emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (require 'gnutls)
  36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  37     (setq package-enable-at-startup nil)
  38     (setq package--init-file-ensured t)
  39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  45     (eval-when-compile
  46       (package-initialize)
  47       (unless (package-installed-p 'use-package)
  48         (package-refresh-contents)
  49         (package-install 'use-package))
  50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  53         (nreverse (apply #'nconc
  54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  55                  (mapcar #'(lambda (path)
  56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  57                          (list path)
  58                        nil))
  59                      load-path))))))
  60
  61   ;;; fix up info paths for packages
  62   (with-eval-after-load "info"
  63     (info-initialize)
  64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  67                     (not (file-directory-p fdir))
  68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  70
  71
  72   (eval-when-compile
  73     (require 'use-package))
  74   (require 'bind-key)
  75   (require 'diminish)
  76 #+END_SRC
  77 ** Paradox
  78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  79   (use-package paradox
  80     :ensure paradox
  81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  82     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83     )
  84 #+END_SRC
  85 * Add library paths
  86
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  89   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  90 #+END_SRC
  91 * Disable custom-vars
  92 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  93   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  94   (setq custom-file "/dev/null")
  95 #+END_SRC
  96 * Misc functions
  97 ** with-library
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
 100 ;; execute conditional code when loading libraries
 101 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 102   `(when (require ,symbol nil t)
 103      ,@body))
 104 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 105 #+END_SRC
 106
 107 * Variables
 108 ** Safe Local Variables
 109 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 110 (setq safe-local-variable-values
 111       (quote ((auto-save-default)
 112               (make-backup-files)
 113               (cperl-indent-level . 4)
 114               (indent-level . 4)
 115               (indent-tabs-mode . f)
 116               (vcl-indent-level . 4)
 117               )))
 118 #+END_SRC
 119 * Memory
 120 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 121   (setq global-mark-ring-max 128
 122         mark-ring-max 128
 123         kill-ring-max 128)
 124
 125   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 126     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 127
 128   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 129     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 130
 131   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 132   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 133 #+END_SRC
 134 * Modules
 135 ** Spacemacs theme
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137 (use-package spacemacs-common
 138   :ensure spacemacs-theme
 139   :config
 140   (load-theme 'spacemacs-dark t)
 141   )
 142 #+END_SRC
 143 ** Hippie Expand
 144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 145   (use-package hippie-exp
 146     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 147     )
 148 #+END_SRC
 149 ** Flyspell 🐝
 150 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 151   (use-package flyspell
 152     :ensure t
 153     :diminish flyspell-mode 🐝
 154     :config
 155     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 156     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 157     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 158     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 159     :init
 160     (setq ispell-program-name "ispell")
 161     )
 162
 163 #+END_SRC
 164 ** Flymake
 165 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 166   (use-package flymake
 167     :diminish "Φ")
 168 #+end_src
 169
 170 ** Winnermode
 171 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 172   (winner-mode 1)
 173 #+END_SRC
 174 ** Eyebrowse
 175
 176 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 177   (use-package eyebrowse
 178     :ensure t
 179     :diminish eyebrowse-mode
 180     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 181     :config (progn
 182               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 183               (eyebrowse-mode t)
 184
 185               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 186                 (interactive)
 187                 (let ((done nil))
 188                   (dotimes (i 10)
 189                     ;; start at 1 run till 0
 190                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 191                       (when (and (not done)
 192                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 193                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 194                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 195                         (setq done t)
 196                         ))
 197                     )))
 198
 199               ;; I don't use latex-preview-pane
 200               ;; (require 'latex-preview-pane)
 201               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 202               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 203               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 204               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 205               ;;   ;; edit the TeX file.
 206               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 207               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 208
 209               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 210               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 211
 212               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 213               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 214               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 215               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 216               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 217               )
 218     )
 219 #+END_SRC
 220
 221 ** Window handling
 222
 223 *** Splitting
 224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 225   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 226     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 227     (interactive)
 228     (split-window-vertically)
 229     (other-window 1 nil)
 230     (switch-to-next-buffer))
 231
 232   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 233     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 234     (interactive)
 235     (split-window-horizontally)
 236     (other-window 1 nil)
 237     (switch-to-next-buffer))
 238
 239   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 240   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 241
 242   (setq split-width-threshold  100)
 243   (setq split-height-threshold 60)
 244
 245   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 246     "If there's only one window (excluding any possibly active
 247            minibuffer), then split the current window horizontally."
 248     (if (and (one-window-p t)
 249              (not (active-minibuffer-window))
 250              ( < (frame-width) (frame-height))
 251              )
 252         (let ((split-width-threshold nil))
 253           (split-window-sensibly window))
 254       (split-window-sensibly window)))
 255
 256   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 257   (setq window-combination-resize t)
 258 #+END_SRC
 259
 260 *** Compilation window
 261
 262 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 263 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 264 the former case, if there was no error the window closes
 265 automatically.
 266
 267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 268   (add-to-list 'display-buffer-alist
 269                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 270                  (display-buffer-reuse-window
 271                   display-buffer-in-side-window)
 272                  (reusable-frames . visible)
 273                  (side            . bottom)
 274                  (window-height   . 0.4)))
 275 #+END_SRC
 276
 277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 278   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 279     ;; If M-x compile exists with a 0
 280     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 281       ;; and delete the *compilation* window
 282       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 283         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 284                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 285                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 286           (delete-window compilation-window))))
 287     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 288     (cons msg code))
 289
 290   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 291   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 292 #+END_SRC
 293
 294 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 295 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 296 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 297 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 298 value, scrolling continues until there is no more output.
 299
 300 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 301   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 302 #+END_SRC
 303
 304 ** Mode line cleaning
 305 *** Diminish
 306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 307   (use-package diminish
 308     :ensure t)
 309 #+END_SRC
 310
 311 *** Delight
 312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 313   (use-package delight
 314     :ensure t)
 315 #+END_SRC
 316
 317 ** Jumping
 318 *** Avy
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 320   (use-package avy
 321     :if (>= emacs-major-version 25)
 322     :ensure t
 323     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 324            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 325            ("M-g g" . avy-goto-line))
 326     :config (progn (setq avy-background t))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Ace-link (jumping to links)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package ace-link
 332     :ensure t
 333     ; bind o in most modes
 334     :config (ace-link-setup-default))
 335 #+END_SRC
 336 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 337 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 338   (use-package goto-chg
 339     :ensure t
 340     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 341            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 342     )
 343 #+END_SRC
 344 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 346   (use-package bm
 347     :ensure t
 348     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 349            ("C-c j b ," . bm-previous)
 350            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 351 #+END_SRC
 352
 353 ** Snippets
 354 *** Yasnippet
 355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 356 (use-package yasnippet
 357   :ensure t
 358   :diminish yas-minor-mode
 359   :config (progn
 360             (yas-global-mode)
 361             (setq yas-verbosity 1)
 362             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 363             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 364             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
 365             (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 366                                      "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 367             (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 368                              'yas-hippie-try-expand)
 369             (yas-reload-all)
 370             )
 371   )
 372 #+END_SRC
 373 *** Auto-YASnippet
 374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 375   (use-package auto-yasnippet
 376     :ensure t
 377     :bind (("H-w" . aya-create)
 378            ("H-y" . aya-expand)
 379            )
 380     )
 381 #+END_SRC
 382 ** Company
 383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 384 (use-package company
 385   :ensure t
 386   :bind (("M-/" . company-complete))
 387   :config
 388   (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 389         company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 390         company-selection-wrap-around t
 391         company-require-match nil
 392         company-dabbrev-ignore-case t
 393         company-dabbrev-ignore-invisible t
 394         company-dabbrev-other-buffers t
 395         company-dabbrev-downcase nil
 396         company-dabbrev-code-everywhere t
 397         company-tooltip-align-annotations t
 398         company-minimum-prefix-length 1
 399         company-global-modes '(not)
 400         company-lighter-base "(C)")
 401   (global-company-mode 1)
 402   :bind (:map company-active-map
 403               ("C-n" . company-select-next)
 404               ("C-p" . company-select-previous)
 405               ("M-?" . company-show-doc-buffer)
 406               ("M-." . company-show-location)
 407               )
 408   )
 409 #+END_SRC
 410 *** C/C++
 411 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 412   (use-package company-c-headers
 413     :ensure t
 414     :config (progn
 415               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 416                 "Return the system include path for the current buffer."
 417                 (when ede-object
 418                   (ede-system-include-path ede-object)))
 419
 420               (setq company-c-headers-path-system
 421                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 422
 423               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 424 #+END_SRC
 425 *** Python
 426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 427 (use-package company-anaconda
 428   :ensure t
 429   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 430 #+END_SRC
 431 *** Perl
 432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 433   (use-package company-plsense
 434     :ensure t
 435     )
 436 #+END_SRC
 437 *** LaTeX
 438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 439   (use-package company-math
 440     :ensure t)
 441 #+END_SRC
 442 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 443   (use-package company-auctex
 444     :ensure t
 445     :config (progn
 446               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 447                 "company-auctex-labels backend"
 448                 (interactive (list 'interactive))
 449                 (case command
 450                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 451                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 452                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 453
 454               (add-to-list 'company-backends
 455                            '(company-auctex-macros
 456                              company-auctex-environments
 457                              company-math-symbols-unicode
 458                              company-math-symbols-latex))
 459
 460               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 461               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 462               )
 463     )
 464 #+END_SRC
 465 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 466   (use-package company-bibtex
 467     :ensure t
 468     )
 469 #+END_SRC
 470 *** Shell
 471
 472  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 473    (use-package company-shell
 474      :ensure t
 475      :config (progn
 476                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 477                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 478  #+END_SRC
 479
 480 *** YaSnippet
 481
 482  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 483
 484  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 485
 486  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 487    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 488      "Enable yasnippet for all backends.")
 489
 490    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 491      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 492              (and (listp backend)
 493                   (member 'company-yasnippet backend)))
 494          backend
 495        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 496                '(:with company-yasnippet))))
 497
 498    (setq company-backends
 499          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 500  #+END_SRC
 501
 502 *** All the words
 503
 504  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 505
 506  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 507    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 508      (interactive)
 509      (cond
 510       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 511        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 512        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 513        (message "company-ispell disabled"))
 514       (t
 515        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 516        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 517        (message "company-ispell enabled!"))))
 518
 519    (defun malb/company-ispell-setup ()
 520      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 521      (when (boundp 'company-backends)
 522        (make-local-variable 'company-backends)
 523        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 524        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 525        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 526        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 527                 ispell-alternate-dictionary)
 528            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 529  #+END_SRC
 530
 531 *** Tab DWIM
 532
 533  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 534
 535  2. This function then hopefully does what I want:
 536
 537     a. if a region is active, just indent
 538     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 539     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 540     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 541
 542  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 543
 544 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 545 (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 546   (interactive "P")
 547   (cond
 548    ;; if a region is active, indent
 549    ((use-region-p)
 550     (indent-region (region-beginning)
 551                    (region-end)))
 552    ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 553    ((and (not (active-minibuffer-window))
 554          (or (looking-at " ")
 555              (looking-at "$"))
 556          (looking-back "[^[:space:]]")
 557          (not (looking-back "^")))
 558
 559     (cond (company-mode (company-complete-common))
 560           (auto-complete-mode (auto-complete))))
 561
 562    ;; no whitespace anywhere
 563    ((and (not (active-minibuffer-window))
 564          (looking-at "[^[:space:]]")
 565          (looking-back "[^[:space:]]")
 566          (not (looking-back "^")))
 567     (cond
 568      ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 569       (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 570      ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 571       (save-excursion (outline-cycle)))))
 572
 573    ;; by default just call whatever was bound
 574    (t
 575     (let ((fn (or (if (current-local-map) (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB")))
 576                   'indent-for-tab-command)))
 577       (if (not (called-interactively-p 'any))
 578           (fn arg)
 579         (setq this-command fn)
 580         (call-interactively fn))))))
 581
 582 (defun malb/toggle-fold ()
 583   (interactive)
 584   (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 585          (org-force-cycle-archived))
 586         ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 587          (save-excursion
 588            (end-of-line)
 589            (hs-toggle-hiding)))
 590
 591         ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 592          (save-excursion
 593            (outline-cycle)))))
 594
 595 (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 596 (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 597 #+END_SRC
 598 ** Tinyprocmail
 599
 600 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 601   ;; load tinyprocmail
 602   (use-package tinyprocmail
 603     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 604     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 605     )
 606 #+END_SRC
 607
 608 ** Magit
 609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 610   (use-package magit
 611     :ensure t
 612     :bind (("C-x g" . magit-status)
 613            ("C-x C-g" . magit-status))
 614     :config
 615     ;; refine diffs always (hilight words)
 616     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 617     )
 618   (use-package magit-annex
 619     :ensure t
 620     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 621     )
 622   (use-package magit-vcsh
 623     :ensure t
 624     )
 625 #+END_SRC
 626
 627 ** Perl
 628 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 629   (use-package cperl-mode
 630     :config
 631     (progn
 632       ;; Use c-mode for perl .xs files
 633       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 634       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 635       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 636       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 637       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 638       (setq cperl-hairy t
 639             cperl-indent-level 4
 640             cperl-auto-newline nil
 641             cperl-auto-newline-after-colon nil
 642             cperl-continued-statement-offset 4
 643             cperl-brace-offset -1
 644             cperl-continued-brace-offset 0
 645             cperl-label-offset -4
 646             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 647             cperl-electric-lbrace-space nil
 648             cperl-indent-parens-as-block nil
 649             cperl-close-paren-offset -1
 650             cperl-tab-always-indent t)
 651       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 652   ))
 653 #+END_SRC
 654
 655 ** Markdown mode
 656 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 657   (use-package markdown-mode
 658     :ensure t
 659     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 660            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 661            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 662            )
 663     :config
 664     (setq markdown-enable-math t)
 665     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 666     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 667     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 668     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 669     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 670   )
 671
 672 #+END_SRC
 673 ** SQL mode
 674 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 675   ; load sql-indent when sql is loaded
 676 (use-package sql
 677   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 678   :config
 679   (require sql-indent))
 680 #+END_SRC
 681 ** Ediff
 682 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 683   (use-package ediff
 684     :commands ediff ediff3
 685     :ensure f
 686     :config
 687     ;; ediff configuration
 688     ;; don't use the multi-window configuration
 689     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 690   )
 691 #+END_SRC
 692 ** Do the Right Thing Indenting
 693 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 694 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 695 (use-package dtrt-indent
 696   :ensure t
 697 )
 698 #+END_SRC
 699 ** VCL --editing varnish configuration files
 700 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 701   (use-package vcl-mode
 702     :ensure t
 703     :mode "\\.vcl\\'"
 704     )
 705
 706 #+END_SRC
 707 ** Helm
 708 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 709   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 710     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 711     (interactive)
 712     (unless helm-source-buffers-list
 713       (setq helm-source-buffers-list
 714             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 715     (helm-other-buffer
 716      (append
 717
 718      (if (projectile-project-p)
 719           '(helm-source-projectile-buffers-list
 720             helm-source-buffers-list)
 721         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 722
 723       `(((name . "Virtual Workspace")
 724          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 725                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 726          (action . (lambda (candidate)
 727                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 728
 729       (if (projectile-project-p)
 730           '(helm-source-projectile-recentf-list
 731             helm-source-recentf)
 732         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 733
 734       ;; always make some common files easily accessible
 735       ;;'(((name . "Common Files")
 736        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 737         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 738
 739       '(helm-source-files-in-current-dir
 740         helm-source-locate
 741         helm-source-bookmarks
 742         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 743         ))
 744      "*Helm all the things*"))
 745   (use-package helm
 746     :ensure helm
 747     :diminish helm-mode
 748     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 749            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 750            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 751            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 752            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 753     :config
 754     (require 'helm-config)
 755     (require 'helm-for-files)
 756     (require 'helm-bookmark)
 757
 758     (helm-mode 1)
 759     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 760     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 761     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 762     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 763     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 764       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 765       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 766     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 767   )
 768 #+END_SRC
 769 *** Helm Flx
 770
 771  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 772
 773  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 774  (use-package helm-flx
 775    :ensure t
 776    :config (progn
 777              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 778              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 779                    helm-bookmark-show-location           t
 780                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 781                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 782                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 783                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 784                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 785                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 786                    helm-quick-update                     t
 787                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 788                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 789              (helm-flx-mode +1)))
 790  #+END_SRC
 791 *** Helm Swoop
 792 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 793
 794   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 795   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 796     (thing-at-point 'symbol))
 797     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 798     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 799           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 800           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 801           ein:notebook-multilang-mode))
 802
 803     (defun malb/swoop-or-search ()
 804       (interactive)
 805       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 806               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 807           (isearch-forward)
 808         (helm-swoop)))
 809
 810     (use-package helm-swoop
 811       :ensure t
 812       :commands helm-swoop
 813       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 814              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 815              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 816       :config (progn
 817
 818                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 819                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 820                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 821                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 822                       helm-swoop-speed-or-color t)
 823
 824                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 825                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 826                   (interactive)
 827                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 828                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 829                           (previous-history-element 1)
 830                         (helm-next-line))
 831                     (helm-next-line)))
 832
 833                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 834                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 835                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 836                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 837                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 838                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 839       )
 840
 841 #+END_SRC
 842 *** Helm Ag
 843 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 844 (use-package helm-ag
 845   :ensure t
 846   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 847                 helm-ag-command-option "--all-text"
 848                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 849                 helm-ag-fuzzy-match t
 850                 helm-ag-use-temp-buffer t
 851                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 852                 helm-ag-use-agignore t))
 853 #+END_SRC
 854 *** Helm Descbinds
 855 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 856   (use-package helm-descbinds
 857     :ensure t
 858     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 859     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 860 #+END_SRC
 861
 862 *** Helm YaSnippet
 863 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 864   (use-package helm-c-yasnippet
 865     :ensure t
 866     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 867     :config (progn
 868               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 869 #+END_SRC
 870 *** Helm Org Rifle
 871 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 872   (use-package helm-org-rifle
 873     :ensure t
 874     :config (progn
 875               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 876                 (interactive "p")
 877                 (let ((current-prefix-arg nil))
 878                   (cond
 879                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 880                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 881                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 882 #+END_SRC
 883 *** Helm Google
 884 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 885 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 886   (use-package helm-google
 887     :ensure t
 888     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 889     :config
 890     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 891                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 892                                          (let ((url
 893                                                 (replace-regexp-in-string
 894                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 895                                                  "\\1" candidate)))
 896                                            (kill-new url))))
 897                         t
 898                         )
 899
 900            (add-to-list 'helm-google-actions
 901                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 902                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 903                                                      (url
 904                                                       (replace-regexp-in-string
 905                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 906                                                        "\\1" candidate)))
 907                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 908                         t)
 909            ))
 910 #+END_SRC
 911
 912 ** Projectile -- Project management
 913 #+begin_src emacs-lisp
 914   (use-package projectile
 915     :ensure t
 916     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 917            ("<f6>" . next-error))
 918     :config (progn
 919               (use-package magit :ensure t)
 920               (require 'helm-projectile)
 921               (helm-projectile-on)
 922
 923               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 924                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 925                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 926
 927               (projectile-global-mode)))
 928 #+end_src
 929
 930 *** helm integration
 931 #+begin_src emacs-lisp
 932   (use-package helm-projectile
 933     :ensure t
 934     :config (progn
 935               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 936                 (helm-build-dummy-source
 937                     "Create file"
 938                   :action 'find-file))
 939
 940               (add-to-list
 941                'helm-projectile-sources-list
 942                malb/helm-source-file-not-found t)
 943
 944               (helm-delete-action-from-source
 945                "Grep in projects `C-s'"
 946                helm-source-projectile-projects)
 947
 948               (helm-add-action-to-source
 949                "Grep in projects `C-s'"
 950                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 951 #+end_src
 952 ** Zap to char
 953 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 954   (use-package avy-zap
 955     :ensure t
 956     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 957 #+END_SRC
 958 ** Hydra
 959 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 960   (use-package hydra
 961     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 962            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 963            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 964            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 965            )
 966     :config
 967     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 968     "
 969   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 970   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 971   _p_: read papers      _R_: paper notes
 972   _h_: hpcbio
 973   _q_: quit
 974   _z_: quit
 975   "
 976     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 977     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 978     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 979     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 980     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 981     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 982     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 983     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 984     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 985     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 986     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 987     ("q" nil "quit")
 988     ("z" nil "quit")
 989     )
 990
 991     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 992     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 993     "
 994   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 995   ^^^^^^------------------------------------------------------
 996   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 997   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 998   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
 999   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
1000   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
1001   _d_: subtree
1002
1003   "
1004     ;; Hide
1005     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1006     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1007     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1008     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1009     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1010     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1011     ;; Show
1012     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1013     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1014     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1015     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1016     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1017     ;; Move
1018     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1019     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1020     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1021     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1022     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1023     ("z" nil "leave"))
1024   )
1025 #+END_SRC
1026
1027 ** Tramp
1028 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1029   (use-package tramp
1030     :config
1031     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1032                                   (tramp-login-program "vcsh")
1033                                   (tramp-login-args
1034                                    (("enter")
1035                                     ("%h")))
1036                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1037                                   (tramp-remote-shell-args
1038                                    ("-c")))))
1039 #+END_SRC
1040 ** Reftex
1041 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1042   (use-package reftex
1043     :ensure t
1044     :config
1045     (setq-default reftex-default-bibliography
1046                     '("~/projects/research/references.bib")))
1047 #+END_SRC
1048 ** BibTex
1049 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1050   (use-package bibtex
1051     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1052                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1053                           ("abstract" "")
1054                   ("pmid" "")
1055                   ("doi" ""))))
1056     )
1057
1058 #+END_SRC
1059 ** LaTeX
1060 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1061 (use-package tex
1062   :defer t
1063   :ensure auctex
1064   :config
1065   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1066   ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1067   ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1068   ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1069   ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1070   ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1071   ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1072   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1073   (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1074   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1075   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1076
1077   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1078   ;; support fake section headers
1079   (setq TeX-outline-extra
1080         '(("%chapter" 1)
1081           ("%section" 2)
1082           ("%subsection" 3)
1083           ("%subsubsection" 4)
1084           ("%paragraph" 5)))
1085   ;; add font locking to the headers
1086   (font-lock-add-keywords
1087    'latex-mode
1088    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1089       0 'font-lock-keyword-face t)
1090      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1091      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1092      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1093      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1094      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1095
1096   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1097   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1098   (setq TeX-open-quote "“")
1099   (setq TeX-close-quote "”")
1100
1101   ;; (TeX-add-style-hook
1102   ;;  "latex"
1103   ;;  (lambda ()
1104   ;;    (TeX-add-symbols
1105   ;;     '("DLA" 1))))
1106   ;; (custom-set-variables
1107   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1108   ;;    '(("fixme"
1109   ;;       ("DLA" "RZ")
1110   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1111   ;; )
1112   (setq-default TeX-parse-self t)
1113   (setq-default TeX-auto-save t)
1114   (setq-default TeX-master nil)
1115   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1116                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1117   (eval-after-load
1118       "latex"
1119     '(TeX-add-style-hook
1120       "cleveref"
1121       (lambda ()
1122         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1123             (add-to-list
1124              'reftex-ref-style-alist
1125              '("Cleveref" "cleveref"
1126                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1127         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1128         (TeX-add-symbols
1129          '("cref" TeX-arg-ref)
1130          '("Cref" TeX-arg-ref)
1131          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1132          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1133   (eval-after-load
1134       "latex"
1135     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1136                   '("Sexpr")))
1137
1138   (use-package font-latex
1139     :config
1140     (setq font-latex-match-reference-keywords
1141           '(
1142             ("fref" "{")
1143             ("Fref" "{")
1144             ("citep" "{")
1145             ("citet" "{")
1146             ("acs" "{")
1147             ("acsp" "{")
1148             ("ac" "{")
1149             ("acp" "{")
1150             ("acl" "{")
1151             ("aclp" "{")
1152             ("acsu" "{")
1153             ("aclu" "{")
1154             ("acused" "{")
1155             ("DLA" "{")
1156             ("RZ" "{")
1157             ("OM" "{")
1158             ("DL" "{")
1159             ("fixme" "{"))
1160           )
1161     )
1162   (setq font-latex-fontify-script nil)
1163   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1164   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1165 )
1166
1167 #+END_SRC
1168 ** ESS
1169 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1170   (use-package ess
1171     :ensure t
1172     :commands R
1173     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1174     :bind (:map ess-mode-map
1175                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1176     :init
1177     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1178     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1179     :config
1180     ; actually load the rest of ess
1181     (require 'ess-site)
1182     (defun ess-change-directory (path)
1183       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1184       (interactive "Directory to change to: ")
1185
1186       (when (file-exists-p path)
1187         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1188         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1189         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1190     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1191     ;; outlining support for ess modes
1192     (add-hook
1193      'ess-mode-hook
1194      '(lambda ()
1195         (outline-minor-mode)
1196         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1197         (defun outline-level ()
1198           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1199                 ((looking-at "^#### ") 2)
1200                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1201                 (t 1000)))
1202         ))
1203     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1204       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1205       (interactive "r")
1206       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1207       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1208     ;; Don't restore history or save workspace image
1209     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1210     )
1211 #+END_SRC
1212
1213 ** Rainbowmode
1214 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1215
1216 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1217   (use-package rainbow-mode
1218     ;; add ess to the x major mode
1219     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1220     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1221   )
1222 #+END_SRC
1223
1224 ** Polymode
1225 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1226 (use-package poly-noweb
1227   :ensure t
1228   :after polymode
1229
1230   )
1231 (use-package poly-markdown
1232   :ensure t
1233   :after polymode
1234   )
1235 (use-package poly-R
1236   :ensure t
1237   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1238   ; :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1239   ; :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1240   ; :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1241   )
1242 (use-package polymode
1243   :ensure t
1244   )
1245
1246 #+END_SRC
1247
1248 ** Outlining
1249 *** Outline magic
1250 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1251   (use-package outline-magic)
1252 #+END_SRC
1253 *** Outline mode
1254 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1255 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1256 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1257 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1258 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1259 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1260
1261 #+END_SRC
1262 ** Writeroom Mode
1263 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1264   (use-package writeroom-mode
1265     :config
1266     (defun my/writing-mode ()
1267       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1268       (interactive)
1269       (if writeroom-mode
1270           (progn
1271             (writeroom-mode -1)
1272             (visual-line-mode -1)
1273             (auto-fill-mode -1)
1274             (visual-fill-column-mode -1)
1275             )
1276         (visual-line-mode 1)
1277         (auto-fill-mode 1)
1278         (visual-fill-column-mode 1)
1279         (writeroom-mode 1))
1280       )
1281     )
1282 #+END_SRC
1283 ** GhostText/Atomic Chrome
1284 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1285   (use-package atomic-chrome
1286     :config
1287     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1288     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1289     )
1290 #+END_SRC
1291 ** Multiple Cursors
1292    :PROPERTIES:
1293    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1294    :END:
1295 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1296 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1297   (use-package multiple-cursors
1298     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1299             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1300             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1301             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1302     )
1303 #+END_SRC
1304 ** Web Mode
1305 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1306   (use-package web-mode
1307     :load-path "/home/don/projects/web-mode/"
1308     :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1309     :config
1310     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1311     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1312     (setq web-mode-engines-alist
1313           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1314     )
1315 #+END_SRC
1316 ** Spamassassin Mode
1317 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1318   (use-package spamassassin-mode
1319     :commands spamassassin-mode
1320     :ensure f
1321     )
1322 #+END_SRC
1323 ** Password Store
1324 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1325   (use-package password-store
1326     :ensure f
1327     :commands password-store-edit password-store-generate
1328     )
1329 #+END_SRC
1330 ** CSS mode
1331 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1332   (use-package css
1333     :mode "\\.css'"
1334     :config
1335     ;; fix up css mode to not be silly
1336     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1337     (setq cssm-indent-level 4)
1338     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1339     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1340     (setq cssm-mirror-mode nil))
1341 #+END_SRC
1342 ** Abbrev Mode
1343 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1344   (use-package abbrev
1345     :diminish abbrev-mode
1346     :config
1347     ;; load abbreviations from
1348     (setq abbrev-file-name
1349           "~/.emacs_abbrev_def")
1350
1351     ;; read the abbrev file if it exists
1352     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1353         (quietly-read-abbrev-file))
1354
1355     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1356     (setq default-abbrev-mode t))
1357 #+END_SRC
1358
1359 ** Go language
1360 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1361 (use-package go-mode
1362              :diminish "go"
1363              :mode "\\.go"
1364              )
1365 #+END_SRC
1366
1367 ** Expand region
1368 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1369 (use-package expand-region
1370   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1371   )
1372 #+END_SRC
1373
1374 ** Dockerfile
1375 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1376 (use-package dockerfile-mode
1377   :mode "Dockerfile"
1378   )
1379 #+END_SRC
1380
1381 ** Beancount
1382 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1383 (use-package beancount
1384   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1385   :ensure f
1386   :mode "\\.beancount\\'"
1387
1388   )
1389 #+END_SRC
1390 * Email
1391 ** Mutt
1392 *** Message-mode
1393 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1394 (use-package message
1395   :ensure f
1396   :diminish (message "✉")
1397   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1398   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1399   :hook 'my/message-mode-settings
1400   :hook 'turn-on-flyspell
1401   :bind (:map message-mode-map
1402       ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1403   :delight (message-mode "✉")
1404   :config
1405   (defun my/message-mode-settings ()
1406     (font-lock-add-keywords nil
1407                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1408                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1409               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1410                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1411     )
1412
1413   (defun my/post-attach-file ()
1414     "Prompt for an attachment."
1415     (interactive)
1416     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1417       (my/header-attach-file file "")))
1418
1419   (defun my/header-attach-file (file description)
1420     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1421   Argument DESCRIPTION MIME description."
1422     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1423     (when (> (length file) 0)
1424   (save-excursion
1425     (save-match-data
1426       (save-restriction
1427         (widen)
1428         (goto-char (point-min))
1429         (search-forward-regexp "^$")
1430         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1431                 description "\n"))
1432         (message (concat "Attached '" file "'."))
1433         (setq post-has-attachment t))))))
1434
1435   (setq mail-yank-prefix "> ")
1436   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1437 )
1438 #+END_SRC
1439 *** Muttrc mode
1440 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1441   (use-package muttrc-mode
1442     :mode "muttngrc"
1443     :mode "muttrc"
1444   )
1445
1446 #+END_SRC
1447 * Base emacs
1448 ** Reverting buffers
1449 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1450   (use-package autorevert
1451     :diminish auto-revert-mode
1452     :config
1453     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1454           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1455           auto-revert-verbose nil)
1456     (global-auto-revert-mode 1))
1457 #+END_SRC
1458 * Org Mode
1459 ** Use-package and load things
1460 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1461
1462   (use-package org
1463     :delight (org-mode "ø")
1464     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1465     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1466            ("C-c a"  . org-agenda)
1467            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1468 #+END_SRC
1469 ** Agenda Configuration
1470 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1471   :config
1472   (setq-default org-log-done 'time)
1473   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1474
1475   (setq org-agenda-sticky t)
1476   (defun dla/show-org-agenda ()
1477     (interactive)
1478     (let (agendabuffer
1479           '(delq nil
1480                 (mapcar (lambda (x)
1481                           (and (string-match-p
1482                                 "\*Org Agenda.*\*"
1483                                 (buffer-name x))
1484                                x)
1485                           )
1486                         (buffer-list))))
1487       (if agendabuffer
1488           (switch-to-buffer
1489            (buffer-name agendabuffer))
1490         (org-agenda-list)))
1491       (delete-other-windows))
1492
1493   ;; agenda configuration
1494   ;; Do not dim blocked tasks
1495   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1496   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1497   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1498
1499   ;; Compact the block agenda view
1500   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1501
1502   ;; Custom agenda command definitions
1503   (setq org-agenda-custom-commands
1504         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1505                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1506                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1507                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1508                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1509                   (org-agenda-sorting-strategy
1510                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1511                 (" " "Agenda"
1512                  ((agenda "" nil)
1513                   (tags "REFILE"
1514                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1515                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1516                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1517                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1518                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1519                               (org-agenda-sorting-strategy
1520                                '(category-keep))))
1521                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1522                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1523                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1524                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1525                               (org-agenda-sorting-strategy
1526                                '(category-keep))))
1527                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1528                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1529                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1530                                                                         ""
1531                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1532                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1533                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1534                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1535                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1536                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1537                               (org-agenda-sorting-strategy
1538                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1539                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1540                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1541                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1542                                                                         ""
1543                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1544                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1545                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1546                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1547                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1548                               (org-agenda-sorting-strategy
1549                                '(category-keep))))
1550                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1551                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1552                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1553                                                                         ""
1554                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1555                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1556                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1557                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1558                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1559                               (org-agenda-sorting-strategy
1560                                '(category-keep))))
1561                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1562                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1563                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1564                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1565                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1566                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1567                   (tags "-REFILE/"
1568                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1569                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1570                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1571                  nil))))
1572
1573   ; org mode agenda files
1574   (setq org-agenda-files
1575         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1576             "~/projects/org-notes/notes.org"
1577             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1578             "~/projects/org-notes/refile.org"
1579             "~/projects/org-notes/diary.org"
1580             "~/projects/org-notes/ool.org"
1581             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1582             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1583             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1584             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1585             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1586             "~/projects/org-notes/laurel.org"
1587             "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
1588             "~/org-mode/from-mobile.org"
1589             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1590
1591   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1592   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1593   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1594   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1595   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1596   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1597   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1598   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1599   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1600   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1601   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1602     (interactive "P")
1603     (with-temp-buffer
1604       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1605         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1606         (goto-char (point-max))
1607         (newline))
1608       (write-file "/tmp/timeline.org")
1609       (org-agenda arg "L")))
1610   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1611
1612 #+END_SRC
1613 ** General config
1614 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1615   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1616   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1617
1618   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1619   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1620 #+END_SRC
1621 ** Capture Templates
1622 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1623   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1624         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1625            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1626           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1627            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1628           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1629            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1630           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1631            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1632           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1633            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1634           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1635            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1636           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1637            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1638           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1639            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1640           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1641            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1642           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1643            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1644           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1645            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1646            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1647                                        "Jobs"
1648                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1649            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1650           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1651            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1652           )
1653         )
1654
1655   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1656   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1657     (interactive)
1658     (save-excursion
1659       (beginning-of-line 0)
1660       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1661
1662   (defun my/org-add-id ()
1663     (interactive)
1664     (save-excursion
1665       (if (org-current-level)
1666           ()
1667         (forward-char 1)
1668         )
1669       (org-id-get-create)
1670       )
1671   )
1672
1673 #+END_SRC
1674 ** Org mode key bindings
1675 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1676   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1677   ;; Custom Key Bindings
1678   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1679           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1680           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1681           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1682           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1683           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1684           ("<S-f5>" . bh/widen)
1685           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1686           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1687           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1688           ("<f9> b" . bbdb)
1689           ("<f9> c" . calendar)
1690           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1691           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1692           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1693           ("<f9> w" . widen)
1694
1695           ("<f9> r" . boxquote-region)
1696           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1697
1698           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1699           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1700
1701           ("<f9> v" . visible-mode)
1702           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1703           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1704           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1705           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1706           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1707           ("C-<f10>" . next-buffer)
1708           ("<f11>" . org-clock-goto)
1709           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1710           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1711           ("C-c c" . org-capture))
1712   :config
1713 #+END_SRC
1714 ** Utility Functions
1715 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1716   (defun bh/hide-other ()
1717     (interactive)
1718     (save-excursion
1719       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1720       (hide-other)
1721       (org-cycle)
1722       (org-cycle)
1723       (org-cycle)))
1724
1725   (defun bh/set-truncate-lines ()
1726     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1727     (interactive)
1728     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1729     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1730     (save-excursion
1731       (set-window-start (selected-window)
1732                         (window-start (selected-window)))))
1733
1734   (defun bh/switch-to-scratch ()
1735     (interactive)
1736     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1737
1738   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1739   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1740
1741   ; create function to create headlines in file. This comes from
1742   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1743   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1744     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1745   do not already have one."
1746     (interactive)
1747     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1748   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1749     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1750   (or narrowed region)."
1751     (interactive)
1752     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1753   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1754   ; (add-hook 'org-mode-hook
1755   ;           (lambda ()
1756   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1757 #+END_SRC
1758 ** Org ID locations
1759 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1760 (use-package find-lisp
1761   :ensure t)
1762 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1763       (append '(agenda-archives)
1764               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1765               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1766               ))
1767 #+END_SRC
1768 ** Keywords (TODO)
1769 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1770 (setq org-todo-keywords
1771       (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1772               (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1773
1774 (setq org-todo-keyword-faces
1775       (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1776               ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1777               ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1778               ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1779               ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1780               ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1781               ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1782               ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1783
1784 (setq org-todo-state-tags-triggers
1785       (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1786               ("WAITING" ("WAITING" . t))
1787               ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1788               (done ("WAITING") ("HOLD"))
1789               ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1790               ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1791               ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1792
1793
1794
1795 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1796 ; add ids on creation of nodes
1797 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1798
1799
1800 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1801 ; (setq org-clock-idle-time 10)
1802 ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1803
1804 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1805 ; use C-M-r for org mode capture
1806 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1807
1808 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1809 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1810                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1811
1812 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1813 (setq org-refile-use-outline-path t)
1814
1815 ; Targets complete directly with IDO
1816 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1817
1818 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1819 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1820
1821 ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1822 ; (setq org-completion-use-ido t)
1823 ; (setq ido-everywhere t)
1824 ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1825 ; (ido-mode (quote both))
1826 ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1827 ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1828 ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1829 ; ; Use the current window for indirect buffer display
1830 ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1831
1832
1833 ;;;; Refile settings
1834 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1835 (defun bh/verify-refile-target ()
1836   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1837   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1838
1839 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1840
1841 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1842 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1843 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1844 (require 'org-protocol)
1845 ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1846 (setq my-org-protocol-flag nil)
1847 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1848   "Delete frame at remember finalization"
1849   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1850          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1851 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1852   "Delete frame at remember refile"
1853   (if my-org-protocol-flag
1854       (progn
1855         (setq my-org-protocol-flag nil)
1856         ad-do-it
1857         (delete-frame))
1858     ad-do-it)
1859   )
1860 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1861   "Delete frame at remember abort"
1862   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1863          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1864 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1865   (setq my-org-protocol-flag t))
1866
1867 (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1868   (unless (org-in-item-p)
1869     (org-id-get-create)
1870     )
1871   )
1872
1873 ;; org modules
1874 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1875
1876 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1877 (defun open-mail-in-mutt (message)
1878   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1879
1880 Message can be specified either by a path pointing inside a
1881 Maildir, or by Message-ID."
1882   (interactive "MPath or Message-ID: ")
1883   (shell-command
1884    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1885        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1886
1887 ;; add support for "mutt:ID" links
1888 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1889
1890 (defun my-org-mode-setup ()
1891   ; (load-library "reftex")
1892   (and (buffer-file-name)
1893        (file-exists-p (buffer-file-name))
1894        (progn
1895          ; (reftex-parse-all)
1896          (reftex-set-cite-format
1897           '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1898             (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1899             (?c . "\\cite{%l}")
1900             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1901          ))
1902   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1903   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1904   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1905   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1906   )
1907 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1908
1909 (defun org-mode-reftex-search ()
1910   (interactive)
1911   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1912
1913 (defun open-research-paper (bibtexkey)
1914   "Open a paper by bibtex key"
1915   (interactive "bibtex key: ")
1916   (shell-command
1917    (format "%s %s"
1918        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1919 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1920 (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1921   "Open a paper pdf by bibtex key"
1922   (interactive "bibtex key: ")
1923   (shell-command
1924    (format "%s -p evince_annot %s"
1925        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1926 (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1927
1928 (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1929              '("notes" .
1930                "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1931
1932 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1933 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1934
1935 ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1936 (add-to-list 'org-structure-template-alist
1937              '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1938
1939  ;; stolen from
1940 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1941 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1942   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1943   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1944                    (match-string 1 path)))
1945          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1946     (cond ((eq format 'latex)
1947            (if (or (not desc)
1948                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1949                (format "\\cite{%s}" search)
1950              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1951
1952 (org-add-link-type "rtcite"
1953                    'org-bibtex-open
1954                    'my-rtcite-export-handler)
1955
1956
1957 #+END_SRC
1958 ** Org Mobile Configuration
1959 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1960   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1961   (when (string= system-name "linnode")
1962     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1963   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1964   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1965
1966 #+END_SRC
1967 ** Org iCal Support
1968 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1969   ;; org mode ical export
1970   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1971   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1972   ;; we already add the id manually
1973   (setq org-icalendar-store-UID t)
1974
1975 #+END_SRC
1976 ** General Org Babel Configuration
1977 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1978 ;; org babel support
1979 (org-babel-do-load-languages
1980  'org-babel-load-languages
1981  '((emacs-lisp . t )
1982    (R . t)
1983    (latex . t)
1984    (ditaa . t)
1985    (dot . t)
1986    ))
1987 ;; set the right path to ditaa.jar
1988 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
1989 ;; use graphviz-dot for dot things
1990 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1991 ;; do not indent begin_src blocks
1992 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
1993 ;; org-babel-by-backend
1994 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1995    `(case (if (boundp 'backend)
1996               (org-export-backend-name backend)
1997             nil) ,@body))
1998
1999 (defun my/fix-inline-images ()
2000   (when org-inline-image-overlays
2001     (org-redisplay-inline-images)))
2002
2003 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
2004            'my/fix-inline-images)
2005
2006 #+END_SRC
2007 ** LaTeX configuration
2008    :PROPERTIES:
2009    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
2010    :END:
2011 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2012 (use-package ox-extra
2013   :config
2014   (ox-extras-activate '(ignore-headlines)))
2015 (require 'ox-latex)
2016 (add-to-list 'org-latex-classes
2017          '("memarticle"
2018        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2019        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2020        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2021        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2022        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2023        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2024
2025 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2026 (add-to-list 'org-latex-classes
2027          '("beamer"
2028        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2029 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2030 [PACKAGES]
2031 [EXTRA]"
2032        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2033        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2034        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2035        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2036        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2037
2038 (add-to-list 'org-latex-classes
2039          '("membook"
2040        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2041        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2042        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2043        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2044        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2045
2046 (add-to-list 'org-latex-classes
2047          '("letter"
2048        "\\documentclass[11pt]{letter}
2049 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2050 [PACKAGES]
2051 [EXTRA]"
2052    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2053        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2054        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2055        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2056        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2057
2058 (add-to-list 'org-latex-classes
2059          '("dlacv"
2060        "\\documentclass{dlacv}
2061 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2062 [NO-PACKAGES]
2063 [NO-EXTRA]"
2064        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2065        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2066        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2067        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2068        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2069
2070
2071 (add-to-list 'org-latex-classes
2072          '("dlaresume"
2073        "\\documentclass{dlaresume}
2074 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2075 [NO-PACKAGES]
2076 [NO-EXTRA]"
2077        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2078        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2079        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2080        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2081        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2082
2083
2084 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2085 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2086 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2087
2088 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2089 (setq org-latex-default-packages-alist
2090   '(("" "amsmath" t)
2091     ("" "unicode-math" t)
2092     ))
2093 (setq org-latex-packages-alist
2094   '(("" "graphicx" t)
2095     ("" "fontspec" t)
2096     ("" "xunicode" t)
2097     ("" "hyperref" t)
2098     ("" "url" t)
2099     ("" "rotating" t)
2100     ("" "longtable" nil)
2101     ("" "float" )))
2102
2103 ;; make equations larger
2104 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2105
2106 (defun org-create-formula--latex-header ()
2107   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2108   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2109            (org-export-get-backend 'latex))
2110           (org-export--get-inbuffer-options
2111            (org-export-get-backend 'latex)))))
2112     (org-latex-guess-babel-language
2113      (org-latex-guess-inputenc
2114   (org-splice-latex-header
2115    org-format-latex-header
2116    org-latex-default-packages-alist
2117    nil t
2118    (plist-get info :latex-header)))
2119      info)))
2120
2121
2122 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2123 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2124 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2125                   (headline contents info) activate)
2126   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2127   (setq ad-return-value contents)
2128     ad-do-it))
2129
2130 ;; keep latex logfiles
2131
2132 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2133
2134 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2135 (org-clock-persistence-insinuate)
2136 ;;
2137 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2138 (setq org-clock-history-length 23)
2139 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2140 (setq org-clock-in-resume t)
2141 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2142 ;; there are things like PHONE calls
2143 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2144 ;; Separate drawers for clocking and logs
2145 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2146 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2147 (setq org-clock-into-drawer t)
2148 (setq org-log-into-drawer t)
2149 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2150 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2151 ;; Clock out when moving task to a done state
2152 (setq org-clock-out-when-done t)
2153 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2154 (setq org-clock-persist t)
2155 ;; Do not prompt to resume an active clock
2156 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2157 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2158 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2159 ;; Include current clocking task in clock reports
2160 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2161
2162 ;; the cache seems to be broken
2163 (setq org-element-use-cache nil)
2164
2165 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2166
2167 (defun bh/is-task-p ()
2168   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2169   (save-restriction
2170     (widen)
2171     (let ((has-subtask)
2172           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2173           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2174       (save-excursion
2175         (forward-line 1)
2176         (while (and (not has-subtask)
2177                     (< (point) subtree-end)
2178                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2179           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2180             (setq has-subtask t))))
2181       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2182 (defun bh/is-project-p ()
2183   "Any task with a todo keyword subtask"
2184   (save-restriction
2185     (widen)
2186     (let ((has-subtask)
2187           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2188           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2189       (save-excursion
2190         (forward-line 1)
2191         (while (and (not has-subtask)
2192                     (< (point) subtree-end)
2193                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2194           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2195             (setq has-subtask t))))
2196       (and is-a-task has-subtask))))
2197
2198 (defun bh/is-subproject-p ()
2199   "Any task which is a subtask of another project"
2200   (let ((is-subproject)
2201         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2202     (save-excursion
2203       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2204         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2205           (setq is-subproject t))))
2206     (and is-a-task is-subproject)))
2207
2208
2209 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2210   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2211 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2212 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2213   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2214     (cond
2215      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2216        (bh/is-task-p))
2217   "NEXT")
2218      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2219        (bh/is-project-p))
2220   "TODO"))))
2221
2222 (defun bh/punch-in (arg)
2223   "Start continuous clocking and set the default task to the
2224 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2225 as the default task."
2226   (interactive "p")
2227   (setq bh/keep-clock-running t)
2228   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2229   ;;
2230   ;; We're in the agenda
2231   ;;
2232   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2233          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2234     (if (and (eq arg 4) tags)
2235         (org-agenda-clock-in '(16))
2236       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2237     ;;
2238     ;; We are not in the agenda
2239     ;;
2240     (save-restriction
2241   (widen)
2242   ; Find the tags on the current task
2243   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2244       (org-clock-in '(16))
2245     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2246
2247 (defun bh/punch-out ()
2248   (interactive)
2249   (setq bh/keep-clock-running nil)
2250   (when (org-clock-is-active)
2251     (org-clock-out))
2252   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2253
2254 (defun bh/clock-in-default-task ()
2255   (save-excursion
2256     (org-with-point-at org-clock-default-task
2257   (org-clock-in))))
2258
2259 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2260   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2261   (let ((parent-task))
2262     (save-excursion
2263   (save-restriction
2264     (widen)
2265     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2266       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2267         (setq parent-task (point))))
2268     (if parent-task
2269         (org-with-point-at parent-task
2270       (org-clock-in))
2271       (when bh/keep-clock-running
2272         (bh/clock-in-default-task)))))))
2273
2274 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2275
2276 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2277   (interactive)
2278   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2279     (org-clock-in '(16))))
2280
2281 (defun bh/clock-out-maybe ()
2282   (when (and bh/keep-clock-running
2283          (not org-clock-clocking-in)
2284          (marker-buffer org-clock-default-task)
2285          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2286     (bh/clock-in-parent-task)))
2287
2288 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2289
2290 (require 'org-id)
2291 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2292   "Clock in a task by id"
2293   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2294     (org-clock-in nil)))
2295
2296 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2297   "Clock in the interrupted task if there is one
2298 Skip the default task and get the next one.
2299 A prefix arg forces clock in of the default task."
2300   (interactive "p")
2301   (let ((clock-in-to-task
2302      (cond
2303       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2304       ((and (org-clock-is-active)
2305         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2306        (caddr org-clock-history))
2307       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2308       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2309       (t (car org-clock-history)))))
2310     (widen)
2311     (org-with-point-at clock-in-to-task
2312   (org-clock-in nil))))
2313
2314
2315 (defun org-export-to-ods ()
2316   (interactive)
2317   (let ((csv-file "data.csv"))
2318     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2319     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2320
2321 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2322 ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2323 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2324 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2325
2326 ;; support inserting screen shots
2327 (defun my/org-insert-screenshot ()
2328   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2329 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2330   (interactive)
2331   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2332   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2333     (read-file-name
2334      "Screenshot to insert: "
2335      nil
2336      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2337      )
2338     )
2339   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2340   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2341   (org-display-inline-images))
2342
2343 (defun my/fix-inline-images ()
2344   (when org-inline-image-overlays
2345     (org-redisplay-inline-images)))
2346
2347 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2348
2349 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2350 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2351          '(xelateximagemagick
2352       :programs ("xelatex" "convert")
2353       :description "pdf > png"
2354       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2355       :use-xcolor t
2356       :image-input-type "pdf"
2357       :image-output-type "png"
2358       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2359       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2360       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2361          )
2362 ;; use xelatex by default
2363 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2364
2365 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2366 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2367   "Fix properties drawers in current buffer.
2368  Ignore non Org buffers."
2369   (interactive)
2370   (when (eq major-mode 'org-mode)
2371     (org-with-wide-buffer
2372      (goto-char (point-min))
2373      (let ((case-fold-search t)
2374        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2375                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2376                    "END[ \t]*$"))))
2377    (org-map-entries
2378     (lambda ()
2379       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2380         (save-excursion
2381       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2382         (forward-line)
2383         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2384         (when (and (< (point) end)
2385                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2386                (save-excursion
2387                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2388                   (eq (org-element-type
2389                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2390                   'drawer))))
2391           (insert (delete-and-extract-region
2392                (match-beginning 0)
2393                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2394           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2395
2396 #+END_SRC
2397 ** Org-Gcal
2398 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2399 (use-package calfw
2400   :ensure f
2401   )
2402 (use-package calfw-org
2403   :ensure f
2404   )
2405 (use-package org-gcal
2406   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2407   :ensure f
2408   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2409                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2410             )
2411   )
2412 #+END_SRC
2413 ** appt integration
2414 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2415   (use-package appt
2416     :ensure f
2417     :config
2418     ;; Show notification 10 minutes before event
2419     (setq appt-message-warning-time 10)
2420     ;; Disable multiple reminders
2421     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2422     (setq appt-display-mode-line nil)
2423
2424     ;; add automatic reminders for appointments
2425     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2426       (interactive)
2427       (setq appt-time-msg-list nil)
2428       (org-agenda-to-appt))
2429     ;; add reminders when starting emacs
2430     (my/org-agenda-to-appt)
2431     ;; when rebuilding the agenda
2432     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2433       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2434       (my/org-agenda-to-appt)
2435       )
2436     ;; when saving all org buffers
2437     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2438       "Re-add appts after saving all org buffers"
2439       (my/org-agenda-to-appt))
2440     ;; Display appointments as a window manager notification
2441     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2442     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2443
2444     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2445
2446     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2447       (if (atom min-to-app)
2448       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2449     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2450       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2451                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2452       )
2453     )
2454
2455
2456 #+END_SRC
2457 ** outshine (outlining) integration
2458 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2459 (use-package outshine
2460   :ensure t
2461   :hook (outline-minor-mode . outshine-hook-function)
2462 )
2463 #+END_SRC
2464 ** End use-package
2465 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2466   )
2467 #+END_SRC
2468 * Keybindings
2469 ** Goto line
2470 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2471   (global-unset-key "\M-g")
2472   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2473 #+END_SRC
2474 * Debian
2475 ** debian-changelog
2476 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2477   (use-package debian-changelog-mode
2478     :mode "debian/changelog"
2479     :config
2480     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2481     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2482 #+END_SRC
2483 * Misc (uncharacterized)
2484 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2485   (setq calendar-latitude 38.6)
2486   (setq calendar-longitude -121.5)
2487   (setq case-fold-search t)
2488   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2489   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2490 #+END_SRC
2491 ** Turn on fontlock and icomplete
2492 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2493   (global-font-lock-mode 1)
2494   (icomplete-mode 1)
2495   (setq log-edit-keep-buffer t)
2496 #+END_SRC
2497 ** Set mail User agent
2498 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2499   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2500   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2501 #+END_SRC
2502 ** PS Printing
2503 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2504   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2505   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2506   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2507   (setq ps-line-number-color "blue")
2508   (setq ps-print-footer t)
2509   (setq ps-print-footer-frame nil)
2510   (setq ps-print-only-one-header t)
2511 #+END_SRC
2512 ** Only single spacing on sentences
2513 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2514   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2515   ]*")
2516   (setq sentence-end-double-space nil)
2517   ; enable matching parenthesis
2518 #+END_SRC
2519 ** Display paren mode
2520 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2521   (show-paren-mode 1)
2522   (setq show-paren-delay 0.2)
2523
2524   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2525
2526   ;; switch back to the old primary selection method
2527   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2528   (setq x-select-enable-primary t)
2529   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2530
2531   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2532   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2533
2534   ;; tramp configuration
2535   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2536
2537   (setq-default c-indent-level 4)
2538   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2539   (setq-default c-brace-offset -4)
2540   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2541   (setq-default c-label-offset -4)
2542   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2543   ; tabs are annoying
2544   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2545   (setq-default tab-width 4)
2546
2547
2548   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2549   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2550   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2551   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2552   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2553
2554
2555   (defun insert-date ()
2556     "Insert date at point."
2557     (interactive)
2558     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2559   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2560
2561   (defun unfill-paragraph (arg)
2562     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2563     (interactive "*p")
2564     (let ((fill-column 10000))
2565       (fill-paragraph arg))
2566     )
2567
2568   (column-number-mode t)
2569
2570 #+END_SRC
2571 ** Desktop-save-mode
2572 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2573 emacs, and use a different desktop file to restore history
2574 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2575   (use-package desktop
2576     :demand
2577     :config
2578     (setq desktop-base-file-name
2579           (convert-standard-filename
2580            (concat ".emacs"
2581                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2582                        "")
2583                    ".desktop")
2584            ))
2585     (setq desktop-base-lock-name
2586           (convert-standard-filename
2587            (concat desktop-base-file-name
2588                    ".lock")))
2589     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2590     (setq desktop-restore-eager 5)
2591     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2592     (desktop-save-mode 1)
2593     ; (desktop-read)
2594   )
2595 #+END_SRC
2596 ** Misc (Uncharacterized)
2597 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2598   '(icomplete-mode on)
2599   (custom-set-faces
2600    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2601    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2602    ;; Your init file should contain only one such instance.
2603    ;; If there is more than one, they won't work right.
2604    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2605
2606
2607   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2608   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2609   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2610
2611   ; (defun turn-on-flyspell ()
2612   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2613   ;    (interactive)
2614   ;    (flyspell-mode 1))
2615
2616
2617    ; Outline-minor-mode key map
2618    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2619    ; HIDE
2620    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2621    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2622    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2623    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2624    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2625    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2626    ; SHOW
2627    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2628    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2629    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2630    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2631    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2632    ; MOVE
2633    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2634    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2635    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2636    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2637    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2638    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2639   ; fix up tmux xterm keys
2640   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2641   (defun fix-up-tmux-keys ()
2642       "Fix up tmux xterm keys"
2643       (if (getenv "TMUX")
2644           (progn
2645             (let ((x 2) (tkey ""))
2646               (while (<= x 8)
2647                 ;; shift
2648                 (if (= x 2)
2649                     (setq tkey "S-"))
2650                 ;; alt
2651                 (if (= x 3)
2652                     (setq tkey "M-"))
2653                 ;; alt + shift
2654                 (if (= x 4)
2655                     (setq tkey "M-S-"))
2656                 ;; ctrl
2657                 (if (= x 5)
2658                     (setq tkey "C-"))
2659                 ;; ctrl + shift
2660                 (if (= x 6)
2661                     (setq tkey "C-S-"))
2662                 ;; ctrl + alt
2663                 (if (= x 7)
2664                     (setq tkey "C-M-"))
2665                 ;; ctrl + alt + shift
2666                 (if (= x 8)
2667                     (setq tkey "C-M-S-"))
2668
2669                 ;; arrows
2670                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2671                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2672                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2673                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2674                 ;; home
2675                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2676                 ;; end
2677                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2678                 ;; page up
2679                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2680                 ;; page down
2681                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2682                 ;; insert
2683                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2684                 ;; delete
2685                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2686                 ;; f1
2687                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2688                 ;; f2
2689                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2690                 ;; f3
2691                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2692                 ;; f4
2693                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2694                 ;; f5
2695                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2696                 ;; f6
2697                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2698                 ;; f7
2699                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2700                 ;; f8
2701                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2702                 ;; f9
2703                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2704                 ;; f10
2705                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2706                 ;; f11
2707                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2708                 ;; f12
2709                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2710                 ;; f13
2711                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2712                 ;; f14
2713                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2714                 ;; f15
2715                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2716                 ;; f16
2717                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2718                 ;; f17
2719                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2720                 ;; f18
2721                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2722                 ;; f19
2723                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2724                 ;; f20
2725                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2726
2727                 (setq x (+ x 1))
2728                 ))
2729             )
2730         )
2731       )
2732   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2733
2734   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2735     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2736     (if (or (buffer-modified-p)
2737             (verify-visited-file-modtime)
2738             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2739             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2740         ad-do-it
2741       (clear-visited-file-modtime)
2742       (not-modified)))
2743   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2744 #+END_SRC
2745
2746 * Start Server
2747 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2748   (use-package server
2749     :config
2750     (setq server-name
2751           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2752               "server"))
2753     (unless (server-running-p)
2754       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2755       (server-start)))
2756 #+END_SRC
2757
2758
2759
2760 * END
2761 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2762   (provide 'don-configuration)
2763 #+END_SRC