emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     (setq package-enable-at-startup nil)
  33     (setq package--init-file-ensured t)
  34     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  35     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  36                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  37                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  38     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  39   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  40     (eval-when-compile
  41       (package-initialize)
  42       (unless (package-installed-p 'use-package)
  43         (package-refresh-contents)
  44         (package-install 'use-package))
  45       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  46         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  47         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  48         (nreverse (apply #'nconc
  49                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  50                  (mapcar #'(lambda (path)
  51                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  52                          (list path)
  53                        nil))
  54                      load-path))))))
  55
  56   ;;; fix up info paths for packages
  57   (with-eval-after-load "info"
  58     (info-initialize)
  59     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  60       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  61         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  62                     (not (file-directory-p fdir))
  63                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  64           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  65
  66
  67   (eval-when-compile
  68     (require 'use-package))
  69   (require 'diminish)
  70   (require 'bind-key)
  71 #+END_SRC
  72 ** Paradox
  73 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  74   (use-package paradox
  75     :ensure paradox
  76     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  77     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  78     )
  79 #+END_SRC
  80 * Add library paths
  81
  82 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  83   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  84   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  85 #+END_SRC
  86 * Disable custom-vars
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  89   (setq custom-file "/dev/null")
  90 #+END_SRC
  91 * Misc functions
  92 ** with-library
  93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  94 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
  95 ;; execute conditional code when loading libraries
  96 (defmacro with-library (symbol &rest body)
  97   `(when (require ,symbol nil t)
  98      ,@body))
  99 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 100 #+END_SRC
 101
 102 * Variables
 103 ** Safe Local Variables
 104 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 105   (setq safe-local-variable-values
 106         (quote ((auto-save-default)
 107                 (make-backup-files)
 108                 (cperl-indent-level . 4)
 109                 (indent-level . 4)
 110                 (indent-tabs-mode . f)
 111                 )))
 112 #+END_SRC
 113 * Memory
 114 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 115   (setq global-mark-ring-max 128
 116         mark-ring-max 128
 117         kill-ring-max 128)
 118
 119   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 120     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 121
 122   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 123     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 124
 125   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 126   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 127 #+END_SRC
 128 * Modules
 129 ** Hippie Expand
 130 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 131   (use-package hippie-exp
 132     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 133     )
 134 #+END_SRC
 135 ** Flyspell 🐝
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137   (use-package flyspell
 138     :ensure t
 139     :diminish flyspell-mode 🐝
 140     :config
 141     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 142     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 143     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 144     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 145     :init
 146     (setq ispell-program-name "ispell")
 147     )
 148
 149 #+END_SRC
 150 ** Flymake
 151 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 152   (use-package flymake
 153     :diminish "Φ")
 154 #+end_src
 155
 156 ** Winnermode
 157 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 158   (winner-mode 1)
 159 #+END_SRC
 160 ** Eyebrowse
 161
 162 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 163   (use-package eyebrowse
 164     :ensure t
 165     :diminish eyebrowse-mode
 166     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 167     :config (progn
 168               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 169               (eyebrowse-mode t)
 170
 171               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 172                 (interactive)
 173                 (let ((done nil))
 174                   (dotimes (i 10)
 175                     ;; start at 1 run till 0
 176                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 177                       (when (and (not done)
 178                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 179                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 180                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 181                         (setq done t)
 182                         ))
 183                     )))
 184
 185               ;; I don't use latex-preview-pane
 186               ;; (require 'latex-preview-pane)
 187               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 188               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 189               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 190               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 191               ;;   ;; edit the TeX file.
 192               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 193               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 194
 195               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 196               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 197
 198               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 199               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 200               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 201               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 202               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 203               )
 204     )
 205 #+END_SRC
 206
 207 ** Window handling
 208
 209 *** Splitting
 210 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 211   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 212     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 213     (interactive)
 214     (split-window-vertically)
 215     (other-window 1 nil)
 216     (switch-to-next-buffer))
 217
 218   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 219     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 220     (interactive)
 221     (split-window-horizontally)
 222     (other-window 1 nil)
 223     (switch-to-next-buffer))
 224
 225   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 226   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 227
 228   (setq split-width-threshold  100)
 229   (setq split-height-threshold 60)
 230
 231   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 232     "If there's only one window (excluding any possibly active
 233            minibuffer), then split the current window horizontally."
 234     (if (and (one-window-p t)
 235              (not (active-minibuffer-window))
 236              ( < (frame-width) (frame-height))
 237              )
 238         (let ((split-width-threshold nil))
 239           (split-window-sensibly window))
 240       (split-window-sensibly window)))
 241
 242   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 243   (setq window-combination-resize t)
 244 #+END_SRC
 245
 246 *** Compilation window
 247
 248 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 249 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 250 the former case, if there was no error the window closes
 251 automatically.
 252
 253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 254   (add-to-list 'display-buffer-alist
 255                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 256                  (display-buffer-reuse-window
 257                   display-buffer-in-side-window)
 258                  (reusable-frames . visible)
 259                  (side            . bottom)
 260                  (window-height   . 0.4)))
 261 #+END_SRC
 262
 263 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 264   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 265     ;; If M-x compile exists with a 0
 266     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 267       ;; and delete the *compilation* window
 268       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 269         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 270                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 271                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 272           (delete-window compilation-window))))
 273     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 274     (cons msg code))
 275
 276   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 277   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 278 #+END_SRC
 279
 280 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 281 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 282 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 283 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 284 value, scrolling continues until there is no more output.
 285
 286 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 287   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 288 #+END_SRC
 289
 290 ** Mode line cleaning
 291 *** Diminish
 292 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 293   (use-package diminish
 294     :ensure t)
 295 #+END_SRC
 296
 297 *** Delight
 298 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 299   (use-package delight
 300     :ensure t)
 301 #+END_SRC
 302
 303 ** Jumping
 304 *** Avy
 305 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 306   (use-package avy
 307     :ensure t
 308     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 309            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 310            ("M-g g" . avy-goto-line))
 311     :config (progn (setq avy-background t))
 312     )
 313 #+END_SRC
 314 *** Ace-link (jumping to links)
 315 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 316   (use-package ace-link
 317     :ensure t
 318     ; bind o in most modes
 319     :config (ace-link-setup-default))
 320 #+END_SRC
 321 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 322 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 323   (use-package goto-chg
 324     :ensure t
 325     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 326            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package bm
 332     :ensure t
 333     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 334            ("C-c j b ," . bm-previous)
 335            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 336 #+END_SRC
 337
 338 ** Snippets
 339 *** Yasnippet
 340 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 341   (use-package yasnippet
 342     :ensure t
 343     :diminish yas-minor-mode
 344     :config (progn
 345               (yas-global-mode)
 346               (setq yas-verbosity 1)
 347               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 348               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 349               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 350               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 351                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 352               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 353                                'yas-hippie-try-expand)
 354               (yas-reload-all)
 355               )
 356     )
 357 #+END_SRC
 358 *** Auto-YASnippet
 359 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 360   (use-package auto-yasnippet
 361     :ensure t
 362     :bind (("H-w" . aya-create)
 363            ("H-y" . aya-expand)
 364            )
 365     )
 366 #+END_SRC
 367 ** Company
 368 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 369   (use-package company
 370     :ensure t
 371     :bind (("M-/" . company-complete))
 372     :config
 373     (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 374           company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 375           company-selection-wrap-around t
 376           company-require-match nil
 377           company-dabbrev-ignore-case t
 378           company-dabbrev-ignore-invisible t
 379           company-dabbrev-other-buffers t
 380           company-dabbrev-downcase nil
 381           company-dabbrev-code-everywhere t
 382           company-tooltip-align-annotations t
 383           company-minimum-prefix-length 1
 384           company-global-modes '(not)
 385           company-lighter-base "(C)")
 386     (global-company-mode 1)
 387
 388     (bind-key "C-n"   #'company-select-next company-active-map)
 389     (bind-key "C-p"   #'company-select-previous company-active-map)
 390     ; (bind-key "<tab>" #'company-complete company-active-map)
 391     (bind-key "M-?"   #'company-show-doc-buffer company-active-map)
 392     (bind-key "M-."   #'company-show-location company-active-map)
 393     (bind-key "M-/"   #'company-complete-common org-mode-map)
 394     )
 395 #+END_SRC
 396 *** C/C++
 397 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 398   (use-package company-c-headers
 399     :ensure t
 400     :config (progn
 401               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 402                 "Return the system include path for the current buffer."
 403                 (when ede-object
 404                   (ede-system-include-path ede-object)))
 405
 406               (setq company-c-headers-path-system
 407                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 408
 409               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 410 #+END_SRC
 411 *** Python
 412 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 413 (use-package company-anaconda
 414   :ensure t
 415   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 416 #+END_SRC
 417 *** Perl
 418 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 419   (use-package company-plsense
 420     :ensure t
 421     )
 422 #+END_SRC
 423 *** LaTeX
 424 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 425   (use-package company-math
 426     :ensure t)
 427 #+END_SRC
 428 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 429   (use-package company-auctex
 430     :ensure t
 431     :config (progn
 432               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 433                 "company-auctex-labels backend"
 434                 (interactive (list 'interactive))
 435                 (case command
 436                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 437                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 438                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 439
 440               (add-to-list 'company-backends
 441                            '(company-auctex-macros
 442                              company-auctex-environments
 443                              company-math-symbols-unicode
 444                              company-math-symbols-latex))
 445
 446               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 447               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 448               )
 449     )
 450 #+END_SRC
 451 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 452   (use-package company-bibtex
 453     :ensure t
 454     )
 455 #+END_SRC
 456 *** Shell
 457
 458  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 459    (use-package company-shell
 460      :ensure t
 461      :config (progn
 462                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 463                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 464  #+END_SRC
 465
 466 *** YaSnippet
 467
 468  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 469
 470  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 471
 472  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 473    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 474      "Enable yasnippet for all backends.")
 475
 476    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 477      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 478              (and (listp backend)
 479                   (member 'company-yasnippet backend)))
 480          backend
 481        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 482                '(:with company-yasnippet))))
 483
 484    (setq company-backends
 485          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 486  #+END_SRC
 487
 488 *** All the words
 489
 490  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 491
 492  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 493    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 494      (interactive)
 495      (cond
 496       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 497        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 498        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 499        (message "company-ispell disabled"))
 500       (t
 501        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 502        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 503        (message "company-ispell enabled!"))))
 504
 505    (defun malb/company-ispell-setup ()
 506      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 507      (when (boundp 'company-backends)
 508        (make-local-variable 'company-backends)
 509        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 510        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 511        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 512        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 513                 ispell-alternate-dictionary)
 514            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 515  #+END_SRC
 516
 517 *** Tab DWIM
 518
 519  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 520
 521  2. This function then hopefully does what I want:
 522
 523     a. if a region is active, just indent
 524     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 525     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 526     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 527
 528  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 529
 530 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 531   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 532     (interactive "P")
 533     (cond
 534      ;; if a region is active, indent
 535      ((use-region-p)
 536       (indent-region (region-beginning)
 537                      (region-end)))
 538      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 539      ((and (not (active-minibuffer-window))
 540            (or (looking-at " ")
 541                (looking-at "$"))
 542            (looking-back "[^[:space:]]")
 543            (not (looking-back "^")))
 544
 545       (cond (company-mode (company-complete-common))
 546             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 547
 548      ;; no whitespace anywhere
 549      ((and (not (active-minibuffer-window))
 550            (looking-at "[^[:space:]]")
 551            (looking-back "[^[:space:]]")
 552            (not (looking-back "^")))
 553       (cond
 554        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 555         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 556        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 557         (save-excursion (outline-cycle)))))
 558
 559      ;; by default just call whatever was bound
 560      (t
 561       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 562                     'indent-for-tab-command)))
 563         (if (not (called-interactively-p 'any))
 564             (fn arg)
 565           (setq this-command fn)
 566           (call-interactively fn))))))
 567
 568   (defun malb/toggle-fold ()
 569     (interactive)
 570     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 571            (org-force-cycle-archived))
 572           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 573            (save-excursion
 574              (end-of-line)
 575              (hs-toggle-hiding)))
 576
 577           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 578            (save-excursion
 579              (outline-cycle)))))
 580
 581   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 582   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 583 #+END_SRC
 584 ** Tinyprocmail
 585
 586 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 587   ;; load tinyprocmail
 588   (use-package tinyprocmail
 589     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 590     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 591     )
 592 #+END_SRC
 593
 594 ** Magit
 595 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 596   (use-package magit
 597     :ensure t
 598     :bind (("C-x g" . magit-status)
 599            ("C-x C-g" . magit-status))
 600     :config
 601     ;; refine diffs always (hilight words)
 602     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 603     )
 604   (use-package magit-annex
 605     :ensure t
 606     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 607     )
 608   (use-package magit-vcsh
 609     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 610     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 611     )
 612 #+END_SRC
 613
 614 ** Perl
 615 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 616   (use-package cperl-mode
 617     :config
 618     (progn
 619       ;; Use c-mode for perl .xs files
 620       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 621       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 622       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 623       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 624       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 625       (setq cperl-hairy t
 626             cperl-indent-level 4
 627             cperl-auto-newline nil
 628             cperl-auto-newline-after-colon nil
 629             cperl-continued-statement-offset 4
 630             cperl-brace-offset -1
 631             cperl-continued-brace-offset 0
 632             cperl-label-offset -4
 633             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 634             cperl-electric-lbrace-space nil
 635             cperl-indent-parens-as-block nil
 636             cperl-close-paren-offset -1
 637             cperl-tab-always-indent t)
 638       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 639   ))
 640 #+END_SRC
 641
 642 ** Markdown mode
 643 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 644   (use-package markdown-mode
 645     :ensure t
 646     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 647            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 648            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 649            )
 650     :config
 651     (setq markdown-enable-math t)
 652     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 653     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 654     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 655     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 656     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 657   )
 658
 659 #+END_SRC
 660 ** SQL mode
 661 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 662   ; load sql-indent when sql is loaded
 663 (use-package sql
 664   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 665   :config
 666   (require sql-indent))
 667 #+END_SRC
 668 ** Ediff
 669 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 670   (use-package ediff
 671     :commands ediff ediff3
 672     :ensure f
 673     :config
 674     ;; ediff configuration
 675     ;; don't use the multi-window configuration
 676     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 677   )
 678 #+END_SRC
 679 ** VCL --editing varnish configuration files
 680 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 681   (use-package vcl-mode
 682     :ensure t
 683     :mode "\\.vcl\\'"
 684     )
 685
 686 #+END_SRC
 687 ** Helm
 688 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 689   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 690     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 691     (interactive)
 692     (unless helm-source-buffers-list
 693       (setq helm-source-buffers-list
 694             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 695     (helm-other-buffer
 696      (append
 697
 698      (if (projectile-project-p)
 699           '(helm-source-projectile-buffers-list
 700             helm-source-buffers-list)
 701         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 702
 703       `(((name . "Virtual Workspace")
 704          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 705                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 706          (action . (lambda (candidate)
 707                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 708
 709       (if (projectile-project-p)
 710           '(helm-source-projectile-recentf-list
 711             helm-source-recentf)
 712         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 713
 714       ;; always make some common files easily accessible
 715       ;;'(((name . "Common Files")
 716        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 717         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 718
 719       '(helm-source-files-in-current-dir
 720         helm-source-locate
 721         helm-source-bookmarks
 722         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 723         ))
 724      "*Helm all the things*"))
 725   (use-package helm
 726     :ensure helm
 727     :diminish helm-mode
 728     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 729            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 730            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 731            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 732            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 733     :config
 734     (require 'helm-config)
 735     (require 'helm-for-files)
 736     (require 'helm-bookmark)
 737
 738     (helm-mode 1)
 739     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 740     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 741     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 742     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 743     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 744       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 745       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 746     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 747   )
 748 #+END_SRC
 749 *** Helm Flx
 750
 751  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 752
 753  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 754  (use-package helm-flx
 755    :ensure t
 756    :config (progn
 757              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 758              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 759                    helm-bookmark-show-location           t
 760                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 761                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 762                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 763                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 764                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 765                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 766                    helm-quick-update                     t
 767                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 768                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 769              (helm-flx-mode +1)))
 770  #+END_SRC
 771 *** Helm Swoop
 772 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 773
 774   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 775   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 776     (thing-at-point 'symbol))
 777     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 778     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 779           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 780           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 781           ein:notebook-multilang-mode))
 782
 783     (defun malb/swoop-or-search ()
 784       (interactive)
 785       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 786               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 787           (isearch-forward)
 788         (helm-swoop)))
 789
 790     (use-package helm-swoop
 791       :ensure t
 792       :commands helm-swoop
 793       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 794              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 795              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 796       :config (progn
 797
 798                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 799                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 800                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 801                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 802                       helm-swoop-speed-or-color t)
 803
 804                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 805                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 806                   (interactive)
 807                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 808                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 809                           (previous-history-element 1)
 810                         (helm-next-line))
 811                     (helm-next-line)))
 812
 813                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 814                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 815                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 816                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 817                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 818                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 819       )
 820
 821 #+END_SRC
 822 *** Helm Ag
 823 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 824 (use-package helm-ag
 825   :ensure t
 826   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 827                 helm-ag-command-option "--all-text"
 828                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 829                 helm-ag-fuzzy-match t
 830                 helm-ag-use-temp-buffer t
 831                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 832                 helm-ag-use-agignore t))
 833 #+END_SRC
 834 *** Helm Descbinds
 835 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 836   (use-package helm-descbinds
 837     :ensure t
 838     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 839     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 840 #+END_SRC
 841
 842 *** Helm YaSnippet
 843 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 844   (use-package helm-c-yasnippet
 845     :ensure t
 846     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 847     :config (progn
 848               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 849 #+END_SRC
 850 *** Helm Org Rifle
 851 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 852   (use-package helm-org-rifle
 853     :ensure t
 854     :config (progn
 855               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 856                 (interactive "p")
 857                 (let ((current-prefix-arg nil))
 858                   (cond
 859                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 860                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 861                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 862 #+END_SRC
 863 *** Helm Google
 864 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 865 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 866   (use-package helm-google
 867     :ensure t
 868     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 869     :config
 870     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 871                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 872                                          (let ((url
 873                                                 (replace-regexp-in-string
 874                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 875                                                  "\\1" candidate)))
 876                                            (kill-new url))))
 877                         t
 878                         )
 879
 880            (add-to-list 'helm-google-actions
 881                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 882                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 883                                                      (url
 884                                                       (replace-regexp-in-string
 885                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 886                                                        "\\1" candidate)))
 887                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 888                         t)
 889            ))
 890 #+END_SRC
 891
 892 ** Projectile -- Project management
 893 #+begin_src emacs-lisp
 894   (use-package projectile
 895     :ensure t
 896     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 897            ("<f6>" . next-error))
 898     :config (progn
 899               (use-package magit :ensure t)
 900               (require 'helm-projectile)
 901               (helm-projectile-on)
 902
 903               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 904                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 905                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 906
 907               (projectile-global-mode)))
 908 #+end_src
 909
 910 *** helm integration
 911 #+begin_src emacs-lisp
 912   (use-package helm-projectile
 913     :ensure t
 914     :config (progn
 915               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 916                 (helm-build-dummy-source
 917                     "Create file"
 918                   :action 'find-file))
 919
 920               (add-to-list
 921                'helm-projectile-sources-list
 922                malb/helm-source-file-not-found t)
 923
 924               (helm-delete-action-from-source
 925                "Grep in projects `C-s'"
 926                helm-source-projectile-projects)
 927
 928               (helm-add-action-to-source
 929                "Grep in projects `C-s'"
 930                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 931 #+end_src
 932 ** Zap to char
 933 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 934   (use-package avy-zap
 935     :ensure t
 936     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 937 #+END_SRC
 938 ** Hydra
 939 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 940   (use-package hydra
 941     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 942            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 943            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 944            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 945            )
 946     :config
 947     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 948     "
 949   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 950   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 951   _p_: read papers      _R_: paper notes
 952   _h_: hpcbio
 953   _q_: quit
 954   _z_: quit
 955   "
 956     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 957     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 958     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 959     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 960     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 961     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 962     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 963     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 964     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 965     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 966     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 967     ("q" nil "quit")
 968     ("z" nil "quit")
 969     )
 970
 971     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 972     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 973     "
 974   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 975   ^^^^^^------------------------------------------------------
 976   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 977   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 978   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
 979   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
 980   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
 981   _d_: subtree
 982
 983   "
 984     ;; Hide
 985     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 986     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 987     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
 988     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
 989     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 990     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 991     ;; Show
 992     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
 993     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
 994     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 995     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 996     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 997     ;; Move
 998     ("u" outline-up-heading)                ; Up
 999     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1000     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1001     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1002     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1003     ("z" nil "leave"))
1004   )
1005 #+END_SRC
1006
1007 ** Tramp
1008 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1009   (use-package tramp
1010     :config
1011     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1012                                   (tramp-login-program "vcsh")
1013                                   (tramp-login-args
1014                                    (("enter")
1015                                     ("%h")))
1016                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1017                                   (tramp-remote-shell-args
1018                                    ("-c")))))
1019 #+END_SRC
1020 ** Reftex
1021 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1022   (use-package reftex
1023     :ensure t
1024     :config
1025     (setq-default reftex-default-bibliography
1026                     '("~/projects/research/references.bib")))
1027 #+END_SRC
1028 ** BibTex
1029 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1030   (use-package bibtex
1031     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1032                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1033                           ("abstract" "")
1034                   ("pmid" "")
1035                   ("doi" ""))))
1036     )
1037
1038 #+END_SRC
1039 ** LaTeX
1040 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1041   (use-package tex
1042     :defer t
1043     :ensure auctex
1044     :config
1045     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1046     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1047     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1048     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1049     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1050     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1051     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1052     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1053     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1054     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1055     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1056
1057     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1058     ;; support fake section headers
1059     (setq TeX-outline-extra
1060           '(("%chapter" 1)
1061             ("%section" 2)
1062             ("%subsection" 3)
1063             ("%subsubsection" 4)
1064             ("%paragraph" 5)))
1065     ;; add font locking to the headers
1066     (font-lock-add-keywords
1067      'latex-mode
1068      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1069         0 'font-lock-keyword-face t)
1070        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1071        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1072        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1073        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1074        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1075
1076     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1077     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1078     (setq TeX-open-quote "“")
1079     (setq TeX-close-quote "”")
1080
1081     ;; (TeX-add-style-hook
1082     ;;  "latex"
1083     ;;  (lambda ()
1084     ;;    (TeX-add-symbols
1085     ;;     '("DLA" 1))))
1086     ;; (custom-set-variables
1087     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1088     ;;    '(("fixme"
1089     ;;       ("DLA" "RZ")
1090     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1091     ;; )
1092     (setq-default TeX-parse-self t)
1093     (setq-default TeX-auto-save t)
1094     (setq-default TeX-master nil)
1095     (eval-after-load
1096         "latex"
1097       '(TeX-add-style-hook
1098         "cleveref"
1099         (lambda ()
1100           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1101               (add-to-list
1102                'reftex-ref-style-alist
1103                '("Cleveref" "cleveref"
1104                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1105           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1106           (TeX-add-symbols
1107            '("cref" TeX-arg-ref)
1108            '("Cref" TeX-arg-ref)
1109            '("cpageref" TeX-arg-ref)
1110            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1111     (eval-after-load
1112         "latex"
1113       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1114                     '("Sexpr")))
1115
1116     (use-package font-latex
1117       :config
1118       (setq font-latex-match-reference-keywords
1119             '(
1120               ("fref" "{")
1121               ("Fref" "{")
1122               ("citep" "{")
1123               ("citet" "{")
1124               ("acs" "{")
1125               ("acsp" "{")
1126               ("ac" "{")
1127               ("acp" "{")
1128               ("acl" "{")
1129               ("aclp" "{")
1130               ("acsu" "{")
1131               ("aclu" "{")
1132               ("acused" "{")
1133               ("DLA" "{")
1134               ("RZ" "{")
1135               ("OM" "{")
1136               ("DL" "{")
1137               ("fixme" "{"))
1138             )
1139       )
1140     (setq font-latex-fontify-script nil)
1141     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1142     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1143   )
1144
1145 #+END_SRC
1146 ** ESS
1147 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1148   (use-package ess
1149     :ensure t
1150     :commands R
1151     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1152     :bind (:map ess-mode-map
1153                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1154     :init
1155     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1156     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1157     :config
1158     ; actually load the rest of ess
1159     (require 'ess-site)
1160     (defun ess-change-directory (path)
1161       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1162       (interactive "Directory to change to: ")
1163
1164       (when (file-exists-p path)
1165         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1166         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1167         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1168     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1169     ;; outlining support for ess modes
1170     (add-hook
1171      'ess-mode-hook
1172      '(lambda ()
1173         (outline-minor-mode)
1174         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1175         (defun outline-level ()
1176           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1177                 ((looking-at "^#### ") 2)
1178                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1179                 (t 1000)))
1180         ))
1181     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1182       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1183       (interactive "r")
1184       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1185       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1186     ;; Don't restore history or save workspace image
1187     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1188     )
1189 #+END_SRC
1190
1191 ** Rainbowmode
1192 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1193
1194 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1195   (use-package rainbow-mode
1196     ;; add ess to the x major mode
1197     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1198     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1199   )
1200 #+END_SRC
1201
1202 ** Polymode
1203 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1204   (use-package polymode
1205     :config
1206     (use-package poly-R)
1207     (use-package poly-noweb)
1208     (use-package poly-markdown)
1209     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1210     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1211     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1212     )
1213 #+END_SRC
1214
1215 ** Outlining
1216 *** Outline magic
1217 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1218   (use-package outline-magic)
1219 #+END_SRC
1220 *** Outline mode
1221 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1222 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1223 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1224 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1225 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1226 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1227
1228 #+END_SRC
1229 ** Writeroom Mode
1230 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1231   (use-package writeroom-mode
1232     :config
1233     (defun my/writing-mode ()
1234       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1235       (interactive)
1236       (if writeroom-mode
1237           (progn
1238             (writeroom-mode -1)
1239             (visual-line-mode -1)
1240             (auto-fill-mode -1)
1241             (visual-fill-column-mode -1)
1242             )
1243         (visual-line-mode 1)
1244         (auto-fill-mode 1)
1245         (visual-fill-column-mode 1)
1246         (writeroom-mode 1))
1247       )
1248     )
1249 #+END_SRC
1250 ** GhostText/Atomic Chrome
1251 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1252   (use-package atomic-chrome
1253     :config
1254     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1255     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1256     )
1257 #+END_SRC
1258 ** Multiple Cursors
1259    :PROPERTIES:
1260    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1261    :END:
1262 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1263 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1264   (use-package multiple-cursors
1265     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1266             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1267             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1268             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1269     )
1270 #+END_SRC
1271 ** Web Mode
1272 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1273   (use-package web-mode
1274     :config
1275     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1276     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1277     (setq web-mode-engines-alist
1278           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1279     )
1280 #+END_SRC
1281 ** Spamassassin Mode
1282 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1283   (use-package spamassassin-mode
1284     :commands spamassassin-mode
1285     :ensure f
1286     )
1287 #+END_SRC
1288 ** Password Store
1289 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1290   (use-package password-store
1291     :ensure f
1292     :commands password-store-edit password-store-generate
1293     )
1294 #+END_SRC
1295 ** CSS mode
1296 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1297   (use-package css
1298     :mode "\\.css'"
1299     :config
1300     ;; fix up css mode to not be silly
1301     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1302     (setq cssm-indent-level 4)
1303     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1304     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1305     (setq cssm-mirror-mode nil))
1306 #+END_SRC
1307 ** Abbrev Mode
1308 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1309   (use-package abbrev
1310     :diminish abbrev-mode
1311     :config
1312     ;; load abbreviations from
1313     (setq abbrev-file-name
1314           "~/.emacs_abbrev_def")
1315
1316     ;; read the abbrev file if it exists
1317     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1318         (quietly-read-abbrev-file))
1319
1320     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1321     (setq default-abbrev-mode t))
1322 #+END_SRC
1323
1324 * Email
1325 ** Mutt
1326 *** Message-mode
1327 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1328   (use-package message
1329     :ensure f
1330     :diminish (message "✉")
1331     :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1332     :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1333     :hook 'my/message-mode-settings
1334     :hook 'turn-on-flyspell
1335     :bind (:map message-mode-map
1336         ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1337     :delight (message-mode "✉")
1338     :config
1339     (defun my/message-mode-settings ()
1340       (font-lock-add-keywords nil
1341                   '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1342                  (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1343                 ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1344                  (0 'message-double-quoted-text-face))))
1345       )
1346
1347     (defun my/post-attach-file ()
1348       "Prompt for an attachment."
1349       (interactive)
1350       (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1351         (my/header-attach-file file "")))
1352
1353     (defun my/header-attach-file (file description)
1354       "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1355     Argument DESCRIPTION MIME description."
1356       (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1357       (when (> (length file) 0)
1358     (save-excursion
1359       (save-match-data
1360         (save-restriction
1361           (widen)
1362           (goto-char (point-min))
1363           (search-forward-regexp "^$")
1364           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1365                   description "\n"))
1366           (message (concat "Attached '" file "'."))
1367           (setq post-has-attachment t))))))
1368
1369     (setq mail-yank-prefix "> ")
1370   )
1371 #+END_SRC
1372 *** Muttrc mode
1373 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1374   (use-package muttrc-mode
1375     :mode "muttngrc"
1376     :mode "muttrc"
1377   )
1378
1379 #+END_SRC
1380 * Base emacs
1381 ** Reverting buffers
1382 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1383   (use-package autorevert
1384     :diminish auto-revert-mode
1385     :config
1386     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1387           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1388           auto-revert-verbose nil)
1389     (global-auto-revert-mode 1))
1390 #+END_SRC
1391 * Org Mode
1392 ** Use-package and load things
1393 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1394
1395   (use-package org
1396     :delight (org-mode "ø")
1397     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1398     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1399            ("C-c a"  . org-agenda)
1400            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1401 #+END_SRC
1402 ** Agenda Configuration
1403 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1404   :config
1405   (setq-default org-log-done 'time)
1406   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1407
1408   (setq org-agenda-sticky t)
1409   (defun dla/show-org-agenda ()
1410     (interactive)
1411     (let (agendabuffer
1412           '(delq nil
1413                 (mapcar (lambda (x)
1414                           (and (string-match-p
1415                                 "\*Org Agenda.*\*"
1416                                 (buffer-name x))
1417                                x)
1418                           )
1419                         (buffer-list))))
1420       (if agendabuffer
1421           (switch-to-buffer
1422            (buffer-name agendabuffer))
1423         (org-agenda-list)))
1424       (delete-other-windows))
1425
1426   ;; agenda configuration
1427   ;; Do not dim blocked tasks
1428   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1429   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1430   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1431
1432   ;; Compact the block agenda view
1433   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1434
1435   ;; Custom agenda command definitions
1436   (setq org-agenda-custom-commands
1437         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1438                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1439                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1440                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1441                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1442                   (org-agenda-sorting-strategy
1443                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1444                 (" " "Agenda"
1445                  ((agenda "" nil)
1446                   (tags "REFILE"
1447                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1448                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1449                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1450                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1451                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1452                               (org-agenda-sorting-strategy
1453                                '(category-keep))))
1454                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1455                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1456                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1457                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1458                               (org-agenda-sorting-strategy
1459                                '(category-keep))))
1460                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1461                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1462                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1463                                                                         ""
1464                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1465                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1466                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1467                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1468                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1469                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1470                               (org-agenda-sorting-strategy
1471                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1472                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1473                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1474                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1475                                                                         ""
1476                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1477                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1478                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1479                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1480                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1481                               (org-agenda-sorting-strategy
1482                                '(category-keep))))
1483                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1484                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1485                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1486                                                                         ""
1487                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1488                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1489                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1490                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1491                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1492                               (org-agenda-sorting-strategy
1493                                '(category-keep))))
1494                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1495                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1496                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1497                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1498                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1499                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1500                   (tags "-REFILE/"
1501                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1502                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1503                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1504                  nil))))
1505
1506   ; org mode agenda files
1507   (setq org-agenda-files
1508         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1509             "~/projects/org-notes/notes.org"
1510             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1511             "~/projects/org-notes/refile.org"
1512             "~/projects/org-notes/diary.org"
1513             "~/projects/org-notes/ool.org"
1514             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1515             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1516             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1517             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1518             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1519             "~/projects/org-notes/laurel.org"
1520             "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
1521             "~/org-mode/from-mobile.org"
1522             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1523
1524   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1525   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1526   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1527   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1528   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1529   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1530   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1531   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1532   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1533   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1534   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1535     (interactive "P")
1536     (with-temp-buffer
1537       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1538         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1539         (goto-char (point-max))
1540         (newline))
1541       (write-file "/tmp/timeline.org")
1542       (org-agenda arg "L")))
1543   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1544
1545 #+END_SRC
1546 ** General config
1547 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1548   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1549   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1550
1551   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1552   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1553 #+END_SRC
1554 ** Capture Templates
1555 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1556   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1557         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1558            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1559           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1560            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1561           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1562            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1563           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1564            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1565           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1566            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1567           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1568            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1569           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1570            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1571           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1572            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1573           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1574            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1575           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1576            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1577           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1578            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1579            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1580                                        "Jobs"
1581                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1582            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1583           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1584            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1585           )
1586         )
1587
1588   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1589   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1590     (interactive)
1591     (save-excursion
1592       (beginning-of-line 0)
1593       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1594
1595   (defun my/org-add-id ()
1596     (interactive)
1597     (save-excursion
1598       (if (org-current-level)
1599           ()
1600         (forward-char 1)
1601         )
1602       (org-id-get-create)
1603       )
1604   )
1605
1606 #+END_SRC
1607 ** Org mode key bindings
1608 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1609   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1610   ;; Custom Key Bindings
1611   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1612           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1613           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1614           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1615           ("<f12>" . org-agenda)
1616           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1617           ("<S-f5>" . bh/widen)
1618           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1619           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1620           ("<f9> <f9>" . org-agenda)
1621           ("<f9> b" . bbdb)
1622           ("<f9> c" . calendar)
1623           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1624           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1625           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1626           ("<f9> w" . widen)
1627
1628           ("<f9> r" . boxquote-region)
1629           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1630
1631           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1632           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1633
1634           ("<f9> v" . visible-mode)
1635           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1636           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1637           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1638           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1639           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1640           ("C-<f10>" . next-buffer)
1641           ("<f11>" . org-clock-goto)
1642           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1643           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1644           ("C-c c" . org-capture))
1645   :config
1646 #+END_SRC
1647 ** Utility Functions
1648 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1649   (defun bh/hide-other ()
1650     (interactive)
1651     (save-excursion
1652       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1653       (hide-other)
1654       (org-cycle)
1655       (org-cycle)
1656       (org-cycle)))
1657
1658   (defun bh/set-truncate-lines ()
1659     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1660     (interactive)
1661     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1662     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1663     (save-excursion
1664       (set-window-start (selected-window)
1665                         (window-start (selected-window)))))
1666
1667   (defun bh/switch-to-scratch ()
1668     (interactive)
1669     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1670
1671   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1672   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1673
1674   ; create function to create headlines in file. This comes from
1675   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1676   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1677     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1678   do not already have one."
1679     (interactive)
1680     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1681   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1682     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1683   (or narrowed region)."
1684     (interactive)
1685     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1686   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1687   ; (add-hook 'org-mode-hook
1688   ;           (lambda ()
1689   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1690 #+END_SRC
1691 ** Keywords (TODO)
1692 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1693   (setq org-todo-keywords
1694         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1695                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1696
1697   (setq org-todo-keyword-faces
1698         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1699                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1700                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1701                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1702                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1703                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1704                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1705                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1706
1707   (setq org-todo-state-tags-triggers
1708         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1709                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1710                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1711                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1712                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1713                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1714                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1715
1716
1717
1718   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1719   ; add ids on creation of nodes
1720   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1721
1722
1723   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1724   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1725   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1726
1727   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1728   ; use C-M-r for org mode capture
1729   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1730
1731   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1732   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1733                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1734
1735   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1736   (setq org-refile-use-outline-path t)
1737
1738   ; Targets complete directly with IDO
1739   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1740
1741   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1742   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1743
1744   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1745   ; (setq org-completion-use-ido t)
1746   ; (setq ido-everywhere t)
1747   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1748   ; (ido-mode (quote both))
1749   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1750   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1751   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1752   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1753   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1754
1755
1756   ;;;; Refile settings
1757   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1758   (defun bh/verify-refile-target ()
1759     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1760     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1761
1762   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1763
1764   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1765   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1766   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1767   (require 'org-protocol)
1768   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1769   (setq my-org-protocol-flag nil)
1770   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1771     "Delete frame at remember finalization"
1772     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1773            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1774   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1775     "Delete frame at remember refile"
1776     (if my-org-protocol-flag
1777         (progn
1778           (setq my-org-protocol-flag nil)
1779           ad-do-it
1780           (delete-frame))
1781       ad-do-it)
1782     )
1783   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1784     "Delete frame at remember abort"
1785     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1786            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1787   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1788     (setq my-org-protocol-flag t))
1789
1790   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1791     (unless (org-in-item-p)
1792       (org-id-get-create)
1793       )
1794     )
1795
1796   ;; org modules
1797   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1798
1799   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1800   (defun open-mail-in-mutt (message)
1801     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1802
1803   Message can be specified either by a path pointing inside a
1804   Maildir, or by Message-ID."
1805     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1806     (shell-command
1807      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1808          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1809
1810   ;; add support for "mutt:ID" links
1811   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1812
1813   (defun my-org-mode-setup ()
1814     ; (load-library "reftex")
1815     (and (buffer-file-name)
1816          (file-exists-p (buffer-file-name))
1817          (progn
1818            ; (reftex-parse-all)
1819            (reftex-set-cite-format
1820             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1821               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1822               (?c . "\\cite{%l}")
1823               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1824            ))
1825     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1826     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1827     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1828     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1829     )
1830   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1831
1832   (defun org-mode-reftex-search ()
1833     (interactive)
1834     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1835
1836   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1837     "Open a paper by bibtex key"
1838     (interactive "bibtex key: ")
1839     (shell-command
1840      (format "%s %s"
1841          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1842   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1843   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1844     "Open a paper pdf by bibtex key"
1845     (interactive "bibtex key: ")
1846     (shell-command
1847      (format "%s -p evince_annot %s"
1848          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1849   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1850
1851   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1852                '("notes" .
1853                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1854
1855   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1856   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1857
1858   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1859   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1860                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1861
1862    ;; stolen from
1863   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1864   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1865     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1866     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1867                      (match-string 1 path)))
1868            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1869       (cond ((eq format 'latex)
1870              (if (or (not desc)
1871                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1872                  (format "\\cite{%s}" search)
1873                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1874
1875   (org-add-link-type "rtcite"
1876                      'org-bibtex-open
1877                      'my-rtcite-export-handler)
1878
1879
1880 #+END_SRC
1881 ** Org Mobile Configuration
1882 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1883   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1884   (when (string= system-name "linnode")
1885     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1886   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1887   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1888
1889 #+END_SRC
1890 ** Org iCal Support
1891 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1892   ;; org mode ical export
1893   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1894   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1895   ;; we already add the id manually
1896   (setq org-icalendar-store-UID t)
1897
1898 #+END_SRC
1899 ** General Org Babel Configuration
1900 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1901   ;; org babel support
1902   (org-babel-do-load-languages
1903    'org-babel-load-languages
1904    '((emacs-lisp . t )
1905      (R . t)
1906      (latex . t)
1907      (ditaa . t)
1908      (dot . t)
1909      ))
1910   ;; use graphviz-dot for dot things
1911   (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1912   ;; org-babel-by-backend
1913   (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1914      `(case (if (boundp 'backend)
1915                 (org-export-backend-name backend)
1916               nil) ,@body))
1917
1918   (defun my/fix-inline-images ()
1919     (when org-inline-image-overlays
1920       (org-redisplay-inline-images)))
1921
1922   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1923              'my/fix-inline-images)
1924
1925 #+END_SRC
1926 ** LaTeX configuration
1927    :PROPERTIES:
1928    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1929    :END:
1930 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1931   (require 'ox-latex)
1932   (add-to-list 'org-latex-classes
1933            '("memarticle"
1934          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1935          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1936          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1937          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1938          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1939          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1940
1941   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1942   (add-to-list 'org-latex-classes
1943            '("beamer"
1944          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1945   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1946   [PACKAGES]
1947   [EXTRA]"
1948          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1949          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1950          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1951          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1952          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1953
1954   (add-to-list 'org-latex-classes
1955            '("membook"
1956          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1957          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1958          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1959          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1960          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1961
1962   (add-to-list 'org-latex-classes
1963            '("letter"
1964          "\\documentclass[11pt]{letter}
1965   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1966   [PACKAGES]
1967   [EXTRA]"
1968      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1969          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1970          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1971          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1972          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1973
1974   (add-to-list 'org-latex-classes
1975            '("dlacv"
1976          "\\documentclass{dlacv}
1977   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1978   [NO-PACKAGES]
1979   [NO-EXTRA]"
1980          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1981          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1982          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1983          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1984          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1985
1986
1987   (add-to-list 'org-latex-classes
1988            '("dlaresume"
1989          "\\documentclass{dlaresume}
1990   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1991   [NO-PACKAGES]
1992   [NO-EXTRA]"
1993          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1994          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1995          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1996          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1997          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1998
1999
2000   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2001   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2002   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2003
2004   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2005   (setq org-latex-default-packages-alist
2006     '(("" "amsmath" t)
2007       ("" "unicode-math" t)
2008       ))
2009   (setq org-latex-packages-alist
2010     '(("" "graphicx" t)
2011       ("" "fontspec" t)
2012       ("" "xunicode" t)
2013       ("" "hyperref" t)
2014       ("" "url" t)
2015       ("" "rotating" t)
2016       ("" "longtable" nil)
2017       ("" "float" )))
2018
2019   ;; make equations larger
2020   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2021
2022   (defun org-create-formula--latex-header ()
2023     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2024     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2025              (org-export-get-backend 'latex))
2026             (org-export--get-inbuffer-options
2027              (org-export-get-backend 'latex)))))
2028       (org-latex-guess-babel-language
2029        (org-latex-guess-inputenc
2030     (org-splice-latex-header
2031      org-format-latex-header
2032      org-latex-default-packages-alist
2033      nil t
2034      (plist-get info :latex-header)))
2035        info)))
2036
2037
2038   ; support ignoring headers in org mode export to latex
2039   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2040   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2041                     (headline contents info) activate)
2042     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2043     (setq ad-return-value contents)
2044       ad-do-it))
2045
2046   ;; keep latex logfiles
2047
2048   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2049
2050   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2051   (org-clock-persistence-insinuate)
2052   ;;
2053   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2054   (setq org-clock-history-length 23)
2055   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2056   (setq org-clock-in-resume t)
2057   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2058   ;; there are things like PHONE calls
2059   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2060   ;; Separate drawers for clocking and logs
2061   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2062   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2063   (setq org-clock-into-drawer t)
2064   (setq org-log-into-drawer t)
2065   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2066   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2067   ;; Clock out when moving task to a done state
2068   (setq org-clock-out-when-done t)
2069   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2070   (setq org-clock-persist t)
2071   ;; Do not prompt to resume an active clock
2072   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2073   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2074   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2075   ;; Include current clocking task in clock reports
2076   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2077
2078   ;; the cache seems to be broken
2079   (setq org-element-use-cache nil)
2080
2081   (defvar bh/keep-clock-running nil)
2082
2083   (defun bh/is-task-p ()
2084     "Any task with a todo keyword and no subtask"
2085     (save-restriction
2086       (widen)
2087       (let ((has-subtask)
2088             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2089             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2090         (save-excursion
2091           (forward-line 1)
2092           (while (and (not has-subtask)
2093                       (< (point) subtree-end)
2094                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2095             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2096               (setq has-subtask t))))
2097         (and is-a-task (not has-subtask)))))
2098   (defun bh/is-project-p ()
2099     "Any task with a todo keyword subtask"
2100     (save-restriction
2101       (widen)
2102       (let ((has-subtask)
2103             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2104             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2105         (save-excursion
2106           (forward-line 1)
2107           (while (and (not has-subtask)
2108                       (< (point) subtree-end)
2109                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2110             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2111               (setq has-subtask t))))
2112         (and is-a-task has-subtask))))
2113
2114   (defun bh/is-subproject-p ()
2115     "Any task which is a subtask of another project"
2116     (let ((is-subproject)
2117           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2118       (save-excursion
2119         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2120           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2121             (setq is-subproject t))))
2122       (and is-a-task is-subproject)))
2123
2124
2125   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2126     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2127   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2128   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2129     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2130       (cond
2131        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2132          (bh/is-task-p))
2133     "NEXT")
2134        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2135          (bh/is-project-p))
2136     "TODO"))))
2137
2138   (defun bh/punch-in (arg)
2139     "Start continuous clocking and set the default task to the
2140   selected task.  If no task is selected set the Organization task
2141   as the default task."
2142     (interactive "p")
2143     (setq bh/keep-clock-running t)
2144     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2145     ;;
2146     ;; We're in the agenda
2147     ;;
2148     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2149            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2150       (if (and (eq arg 4) tags)
2151           (org-agenda-clock-in '(16))
2152         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2153       ;;
2154       ;; We are not in the agenda
2155       ;;
2156       (save-restriction
2157     (widen)
2158     ; Find the tags on the current task
2159     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2160         (org-clock-in '(16))
2161       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2162
2163   (defun bh/punch-out ()
2164     (interactive)
2165     (setq bh/keep-clock-running nil)
2166     (when (org-clock-is-active)
2167       (org-clock-out))
2168     (org-agenda-remove-restriction-lock))
2169
2170   (defun bh/clock-in-default-task ()
2171     (save-excursion
2172       (org-with-point-at org-clock-default-task
2173     (org-clock-in))))
2174
2175   (defun bh/clock-in-parent-task ()
2176     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2177     (let ((parent-task))
2178       (save-excursion
2179     (save-restriction
2180       (widen)
2181       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2182         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2183           (setq parent-task (point))))
2184       (if parent-task
2185           (org-with-point-at parent-task
2186         (org-clock-in))
2187         (when bh/keep-clock-running
2188           (bh/clock-in-default-task)))))))
2189
2190   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2191
2192   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2193     (interactive)
2194     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2195       (org-clock-in '(16))))
2196
2197   (defun bh/clock-out-maybe ()
2198     (when (and bh/keep-clock-running
2199            (not org-clock-clocking-in)
2200            (marker-buffer org-clock-default-task)
2201            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2202       (bh/clock-in-parent-task)))
2203
2204   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2205
2206   (require 'org-id)
2207   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2208     "Clock in a task by id"
2209     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2210       (org-clock-in nil)))
2211
2212   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2213     "Clock in the interrupted task if there is one
2214   Skip the default task and get the next one.
2215   A prefix arg forces clock in of the default task."
2216     (interactive "p")
2217     (let ((clock-in-to-task
2218        (cond
2219         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2220         ((and (org-clock-is-active)
2221           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2222          (caddr org-clock-history))
2223         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2224         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2225         (t (car org-clock-history)))))
2226       (widen)
2227       (org-with-point-at clock-in-to-task
2228     (org-clock-in nil))))
2229
2230
2231   (defun org-export-to-ods ()
2232     (interactive)
2233     (let ((csv-file "data.csv"))
2234       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2235       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2236
2237   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2238   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2239   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2240   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2241
2242   ;; support inserting screen shots
2243   (defun my/org-insert-screenshot ()
2244     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2245   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2246     (interactive)
2247     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2248     (setq my/org-insert-screenshot/filename
2249       (read-file-name
2250        "Screenshot to insert: "
2251        nil
2252        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2253        )
2254       )
2255     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2256     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2257     (org-display-inline-images))
2258
2259   (defun my/fix-inline-images ()
2260     (when org-inline-image-overlays
2261       (org-redisplay-inline-images)))
2262
2263   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2264
2265   ;; use xelatex to preview with imagemagick
2266   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2267            '(xelateximagemagick
2268         :programs ("xelatex" "convert")
2269         :description "pdf > png"
2270         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2271         :use-xcolor t
2272         :image-input-type "pdf"
2273         :image-output-type "png"
2274         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2275         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2276         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2277            )
2278   ;; use xelatex by default
2279   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2280
2281   ; from http://orgmode.org/Changes.html
2282   (defun my/org-repair-property-drawers ()
2283     "Fix properties drawers in current buffer.
2284    Ignore non Org buffers."
2285     (interactive)
2286     (when (eq major-mode 'org-mode)
2287       (org-with-wide-buffer
2288        (goto-char (point-min))
2289        (let ((case-fold-search t)
2290          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2291                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2292                      "END[ \t]*$"))))
2293      (org-map-entries
2294       (lambda ()
2295         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2296           (save-excursion
2297         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2298           (forward-line)
2299           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2300           (when (and (< (point) end)
2301                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2302                  (save-excursion
2303                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2304                     (eq (org-element-type
2305                      (save-match-data (org-element-at-point)))
2306                     'drawer))))
2307             (insert (delete-and-extract-region
2308                  (match-beginning 0)
2309                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
2310             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2311
2312 #+END_SRC
2313 ** Org-Gcal
2314 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2315   (use-package calfw
2316     :ensure f
2317     )
2318   (use-package calfw-org
2319     :ensure f
2320     )
2321   (use-package org-gcal
2322     :ensure f
2323     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2324                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2325               )
2326     )
2327 #+END_SRC
2328 ** appt integration
2329 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2330   (use-package appt
2331     :ensure f
2332     :config
2333     ;; Show notification 10 minutes before event
2334     (setq appt-message-warning-time 10)
2335     ;; Disable multiple reminders
2336     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2337     (setq appt-display-mode-line nil)
2338
2339     ;; add automatic reminders for appointments
2340     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2341       (interactive)
2342       (setq appt-time-msg-list nil)
2343       (org-agenda-to-appt))
2344     ;; add reminders when starting emacs
2345     (my/org-agenda-to-appt)
2346     ;; when rebuilding the agenda
2347     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2348       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2349       (my/org-agenda-to-appt)
2350       )
2351     ;; when saving all org buffers
2352     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2353       "Re-add appts after saving all org buffers"
2354       (my/org-agenda-to-appt))
2355     ;; Display appointments as a window manager notification
2356     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2357     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2358
2359     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2360
2361     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2362       (if (atom min-to-app)
2363       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2364     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2365       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2366                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2367       )
2368     )
2369
2370
2371 #+END_SRC
2372 ** End use-package
2373 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2374   )
2375 #+END_SRC
2376 * Keybindings
2377 ** Goto line
2378 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2379   (global-unset-key "\M-g")
2380   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2381 #+END_SRC
2382 * Debian
2383 ** debian-changelog
2384 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2385   (use-package debian-changelog-mode
2386     :mode "debian/changelog"
2387     :config
2388     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2389     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2390 #+END_SRC
2391 * Misc (uncharacterized)
2392 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2393   (setq calendar-latitude 38.6)
2394   (setq calendar-longitude -121.5)
2395   (setq case-fold-search t)
2396   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2397   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2398   (global-font-lock-mode 1)
2399   (icomplete-mode 1)
2400   (setq log-edit-keep-buffer t)
2401   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2402   (setq markdown-enable-math t)
2403   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2404   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2405   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2406   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2407   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2408   (setq ps-line-number-color "blue")
2409   (setq ps-print-footer t)
2410   (setq ps-print-footer-frame nil)
2411   (setq ps-print-only-one-header t)
2412   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2413   ]*")
2414   (setq sentence-end-double-space nil)
2415   ; enable matching parenthesis
2416   (show-paren-mode 1)
2417   (tool-bar-mode -1)
2418   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2419   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2420   (setq vc-follow-symlinks t)
2421
2422   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2423   ;; repositories inside of git directories
2424   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2425
2426   ;; switch back to the old primary selection method
2427   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2428   (setq x-select-enable-primary t)
2429   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2430
2431   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2432   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2433
2434   ;; tramp configuration
2435   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2436
2437   (setq-default c-indent-level 4)
2438   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2439   (setq-default c-brace-offset -4)
2440   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2441   (setq-default c-label-offset -4)
2442   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2443   ; tabs are annoying
2444   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2445   (setq-default tab-width 4)
2446
2447
2448   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2449   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2450   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2451   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2452   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2453
2454
2455   (defun insert-date ()
2456     "Insert date at point."
2457     (interactive)
2458     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2459   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2460
2461   (defun unfill-paragraph (arg)
2462     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2463     (interactive "*p")
2464     (let ((fill-column 10000))
2465       (fill-paragraph arg))
2466     )
2467
2468   (column-number-mode t)
2469
2470 #+END_SRC
2471 ** Desktop-save-mode
2472 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2473 emacs, and use a different desktop file to restore history
2474 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2475   (use-package desktop
2476     :demand
2477     :config
2478     (setq desktop-base-file-name
2479           (convert-standard-filename
2480            (concat ".emacs"
2481                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2482                        "")
2483                    ".desktop")
2484            ))
2485     (setq desktop-base-lock-name
2486           (convert-standard-filename
2487            (concat desktop-base-file-name
2488                    ".lock")))
2489     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2490     (setq desktop-restore-eager 5)
2491     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2492     (desktop-save-mode 1)
2493     ; (desktop-read)
2494   )
2495 #+END_SRC
2496 ** Misc (Uncharacterized)
2497 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2498   '(icomplete-mode on)
2499   (custom-set-faces
2500    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2501    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2502    ;; Your init file should contain only one such instance.
2503    ;; If there is more than one, they won't work right.
2504    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2505
2506
2507   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2508   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2509   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2510
2511   ; (defun turn-on-flyspell ()
2512   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2513   ;    (interactive)
2514   ;    (flyspell-mode 1))
2515
2516
2517    ; Outline-minor-mode key map
2518    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2519    ; HIDE
2520    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2521    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2522    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2523    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2524    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2525    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2526    ; SHOW
2527    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2528    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2529    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2530    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2531    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2532    ; MOVE
2533    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2534    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2535    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2536    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2537    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2538    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2539   ; fix up tmux xterm keys
2540   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2541   (defun fix-up-tmux-keys ()
2542       "Fix up tmux xterm keys"
2543       (if (getenv "TMUX")
2544           (progn
2545             (let ((x 2) (tkey ""))
2546               (while (<= x 8)
2547                 ;; shift
2548                 (if (= x 2)
2549                     (setq tkey "S-"))
2550                 ;; alt
2551                 (if (= x 3)
2552                     (setq tkey "M-"))
2553                 ;; alt + shift
2554                 (if (= x 4)
2555                     (setq tkey "M-S-"))
2556                 ;; ctrl
2557                 (if (= x 5)
2558                     (setq tkey "C-"))
2559                 ;; ctrl + shift
2560                 (if (= x 6)
2561                     (setq tkey "C-S-"))
2562                 ;; ctrl + alt
2563                 (if (= x 7)
2564                     (setq tkey "C-M-"))
2565                 ;; ctrl + alt + shift
2566                 (if (= x 8)
2567                     (setq tkey "C-M-S-"))
2568
2569                 ;; arrows
2570                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2571                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2572                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2573                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2574                 ;; home
2575                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2576                 ;; end
2577                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2578                 ;; page up
2579                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2580                 ;; page down
2581                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2582                 ;; insert
2583                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2584                 ;; delete
2585                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2586                 ;; f1
2587                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2588                 ;; f2
2589                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2590                 ;; f3
2591                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2592                 ;; f4
2593                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2594                 ;; f5
2595                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2596                 ;; f6
2597                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2598                 ;; f7
2599                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2600                 ;; f8
2601                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2602                 ;; f9
2603                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2604                 ;; f10
2605                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2606                 ;; f11
2607                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2608                 ;; f12
2609                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2610                 ;; f13
2611                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2612                 ;; f14
2613                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2614                 ;; f15
2615                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2616                 ;; f16
2617                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2618                 ;; f17
2619                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2620                 ;; f18
2621                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2622                 ;; f19
2623                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2624                 ;; f20
2625                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2626
2627                 (setq x (+ x 1))
2628                 ))
2629             )
2630         )
2631       )
2632   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2633
2634   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2635     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2636     (if (or (buffer-modified-p)
2637             (verify-visited-file-modtime)
2638             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2639             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2640         ad-do-it
2641       (clear-visited-file-modtime)
2642       (not-modified)))
2643   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2644 #+END_SRC
2645
2646 * Start Server
2647 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2648   (use-package server
2649     :config
2650     (setq server-name
2651           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2652               "server"))
2653     (unless (server-running-p)
2654       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2655       (server-start)))
2656 #+END_SRC
2657
2658
2659
2660 * END
2661 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2662   (provide 'don-configuration)
2663 #+END_SRC