emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (setq package-enable-at-startup nil)
  32   (setq package--init-file-ensured t)
  33   (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  34                            ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  35                            ("org" . "http://orgmode.org/elpa/") ))
  36   (eval-and-compile
  37     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  38   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  39     (eval-when-compile
  40       (package-initialize)
  41       (unless (package-installed-p 'use-package)
  42         (package-refresh-contents)
  43         (package-install 'use-package))
  44       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  45         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  46         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  47         (nreverse (apply #'nconc
  48                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  49                  (mapcar #'(lambda (path)
  50                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  51                          (list path)
  52                        nil))
  53                      load-path))))))
  54
  55   (require 'use-package)
  56   (require 'diminish)
  57   (require 'bind-key)
  58 #+END_SRC
  59 ** Paradox
  60 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  61   (use-package paradox
  62     :ensure paradox
  63     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  64     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  65     )
  66 #+END_SRC
  67 * Add library paths
  68
  69 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  70   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  71   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  72 #+END_SRC
  73 * Disable custom-vars
  74 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  75   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  76   (setq custom-file "/dev/null")
  77 #+END_SRC
  78 * Misc functions
  79 ** with-library
  80 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  81 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
  82 ;; execute conditional code when loading libraries
  83 (defmacro with-library (symbol &rest body)
  84   `(when (require ,symbol nil t)
  85      ,@body))
  86 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
  87 #+END_SRC
  88
  89 * Variables
  90 ** Safe Local Variables
  91 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  92   (setq safe-local-variable-values
  93         (quote ((auto-save-default)
  94                 (make-backup-files)
  95                 (cperl-indent-level . 4)
  96                 (indent-level . 4)
  97                 (indent-tabs-mode . f)
  98                 )))
  99 #+END_SRC
 100 * Memory
 101 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 102   (setq global-mark-ring-max 128
 103         mark-ring-max 128
 104         kill-ring-max 128)
 105
 106   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 107     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 108
 109   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 110     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 111
 112   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 113   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 114 #+END_SRC
 115 * Modules
 116 ** Hippie Expand
 117 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 118   (use-package hippie-exp
 119     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 120     )
 121 #+END_SRC
 122 ** Flyspell 🐝
 123 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 124   (use-package flyspell
 125     :ensure t
 126     :diminish flyspell-mode 🐝
 127     :config
 128     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 129     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 130     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 131     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 132     :init
 133     (setq ispell-program-name "ispell")
 134     )
 135
 136 #+END_SRC
 137 ** Flymake
 138 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 139   (use-package flymake
 140     :diminish "Φ")
 141 #+end_src
 142
 143 ** Winnermode
 144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 145   (winner-mode 1)
 146 #+END_SRC
 147 ** Eyebrowse
 148
 149 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 150   (use-package eyebrowse
 151     :ensure t
 152     :diminish eyebrowse-mode
 153     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 154     :config (progn
 155               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 156               (eyebrowse-mode t)
 157
 158               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 159                 (interactive)
 160                 (let ((done nil))
 161                   (dotimes (i 10)
 162                     ;; start at 1 run till 0
 163                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 164                       (when (and (not done)
 165                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 166                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 167                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 168                         (setq done t)
 169                         ))
 170                     )))
 171
 172               ;; I don't use latex-preview-pane
 173               ;; (require 'latex-preview-pane)
 174               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 175               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 176               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 177               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 178               ;;   ;; edit the TeX file.
 179               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 180               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 181
 182               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 183               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 184
 185               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 186               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 187               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 188               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 189               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 190               )
 191     )
 192 #+END_SRC
 193
 194 ** Window handling
 195
 196 *** Splitting
 197 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 198   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 199     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 200     (interactive)
 201     (split-window-vertically)
 202     (other-window 1 nil)
 203     (switch-to-next-buffer))
 204
 205   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 206     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 207     (interactive)
 208     (split-window-horizontally)
 209     (other-window 1 nil)
 210     (switch-to-next-buffer))
 211
 212   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 213   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 214
 215   (setq split-width-threshold  100)
 216   (setq split-height-threshold 60)
 217
 218   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 219     "If there's only one window (excluding any possibly active
 220            minibuffer), then split the current window horizontally."
 221     (if (and (one-window-p t)
 222              (not (active-minibuffer-window))
 223              ( < (frame-width) (frame-height))
 224              )
 225         (let ((split-width-threshold nil))
 226           (split-window-sensibly window))
 227       (split-window-sensibly window)))
 228
 229   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 230   (setq window-combination-resize t)
 231 #+END_SRC
 232
 233 *** Compilation window
 234
 235 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 236 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 237 the former case, if there was no error the window closes
 238 automatically.
 239
 240 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 241   (add-to-list 'display-buffer-alist
 242                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 243                  (display-buffer-reuse-window
 244                   display-buffer-in-side-window)
 245                  (reusable-frames . visible)
 246                  (side            . bottom)
 247                  (window-height   . 0.4)))
 248 #+END_SRC
 249
 250 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 251   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 252     ;; If M-x compile exists with a 0
 253     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 254       ;; and delete the *compilation* window
 255       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 256         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 257                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 258                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 259           (delete-window compilation-window))))
 260     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 261     (cons msg code))
 262
 263   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 264   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 265 #+END_SRC
 266
 267 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 268 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 269 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 270 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 271 value, scrolling continues until there is no more output.
 272
 273 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 274   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 275 #+END_SRC
 276
 277 ** Mode line cleaning
 278 *** Diminish
 279 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 280   (use-package diminish
 281     :ensure t)
 282 #+END_SRC
 283
 284 *** Delight
 285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 286   (use-package delight
 287     :ensure t)
 288 #+END_SRC
 289
 290 ** Jumping
 291 *** Avy
 292 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 293   (use-package avy
 294     :ensure t
 295     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 296            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 297            ("M-g g" . avy-goto-line))
 298     :config (progn (setq avy-background t))
 299     )
 300 #+END_SRC
 301 *** Ace-link (jumping to links)
 302 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 303   (use-package ace-link
 304     :ensure t
 305     ; bind o in most modes
 306     :config (ace-link-setup-default))
 307 #+END_SRC
 308 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 309 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 310   (use-package goto-chg
 311     :ensure t
 312     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 313            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 314     )
 315 #+END_SRC
 316 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 317 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 318   (use-package bm
 319     :ensure t
 320     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 321            ("C-c j b ," . bm-previous)
 322            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 323 #+END_SRC
 324
 325 ** Snippets
 326 *** Yasnippet
 327 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 328   (use-package yasnippet
 329     :ensure t
 330     :diminish yas-minor-mode
 331     :config (progn
 332               (yas-global-mode)
 333               (setq yas-verbosity 1)
 334               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 335               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 336               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 337               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 338                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 339               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 340                                'yas-hippie-try-expand)
 341               (yas-reload-all)
 342               )
 343     )
 344 #+END_SRC
 345 *** Auto-YASnippet
 346 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 347   (use-package auto-yasnippet
 348     :bind (("H-w" . aya-create)
 349            ("H-y" . aya-expand)
 350            )
 351     )
 352 #+END_SRC
 353 ** Company
 354 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 355   (use-package company
 356     :ensure t
 357     :bind (("M-/" . company-complete))
 358     :config
 359     (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 360           company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 361           company-selection-wrap-around t
 362           company-require-match nil
 363           company-dabbrev-ignore-case t
 364           company-dabbrev-ignore-invisible t
 365           company-dabbrev-other-buffers t
 366           company-dabbrev-downcase nil
 367           company-dabbrev-code-everywhere t
 368           company-tooltip-align-annotations t
 369           company-minimum-prefix-length 1
 370           company-global-modes '(not)
 371           company-lighter-base "(C)")
 372     (global-company-mode 1)
 373
 374     (bind-key "C-n"   #'company-select-next company-active-map)
 375     (bind-key "C-p"   #'company-select-previous company-active-map)
 376     (bind-key "<tab>" #'company-complete company-active-map)
 377     (bind-key "M-?"   #'company-show-doc-buffer company-active-map)
 378     (bind-key "M-."   #'company-show-location company-active-map)
 379     (bind-key "M-/"   #'company-complete-common org-mode-map)
 380     )
 381 #+END_SRC
 382 *** C/C++
 383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 384   (use-package company-c-headers
 385     :ensure t
 386     :config (progn
 387               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 388                 "Return the system include path for the current buffer."
 389                 (when ede-object
 390                   (ede-system-include-path ede-object)))
 391
 392               (setq company-c-headers-path-system
 393                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 394
 395               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 396 #+END_SRC
 397 *** Python
 398 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 399 (use-package company-anaconda
 400   :ensure t
 401   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 402 #+END_SRC
 403 *** Perl
 404 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 405   (use-package company-plsense
 406     :ensure t
 407     )
 408 #+END_SRC
 409 *** LaTeX
 410 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 411   (use-package company-math
 412     :ensure t)
 413 #+END_SRC
 414 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 415   (use-package company-auctex
 416     :ensure t
 417     :config (progn
 418               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 419                 "company-auctex-labels backend"
 420                 (interactive (list 'interactive))
 421                 (case command
 422                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 423                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 424                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 425
 426               (add-to-list 'company-backends
 427                            '(company-auctex-macros
 428                              company-auctex-environments
 429                              company-math-symbols-unicode
 430                              company-math-symbols-latex))
 431
 432               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 433               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 434               )
 435     )
 436 #+END_SRC
 437 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 438   (use-package company-bibtex
 439     :ensure t
 440     )
 441 #+END_SRC
 442 *** Shell
 443
 444  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 445    (use-package company-shell
 446      :ensure t
 447      :config (progn
 448                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 449                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 450  #+END_SRC
 451
 452 *** YaSnippet
 453
 454  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 455
 456  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 457
 458  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 459    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 460      "Enable yasnippet for all backends.")
 461
 462    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 463      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 464              (and (listp backend)
 465                   (member 'company-yasnippet backend)))
 466          backend
 467        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 468                '(:with company-yasnippet))))
 469
 470    (setq company-backends
 471          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 472  #+END_SRC
 473
 474 *** All the words
 475
 476  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 477
 478  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 479    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 480      (interactive)
 481      (cond
 482       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 483        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 484        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 485        (message "company-ispell disabled"))
 486       (t
 487        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 488        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 489        (message "company-ispell enabled!"))))
 490
 491    (defun malb/company-ispell-setup ()
 492      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 493      (when (boundp 'company-backends)
 494        (make-local-variable 'company-backends)
 495        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 496        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 497        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 498        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 499                 ispell-alternate-dictionary)
 500            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 501  #+END_SRC
 502
 503 *** Tab DWIM
 504
 505  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 506
 507  2. This function then hopefully does what I want:
 508
 509     a. if a region is active, just indent
 510     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 511     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 512     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 513
 514  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 515
 516 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 517   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 518     (interactive "P")
 519     (cond
 520      ;; if a region is active, indent
 521      ((use-region-p)
 522       (indent-region (region-beginning)
 523                      (region-end)))
 524      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 525      ((and (not (active-minibuffer-window))
 526            (or (looking-at " ")
 527                (looking-at "$"))
 528            (looking-back "[^[:space:]]")
 529            (not (looking-back "^")))
 530
 531       (cond (company-mode (company-complete-common))
 532             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 533
 534      ;; no whitespace anywhere
 535      ((and (not (active-minibuffer-window))
 536            (looking-at "[^[:space:]]")
 537            (looking-back "[^[:space:]]")
 538            (not (looking-back "^")))
 539       (cond
 540        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 541         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 542        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 543         (save-excursion (outline-cycle)))))
 544
 545      ;; by default just call whatever was bound
 546      (t
 547       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 548                     'indent-for-tab-command)))
 549         (if (not (called-interactively-p 'any))
 550             (fn arg)
 551           (setq this-command fn)
 552           (call-interactively fn))))))
 553
 554   (defun malb/toggle-fold ()
 555     (interactive)
 556     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 557            (org-force-cycle-archived))
 558           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 559            (save-excursion
 560              (end-of-line)
 561              (hs-toggle-hiding)))
 562
 563           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 564            (save-excursion
 565              (outline-cycle)))))
 566
 567   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 568   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 569 #+END_SRC
 570 ** Tinyprocmail
 571
 572 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 573   ;; load tinyprocmail
 574   (use-package tinyprocmail
 575     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 576     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 577     )
 578 #+END_SRC
 579
 580 ** Magit
 581 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 582   (use-package magit
 583     :ensure t
 584     :bind (("C-x g" . magit-status)
 585            ("C-x C-g" . magit-status))
 586     :config
 587     ;; refine diffs always (hilight words)
 588     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 589     )
 590   (use-package magit-annex
 591     :ensure t
 592     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 593     )
 594   (use-package magit-vcsh
 595     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 596     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 597     )
 598 #+END_SRC
 599
 600 ** Perl
 601 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 602   (use-package cperl-mode
 603     :config
 604     (progn
 605       ;; Use c-mode for perl .xs files
 606       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 607       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 608       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 609       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 610       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 611       (setq cperl-hairy t
 612             cperl-indent-level 4
 613             cperl-auto-newline nil
 614             cperl-auto-newline-after-colon nil
 615             cperl-continued-statement-offset 4
 616             cperl-brace-offset -1
 617             cperl-continued-brace-offset 0
 618             cperl-label-offset -4
 619             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 620             cperl-electric-lbrace-space nil
 621             cperl-indent-parens-as-block nil
 622             cperl-close-paren-offset -1
 623             cperl-tab-always-indent t)
 624       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 625   ))
 626 #+END_SRC
 627
 628 ** Markdown mode
 629 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 630   (use-package markdown-mode
 631     :ensure t
 632     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 633            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 634            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 635            )
 636     :config
 637     (setq markdown-enable-math t)
 638     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 639     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 640     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 641     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 642     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 643   )
 644
 645 #+END_SRC
 646 ** SQL mode
 647 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 648   ; load sql-indent when sql is loaded
 649 (use-package sql
 650   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 651   :config
 652   (require sql-indent))
 653 #+END_SRC
 654 ** Ediff
 655 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 656   (use-package ediff
 657     :commands ediff ediff3
 658     :ensure f
 659     :config
 660     ;; ediff configuration
 661     ;; don't use the multi-window configuration
 662     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 663   )
 664 #+END_SRC
 665 ** VCL --editing varnish configuration files
 666 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 667   (use-package vcl-mode
 668     :ensure t
 669     :mode "\\.vcl\\'"
 670     )
 671
 672 #+END_SRC
 673 ** Helm
 674 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 675   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 676     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 677     (interactive)
 678     (unless helm-source-buffers-list
 679       (setq helm-source-buffers-list
 680             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 681     (helm-other-buffer
 682      (append
 683
 684      (if (projectile-project-p)
 685           '(helm-source-projectile-buffers-list
 686             helm-source-buffers-list)
 687         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 688
 689       `(((name . "Virtual Workspace")
 690          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 691                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 692          (action . (lambda (candidate)
 693                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 694
 695       (if (projectile-project-p)
 696           '(helm-source-projectile-recentf-list
 697             helm-source-recentf)
 698         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 699
 700       ;; always make some common files easily accessible
 701       ;;'(((name . "Common Files")
 702        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 703         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 704
 705       '(helm-source-files-in-current-dir
 706         helm-source-locate
 707         helm-source-bookmarks
 708         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 709         ))
 710      "*Helm all the things*"))
 711   (use-package helm
 712     :ensure helm
 713     :diminish helm-mode
 714     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 715            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 716            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 717            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 718            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 719     :config
 720     (require 'helm-config)
 721     (require 'helm-for-files)
 722     (require 'helm-bookmark)
 723
 724     (helm-mode 1)
 725     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 726     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 727     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 728     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 729     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 730       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 731       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 732     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 733   )
 734 #+END_SRC
 735 *** Helm Flx
 736
 737  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 738
 739  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 740  (use-package helm-flx
 741    :ensure t
 742    :config (progn
 743              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 744              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 745                    helm-bookmark-show-location           t
 746                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 747                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 748                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 749                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 750                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 751                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 752                    helm-quick-update                     t
 753                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 754                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 755              (helm-flx-mode +1)))
 756  #+END_SRC
 757 *** Helm Swoop
 758 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 759
 760   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 761   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 762     (thing-at-point 'symbol))
 763     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 764     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 765           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 766           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 767           ein:notebook-multilang-mode))
 768
 769     (defun malb/swoop-or-search ()
 770       (interactive)
 771       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 772               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 773           (isearch-forward)
 774         (helm-swoop)))
 775
 776     (use-package helm-swoop
 777       :ensure t
 778       :commands helm-swoop
 779       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 780              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 781              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 782       :config (progn
 783
 784                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 785                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 786                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 787                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 788                       helm-swoop-speed-or-color t)
 789
 790                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 791                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 792                   (interactive)
 793                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 794                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 795                           (previous-history-element 1)
 796                         (helm-next-line))
 797                     (helm-next-line)))
 798
 799                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 800                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 801                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 802                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 803                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 804                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 805       )
 806
 807 #+END_SRC
 808 *** Helm Ag
 809 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 810 (use-package helm-ag
 811   :ensure t
 812   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 813                 helm-ag-command-option "--all-text"
 814                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 815                 helm-ag-fuzzy-match t
 816                 helm-ag-use-temp-buffer t
 817                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 818                 helm-ag-use-agignore t))
 819 #+END_SRC
 820 *** Helm Descbinds
 821 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 822   (use-package helm-descbinds
 823     :ensure t
 824     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 825     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 826 #+END_SRC
 827
 828 *** Helm YaSnippet
 829 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 830   (use-package helm-c-yasnippet
 831     :ensure t
 832     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 833     :config (progn
 834               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 835 #+END_SRC
 836 *** Helm Org Rifle
 837 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 838   (use-package helm-org-rifle
 839     :ensure t
 840     :config (progn
 841               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 842                 (interactive "p")
 843                 (let ((current-prefix-arg nil))
 844                   (cond
 845                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 846                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 847                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 848 #+END_SRC
 849 *** Helm Google
 850 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 851 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 852   (use-package helm-google
 853     :ensure t
 854     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 855     :config
 856     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 857                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 858                                          (let ((url
 859                                                 (replace-regexp-in-string
 860                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 861                                                  "\\1" candidate)))
 862                                            (kill-new url))))
 863                         t
 864                         )
 865
 866            (add-to-list 'helm-google-actions
 867                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 868                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 869                                                      (url
 870                                                       (replace-regexp-in-string
 871                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 872                                                        "\\1" candidate)))
 873                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 874                         t)
 875            ))
 876 #+END_SRC
 877
 878 ** Projectile -- Project management
 879 #+begin_src emacs-lisp
 880   (use-package projectile
 881     :ensure t
 882     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 883            ("<f6>" . next-error))
 884     :config (progn
 885               (use-package magit :ensure t)
 886               (require 'helm-projectile)
 887               (helm-projectile-on)
 888
 889               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 890                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 891                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 892
 893               (projectile-global-mode)))
 894 #+end_src
 895
 896 *** helm integration
 897 #+begin_src emacs-lisp
 898   (use-package helm-projectile
 899     :ensure t
 900     :config (progn
 901               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 902                 (helm-build-dummy-source
 903                     "Create file"
 904                   :action 'find-file))
 905
 906               (add-to-list
 907                'helm-projectile-sources-list
 908                malb/helm-source-file-not-found t)
 909
 910               (helm-delete-action-from-source
 911                "Grep in projects `C-s'"
 912                helm-source-projectile-projects)
 913
 914               (helm-add-action-to-source
 915                "Grep in projects `C-s'"
 916                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 917 #+end_src
 918 ** Zap to char
 919 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 920   (use-package avy-zap
 921     :ensure t
 922     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 923 #+END_SRC
 924 ** Hydra
 925 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 926   (use-package hydra
 927     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 928            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 929            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 930            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 931            )
 932     :config
 933     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 934     "
 935   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 936   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 937   _p_: read papers      _R_: paper notes
 938   _h_: hpcbio
 939   _q_: quit
 940   _z_: quit
 941   "
 942     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 943     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 944     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 945     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 946     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 947     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 948     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 949     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 950     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 951     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 952     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 953     ("q" nil "quit")
 954     ("z" nil "quit")
 955     )
 956
 957     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 958     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 959     "
 960   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 961   ^^^^^^------------------------------------------------------
 962   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 963   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 964   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
 965   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
 966   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
 967   _d_: subtree
 968
 969   "
 970     ;; Hide
 971     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 972     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 973     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
 974     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
 975     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 976     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 977     ;; Show
 978     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
 979     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
 980     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 981     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 982     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 983     ;; Move
 984     ("u" outline-up-heading)                ; Up
 985     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
 986     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
 987     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
 988     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
 989     ("z" nil "leave"))
 990   )
 991 #+END_SRC
 992
 993 ** Tramp
 994 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 995   (use-package tramp
 996     :config
 997     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
 998                                   (tramp-login-program "vcsh")
 999                                   (tramp-login-args
1000                                    (("enter")
1001                                     ("%h")))
1002                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1003                                   (tramp-remote-shell-args
1004                                    ("-c")))))
1005 #+END_SRC
1006 ** Reftex
1007 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1008   (use-package reftex
1009     :ensure t
1010     :config
1011     (setq-default reftex-default-bibliography
1012                     '("~/projects/research/references.bib")))
1013 #+END_SRC
1014 ** BibTex
1015 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1016   (use-package bibtex
1017     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1018                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1019                           ("abstract" "")
1020                   ("pmid" "")
1021                   ("doi" ""))))
1022     )
1023
1024 #+END_SRC
1025 ** LaTeX
1026 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1027   (use-package tex
1028     :defer t
1029     :ensure auctex
1030     :config
1031     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1032     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1033     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1034     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1035     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1036     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1037     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1038     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1039     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1040     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1041     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1042
1043     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1044     ;; support fake section headers
1045     (setq TeX-outline-extra
1046           '(("%chapter" 1)
1047             ("%section" 2)
1048             ("%subsection" 3)
1049             ("%subsubsection" 4)
1050             ("%paragraph" 5)))
1051     ;; add font locking to the headers
1052     (font-lock-add-keywords
1053      'latex-mode
1054      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1055         0 'font-lock-keyword-face t)
1056        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1057        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1058        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1059        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1060        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1061
1062     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1063     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1064     (setq TeX-open-quote "“")
1065     (setq TeX-close-quote "”")
1066
1067     ;; (TeX-add-style-hook
1068     ;;  "latex"
1069     ;;  (lambda ()
1070     ;;    (TeX-add-symbols
1071     ;;     '("DLA" 1))))
1072     ;; (custom-set-variables
1073     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1074     ;;    '(("fixme"
1075     ;;       ("DLA" "RZ")
1076     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1077     ;; )
1078     (setq-default TeX-parse-self t)
1079     (setq-default TeX-auto-save t)
1080     (setq-default TeX-master nil)
1081     (eval-after-load
1082         "latex"
1083       '(TeX-add-style-hook
1084         "cleveref"
1085         (lambda ()
1086           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1087               (add-to-list
1088                'reftex-ref-style-alist
1089                '("Cleveref" "cleveref"
1090                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1091           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1092           (TeX-add-symbols
1093            '("cref" TeX-arg-ref)
1094            '("Cref" TeX-arg-ref)
1095            '("cpageref" TeX-arg-ref)
1096            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1097     (eval-after-load
1098         "latex"
1099       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1100                     '("Sexpr")))
1101
1102     (use-package font-latex
1103       :config
1104       (setq font-latex-match-reference-keywords
1105             '(
1106               ("fref" "{")
1107               ("Fref" "{")
1108               ("citep" "{")
1109               ("citet" "{")
1110               ("acs" "{")
1111               ("acsp" "{")
1112               ("ac" "{")
1113               ("acp" "{")
1114               ("acl" "{")
1115               ("aclp" "{")
1116               ("acsu" "{")
1117               ("aclu" "{")
1118               ("acused" "{")
1119               ("DLA" "{")
1120               ("RZ" "{")
1121               ("OM" "{")
1122               ("DL" "{")
1123               ("fixme" "{"))
1124             )
1125       )
1126     (setq font-latex-fontify-script nil)
1127     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1128     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1129   )
1130
1131 #+END_SRC
1132 ** ESS
1133 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1134   (use-package ess
1135     :ensure t
1136     :commands R
1137     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1138     :bind (:map ess-mode-map
1139                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1140     :init
1141     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1142     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1143     :config
1144     ; actually load the rest of ess
1145     (require 'ess-site)
1146     (defun ess-change-directory (path)
1147       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1148       (interactive "Directory to change to: ")
1149
1150       (when (file-exists-p path)
1151         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1152         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1153         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1154     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1155     ;; outlining support for ess modes
1156     (add-hook
1157      'ess-mode-hook
1158      '(lambda ()
1159         (outline-minor-mode)
1160         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1161         (defun outline-level ()
1162           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1163                 ((looking-at "^#### ") 2)
1164                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1165                 (t 1000)))
1166         ))
1167     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1168       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1169       (interactive "r")
1170       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1171       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1172     ;; Don't restore history or save workspace image
1173     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1174     )
1175 #+END_SRC
1176
1177 ** Rainbowmode
1178 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1179
1180 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1181   (use-package rainbow-mode
1182     ;; add ess to the x major mode
1183     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1184     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1185   )
1186 #+END_SRC
1187
1188 ** Polymode
1189 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1190   (use-package polymode
1191     :config
1192     (use-package poly-R)
1193     (use-package poly-noweb)
1194     (use-package poly-markdown)
1195     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1196     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1197     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1198     )
1199 #+END_SRC
1200
1201 ** Outlining
1202 *** Outline magic
1203 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1204   (use-package outline-magic)
1205 #+END_SRC
1206 *** Outline mode
1207 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1208 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1209 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1210 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1211 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1212 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1213
1214 #+END_SRC
1215 ** Writeroom Mode
1216 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1217   (use-package writeroom-mode
1218     :config
1219     (defun my/writing-mode ()
1220       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1221       (interactive)
1222       (if writeroom-mode
1223           (progn
1224             (writeroom-mode -1)
1225             (visual-line-mode -1)
1226             (auto-fill-mode -1)
1227             (visual-fill-column-mode -1)
1228             )
1229         (visual-line-mode 1)
1230         (auto-fill-mode 1)
1231         (visual-fill-column-mode 1)
1232         (writeroom-mode 1))
1233       )
1234     )
1235 #+END_SRC
1236 ** GhostText/Atomic Chrome
1237 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1238   (use-package atomic-chrome
1239     :config
1240     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1241     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1242     )
1243 #+END_SRC
1244 ** Multiple Cursors
1245    :PROPERTIES:
1246    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1247    :END:
1248 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1249 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1250   (use-package multiple-cursors
1251     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1252             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1253             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1254             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1255     )
1256 #+END_SRC
1257 ** Web Mode
1258 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1259   (use-package web-mode
1260     :config
1261     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1262     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1263     (setq web-mode-engines-alist
1264           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1265     )
1266 #+END_SRC
1267 ** Spamassassin Mode
1268 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1269   (use-package spamassassin-mode
1270     :commands spamassassin-mode
1271     :ensure f
1272     )
1273 #+END_SRC
1274 ** Password Store
1275 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1276   (use-package password-store
1277     :ensure f
1278     :commands password-store-edit password-store-generate
1279     )
1280 #+END_SRC
1281 ** CSS mode
1282 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1283   (use-package css
1284     :mode "\\.css'"
1285     :config
1286     ;; fix up css mode to not be silly
1287     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1288     (setq cssm-indent-level 4)
1289     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1290     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1291     (setq cssm-mirror-mode nil))
1292 #+END_SRC
1293 ** Abbrev Mode
1294 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1295   (use-package abbrev
1296     :diminish abbrev-mode
1297     :config
1298     ;; load abbreviations from
1299     (setq abbrev-file-name
1300           "~/.emacs_abbrev_def")
1301
1302     ;; read the abbrev file if it exists
1303     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1304         (quietly-read-abbrev-file))
1305
1306     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1307     (setq default-abbrev-mode t))
1308 #+END_SRC
1309
1310 * Email
1311 ** Mutt
1312 *** Message-mode
1313 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1314   (use-package message
1315     :ensure f
1316     :diminish (message "✉")
1317     :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1318     :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1319     :hook 'my/message-mode-settings
1320     :hook 'turn-on-flyspell
1321     :bind (:map message-mode-map
1322         ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1323     :delight (message-mode "✉")
1324     :config
1325     (defun my/message-mode-settings ()
1326       (font-lock-add-keywords nil
1327                   '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1328                  (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1329                 ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1330                  (0 'message-double-quoted-text-face))))
1331       )
1332
1333     (defun my/post-attach-file ()
1334       "Prompt for an attachment."
1335       (interactive)
1336       (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1337         (my/header-attach-file file "")))
1338
1339     (defun my/header-attach-file (file description)
1340       "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1341     Argument DESCRIPTION MIME description."
1342       (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1343       (when (> (length file) 0)
1344     (save-excursion
1345       (save-match-data
1346         (save-restriction
1347           (widen)
1348           (goto-char (point-min))
1349           (search-forward-regexp "^$")
1350           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1351                   description "\n"))
1352           (message (concat "Attached '" file "'."))
1353           (setq post-has-attachment t))))))
1354
1355     (setq mail-yank-prefix "> ")
1356   )
1357 #+END_SRC
1358 *** Muttrc mode
1359 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1360   (use-package muttrc-mode
1361     :mode "muttngrc"
1362     :mode "muttrc"
1363   )
1364
1365 #+END_SRC
1366 * Base emacs
1367 ** Reverting buffers
1368 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1369   (use-package autorevert
1370     :diminish auto-revert-mode
1371     :config
1372     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1373           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1374           auto-revert-verbose nil)
1375     (global-auto-revert-mode 1))
1376 #+END_SRC
1377 * Org Mode
1378 ** Use-package and load things
1379 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1380
1381   (use-package org
1382     :delight (org-mode "ø")
1383     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1384     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1385            ("C-c a"  . org-agenda)
1386            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1387 #+END_SRC
1388 ** Agenda Configuration
1389 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1390   :config
1391   (setq-default org-log-done 'time)
1392   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1393
1394   ;; agenda configuration
1395   ;; Do not dim blocked tasks
1396   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1397   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1398   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1399
1400   ;; Compact the block agenda view
1401   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1402
1403   ;; Custom agenda command definitions
1404   (setq org-agenda-custom-commands
1405         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1406                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1407                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1408                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1409                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1410                   (org-agenda-sorting-strategy
1411                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1412                 (" " "Agenda"
1413                  ((agenda "" nil)
1414                   (tags "REFILE"
1415                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1416                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1417                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1418                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1419                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1420                               (org-agenda-sorting-strategy
1421                                '(category-keep))))
1422                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1423                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1424                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1425                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1426                               (org-agenda-sorting-strategy
1427                                '(category-keep))))
1428                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1429                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1430                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1431                                                                         ""
1432                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1433                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1434                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1435                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1436                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1437                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1438                               (org-agenda-sorting-strategy
1439                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1440                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1441                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1442                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1443                                                                         ""
1444                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1445                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1446                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1447                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1448                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1449                               (org-agenda-sorting-strategy
1450                                '(category-keep))))
1451                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1452                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1453                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1454                                                                         ""
1455                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1456                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1457                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1458                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1459                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1460                               (org-agenda-sorting-strategy
1461                                '(category-keep))))
1462                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1463                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1464                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1465                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1466                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1467                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1468                   (tags "-REFILE/"
1469                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1470                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1471                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1472                  nil))))
1473
1474   ; org mode agenda files
1475   (setq org-agenda-files
1476         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1477             "~/projects/org-notes/notes.org"
1478             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1479             "~/projects/org-notes/refile.org"
1480             "~/projects/org-notes/diary.org"
1481             "~/projects/org-notes/ool.org"
1482             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1483             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1484             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1485             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1486             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1487             "~/org-mode/from-mobile.org"
1488             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1489
1490   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1491   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1492   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1493   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1494   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1495   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1496   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1497   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1498   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1499   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1500   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1501     (interactive "P")
1502     (with-temp-buffer
1503       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1504         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1505         (goto-char (point-max))
1506         (newline))
1507       (write-file "/tmp/timeline.org")
1508       (org-agenda arg "L")))
1509   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1510
1511 #+END_SRC
1512 ** General config
1513 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1514   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1515   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1516
1517   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1518   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1519 #+END_SRC
1520 ** Capture Templates
1521 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1522   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1523         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1524            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1525           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1526            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1527           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1528            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1529           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1530            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1531           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1532            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1533           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1534            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1535           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1536            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1537           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1538            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1539           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1540            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1541           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1542            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1543           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1544            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1545            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1546                                        "Jobs"
1547                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1548            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1549           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1550            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1551           )
1552         )
1553
1554   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1555   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1556     (interactive)
1557     (save-excursion
1558       (beginning-of-line 0)
1559       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1560
1561   (defun my/org-add-id ()
1562     (interactive)
1563     (save-excursion
1564       (if (org-current-level)
1565           ()
1566         (forward-char 1)
1567         )
1568       (org-id-get-create)
1569       )
1570   )
1571
1572 #+END_SRC
1573 ** Org mode key bindings
1574 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1575   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1576   ;; Custom Key Bindings
1577   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1578           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1579           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1580           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1581           ("<f12>" . org-agenda)
1582           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1583           ("<S-f5>" . bh/widen)
1584           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1585           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1586           ("<f9> <f9>" . org-agenda)
1587           ("<f9> b" . bbdb)
1588           ("<f9> c" . calendar)
1589           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1590           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1591           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1592           ("<f9> w" . widen)
1593
1594           ("<f9> r" . boxquote-region)
1595           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1596
1597           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1598           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1599
1600           ("<f9> v" . visible-mode)
1601           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1602           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1603           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1604           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1605           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1606           ("C-<f10>" . next-buffer)
1607           ("<f11>" . org-clock-goto)
1608           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1609           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1610           ("C-c c" . org-capture))
1611   :config
1612 #+END_SRC
1613 ** Utility Functions
1614 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1615   (defun bh/hide-other ()
1616     (interactive)
1617     (save-excursion
1618       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1619       (hide-other)
1620       (org-cycle)
1621       (org-cycle)
1622       (org-cycle)))
1623
1624   (defun bh/set-truncate-lines ()
1625     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1626     (interactive)
1627     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1628     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1629     (save-excursion
1630       (set-window-start (selected-window)
1631                         (window-start (selected-window)))))
1632
1633   (defun bh/switch-to-scratch ()
1634     (interactive)
1635     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1636
1637   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1638   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1639
1640   ; create function to create headlines in file. This comes from
1641   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1642   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1643     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1644   do not already have one."
1645     (interactive)
1646     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1647   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1648     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1649   (or narrowed region)."
1650     (interactive)
1651     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1652   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1653   ; (add-hook 'org-mode-hook
1654   ;           (lambda ()
1655   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1656 #+END_SRC
1657 ** Keywords (TODO)
1658 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1659   (setq org-todo-keywords
1660         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1661                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1662
1663   (setq org-todo-keyword-faces
1664         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1665                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1666                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1667                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1668                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1669                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1670                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1671                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1672
1673   (setq org-todo-state-tags-triggers
1674         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1675                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1676                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1677                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1678                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1679                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1680                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1681
1682
1683
1684   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1685   ; add ids on creation of nodes
1686   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1687
1688
1689   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1690   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1691   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1692
1693   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1694   ; use C-M-r for org mode capture
1695   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1696
1697   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1698   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1699                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1700
1701   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1702   (setq org-refile-use-outline-path t)
1703
1704   ; Targets complete directly with IDO
1705   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1706
1707   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1708   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1709
1710   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1711   ; (setq org-completion-use-ido t)
1712   ; (setq ido-everywhere t)
1713   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1714   ; (ido-mode (quote both))
1715   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1716   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1717   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1718   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1719   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1720
1721
1722   ;;;; Refile settings
1723   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1724   (defun bh/verify-refile-target ()
1725     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1726     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1727
1728   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1729
1730   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1731   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1732   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1733   (require 'org-protocol)
1734   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1735   (setq my-org-protocol-flag nil)
1736   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1737     "Delete frame at remember finalization"
1738     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1739            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1740   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1741     "Delete frame at remember refile"
1742     (if my-org-protocol-flag
1743         (progn
1744           (setq my-org-protocol-flag nil)
1745           ad-do-it
1746           (delete-frame))
1747       ad-do-it)
1748     )
1749   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1750     "Delete frame at remember abort"
1751     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1752            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1753   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1754     (setq my-org-protocol-flag t))
1755
1756   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1757     (org-id-get-create)
1758     )
1759
1760   ;; org modules
1761   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1762
1763   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1764   (defun open-mail-in-mutt (message)
1765     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1766
1767   Message can be specified either by a path pointing inside a
1768   Maildir, or by Message-ID."
1769     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1770     (shell-command
1771      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1772          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1773
1774   ;; add support for "mutt:ID" links
1775   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1776
1777   (defun my-org-mode-setup ()
1778     ; (load-library "reftex")
1779     (and (buffer-file-name)
1780          (file-exists-p (buffer-file-name))
1781          (progn
1782            ; (reftex-parse-all)
1783            (reftex-set-cite-format
1784             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1785               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1786               (?c . "\\cite{%l}")
1787               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1788            ))
1789     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1790     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1791     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1792     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1793     )
1794   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1795
1796   (defun org-mode-reftex-search ()
1797     (interactive)
1798     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1799
1800   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1801     "Open a paper by bibtex key"
1802     (interactive "bibtex key: ")
1803     (shell-command
1804      (format "%s %s"
1805          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1806   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1807   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1808     "Open a paper pdf by bibtex key"
1809     (interactive "bibtex key: ")
1810     (shell-command
1811      (format "%s -p evince_annot %s"
1812          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1813   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1814
1815   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1816                '("notes" .
1817                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1818
1819   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1820   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1821
1822   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1823   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1824                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1825
1826    ;; stolen from
1827   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1828   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1829     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1830     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1831                      (match-string 1 path)))
1832            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1833       (cond ((eq format 'latex)
1834              (if (or (not desc)
1835                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1836                  (format "\\cite{%s}" search)
1837                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1838
1839   (org-add-link-type "rtcite"
1840                      'org-bibtex-open
1841                      'my-rtcite-export-handler)
1842
1843
1844 #+END_SRC
1845 ** Org Mobile Configuration
1846 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1847   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1848   (when (string= system-name "linnode")
1849     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1850   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1851   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1852
1853 #+END_SRC
1854 ** Org iCal Support
1855 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1856   ;; org mode ical export
1857   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1858   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1859   ;; we already add the id manually
1860   (setq org-icalendar-store-UID t)
1861
1862 #+END_SRC
1863 ** General Org Babel Configuration
1864 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1865   ;; org babel support
1866   (org-babel-do-load-languages
1867    'org-babel-load-languages
1868    '((emacs-lisp . t )
1869      (R . t)
1870      (latex . t)
1871      (ditaa . t)
1872      (dot . t)
1873      ))
1874   ;; use graphviz-dot for dot things
1875   (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1876   ;; org-babel-by-backend
1877   (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1878      `(case (if (boundp 'backend)
1879                 (org-export-backend-name backend)
1880               nil) ,@body))
1881
1882   (defun my/fix-inline-images ()
1883     (when org-inline-image-overlays
1884       (org-redisplay-inline-images)))
1885
1886   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1887              'my/fix-inline-images)
1888
1889 #+END_SRC
1890 ** LaTeX configuration
1891    :PROPERTIES:
1892    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1893    :END:
1894 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1895   (require 'ox-latex)
1896   (add-to-list 'org-latex-classes
1897            '("memarticle"
1898          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1899          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1900          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1901          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1902          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1903          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1904
1905   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1906   (add-to-list 'org-latex-classes
1907            '("beamer"
1908          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1909   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1910   [PACKAGES]
1911   [EXTRA]"
1912          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1913          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1914          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1915          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1916          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1917
1918   (add-to-list 'org-latex-classes
1919            '("membook"
1920          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1921          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1922          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1923          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1924          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1925
1926   (add-to-list 'org-latex-classes
1927            '("letter"
1928          "\\documentclass[11pt]{letter}
1929   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1930   [PACKAGES]
1931   [EXTRA]"
1932      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1933          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1934          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1935          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1936          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1937
1938   (add-to-list 'org-latex-classes
1939            '("dlacv"
1940          "\\documentclass{dlacv}
1941   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1942   [NO-PACKAGES]
1943   [NO-EXTRA]"
1944          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1945          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1946          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1947          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1948          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1949
1950
1951   (add-to-list 'org-latex-classes
1952            '("dlaresume"
1953          "\\documentclass{dlaresume}
1954   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1955   [NO-PACKAGES]
1956   [NO-EXTRA]"
1957          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1958          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1959          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1960          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1961          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1962
1963
1964   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
1965   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
1966   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
1967
1968   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
1969   (setq org-latex-default-packages-alist
1970     '(("" "amsmath" t)
1971       ("" "unicode-math" t)
1972       ))
1973   (setq org-latex-packages-alist
1974     '(("" "graphicx" t)
1975       ("" "fontspec" t)
1976       ("" "xunicode" t)
1977       ("" "hyperref" t)
1978       ("" "url" t)
1979       ("" "rotating" t)
1980       ("" "longtable" nil)
1981       ("" "float" )))
1982
1983   ;; make equations larger
1984   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
1985
1986   (defun org-create-formula--latex-header ()
1987     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
1988     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
1989              (org-export-get-backend 'latex))
1990             (org-export--get-inbuffer-options
1991              (org-export-get-backend 'latex)))))
1992       (org-latex-guess-babel-language
1993        (org-latex-guess-inputenc
1994     (org-splice-latex-header
1995      org-format-latex-header
1996      org-latex-default-packages-alist
1997      nil t
1998      (plist-get info :latex-header)))
1999        info)))
2000
2001
2002   ; support ignoring headers in org mode export to latex
2003   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2004   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2005                     (headline contents info) activate)
2006     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2007     (setq ad-return-value contents)
2008       ad-do-it))
2009
2010   ;; keep latex logfiles
2011
2012   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2013
2014   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2015   (org-clock-persistence-insinuate)
2016   ;;
2017   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2018   (setq org-clock-history-length 23)
2019   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2020   (setq org-clock-in-resume t)
2021   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2022   ;; there are things like PHONE calls
2023   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2024   ;; Separate drawers for clocking and logs
2025   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2026   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2027   (setq org-clock-into-drawer t)
2028   (setq org-log-into-drawer t)
2029   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2030   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2031   ;; Clock out when moving task to a done state
2032   (setq org-clock-out-when-done t)
2033   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2034   (setq org-clock-persist t)
2035   ;; Do not prompt to resume an active clock
2036   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2037   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2038   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2039   ;; Include current clocking task in clock reports
2040   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2041
2042   ;; the cache seems to be broken
2043   (setq org-element-use-cache nil)
2044
2045   (defvar bh/keep-clock-running nil)
2046
2047   (defun bh/is-task-p ()
2048     "Any task with a todo keyword and no subtask"
2049     (save-restriction
2050       (widen)
2051       (let ((has-subtask)
2052             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2053             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2054         (save-excursion
2055           (forward-line 1)
2056           (while (and (not has-subtask)
2057                       (< (point) subtree-end)
2058                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2059             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2060               (setq has-subtask t))))
2061         (and is-a-task (not has-subtask)))))
2062   (defun bh/is-project-p ()
2063     "Any task with a todo keyword subtask"
2064     (save-restriction
2065       (widen)
2066       (let ((has-subtask)
2067             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2068             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2069         (save-excursion
2070           (forward-line 1)
2071           (while (and (not has-subtask)
2072                       (< (point) subtree-end)
2073                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2074             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2075               (setq has-subtask t))))
2076         (and is-a-task has-subtask))))
2077
2078   (defun bh/is-subproject-p ()
2079     "Any task which is a subtask of another project"
2080     (let ((is-subproject)
2081           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2082       (save-excursion
2083         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2084           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2085             (setq is-subproject t))))
2086       (and is-a-task is-subproject)))
2087
2088
2089   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2090     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2091   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2092   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2093     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2094       (cond
2095        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2096          (bh/is-task-p))
2097     "NEXT")
2098        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2099          (bh/is-project-p))
2100     "TODO"))))
2101
2102   (defun bh/punch-in (arg)
2103     "Start continuous clocking and set the default task to the
2104   selected task.  If no task is selected set the Organization task
2105   as the default task."
2106     (interactive "p")
2107     (setq bh/keep-clock-running t)
2108     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2109     ;;
2110     ;; We're in the agenda
2111     ;;
2112     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2113            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2114       (if (and (eq arg 4) tags)
2115           (org-agenda-clock-in '(16))
2116         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2117       ;;
2118       ;; We are not in the agenda
2119       ;;
2120       (save-restriction
2121     (widen)
2122     ; Find the tags on the current task
2123     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2124         (org-clock-in '(16))
2125       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2126
2127   (defun bh/punch-out ()
2128     (interactive)
2129     (setq bh/keep-clock-running nil)
2130     (when (org-clock-is-active)
2131       (org-clock-out))
2132     (org-agenda-remove-restriction-lock))
2133
2134   (defun bh/clock-in-default-task ()
2135     (save-excursion
2136       (org-with-point-at org-clock-default-task
2137     (org-clock-in))))
2138
2139   (defun bh/clock-in-parent-task ()
2140     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2141     (let ((parent-task))
2142       (save-excursion
2143     (save-restriction
2144       (widen)
2145       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2146         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2147           (setq parent-task (point))))
2148       (if parent-task
2149           (org-with-point-at parent-task
2150         (org-clock-in))
2151         (when bh/keep-clock-running
2152           (bh/clock-in-default-task)))))))
2153
2154   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2155
2156   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2157     (interactive)
2158     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2159       (org-clock-in '(16))))
2160
2161   (defun bh/clock-out-maybe ()
2162     (when (and bh/keep-clock-running
2163            (not org-clock-clocking-in)
2164            (marker-buffer org-clock-default-task)
2165            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2166       (bh/clock-in-parent-task)))
2167
2168   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2169
2170   (require 'org-id)
2171   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2172     "Clock in a task by id"
2173     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2174       (org-clock-in nil)))
2175
2176   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2177     "Clock in the interrupted task if there is one
2178   Skip the default task and get the next one.
2179   A prefix arg forces clock in of the default task."
2180     (interactive "p")
2181     (let ((clock-in-to-task
2182        (cond
2183         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2184         ((and (org-clock-is-active)
2185           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2186          (caddr org-clock-history))
2187         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2188         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2189         (t (car org-clock-history)))))
2190       (widen)
2191       (org-with-point-at clock-in-to-task
2192     (org-clock-in nil))))
2193
2194
2195   (defun org-export-to-ods ()
2196     (interactive)
2197     (let ((csv-file "data.csv"))
2198       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2199       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2200
2201   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2202   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2203   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2204   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2205
2206   ;; support inserting screen shots
2207   (defun my/org-insert-screenshot ()
2208     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2209   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2210     (interactive)
2211     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2212     (setq my/org-insert-screenshot/filename
2213       (read-file-name
2214        "Screenshot to insert: "
2215        nil
2216        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2217        )
2218       )
2219     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2220     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2221     (org-display-inline-images))
2222
2223   (defun my/fix-inline-images ()
2224     (when org-inline-image-overlays
2225       (org-redisplay-inline-images)))
2226
2227   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2228
2229   ;; use xelatex to preview with imagemagick
2230   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2231            '(xelateximagemagick
2232         :programs ("xelatex" "convert")
2233         :description "pdf > png"
2234         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2235         :use-xcolor t
2236         :image-input-type "pdf"
2237         :image-output-type "png"
2238         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2239         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2240         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2241            )
2242   ;; use xelatex by default
2243   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2244
2245   ; from http://orgmode.org/Changes.html
2246   (defun my/org-repair-property-drawers ()
2247     "Fix properties drawers in current buffer.
2248    Ignore non Org buffers."
2249     (interactive)
2250     (when (eq major-mode 'org-mode)
2251       (org-with-wide-buffer
2252        (goto-char (point-min))
2253        (let ((case-fold-search t)
2254          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2255                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2256                      "END[ \t]*$"))))
2257      (org-map-entries
2258       (lambda ()
2259         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2260           (save-excursion
2261         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2262           (forward-line)
2263           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2264           (when (and (< (point) end)
2265                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2266                  (save-excursion
2267                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2268                     (eq (org-element-type
2269                      (save-match-data (org-element-at-point)))
2270                     'drawer))))
2271             (insert (delete-and-extract-region
2272                  (match-beginning 0)
2273                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
2274             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2275
2276 #+END_SRC
2277 ** Org-Gcal
2278 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2279   (use-package calfw
2280     :ensure f
2281     )
2282   (use-package calfw-org
2283     :ensure f
2284     )
2285   (use-package org-gcal
2286     :ensure f
2287     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2288                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2289               )
2290     )
2291 #+END_SRC
2292 ** appt integration
2293 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2294   (use-package appt
2295     :ensure f
2296     :config
2297     ;; Show notification 10 minutes before event
2298     (setq appt-message-warning-time 10)
2299     ;; Disable multiple reminders
2300     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2301     (setq appt-display-mode-line nil)
2302
2303     ;; add automatic reminders for appointments
2304     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2305       (interactive)
2306       (setq appt-time-msg-list nil)
2307       (org-agenda-to-appt))
2308     ;; add reminders when starting emacs
2309     (my/org-agenda-to-appt)
2310     ;; when rebuilding the agenda
2311     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2312       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2313       (my/org-agenda-to-appt)
2314       )
2315     ;; when saving all org buffers
2316     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2317       "Re-add appts after saving all org buffers"
2318       (my/org-agenda-to-appt))
2319     ;; Display appointments as a window manager notification
2320     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2321     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2322
2323     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2324
2325     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2326       (if (atom min-to-app)
2327       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2328     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2329       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2330                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2331       )
2332     )
2333
2334
2335 #+END_SRC
2336 ** End use-package
2337 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2338   )
2339 #+END_SRC
2340 * Keybindings
2341 ** Goto line
2342 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2343   (global-unset-key "\M-g")
2344   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2345 #+END_SRC
2346 * Debian
2347 ** debian-changelog
2348 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2349   (use-package debian-changelog
2350     :ensure f
2351     :mode "debian/changelog"
2352     :config
2353     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2354     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2355 #+END_SRC
2356 * Misc (uncharacterized)
2357 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2358   (setq calendar-latitude 38.6)
2359   (setq calendar-longitude -121.5)
2360   (setq case-fold-search t)
2361   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2362   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2363   (display-time)
2364   (setq display-time-24hr-format t)
2365   (setq display-time-day-and-date t)
2366   (display-time-mode 1)
2367   (global-font-lock-mode 1)
2368   (icomplete-mode 1)
2369   (setq log-edit-keep-buffer t)
2370   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2371   (setq markdown-enable-math t)
2372   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2373   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2374   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2375   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2376   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2377   (setq ps-line-number-color "blue")
2378   (setq ps-print-footer t)
2379   (setq ps-print-footer-frame nil)
2380   (setq ps-print-only-one-header t)
2381   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2382   ]*")
2383   (setq sentence-end-double-space nil)
2384   ; enable matching parenthesis
2385   (show-paren-mode 1)
2386   (tool-bar-mode -1)
2387   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2388   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2389   (setq vc-follow-symlinks t)
2390
2391   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2392   ;; repositories inside of git directories
2393   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2394
2395   ;; switch back to the old primary selection method
2396   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2397   (setq x-select-enable-primary t)
2398   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2399
2400   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2401   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2402
2403   ;; tramp configuration
2404   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2405
2406   (setq-default c-indent-level 4)
2407   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2408   (setq-default c-brace-offset -4)
2409   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2410   (setq-default c-label-offset -4)
2411   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2412   ; tabs are annoying
2413   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2414   (setq-default tab-width 4)
2415
2416
2417   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2418   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2419   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2420   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2421   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2422
2423
2424   (defun insert-date ()
2425     "Insert date at point."
2426     (interactive)
2427     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2428   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2429
2430   (defun unfill-paragraph (arg)
2431     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2432     (interactive "*p")
2433     (let ((fill-column 10000))
2434       (fill-paragraph arg))
2435     )
2436
2437   (column-number-mode t)
2438
2439 #+END_SRC
2440 ** Desktop-save-mode
2441 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2442 emacs, and use a different desktop file to restore history
2443 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2444   (use-package emacs
2445     :demand
2446     :config
2447     (setq desktop-base-file-name
2448           (convert-standard-filename
2449            (concat ".emacs"
2450                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2451                        "")
2452                    ".desktop")
2453            ))
2454     (setq desktop-base-lock-name
2455           (convert-standard-filename
2456            (concat desktop-base-file-name
2457                    ".lock")))
2458     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2459     (setq desktop-restore-eager 5)
2460     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2461     (desktop-save-mode 1)
2462     ; (desktop-read)
2463   )
2464 #+END_SRC
2465 ** Misc (Uncharacterized)
2466 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2467   '(icomplete-mode on)
2468   (custom-set-faces
2469    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2470    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2471    ;; Your init file should contain only one such instance.
2472    ;; If there is more than one, they won't work right.
2473    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2474
2475
2476   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2477   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2478   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2479
2480   ; (defun turn-on-flyspell ()
2481   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2482   ;    (interactive)
2483   ;    (flyspell-mode 1))
2484
2485
2486    ; Outline-minor-mode key map
2487    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2488    ; HIDE
2489    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2490    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2491    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2492    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2493    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2494    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2495    ; SHOW
2496    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2497    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2498    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2499    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2500    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2501    ; MOVE
2502    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2503    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2504    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2505    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2506    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2507    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2508   ; fix up tmux xterm keys
2509   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2510   (defun fix-up-tmux-keys ()
2511       "Fix up tmux xterm keys"
2512       (if (getenv "TMUX")
2513           (progn
2514             (let ((x 2) (tkey ""))
2515               (while (<= x 8)
2516                 ;; shift
2517                 (if (= x 2)
2518                     (setq tkey "S-"))
2519                 ;; alt
2520                 (if (= x 3)
2521                     (setq tkey "M-"))
2522                 ;; alt + shift
2523                 (if (= x 4)
2524                     (setq tkey "M-S-"))
2525                 ;; ctrl
2526                 (if (= x 5)
2527                     (setq tkey "C-"))
2528                 ;; ctrl + shift
2529                 (if (= x 6)
2530                     (setq tkey "C-S-"))
2531                 ;; ctrl + alt
2532                 (if (= x 7)
2533                     (setq tkey "C-M-"))
2534                 ;; ctrl + alt + shift
2535                 (if (= x 8)
2536                     (setq tkey "C-M-S-"))
2537
2538                 ;; arrows
2539                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2540                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2541                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2542                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2543                 ;; home
2544                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2545                 ;; end
2546                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2547                 ;; page up
2548                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2549                 ;; page down
2550                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2551                 ;; insert
2552                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2553                 ;; delete
2554                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2555                 ;; f1
2556                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2557                 ;; f2
2558                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2559                 ;; f3
2560                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2561                 ;; f4
2562                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2563                 ;; f5
2564                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2565                 ;; f6
2566                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2567                 ;; f7
2568                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2569                 ;; f8
2570                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2571                 ;; f9
2572                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2573                 ;; f10
2574                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2575                 ;; f11
2576                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2577                 ;; f12
2578                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2579                 ;; f13
2580                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2581                 ;; f14
2582                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2583                 ;; f15
2584                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2585                 ;; f16
2586                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2587                 ;; f17
2588                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2589                 ;; f18
2590                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2591                 ;; f19
2592                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2593                 ;; f20
2594                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2595
2596                 (setq x (+ x 1))
2597                 ))
2598             )
2599         )
2600       )
2601   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2602
2603   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2604     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2605     (if (or (buffer-modified-p)
2606             (verify-visited-file-modtime)
2607             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2608             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2609         ad-do-it
2610       (clear-visited-file-modtime)
2611       (not-modified)))
2612   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2613 #+END_SRC
2614
2615 * Start Server
2616 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2617   (use-package server
2618     :config
2619     (setq server-name
2620           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2621               "server"))
2622     (unless (server-running-p)
2623       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2624       (server-start)))
2625 #+END_SRC
2626
2627
2628
2629 * END
2630 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2631   (provide 'don-configuration)
2632 #+END_SRC