emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Add library paths
  11
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  14   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
  15   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
  16   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  17 #+END_SRC
  18
  19 * Package management
  20 ** package repositories and package manager
  21 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  22   (require 'package)
  23   (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  24                            ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  25                            ("org" . "http://orgmode.org/elpa/") ))
  26 #+END_SRC
  27 ** [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]]
  28 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  29   (package-initialize)
  30   (require 'use-package)
  31 #+END_SRC
  32 ** Paradox
  33 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  34   (use-package paradox
  35     :ensure paradox
  36   )
  37 #+END_SRC
  38 * Disable custom-vars
  39 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  40   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  41   (setq custom-file "/dev/null")
  42 #+END_SRC
  43 * Misc functions
  44 ** with-library
  45 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  46 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
  47 ;; execute conditional code when loading libraries
  48 (defmacro with-library (symbol &rest body)
  49   `(when (require ,symbol nil t)
  50      ,@body))
  51 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
  52 #+END_SRC
  53
  54 * Variables
  55 ** Safe Local Variables
  56 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  57   (setq safe-local-variable-values
  58         (quote ((auto-save-default)
  59                 (make-backup-files)
  60                 (cperl-indent-level . 4)
  61                 (indent-level . 4)
  62                 (indent-tabs-mode . f)
  63                 )))
  64 #+END_SRC
  65 * Memory
  66 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  67   (setq global-mark-ring-max 128
  68         mark-ring-max 128
  69         kill-ring-max 128)
  70
  71   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
  72     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
  73
  74   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
  75     (setq gc-cons-threshold 1048576))
  76
  77   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
  78   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
  79 #+END_SRC
  80 * Modules
  81 ** Flyspell 🐝
  82 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  83   (use-package flyspell
  84     :ensure t
  85     :diminish flyspell-mode 🐝
  86     :config
  87     (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
  88     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
  89     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
  90     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
  91     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
  92     :init
  93     (setq ispell-program-name "ispell")
  94     )
  95
  96 #+END_SRC
  97 ** Winnermode
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99   (winner-mode 1)
 100 #+END_SRC
 101 ** Eyebrowse
 102
 103 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 104   ;; (use-package eyebrowse
 105   ;;   :ensure t
 106   ;;   :diminish eyebrowse-mode
 107   ;;   :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c C-\\"))
 108   ;;   :config (progn
 109   ;;             (setq eyebrowse-wrap-around t)
 110   ;;             (eyebrowse-mode t)
 111   ;;
 112   ;;             (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 113   ;;               (interactive)
 114   ;;               (let ((done nil))
 115   ;;                 (dotimes (i 10)
 116   ;;                   ;; start at 1 run till 0
 117   ;;                   (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 118   ;;                     (when (and (not done)
 119   ;;                                (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 120   ;;                       (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 121   ;;                       (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 122   ;;                       (setq done t)
 123   ;;                       ))
 124   ;;                   )))
 125   ;;
 126   ;;             ;; I don't use latex-preview-pane
 127   ;;             ;; (require 'latex-preview-pane)
 128   ;;             ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 129   ;;             ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 130   ;;             ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 131   ;;             ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 132   ;;             ;;   ;; edit the TeX file.
 133   ;;             ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 134   ;;             ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 135   ;;
 136   ;;             ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 137   ;;             ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 138   ;;
 139   ;;             ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 140   ;;             ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 141   ;;             ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 142   ;;             ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 143   ;;             ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 144   ;;             )
 145   ;;   )
 146 #+END_SRC
 147
 148 ** Window handling
 149
 150 *** Splitting
 151 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 152   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 153     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 154     (interactive)
 155     (split-window-vertically)
 156     (other-window 1 nil)
 157     (switch-to-next-buffer))
 158
 159   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 160     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 161     (interactive)
 162     (split-window-horizontally)
 163     (other-window 1 nil)
 164     (switch-to-next-buffer))
 165
 166   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 167   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 168
 169   (setq split-width-threshold  100)
 170   (setq split-height-threshold 60)
 171
 172   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 173     "If there's only one window (excluding any possibly active
 174            minibuffer), then split the current window horizontally."
 175     (if (and (one-window-p t)
 176              (not (active-minibuffer-window))
 177              ( < (frame-width) (frame-height))
 178              )
 179         (let ((split-width-threshold nil))
 180           (split-window-sensibly window))
 181       (split-window-sensibly window)))
 182
 183   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 184   (setq window-combination-resize t)
 185 #+END_SRC
 186
 187 *** Compilation window
 188
 189 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 190 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 191 the former case, if there was no error the window closes
 192 automatically.
 193
 194 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 195   (add-to-list 'display-buffer-alist
 196                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 197                  (display-buffer-reuse-window
 198                   display-buffer-in-side-window)
 199                  (reusable-frames . visible)
 200                  (side            . bottom)
 201                  (window-height   . 0.4)))
 202 #+END_SRC
 203
 204 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 205   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 206     ;; If M-x compile exists with a 0
 207     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 208       ;; and delete the *compilation* window
 209       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 210         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 211                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 212                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 213           (delete-window compilation-window))))
 214     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 215     (cons msg code))
 216
 217   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 218   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 219 #+END_SRC
 220
 221 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 222 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 223 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 224 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 225 value, scrolling continues until there is no more output.
 226
 227 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 228   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 229 #+END_SRC
 230
 231 ** Mode line cleaning
 232 *** Diminish
 233 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 234   (use-package diminish
 235     :ensure t)
 236 #+END_SRC
 237
 238 *** Delight
 239 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 240   (use-package delight
 241     :ensure t)
 242 #+END_SRC
 243
 244 ** Jumping
 245 *** Avy
 246 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 247 (use-package avy
 248   :ensure t
 249   :bind ("C-c C-SPC" . avy-goto-word-1)
 250   :config (progn
 251             (setq avy-background t)
 252             (key-chord-define-global "jj"  #'avy-goto-word-1)))
 253 #+END_SRC
 254
 255 ** Snippets
 256 *** Yasnippet
 257 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 258   (use-package yasnippet
 259     :ensure t
 260     :diminish yas-minor-mode
 261     :config (progn
 262               (yas-global-mode)
 263               (setq yas-verbosity 1)
 264               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 265               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 266               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 267               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 268                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 269               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 270                                'yas-hippie-try-expand)
 271               )
 272     )
 273 #+END_SRC
 274 *** Auto-YASnippet
 275 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 276   (use-package auto-yasnippet
 277     :bind (("H-w" . aya-create)
 278            ("H-y" . aya-expand)
 279            )
 280     )
 281 #+END_SRC
 282 ** Helm Flx
 283
 284 [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 285
 286 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 287 (use-package helm-flx
 288   :ensure t
 289   :config (progn
 290             ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 291             (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 292                   helm-bookmark-show-location           t
 293                   helm-buffers-fuzzy-matching           t
 294                   helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 295                   helm-file-cache-fuzzy-match           t
 296                   helm-imenu-fuzzy-match                t
 297                   helm-mode-fuzzy-match                 t
 298                   helm-locate-fuzzy-match               nil
 299                   helm-quick-update                     t
 300                   helm-recentf-fuzzy-match              nil
 301                   helm-semantic-fuzzy-match             t)
 302             (helm-flx-mode +1)))
 303 #+END_SRC
 304
 305
 306 ** Tinyprocmail
 307
 308 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 309   ;; load tinyprocmail
 310   (use-package tinyprocmail
 311     :ensure f
 312     :config (with-library 'tinyprocmail
 313               ;; (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
 314               (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install))
 315   )
 316 #+END_SRC
 317
 318 ** Magit
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 320   (use-package magit
 321     :ensure t
 322     :bind (("C-x g" . magit-status)
 323            ("C-x C-g" . magit-status))
 324     :config
 325     ;; don't verify where we are pushing
 326     (setq magit-push-always-verify nil)
 327     ;; refine diffs always (hilight words)
 328     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 329     ;; load magit-annex
 330     (setq load-path
 331           (append '("~/lib/emacs_el/magit-annex")
 332                   load-path))
 333     ;; load magit-vcsh
 334     (setq load-path
 335           (append '("~/lib/emacs_el/magit-vcsh")
 336                   load-path))
 337     )
 338   (use-package magit-annex
 339     :ensure t
 340   )
 341   (use-package magit-vcsh
 342     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 343   )
 344 #+END_SRC
 345
 346 ** Perl
 347 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 348   (require 'cperl-mode)
 349   ;; Use c-mode for perl .xs files
 350   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 351   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 352   (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 353   (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 354   (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 355   (setq cperl-hairy t
 356         cperl-indent-level 4
 357         cperl-auto-newline nil
 358         cperl-auto-newline-after-colon nil
 359         cperl-continued-statement-offset 4
 360         cperl-brace-offset -1
 361         cperl-continued-brace-offset 0
 362         cperl-label-offset -4
 363         cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 364         cperl-electric-lbrace-space nil
 365         cperl-indent-parens-as-block nil
 366         cperl-close-paren-offset -1
 367         cperl-tab-always-indent t)
 368   ;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 369 #+END_SRC
 370
 371 ** Helm
 372 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 373   (use-package helm
 374     :ensure t
 375     :config
 376     (helm-mode 1)
 377     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 378     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 379     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 380     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 381     (global-set-key (kbd "M-x") 'helm-M-x)
 382     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 383       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 384       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 385     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 386   )
 387 #+END_SRC
 388 ** Hydra
 389 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 390 (require 'don-hydra)
 391 #+END_SRC
 392
 393 ** Tramp
 394 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 395   (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
 396                                 (tramp-login-program "vcsh")
 397                                 (tramp-login-args
 398                                  (("enter")
 399                                   ("%h")))
 400                                 (tramp-remote-shell "/bin/sh")
 401                                 (tramp-remote-shell-args
 402                                  ("-c"))))
 403 #+END_SRC
 404 ** Reftex
 405 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 406   (use-package reftex
 407     :ensure t
 408     :config
 409     (setq-default reftex-default-bibliography
 410                     '("~/projects/research/references.bib")))
 411 #+END_SRC
 412 ** LaTeX
 413 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 414   (use-package tex
 415     :defer t
 416     :ensure auctex
 417     :config
 418     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
 419     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
 420     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
 421     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
 422     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
 423     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
 424     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
 425     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 426     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
 427     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 428     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 429
 430     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 431     ;; support fake section headers
 432     (setq TeX-outline-extra
 433           '(("%chapter" 1)
 434             ("%section" 2)
 435             ("%subsection" 3)
 436             ("%subsubsection" 4)
 437             ("%paragraph" 5)))
 438     ;; add font locking to the headers
 439     (font-lock-add-keywords
 440      'latex-mode
 441      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
 442         0 'font-lock-keyword-face t)
 443        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
 444        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
 445        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
 446        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
 447        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
 448
 449     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
 450     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 451     (setq TeX-open-quote "“")
 452     (setq TeX-close-quote "”")
 453
 454     ;; (TeX-add-style-hook
 455     ;;  "latex"
 456     ;;  (lambda ()
 457     ;;    (TeX-add-symbols
 458     ;;     '("DLA" 1))))
 459     ;; (custom-set-variables
 460     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
 461     ;;    '(("fixme"
 462     ;;       ("DLA" "RZ")
 463     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
 464     ;; )
 465     (setq-default TeX-parse-self t)
 466     (setq-default TeX-auto-save t)
 467     (setq-default TeX-master nil)
 468     (eval-after-load
 469         "latex"
 470       '(TeX-add-style-hook
 471         "cleveref"
 472         (lambda ()
 473           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
 474               (add-to-list
 475                'reftex-ref-style-alist
 476                '("Cleveref" "cleveref"
 477                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
 478           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
 479           (TeX-add-symbols
 480            '("cref" TeX-arg-ref)
 481            '("Cref" TeX-arg-ref)
 482            '("cpageref" TeX-arg-ref)
 483            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
 484     (eval-after-load
 485         "latex"
 486       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
 487                     '("Sexpr")))
 488
 489     (use-package font-latex
 490       :config
 491       (setq font-latex-match-reference-keywords
 492             '(
 493               ("fref" "{")
 494               ("Fref" "{")
 495               ("citep" "{")
 496               ("citet" "{")
 497               ("acs" "{")
 498               ("acsp" "{")
 499               ("ac" "{")
 500               ("acp" "{")
 501               ("acl" "{")
 502               ("aclp" "{")
 503               ("acsu" "{")
 504               ("aclu" "{")
 505               ("acused" "{")
 506               ("DLA" "{")
 507               ("RZ" "{")
 508               ("OM" "{")
 509               ("DL" "{")
 510               ("fixme" "{"))
 511             )
 512       )
 513   )
 514
 515 #+END_SRC
 516 *** Org-Gcal
 517 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 518   (use-package calfw
 519     :ensure f
 520     )
 521   (use-package calfw-org
 522     :ensure f
 523     )
 524   (use-package org-gcal
 525     :ensure f
 526     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
 527                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
 528               )
 529     )
 530 #+END_SRC
 531 ** ESS
 532 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 533   (use-package ess
 534     :ensure t
 535     :config
 536     (defun ess-change-directory (path)
 537       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
 538       (interactive "DDirectory to change to: ")
 539
 540       (when (file-exists-p path)
 541         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
 542         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
 543         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 544     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 545     ;; outlining support for ess modes
 546     (add-hook
 547      'ess-mode-hook
 548      '(lambda ()
 549         (outline-minor-mode)
 550         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
 551         (defun outline-level ()
 552           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
 553                 ((looking-at "^#### ") 2)
 554                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
 555                 (t 1000)))
 556         ))
 557     (add-hook 'ess-mode-hook
 558               '(lambda ()
 559                  (local-set-key (kbd "C-c C-R")
 560                                 'dla/ess-region-remote-eval)))
 561
 562     ;; Don't restore history or save workspace image
 563     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
 564     )
 565 #+END_SRC
 566
 567 ** Rainbowmode
 568 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
 569
 570 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 571   (use-package rainbow-mode
 572     ;; add ess to the x major mode
 573     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
 574     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
 575   )
 576 #+END_SRC
 577
 578 ** Polymode
 579 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 580   (use-package polymode
 581     :config
 582     (use-package poly-R)
 583     (use-package poly-noweb)
 584     (use-package poly-markdown)
 585     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
 586     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
 587     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
 588     )
 589 #+END_SRC
 590
 591 ** Outlining
 592 *** Outline magic
 593 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 594   (use-package outline-magic)
 595 #+END_SRC
 596 ** Writeroom Mode
 597 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 598   (use-package writeroom-mode
 599     :config (add-hook 'writeroom-mode-hook 'auto-fill-mode)
 600     )
 601 #+END_SRC
 602 ** GhostText/Atomic Chrome
 603 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 604   (use-package atomic-chrome
 605     :config (atomic-chrome-start-server)
 606     )
 607 #+END_SRC
 608 ** Multiple Cursors
 609    :PROPERTIES:
 610    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
 611    :END:
 612 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
 613 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 614   (use-package multiple-cursors
 615     :bind (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
 616            ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
 617            ("C->" . mc/mark-next-like-this)
 618            ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
 619     )
 620 #+END_SRC
 621 * Org Mode
 622 ** Use-package and load things
 623 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 624
 625   (use-package org
 626     :config
 627
 628 #+END_SRC
 629 ** Agenda Configuration
 630 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 631   ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 632   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)$" . org-mode))
 633   (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 634   (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 635   (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
 636   (setq-default org-log-done 'time)
 637   (setq-default org-agenda-ndays 5)
 638
 639   ;; agenda configuration
 640   ;; Do not dim blocked tasks
 641   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
 642   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
 643   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
 644
 645   ;; Compact the block agenda view
 646   (setq org-agenda-compact-blocks t)
 647
 648   ;; Custom agenda command definitions
 649   (setq org-agenda-custom-commands
 650         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
 651                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
 652                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
 653                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
 654                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
 655                   (org-agenda-sorting-strategy
 656                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
 657                 (" " "Agenda"
 658                  ((agenda "" nil)
 659                   (tags "REFILE"
 660                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
 661                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
 662                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
 663                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
 664                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
 665                               (org-agenda-sorting-strategy
 666                                '(category-keep))))
 667                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
 668                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
 669                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
 670                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
 671                               (org-agenda-sorting-strategy
 672                                '(category-keep))))
 673                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
 674                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
 675                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
 676                                                                         ""
 677                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
 678                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
 679                               (org-tags-match-list-sublevels t)
 680                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 681                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 682                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 683                               (org-agenda-sorting-strategy
 684                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
 685                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
 686                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
 687                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
 688                                                                         ""
 689                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
 690                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
 691                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 692                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 693                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 694                               (org-agenda-sorting-strategy
 695                                '(category-keep))))
 696                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
 697                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
 698                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
 699                                                                         ""
 700                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
 701                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
 702                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 703                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 704                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
 705                               (org-agenda-sorting-strategy
 706                                '(category-keep))))
 707                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
 708                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
 709                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
 710                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
 711                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
 712                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
 713                   (tags "-REFILE/"
 714                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
 715                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
 716                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
 717                  nil))))
 718
 719   ; org mode agenda files
 720   (setq org-agenda-files
 721         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
 722             "~/projects/org-notes/notes.org"
 723             "~/projects/org-notes/holidays.org"
 724             "~/projects/org-notes/refile.org"
 725             "~/projects/org-notes/diary.org"
 726             "~/projects/org-notes/ool.org"
 727             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
 728             "~/projects/org-notes/chaim.org"
 729             "~/projects/org-notes/wildman.org"
 730             "~/projects/org-notes/uddin.org"
 731             "~/projects/org-notes/reviews.org"
 732             "~/projects/org-notes/hpcbio.org"
 733             "~/org-mode/from-mobile.org"
 734             "~/projects/org-notes/fh.org")))
 735
 736   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 737   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 738   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 739   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 740   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 741   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 742   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 743   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
 744   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
 745   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
 746   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
 747     (interactive "P")
 748     (with-temp-buffer
 749       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
 750         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
 751         (end-of-buffer)
 752         (newline))
 753       (write-file "/tmp/timeline.org")
 754       (org-agenda arg "L")))
 755   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
 756   ;; add automatic reminders for appointments
 757   (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
 758     "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
 759     (progn
 760       (setq appt-time-msg-list nil)
 761       (org-agenda-to-appt)))
 762
 763 #+END_SRC
 764 ** General config
 765 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 766   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
 767   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
 768
 769   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
 770   (setq org-id-link-to-org-use-id t)
 771 #+END_SRC
 772 ** Capture Templates
 773 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 774   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
 775         '(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 776            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
 777           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 778            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 779           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 780            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
 781           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 782            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 783           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 784            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 785           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
 786            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
 787           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 788            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
 789           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 790            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 791           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 792            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 793           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
 794            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 795           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 796            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 797           ("J" "job" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 798            "* TODO Apply for %a%? :job:\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d 17:00-17:30>\")\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 799           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
 800            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
 801           )
 802         )
 803
 804   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
 805   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
 806     (interactive)
 807     (save-excursion
 808       (beginning-of-line 0)
 809       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
 810
 811   (defun my/org-add-id ()
 812     (interactive)
 813     (save-excursion
 814       (if (org-current-level)
 815           ()
 816         (forward-char 1)
 817         )
 818       (org-id-get-create)
 819       )
 820   )
 821
 822 #+END_SRC
 823 ** Org mode key bindings
 824 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 825   ; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
 826   ;; Custom Key Bindings
 827   (global-set-key (kbd "<f12>") 'org-agenda)
 828   (global-set-key (kbd "<f5>") 'bh/org-todo)
 829   (global-set-key (kbd "<S-f5>") 'bh/widen)
 830   (global-set-key (kbd "<f7>") 'bh/set-truncate-lines)
 831   (global-set-key (kbd "<f8>") 'org-cycle-agenda-files)
 832   (global-set-key (kbd "<f9> <f9>") 'bh/show-org-agenda)
 833   (global-set-key (kbd "<f9> b") 'bbdb)
 834   (global-set-key (kbd "<f9> c") 'calendar)
 835   (global-set-key (kbd "<f9> f") 'boxquote-insert-file)
 836   (global-set-key (kbd "<f9> h") 'bh/hide-other)
 837   (global-set-key (kbd "<f9> n") 'bh/toggle-next-task-display)
 838   (global-set-key (kbd "<f9> w") 'widen)
 839
 840   ; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
 841   (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
 842   ;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
 843   ;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
 844   ;                                    outline-mode-prefix-map)))
 845
 846   (global-set-key (kbd "<f9> I") 'bh/punch-in)
 847   (global-set-key (kbd "<f9> O") 'bh/punch-out)
 848
 849   (global-set-key (kbd "<f9> o") 'bh/make-org-scratch)
 850
 851   (global-set-key (kbd "<f9> r") 'boxquote-region)
 852   (global-set-key (kbd "<f9> s") 'bh/switch-to-scratch)
 853
 854   (global-set-key (kbd "<f9> t") 'bh/insert-inactive-timestamp)
 855   (global-set-key (kbd "<f9> T") 'bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
 856
 857   (global-set-key (kbd "<f9> v") 'visible-mode)
 858   (global-set-key (kbd "<f9> l") 'org-toggle-link-display)
 859   (global-set-key (kbd "<f9> SPC") 'bh/clock-in-last-task)
 860   (global-set-key (kbd "C-<f9>") 'previous-buffer)
 861   (global-set-key (kbd "M-<f9>") 'org-toggle-inline-images)
 862   (global-set-key (kbd "C-x n r") 'narrow-to-region)
 863   (global-set-key (kbd "C-<f10>") 'next-buffer)
 864   (global-set-key (kbd "<f11>") 'org-clock-goto)
 865   (global-set-key (kbd "C-<f11>") 'org-clock-in)
 866   (global-set-key (kbd "C-s-<f12>") 'bh/save-then-publish)
 867   (global-set-key (kbd "C-c c") 'org-capture)
 868
 869 #+END_SRC
 870 ** Utility Functions
 871 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 872   (defun bh/hide-other ()
 873     (interactive)
 874     (save-excursion
 875       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
 876       (hide-other)
 877       (org-cycle)
 878       (org-cycle)
 879       (org-cycle)))
 880
 881   (defun bh/set-truncate-lines ()
 882     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
 883     (interactive)
 884     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
 885     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
 886     (save-excursion
 887       (set-window-start (selected-window)
 888                         (window-start (selected-window)))))
 889
 890   (defun bh/make-org-scratch ()
 891     (interactive)
 892     (find-file "/tmp/publish/scratch.org")
 893     (gnus-make-directory "/tmp/publish"))
 894
 895   (defun bh/switch-to-scratch ()
 896     (interactive)
 897     (switch-to-buffer "*scratch*"))
 898
 899   (setq org-use-fast-todo-selection t)
 900   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
 901
 902   ; create function to create headlines in file. This comes from
 903   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
 904   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
 905     "Add ID properties to all headlines in the current file which
 906   do not already have one."
 907     (interactive)
 908     (org-map-entries 'org-id-get-create))
 909   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
 910   ; (add-hook 'org-mode-hook
 911   ;           (lambda ()
 912   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
 913 #+END_SRC
 914 ** Keywords (TODO)
 915 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 916   (setq org-todo-keywords
 917         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
 918                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
 919
 920   (setq org-todo-keyword-faces
 921         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
 922                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
 923                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
 924                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
 925                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
 926                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
 927                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
 928                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
 929
 930   (setq org-todo-state-tags-triggers
 931         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
 932                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
 933                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
 934                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
 935                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
 936                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
 937                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
 938
 939
 940
 941   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
 942   ; add ids on creation of nodes
 943   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
 944
 945
 946   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
 947   ; (setq org-clock-idle-time 10)
 948   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
 949
 950   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
 951   ; use C-M-r for org mode capture
 952   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
 953
 954   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
 955   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
 956                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
 957
 958   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
 959   (setq org-refile-use-outline-path t)
 960
 961   ; Targets complete directly with IDO
 962   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
 963
 964   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
 965   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
 966
 967   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
 968   ; (setq org-completion-use-ido t)
 969   ; (setq ido-everywhere t)
 970   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
 971   ; (ido-mode (quote both))
 972   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
 973   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
 974   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
 975   ; ; Use the current window for indirect buffer display
 976   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
 977
 978
 979   ;;;; Refile settings
 980   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
 981   (defun bh/verify-refile-target ()
 982     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
 983     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
 984
 985   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
 986
 987   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
 988   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
 989   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
 990   (require 'org-protocol)
 991   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
 992   (setq my-org-protocol-flag nil)
 993   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
 994     "Delete frame at remember finalization"
 995     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 996            (setq my-org-protocol-flag nil)))
 997   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
 998     "Delete frame at remember refile"
 999     (if my-org-protocol-flag
1000         (progn
1001           (setq my-org-protocol-flag nil)
1002           ad-do-it
1003           (delete-frame))
1004       ad-do-it)
1005     )
1006   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1007     "Delete frame at remember abort"
1008     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1009            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1010   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1011     (setq my-org-protocol-flag t))
1012
1013   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1014     (org-id-get-create)
1015     )
1016
1017   ;; org modules
1018   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1019
1020   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1021   (defun open-mail-in-mutt (message)
1022     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1023
1024   Message can be specified either by a path pointing inside a
1025   Maildir, or by Message-ID."
1026     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1027     (shell-command
1028      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1029          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1030
1031   ;; add support for "mutt:ID" links
1032   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1033
1034   (defun my-org-mode-setup ()
1035     (load-library "reftex")
1036     (and (buffer-file-name)
1037          (file-exists-p (buffer-file-name))
1038          (progn
1039            (reftex-parse-all)
1040            (reftex-set-cite-format
1041             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1042               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1043               (?c . "\\cite{%l}")
1044               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1045            ))
1046     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1047     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1048     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1049     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1050     )
1051   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1052
1053   (defun org-mode-reftex-search ()
1054     (interactive)
1055     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1056
1057   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1058     "Open a paper by bibtex key"
1059     (interactive "bibtex key: ")
1060     (shell-command
1061      (format "%s %s"
1062          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1063   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1064   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1065     "Open a paper pdf by bibtex key"
1066     (interactive "bibtex key: ")
1067     (shell-command
1068      (format "%s -p evince_annot %s"
1069          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1070   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1071
1072   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1073                '("notes" .
1074                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1075
1076   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1077   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1078
1079   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1080   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1081                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1082
1083    ;; stolen from
1084   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1085   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1086     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1087     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1088                      (match-string 1 path)))
1089            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1090       (cond ((eq format 'latex)
1091              (if (or (not desc)
1092                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1093                  (format "\\cite{%s}" search)
1094                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1095
1096   (org-add-link-type "rtcite"
1097                      'org-bibtex-open
1098                      'my-rtcite-export-handler)
1099
1100
1101 #+END_SRC
1102 ** Org Mobile Configuration
1103 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1104   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1105   (when (string= system-name "linnode")
1106     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1107   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1108   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1109
1110 #+END_SRC
1111 ** Org iCal Support
1112 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1113   ;; org mode ical export
1114   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1115   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1116   ;; we already add the id manually
1117   ;; (setq org-icalendar-store-UID t)
1118
1119 #+END_SRC
1120 ** General Org Babel Configuration
1121 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1122   ;; org babel support
1123   (org-babel-do-load-languages
1124    'org-babel-load-languages
1125    '((emacs-lisp . t )
1126      (R . t)
1127      (latex . t)
1128      (ditaa . t)
1129      (dot . t)
1130      ))
1131   ;; use graphviz-dot for dot things
1132   (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1133   ;; org-babel-by-backend
1134   (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1135      `(case (if (boundp 'backend)
1136                 (org-export-backend-name backend)
1137               nil) ,@body))
1138
1139   (defun my/fix-inline-images ()
1140     (when org-inline-image-overlays
1141       (org-redisplay-inline-images)))
1142
1143   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1144              'my/fix-inline-images)
1145
1146 #+END_SRC
1147 ** LaTeX configuration
1148    :PROPERTIES:
1149    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1150    :END:
1151 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1152   (require 'ox-latex)
1153   (add-to-list 'org-latex-classes
1154            '("memarticle"
1155          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1156          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1157          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1158          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1159          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1160          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1161
1162   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1163   (add-to-list 'org-latex-classes
1164            '("beamer"
1165          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1166   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1167   [PACKAGES]
1168   [EXTRA]"
1169          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1170          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1171          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1172          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1173          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1174
1175   (add-to-list 'org-latex-classes
1176            '("membook"
1177          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1178          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1179          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1180          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1181          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1182
1183   (add-to-list 'org-latex-classes
1184            '("letter"
1185          "\\documentclass[11pt]{letter}
1186   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1187   [PACKAGES]
1188   [EXTRA]"
1189      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1190          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1191          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1192          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1193          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1194
1195   (add-to-list 'org-latex-classes
1196            '("dlacv"
1197          "\\documentclass{dlacv}
1198   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1199   [NO-PACKAGES]
1200   [NO-EXTRA]"
1201          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1202          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1203          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1204          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1205          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1206
1207
1208   (add-to-list 'org-latex-classes
1209            '("dlaresume"
1210          "\\documentclass{dlaresume}
1211   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1212   [NO-PACKAGES]
1213   [NO-EXTRA]"
1214          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1215          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1216          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1217          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1218          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1219
1220
1221   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
1222   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
1223   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
1224
1225   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
1226   (setq org-latex-default-packages-alist
1227     '(("" "amsmath" t)
1228       ("" "unicode-math" t)
1229       ))
1230   (setq org-latex-packages-alist
1231     '(("" "graphicx" t)
1232       ("" "fontspec" t)
1233       ("" "xunicode" t)
1234       ("" "hyperref" t)
1235       ("" "url" t)
1236       ("" "rotating" t)
1237       ("" "longtable" nil)
1238       ("" "float" )))
1239
1240   ;; make equations larger
1241   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
1242
1243   (defun org-create-formula--latex-header ()
1244     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
1245     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
1246              (org-export-get-backend 'latex))
1247             (org-export--get-inbuffer-options
1248              (org-export-get-backend 'latex)))))
1249       (org-latex-guess-babel-language
1250        (org-latex-guess-inputenc
1251     (org-splice-latex-header
1252      org-format-latex-header
1253      org-latex-default-packages-alist
1254      nil t
1255      (plist-get info :latex-header)))
1256        info)))
1257
1258
1259   ; support ignoring headers in org mode export to latex
1260   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
1261   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
1262                     (headline contents info) activate)
1263     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
1264     (setq ad-return-value contents)
1265       ad-do-it))
1266
1267   ;; keep latex logfiles
1268
1269   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
1270
1271   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
1272   (org-clock-persistence-insinuate)
1273   ;;
1274   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
1275   (setq org-clock-history-length 23)
1276   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
1277   (setq org-clock-in-resume t)
1278   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
1279   ;; there are things like PHONE calls
1280   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
1281   ;; Separate drawers for clocking and logs
1282   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
1283   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
1284   (setq org-clock-into-drawer t)
1285   (setq org-log-into-drawer t)
1286   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
1287   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
1288   ;; Clock out when moving task to a done state
1289   (setq org-clock-out-when-done t)
1290   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
1291   (setq org-clock-persist t)
1292   ;; Do not prompt to resume an active clock
1293   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
1294   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
1295   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
1296   ;; Include current clocking task in clock reports
1297   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
1298
1299   ;; the cache seems to be broken
1300   (setq org-element-use-cache nil)
1301
1302   (defvar bh/keep-clock-running nil)
1303
1304   (defun bh/is-task-p ()
1305     "Any task with a todo keyword and no subtask"
1306     (save-restriction
1307       (widen)
1308       (let ((has-subtask)
1309             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
1310             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1311         (save-excursion
1312           (forward-line 1)
1313           (while (and (not has-subtask)
1314                       (< (point) subtree-end)
1315                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
1316             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
1317               (setq has-subtask t))))
1318         (and is-a-task (not has-subtask)))))
1319   (defun bh/is-project-p ()
1320     "Any task with a todo keyword subtask"
1321     (save-restriction
1322       (widen)
1323       (let ((has-subtask)
1324             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
1325             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1326         (save-excursion
1327           (forward-line 1)
1328           (while (and (not has-subtask)
1329                       (< (point) subtree-end)
1330                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
1331             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
1332               (setq has-subtask t))))
1333         (and is-a-task has-subtask))))
1334
1335   (defun bh/is-subproject-p ()
1336     "Any task which is a subtask of another project"
1337     (let ((is-subproject)
1338           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1339       (save-excursion
1340         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
1341           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
1342             (setq is-subproject t))))
1343       (and is-a-task is-subproject)))
1344
1345
1346   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
1347     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
1348   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
1349   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
1350     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
1351       (cond
1352        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
1353          (bh/is-task-p))
1354     "NEXT")
1355        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
1356          (bh/is-project-p))
1357     "TODO"))))
1358
1359   (defun bh/punch-in (arg)
1360     "Start continuous clocking and set the default task to the
1361   selected task.  If no task is selected set the Organization task
1362   as the default task."
1363     (interactive "p")
1364     (setq bh/keep-clock-running t)
1365     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
1366     ;;
1367     ;; We're in the agenda
1368     ;;
1369     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
1370            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
1371       (if (and (eq arg 4) tags)
1372           (org-agenda-clock-in '(16))
1373         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
1374       ;;
1375       ;; We are not in the agenda
1376       ;;
1377       (save-restriction
1378     (widen)
1379     ; Find the tags on the current task
1380     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
1381         (org-clock-in '(16))
1382       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
1383
1384   (defun bh/punch-out ()
1385     (interactive)
1386     (setq bh/keep-clock-running nil)
1387     (when (org-clock-is-active)
1388       (org-clock-out))
1389     (org-agenda-remove-restriction-lock))
1390
1391   (defun bh/clock-in-default-task ()
1392     (save-excursion
1393       (org-with-point-at org-clock-default-task
1394     (org-clock-in))))
1395
1396   (defun bh/clock-in-parent-task ()
1397     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
1398     (let ((parent-task))
1399       (save-excursion
1400     (save-restriction
1401       (widen)
1402       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
1403         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
1404           (setq parent-task (point))))
1405       (if parent-task
1406           (org-with-point-at parent-task
1407         (org-clock-in))
1408         (when bh/keep-clock-running
1409           (bh/clock-in-default-task)))))))
1410
1411   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
1412
1413   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
1414     (interactive)
1415     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
1416       (org-clock-in '(16))))
1417
1418   (defun bh/clock-out-maybe ()
1419     (when (and bh/keep-clock-running
1420            (not org-clock-clocking-in)
1421            (marker-buffer org-clock-default-task)
1422            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
1423       (bh/clock-in-parent-task)))
1424
1425   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
1426
1427   (require 'org-id)
1428   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
1429     "Clock in a task by id"
1430     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
1431       (org-clock-in nil)))
1432
1433   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
1434     "Clock in the interrupted task if there is one
1435   Skip the default task and get the next one.
1436   A prefix arg forces clock in of the default task."
1437     (interactive "p")
1438     (let ((clock-in-to-task
1439        (cond
1440         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
1441         ((and (org-clock-is-active)
1442           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
1443          (caddr org-clock-history))
1444         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
1445         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
1446         (t (car org-clock-history)))))
1447       (widen)
1448       (org-with-point-at clock-in-to-task
1449     (org-clock-in nil))))
1450
1451
1452   (defun org-export-to-ods ()
1453     (interactive)
1454     (let ((csv-file "data.csv"))
1455       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
1456       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
1457
1458   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
1459   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
1460   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
1461   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
1462
1463   ;; support inserting screen shots
1464   (defun my/org-insert-screenshot ()
1465     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
1466   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
1467     (interactive)
1468     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
1469     (setq my/org-insert-screenshot/filename
1470       (read-file-name
1471        "Screenshot to insert: "
1472        nil
1473        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
1474        )
1475       )
1476     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
1477     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
1478     (org-display-inline-images))
1479
1480   (defun my/fix-inline-images ()
1481     (when org-inline-image-overlays
1482       (org-redisplay-inline-images)))
1483
1484   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
1485
1486   ;; use xelatex to preview with imagemagick
1487   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
1488            '(xelateximagemagick
1489         :programs ("xelatex" "convert")
1490         :description "pdf > png"
1491         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
1492         :use-xcolor t
1493         :image-input-type "pdf"
1494         :image-output-type "png"
1495         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
1496         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
1497         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
1498            )
1499   ;; use xelatex by default
1500   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
1501
1502   ; from http://orgmode.org/Changes.html
1503   (defun my/org-repair-property-drawers ()
1504     "Fix properties drawers in current buffer.
1505    Ignore non Org buffers."
1506     (interactive)
1507     (when (eq major-mode 'org-mode)
1508       (org-with-wide-buffer
1509        (goto-char (point-min))
1510        (let ((case-fold-search t)
1511          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
1512                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
1513                      "END[ \t]*$"))))
1514      (org-map-entries
1515       (lambda ()
1516         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
1517           (save-excursion
1518         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
1519           (forward-line)
1520           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
1521           (when (and (< (point) end)
1522                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
1523                  (save-excursion
1524                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
1525                     (eq (org-element-type
1526                      (save-match-data (org-element-at-point)))
1527                     'drawer))))
1528             (insert (delete-and-extract-region
1529                  (match-beginning 0)
1530                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
1531             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
1532
1533 #+END_SRC
1534 ** End use-package
1535 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1536   )
1537 #+END_SRC
1538 * Keybindings
1539 ** Override other things
1540 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1541   ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
1542   ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
1543
1544   (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
1545
1546   ; use iedit everywhere
1547   (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
1548   ;; use outline mode keybindings everywhere
1549   ;; (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'my/mydra-outline/body)
1550
1551   (define-minor-mode my-keys-minor-mode
1552     "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
1553     t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
1554
1555   (my-keys-minor-mode 1)
1556   (defun my-minibuffer-setup-hook ()
1557     (my-keys-minor-mode 0))
1558
1559   (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
1560   (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
1561     "Try to ensure that my keybindings always have priority."
1562     (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
1563         (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
1564           (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
1565           (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
1566   (ad-activate 'load)
1567 #+END_SRC
1568
1569 * Misc (uncharacterized)
1570 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1571   (setq bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
1572   (setq calendar-latitude 40.11)
1573   (setq calendar-longitude -88.24)
1574   (setq case-fold-search t)
1575   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
1576   (setq cperl-lazy-help-time nil)
1577   (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
1578   (display-time)
1579   (setq display-time-24hr-format t)
1580   (setq display-time-day-and-date t)
1581   (display-time-mode 1)
1582   (setq font-latex-fontify-script nil)
1583   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1584   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1585   (global-auto-revert-mode 1)
1586   (global-font-lock-mode 1)
1587   (icomplete-mode 1)
1588   (setq log-edit-keep-buffer t)
1589   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
1590   (setq markdown-enable-math t)
1591   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
1592   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
1593   (setq post-email-address "don@donarmstrong.com")
1594   (setq post-kill-quoted-sig nil)
1595   (setq post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
1596   (setq post-uses-fill-mode nil)
1597   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
1598   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
1599   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
1600   (setq ps-line-number-color "blue")
1601   (setq ps-print-footer t)
1602   (setq ps-print-footer-frame nil)
1603   (setq ps-print-only-one-header t)
1604   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
1605   ]*")
1606   (setq sentence-end-double-space nil)
1607   ; enable matching parenthesis
1608   (show-paren-mode 1)
1609   (tool-bar-mode -1)
1610   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
1611   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
1612   (setq vc-follow-symlinks t)
1613
1614   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
1615   ;; repositories inside of git directories
1616   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
1617
1618   ;; switch back to the old primary selection method
1619   (setq x-select-enable-clipboard nil)
1620   (setq x-select-enable-primary t)
1621   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
1622
1623   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
1624   ;;(load-file "cperl-mode.el")
1625
1626   (require 'vcl-mode)
1627
1628   (require 'tex-site)
1629   ;;(require 'psvn)
1630   ;;(require 'ecasound)
1631   ;;(require 'emacs-wiki)
1632   (require 'bibtex)
1633   (require 'post)
1634   ;;(require 'fixme)
1635   ; (require 'google-weather)
1636   ; (require 'org-google-weather)
1637   ; (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
1638
1639   (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
1640
1641   (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" .
1642                     (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
1643                   auto-mode-alist))
1644
1645
1646   ; use markdown mode for mdwn files
1647   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
1648   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.md$" . markdown-mode))
1649
1650
1651   ;; tramp configuration
1652   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
1653
1654   ; mail configuration
1655   (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
1656   (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
1657
1658   (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
1659   (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
1660   (defun my-message-mode-settings ()
1661     (font-lock-add-keywords nil
1662                             '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1663                                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1664                               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1665                                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1666     (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
1667     )
1668   (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
1669
1670   (defun my-post-attach-file ()
1671     "Prompt for an attachment."
1672     (interactive)
1673     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
1674           (description (string-read "Description: ")))
1675       (my-header-attach-file file description)))
1676
1677   (symbol-function 'my-post-attach-file)
1678
1679   (defun my-header-attach-file (file description)
1680     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1681   Argument DESCRIPTION MIME description."
1682     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1683     (when (> (length file) 0)
1684       (save-excursion
1685         (save-match-data
1686           (save-restriction
1687             (widen)
1688             (goto-char (point-min))
1689             (search-forward-regexp "^$")
1690             (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1691                             description "\n"))
1692             (message (concat "Attached '" file "'."))
1693             (setq post-has-attachment t))))))
1694
1695
1696
1697   (setq mail-yank-prefix "> ")
1698
1699   (global-unset-key "\M-g")
1700   (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
1701
1702   ;; self-insert-command hack.
1703   ;;   Without this, "if<SP>" expands to
1704   ;;   if ( -!-) {
1705   ;;   }
1706   ;;   which really should be,
1707   ;;   if (-!-) {
1708   ;;   }
1709
1710
1711
1712   ;(load-library "php-mode")
1713
1714   (setq-default c-indent-level 4)
1715   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
1716   (setq-default c-brace-offset -4)
1717   (setq-default c-argdecl-indent 4)
1718   (setq-default c-label-offset -4)
1719   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
1720   ; tabs are annoying
1721   (setq-default indent-tabs-mode nil)
1722   (setq-default tab-width 4)
1723
1724
1725   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
1726   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
1727   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
1728   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
1729   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
1730
1731
1732   (defun insert-date ()
1733     "Insert date at point."
1734     (interactive)
1735     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
1736   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
1737
1738   (defun unfill-paragraph (arg)
1739     "Pull this whole paragraph up onto one line."
1740     (interactive "*p")
1741     (let ((fill-column 10000))
1742       (fill-paragraph arg))
1743     )
1744
1745   (column-number-mode t)
1746
1747   (server-start)
1748
1749   ; (require 'mode-compile)
1750
1751   (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
1752     "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
1753       message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
1754     (if (eq major-mode 'post-mode)
1755         (message
1756          (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
1757                       ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
1758                       ; number if you have a faster computer or read slower than me.
1759   '(font-lock-verbose 1000)
1760   ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
1761   ; (add-hook 'server-switch-hook
1762   ;     (function (lambda()
1763   ;             (cond ((string-match "Post" mode-name)
1764   ;                (post-goto-body)))
1765   ;             set-buffer-file-coding-system 'utf-8
1766   ;             )))
1767   ;
1768
1769   (add-hook 'post-mode-hook
1770         (auto-fill-mode nil)
1771         )
1772   ; abbrev mode settings
1773   ; load abbreviations from
1774   (setq abbrev-file-name
1775         "~/.emacs_abbrev_def")
1776
1777   ; read the abbrev file if it exists
1778   (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1779       (quietly-read-abbrev-file))
1780
1781   ; for now, use abbrev mode everywhere
1782   (setq default-abbrev-mode t)
1783
1784
1785   (defun insert-function-documentation ()
1786     "Insert function documentation"
1787     (interactive)
1788     (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
1789   (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
1790
1791   (eval-after-load "lilypond-mode"
1792     '(progn
1793        (load-library "lyqi-mode")
1794        (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
1795
1796   (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
1797
1798   (desktop-load-default)
1799   (desktop-read)
1800   '(icomplete-mode on)
1801   (custom-set-faces
1802    ;; custom-set-faces was added by Custom.
1803    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
1804    ;; Your init file should contain only one such instance.
1805    ;; If there is more than one, they won't work right.
1806    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
1807
1808
1809   (put 'upcase-region 'disabled nil)
1810   (put 'downcase-region 'disabled nil)
1811   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
1812
1813   ; (defun turn-on-flyspell ()
1814   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
1815   ;    (interactive)
1816   ;    (flyspell-mode 1))
1817
1818
1819    ; Outline-minor-mode key map
1820    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
1821    ; HIDE
1822    (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1823    (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1824    (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
1825    (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
1826    (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1827    (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1828    ; SHOW
1829    (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
1830    (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
1831    (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1832    (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1833    (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1834    ; MOVE
1835    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
1836    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
1837    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1838    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1839    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1840    (global-set-key "\M-o" cm-map)
1841
1842
1843   ; debian stuff
1844   (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
1845   (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
1846
1847   ; ediff configuration
1848   ; don't use the multi-window configuration
1849   (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
1850
1851   ; fix up css mode to not be silly
1852   ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1853   (setq cssm-indent-level 4)
1854   (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1855   (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1856   (setq cssm-mirror-mode nil)
1857
1858   (require 'multi-web-mode)
1859   (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
1860   (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
1861                     (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
1862                     (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
1863   (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
1864   (multi-web-global-mode 1)
1865
1866   ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
1867   ;;; `flymake-report-status'
1868   (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
1869   (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
1870     "Show \"slim\" flymake status in mode line."
1871     (when e-w
1872       (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
1873     (when status
1874       (setq flymake-mode-line-status status))
1875     (let* ((mode-line " Φ"))
1876       (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
1877         (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
1878       (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
1879       (setq flymake-mode-line mode-line)
1880       (force-mode-line-update)))
1881
1882   ; load sql-indent when sql is loaded
1883   (eval-after-load "sql"
1884     '(load-library "sql-indent"))
1885
1886   ; fix up tmux xterm keys
1887   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
1888   (defun fix-up-tmux-keys ()
1889       "Fix up tmux xterm keys"
1890       (if (getenv "TMUX")
1891           (progn
1892             (let ((x 2) (tkey ""))
1893               (while (<= x 8)
1894                 ;; shift
1895                 (if (= x 2)
1896                     (setq tkey "S-"))
1897                 ;; alt
1898                 (if (= x 3)
1899                     (setq tkey "M-"))
1900                 ;; alt + shift
1901                 (if (= x 4)
1902                     (setq tkey "M-S-"))
1903                 ;; ctrl
1904                 (if (= x 5)
1905                     (setq tkey "C-"))
1906                 ;; ctrl + shift
1907                 (if (= x 6)
1908                     (setq tkey "C-S-"))
1909                 ;; ctrl + alt
1910                 (if (= x 7)
1911                     (setq tkey "C-M-"))
1912                 ;; ctrl + alt + shift
1913                 (if (= x 8)
1914                     (setq tkey "C-M-S-"))
1915
1916                 ;; arrows
1917                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
1918                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
1919                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
1920                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
1921                 ;; home
1922                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
1923                 ;; end
1924                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
1925                 ;; page up
1926                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
1927                 ;; page down
1928                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
1929                 ;; insert
1930                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
1931                 ;; delete
1932                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
1933                 ;; f1
1934                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
1935                 ;; f2
1936                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
1937                 ;; f3
1938                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
1939                 ;; f4
1940                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
1941                 ;; f5
1942                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
1943                 ;; f6
1944                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
1945                 ;; f7
1946                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
1947                 ;; f8
1948                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
1949                 ;; f9
1950                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
1951                 ;; f10
1952                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
1953                 ;; f11
1954                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
1955                 ;; f12
1956                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
1957                 ;; f13
1958                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
1959                 ;; f14
1960                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
1961                 ;; f15
1962                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
1963                 ;; f16
1964                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
1965                 ;; f17
1966                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
1967                 ;; f18
1968                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
1969                 ;; f19
1970                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
1971                 ;; f20
1972                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
1973
1974                 (setq x (+ x 1))
1975                 ))
1976             )
1977         )
1978       )
1979   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
1980
1981   ; procmailmode configuration
1982   (load "procmail_mode")
1983
1984   (load "mode-line-cleaner")
1985
1986   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
1987     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
1988     (if (or (buffer-modified-p)
1989             (verify-visited-file-modtime)
1990             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
1991             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
1992         ad-do-it
1993       (clear-visited-file-modtime)
1994       (not-modified)))
1995   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
1996
1997   ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
1998   ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
1999
2000   (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
2001
2002   ; use iedit everywhere
2003   (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'mc/mark-all-dwim)
2004
2005   (define-minor-mode my-keys-minor-mode
2006     "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
2007     t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
2008
2009   (my-keys-minor-mode 1)
2010   (defun my-minibuffer-setup-hook ()
2011     (my-keys-minor-mode 0))
2012
2013   (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
2014   (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
2015     "Try to ensure that my keybindings always have priority."
2016     (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
2017         (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
2018           (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
2019           (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
2020   (ad-activate 'load)
2021   (global-set-key "\M- " 'hippie-expand)
2022
2023 #+END_SRC
2024
2025 * END
2026 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2027   (provide 'don-configuration)
2028 #+END_SRC