emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (require 'gnutls)
  36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  37     (setq package-enable-at-startup nil)
  38     (setq package--init-file-ensured t)
  39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  45     (eval-when-compile
  46       (package-initialize)
  47       (unless (package-installed-p 'use-package)
  48         (package-refresh-contents)
  49         (package-install 'use-package))
  50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  53         (nreverse (apply #'nconc
  54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  55                  (mapcar #'(lambda (path)
  56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  57                          (list path)
  58                        nil))
  59                      load-path))))))
  60
  61   ;;; fix up info paths for packages
  62   (with-eval-after-load "info"
  63     (info-initialize)
  64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  67                     (not (file-directory-p fdir))
  68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  70
  71
  72   (eval-when-compile
  73     (require 'use-package))
  74   (require 'diminish)
  75   (require 'bind-key)
  76 #+END_SRC
  77 ** Paradox
  78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  79   (use-package paradox
  80     :ensure paradox
  81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  82     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83     )
  84 #+END_SRC
  85 * Add library paths
  86
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  89   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  90 #+END_SRC
  91 * Disable custom-vars
  92 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  93   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  94   (setq custom-file "/dev/null")
  95 #+END_SRC
  96 * Misc functions
  97 ** with-library
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
 100 ;; execute conditional code when loading libraries
 101 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 102   `(when (require ,symbol nil t)
 103      ,@body))
 104 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 105 #+END_SRC
 106
 107 * Variables
 108 ** Safe Local Variables
 109 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 110 (setq safe-local-variable-values
 111       (quote ((auto-save-default)
 112               (make-backup-files)
 113               (cperl-indent-level . 4)
 114               (indent-level . 4)
 115               (indent-tabs-mode . f)
 116               (vcl-indent-level . 4)
 117               )))
 118 #+END_SRC
 119 * Memory
 120 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 121   (setq global-mark-ring-max 128
 122         mark-ring-max 128
 123         kill-ring-max 128)
 124
 125   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 126     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 127
 128   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 129     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 130
 131   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 132   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 133 #+END_SRC
 134 * Modules
 135 ** Spacemacs theme
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137 (use-package spacemacs-theme
 138   :ensure t
 139   :init
 140   (load-theme 'spacemacs-dark)
 141   )
 142 #+END_SRC
 143 ** Hippie Expand
 144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 145   (use-package hippie-exp
 146     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 147     )
 148 #+END_SRC
 149 ** Flyspell 🐝
 150 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 151   (use-package flyspell
 152     :ensure t
 153     :diminish flyspell-mode 🐝
 154     :config
 155     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 156     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 157     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 158     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 159     :init
 160     (setq ispell-program-name "ispell")
 161     )
 162
 163 #+END_SRC
 164 ** Flymake
 165 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 166   (use-package flymake
 167     :diminish "Φ")
 168 #+end_src
 169
 170 ** Winnermode
 171 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 172   (winner-mode 1)
 173 #+END_SRC
 174 ** Eyebrowse
 175
 176 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 177   (use-package eyebrowse
 178     :ensure t
 179     :diminish eyebrowse-mode
 180     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 181     :config (progn
 182               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 183               (eyebrowse-mode t)
 184
 185               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 186                 (interactive)
 187                 (let ((done nil))
 188                   (dotimes (i 10)
 189                     ;; start at 1 run till 0
 190                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 191                       (when (and (not done)
 192                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 193                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 194                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 195                         (setq done t)
 196                         ))
 197                     )))
 198
 199               ;; I don't use latex-preview-pane
 200               ;; (require 'latex-preview-pane)
 201               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 202               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 203               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 204               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 205               ;;   ;; edit the TeX file.
 206               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 207               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 208
 209               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 210               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 211
 212               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 213               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 214               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 215               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 216               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 217               )
 218     )
 219 #+END_SRC
 220
 221 ** Window handling
 222
 223 *** Splitting
 224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 225   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 226     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 227     (interactive)
 228     (split-window-vertically)
 229     (other-window 1 nil)
 230     (switch-to-next-buffer))
 231
 232   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 233     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 234     (interactive)
 235     (split-window-horizontally)
 236     (other-window 1 nil)
 237     (switch-to-next-buffer))
 238
 239   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 240   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 241
 242   (setq split-width-threshold  100)
 243   (setq split-height-threshold 60)
 244
 245   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 246     "If there's only one window (excluding any possibly active
 247            minibuffer), then split the current window horizontally."
 248     (if (and (one-window-p t)
 249              (not (active-minibuffer-window))
 250              ( < (frame-width) (frame-height))
 251              )
 252         (let ((split-width-threshold nil))
 253           (split-window-sensibly window))
 254       (split-window-sensibly window)))
 255
 256   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 257   (setq window-combination-resize t)
 258 #+END_SRC
 259
 260 *** Compilation window
 261
 262 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 263 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 264 the former case, if there was no error the window closes
 265 automatically.
 266
 267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 268   (add-to-list 'display-buffer-alist
 269                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 270                  (display-buffer-reuse-window
 271                   display-buffer-in-side-window)
 272                  (reusable-frames . visible)
 273                  (side            . bottom)
 274                  (window-height   . 0.4)))
 275 #+END_SRC
 276
 277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 278   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 279     ;; If M-x compile exists with a 0
 280     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 281       ;; and delete the *compilation* window
 282       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 283         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 284                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 285                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 286           (delete-window compilation-window))))
 287     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 288     (cons msg code))
 289
 290   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 291   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 292 #+END_SRC
 293
 294 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 295 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 296 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 297 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 298 value, scrolling continues until there is no more output.
 299
 300 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 301   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 302 #+END_SRC
 303
 304 ** Mode line cleaning
 305 *** Diminish
 306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 307   (use-package diminish
 308     :ensure t)
 309 #+END_SRC
 310
 311 *** Delight
 312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 313   (use-package delight
 314     :ensure t)
 315 #+END_SRC
 316
 317 ** Jumping
 318 *** Avy
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 320   (use-package avy
 321     :if (>= emacs-major-version 25)
 322     :ensure t
 323     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 324            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 325            ("M-g g" . avy-goto-line))
 326     :config (progn (setq avy-background t))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Ace-link (jumping to links)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package ace-link
 332     :ensure t
 333     ; bind o in most modes
 334     :config (ace-link-setup-default))
 335 #+END_SRC
 336 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 337 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 338   (use-package goto-chg
 339     :ensure t
 340     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 341            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 342     )
 343 #+END_SRC
 344 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 346   (use-package bm
 347     :ensure t
 348     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 349            ("C-c j b ," . bm-previous)
 350            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 351 #+END_SRC
 352
 353 ** Snippets
 354 *** Yasnippet
 355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 356   (use-package yasnippet
 357     :ensure t
 358     :diminish yas-minor-mode
 359     :config (progn
 360               (yas-global-mode)
 361               (setq yas-verbosity 1)
 362               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 363               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 364               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 365               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 366                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 367               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 368                                'yas-hippie-try-expand)
 369               (yas-reload-all)
 370               )
 371     )
 372 #+END_SRC
 373 *** Auto-YASnippet
 374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 375   (use-package auto-yasnippet
 376     :ensure t
 377     :bind (("H-w" . aya-create)
 378            ("H-y" . aya-expand)
 379            )
 380     )
 381 #+END_SRC
 382 ** Company
 383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 384 (use-package company
 385   :ensure t
 386   :bind (("M-/" . company-complete))
 387   :config
 388   (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 389         company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 390         company-selection-wrap-around t
 391         company-require-match nil
 392         company-dabbrev-ignore-case t
 393         company-dabbrev-ignore-invisible t
 394         company-dabbrev-other-buffers t
 395         company-dabbrev-downcase nil
 396         company-dabbrev-code-everywhere t
 397         company-tooltip-align-annotations t
 398         company-minimum-prefix-length 1
 399         company-global-modes '(not)
 400         company-lighter-base "(C)")
 401   (global-company-mode 1)
 402   :bind (:map company-active-map
 403               ("C-n" . company-select-next)
 404               ("C-p" . company-select-previous)
 405               ("M-?" . company-show-doc-buffer)
 406               ("M-." . company-show-location)
 407               )
 408   )
 409 #+END_SRC
 410 *** C/C++
 411 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 412   (use-package company-c-headers
 413     :ensure t
 414     :config (progn
 415               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 416                 "Return the system include path for the current buffer."
 417                 (when ede-object
 418                   (ede-system-include-path ede-object)))
 419
 420               (setq company-c-headers-path-system
 421                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 422
 423               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 424 #+END_SRC
 425 *** Python
 426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 427 (use-package company-anaconda
 428   :ensure t
 429   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 430 #+END_SRC
 431 *** Perl
 432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 433   (use-package company-plsense
 434     :ensure t
 435     )
 436 #+END_SRC
 437 *** LaTeX
 438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 439   (use-package company-math
 440     :ensure t)
 441 #+END_SRC
 442 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 443   (use-package company-auctex
 444     :ensure t
 445     :config (progn
 446               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 447                 "company-auctex-labels backend"
 448                 (interactive (list 'interactive))
 449                 (case command
 450                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 451                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 452                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 453
 454               (add-to-list 'company-backends
 455                            '(company-auctex-macros
 456                              company-auctex-environments
 457                              company-math-symbols-unicode
 458                              company-math-symbols-latex))
 459
 460               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 461               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 462               )
 463     )
 464 #+END_SRC
 465 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 466   (use-package company-bibtex
 467     :ensure t
 468     )
 469 #+END_SRC
 470 *** Shell
 471
 472  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 473    (use-package company-shell
 474      :ensure t
 475      :config (progn
 476                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 477                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 478  #+END_SRC
 479
 480 *** YaSnippet
 481
 482  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 483
 484  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 485
 486  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 487    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 488      "Enable yasnippet for all backends.")
 489
 490    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 491      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 492              (and (listp backend)
 493                   (member 'company-yasnippet backend)))
 494          backend
 495        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 496                '(:with company-yasnippet))))
 497
 498    (setq company-backends
 499          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 500  #+END_SRC
 501
 502 *** All the words
 503
 504  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 505
 506  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 507    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 508      (interactive)
 509      (cond
 510       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 511        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 512        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 513        (message "company-ispell disabled"))
 514       (t
 515        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 516        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 517        (message "company-ispell enabled!"))))
 518
 519    (defun malb/company-ispell-setup ()
 520      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 521      (when (boundp 'company-backends)
 522        (make-local-variable 'company-backends)
 523        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 524        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 525        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 526        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 527                 ispell-alternate-dictionary)
 528            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 529  #+END_SRC
 530
 531 *** Tab DWIM
 532
 533  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 534
 535  2. This function then hopefully does what I want:
 536
 537     a. if a region is active, just indent
 538     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 539     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 540     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 541
 542  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 543
 544 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 545   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 546     (interactive "P")
 547     (cond
 548      ;; if a region is active, indent
 549      ((use-region-p)
 550       (indent-region (region-beginning)
 551                      (region-end)))
 552      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 553      ((and (not (active-minibuffer-window))
 554            (or (looking-at " ")
 555                (looking-at "$"))
 556            (looking-back "[^[:space:]]")
 557            (not (looking-back "^")))
 558
 559       (cond (company-mode (company-complete-common))
 560             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 561
 562      ;; no whitespace anywhere
 563      ((and (not (active-minibuffer-window))
 564            (looking-at "[^[:space:]]")
 565            (looking-back "[^[:space:]]")
 566            (not (looking-back "^")))
 567       (cond
 568        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 569         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 570        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 571         (save-excursion (outline-cycle)))))
 572
 573      ;; by default just call whatever was bound
 574      (t
 575       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 576                     'indent-for-tab-command)))
 577         (if (not (called-interactively-p 'any))
 578             (fn arg)
 579           (setq this-command fn)
 580           (call-interactively fn))))))
 581
 582   (defun malb/toggle-fold ()
 583     (interactive)
 584     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 585            (org-force-cycle-archived))
 586           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 587            (save-excursion
 588              (end-of-line)
 589              (hs-toggle-hiding)))
 590
 591           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 592            (save-excursion
 593              (outline-cycle)))))
 594
 595   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 596   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 597 #+END_SRC
 598 ** Tinyprocmail
 599
 600 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 601   ;; load tinyprocmail
 602   (use-package tinyprocmail
 603     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 604     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 605     )
 606 #+END_SRC
 607
 608 ** Magit
 609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 610   (use-package magit
 611     :ensure t
 612     :bind (("C-x g" . magit-status)
 613            ("C-x C-g" . magit-status))
 614     :config
 615     ;; refine diffs always (hilight words)
 616     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 617     )
 618   (use-package magit-annex
 619     :ensure t
 620     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 621     )
 622   (use-package magit-vcsh
 623     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 624     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 625     )
 626 #+END_SRC
 627
 628 ** Perl
 629 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 630   (use-package cperl-mode
 631     :config
 632     (progn
 633       ;; Use c-mode for perl .xs files
 634       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 635       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 636       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 637       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 638       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 639       (setq cperl-hairy t
 640             cperl-indent-level 4
 641             cperl-auto-newline nil
 642             cperl-auto-newline-after-colon nil
 643             cperl-continued-statement-offset 4
 644             cperl-brace-offset -1
 645             cperl-continued-brace-offset 0
 646             cperl-label-offset -4
 647             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 648             cperl-electric-lbrace-space nil
 649             cperl-indent-parens-as-block nil
 650             cperl-close-paren-offset -1
 651             cperl-tab-always-indent t)
 652       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 653   ))
 654 #+END_SRC
 655
 656 ** Markdown mode
 657 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 658   (use-package markdown-mode
 659     :ensure t
 660     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 661            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 662            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 663            )
 664     :config
 665     (setq markdown-enable-math t)
 666     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 667     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 668     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 669     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 670     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 671   )
 672
 673 #+END_SRC
 674 ** SQL mode
 675 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 676   ; load sql-indent when sql is loaded
 677 (use-package sql
 678   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 679   :config
 680   (require sql-indent))
 681 #+END_SRC
 682 ** Ediff
 683 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 684   (use-package ediff
 685     :commands ediff ediff3
 686     :ensure f
 687     :config
 688     ;; ediff configuration
 689     ;; don't use the multi-window configuration
 690     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 691   )
 692 #+END_SRC
 693 ** Do the Right Thing Indenting
 694 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 695 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 696 (use-package dtrt-indent
 697   :ensure t
 698 )
 699 #+END_SRC
 700 ** VCL --editing varnish configuration files
 701 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 702   (use-package vcl-mode
 703     :ensure t
 704     :mode "\\.vcl\\'"
 705     )
 706
 707 #+END_SRC
 708 ** Helm
 709 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 710   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 711     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 712     (interactive)
 713     (unless helm-source-buffers-list
 714       (setq helm-source-buffers-list
 715             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 716     (helm-other-buffer
 717      (append
 718
 719      (if (projectile-project-p)
 720           '(helm-source-projectile-buffers-list
 721             helm-source-buffers-list)
 722         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 723
 724       `(((name . "Virtual Workspace")
 725          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 726                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 727          (action . (lambda (candidate)
 728                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 729
 730       (if (projectile-project-p)
 731           '(helm-source-projectile-recentf-list
 732             helm-source-recentf)
 733         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 734
 735       ;; always make some common files easily accessible
 736       ;;'(((name . "Common Files")
 737        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 738         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 739
 740       '(helm-source-files-in-current-dir
 741         helm-source-locate
 742         helm-source-bookmarks
 743         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 744         ))
 745      "*Helm all the things*"))
 746   (use-package helm
 747     :ensure helm
 748     :diminish helm-mode
 749     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 750            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 751            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 752            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 753            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 754     :config
 755     (require 'helm-config)
 756     (require 'helm-for-files)
 757     (require 'helm-bookmark)
 758
 759     (helm-mode 1)
 760     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 761     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 762     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 763     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 764     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 765       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 766       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 767     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 768   )
 769 #+END_SRC
 770 *** Helm Flx
 771
 772  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 773
 774  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 775  (use-package helm-flx
 776    :ensure t
 777    :config (progn
 778              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 779              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 780                    helm-bookmark-show-location           t
 781                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 782                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 783                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 784                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 785                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 786                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 787                    helm-quick-update                     t
 788                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 789                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 790              (helm-flx-mode +1)))
 791  #+END_SRC
 792 *** Helm Swoop
 793 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 794
 795   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 796   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 797     (thing-at-point 'symbol))
 798     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 799     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 800           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 801           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 802           ein:notebook-multilang-mode))
 803
 804     (defun malb/swoop-or-search ()
 805       (interactive)
 806       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 807               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 808           (isearch-forward)
 809         (helm-swoop)))
 810
 811     (use-package helm-swoop
 812       :ensure t
 813       :commands helm-swoop
 814       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 815              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 816              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 817       :config (progn
 818
 819                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 820                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 821                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 822                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 823                       helm-swoop-speed-or-color t)
 824
 825                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 826                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 827                   (interactive)
 828                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 829                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 830                           (previous-history-element 1)
 831                         (helm-next-line))
 832                     (helm-next-line)))
 833
 834                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 835                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 836                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 837                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 838                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 839                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 840       )
 841
 842 #+END_SRC
 843 *** Helm Ag
 844 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 845 (use-package helm-ag
 846   :ensure t
 847   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 848                 helm-ag-command-option "--all-text"
 849                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 850                 helm-ag-fuzzy-match t
 851                 helm-ag-use-temp-buffer t
 852                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 853                 helm-ag-use-agignore t))
 854 #+END_SRC
 855 *** Helm Descbinds
 856 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 857   (use-package helm-descbinds
 858     :ensure t
 859     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 860     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 861 #+END_SRC
 862
 863 *** Helm YaSnippet
 864 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 865   (use-package helm-c-yasnippet
 866     :ensure t
 867     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 868     :config (progn
 869               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 870 #+END_SRC
 871 *** Helm Org Rifle
 872 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 873   (use-package helm-org-rifle
 874     :ensure t
 875     :config (progn
 876               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 877                 (interactive "p")
 878                 (let ((current-prefix-arg nil))
 879                   (cond
 880                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 881                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 882                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 883 #+END_SRC
 884 *** Helm Google
 885 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 886 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 887   (use-package helm-google
 888     :ensure t
 889     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 890     :config
 891     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 892                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 893                                          (let ((url
 894                                                 (replace-regexp-in-string
 895                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 896                                                  "\\1" candidate)))
 897                                            (kill-new url))))
 898                         t
 899                         )
 900
 901            (add-to-list 'helm-google-actions
 902                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 903                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 904                                                      (url
 905                                                       (replace-regexp-in-string
 906                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 907                                                        "\\1" candidate)))
 908                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 909                         t)
 910            ))
 911 #+END_SRC
 912
 913 ** Projectile -- Project management
 914 #+begin_src emacs-lisp
 915   (use-package projectile
 916     :ensure t
 917     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 918            ("<f6>" . next-error))
 919     :config (progn
 920               (use-package magit :ensure t)
 921               (require 'helm-projectile)
 922               (helm-projectile-on)
 923
 924               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 925                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 926                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 927
 928               (projectile-global-mode)))
 929 #+end_src
 930
 931 *** helm integration
 932 #+begin_src emacs-lisp
 933   (use-package helm-projectile
 934     :ensure t
 935     :config (progn
 936               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 937                 (helm-build-dummy-source
 938                     "Create file"
 939                   :action 'find-file))
 940
 941               (add-to-list
 942                'helm-projectile-sources-list
 943                malb/helm-source-file-not-found t)
 944
 945               (helm-delete-action-from-source
 946                "Grep in projects `C-s'"
 947                helm-source-projectile-projects)
 948
 949               (helm-add-action-to-source
 950                "Grep in projects `C-s'"
 951                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 952 #+end_src
 953 ** Zap to char
 954 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 955   (use-package avy-zap
 956     :ensure t
 957     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 958 #+END_SRC
 959 ** Hydra
 960 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 961   (use-package hydra
 962     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 963            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 964            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 965            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 966            )
 967     :config
 968     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 969     "
 970   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 971   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 972   _p_: read papers      _R_: paper notes
 973   _h_: hpcbio
 974   _q_: quit
 975   _z_: quit
 976   "
 977     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 978     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 979     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 980     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 981     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 982     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 983     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 984     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 985     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 986     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 987     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 988     ("q" nil "quit")
 989     ("z" nil "quit")
 990     )
 991
 992     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 993     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 994     "
 995   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 996   ^^^^^^------------------------------------------------------
 997   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 998   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 999   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
1000   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
1001   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
1002   _d_: subtree
1003
1004   "
1005     ;; Hide
1006     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1007     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1008     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1009     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1010     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1011     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1012     ;; Show
1013     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1014     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1015     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1016     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1017     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1018     ;; Move
1019     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1020     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1021     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1022     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1023     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1024     ("z" nil "leave"))
1025   )
1026 #+END_SRC
1027
1028 ** Tramp
1029 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1030   (use-package tramp
1031     :config
1032     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1033                                   (tramp-login-program "vcsh")
1034                                   (tramp-login-args
1035                                    (("enter")
1036                                     ("%h")))
1037                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1038                                   (tramp-remote-shell-args
1039                                    ("-c")))))
1040 #+END_SRC
1041 ** Reftex
1042 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1043   (use-package reftex
1044     :ensure t
1045     :config
1046     (setq-default reftex-default-bibliography
1047                     '("~/projects/research/references.bib")))
1048 #+END_SRC
1049 ** BibTex
1050 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1051   (use-package bibtex
1052     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1053                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1054                           ("abstract" "")
1055                   ("pmid" "")
1056                   ("doi" ""))))
1057     )
1058
1059 #+END_SRC
1060 ** LaTeX
1061 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1062   (use-package tex
1063     :defer t
1064     :ensure auctex
1065     :config
1066     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1067     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1068     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1069     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1070     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1071     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1072     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1073     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1074     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1075     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1076     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1077
1078     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1079     ;; support fake section headers
1080     (setq TeX-outline-extra
1081           '(("%chapter" 1)
1082             ("%section" 2)
1083             ("%subsection" 3)
1084             ("%subsubsection" 4)
1085             ("%paragraph" 5)))
1086     ;; add font locking to the headers
1087     (font-lock-add-keywords
1088      'latex-mode
1089      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1090         0 'font-lock-keyword-face t)
1091        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1092        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1093        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1094        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1095        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1096
1097     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1098     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1099     (setq TeX-open-quote "“")
1100     (setq TeX-close-quote "”")
1101
1102     ;; (TeX-add-style-hook
1103     ;;  "latex"
1104     ;;  (lambda ()
1105     ;;    (TeX-add-symbols
1106     ;;     '("DLA" 1))))
1107     ;; (custom-set-variables
1108     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1109     ;;    '(("fixme"
1110     ;;       ("DLA" "RZ")
1111     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1112     ;; )
1113     (setq-default TeX-parse-self t)
1114     (setq-default TeX-auto-save t)
1115     (setq-default TeX-master nil)
1116     (eval-after-load
1117         "latex"
1118       '(TeX-add-style-hook
1119         "cleveref"
1120         (lambda ()
1121           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1122               (add-to-list
1123                'reftex-ref-style-alist
1124                '("Cleveref" "cleveref"
1125                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1126           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1127           (TeX-add-symbols
1128            '("cref" TeX-arg-ref)
1129            '("Cref" TeX-arg-ref)
1130            '("cpageref" TeX-arg-ref)
1131            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1132     (eval-after-load
1133         "latex"
1134       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1135                     '("Sexpr")))
1136
1137     (use-package font-latex
1138       :config
1139       (setq font-latex-match-reference-keywords
1140             '(
1141               ("fref" "{")
1142               ("Fref" "{")
1143               ("citep" "{")
1144               ("citet" "{")
1145               ("acs" "{")
1146               ("acsp" "{")
1147               ("ac" "{")
1148               ("acp" "{")
1149               ("acl" "{")
1150               ("aclp" "{")
1151               ("acsu" "{")
1152               ("aclu" "{")
1153               ("acused" "{")
1154               ("DLA" "{")
1155               ("RZ" "{")
1156               ("OM" "{")
1157               ("DL" "{")
1158               ("fixme" "{"))
1159             )
1160       )
1161     (setq font-latex-fontify-script nil)
1162     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1163     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1164   )
1165
1166 #+END_SRC
1167 ** ESS
1168 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1169   (use-package ess
1170     :ensure t
1171     :commands R
1172     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1173     :bind (:map ess-mode-map
1174                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1175     :init
1176     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1177     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1178     :config
1179     ; actually load the rest of ess
1180     (require 'ess-site)
1181     (defun ess-change-directory (path)
1182       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1183       (interactive "Directory to change to: ")
1184
1185       (when (file-exists-p path)
1186         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1187         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1188         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1189     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1190     ;; outlining support for ess modes
1191     (add-hook
1192      'ess-mode-hook
1193      '(lambda ()
1194         (outline-minor-mode)
1195         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1196         (defun outline-level ()
1197           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1198                 ((looking-at "^#### ") 2)
1199                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1200                 (t 1000)))
1201         ))
1202     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1203       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1204       (interactive "r")
1205       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1206       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1207     ;; Don't restore history or save workspace image
1208     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1209     )
1210 #+END_SRC
1211
1212 ** Rainbowmode
1213 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1214
1215 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1216   (use-package rainbow-mode
1217     ;; add ess to the x major mode
1218     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1219     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1220   )
1221 #+END_SRC
1222
1223 ** Polymode
1224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1225   (use-package polymode
1226     :config
1227     (use-package poly-R)
1228     (use-package poly-noweb)
1229     (use-package poly-markdown)
1230     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1231     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1232     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1233     )
1234 #+END_SRC
1235
1236 ** Outlining
1237 *** Outline magic
1238 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1239   (use-package outline-magic)
1240 #+END_SRC
1241 *** Outline mode
1242 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1243 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1244 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1245 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1246 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1247 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1248
1249 #+END_SRC
1250 ** Writeroom Mode
1251 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1252   (use-package writeroom-mode
1253     :config
1254     (defun my/writing-mode ()
1255       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1256       (interactive)
1257       (if writeroom-mode
1258           (progn
1259             (writeroom-mode -1)
1260             (visual-line-mode -1)
1261             (auto-fill-mode -1)
1262             (visual-fill-column-mode -1)
1263             )
1264         (visual-line-mode 1)
1265         (auto-fill-mode 1)
1266         (visual-fill-column-mode 1)
1267         (writeroom-mode 1))
1268       )
1269     )
1270 #+END_SRC
1271 ** GhostText/Atomic Chrome
1272 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1273   (use-package atomic-chrome
1274     :config
1275     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1276     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1277     )
1278 #+END_SRC
1279 ** Multiple Cursors
1280    :PROPERTIES:
1281    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1282    :END:
1283 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1284 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1285   (use-package multiple-cursors
1286     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1287             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1288             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1289             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1290     )
1291 #+END_SRC
1292 ** Web Mode
1293 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1294   (use-package web-mode
1295     :load-path "/home/don/projects/web-mode/"
1296     :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1297     :config
1298     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1299     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1300     (setq web-mode-engines-alist
1301           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1302     )
1303 #+END_SRC
1304 ** Spamassassin Mode
1305 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1306   (use-package spamassassin-mode
1307     :commands spamassassin-mode
1308     :ensure f
1309     )
1310 #+END_SRC
1311 ** Password Store
1312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1313   (use-package password-store
1314     :ensure f
1315     :commands password-store-edit password-store-generate
1316     )
1317 #+END_SRC
1318 ** CSS mode
1319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1320   (use-package css
1321     :mode "\\.css'"
1322     :config
1323     ;; fix up css mode to not be silly
1324     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1325     (setq cssm-indent-level 4)
1326     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1327     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1328     (setq cssm-mirror-mode nil))
1329 #+END_SRC
1330 ** Abbrev Mode
1331 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1332   (use-package abbrev
1333     :diminish abbrev-mode
1334     :config
1335     ;; load abbreviations from
1336     (setq abbrev-file-name
1337           "~/.emacs_abbrev_def")
1338
1339     ;; read the abbrev file if it exists
1340     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1341         (quietly-read-abbrev-file))
1342
1343     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1344     (setq default-abbrev-mode t))
1345 #+END_SRC
1346
1347 * Email
1348 ** Mutt
1349 *** Message-mode
1350 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1351   (use-package message
1352     :ensure f
1353     :diminish (message "✉")
1354     :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1355     :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1356     :hook 'my/message-mode-settings
1357     :hook 'turn-on-flyspell
1358     :bind (:map message-mode-map
1359         ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1360     :delight (message-mode "✉")
1361     :config
1362     (defun my/message-mode-settings ()
1363       (font-lock-add-keywords nil
1364                   '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1365                  (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1366                 ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1367                  (0 'message-double-quoted-text-face))))
1368       )
1369
1370     (defun my/post-attach-file ()
1371       "Prompt for an attachment."
1372       (interactive)
1373       (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1374         (my/header-attach-file file "")))
1375
1376     (defun my/header-attach-file (file description)
1377       "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1378     Argument DESCRIPTION MIME description."
1379       (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1380       (when (> (length file) 0)
1381     (save-excursion
1382       (save-match-data
1383         (save-restriction
1384           (widen)
1385           (goto-char (point-min))
1386           (search-forward-regexp "^$")
1387           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1388                   description "\n"))
1389           (message (concat "Attached '" file "'."))
1390           (setq post-has-attachment t))))))
1391
1392     (setq mail-yank-prefix "> ")
1393   )
1394 #+END_SRC
1395 *** Muttrc mode
1396 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1397   (use-package muttrc-mode
1398     :mode "muttngrc"
1399     :mode "muttrc"
1400   )
1401
1402 #+END_SRC
1403 * Base emacs
1404 ** Reverting buffers
1405 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1406   (use-package autorevert
1407     :diminish auto-revert-mode
1408     :config
1409     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1410           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1411           auto-revert-verbose nil)
1412     (global-auto-revert-mode 1))
1413 #+END_SRC
1414 * Org Mode
1415 ** Use-package and load things
1416 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1417
1418   (use-package org
1419     :delight (org-mode "ø")
1420     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1421     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1422            ("C-c a"  . org-agenda)
1423            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1424 #+END_SRC
1425 ** Agenda Configuration
1426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1427   :config
1428   (setq-default org-log-done 'time)
1429   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1430
1431   (setq org-agenda-sticky t)
1432   (defun dla/show-org-agenda ()
1433     (interactive)
1434     (let (agendabuffer
1435           '(delq nil
1436                 (mapcar (lambda (x)
1437                           (and (string-match-p
1438                                 "\*Org Agenda.*\*"
1439                                 (buffer-name x))
1440                                x)
1441                           )
1442                         (buffer-list))))
1443       (if agendabuffer
1444           (switch-to-buffer
1445            (buffer-name agendabuffer))
1446         (org-agenda-list)))
1447       (delete-other-windows))
1448
1449   ;; agenda configuration
1450   ;; Do not dim blocked tasks
1451   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1452   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1453   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1454
1455   ;; Compact the block agenda view
1456   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1457
1458   ;; Custom agenda command definitions
1459   (setq org-agenda-custom-commands
1460         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1461                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1462                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1463                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1464                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1465                   (org-agenda-sorting-strategy
1466                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1467                 (" " "Agenda"
1468                  ((agenda "" nil)
1469                   (tags "REFILE"
1470                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1471                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1472                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1473                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1474                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1475                               (org-agenda-sorting-strategy
1476                                '(category-keep))))
1477                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1478                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1479                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1480                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1481                               (org-agenda-sorting-strategy
1482                                '(category-keep))))
1483                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1484                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1485                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1486                                                                         ""
1487                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1488                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1489                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1490                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1491                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1492                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1493                               (org-agenda-sorting-strategy
1494                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1495                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1496                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1497                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1498                                                                         ""
1499                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1500                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1501                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1502                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1503                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1504                               (org-agenda-sorting-strategy
1505                                '(category-keep))))
1506                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1507                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1508                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1509                                                                         ""
1510                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1511                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1512                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1513                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1514                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1515                               (org-agenda-sorting-strategy
1516                                '(category-keep))))
1517                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1518                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1519                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1520                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1521                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1522                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1523                   (tags "-REFILE/"
1524                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1525                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1526                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1527                  nil))))
1528
1529   ; org mode agenda files
1530   (setq org-agenda-files
1531         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1532             "~/projects/org-notes/notes.org"
1533             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1534             "~/projects/org-notes/refile.org"
1535             "~/projects/org-notes/diary.org"
1536             "~/projects/org-notes/ool.org"
1537             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1538             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1539             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1540             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1541             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1542             "~/projects/org-notes/laurel.org"
1543             "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
1544             "~/org-mode/from-mobile.org"
1545             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1546
1547   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1548   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1549   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1550   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1551   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1552   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1553   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1554   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1555   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1556   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1557   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1558     (interactive "P")
1559     (with-temp-buffer
1560       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1561         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1562         (goto-char (point-max))
1563         (newline))
1564       (write-file "/tmp/timeline.org")
1565       (org-agenda arg "L")))
1566   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1567
1568 #+END_SRC
1569 ** General config
1570 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1571   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1572   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1573
1574   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1575   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1576 #+END_SRC
1577 ** Capture Templates
1578 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1579   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1580         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1581            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1582           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1583            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1584           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1585            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1586           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1587            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1588           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1589            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1590           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1591            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1592           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1593            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1594           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1595            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1596           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1597            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1598           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1599            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1600           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1601            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1602            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1603                                        "Jobs"
1604                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1605            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1606           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1607            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1608           )
1609         )
1610
1611   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1612   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1613     (interactive)
1614     (save-excursion
1615       (beginning-of-line 0)
1616       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1617
1618   (defun my/org-add-id ()
1619     (interactive)
1620     (save-excursion
1621       (if (org-current-level)
1622           ()
1623         (forward-char 1)
1624         )
1625       (org-id-get-create)
1626       )
1627   )
1628
1629 #+END_SRC
1630 ** Org mode key bindings
1631 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1632   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1633   ;; Custom Key Bindings
1634   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1635           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1636           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1637           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1638           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1639           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1640           ("<S-f5>" . bh/widen)
1641           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1642           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1643           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1644           ("<f9> b" . bbdb)
1645           ("<f9> c" . calendar)
1646           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1647           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1648           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1649           ("<f9> w" . widen)
1650
1651           ("<f9> r" . boxquote-region)
1652           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1653
1654           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1655           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1656
1657           ("<f9> v" . visible-mode)
1658           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1659           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1660           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1661           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1662           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1663           ("C-<f10>" . next-buffer)
1664           ("<f11>" . org-clock-goto)
1665           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1666           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1667           ("C-c c" . org-capture))
1668   :config
1669 #+END_SRC
1670 ** Utility Functions
1671 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1672   (defun bh/hide-other ()
1673     (interactive)
1674     (save-excursion
1675       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1676       (hide-other)
1677       (org-cycle)
1678       (org-cycle)
1679       (org-cycle)))
1680
1681   (defun bh/set-truncate-lines ()
1682     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1683     (interactive)
1684     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1685     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1686     (save-excursion
1687       (set-window-start (selected-window)
1688                         (window-start (selected-window)))))
1689
1690   (defun bh/switch-to-scratch ()
1691     (interactive)
1692     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1693
1694   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1695   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1696
1697   ; create function to create headlines in file. This comes from
1698   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1699   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1700     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1701   do not already have one."
1702     (interactive)
1703     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1704   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1705     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1706   (or narrowed region)."
1707     (interactive)
1708     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1709   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1710   ; (add-hook 'org-mode-hook
1711   ;           (lambda ()
1712   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1713 #+END_SRC
1714 ** Org ID locations
1715 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1716 (use-package find-lisp
1717   :ensure t)
1718 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1719       (append '(agenda-archives)
1720               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1721               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1722               ))
1723 #+END_SRC
1724 ** Keywords (TODO)
1725 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1726   (setq org-todo-keywords
1727         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1728                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1729
1730   (setq org-todo-keyword-faces
1731         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1732                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1733                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1734                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1735                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1736                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1737                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1738                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1739
1740   (setq org-todo-state-tags-triggers
1741         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1742                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1743                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1744                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1745                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1746                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1747                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1748
1749
1750
1751   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1752   ; add ids on creation of nodes
1753   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1754
1755
1756   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1757   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1758   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1759
1760   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1761   ; use C-M-r for org mode capture
1762   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1763
1764   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1765   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1766                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1767
1768   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1769   (setq org-refile-use-outline-path t)
1770
1771   ; Targets complete directly with IDO
1772   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1773
1774   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1775   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1776
1777   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1778   ; (setq org-completion-use-ido t)
1779   ; (setq ido-everywhere t)
1780   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1781   ; (ido-mode (quote both))
1782   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1783   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1784   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1785   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1786   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1787
1788
1789   ;;;; Refile settings
1790   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1791   (defun bh/verify-refile-target ()
1792     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1793     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1794
1795   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1796
1797   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1798   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1799   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1800   (require 'org-protocol)
1801   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1802   (setq my-org-protocol-flag nil)
1803   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1804     "Delete frame at remember finalization"
1805     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1806            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1807   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1808     "Delete frame at remember refile"
1809     (if my-org-protocol-flag
1810         (progn
1811           (setq my-org-protocol-flag nil)
1812           ad-do-it
1813           (delete-frame))
1814       ad-do-it)
1815     )
1816   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1817     "Delete frame at remember abort"
1818     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1819            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1820   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1821     (setq my-org-protocol-flag t))
1822
1823   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1824     (unless (org-in-item-p)
1825       (org-id-get-create)
1826       )
1827     )
1828
1829   ;; org modules
1830   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1831
1832   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1833   (defun open-mail-in-mutt (message)
1834     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1835
1836   Message can be specified either by a path pointing inside a
1837   Maildir, or by Message-ID."
1838     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1839     (shell-command
1840      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1841          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1842
1843   ;; add support for "mutt:ID" links
1844   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1845
1846   (defun my-org-mode-setup ()
1847     ; (load-library "reftex")
1848     (and (buffer-file-name)
1849          (file-exists-p (buffer-file-name))
1850          (progn
1851            ; (reftex-parse-all)
1852            (reftex-set-cite-format
1853             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1854               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1855               (?c . "\\cite{%l}")
1856               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1857            ))
1858     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1859     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1860     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1861     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1862     )
1863   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1864
1865   (defun org-mode-reftex-search ()
1866     (interactive)
1867     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1868
1869   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1870     "Open a paper by bibtex key"
1871     (interactive "bibtex key: ")
1872     (shell-command
1873      (format "%s %s"
1874          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1875   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1876   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1877     "Open a paper pdf by bibtex key"
1878     (interactive "bibtex key: ")
1879     (shell-command
1880      (format "%s -p evince_annot %s"
1881          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1882   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1883
1884   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1885                '("notes" .
1886                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1887
1888   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1889   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1890
1891   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1892   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1893                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1894
1895    ;; stolen from
1896   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1897   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1898     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1899     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1900                      (match-string 1 path)))
1901            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1902       (cond ((eq format 'latex)
1903              (if (or (not desc)
1904                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1905                  (format "\\cite{%s}" search)
1906                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1907
1908   (org-add-link-type "rtcite"
1909                      'org-bibtex-open
1910                      'my-rtcite-export-handler)
1911
1912
1913 #+END_SRC
1914 ** Org Mobile Configuration
1915 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1916   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1917   (when (string= system-name "linnode")
1918     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1919   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1920   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1921
1922 #+END_SRC
1923 ** Org iCal Support
1924 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1925   ;; org mode ical export
1926   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1927   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1928   ;; we already add the id manually
1929   (setq org-icalendar-store-UID t)
1930
1931 #+END_SRC
1932 ** General Org Babel Configuration
1933 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1934 ;; org babel support
1935 (org-babel-do-load-languages
1936  'org-babel-load-languages
1937  '((emacs-lisp . t )
1938    (R . t)
1939    (latex . t)
1940    (ditaa . t)
1941    (dot . t)
1942    ))
1943 ;; use graphviz-dot for dot things
1944 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1945 ;; do not indent begin_src blocks
1946 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
1947 ;; org-babel-by-backend
1948 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1949    `(case (if (boundp 'backend)
1950               (org-export-backend-name backend)
1951             nil) ,@body))
1952
1953 (defun my/fix-inline-images ()
1954   (when org-inline-image-overlays
1955     (org-redisplay-inline-images)))
1956
1957 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1958            'my/fix-inline-images)
1959
1960 #+END_SRC
1961 ** LaTeX configuration
1962    :PROPERTIES:
1963    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1964    :END:
1965 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1966   (require 'ox-latex)
1967   (add-to-list 'org-latex-classes
1968            '("memarticle"
1969          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1970          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1971          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1972          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1973          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1974          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1975
1976   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1977   (add-to-list 'org-latex-classes
1978            '("beamer"
1979          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1980   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1981   [PACKAGES]
1982   [EXTRA]"
1983          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1984          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1985          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1986          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1987          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1988
1989   (add-to-list 'org-latex-classes
1990            '("membook"
1991          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1992          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1993          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1994          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1995          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1996
1997   (add-to-list 'org-latex-classes
1998            '("letter"
1999          "\\documentclass[11pt]{letter}
2000   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2001   [PACKAGES]
2002   [EXTRA]"
2003      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2004          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2005          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2006          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2007          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2008
2009   (add-to-list 'org-latex-classes
2010            '("dlacv"
2011          "\\documentclass{dlacv}
2012   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2013   [NO-PACKAGES]
2014   [NO-EXTRA]"
2015          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2016          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2017          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2018          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2019          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2020
2021
2022   (add-to-list 'org-latex-classes
2023            '("dlaresume"
2024          "\\documentclass{dlaresume}
2025   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2026   [NO-PACKAGES]
2027   [NO-EXTRA]"
2028          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2029          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2030          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2031          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2032          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2033
2034
2035   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2036   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2037   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2038
2039   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2040   (setq org-latex-default-packages-alist
2041     '(("" "amsmath" t)
2042       ("" "unicode-math" t)
2043       ))
2044   (setq org-latex-packages-alist
2045     '(("" "graphicx" t)
2046       ("" "fontspec" t)
2047       ("" "xunicode" t)
2048       ("" "hyperref" t)
2049       ("" "url" t)
2050       ("" "rotating" t)
2051       ("" "longtable" nil)
2052       ("" "float" )))
2053
2054   ;; make equations larger
2055   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2056
2057   (defun org-create-formula--latex-header ()
2058     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2059     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2060              (org-export-get-backend 'latex))
2061             (org-export--get-inbuffer-options
2062              (org-export-get-backend 'latex)))))
2063       (org-latex-guess-babel-language
2064        (org-latex-guess-inputenc
2065     (org-splice-latex-header
2066      org-format-latex-header
2067      org-latex-default-packages-alist
2068      nil t
2069      (plist-get info :latex-header)))
2070        info)))
2071
2072
2073   ; support ignoring headers in org mode export to latex
2074   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2075   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2076                     (headline contents info) activate)
2077     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2078     (setq ad-return-value contents)
2079       ad-do-it))
2080
2081   ;; keep latex logfiles
2082
2083   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2084
2085   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2086   (org-clock-persistence-insinuate)
2087   ;;
2088   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2089   (setq org-clock-history-length 23)
2090   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2091   (setq org-clock-in-resume t)
2092   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2093   ;; there are things like PHONE calls
2094   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2095   ;; Separate drawers for clocking and logs
2096   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2097   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2098   (setq org-clock-into-drawer t)
2099   (setq org-log-into-drawer t)
2100   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2101   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2102   ;; Clock out when moving task to a done state
2103   (setq org-clock-out-when-done t)
2104   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2105   (setq org-clock-persist t)
2106   ;; Do not prompt to resume an active clock
2107   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2108   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2109   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2110   ;; Include current clocking task in clock reports
2111   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2112
2113   ;; the cache seems to be broken
2114   (setq org-element-use-cache nil)
2115
2116   (defvar bh/keep-clock-running nil)
2117
2118   (defun bh/is-task-p ()
2119     "Any task with a todo keyword and no subtask"
2120     (save-restriction
2121       (widen)
2122       (let ((has-subtask)
2123             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2124             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2125         (save-excursion
2126           (forward-line 1)
2127           (while (and (not has-subtask)
2128                       (< (point) subtree-end)
2129                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2130             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2131               (setq has-subtask t))))
2132         (and is-a-task (not has-subtask)))))
2133   (defun bh/is-project-p ()
2134     "Any task with a todo keyword subtask"
2135     (save-restriction
2136       (widen)
2137       (let ((has-subtask)
2138             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2139             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2140         (save-excursion
2141           (forward-line 1)
2142           (while (and (not has-subtask)
2143                       (< (point) subtree-end)
2144                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2145             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2146               (setq has-subtask t))))
2147         (and is-a-task has-subtask))))
2148
2149   (defun bh/is-subproject-p ()
2150     "Any task which is a subtask of another project"
2151     (let ((is-subproject)
2152           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2153       (save-excursion
2154         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2155           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2156             (setq is-subproject t))))
2157       (and is-a-task is-subproject)))
2158
2159
2160   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2161     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2162   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2163   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2164     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2165       (cond
2166        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2167          (bh/is-task-p))
2168     "NEXT")
2169        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2170          (bh/is-project-p))
2171     "TODO"))))
2172
2173   (defun bh/punch-in (arg)
2174     "Start continuous clocking and set the default task to the
2175   selected task.  If no task is selected set the Organization task
2176   as the default task."
2177     (interactive "p")
2178     (setq bh/keep-clock-running t)
2179     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2180     ;;
2181     ;; We're in the agenda
2182     ;;
2183     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2184            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2185       (if (and (eq arg 4) tags)
2186           (org-agenda-clock-in '(16))
2187         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2188       ;;
2189       ;; We are not in the agenda
2190       ;;
2191       (save-restriction
2192     (widen)
2193     ; Find the tags on the current task
2194     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2195         (org-clock-in '(16))
2196       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2197
2198   (defun bh/punch-out ()
2199     (interactive)
2200     (setq bh/keep-clock-running nil)
2201     (when (org-clock-is-active)
2202       (org-clock-out))
2203     (org-agenda-remove-restriction-lock))
2204
2205   (defun bh/clock-in-default-task ()
2206     (save-excursion
2207       (org-with-point-at org-clock-default-task
2208     (org-clock-in))))
2209
2210   (defun bh/clock-in-parent-task ()
2211     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2212     (let ((parent-task))
2213       (save-excursion
2214     (save-restriction
2215       (widen)
2216       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2217         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2218           (setq parent-task (point))))
2219       (if parent-task
2220           (org-with-point-at parent-task
2221         (org-clock-in))
2222         (when bh/keep-clock-running
2223           (bh/clock-in-default-task)))))))
2224
2225   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2226
2227   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2228     (interactive)
2229     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2230       (org-clock-in '(16))))
2231
2232   (defun bh/clock-out-maybe ()
2233     (when (and bh/keep-clock-running
2234            (not org-clock-clocking-in)
2235            (marker-buffer org-clock-default-task)
2236            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2237       (bh/clock-in-parent-task)))
2238
2239   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2240
2241   (require 'org-id)
2242   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2243     "Clock in a task by id"
2244     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2245       (org-clock-in nil)))
2246
2247   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2248     "Clock in the interrupted task if there is one
2249   Skip the default task and get the next one.
2250   A prefix arg forces clock in of the default task."
2251     (interactive "p")
2252     (let ((clock-in-to-task
2253        (cond
2254         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2255         ((and (org-clock-is-active)
2256           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2257          (caddr org-clock-history))
2258         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2259         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2260         (t (car org-clock-history)))))
2261       (widen)
2262       (org-with-point-at clock-in-to-task
2263     (org-clock-in nil))))
2264
2265
2266   (defun org-export-to-ods ()
2267     (interactive)
2268     (let ((csv-file "data.csv"))
2269       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2270       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2271
2272   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2273   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2274   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2275   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2276
2277   ;; support inserting screen shots
2278   (defun my/org-insert-screenshot ()
2279     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2280   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2281     (interactive)
2282     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2283     (setq my/org-insert-screenshot/filename
2284       (read-file-name
2285        "Screenshot to insert: "
2286        nil
2287        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2288        )
2289       )
2290     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2291     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2292     (org-display-inline-images))
2293
2294   (defun my/fix-inline-images ()
2295     (when org-inline-image-overlays
2296       (org-redisplay-inline-images)))
2297
2298   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2299
2300   ;; use xelatex to preview with imagemagick
2301   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2302            '(xelateximagemagick
2303         :programs ("xelatex" "convert")
2304         :description "pdf > png"
2305         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2306         :use-xcolor t
2307         :image-input-type "pdf"
2308         :image-output-type "png"
2309         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2310         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2311         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2312            )
2313   ;; use xelatex by default
2314   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2315
2316   ; from http://orgmode.org/Changes.html
2317   (defun my/org-repair-property-drawers ()
2318     "Fix properties drawers in current buffer.
2319    Ignore non Org buffers."
2320     (interactive)
2321     (when (eq major-mode 'org-mode)
2322       (org-with-wide-buffer
2323        (goto-char (point-min))
2324        (let ((case-fold-search t)
2325          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2326                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2327                      "END[ \t]*$"))))
2328      (org-map-entries
2329       (lambda ()
2330         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2331           (save-excursion
2332         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2333           (forward-line)
2334           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2335           (when (and (< (point) end)
2336                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2337                  (save-excursion
2338                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2339                     (eq (org-element-type
2340                      (save-match-data (org-element-at-point)))
2341                     'drawer))))
2342             (insert (delete-and-extract-region
2343                  (match-beginning 0)
2344                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
2345             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2346
2347 #+END_SRC
2348 ** Org-Gcal
2349 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2350 (use-package calfw
2351   :ensure f
2352   )
2353 (use-package calfw-org
2354   :ensure f
2355   )
2356 (use-package org-gcal
2357   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2358   :ensure f
2359   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2360                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2361             )
2362   )
2363 #+END_SRC
2364 ** appt integration
2365 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2366   (use-package appt
2367     :ensure f
2368     :config
2369     ;; Show notification 10 minutes before event
2370     (setq appt-message-warning-time 10)
2371     ;; Disable multiple reminders
2372     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2373     (setq appt-display-mode-line nil)
2374
2375     ;; add automatic reminders for appointments
2376     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2377       (interactive)
2378       (setq appt-time-msg-list nil)
2379       (org-agenda-to-appt))
2380     ;; add reminders when starting emacs
2381     (my/org-agenda-to-appt)
2382     ;; when rebuilding the agenda
2383     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2384       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2385       (my/org-agenda-to-appt)
2386       )
2387     ;; when saving all org buffers
2388     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2389       "Re-add appts after saving all org buffers"
2390       (my/org-agenda-to-appt))
2391     ;; Display appointments as a window manager notification
2392     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2393     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2394
2395     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2396
2397     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2398       (if (atom min-to-app)
2399       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2400     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2401       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2402                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2403       )
2404     )
2405
2406
2407 #+END_SRC
2408 ** End use-package
2409 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2410   )
2411 #+END_SRC
2412 * Keybindings
2413 ** Goto line
2414 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2415   (global-unset-key "\M-g")
2416   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2417 #+END_SRC
2418 * Debian
2419 ** debian-changelog
2420 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2421   (use-package debian-changelog-mode
2422     :mode "debian/changelog"
2423     :config
2424     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2425     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2426 #+END_SRC
2427 * Misc (uncharacterized)
2428 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2429   (setq calendar-latitude 38.6)
2430   (setq calendar-longitude -121.5)
2431   (setq case-fold-search t)
2432   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2433   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2434   (global-font-lock-mode 1)
2435   (icomplete-mode 1)
2436   (setq log-edit-keep-buffer t)
2437   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2438   (setq markdown-enable-math t)
2439   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2440   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2441   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2442   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2443   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2444   (setq ps-line-number-color "blue")
2445   (setq ps-print-footer t)
2446   (setq ps-print-footer-frame nil)
2447   (setq ps-print-only-one-header t)
2448   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2449   ]*")
2450   (setq sentence-end-double-space nil)
2451   ; enable matching parenthesis
2452   (show-paren-mode 1)
2453   (tool-bar-mode -1)
2454   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2455   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2456   (setq vc-follow-symlinks t)
2457
2458   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2459   ;; repositories inside of git directories
2460   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2461
2462   ;; switch back to the old primary selection method
2463   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2464   (setq x-select-enable-primary t)
2465   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2466
2467   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2468   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2469
2470   ;; tramp configuration
2471   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2472
2473   (setq-default c-indent-level 4)
2474   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2475   (setq-default c-brace-offset -4)
2476   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2477   (setq-default c-label-offset -4)
2478   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2479   ; tabs are annoying
2480   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2481   (setq-default tab-width 4)
2482
2483
2484   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2485   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2486   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2487   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2488   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2489
2490
2491   (defun insert-date ()
2492     "Insert date at point."
2493     (interactive)
2494     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2495   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2496
2497   (defun unfill-paragraph (arg)
2498     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2499     (interactive "*p")
2500     (let ((fill-column 10000))
2501       (fill-paragraph arg))
2502     )
2503
2504   (column-number-mode t)
2505
2506 #+END_SRC
2507 ** Desktop-save-mode
2508 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2509 emacs, and use a different desktop file to restore history
2510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2511   (use-package desktop
2512     :demand
2513     :config
2514     (setq desktop-base-file-name
2515           (convert-standard-filename
2516            (concat ".emacs"
2517                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2518                        "")
2519                    ".desktop")
2520            ))
2521     (setq desktop-base-lock-name
2522           (convert-standard-filename
2523            (concat desktop-base-file-name
2524                    ".lock")))
2525     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2526     (setq desktop-restore-eager 5)
2527     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2528     (desktop-save-mode 1)
2529     ; (desktop-read)
2530   )
2531 #+END_SRC
2532 ** Misc (Uncharacterized)
2533 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2534   '(icomplete-mode on)
2535   (custom-set-faces
2536    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2537    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2538    ;; Your init file should contain only one such instance.
2539    ;; If there is more than one, they won't work right.
2540    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2541
2542
2543   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2544   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2545   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2546
2547   ; (defun turn-on-flyspell ()
2548   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2549   ;    (interactive)
2550   ;    (flyspell-mode 1))
2551
2552
2553    ; Outline-minor-mode key map
2554    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2555    ; HIDE
2556    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2557    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2558    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2559    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2560    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2561    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2562    ; SHOW
2563    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2564    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2565    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2566    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2567    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2568    ; MOVE
2569    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2570    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2571    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2572    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2573    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2574    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2575   ; fix up tmux xterm keys
2576   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2577   (defun fix-up-tmux-keys ()
2578       "Fix up tmux xterm keys"
2579       (if (getenv "TMUX")
2580           (progn
2581             (let ((x 2) (tkey ""))
2582               (while (<= x 8)
2583                 ;; shift
2584                 (if (= x 2)
2585                     (setq tkey "S-"))
2586                 ;; alt
2587                 (if (= x 3)
2588                     (setq tkey "M-"))
2589                 ;; alt + shift
2590                 (if (= x 4)
2591                     (setq tkey "M-S-"))
2592                 ;; ctrl
2593                 (if (= x 5)
2594                     (setq tkey "C-"))
2595                 ;; ctrl + shift
2596                 (if (= x 6)
2597                     (setq tkey "C-S-"))
2598                 ;; ctrl + alt
2599                 (if (= x 7)
2600                     (setq tkey "C-M-"))
2601                 ;; ctrl + alt + shift
2602                 (if (= x 8)
2603                     (setq tkey "C-M-S-"))
2604
2605                 ;; arrows
2606                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2607                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2608                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2609                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2610                 ;; home
2611                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2612                 ;; end
2613                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2614                 ;; page up
2615                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2616                 ;; page down
2617                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2618                 ;; insert
2619                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2620                 ;; delete
2621                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2622                 ;; f1
2623                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2624                 ;; f2
2625                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2626                 ;; f3
2627                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2628                 ;; f4
2629                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2630                 ;; f5
2631                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2632                 ;; f6
2633                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2634                 ;; f7
2635                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2636                 ;; f8
2637                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2638                 ;; f9
2639                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2640                 ;; f10
2641                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2642                 ;; f11
2643                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2644                 ;; f12
2645                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2646                 ;; f13
2647                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2648                 ;; f14
2649                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2650                 ;; f15
2651                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2652                 ;; f16
2653                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2654                 ;; f17
2655                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2656                 ;; f18
2657                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2658                 ;; f19
2659                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2660                 ;; f20
2661                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2662
2663                 (setq x (+ x 1))
2664                 ))
2665             )
2666         )
2667       )
2668   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2669
2670   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2671     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2672     (if (or (buffer-modified-p)
2673             (verify-visited-file-modtime)
2674             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2675             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2676         ad-do-it
2677       (clear-visited-file-modtime)
2678       (not-modified)))
2679   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2680 #+END_SRC
2681
2682 * Start Server
2683 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2684   (use-package server
2685     :config
2686     (setq server-name
2687           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2688               "server"))
2689     (unless (server-running-p)
2690       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2691       (server-start)))
2692 #+END_SRC
2693
2694
2695
2696 * END
2697 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2698   (provide 'don-configuration)
2699 #+END_SRC