emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (require 'gnutls)
  36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  37     (setq package-enable-at-startup nil)
  38     (setq package--init-file-ensured t)
  39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  45     (eval-when-compile
  46       (package-initialize)
  47       (unless (package-installed-p 'use-package)
  48         (package-refresh-contents)
  49         (package-install 'use-package))
  50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  53         (nreverse (apply #'nconc
  54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  55                  (mapcar #'(lambda (path)
  56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  57                          (list path)
  58                        nil))
  59                      load-path))))))
  60
  61   ;;; fix up info paths for packages
  62   (with-eval-after-load "info"
  63     (info-initialize)
  64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  67                     (not (file-directory-p fdir))
  68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  70
  71
  72   (eval-when-compile
  73     (require 'use-package))
  74   (require 'bind-key)
  75   (require 'diminish)
  76 #+END_SRC
  77 ** Paradox
  78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  79   (use-package paradox
  80     :ensure paradox
  81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  82     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83     )
  84 #+END_SRC
  85 * Add library paths
  86
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  89   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  90 #+END_SRC
  91 * Disable custom-vars
  92 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  93   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  94   (setq custom-file "/dev/null")
  95 #+END_SRC
  96 * Misc functions
  97 ** with-library
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
 100 ;; execute conditional code when loading libraries
 101 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 102   `(when (require ,symbol nil t)
 103      ,@body))
 104 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 105 #+END_SRC
 106
 107 * Variables
 108 ** Safe Local Variables
 109 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 110 (setq safe-local-variable-values
 111       (quote ((auto-save-default)
 112               (make-backup-files)
 113               (cperl-indent-level . 4)
 114               (indent-level . 4)
 115               (indent-tabs-mode . f)
 116               (vcl-indent-level . 4)
 117               )))
 118 #+END_SRC
 119 * Memory
 120 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 121   (setq global-mark-ring-max 128
 122         mark-ring-max 128
 123         kill-ring-max 128)
 124
 125   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 126     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 127
 128   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 129     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 130
 131   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 132   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 133 #+END_SRC
 134 * Modules
 135 ** Spacemacs theme
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137 (use-package spacemacs-common
 138   :ensure spacemacs-theme
 139   :config
 140   (load-theme 'spacemacs-dark t)
 141   )
 142 #+END_SRC
 143 ** Hippie Expand
 144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 145   (use-package hippie-exp
 146     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 147     )
 148 #+END_SRC
 149 ** Flyspell 🐝
 150 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 151   (use-package flyspell
 152     :ensure t
 153     :diminish flyspell-mode 🐝
 154     :config
 155     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 156     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 157     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 158     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 159     :init
 160     (setq ispell-program-name "ispell")
 161     )
 162
 163 #+END_SRC
 164 ** Flymake
 165 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 166   (use-package flymake
 167     :diminish "Φ")
 168 #+end_src
 169
 170 ** Winnermode
 171 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 172   (winner-mode 1)
 173 #+END_SRC
 174 ** Eyebrowse
 175
 176 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 177   (use-package eyebrowse
 178     :ensure t
 179     :diminish eyebrowse-mode
 180     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 181     :config (progn
 182               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 183               (eyebrowse-mode t)
 184
 185               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 186                 (interactive)
 187                 (let ((done nil))
 188                   (dotimes (i 10)
 189                     ;; start at 1 run till 0
 190                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 191                       (when (and (not done)
 192                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 193                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 194                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 195                         (setq done t)
 196                         ))
 197                     )))
 198
 199               ;; I don't use latex-preview-pane
 200               ;; (require 'latex-preview-pane)
 201               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 202               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 203               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 204               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 205               ;;   ;; edit the TeX file.
 206               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 207               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 208
 209               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 210               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 211
 212               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 213               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 214               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 215               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 216               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 217               )
 218     )
 219 #+END_SRC
 220
 221 ** Window handling
 222
 223 *** Splitting
 224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 225   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 226     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 227     (interactive)
 228     (split-window-vertically)
 229     (other-window 1 nil)
 230     (switch-to-next-buffer))
 231
 232   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 233     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 234     (interactive)
 235     (split-window-horizontally)
 236     (other-window 1 nil)
 237     (switch-to-next-buffer))
 238
 239   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 240   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 241
 242   (setq split-width-threshold  100)
 243   (setq split-height-threshold 60)
 244
 245   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 246     "If there's only one window (excluding any possibly active
 247            minibuffer), then split the current window horizontally."
 248     (if (and (one-window-p t)
 249              (not (active-minibuffer-window))
 250              ( < (frame-width) (frame-height))
 251              )
 252         (let ((split-width-threshold nil))
 253           (split-window-sensibly window))
 254       (split-window-sensibly window)))
 255
 256   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 257   (setq window-combination-resize t)
 258 #+END_SRC
 259
 260 *** Compilation window
 261
 262 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 263 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 264 the former case, if there was no error the window closes
 265 automatically.
 266
 267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 268   (add-to-list 'display-buffer-alist
 269                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 270                  (display-buffer-reuse-window
 271                   display-buffer-in-side-window)
 272                  (reusable-frames . visible)
 273                  (side            . bottom)
 274                  (window-height   . 0.4)))
 275 #+END_SRC
 276
 277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 278   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 279     ;; If M-x compile exists with a 0
 280     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 281       ;; and delete the *compilation* window
 282       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 283         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 284                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 285                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 286           (delete-window compilation-window))))
 287     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 288     (cons msg code))
 289
 290   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 291   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 292 #+END_SRC
 293
 294 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 295 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 296 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 297 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 298 value, scrolling continues until there is no more output.
 299
 300 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 301   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 302 #+END_SRC
 303
 304 ** Mode line cleaning
 305 *** Diminish
 306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 307   (use-package diminish
 308     :ensure t)
 309 #+END_SRC
 310
 311 *** Delight
 312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 313   (use-package delight
 314     :ensure t)
 315 #+END_SRC
 316
 317 ** Jumping
 318 *** Avy
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 320   (use-package avy
 321     :if (>= emacs-major-version 25)
 322     :ensure t
 323     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 324            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 325            ("M-g g" . avy-goto-line))
 326     :config (progn (setq avy-background t))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Ace-link (jumping to links)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package ace-link
 332     :ensure t
 333     ; bind o in most modes
 334     :config (ace-link-setup-default))
 335 #+END_SRC
 336 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 337 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 338   (use-package goto-chg
 339     :ensure t
 340     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 341            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 342     )
 343 #+END_SRC
 344 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 346   (use-package bm
 347     :ensure t
 348     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 349            ("C-c j b ," . bm-previous)
 350            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 351 #+END_SRC
 352
 353 ** Snippets
 354 *** Yasnippet
 355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 356   (use-package yasnippet
 357     :ensure t
 358     :diminish yas-minor-mode
 359     :config (progn
 360               (yas-global-mode)
 361               (setq yas-verbosity 1)
 362               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 363               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 364               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 365               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 366                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 367               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 368                                'yas-hippie-try-expand)
 369               (yas-reload-all)
 370               )
 371     )
 372 #+END_SRC
 373 *** Auto-YASnippet
 374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 375   (use-package auto-yasnippet
 376     :ensure t
 377     :bind (("H-w" . aya-create)
 378            ("H-y" . aya-expand)
 379            )
 380     )
 381 #+END_SRC
 382 ** Company
 383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 384 (use-package company
 385   :ensure t
 386   :bind (("M-/" . company-complete))
 387   :config
 388   (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 389         company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 390         company-selection-wrap-around t
 391         company-require-match nil
 392         company-dabbrev-ignore-case t
 393         company-dabbrev-ignore-invisible t
 394         company-dabbrev-other-buffers t
 395         company-dabbrev-downcase nil
 396         company-dabbrev-code-everywhere t
 397         company-tooltip-align-annotations t
 398         company-minimum-prefix-length 1
 399         company-global-modes '(not)
 400         company-lighter-base "(C)")
 401   (global-company-mode 1)
 402   :bind (:map company-active-map
 403               ("C-n" . company-select-next)
 404               ("C-p" . company-select-previous)
 405               ("M-?" . company-show-doc-buffer)
 406               ("M-." . company-show-location)
 407               )
 408   )
 409 #+END_SRC
 410 *** C/C++
 411 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 412   (use-package company-c-headers
 413     :ensure t
 414     :config (progn
 415               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 416                 "Return the system include path for the current buffer."
 417                 (when ede-object
 418                   (ede-system-include-path ede-object)))
 419
 420               (setq company-c-headers-path-system
 421                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 422
 423               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 424 #+END_SRC
 425 *** Python
 426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 427 (use-package company-anaconda
 428   :ensure t
 429   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 430 #+END_SRC
 431 *** Perl
 432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 433   (use-package company-plsense
 434     :ensure t
 435     )
 436 #+END_SRC
 437 *** LaTeX
 438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 439   (use-package company-math
 440     :ensure t)
 441 #+END_SRC
 442 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 443   (use-package company-auctex
 444     :ensure t
 445     :config (progn
 446               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 447                 "company-auctex-labels backend"
 448                 (interactive (list 'interactive))
 449                 (case command
 450                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 451                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 452                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 453
 454               (add-to-list 'company-backends
 455                            '(company-auctex-macros
 456                              company-auctex-environments
 457                              company-math-symbols-unicode
 458                              company-math-symbols-latex))
 459
 460               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 461               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 462               )
 463     )
 464 #+END_SRC
 465 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 466   (use-package company-bibtex
 467     :ensure t
 468     )
 469 #+END_SRC
 470 *** Shell
 471
 472  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 473    (use-package company-shell
 474      :ensure t
 475      :config (progn
 476                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 477                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 478  #+END_SRC
 479
 480 *** YaSnippet
 481
 482  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 483
 484  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 485
 486  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 487    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 488      "Enable yasnippet for all backends.")
 489
 490    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 491      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 492              (and (listp backend)
 493                   (member 'company-yasnippet backend)))
 494          backend
 495        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 496                '(:with company-yasnippet))))
 497
 498    (setq company-backends
 499          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 500  #+END_SRC
 501
 502 *** All the words
 503
 504  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 505
 506  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 507    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 508      (interactive)
 509      (cond
 510       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 511        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 512        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 513        (message "company-ispell disabled"))
 514       (t
 515        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 516        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 517        (message "company-ispell enabled!"))))
 518
 519    (defun malb/company-ispell-setup ()
 520      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 521      (when (boundp 'company-backends)
 522        (make-local-variable 'company-backends)
 523        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 524        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 525        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 526        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 527                 ispell-alternate-dictionary)
 528            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 529  #+END_SRC
 530
 531 *** Tab DWIM
 532
 533  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 534
 535  2. This function then hopefully does what I want:
 536
 537     a. if a region is active, just indent
 538     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 539     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 540     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 541
 542  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 543
 544 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 545   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 546     (interactive "P")
 547     (cond
 548      ;; if a region is active, indent
 549      ((use-region-p)
 550       (indent-region (region-beginning)
 551                      (region-end)))
 552      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 553      ((and (not (active-minibuffer-window))
 554            (or (looking-at " ")
 555                (looking-at "$"))
 556            (looking-back "[^[:space:]]")
 557            (not (looking-back "^")))
 558
 559       (cond (company-mode (company-complete-common))
 560             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 561
 562      ;; no whitespace anywhere
 563      ((and (not (active-minibuffer-window))
 564            (looking-at "[^[:space:]]")
 565            (looking-back "[^[:space:]]")
 566            (not (looking-back "^")))
 567       (cond
 568        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 569         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 570        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 571         (save-excursion (outline-cycle)))))
 572
 573      ;; by default just call whatever was bound
 574      (t
 575       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 576                     'indent-for-tab-command)))
 577         (if (not (called-interactively-p 'any))
 578             (fn arg)
 579           (setq this-command fn)
 580           (call-interactively fn))))))
 581
 582   (defun malb/toggle-fold ()
 583     (interactive)
 584     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 585            (org-force-cycle-archived))
 586           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 587            (save-excursion
 588              (end-of-line)
 589              (hs-toggle-hiding)))
 590
 591           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 592            (save-excursion
 593              (outline-cycle)))))
 594
 595   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 596   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 597 #+END_SRC
 598 ** Tinyprocmail
 599
 600 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 601   ;; load tinyprocmail
 602   (use-package tinyprocmail
 603     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 604     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 605     )
 606 #+END_SRC
 607
 608 ** Magit
 609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 610   (use-package magit
 611     :ensure t
 612     :bind (("C-x g" . magit-status)
 613            ("C-x C-g" . magit-status))
 614     :config
 615     ;; refine diffs always (hilight words)
 616     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 617     )
 618   (use-package magit-annex
 619     :ensure t
 620     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 621     )
 622   (use-package magit-vcsh
 623     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 624     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 625     )
 626 #+END_SRC
 627
 628 ** Perl
 629 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 630   (use-package cperl-mode
 631     :config
 632     (progn
 633       ;; Use c-mode for perl .xs files
 634       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 635       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 636       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 637       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 638       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 639       (setq cperl-hairy t
 640             cperl-indent-level 4
 641             cperl-auto-newline nil
 642             cperl-auto-newline-after-colon nil
 643             cperl-continued-statement-offset 4
 644             cperl-brace-offset -1
 645             cperl-continued-brace-offset 0
 646             cperl-label-offset -4
 647             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 648             cperl-electric-lbrace-space nil
 649             cperl-indent-parens-as-block nil
 650             cperl-close-paren-offset -1
 651             cperl-tab-always-indent t)
 652       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 653   ))
 654 #+END_SRC
 655
 656 ** Markdown mode
 657 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 658   (use-package markdown-mode
 659     :ensure t
 660     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 661            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 662            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 663            )
 664     :config
 665     (setq markdown-enable-math t)
 666     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 667     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 668     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 669     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 670     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 671   )
 672
 673 #+END_SRC
 674 ** SQL mode
 675 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 676   ; load sql-indent when sql is loaded
 677 (use-package sql
 678   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 679   :config
 680   (require sql-indent))
 681 #+END_SRC
 682 ** Ediff
 683 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 684   (use-package ediff
 685     :commands ediff ediff3
 686     :ensure f
 687     :config
 688     ;; ediff configuration
 689     ;; don't use the multi-window configuration
 690     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 691   )
 692 #+END_SRC
 693 ** Do the Right Thing Indenting
 694 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 695 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 696 (use-package dtrt-indent
 697   :ensure t
 698 )
 699 #+END_SRC
 700 ** VCL --editing varnish configuration files
 701 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 702   (use-package vcl-mode
 703     :ensure t
 704     :mode "\\.vcl\\'"
 705     )
 706
 707 #+END_SRC
 708 ** Helm
 709 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 710   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 711     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 712     (interactive)
 713     (unless helm-source-buffers-list
 714       (setq helm-source-buffers-list
 715             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 716     (helm-other-buffer
 717      (append
 718
 719      (if (projectile-project-p)
 720           '(helm-source-projectile-buffers-list
 721             helm-source-buffers-list)
 722         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 723
 724       `(((name . "Virtual Workspace")
 725          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 726                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 727          (action . (lambda (candidate)
 728                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 729
 730       (if (projectile-project-p)
 731           '(helm-source-projectile-recentf-list
 732             helm-source-recentf)
 733         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 734
 735       ;; always make some common files easily accessible
 736       ;;'(((name . "Common Files")
 737        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 738         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 739
 740       '(helm-source-files-in-current-dir
 741         helm-source-locate
 742         helm-source-bookmarks
 743         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 744         ))
 745      "*Helm all the things*"))
 746   (use-package helm
 747     :ensure helm
 748     :diminish helm-mode
 749     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 750            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 751            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 752            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 753            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 754     :config
 755     (require 'helm-config)
 756     (require 'helm-for-files)
 757     (require 'helm-bookmark)
 758
 759     (helm-mode 1)
 760     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 761     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 762     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 763     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 764     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 765       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 766       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 767     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 768   )
 769 #+END_SRC
 770 *** Helm Flx
 771
 772  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 773
 774  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 775  (use-package helm-flx
 776    :ensure t
 777    :config (progn
 778              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 779              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 780                    helm-bookmark-show-location           t
 781                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 782                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 783                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 784                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 785                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 786                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 787                    helm-quick-update                     t
 788                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 789                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 790              (helm-flx-mode +1)))
 791  #+END_SRC
 792 *** Helm Swoop
 793 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 794
 795   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 796   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 797     (thing-at-point 'symbol))
 798     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 799     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 800           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 801           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 802           ein:notebook-multilang-mode))
 803
 804     (defun malb/swoop-or-search ()
 805       (interactive)
 806       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 807               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 808           (isearch-forward)
 809         (helm-swoop)))
 810
 811     (use-package helm-swoop
 812       :ensure t
 813       :commands helm-swoop
 814       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 815              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 816              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 817       :config (progn
 818
 819                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 820                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 821                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 822                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 823                       helm-swoop-speed-or-color t)
 824
 825                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 826                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 827                   (interactive)
 828                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 829                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 830                           (previous-history-element 1)
 831                         (helm-next-line))
 832                     (helm-next-line)))
 833
 834                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 835                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 836                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 837                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 838                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 839                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 840       )
 841
 842 #+END_SRC
 843 *** Helm Ag
 844 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 845 (use-package helm-ag
 846   :ensure t
 847   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 848                 helm-ag-command-option "--all-text"
 849                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 850                 helm-ag-fuzzy-match t
 851                 helm-ag-use-temp-buffer t
 852                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 853                 helm-ag-use-agignore t))
 854 #+END_SRC
 855 *** Helm Descbinds
 856 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 857   (use-package helm-descbinds
 858     :ensure t
 859     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 860     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 861 #+END_SRC
 862
 863 *** Helm YaSnippet
 864 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 865   (use-package helm-c-yasnippet
 866     :ensure t
 867     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 868     :config (progn
 869               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 870 #+END_SRC
 871 *** Helm Org Rifle
 872 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 873   (use-package helm-org-rifle
 874     :ensure t
 875     :config (progn
 876               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 877                 (interactive "p")
 878                 (let ((current-prefix-arg nil))
 879                   (cond
 880                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 881                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 882                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 883 #+END_SRC
 884 *** Helm Google
 885 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 886 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 887   (use-package helm-google
 888     :ensure t
 889     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 890     :config
 891     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 892                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 893                                          (let ((url
 894                                                 (replace-regexp-in-string
 895                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 896                                                  "\\1" candidate)))
 897                                            (kill-new url))))
 898                         t
 899                         )
 900
 901            (add-to-list 'helm-google-actions
 902                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 903                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 904                                                      (url
 905                                                       (replace-regexp-in-string
 906                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 907                                                        "\\1" candidate)))
 908                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 909                         t)
 910            ))
 911 #+END_SRC
 912
 913 ** Projectile -- Project management
 914 #+begin_src emacs-lisp
 915   (use-package projectile
 916     :ensure t
 917     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 918            ("<f6>" . next-error))
 919     :config (progn
 920               (use-package magit :ensure t)
 921               (require 'helm-projectile)
 922               (helm-projectile-on)
 923
 924               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 925                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 926                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 927
 928               (projectile-global-mode)))
 929 #+end_src
 930
 931 *** helm integration
 932 #+begin_src emacs-lisp
 933   (use-package helm-projectile
 934     :ensure t
 935     :config (progn
 936               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 937                 (helm-build-dummy-source
 938                     "Create file"
 939                   :action 'find-file))
 940
 941               (add-to-list
 942                'helm-projectile-sources-list
 943                malb/helm-source-file-not-found t)
 944
 945               (helm-delete-action-from-source
 946                "Grep in projects `C-s'"
 947                helm-source-projectile-projects)
 948
 949               (helm-add-action-to-source
 950                "Grep in projects `C-s'"
 951                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 952 #+end_src
 953 ** Zap to char
 954 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 955   (use-package avy-zap
 956     :ensure t
 957     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 958 #+END_SRC
 959 ** Hydra
 960 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 961   (use-package hydra
 962     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 963            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 964            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 965            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 966            )
 967     :config
 968     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 969     "
 970   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 971   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 972   _p_: read papers      _R_: paper notes
 973   _h_: hpcbio
 974   _q_: quit
 975   _z_: quit
 976   "
 977     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 978     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 979     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 980     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 981     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 982     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 983     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 984     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 985     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 986     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 987     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 988     ("q" nil "quit")
 989     ("z" nil "quit")
 990     )
 991
 992     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 993     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 994     "
 995   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 996   ^^^^^^------------------------------------------------------
 997   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 998   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 999   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
1000   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
1001   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
1002   _d_: subtree
1003
1004   "
1005     ;; Hide
1006     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1007     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1008     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1009     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1010     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1011     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1012     ;; Show
1013     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1014     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1015     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1016     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1017     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1018     ;; Move
1019     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1020     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1021     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1022     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1023     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1024     ("z" nil "leave"))
1025   )
1026 #+END_SRC
1027
1028 ** Tramp
1029 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1030   (use-package tramp
1031     :config
1032     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1033                                   (tramp-login-program "vcsh")
1034                                   (tramp-login-args
1035                                    (("enter")
1036                                     ("%h")))
1037                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1038                                   (tramp-remote-shell-args
1039                                    ("-c")))))
1040 #+END_SRC
1041 ** Reftex
1042 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1043   (use-package reftex
1044     :ensure t
1045     :config
1046     (setq-default reftex-default-bibliography
1047                     '("~/projects/research/references.bib")))
1048 #+END_SRC
1049 ** BibTex
1050 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1051   (use-package bibtex
1052     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1053                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1054                           ("abstract" "")
1055                   ("pmid" "")
1056                   ("doi" ""))))
1057     )
1058
1059 #+END_SRC
1060 ** LaTeX
1061 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1062 (use-package tex
1063   :defer t
1064   :ensure auctex
1065   :config
1066   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1067   ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1068   ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1069   ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1070   ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1071   ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1072   ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1073   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1074   (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1075   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1076   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1077
1078   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1079   ;; support fake section headers
1080   (setq TeX-outline-extra
1081         '(("%chapter" 1)
1082           ("%section" 2)
1083           ("%subsection" 3)
1084           ("%subsubsection" 4)
1085           ("%paragraph" 5)))
1086   ;; add font locking to the headers
1087   (font-lock-add-keywords
1088    'latex-mode
1089    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1090       0 'font-lock-keyword-face t)
1091      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1092      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1093      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1094      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1095      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1096
1097   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1098   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1099   (setq TeX-open-quote "“")
1100   (setq TeX-close-quote "”")
1101
1102   ;; (TeX-add-style-hook
1103   ;;  "latex"
1104   ;;  (lambda ()
1105   ;;    (TeX-add-symbols
1106   ;;     '("DLA" 1))))
1107   ;; (custom-set-variables
1108   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1109   ;;    '(("fixme"
1110   ;;       ("DLA" "RZ")
1111   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1112   ;; )
1113   (setq-default TeX-parse-self t)
1114   (setq-default TeX-auto-save t)
1115   (setq-default TeX-master nil)
1116   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1117                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1118   (eval-after-load
1119       "latex"
1120     '(TeX-add-style-hook
1121       "cleveref"
1122       (lambda ()
1123         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1124             (add-to-list
1125              'reftex-ref-style-alist
1126              '("Cleveref" "cleveref"
1127                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1128         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1129         (TeX-add-symbols
1130          '("cref" TeX-arg-ref)
1131          '("Cref" TeX-arg-ref)
1132          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1133          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1134   (eval-after-load
1135       "latex"
1136     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1137                   '("Sexpr")))
1138
1139   (use-package font-latex
1140     :config
1141     (setq font-latex-match-reference-keywords
1142           '(
1143             ("fref" "{")
1144             ("Fref" "{")
1145             ("citep" "{")
1146             ("citet" "{")
1147             ("acs" "{")
1148             ("acsp" "{")
1149             ("ac" "{")
1150             ("acp" "{")
1151             ("acl" "{")
1152             ("aclp" "{")
1153             ("acsu" "{")
1154             ("aclu" "{")
1155             ("acused" "{")
1156             ("DLA" "{")
1157             ("RZ" "{")
1158             ("OM" "{")
1159             ("DL" "{")
1160             ("fixme" "{"))
1161           )
1162     )
1163   (setq font-latex-fontify-script nil)
1164   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1165   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1166 )
1167
1168 #+END_SRC
1169 ** ESS
1170 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1171   (use-package ess
1172     :ensure t
1173     :commands R
1174     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1175     :bind (:map ess-mode-map
1176                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1177     :init
1178     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1179     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1180     :config
1181     ; actually load the rest of ess
1182     (require 'ess-site)
1183     (defun ess-change-directory (path)
1184       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1185       (interactive "Directory to change to: ")
1186
1187       (when (file-exists-p path)
1188         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1189         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1190         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1191     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1192     ;; outlining support for ess modes
1193     (add-hook
1194      'ess-mode-hook
1195      '(lambda ()
1196         (outline-minor-mode)
1197         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1198         (defun outline-level ()
1199           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1200                 ((looking-at "^#### ") 2)
1201                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1202                 (t 1000)))
1203         ))
1204     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1205       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1206       (interactive "r")
1207       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1208       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1209     ;; Don't restore history or save workspace image
1210     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1211     )
1212 #+END_SRC
1213
1214 ** Rainbowmode
1215 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1216
1217 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1218   (use-package rainbow-mode
1219     ;; add ess to the x major mode
1220     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1221     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1222   )
1223 #+END_SRC
1224
1225 ** Polymode
1226 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1227 (use-package poly-noweb
1228   :ensure t
1229   :after polymode
1230
1231   )
1232 (use-package poly-markdown
1233   :ensure t
1234   :after polymode
1235   )
1236 (use-package poly-R
1237   :ensure t
1238   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1239   ; :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1240   ; :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1241   ; :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1242   )
1243 (use-package polymode
1244   :ensure t
1245   )
1246
1247 #+END_SRC
1248
1249 ** Outlining
1250 *** Outline magic
1251 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1252   (use-package outline-magic)
1253 #+END_SRC
1254 *** Outline mode
1255 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1256 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1257 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1258 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1259 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1260 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1261
1262 #+END_SRC
1263 ** Writeroom Mode
1264 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1265   (use-package writeroom-mode
1266     :config
1267     (defun my/writing-mode ()
1268       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1269       (interactive)
1270       (if writeroom-mode
1271           (progn
1272             (writeroom-mode -1)
1273             (visual-line-mode -1)
1274             (auto-fill-mode -1)
1275             (visual-fill-column-mode -1)
1276             )
1277         (visual-line-mode 1)
1278         (auto-fill-mode 1)
1279         (visual-fill-column-mode 1)
1280         (writeroom-mode 1))
1281       )
1282     )
1283 #+END_SRC
1284 ** GhostText/Atomic Chrome
1285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1286   (use-package atomic-chrome
1287     :config
1288     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1289     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1290     )
1291 #+END_SRC
1292 ** Multiple Cursors
1293    :PROPERTIES:
1294    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1295    :END:
1296 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1297 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1298   (use-package multiple-cursors
1299     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1300             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1301             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1302             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1303     )
1304 #+END_SRC
1305 ** Web Mode
1306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1307   (use-package web-mode
1308     :load-path "/home/don/projects/web-mode/"
1309     :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1310     :config
1311     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1312     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1313     (setq web-mode-engines-alist
1314           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1315     )
1316 #+END_SRC
1317 ** Spamassassin Mode
1318 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1319   (use-package spamassassin-mode
1320     :commands spamassassin-mode
1321     :ensure f
1322     )
1323 #+END_SRC
1324 ** Password Store
1325 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1326   (use-package password-store
1327     :ensure f
1328     :commands password-store-edit password-store-generate
1329     )
1330 #+END_SRC
1331 ** CSS mode
1332 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1333   (use-package css
1334     :mode "\\.css'"
1335     :config
1336     ;; fix up css mode to not be silly
1337     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1338     (setq cssm-indent-level 4)
1339     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1340     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1341     (setq cssm-mirror-mode nil))
1342 #+END_SRC
1343 ** Abbrev Mode
1344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1345   (use-package abbrev
1346     :diminish abbrev-mode
1347     :config
1348     ;; load abbreviations from
1349     (setq abbrev-file-name
1350           "~/.emacs_abbrev_def")
1351
1352     ;; read the abbrev file if it exists
1353     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1354         (quietly-read-abbrev-file))
1355
1356     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1357     (setq default-abbrev-mode t))
1358 #+END_SRC
1359
1360 ** Go language
1361 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1362 (use-package go-mode
1363              :diminish "go"
1364              :mode "\\.go"
1365              )
1366 #+END_SRC
1367
1368 ** Expand region
1369 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1370 (use-package expand-region
1371   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1372   )
1373 #+END_SRC
1374
1375 ** Dockerfile
1376 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1377 (use-package dockerfile-mode
1378   :mode "Dockerfile"
1379   )
1380 #+END_SRC
1381
1382 ** Beancount
1383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1384 (use-package beancount
1385   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1386   :ensure f
1387   :mode "\\.beancount\\'"
1388
1389   )
1390 #+END_SRC
1391 * Email
1392 ** Mutt
1393 *** Message-mode
1394 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1395 (use-package message
1396   :ensure f
1397   :diminish (message "✉")
1398   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1399   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1400   :hook 'my/message-mode-settings
1401   :hook 'turn-on-flyspell
1402   :bind (:map message-mode-map
1403       ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1404   :delight (message-mode "✉")
1405   :config
1406   (defun my/message-mode-settings ()
1407     (font-lock-add-keywords nil
1408                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1409                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1410               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1411                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1412     )
1413
1414   (defun my/post-attach-file ()
1415     "Prompt for an attachment."
1416     (interactive)
1417     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1418       (my/header-attach-file file "")))
1419
1420   (defun my/header-attach-file (file description)
1421     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1422   Argument DESCRIPTION MIME description."
1423     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1424     (when (> (length file) 0)
1425   (save-excursion
1426     (save-match-data
1427       (save-restriction
1428         (widen)
1429         (goto-char (point-min))
1430         (search-forward-regexp "^$")
1431         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1432                 description "\n"))
1433         (message (concat "Attached '" file "'."))
1434         (setq post-has-attachment t))))))
1435
1436   (setq mail-yank-prefix "> ")
1437   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1438 )
1439 #+END_SRC
1440 *** Muttrc mode
1441 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1442   (use-package muttrc-mode
1443     :mode "muttngrc"
1444     :mode "muttrc"
1445   )
1446
1447 #+END_SRC
1448 * Base emacs
1449 ** Reverting buffers
1450 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1451   (use-package autorevert
1452     :diminish auto-revert-mode
1453     :config
1454     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1455           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1456           auto-revert-verbose nil)
1457     (global-auto-revert-mode 1))
1458 #+END_SRC
1459 * Org Mode
1460 ** Use-package and load things
1461 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1462
1463   (use-package org
1464     :delight (org-mode "ø")
1465     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1466     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1467            ("C-c a"  . org-agenda)
1468            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1469 #+END_SRC
1470 ** Agenda Configuration
1471 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1472   :config
1473   (setq-default org-log-done 'time)
1474   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1475
1476   (setq org-agenda-sticky t)
1477   (defun dla/show-org-agenda ()
1478     (interactive)
1479     (let (agendabuffer
1480           '(delq nil
1481                 (mapcar (lambda (x)
1482                           (and (string-match-p
1483                                 "\*Org Agenda.*\*"
1484                                 (buffer-name x))
1485                                x)
1486                           )
1487                         (buffer-list))))
1488       (if agendabuffer
1489           (switch-to-buffer
1490            (buffer-name agendabuffer))
1491         (org-agenda-list)))
1492       (delete-other-windows))
1493
1494   ;; agenda configuration
1495   ;; Do not dim blocked tasks
1496   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1497   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1498   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1499
1500   ;; Compact the block agenda view
1501   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1502
1503   ;; Custom agenda command definitions
1504   (setq org-agenda-custom-commands
1505         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1506                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1507                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1508                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1509                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1510                   (org-agenda-sorting-strategy
1511                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1512                 (" " "Agenda"
1513                  ((agenda "" nil)
1514                   (tags "REFILE"
1515                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1516                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1517                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1518                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1519                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1520                               (org-agenda-sorting-strategy
1521                                '(category-keep))))
1522                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1523                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1524                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1525                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1526                               (org-agenda-sorting-strategy
1527                                '(category-keep))))
1528                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1529                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1530                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1531                                                                         ""
1532                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1533                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1534                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1535                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1536                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1537                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1538                               (org-agenda-sorting-strategy
1539                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1540                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1541                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1542                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1543                                                                         ""
1544                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1545                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1546                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1547                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1548                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1549                               (org-agenda-sorting-strategy
1550                                '(category-keep))))
1551                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1552                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1553                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1554                                                                         ""
1555                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1556                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1557                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1558                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1559                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1560                               (org-agenda-sorting-strategy
1561                                '(category-keep))))
1562                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1563                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1564                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1565                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1566                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1567                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1568                   (tags "-REFILE/"
1569                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1570                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1571                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1572                  nil))))
1573
1574   ; org mode agenda files
1575   (setq org-agenda-files
1576         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1577             "~/projects/org-notes/notes.org"
1578             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1579             "~/projects/org-notes/refile.org"
1580             "~/projects/org-notes/diary.org"
1581             "~/projects/org-notes/ool.org"
1582             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1583             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1584             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1585             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1586             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1587             "~/projects/org-notes/laurel.org"
1588             "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
1589             "~/org-mode/from-mobile.org"
1590             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1591
1592   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1593   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1594   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1595   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1596   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1597   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1598   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1599   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1600   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1601   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1602   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1603     (interactive "P")
1604     (with-temp-buffer
1605       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1606         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1607         (goto-char (point-max))
1608         (newline))
1609       (write-file "/tmp/timeline.org")
1610       (org-agenda arg "L")))
1611   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1612
1613 #+END_SRC
1614 ** General config
1615 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1616   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1617   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1618
1619   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1620   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1621 #+END_SRC
1622 ** Capture Templates
1623 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1624   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1625         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1626            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1627           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1628            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1629           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1630            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1631           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1632            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1633           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1634            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1635           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1636            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1637           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1638            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1639           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1640            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1641           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1642            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1643           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1644            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1645           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1646            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1647            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1648                                        "Jobs"
1649                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1650            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1651           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1652            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1653           )
1654         )
1655
1656   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1657   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1658     (interactive)
1659     (save-excursion
1660       (beginning-of-line 0)
1661       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1662
1663   (defun my/org-add-id ()
1664     (interactive)
1665     (save-excursion
1666       (if (org-current-level)
1667           ()
1668         (forward-char 1)
1669         )
1670       (org-id-get-create)
1671       )
1672   )
1673
1674 #+END_SRC
1675 ** Org mode key bindings
1676 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1677   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1678   ;; Custom Key Bindings
1679   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1680           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1681           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1682           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1683           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1684           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1685           ("<S-f5>" . bh/widen)
1686           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1687           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1688           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1689           ("<f9> b" . bbdb)
1690           ("<f9> c" . calendar)
1691           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1692           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1693           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1694           ("<f9> w" . widen)
1695
1696           ("<f9> r" . boxquote-region)
1697           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1698
1699           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1700           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1701
1702           ("<f9> v" . visible-mode)
1703           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1704           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1705           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1706           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1707           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1708           ("C-<f10>" . next-buffer)
1709           ("<f11>" . org-clock-goto)
1710           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1711           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1712           ("C-c c" . org-capture))
1713   :config
1714 #+END_SRC
1715 ** Utility Functions
1716 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1717   (defun bh/hide-other ()
1718     (interactive)
1719     (save-excursion
1720       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1721       (hide-other)
1722       (org-cycle)
1723       (org-cycle)
1724       (org-cycle)))
1725
1726   (defun bh/set-truncate-lines ()
1727     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1728     (interactive)
1729     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1730     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1731     (save-excursion
1732       (set-window-start (selected-window)
1733                         (window-start (selected-window)))))
1734
1735   (defun bh/switch-to-scratch ()
1736     (interactive)
1737     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1738
1739   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1740   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1741
1742   ; create function to create headlines in file. This comes from
1743   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1744   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1745     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1746   do not already have one."
1747     (interactive)
1748     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1749   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1750     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1751   (or narrowed region)."
1752     (interactive)
1753     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1754   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1755   ; (add-hook 'org-mode-hook
1756   ;           (lambda ()
1757   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1758 #+END_SRC
1759 ** Org ID locations
1760 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1761 (use-package find-lisp
1762   :ensure t)
1763 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1764       (append '(agenda-archives)
1765               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1766               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1767               ))
1768 #+END_SRC
1769 ** Keywords (TODO)
1770 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1771   (setq org-todo-keywords
1772         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1773                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1774
1775   (setq org-todo-keyword-faces
1776         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1777                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1778                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1779                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1780                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1781                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1782                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1783                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1784
1785   (setq org-todo-state-tags-triggers
1786         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1787                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1788                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1789                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1790                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1791                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1792                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1793
1794
1795
1796   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1797   ; add ids on creation of nodes
1798   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1799
1800
1801   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1802   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1803   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1804
1805   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1806   ; use C-M-r for org mode capture
1807   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1808
1809   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1810   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1811                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1812
1813   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1814   (setq org-refile-use-outline-path t)
1815
1816   ; Targets complete directly with IDO
1817   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1818
1819   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1820   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1821
1822   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1823   ; (setq org-completion-use-ido t)
1824   ; (setq ido-everywhere t)
1825   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1826   ; (ido-mode (quote both))
1827   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1828   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1829   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1830   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1831   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1832
1833
1834   ;;;; Refile settings
1835   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1836   (defun bh/verify-refile-target ()
1837     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1838     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1839
1840   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1841
1842   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1843   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1844   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1845   (require 'org-protocol)
1846   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1847   (setq my-org-protocol-flag nil)
1848   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1849     "Delete frame at remember finalization"
1850     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1851            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1852   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1853     "Delete frame at remember refile"
1854     (if my-org-protocol-flag
1855         (progn
1856           (setq my-org-protocol-flag nil)
1857           ad-do-it
1858           (delete-frame))
1859       ad-do-it)
1860     )
1861   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1862     "Delete frame at remember abort"
1863     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1864            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1865   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1866     (setq my-org-protocol-flag t))
1867
1868   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1869     (unless (org-in-item-p)
1870       (org-id-get-create)
1871       )
1872     )
1873
1874   ;; org modules
1875   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1876
1877   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1878   (defun open-mail-in-mutt (message)
1879     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1880
1881   Message can be specified either by a path pointing inside a
1882   Maildir, or by Message-ID."
1883     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1884     (shell-command
1885      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1886          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1887
1888   ;; add support for "mutt:ID" links
1889   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1890
1891   (defun my-org-mode-setup ()
1892     ; (load-library "reftex")
1893     (and (buffer-file-name)
1894          (file-exists-p (buffer-file-name))
1895          (progn
1896            ; (reftex-parse-all)
1897            (reftex-set-cite-format
1898             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1899               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1900               (?c . "\\cite{%l}")
1901               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1902            ))
1903     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1904     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1905     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1906     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1907     )
1908   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1909
1910   (defun org-mode-reftex-search ()
1911     (interactive)
1912     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1913
1914   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1915     "Open a paper by bibtex key"
1916     (interactive "bibtex key: ")
1917     (shell-command
1918      (format "%s %s"
1919          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1920   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1921   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1922     "Open a paper pdf by bibtex key"
1923     (interactive "bibtex key: ")
1924     (shell-command
1925      (format "%s -p evince_annot %s"
1926          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1927   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1928
1929   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1930                '("notes" .
1931                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1932
1933   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1934   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1935
1936   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1937   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1938                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1939
1940    ;; stolen from
1941   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1942   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1943     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1944     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1945                      (match-string 1 path)))
1946            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1947       (cond ((eq format 'latex)
1948              (if (or (not desc)
1949                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1950                  (format "\\cite{%s}" search)
1951                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1952
1953   (org-add-link-type "rtcite"
1954                      'org-bibtex-open
1955                      'my-rtcite-export-handler)
1956
1957
1958 #+END_SRC
1959 ** Org Mobile Configuration
1960 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1961   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1962   (when (string= system-name "linnode")
1963     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1964   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1965   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1966
1967 #+END_SRC
1968 ** Org iCal Support
1969 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1970   ;; org mode ical export
1971   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1972   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1973   ;; we already add the id manually
1974   (setq org-icalendar-store-UID t)
1975
1976 #+END_SRC
1977 ** General Org Babel Configuration
1978 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1979 ;; org babel support
1980 (org-babel-do-load-languages
1981  'org-babel-load-languages
1982  '((emacs-lisp . t )
1983    (R . t)
1984    (latex . t)
1985    (ditaa . t)
1986    (dot . t)
1987    ))
1988 ;; set the right path to ditaa.jar
1989 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
1990 ;; use graphviz-dot for dot things
1991 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1992 ;; do not indent begin_src blocks
1993 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
1994 ;; org-babel-by-backend
1995 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1996    `(case (if (boundp 'backend)
1997               (org-export-backend-name backend)
1998             nil) ,@body))
1999
2000 (defun my/fix-inline-images ()
2001   (when org-inline-image-overlays
2002     (org-redisplay-inline-images)))
2003
2004 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
2005            'my/fix-inline-images)
2006
2007 #+END_SRC
2008 ** LaTeX configuration
2009    :PROPERTIES:
2010    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
2011    :END:
2012 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2013 (use-package ox-extra
2014   :config
2015   (ox-extras-activate '(ignore-headlines)))
2016 (require 'ox-latex)
2017 (add-to-list 'org-latex-classes
2018          '("memarticle"
2019        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2020        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2021        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2022        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2023        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2024        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2025
2026 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2027 (add-to-list 'org-latex-classes
2028          '("beamer"
2029        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2030 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2031 [PACKAGES]
2032 [EXTRA]"
2033        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2034        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2035        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2036        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2037        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2038
2039 (add-to-list 'org-latex-classes
2040          '("membook"
2041        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2042        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2043        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2044        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2045        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2046
2047 (add-to-list 'org-latex-classes
2048          '("letter"
2049        "\\documentclass[11pt]{letter}
2050 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2051 [PACKAGES]
2052 [EXTRA]"
2053    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2054        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2055        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2056        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2057        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2058
2059 (add-to-list 'org-latex-classes
2060          '("dlacv"
2061        "\\documentclass{dlacv}
2062 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2063 [NO-PACKAGES]
2064 [NO-EXTRA]"
2065        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2066        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2067        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2068        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2069        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2070
2071
2072 (add-to-list 'org-latex-classes
2073          '("dlaresume"
2074        "\\documentclass{dlaresume}
2075 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2076 [NO-PACKAGES]
2077 [NO-EXTRA]"
2078        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2079        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2080        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2081        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2082        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2083
2084
2085 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2086 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2087 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2088
2089 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2090 (setq org-latex-default-packages-alist
2091   '(("" "amsmath" t)
2092     ("" "unicode-math" t)
2093     ))
2094 (setq org-latex-packages-alist
2095   '(("" "graphicx" t)
2096     ("" "fontspec" t)
2097     ("" "xunicode" t)
2098     ("" "hyperref" t)
2099     ("" "url" t)
2100     ("" "rotating" t)
2101     ("" "longtable" nil)
2102     ("" "float" )))
2103
2104 ;; make equations larger
2105 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2106
2107 (defun org-create-formula--latex-header ()
2108   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2109   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2110            (org-export-get-backend 'latex))
2111           (org-export--get-inbuffer-options
2112            (org-export-get-backend 'latex)))))
2113     (org-latex-guess-babel-language
2114      (org-latex-guess-inputenc
2115   (org-splice-latex-header
2116    org-format-latex-header
2117    org-latex-default-packages-alist
2118    nil t
2119    (plist-get info :latex-header)))
2120      info)))
2121
2122
2123 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2124 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2125 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2126                   (headline contents info) activate)
2127   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2128   (setq ad-return-value contents)
2129     ad-do-it))
2130
2131 ;; keep latex logfiles
2132
2133 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2134
2135 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2136 (org-clock-persistence-insinuate)
2137 ;;
2138 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2139 (setq org-clock-history-length 23)
2140 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2141 (setq org-clock-in-resume t)
2142 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2143 ;; there are things like PHONE calls
2144 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2145 ;; Separate drawers for clocking and logs
2146 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2147 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2148 (setq org-clock-into-drawer t)
2149 (setq org-log-into-drawer t)
2150 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2151 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2152 ;; Clock out when moving task to a done state
2153 (setq org-clock-out-when-done t)
2154 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2155 (setq org-clock-persist t)
2156 ;; Do not prompt to resume an active clock
2157 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2158 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2159 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2160 ;; Include current clocking task in clock reports
2161 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2162
2163 ;; the cache seems to be broken
2164 (setq org-element-use-cache nil)
2165
2166 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2167
2168 (defun bh/is-task-p ()
2169   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2170   (save-restriction
2171     (widen)
2172     (let ((has-subtask)
2173           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2174           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2175       (save-excursion
2176         (forward-line 1)
2177         (while (and (not has-subtask)
2178                     (< (point) subtree-end)
2179                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2180           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2181             (setq has-subtask t))))
2182       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2183 (defun bh/is-project-p ()
2184   "Any task with a todo keyword subtask"
2185   (save-restriction
2186     (widen)
2187     (let ((has-subtask)
2188           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2189           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2190       (save-excursion
2191         (forward-line 1)
2192         (while (and (not has-subtask)
2193                     (< (point) subtree-end)
2194                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2195           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2196             (setq has-subtask t))))
2197       (and is-a-task has-subtask))))
2198
2199 (defun bh/is-subproject-p ()
2200   "Any task which is a subtask of another project"
2201   (let ((is-subproject)
2202         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2203     (save-excursion
2204       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2205         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2206           (setq is-subproject t))))
2207     (and is-a-task is-subproject)))
2208
2209
2210 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2211   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2212 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2213 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2214   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2215     (cond
2216      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2217        (bh/is-task-p))
2218   "NEXT")
2219      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2220        (bh/is-project-p))
2221   "TODO"))))
2222
2223 (defun bh/punch-in (arg)
2224   "Start continuous clocking and set the default task to the
2225 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2226 as the default task."
2227   (interactive "p")
2228   (setq bh/keep-clock-running t)
2229   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2230   ;;
2231   ;; We're in the agenda
2232   ;;
2233   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2234          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2235     (if (and (eq arg 4) tags)
2236         (org-agenda-clock-in '(16))
2237       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2238     ;;
2239     ;; We are not in the agenda
2240     ;;
2241     (save-restriction
2242   (widen)
2243   ; Find the tags on the current task
2244   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2245       (org-clock-in '(16))
2246     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2247
2248 (defun bh/punch-out ()
2249   (interactive)
2250   (setq bh/keep-clock-running nil)
2251   (when (org-clock-is-active)
2252     (org-clock-out))
2253   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2254
2255 (defun bh/clock-in-default-task ()
2256   (save-excursion
2257     (org-with-point-at org-clock-default-task
2258   (org-clock-in))))
2259
2260 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2261   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2262   (let ((parent-task))
2263     (save-excursion
2264   (save-restriction
2265     (widen)
2266     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2267       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2268         (setq parent-task (point))))
2269     (if parent-task
2270         (org-with-point-at parent-task
2271       (org-clock-in))
2272       (when bh/keep-clock-running
2273         (bh/clock-in-default-task)))))))
2274
2275 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2276
2277 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2278   (interactive)
2279   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2280     (org-clock-in '(16))))
2281
2282 (defun bh/clock-out-maybe ()
2283   (when (and bh/keep-clock-running
2284          (not org-clock-clocking-in)
2285          (marker-buffer org-clock-default-task)
2286          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2287     (bh/clock-in-parent-task)))
2288
2289 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2290
2291 (require 'org-id)
2292 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2293   "Clock in a task by id"
2294   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2295     (org-clock-in nil)))
2296
2297 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2298   "Clock in the interrupted task if there is one
2299 Skip the default task and get the next one.
2300 A prefix arg forces clock in of the default task."
2301   (interactive "p")
2302   (let ((clock-in-to-task
2303      (cond
2304       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2305       ((and (org-clock-is-active)
2306         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2307        (caddr org-clock-history))
2308       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2309       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2310       (t (car org-clock-history)))))
2311     (widen)
2312     (org-with-point-at clock-in-to-task
2313   (org-clock-in nil))))
2314
2315
2316 (defun org-export-to-ods ()
2317   (interactive)
2318   (let ((csv-file "data.csv"))
2319     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2320     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2321
2322 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2323 ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2324 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2325 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2326
2327 ;; support inserting screen shots
2328 (defun my/org-insert-screenshot ()
2329   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2330 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2331   (interactive)
2332   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2333   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2334     (read-file-name
2335      "Screenshot to insert: "
2336      nil
2337      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2338      )
2339     )
2340   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2341   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2342   (org-display-inline-images))
2343
2344 (defun my/fix-inline-images ()
2345   (when org-inline-image-overlays
2346     (org-redisplay-inline-images)))
2347
2348 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2349
2350 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2351 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2352          '(xelateximagemagick
2353       :programs ("xelatex" "convert")
2354       :description "pdf > png"
2355       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2356       :use-xcolor t
2357       :image-input-type "pdf"
2358       :image-output-type "png"
2359       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2360       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2361       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2362          )
2363 ;; use xelatex by default
2364 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2365
2366 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2367 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2368   "Fix properties drawers in current buffer.
2369  Ignore non Org buffers."
2370   (interactive)
2371   (when (eq major-mode 'org-mode)
2372     (org-with-wide-buffer
2373      (goto-char (point-min))
2374      (let ((case-fold-search t)
2375        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2376                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2377                    "END[ \t]*$"))))
2378    (org-map-entries
2379     (lambda ()
2380       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2381         (save-excursion
2382       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2383         (forward-line)
2384         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2385         (when (and (< (point) end)
2386                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2387                (save-excursion
2388                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2389                   (eq (org-element-type
2390                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2391                   'drawer))))
2392           (insert (delete-and-extract-region
2393                (match-beginning 0)
2394                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2395           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2396
2397 #+END_SRC
2398 ** Org-Gcal
2399 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2400 (use-package calfw
2401   :ensure f
2402   )
2403 (use-package calfw-org
2404   :ensure f
2405   )
2406 (use-package org-gcal
2407   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2408   :ensure f
2409   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2410                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2411             )
2412   )
2413 #+END_SRC
2414 ** appt integration
2415 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2416   (use-package appt
2417     :ensure f
2418     :config
2419     ;; Show notification 10 minutes before event
2420     (setq appt-message-warning-time 10)
2421     ;; Disable multiple reminders
2422     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2423     (setq appt-display-mode-line nil)
2424
2425     ;; add automatic reminders for appointments
2426     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2427       (interactive)
2428       (setq appt-time-msg-list nil)
2429       (org-agenda-to-appt))
2430     ;; add reminders when starting emacs
2431     (my/org-agenda-to-appt)
2432     ;; when rebuilding the agenda
2433     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2434       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2435       (my/org-agenda-to-appt)
2436       )
2437     ;; when saving all org buffers
2438     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2439       "Re-add appts after saving all org buffers"
2440       (my/org-agenda-to-appt))
2441     ;; Display appointments as a window manager notification
2442     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2443     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2444
2445     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2446
2447     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2448       (if (atom min-to-app)
2449       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2450     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2451       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2452                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2453       )
2454     )
2455
2456
2457 #+END_SRC
2458 ** End use-package
2459 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2460   )
2461 #+END_SRC
2462 * Keybindings
2463 ** Goto line
2464 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2465   (global-unset-key "\M-g")
2466   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2467 #+END_SRC
2468 * Debian
2469 ** debian-changelog
2470 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2471   (use-package debian-changelog-mode
2472     :mode "debian/changelog"
2473     :config
2474     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2475     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2476 #+END_SRC
2477 * Misc (uncharacterized)
2478 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2479   (setq calendar-latitude 38.6)
2480   (setq calendar-longitude -121.5)
2481   (setq case-fold-search t)
2482   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2483   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2484 #+END_SRC
2485 ** Turn on fontlock and icomplete
2486 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2487   (global-font-lock-mode 1)
2488   (icomplete-mode 1)
2489   (setq log-edit-keep-buffer t)
2490 #+END_SRC
2491 ** Set mail User agent
2492 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2493   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2494   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2495 #+END_SRC
2496 ** PS Printing
2497 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2498   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2499   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2500   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2501   (setq ps-line-number-color "blue")
2502   (setq ps-print-footer t)
2503   (setq ps-print-footer-frame nil)
2504   (setq ps-print-only-one-header t)
2505 #+END_SRC
2506 ** Only single spacing on sentences
2507 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2508   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2509   ]*")
2510   (setq sentence-end-double-space nil)
2511   ; enable matching parenthesis
2512 #+END_SRC
2513 ** Display paren mode
2514 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2515   (show-paren-mode 1)
2516   (setq show-paren-delay 0.2)
2517
2518   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2519
2520   ;; switch back to the old primary selection method
2521   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2522   (setq x-select-enable-primary t)
2523   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2524
2525   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2526   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2527
2528   ;; tramp configuration
2529   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2530
2531   (setq-default c-indent-level 4)
2532   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2533   (setq-default c-brace-offset -4)
2534   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2535   (setq-default c-label-offset -4)
2536   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2537   ; tabs are annoying
2538   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2539   (setq-default tab-width 4)
2540
2541
2542   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2543   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2544   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2545   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2546   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2547
2548
2549   (defun insert-date ()
2550     "Insert date at point."
2551     (interactive)
2552     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2553   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2554
2555   (defun unfill-paragraph (arg)
2556     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2557     (interactive "*p")
2558     (let ((fill-column 10000))
2559       (fill-paragraph arg))
2560     )
2561
2562   (column-number-mode t)
2563
2564 #+END_SRC
2565 ** Desktop-save-mode
2566 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2567 emacs, and use a different desktop file to restore history
2568 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2569   (use-package desktop
2570     :demand
2571     :config
2572     (setq desktop-base-file-name
2573           (convert-standard-filename
2574            (concat ".emacs"
2575                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2576                        "")
2577                    ".desktop")
2578            ))
2579     (setq desktop-base-lock-name
2580           (convert-standard-filename
2581            (concat desktop-base-file-name
2582                    ".lock")))
2583     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2584     (setq desktop-restore-eager 5)
2585     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2586     (desktop-save-mode 1)
2587     ; (desktop-read)
2588   )
2589 #+END_SRC
2590 ** Misc (Uncharacterized)
2591 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2592   '(icomplete-mode on)
2593   (custom-set-faces
2594    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2595    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2596    ;; Your init file should contain only one such instance.
2597    ;; If there is more than one, they won't work right.
2598    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2599
2600
2601   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2602   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2603   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2604
2605   ; (defun turn-on-flyspell ()
2606   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2607   ;    (interactive)
2608   ;    (flyspell-mode 1))
2609
2610
2611    ; Outline-minor-mode key map
2612    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2613    ; HIDE
2614    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2615    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2616    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2617    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2618    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2619    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2620    ; SHOW
2621    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2622    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2623    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2624    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2625    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2626    ; MOVE
2627    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2628    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2629    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2630    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2631    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2632    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2633   ; fix up tmux xterm keys
2634   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2635   (defun fix-up-tmux-keys ()
2636       "Fix up tmux xterm keys"
2637       (if (getenv "TMUX")
2638           (progn
2639             (let ((x 2) (tkey ""))
2640               (while (<= x 8)
2641                 ;; shift
2642                 (if (= x 2)
2643                     (setq tkey "S-"))
2644                 ;; alt
2645                 (if (= x 3)
2646                     (setq tkey "M-"))
2647                 ;; alt + shift
2648                 (if (= x 4)
2649                     (setq tkey "M-S-"))
2650                 ;; ctrl
2651                 (if (= x 5)
2652                     (setq tkey "C-"))
2653                 ;; ctrl + shift
2654                 (if (= x 6)
2655                     (setq tkey "C-S-"))
2656                 ;; ctrl + alt
2657                 (if (= x 7)
2658                     (setq tkey "C-M-"))
2659                 ;; ctrl + alt + shift
2660                 (if (= x 8)
2661                     (setq tkey "C-M-S-"))
2662
2663                 ;; arrows
2664                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2665                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2666                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2667                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2668                 ;; home
2669                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2670                 ;; end
2671                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2672                 ;; page up
2673                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2674                 ;; page down
2675                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2676                 ;; insert
2677                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2678                 ;; delete
2679                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2680                 ;; f1
2681                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2682                 ;; f2
2683                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2684                 ;; f3
2685                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2686                 ;; f4
2687                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2688                 ;; f5
2689                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2690                 ;; f6
2691                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2692                 ;; f7
2693                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2694                 ;; f8
2695                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2696                 ;; f9
2697                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2698                 ;; f10
2699                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2700                 ;; f11
2701                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2702                 ;; f12
2703                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2704                 ;; f13
2705                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2706                 ;; f14
2707                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2708                 ;; f15
2709                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2710                 ;; f16
2711                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2712                 ;; f17
2713                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2714                 ;; f18
2715                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2716                 ;; f19
2717                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2718                 ;; f20
2719                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2720
2721                 (setq x (+ x 1))
2722                 ))
2723             )
2724         )
2725       )
2726   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2727
2728   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2729     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2730     (if (or (buffer-modified-p)
2731             (verify-visited-file-modtime)
2732             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2733             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2734         ad-do-it
2735       (clear-visited-file-modtime)
2736       (not-modified)))
2737   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2738 #+END_SRC
2739
2740 * Start Server
2741 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2742   (use-package server
2743     :config
2744     (setq server-name
2745           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2746               "server"))
2747     (unless (server-running-p)
2748       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2749       (server-start)))
2750 #+END_SRC
2751
2752
2753
2754 * END
2755 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2756   (provide 'don-configuration)
2757 #+END_SRC