package embark
790   :bind
791   (("C-." . embark-act)         ;; pick some comfortable binding
792    ("C-;" . embark-dwim)        ;; good alternative: M-.
793    ("C-h B" . embark-bindings)) ;; alternative for `describe-bindings'
794
795   :init
796
797   ;; Optionally replace the key help with a completing-read interface
798   (setq prefix-help-command #'embark-prefix-help-command)
799
800   :config
801
802   ;; Hide the mode line of the Embark live/completions buffers
803   (add-to-list 'display-buffer-alist
804                '("\\`\\*Embark Collect \\(Live\\|Completions\\)\\*"
805                  nil
806                  (window-parameters (mode-line-format . none)))))
807
808 (use-package embark-consult
809   :hook
810   (embark-collect-mode . consult-preview-at-point-mode))
811 #+end_src
812 ** which-key (show possible completions of a key combination)
813 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
814 (use-package which-key
815   :demand t
816   )
817 #+END_SRC
818 ** Consult
819 #+begin_src emacs-lisp
820 (use-package consult
821   ;; Replace bindings. Lazily loaded due by `use-package'.
822   :bind (;; C-c bindings in `mode-specific-map'
823          ("C-c M-x" . consult-mode-command)
824          ("C-c h" . consult-history)
825          ("C-c k" . consult-kmacro)
826          ("C-c m" . consult-man)
827          ("C-c i" . consult-info)
828          ([remap Info-search] . consult-info)
829          ;; C-x bindings in `ctl-x-map'
830          ("C-x M-:" . consult-complex-command)     ;; orig. repeat-complex-command
831          ("C-x b" . consult-buffer)                ;; orig. switch-to-buffer
832          ("C-x 4 b" . consult-buffer-other-window) ;; orig. switch-to-buffer-other-window
833          ("C-x 5 b" . consult-buffer-other-frame)  ;; orig. switch-to-buffer-other-frame
834          ("C-x r b" . consult-bookmark)            ;; orig. bookmark-jump
835          ("C-x p b" . consult-project-buffer)      ;; orig. project-switch-to-buffer
836          ;; Custom M-# bindings for fast register access
837          ("M-#" . consult-register-load)
838          ("M-'" . consult-register-store)          ;; orig. abbrev-prefix-mark (unrelated)
839          ("C-M-#" . consult-register)
840          ;; Other custom bindings
841          ("M-y" . consult-yank-pop)                ;; orig. yank-pop
842          ;; M-g bindings in `goto-map'
843          ("M-g e" . consult-compile-error)
844          ("M-g f" . consult-flymake)               ;; Alternative: consult-flycheck
845          ("M-g g" . consult-goto-line)             ;; orig. goto-line
846          ("M-g M-g" . consult-goto-line)           ;; orig. goto-line
847          ("M-g o" . consult-outline)               ;; Alternative: consult-org-heading
848          ("M-g m" . consult-mark)
849          ("M-g k" . consult-global-mark)
850          ("M-g i" . consult-imenu)
851          ("M-g I" . consult-imenu-multi)
852          ;; M-s bindings in `search-map'
853          ("M-s d" . consult-find)
854          ("M-s D" . consult-locate)
855          ("M-s g" . consult-grep)
856          ("M-s G" . consult-git-grep)
857          ("M-s r" . consult-ripgrep)
858          ("M-s l" . consult-line)
859          ("M-s L" . consult-line-multi)
860          ("M-s k" . consult-keep-lines)
861          ("M-s u" . consult-focus-lines)
862          ;; Isearch integration
863          ("M-s e" . consult-isearch-history)
864          :map isearch-mode-map
865          ("M-e" . consult-isearch-history)         ;; orig. isearch-edit-string
866          ("M-s e" . consult-isearch-history)       ;; orig. isearch-edit-string
867          ("M-s l" . consult-line)                  ;; needed by consult-line to detect isearch
868          ("M-s L" . consult-line-multi)            ;; needed by consult-line to detect isearch
869          ;; Minibuffer history
870          :map minibuffer-local-map
871          ("M-s" . consult-history)                 ;; orig. next-matching-history-element
872          ("M-r" . consult-history))                ;; orig. previous-matching-history-element
873
874   ;; Enable automatic preview at point in the *Completions* buffer. This is
875   ;; relevant when you use the default completion UI.
876   :hook (completion-list-mode . consult-preview-at-point-mode)
877
878   :commands (consult-xref)
879
880   ;; The :init configuration is always executed (Not lazy)
881   :init
882
883   ;; Optionally configure the register formatting. This improves the register
884   ;; preview for `consult-register', `consult-register-load',
885   ;; `consult-register-store' and the Emacs built-ins.
886   (setq register-preview-delay 0.5
887         register-preview-function #'consult-register-format)
888
889   ;; Optionally tweak the register preview window.
890   ;; This adds thin lines, sorting and hides the mode line of the window.
891   (advice-add #'register-preview :override #'consult-register-window)
892
893   ;; Use Consult to select xref locations with preview
894   (setq xref-show-xrefs-function #'consult-xref
895         xref-show-definitions-function #'consult-xref)
896
897   ;; Configure other variables and modes in the :config section,
898   ;; after lazily loading the package.
899   :config
900   ;; Optionally configure preview. The default value
901   ;; is 'any, such that any key triggers the preview.
902   ;; (setq consult-preview-key 'any)
903   ;; (setq consult-preview-key "M-.")
904   ;; (setq consult-preview-key '("S-<down>" "S-<up>"))
905   ;; For some commands and buffer sources it is useful to configure the
906   ;; :preview-key on a per-command basis using the `consult-customize' macro.
907   (consult-customize
908    consult-theme :preview-key '(:debounce 0.2 any)
909    consult-ripgrep consult-git-grep consult-grep
910    consult-bookmark consult-recent-file consult-xref
911    consult--source-bookmark consult--source-file-register
912    consult--source-recent-file consult--source-project-recent-file
913    ;; :preview-key "M-."
914    :preview-key '(:debounce 0.4 any))
915
916   ;; Optionally configure the narrowing key.
917   ;; Both < and C-+ work reasonably well.
918   (setq consult-narrow-key "<") ;; "C-+"
919
920   ;; Optionally make narrowing help available in the minibuffer.
921   ;; You may want to use `embark-prefix-help-command' or which-key instead.
922   ;; (define-key consult-narrow-map (vconcat consult-narrow-key "?") #'consult-narrow-help)
923
924   ;; By default `consult-project-function' uses `project-root' from project.el.
925   ;; Optionally configure a different project root function.
926   ;;;; 1. project.el (the default)
927   ;; (setq consult-project-function #'consult--default-project--function)
928   ;;;; 2. vc.el (vc-root-dir)
929   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (vc-root-dir)))
930   ;;;; 3. locate-dominating-file
931   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (locate-dominating-file "." ".git")))
932   ;;;; 4. projectile.el (projectile-project-root)
933   ;; (autoload 'projectile-project-root "projectile")
934   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (projectile-project-root)))
935   ;;;; 5. No project support
936   ;; (setq consult-project-function nil)
937 )
938 #+end_src
939 ** Projectile -- Project management
940 #+begin_src emacs-lisp
941 (use-package projectile
942   :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
943          ("<f6>" . next-error))
944   :config (projectile-global-mode))
945 #+end_src
946
947 ** Zap to char
948 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
949 (use-package avy-zap
950   :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
951 #+END_SRC
952 ** Hydra
953 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
954 (use-package hydra
955   :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
956          ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
957          ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
958          ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
959          )
960   :config
961   (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
962   "
963 _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
964 _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh    
965 _p_: read papers      _R_: paper notes
966 _h_: hpcbio
967 _q_: quit
968 _z_: quit
969 "
970   ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
971   ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
972   ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
973   ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
974   ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
975   ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
976   ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
977   ("r" (find-file my/org-refile-file))
978   ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
979   ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
980   ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
981   ("q" nil "quit")
982   ("z" nil "quit")
983   )
984
985   ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
986   (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
987   "
988 ^Hide^             ^Show^           ^Move
989 ^^^^^^------------------------------------------------------
990 _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
991 _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
992 _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
993 _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
994 _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
995 _d_: subtree
996
997 "
998   ;; Hide
999   ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1000   ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1001   ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1002   ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1003   ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1004   ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1005   ;; Show
1006   ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1007   ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1008   ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1009   ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1010   ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1011   ;; Move
1012   ("u" outline-up-heading)                ; Up
1013   ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1014   ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1015   ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1016   ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1017   ("z" nil "leave"))
1018 )
1019 #+END_SRC
1020
1021 ** Tramp
1022 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1023 (use-package tramp
1024   :demand t
1025   ; use the built in tramp
1026   :straight nil
1027   :config
1028   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
1029   (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1030                                 (tramp-login-program "vcsh")
1031                                 (tramp-login-args
1032                                  (("enter")
1033                                   ("%h")))
1034                                 (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1035                                 (tramp-remote-shell-args
1036                                  ("-c")))))
1037 #+END_SRC
1038 ** Reftex
1039 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1040 (use-package reftex
1041   :config
1042   (setq-default reftex-default-bibliography
1043                   '("~/projects/research/references.bib")))
1044 #+END_SRC
1045 ** BibTex
1046 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1047 (use-package bibtex
1048   :config (setq bibtex-user-optional-fields
1049                 (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1050                         ("abstract" "")
1051                 ("pmid" "")
1052                 ("doi" ""))))
1053   )
1054
1055 #+END_SRC
1056 ** LaTeX
1057 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1058 (use-package tex
1059   :straight auctex
1060   :mode ("\\.tex\\'" . LaTeX-mode)
1061   :mode ("\\.bib\\'" . bibtex-mode)
1062   :config
1063   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1064   ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1065   ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1066   ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1067   ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1068   ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1069   ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1070   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1071   (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1072   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1073   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1074
1075   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1076   ;; support fake section headers
1077   (setq TeX-outline-extra
1078         '(("%chapter" 1)
1079           ("%section" 2)
1080           ("%subsection" 3)
1081           ("%subsubsection" 4)
1082           ("%paragraph" 5)))
1083   ;; add font locking to the headers
1084   (font-lock-add-keywords
1085    'latex-mode
1086    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1087       0 'font-lock-keyword-face t)
1088      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1089      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1090      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1091      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1092      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1093
1094   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1095   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1096   (setq TeX-open-quote "“")
1097   (setq TeX-close-quote "”")
1098
1099   ;; (TeX-add-style-hook
1100   ;;  "latex"
1101   ;;  (lambda ()
1102   ;;    (TeX-add-symbols
1103   ;;     '("DLA" 1))))
1104   ;; (custom-set-variables
1105   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes 
1106   ;;    '(("fixme" 
1107   ;;       ("DLA" "RZ")
1108   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1109   ;; ) 
1110   (setq-default TeX-parse-self t)
1111   (setq-default TeX-auto-save t)
1112   (setq-default TeX-master nil)
1113   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1114                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1115   (eval-after-load
1116       "latex"
1117     '(TeX-add-style-hook
1118       "cleveref"
1119       (lambda ()
1120         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1121             (add-to-list
1122              'reftex-ref-style-alist
1123              '("Cleveref" "cleveref"
1124                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1125         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1126         (TeX-add-symbols
1127          '("cref" TeX-arg-ref)
1128          '("Cref" TeX-arg-ref)
1129          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1130          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1131   (eval-after-load
1132       "latex"
1133     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1134                   '("Sexpr")))
1135   
1136   (setq font-latex-match-reference-keywords
1137         '(
1138           ("fref" "{")
1139           ("Fref" "{")
1140           ("citep" "{")
1141           ("citet" "{")
1142           ("acs" "{")
1143           ("acsp" "{")
1144           ("ac" "{")
1145           ("acp" "{")
1146           ("acl" "{")
1147           ("aclp" "{")
1148           ("acsu" "{")
1149           ("aclu" "{")
1150           ("acused" "{")
1151           ("DLA" "{")
1152           ("RZ" "{")
1153           ("OM" "{")
1154           ("DL" "{")
1155           ("fixme" "{"))
1156         )
1157   (setq font-latex-fontify-script nil)
1158   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1159   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1160 )
1161
1162 #+END_SRC
1163 ** ESS
1164 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1165 (use-package ess
1166   :commands R
1167   :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1168   :bind (:map ess-mode-map
1169               ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1170   :init
1171   (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1172   (autoload 'R "ess-site" nil t)
1173   :config
1174   ; actually load the rest of ess
1175   (require 'ess-site)
1176   (defun ess-change-directory (path)
1177     "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1178     (interactive "Directory to change to: ")
1179
1180     (when (file-exists-p path)
1181       (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1182       ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1183       (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1184   (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1185   ;; outlining support for ess modes
1186   (add-hook
1187    'ess-mode-hook
1188    '(lambda ()
1189       (outline-minor-mode)
1190       (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1191       (defun outline-level ()
1192         (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1193               ((looking-at "^#### ") 2)
1194               ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1195               (t 1000)))
1196       ))
1197   (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1198     "Evaluate region in a remote ESS instance"
1199     (interactive "r")
1200     (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***") nil nil nil)
1201     (kill-buffer "***essregionremoteeval***"))
1202   ;; Don't restore history or save workspace image
1203   '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1204   )
1205 #+END_SRC
1206
1207 ** Rainbowmode
1208 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1209
1210 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1211 (use-package rainbow-mode
1212   ;; add ess to the x major mode
1213   :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1214   (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1215 )
1216 #+END_SRC
1217
1218 ** YAML Mode
1219 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1220 (use-package yaml-mode
1221   ;; add ess to the x major mode
1222   :mode ("\\.\\(yaml|yml\\)\\'" . yaml-mode)
1223 )
1224 #+END_SRC
1225
1226 ** Polymode
1227 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1228 (use-package poly-noweb
1229   :after polymode
1230
1231   )
1232 (use-package poly-markdown
1233   :after polymode
1234   )
1235 (use-package poly-R
1236   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1237   :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1238   :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1239   :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1240   )
1241 (use-package polymode
1242   )
1243
1244 #+END_SRC
1245
1246 ** Outlining
1247 *** outline minor mode
1248 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1249 (use-package outline
1250    :straight nil
1251    :delight
1252    :init
1253    (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1254 )
1255 #+END_SRC
1256 *** outshine (outlining) integration
1257 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1258 (use-package outshine
1259   :after outline
1260   :hook (outline-minor-mode . outshine-mode)
1261 )
1262 #+END_SRC
1263 ** Writeroom Mode
1264 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1265 (use-package writeroom-mode
1266   :config
1267   (defun my/writing-mode ()
1268     "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1269     (interactive)
1270     (if writeroom-mode
1271         (progn
1272           (writeroom-mode -1)
1273           (visual-line-mode -1)
1274           (auto-fill-mode -1)
1275           (visual-fill-column-mode -1)
1276           )
1277       (visual-line-mode 1)
1278       (auto-fill-mode 1)
1279       (visual-fill-column-mode 1)
1280       (writeroom-mode 1))
1281     )
1282   )
1283 #+END_SRC
1284 ** GhostText/Atomic Chrome
1285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1286 (use-package atomic-chrome
1287   :config
1288   (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1289   (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1290   )
1291 #+END_SRC
1292 ** Edit Server
1293 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1294 (use-package edit-server
1295   :commands edit-server-start
1296   :init (if after-init-time
1297             (edit-server-start)
1298           (add-hook 'after-init-hook
1299                     #'(lambda() (edit-server-start))))
1300   :config (setq edit-server-new-frame-alist
1301                 '((name . "Edit with Emacs FRAME")
1302                   (top . 200)
1303                   (left . 200)
1304                   (width . 80)
1305                   (height . 25)
1306                   (minibuffer . t)
1307                   (menu-bar-lines . t)
1308                   (window-system . x)))
1309   )
1310 #+END_SRC
1311 ** Multiple Cursors
1312 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1313 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1314 (use-package multiple-cursors
1315   :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1316           ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1317           ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1318           ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1319   )
1320 #+END_SRC
1321 ** Web Mode
1322 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1323 (use-package web-mode
1324   :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1325   :config
1326   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1327   (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1328   (setq web-mode-engines-alist
1329         '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1330   )
1331 #+END_SRC
1332 ** Spamassassin Mode
1333 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1334 (use-package spamassassin-mode
1335   :straight nil
1336   :load-path "~/lib/emacs_el"
1337   :commands spamassassin-mode
1338   )
1339 #+END_SRC
1340 ** Password Store
1341 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1342 (use-package password-store
1343   :commands password-store-edit password-store-generate
1344   :config
1345   (defun dla/password-store-edit (entry)
1346     "Edit password for ENTRY which doesn't require it to already exist"
1347     (interactive (list (password-store--completing-read nil)))
1348     (password-store--run-edit entry))
1349   (advice-add 'password-store-edit :override #'dla/password-store-edit)
1350   )
1351 #+END_SRC
1352 ** CSS mode
1353 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1354 (use-package css
1355   :straight css-mode
1356   :mode "\\.css'"
1357   :config
1358   ;; fix up css mode to not be silly
1359   ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1360   (setq cssm-indent-level 4)
1361   (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1362   (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1363   (setq cssm-mirror-mode nil))
1364 #+END_SRC
1365 ** Abbrev Mode
1366 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1367 (use-package abbrev
1368   :straight nil
1369   :delight abbrev-mode
1370   :config
1371   ;; load abbreviations from 
1372   (setq abbrev-file-name       
1373         "~/.emacs_abbrev_def")
1374
1375   ;; read the abbrev file if it exists
1376   (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1377       (quietly-read-abbrev-file))
1378
1379   ;; for now, use abbrev mode everywhere
1380   :init 
1381   (setq default-abbrev-mode t))
1382 #+END_SRC
1383
1384 ** Debugging (realgud)
1385 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1386 (use-package realgud
1387   :commands (realgud:pdb realgud:gdb)
1388   )
1389 #+END_SRC
1390 ** Python Programming
1391 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1392 (use-package python-mode
1393   :delight Py 🐍
1394   :hook
1395   (python-mode . pyvenv-mode)
1396   (python-mode . flycheck-mode)
1397   (python-mode . blacken-mode)
1398   (python-mode . yas-minor-mode)
1399   (python-mode . anaconda-mode)
1400   )
1401 (use-package pyvenv
1402   :delight
1403   :after python-mode
1404   )
1405 (use-package blacken
1406   :delight
1407   :after python-mode
1408   :commands (blacken-buffer)
1409   :config
1410   (setq-default blacken-fast-unsafe t)
1411 )
1412 #+END_SRC
1413 *** Black
1414 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1415 (use-package python-black
1416   :delight
1417   :commands (python-black-buffer python-black-statement)
1418   :after python)
1419 #+end_src
1420 *** Sphinx Documentation
1421 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1422 (use-package numpydoc
1423   :after python
1424   :bind (:map python-mode-map
1425               ("C-c C-n" . numpydoc-generate)))
1426 (use-package sphinx-doc
1427   :delight 🐈
1428   :config
1429   (setq sphinx-doc-include-types t)
1430   :after python
1431   :hook (python-mode . sphinx-doc-mode)
1432   )
1433 (use-package python-docstring
1434   :delight 
1435   :after python
1436   :hook (python-mode . python-docstring-mode)
1437   )
1438 #+end_src
1439 *** Anaconda Mode (Documentation lookup and completion)
1440 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1441 (use-package anaconda-mode
1442   :delight
1443   :after python
1444 )
1445 #+END_SRC
1446 ** Go language
1447 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1448 (use-package go-mode
1449              :delight "go"
1450              :mode "\\.go"
1451              )
1452 #+END_SRC
1453
1454 ** Expand region
1455 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1456 (use-package expand-region
1457   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1458   )
1459 #+END_SRC
1460
1461 ** Dockerfile
1462 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1463 (use-package dockerfile-mode
1464   :mode "Dockerfile"
1465   )
1466 #+END_SRC
1467
1468 ** Beancount
1469 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1470 (use-package beancount
1471   :straight nil
1472   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1473   :mode "\\.beancount\\'"
1474   
1475   )
1476 #+END_SRC
1477 ** Apache
1478 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1479 (use-package apache-mode
1480   :delight 🪶
1481   :mode "apache\\.conf\\'"
1482   )
1483 #+END_SRC
1484 ** ELDoc
1485 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1486 (use-package eldoc
1487   :delight
1488   :commands eldoc-mode
1489   :straight nil
1490   )
1491 #+END_SRC
1492
1493 * Email
1494 ** Mutt
1495 *** Message-mode
1496 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1497 (use-package message
1498   :straight nil
1499   :delight (message "✉")
1500   :delight (message-mode "✉")
1501   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1502   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1503   :hook 'my/message-mode-settings
1504   :hook 'turn-on-flyspell
1505   :bind (:map message-mode-map
1506       ("C-c C-a" . my/post-attach-file)
1507       ("C-x p" . my/message-kill-buffer)
1508       )
1509   :config
1510   (defun my/message-mode-settings ()
1511     (font-lock-add-keywords nil
1512                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1513                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1514               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1515                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1516     )
1517   (defun my/message-kill-buffer ()
1518     (interactive)
1519     (kill-buffer nil)
1520     )
1521   (defun my/post-attach-file ()
1522     "Prompt for an attachment."
1523     (interactive)
1524     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1525       (my/header-attach-file file "")))
1526
1527   (defun my/header-attach-file (file description)
1528     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1529   Argument DESCRIPTION MIME description."
1530     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1531     (when (> (length file) 0)
1532   (save-excursion
1533     (save-match-data
1534       (save-restriction
1535         (widen)
1536         (goto-char (point-min))
1537         (search-forward-regexp "^$")
1538         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1539                 description "\n"))
1540         (message (concat "Attached '" file "'."))
1541         (setq post-has-attachment t))))))
1542
1543   (setq mail-yank-prefix "> ")
1544   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1545 )
1546 #+END_SRC
1547 *** Muttrc mode
1548 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1549 (use-package mutt-mode
1550   :mode "muttngrc"
1551   :mode "muttrc"
1552 )
1553 #+END_SRC
1554 *** Set mail User agent
1555 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1556 (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
1557 #+END_SRC
1558 *** Mail aliases
1559 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1560 ; (use-package
1561 ;   :straight t
1562 ;   :hook message
1563 ;   :config
1564 ;   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
1565 ; )
1566 #+END_SRC
1567 * Base emacs
1568 ** Reverting buffers
1569 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1570 (use-package autorevert
1571   :delight auto-revert-mode
1572   :config
1573   (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1574         global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1575         auto-revert-verbose nil)
1576   (global-auto-revert-mode 1))
1577 #+END_SRC
1578 * Org Mode
1579 ** Use-package and load things
1580 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1581
1582 (use-package org
1583   :delight (org-mode "ø")
1584   :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1585   :bind (("C-c l l" . org-store-link)
1586          ("C-c a"  . org-agenda)
1587          ("C-c b"  . org-iswitchb))
1588 #+END_SRC
1589 ** Agenda Configuration
1590 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1591   :config
1592   (setq-default org-log-done 'time)
1593   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1594
1595   (setq org-agenda-sticky t)
1596   (defun dla/show-org-agenda ()
1597     (interactive)
1598     (let (agendabuffer
1599           '(delq nil 
1600                 (mapcar (lambda (x)
1601                           (and (string-match-p
1602                                 "\*Org Agenda.*\*"
1603                                 (buffer-name x))
1604                                x)
1605                           )
1606                         (buffer-list))))
1607       (if agendabuffer
1608           (switch-to-buffer
1609            (buffer-name agendabuffer))
1610         (org-agenda-list)))
1611       (delete-other-windows))
1612
1613   ;; agenda configuration
1614   ;; Do not dim blocked tasks
1615   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1616   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1617   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1618
1619   ;; Compact the block agenda view
1620   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1621
1622   ;; Custom agenda command definitions
1623   (setq org-agenda-custom-commands
1624         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1625                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1626                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1627                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1628                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1629                   (org-agenda-sorting-strategy
1630                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1631                 (" " "Agenda"
1632                  ((agenda "" nil)
1633                   (tags "REFILE"
1634                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1635                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1636                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1637                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1638                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1639                               (org-agenda-sorting-strategy
1640                                '(category-keep))))
1641                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1642                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1643                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1644                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1645                               (org-agenda-sorting-strategy
1646                                '(category-keep))))
1647                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1648                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1649                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1650                                                                         ""
1651                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1652                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1653                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1654                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1655                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1656                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1657                               (org-agenda-sorting-strategy
1658                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1659                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1660                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1661                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1662                                                                         ""
1663                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1664                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1665                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1666                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1667                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1668                               (org-agenda-sorting-strategy
1669                                '(category-keep))))
1670                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1671                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1672                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1673                                                                         ""
1674                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1675                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1676                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1677                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1678                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1679                               (org-agenda-sorting-strategy
1680                                '(category-keep))))
1681                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1682                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1683                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1684                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1685                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1686                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1687                   (tags "-REFILE/"
1688                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1689                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1690                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1691                  nil))))
1692
1693   ; org mode agenda files
1694   (setq org-agenda-files
1695         (append
1696         (file-expand-wildcards "~/projects/org-notes/*.org")
1697         (file-expand-wildcards "~/org-mode/from-mobile.org")
1698         (file-expand-wildcards "~/org-notes-*/*.org")
1699         )
1700   )
1701   (setq my/org-refile-file
1702         (car (seq-filter
1703               (lambda (file) (string-match-p (regexp-quote "/refile.org") file))
1704               org-agenda-files)))
1705
1706   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1707   (set-register ?r (cons 'file my/org-refile-file))
1708   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1709   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1710   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1711   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1712   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1713   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1714   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1715   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1716   ; (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1717   ;   (interactive "P")
1718   ;   (with-temp-buffer
1719   ;     (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1720   ;       (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1721   ;       (goto-char (point-max))
1722   ;       (newline))
1723   ;     (write-file "/tmp/timeline.org")
1724   ;     (org-agenda arg "L")))
1725   ; (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1726
1727 #+END_SRC
1728 ** General config
1729 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1730   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1731   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1732
1733   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1734   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1735 #+END_SRC
1736 ** Capture Templates
1737 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1738   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1739         `(("m" "Mail" entry (file my/org-refile-file)
1740            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1741           ("t" "todo" entry (file my/org-refile-file)
1742            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1743           ("r" "respond" entry (file my/org-refile-file)
1744            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1745           ("n" "note" entry (file my/org-refile-file)
1746            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1747           ("s" "schedule" entry (file my/org-refile-file)
1748            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1749           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1750            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1751           ("w" "org-protocol" entry (file my/org-refile-file)
1752            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1753           ("M" "Meeting" entry (file my/org-refile-file)
1754            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1755           ("S" "Seminar" entry (file my/org-refile-file)
1756            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1757           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1758            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1759           ("p" "Phone call" entry (file my/org-refile-file)
1760            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1761            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1762                                        "Jobs"
1763                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1764            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1765           ("h" "Habit" entry (file my/org-refile-file)
1766            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1767           )
1768         )
1769
1770   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1771   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1772     (interactive)
1773     (save-excursion
1774       (beginning-of-line 0)
1775       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1776
1777   (defun my/org-add-id ()
1778     (interactive)
1779     (save-excursion
1780       (if (org-current-level)
1781           ()
1782         (forward-char 1)
1783         )
1784       (org-id-get-create)
1785       )
1786   )
1787
1788 #+END_SRC
1789 ** Org mode key bindings
1790 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1791   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1792   ;; Custom Key Bindings
1793   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1794           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1795           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1796           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1797           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1798           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1799           ("<S-f5>" . bh/widen)
1800           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1801           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1802           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1803           ("<f9> b" . bbdb)
1804           ("<f9> c" . calendar)
1805           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1806           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1807           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1808           ("<f9> w" . widen)
1809
1810           ("<f9> r" . boxquote-region)
1811           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1812
1813           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1814           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1815
1816           ("<f9> v" . visible-mode)
1817           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1818           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1819           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1820           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1821           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1822           ("C-<f10>" . next-buffer)
1823           ("<f11>" . org-clock-goto)
1824           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1825           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1826           ("C-c c" . org-capture))
1827   :config
1828 #+END_SRC
1829 ** Utility Functions
1830 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1831 (defun bh/hide-other ()
1832   (interactive)
1833   (save-excursion
1834     (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1835     (outline-hide-other)
1836     (org-cycle)
1837     (org-cycle)
1838     (org-cycle)))
1839
1840 (defun bh/set-truncate-lines ()
1841   "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1842   (interactive)
1843   (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1844   ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1845   (save-excursion
1846     (set-window-start (selected-window)
1847                       (window-start (selected-window)))))
1848
1849 (defun bh/switch-to-scratch ()
1850   (interactive)
1851   (switch-to-buffer "*scratch*"))
1852
1853 (setq org-use-fast-todo-selection t)
1854 (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1855
1856 ; create function to create headlines in file. This comes from
1857 ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1858 (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1859   "Add ID properties to all headlines in the current file which
1860 do not already have one."
1861   (interactive)
1862   (save-excursion
1863     (widen)
1864     (goto-char (point-min))
1865     (when (not (re-search-forward "^#\\+OPTIONS:.*auto-id:f" (point-max) t))
1866       (org-map-entries 'org-id-get-create))))
1867 (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1868   "Add or replace ID properties to all headlines in the current file 
1869 (or narrowed region)."
1870   (interactive)
1871
1872   (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1873 ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1874 (add-hook 'org-mode-hook
1875           (lambda ()
1876             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1877 #+END_SRC
1878 ** Org ID locations
1879 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1880 (use-package find-lisp
1881   :demand t)
1882 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1883       (append '(agenda-archives)
1884               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1885               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1886               ))
1887 #+END_SRC
1888 ** Keywords (TODO)
1889 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1890 (setq org-todo-keywords
1891       (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1892               (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1893
1894 (setq org-todo-keyword-faces
1895       (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1896               ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1897               ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1898               ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1899               ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1900               ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1901               ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1902               ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1903
1904 (setq org-todo-state-tags-triggers
1905       (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1906               ("WAITING" ("WAITING" . t))
1907               ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1908               (done ("WAITING") ("HOLD"))
1909               ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1910               ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1911               ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1912
1913
1914
1915 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1916 ; add ids on creation of nodes
1917 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1918
1919
1920 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1921 ; (setq org-clock-idle-time 10)
1922 ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1923
1924 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1925 ; use C-M-r for org mode capture
1926 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1927
1928 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1929 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1930                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1931
1932 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1933 (setq org-refile-use-outline-path t)
1934
1935 ; Targets complete directly with IDO
1936 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1937
1938 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1939 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1940
1941 ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1942 ; (setq org-completion-use-ido t)
1943 ; (setq ido-everywhere t)
1944 ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1945 ; (ido-mode (quote both))
1946 ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1947 ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1948 ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1949 ; ; Use the current window for indirect buffer display
1950 ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1951
1952
1953 ;;;; Refile settings
1954 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1955 (defun bh/verify-refile-target ()
1956   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1957   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1958
1959 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1960
1961 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1962 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1963 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1964 (require 'org-protocol)
1965 ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1966 (setq my-org-protocol-flag nil)
1967 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1968   "Delete frame at remember finalization"
1969   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1970          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1971 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1972   "Delete frame at remember refile"
1973   (if my-org-protocol-flag
1974       (progn
1975         (setq my-org-protocol-flag nil)
1976         ad-do-it
1977         (delete-frame))
1978     ad-do-it)
1979   )
1980 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1981   "Delete frame at remember abort"
1982   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1983          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1984 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1985   (setq my-org-protocol-flag t))
1986
1987 (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1988   (unless (org-in-item-p)
1989     (org-id-get-create)
1990     )
1991   )
1992
1993 ;; org modules
1994 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1995
1996 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1997 (defun open-mail-in-mutt (message)
1998   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1999
2000 Message can be specified either by a path pointing inside a
2001 Maildir, or by Message-ID."
2002   (interactive "MPath or Message-ID: ")
2003   (shell-command
2004    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
2005        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
2006
2007 ;; add support for "mutt:ID" links
2008 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
2009
2010 (defun my-org-mode-setup ()
2011   ; (load-library "reftex")
2012   (and (buffer-file-name)
2013        (file-exists-p (buffer-file-name))
2014        (progn
2015          ; (reftex-parse-all)
2016          (reftex-set-cite-format
2017           '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
2018             (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
2019             (?c . "\\cite{%l}")
2020             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
2021          ))
2022   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
2023   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
2024   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
2025   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
2026   )
2027 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
2028
2029 (defun org-mode-reftex-search ()
2030   (interactive)
2031   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
2032
2033 (defun open-research-paper (bibtexkey)
2034   "Open a paper by bibtex key"
2035   (interactive "bibtex key: ")
2036   (shell-command
2037    (format "%s %s"
2038        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
2039 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
2040 (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
2041   "Open a paper pdf by bibtex key"
2042   (interactive "bibtex key: ")
2043   (shell-command
2044    (format "%s -p evince_annot %s"
2045        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
2046 (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
2047
2048 (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
2049              '("notes" .
2050                "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
2051
2052 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
2053 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
2054
2055 ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
2056 (add-to-list 'org-structure-template-alist
2057              '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
2058
2059  ;; stolen from
2060 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
2061 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
2062   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
2063   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
2064                    (match-string 1 path)))
2065          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
2066     (cond ((eq format 'latex)
2067            (if (or (not desc) 
2068                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
2069                (format "\\cite{%s}" search)
2070              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
2071
2072 (org-add-link-type "rtcite" 
2073                    'org-bibtex-open
2074                    'my-rtcite-export-handler)
2075
2076
2077 #+END_SRC
2078 ** Org Mobile Configuration
2079 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2080   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
2081   (when (string= system-name "linnode")
2082     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
2083   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
2084   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
2085
2086 #+END_SRC
2087 ** Org iCal Support
2088 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2089   ;; org mode ical export
2090   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
2091   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
2092   ;; we already add the id manually
2093   (setq org-icalendar-store-UID t)
2094
2095 #+END_SRC
2096 ** General Org Babel Configuration
2097 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2098 ;; org babel support
2099 (org-babel-do-load-languages
2100  'org-babel-load-languages
2101  '((emacs-lisp . t )
2102    (R . t)
2103    (latex . t)
2104    (ditaa . t)
2105    (dot . t)
2106    ))
2107 ;; set the right path to ditaa.jar
2108 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
2109 ;; use graphviz-dot for dot things
2110 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
2111 ;; do not indent begin_src blocks
2112 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
2113 ;; org-babel-by-backend
2114 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
2115    `(case (if (boundp 'backend) 
2116               (org-export-backend-name backend)
2117             nil) ,@body))
2118
2119 (defun my/fix-inline-images ()
2120   (when org-inline-image-overlays
2121     (org-redisplay-inline-images)))
2122
2123 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
2124            'my/fix-inline-images)
2125
2126 #+END_SRC
2127 ** LaTeX configuration
2128 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2129 (use-package org-contrib
2130   :no-require t
2131   :after org
2132   :config
2133   (require 'ox-extra)
2134   (ox-extras-activate '(latex-header-blocks ignore-headlines))
2135   (require 'ox-latex)
2136 (add-to-list 'org-latex-classes
2137          '("memarticle"
2138        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2139        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2140        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2141        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2142        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2143        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2144
2145 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2146 (add-to-list 'org-latex-classes
2147          '("beamer"
2148        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2149 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2150 [PACKAGES]
2151 [EXTRA]"
2152        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2153        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2154        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2155        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2156        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2157
2158 (add-to-list 'org-latex-classes
2159          '("membook"
2160        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2161        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2162        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2163        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2164        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2165
2166 (add-to-list 'org-latex-classes
2167          '("letter"
2168        "\\documentclass[11pt]{letter}
2169 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2170 [PACKAGES]
2171 [EXTRA]"
2172    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2173        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2174        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2175        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2176        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2177
2178 (add-to-list 'org-latex-classes
2179          '("dlacv"
2180        "\\documentclass{dlacv}
2181 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2182 [NO-PACKAGES]
2183 [NO-EXTRA]"
2184        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2185        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2186        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2187        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2188        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2189
2190
2191 (add-to-list 'org-latex-classes
2192          '("dlaresume"
2193        "\\documentclass{dlaresume}
2194 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2195 [NO-PACKAGES]
2196 [NO-EXTRA]"
2197        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2198        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2199        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2200        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2201        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2202
2203
2204 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2205 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.  
2206 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2207
2208 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2209 (setq org-latex-default-packages-alist
2210   '(("" "amsmath" t)
2211     ("" "unicode-math" t)
2212     ))
2213 (setq org-latex-packages-alist
2214   '(("" "graphicx" t)
2215     ("" "fontspec" t)
2216     ("" "xunicode" t)
2217     ("" "hyperref" t)
2218     ("" "url" t)
2219     ("" "rotating" t)
2220     ("" "longtable" nil)
2221     ("" "float" )))
2222
2223 ;; make equations larger
2224 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2225
2226 (defun org-create-formula--latex-header ()
2227   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2228   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2229            (org-export-get-backend 'latex))
2230           (org-export--get-inbuffer-options
2231            (org-export-get-backend 'latex)))))
2232     (org-latex-guess-babel-language
2233      (org-latex-guess-inputenc
2234   (org-splice-latex-header
2235    org-format-latex-header
2236    org-latex-default-packages-alist
2237    nil t
2238    (plist-get info :latex-header)))
2239      info)))
2240
2241
2242 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2243 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2244 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2245                   (headline contents info) activate)
2246   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2247   (setq ad-return-value contents)
2248     ad-do-it))
2249
2250 ;; keep latex logfiles
2251
2252 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2253 )
2254
2255 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2256 (org-clock-persistence-insinuate)
2257 ;;
2258 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2259 (setq org-clock-history-length 23)
2260 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2261 (setq org-clock-in-resume t)
2262 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2263 ;; there are things like PHONE calls
2264 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2265 ;; Separate drawers for clocking and logs
2266 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2267 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2268 (setq org-clock-into-drawer t)
2269 (setq org-log-into-drawer t)
2270 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2271 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2272 ;; Clock out when moving task to a done state
2273 (setq org-clock-out-when-done t)
2274 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2275 (setq org-clock-persist t)
2276 ;; Do not prompt to resume an active clock
2277 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2278 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2279 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2280 ;; Include current clocking task in clock reports
2281 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2282
2283 ;; the cache seems to be broken
2284 (setq org-element-use-cache nil)
2285
2286 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2287
2288 (defun bh/is-task-p ()
2289   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2290   (save-restriction
2291     (widen)
2292     (let ((has-subtask)
2293           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2294           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2295       (save-excursion
2296         (forward-line 1)
2297         (while (and (not has-subtask)
2298                     (< (point) subtree-end)
2299                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2300           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2301             (setq has-subtask t))))
2302       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2303 (defun bh/is-project-p ()
2304   "Any task with a todo keyword subtask"
2305   (save-restriction
2306     (widen)
2307     (let ((has-subtask)
2308           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2309           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2310       (save-excursion
2311         (forward-line 1)
2312         (while (and (not has-subtask)
2313                     (< (point) subtree-end)
2314                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2315           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2316             (setq has-subtask t))))
2317       (and is-a-task has-subtask))))
2318
2319 (defun bh/is-subproject-p ()
2320   "Any task which is a subtask of another project"
2321   (let ((is-subproject)
2322         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2323     (save-excursion
2324       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2325         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2326           (setq is-subproject t))))
2327     (and is-a-task is-subproject)))
2328
2329
2330 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2331   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2332 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2333 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2334   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2335     (cond
2336      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2337        (bh/is-task-p))
2338   "NEXT")
2339      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2340        (bh/is-project-p))
2341   "TODO"))))
2342
2343 (defun bh/punch-in (arg)
2344   "Start continuous clocking and set the default task to the
2345 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2346 as the default task."
2347   (interactive "p")
2348   (setq bh/keep-clock-running t)
2349   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2350   ;;
2351   ;; We're in the agenda
2352   ;;
2353   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2354          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags))))
2355     (if (and (eq arg 4) tags)
2356         (org-agenda-clock-in '(16))
2357       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2358     ;;
2359     ;; We are not in the agenda
2360     ;;
2361     (save-restriction
2362   (widen)
2363   ; Find the tags on the current task
2364   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2365       (org-clock-in '(16))
2366     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2367
2368 (defun bh/punch-out ()
2369   (interactive)
2370   (setq bh/keep-clock-running nil)
2371   (when (org-clock-is-active)
2372     (org-clock-out))
2373   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2374
2375 (defun bh/clock-in-default-task ()
2376   (save-excursion
2377     (org-with-point-at org-clock-default-task
2378   (org-clock-in))))
2379
2380 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2381   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2382   (let ((parent-task))
2383     (save-excursion
2384   (save-restriction
2385     (widen)
2386     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2387       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2388         (setq parent-task (point))))
2389     (if parent-task
2390         (org-with-point-at parent-task
2391       (org-clock-in))
2392       (when bh/keep-clock-running
2393         (bh/clock-in-default-task)))))))
2394
2395 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2396
2397 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2398   (interactive)
2399   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2400     (org-clock-in '(16))))
2401
2402 (defun bh/clock-out-maybe ()
2403   (when (and bh/keep-clock-running
2404          (not org-clock-clocking-in)
2405          (marker-buffer org-clock-default-task)
2406          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2407     (bh/clock-in-parent-task)))
2408
2409 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2410
2411 (require 'org-id)
2412 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2413   "Clock in a task by id"
2414   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2415     (org-clock-in nil)))
2416
2417 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2418   "Clock in the interrupted task if there is one
2419 Skip the default task and get the next one.
2420 A prefix arg forces clock in of the default task."
2421   (interactive "p")
2422   (let ((clock-in-to-task
2423      (cond
2424       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2425       ((and (org-clock-is-active)
2426         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2427        (caddr org-clock-history))
2428       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2429       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2430       (t (car org-clock-history)))))
2431     (widen)
2432     (org-with-point-at clock-in-to-task
2433   (org-clock-in nil))))
2434
2435
2436 (defun org-export-to-ods ()
2437   (interactive)
2438   (let ((csv-file "data.csv"))
2439     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2440     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2441
2442 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2443 ; (setcar org-emphasis-regexp-components "​ [:space:] \t('\"{")
2444 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) "​ [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2445 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2446
2447 ;; support inserting screen shots
2448 (defun my/org-insert-screenshot ()
2449   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2450 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2451   (interactive)
2452   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2453   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2454     (read-file-name
2455      "Screenshot to insert: "
2456      nil
2457      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2458      )
2459     )
2460   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2461   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2462   (org-display-inline-images))
2463
2464 (defun my/fix-inline-images ()
2465   (when org-inline-image-overlays
2466     (org-redisplay-inline-images)))
2467
2468 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2469
2470 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2471 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2472          '(xelateximagemagick
2473       :programs ("xelatex" "convert")
2474       :description "pdf > png"
2475       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2476       :use-xcolor t
2477       :image-input-type "pdf"
2478       :image-output-type "png"
2479       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2480       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2481       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2482          )
2483 ;; use xelatex by default
2484 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2485
2486 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2487 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2488   "Fix properties drawers in current buffer.
2489  Ignore non Org buffers."
2490   (interactive)
2491   (when (eq major-mode 'org-mode)
2492     (org-with-wide-buffer
2493      (goto-char (point-min))
2494      (let ((case-fold-search t)
2495        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2496                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2497                    "END[ \t]*$"))))
2498    (org-map-entries
2499     (lambda ()
2500       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2501         (save-excursion
2502       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2503         (forward-line)
2504         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2505         (when (and (< (point) end)
2506                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2507                (save-excursion
2508                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2509                   (eq (org-element-type
2510                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2511                   'drawer))))
2512           (insert (delete-and-extract-region
2513                (match-beginning 0)
2514                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2515           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2516
2517 #+END_SRC
2518 ** Org-Gcal
2519 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2520 (use-package calfw
2521   :ensure f
2522   )
2523 (use-package calfw-org
2524   :ensure f
2525   )
2526 (use-package org-gcal
2527   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2528   :ensure f
2529   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2530                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2531             )
2532   )
2533 #+END_SRC
2534 ** appt integration
2535 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2536 (use-package appt
2537   :straight nil
2538   :config
2539   ;; Show notification 10 minutes before event
2540   (setq appt-message-warning-time 10)
2541   ;; Disable multiple reminders
2542   (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2543   (setq appt-display-mode-line nil)
2544
2545   ;; add automatic reminders for appointments
2546   (defun my/org-agenda-to-appt ()
2547     (interactive)
2548     (setq appt-time-msg-list nil)
2549     (org-agenda-to-appt))
2550   ;; add reminders when starting emacs
2551   (my/org-agenda-to-appt)
2552   ;; when rebuilding the agenda
2553   (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2554     "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2555     (my/org-agenda-to-appt)
2556     )
2557   ;; when saving all org buffers
2558   (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2559     "Re-add appts after saving all org buffers"
2560     (my/org-agenda-to-appt))
2561   ;; Display appointments as a window manager notification
2562   (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2563   (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2564
2565   (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2566
2567   (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2568     (if (atom min-to-app)
2569     (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2570   (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2571     (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2572              (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2573     )
2574   )
2575
2576
2577 #+END_SRC
2578 ** End use-package
2579 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2580   )
2581 #+END_SRC
2582 * Keybindings
2583 ** Home/End Begining/End of line
2584 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2585   (global-set-key [home] 'move-beginning-of-line)
2586   (global-set-key [end] 'move-end-of-line)
2587 #+END_SRC
2588 ** Goto line
2589 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2590   ; (global-unset-key "\M-g")
2591   ; (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2592 #+END_SRC
2593 * Debian
2594 ** debian-changelog
2595 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2596 (use-package debian-changelog-mode
2597   :mode "debian/changelog"
2598   :ensure debian-el
2599   :config
2600   (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2601   (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2602 #+END_SRC
2603 * Misc (uncharacterized)
2604 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2605   (setq calendar-latitude 38.6)
2606   (setq calendar-longitude -121.5)
2607   (setq case-fold-search t)
2608   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2609
2610 #+END_SRC
2611 ** Turn on fontlock
2612 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2613   (global-font-lock-mode 1)
2614 #+END_SRC
2615 ** PS Printing
2616 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2617   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2618   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2619   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2620   (setq ps-line-number-color "blue")
2621   (setq ps-print-footer t)
2622   (setq ps-print-footer-frame nil)
2623   (setq ps-print-only-one-header t)
2624 #+END_SRC
2625 ** Only single spacing on sentences
2626 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2627   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[    
2628   ]*")
2629   (setq sentence-end-double-space nil)
2630   ; enable matching parenthesis
2631 #+END_SRC
2632 ** Display paren mode
2633 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2634   (show-paren-mode 1)
2635   (setq show-paren-delay 0.2)
2636
2637 #+END_SRC
2638 ** My Username
2639 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2640   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2641
2642 #+END_SRC
2643 ** Use primary selection on unix machines
2644 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2645 ;; switch back to the old primary selection method
2646 (if (or (string-equal system-type "darwin")
2647         (string-equal system-type "windows")
2648         )
2649     (progn
2650       (setq select-enable-clipboard t)
2651       (setq select-enable-primary nil)
2652       )
2653   (progn
2654     (setq select-enable-clipboard nil)
2655     (setq select-enable-primary t)
2656     ))
2657 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2658
2659 (setq-default c-indent-level 4)
2660 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2661 (setq-default c-brace-offset -4)
2662 (setq-default c-argdecl-indent 4)
2663 (setq-default c-label-offset -4)
2664 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2665 ; tabs are annoying
2666 (setq-default indent-tabs-mode nil)
2667 (setq-default tab-width 4)
2668
2669 (defun insert-date ()
2670   "Insert date at point."
2671   (interactive)
2672   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2673 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2674
2675 (defun unfill-paragraph (arg)
2676   "Pull this whole paragraph up onto one line."
2677   (interactive "*p")
2678   (let ((fill-column 10000))
2679     (fill-paragraph arg))
2680   )
2681
2682 (column-number-mode t)
2683
2684 #+END_SRC
2685 ** Desktop-save-mode
2686 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2687 emacs, and use a different desktop file to restore history
2688 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2689 (use-package desktop
2690   :demand
2691   :config
2692   (setq desktop-base-file-name
2693         (convert-standard-filename
2694          (concat ".emacs"
2695                  (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2696                      "")
2697                  ".desktop")
2698          ))
2699   (setq desktop-base-lock-name
2700         (convert-standard-filename
2701          (concat desktop-base-file-name
2702                  ".lock")))
2703   (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2704   (setq desktop-restore-eager 5)
2705   (setq desktop-lazy-verbose nil)
2706   (desktop-save-mode 1)
2707   ; (desktop-read)
2708 )
2709 #+END_SRC
2710 ** Misc (Uncharacterized)
2711 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2712
2713 (put 'upcase-region 'disabled nil)
2714 (put 'downcase-region 'disabled nil)
2715 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2716
2717 ; Outline-minor-mode key map
2718 (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2719 ; HIDE
2720 (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2721 (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2722 (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2723 (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2724 (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2725 (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2726 ; SHOW
2727 (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2728 (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2729 (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2730 (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2731 (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2732 ; MOVE
2733 (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2734 (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2735 (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2736 (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2737 (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2738 (global-set-key "\M-o" cm-map)
2739 ; fix up tmux xterm keys
2740 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2741 (defun fix-up-tmux-keys ()
2742     "Fix up tmux xterm keys"
2743     (if (getenv "TMUX")
2744         (progn
2745           (let ((x 2) (tkey ""))
2746             (while (<= x 8)
2747               ;; shift
2748               (if (= x 2)
2749                   (setq tkey "S-"))
2750               ;; alt
2751               (if (= x 3)
2752                   (setq tkey "M-"))
2753               ;; alt + shift
2754               (if (= x 4)
2755                   (setq tkey "M-S-"))
2756               ;; ctrl
2757               (if (= x 5)
2758                   (setq tkey "C-"))
2759               ;; ctrl + shift
2760               (if (= x 6)
2761                   (setq tkey "C-S-"))
2762               ;; ctrl + alt
2763               (if (= x 7)
2764                   (setq tkey "C-M-"))
2765               ;; ctrl + alt + shift
2766               (if (= x 8)
2767                   (setq tkey "C-M-S-"))
2768
2769               ;; arrows
2770               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2771               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2772               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2773               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2774               ;; home
2775               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2776               ;; end
2777               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2778               ;; page up
2779               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2780               ;; page down
2781               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2782               ;; insert
2783               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2784               ;; delete
2785               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2786               ;; f1
2787               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2788               ;; f2
2789               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2790               ;; f3
2791               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2792               ;; f4
2793               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2794               ;; f5
2795               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2796               ;; f6
2797               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2798               ;; f7
2799               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2800               ;; f8
2801               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2802               ;; f9
2803               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2804               ;; f10
2805               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2806               ;; f11
2807               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2808               ;; f12
2809               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2810               ;; f13
2811               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2812               ;; f14
2813               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2814               ;; f15
2815               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2816               ;; f16
2817               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2818               ;; f17
2819               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2820               ;; f18
2821               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2822               ;; f19
2823               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2824               ;; f20
2825               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2826
2827               (setq x (+ x 1))
2828               ))
2829           )
2830       )
2831     )
2832 ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2833
2834 (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2835   "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2836   (if (or (buffer-modified-p)
2837           (verify-visited-file-modtime)
2838           (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2839           (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2840       ad-do-it
2841     (clear-visited-file-modtime)
2842     (not-modified)))
2843 (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2844 #+END_SRC
2845
2846 * Start Server
2847 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2848   (use-package server
2849     :config
2850     (setq server-name
2851           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2852               "server"))
2853     (unless (server-running-p)
2854       ; (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2855       (server-start)))
2856 #+END_SRC
2857
2858 * END
2859 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2860 (provide 'don-configuration)
2861 #+END_SRC