emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     (setq package-enable-at-startup nil)
  33     (setq package--init-file-ensured t)
  34     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  35     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  36                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  37                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  38     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  39   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  40     (eval-when-compile
  41       (package-initialize)
  42       (unless (package-installed-p 'use-package)
  43         (package-refresh-contents)
  44         (package-install 'use-package))
  45       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  46         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  47         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  48         (nreverse (apply #'nconc
  49                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  50                  (mapcar #'(lambda (path)
  51                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  52                          (list path)
  53                        nil))
  54                      load-path))))))
  55
  56   ;;; fix up info paths for packages
  57   (with-eval-after-load "info"
  58     (info-initialize)
  59     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  60       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  61         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  62                     (not (file-directory-p fdir))
  63                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  64           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  65
  66
  67   (eval-when-compile
  68     (require 'use-package))
  69   (require 'diminish)
  70   (require 'bind-key)
  71 #+END_SRC
  72 ** Paradox
  73 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  74   (use-package paradox
  75     :ensure paradox
  76     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  77     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  78     )
  79 #+END_SRC
  80 * Add library paths
  81
  82 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  83   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  84   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  85 #+END_SRC
  86 * Disable custom-vars
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  89   (setq custom-file "/dev/null")
  90 #+END_SRC
  91 * Misc functions
  92 ** with-library
  93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  94 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
  95 ;; execute conditional code when loading libraries
  96 (defmacro with-library (symbol &rest body)
  97   `(when (require ,symbol nil t)
  98      ,@body))
  99 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 100 #+END_SRC
 101
 102 * Variables
 103 ** Safe Local Variables
 104 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 105   (setq safe-local-variable-values
 106         (quote ((auto-save-default)
 107                 (make-backup-files)
 108                 (cperl-indent-level . 4)
 109                 (indent-level . 4)
 110                 (indent-tabs-mode . f)
 111                 )))
 112 #+END_SRC
 113 * Memory
 114 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 115   (setq global-mark-ring-max 128
 116         mark-ring-max 128
 117         kill-ring-max 128)
 118
 119   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 120     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 121
 122   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 123     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 124
 125   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 126   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 127 #+END_SRC
 128 * Modules
 129 ** Hippie Expand
 130 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 131   (use-package hippie-exp
 132     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 133     )
 134 #+END_SRC
 135 ** Flyspell 🐝
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137   (use-package flyspell
 138     :ensure t
 139     :diminish flyspell-mode 🐝
 140     :config
 141     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 142     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 143     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 144     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 145     :init
 146     (setq ispell-program-name "ispell")
 147     )
 148
 149 #+END_SRC
 150 ** Flymake
 151 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 152   (use-package flymake
 153     :diminish "Φ")
 154 #+end_src
 155
 156 ** Winnermode
 157 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 158   (winner-mode 1)
 159 #+END_SRC
 160 ** Eyebrowse
 161
 162 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 163   (use-package eyebrowse
 164     :ensure t
 165     :diminish eyebrowse-mode
 166     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 167     :config (progn
 168               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 169               (eyebrowse-mode t)
 170
 171               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 172                 (interactive)
 173                 (let ((done nil))
 174                   (dotimes (i 10)
 175                     ;; start at 1 run till 0
 176                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 177                       (when (and (not done)
 178                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 179                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 180                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 181                         (setq done t)
 182                         ))
 183                     )))
 184
 185               ;; I don't use latex-preview-pane
 186               ;; (require 'latex-preview-pane)
 187               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 188               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 189               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 190               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 191               ;;   ;; edit the TeX file.
 192               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 193               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 194
 195               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 196               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 197
 198               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 199               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 200               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 201               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 202               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 203               )
 204     )
 205 #+END_SRC
 206
 207 ** Window handling
 208
 209 *** Splitting
 210 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 211   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 212     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 213     (interactive)
 214     (split-window-vertically)
 215     (other-window 1 nil)
 216     (switch-to-next-buffer))
 217
 218   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 219     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 220     (interactive)
 221     (split-window-horizontally)
 222     (other-window 1 nil)
 223     (switch-to-next-buffer))
 224
 225   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 226   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 227
 228   (setq split-width-threshold  100)
 229   (setq split-height-threshold 60)
 230
 231   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 232     "If there's only one window (excluding any possibly active
 233            minibuffer), then split the current window horizontally."
 234     (if (and (one-window-p t)
 235              (not (active-minibuffer-window))
 236              ( < (frame-width) (frame-height))
 237              )
 238         (let ((split-width-threshold nil))
 239           (split-window-sensibly window))
 240       (split-window-sensibly window)))
 241
 242   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 243   (setq window-combination-resize t)
 244 #+END_SRC
 245
 246 *** Compilation window
 247
 248 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 249 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 250 the former case, if there was no error the window closes
 251 automatically.
 252
 253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 254   (add-to-list 'display-buffer-alist
 255                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 256                  (display-buffer-reuse-window
 257                   display-buffer-in-side-window)
 258                  (reusable-frames . visible)
 259                  (side            . bottom)
 260                  (window-height   . 0.4)))
 261 #+END_SRC
 262
 263 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 264   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 265     ;; If M-x compile exists with a 0
 266     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 267       ;; and delete the *compilation* window
 268       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 269         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 270                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 271                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 272           (delete-window compilation-window))))
 273     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 274     (cons msg code))
 275
 276   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 277   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 278 #+END_SRC
 279
 280 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 281 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 282 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 283 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 284 value, scrolling continues until there is no more output.
 285
 286 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 287   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 288 #+END_SRC
 289
 290 ** Mode line cleaning
 291 *** Diminish
 292 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 293   (use-package diminish
 294     :ensure t)
 295 #+END_SRC
 296
 297 *** Delight
 298 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 299   (use-package delight
 300     :ensure t)
 301 #+END_SRC
 302
 303 ** Jumping
 304 *** Avy
 305 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 306   (use-package avy
 307     :ensure t
 308     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 309            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 310            ("M-g g" . avy-goto-line))
 311     :config (progn (setq avy-background t))
 312     )
 313 #+END_SRC
 314 *** Ace-link (jumping to links)
 315 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 316   (use-package ace-link
 317     :ensure t
 318     ; bind o in most modes
 319     :config (ace-link-setup-default))
 320 #+END_SRC
 321 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 322 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 323   (use-package goto-chg
 324     :ensure t
 325     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 326            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package bm
 332     :ensure t
 333     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 334            ("C-c j b ," . bm-previous)
 335            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 336 #+END_SRC
 337
 338 ** Snippets
 339 *** Yasnippet
 340 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 341   (use-package yasnippet
 342     :ensure t
 343     :diminish yas-minor-mode
 344     :config (progn
 345               (yas-global-mode)
 346               (setq yas-verbosity 1)
 347               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 348               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 349               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 350               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 351                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 352               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 353                                'yas-hippie-try-expand)
 354               (yas-reload-all)
 355               )
 356     )
 357 #+END_SRC
 358 *** Auto-YASnippet
 359 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 360   (use-package auto-yasnippet
 361     :ensure t
 362     :bind (("H-w" . aya-create)
 363            ("H-y" . aya-expand)
 364            )
 365     )
 366 #+END_SRC
 367 ** Company
 368 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 369   (use-package company
 370     :ensure t
 371     :bind (("M-/" . company-complete))
 372     :config
 373     (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 374           company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 375           company-selection-wrap-around t
 376           company-require-match nil
 377           company-dabbrev-ignore-case t
 378           company-dabbrev-ignore-invisible t
 379           company-dabbrev-other-buffers t
 380           company-dabbrev-downcase nil
 381           company-dabbrev-code-everywhere t
 382           company-tooltip-align-annotations t
 383           company-minimum-prefix-length 1
 384           company-global-modes '(not)
 385           company-lighter-base "(C)")
 386     (global-company-mode 1)
 387
 388     (bind-key "C-n"   #'company-select-next company-active-map)
 389     (bind-key "C-p"   #'company-select-previous company-active-map)
 390     ; (bind-key "<tab>" #'company-complete company-active-map)
 391     (bind-key "M-?"   #'company-show-doc-buffer company-active-map)
 392     (bind-key "M-."   #'company-show-location company-active-map)
 393     (bind-key "M-/"   #'company-complete-common org-mode-map)
 394     )
 395 #+END_SRC
 396 *** C/C++
 397 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 398   (use-package company-c-headers
 399     :ensure t
 400     :config (progn
 401               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 402                 "Return the system include path for the current buffer."
 403                 (when ede-object
 404                   (ede-system-include-path ede-object)))
 405
 406               (setq company-c-headers-path-system
 407                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 408
 409               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 410 #+END_SRC
 411 *** Python
 412 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 413 (use-package company-anaconda
 414   :ensure t
 415   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 416 #+END_SRC
 417 *** Perl
 418 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 419   (use-package company-plsense
 420     :ensure t
 421     )
 422 #+END_SRC
 423 *** LaTeX
 424 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 425   (use-package company-math
 426     :ensure t)
 427 #+END_SRC
 428 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 429   (use-package company-auctex
 430     :ensure t
 431     :config (progn
 432               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 433                 "company-auctex-labels backend"
 434                 (interactive (list 'interactive))
 435                 (case command
 436                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 437                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 438                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 439
 440               (add-to-list 'company-backends
 441                            '(company-auctex-macros
 442                              company-auctex-environments
 443                              company-math-symbols-unicode
 444                              company-math-symbols-latex))
 445
 446               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 447               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 448               )
 449     )
 450 #+END_SRC
 451 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 452   (use-package company-bibtex
 453     :ensure t
 454     )
 455 #+END_SRC
 456 *** Shell
 457
 458  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 459    (use-package company-shell
 460      :ensure t
 461      :config (progn
 462                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 463                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 464  #+END_SRC
 465
 466 *** YaSnippet
 467
 468  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 469
 470  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 471
 472  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 473    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 474      "Enable yasnippet for all backends.")
 475
 476    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 477      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 478              (and (listp backend)
 479                   (member 'company-yasnippet backend)))
 480          backend
 481        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 482                '(:with company-yasnippet))))
 483
 484    (setq company-backends
 485          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 486  #+END_SRC
 487
 488 *** All the words
 489
 490  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 491
 492  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 493    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 494      (interactive)
 495      (cond
 496       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 497        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 498        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 499        (message "company-ispell disabled"))
 500       (t
 501        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 502        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 503        (message "company-ispell enabled!"))))
 504
 505    (defun malb/company-ispell-setup ()
 506      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 507      (when (boundp 'company-backends)
 508        (make-local-variable 'company-backends)
 509        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 510        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 511        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 512        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 513                 ispell-alternate-dictionary)
 514            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 515  #+END_SRC
 516
 517 *** Tab DWIM
 518
 519  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 520
 521  2. This function then hopefully does what I want:
 522
 523     a. if a region is active, just indent
 524     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 525     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 526     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 527
 528  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 529
 530 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 531   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 532     (interactive "P")
 533     (cond
 534      ;; if a region is active, indent
 535      ((use-region-p)
 536       (indent-region (region-beginning)
 537                      (region-end)))
 538      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 539      ((and (not (active-minibuffer-window))
 540            (or (looking-at " ")
 541                (looking-at "$"))
 542            (looking-back "[^[:space:]]")
 543            (not (looking-back "^")))
 544
 545       (cond (company-mode (company-complete-common))
 546             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 547
 548      ;; no whitespace anywhere
 549      ((and (not (active-minibuffer-window))
 550            (looking-at "[^[:space:]]")
 551            (looking-back "[^[:space:]]")
 552            (not (looking-back "^")))
 553       (cond
 554        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 555         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 556        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 557         (save-excursion (outline-cycle)))))
 558
 559      ;; by default just call whatever was bound
 560      (t
 561       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 562                     'indent-for-tab-command)))
 563         (if (not (called-interactively-p 'any))
 564             (fn arg)
 565           (setq this-command fn)
 566           (call-interactively fn))))))
 567
 568   (defun malb/toggle-fold ()
 569     (interactive)
 570     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 571            (org-force-cycle-archived))
 572           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 573            (save-excursion
 574              (end-of-line)
 575              (hs-toggle-hiding)))
 576
 577           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 578            (save-excursion
 579              (outline-cycle)))))
 580
 581   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 582   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 583 #+END_SRC
 584 ** Tinyprocmail
 585
 586 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 587   ;; load tinyprocmail
 588   (use-package tinyprocmail
 589     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 590     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 591     )
 592 #+END_SRC
 593
 594 ** Magit
 595 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 596   (use-package magit
 597     :ensure t
 598     :bind (("C-x g" . magit-status)
 599            ("C-x C-g" . magit-status))
 600     :config
 601     ;; refine diffs always (hilight words)
 602     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 603     )
 604   (use-package magit-annex
 605     :ensure t
 606     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 607     )
 608   (use-package magit-vcsh
 609     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 610     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 611     )
 612 #+END_SRC
 613
 614 ** Perl
 615 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 616   (use-package cperl-mode
 617     :config
 618     (progn
 619       ;; Use c-mode for perl .xs files
 620       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 621       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 622       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 623       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 624       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 625       (setq cperl-hairy t
 626             cperl-indent-level 4
 627             cperl-auto-newline nil
 628             cperl-auto-newline-after-colon nil
 629             cperl-continued-statement-offset 4
 630             cperl-brace-offset -1
 631             cperl-continued-brace-offset 0
 632             cperl-label-offset -4
 633             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 634             cperl-electric-lbrace-space nil
 635             cperl-indent-parens-as-block nil
 636             cperl-close-paren-offset -1
 637             cperl-tab-always-indent t)
 638       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 639   ))
 640 #+END_SRC
 641
 642 ** Markdown mode
 643 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 644   (use-package markdown-mode
 645     :ensure t
 646     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 647            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 648            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 649            )
 650     :config
 651     (setq markdown-enable-math t)
 652     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 653     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 654     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 655     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 656     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 657   )
 658
 659 #+END_SRC
 660 ** SQL mode
 661 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 662   ; load sql-indent when sql is loaded
 663 (use-package sql
 664   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 665   :config
 666   (require sql-indent))
 667 #+END_SRC
 668 ** Ediff
 669 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 670   (use-package ediff
 671     :commands ediff ediff3
 672     :ensure f
 673     :config
 674     ;; ediff configuration
 675     ;; don't use the multi-window configuration
 676     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 677   )
 678 #+END_SRC
 679 ** VCL --editing varnish configuration files
 680 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 681   (use-package vcl-mode
 682     :ensure t
 683     :mode "\\.vcl\\'"
 684     )
 685
 686 #+END_SRC
 687 ** Helm
 688 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 689   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 690     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 691     (interactive)
 692     (unless helm-source-buffers-list
 693       (setq helm-source-buffers-list
 694             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 695     (helm-other-buffer
 696      (append
 697
 698      (if (projectile-project-p)
 699           '(helm-source-projectile-buffers-list
 700             helm-source-buffers-list)
 701         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 702
 703       `(((name . "Virtual Workspace")
 704          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 705                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 706          (action . (lambda (candidate)
 707                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 708
 709       (if (projectile-project-p)
 710           '(helm-source-projectile-recentf-list
 711             helm-source-recentf)
 712         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 713
 714       ;; always make some common files easily accessible
 715       ;;'(((name . "Common Files")
 716        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 717         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 718
 719       '(helm-source-files-in-current-dir
 720         helm-source-locate
 721         helm-source-bookmarks
 722         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 723         ))
 724      "*Helm all the things*"))
 725   (use-package helm
 726     :ensure helm
 727     :diminish helm-mode
 728     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 729            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 730            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 731            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 732            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 733     :config
 734     (require 'helm-config)
 735     (require 'helm-for-files)
 736     (require 'helm-bookmark)
 737
 738     (helm-mode 1)
 739     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 740     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 741     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 742     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 743     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 744       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 745       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 746     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 747   )
 748 #+END_SRC
 749 *** Helm Flx
 750
 751  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 752
 753  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 754  (use-package helm-flx
 755    :ensure t
 756    :config (progn
 757              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 758              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 759                    helm-bookmark-show-location           t
 760                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 761                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 762                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 763                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 764                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 765                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 766                    helm-quick-update                     t
 767                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 768                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 769              (helm-flx-mode +1)))
 770  #+END_SRC
 771 *** Helm Swoop
 772 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 773
 774   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 775   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 776     (thing-at-point 'symbol))
 777     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 778     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 779           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 780           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 781           ein:notebook-multilang-mode))
 782
 783     (defun malb/swoop-or-search ()
 784       (interactive)
 785       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 786               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 787           (isearch-forward)
 788         (helm-swoop)))
 789
 790     (use-package helm-swoop
 791       :ensure t
 792       :commands helm-swoop
 793       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 794              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 795              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 796       :config (progn
 797
 798                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 799                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 800                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 801                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 802                       helm-swoop-speed-or-color t)
 803
 804                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 805                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 806                   (interactive)
 807                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 808                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 809                           (previous-history-element 1)
 810                         (helm-next-line))
 811                     (helm-next-line)))
 812
 813                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 814                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 815                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 816                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 817                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 818                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 819       )
 820
 821 #+END_SRC
 822 *** Helm Ag
 823 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 824 (use-package helm-ag
 825   :ensure t
 826   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 827                 helm-ag-command-option "--all-text"
 828                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 829                 helm-ag-fuzzy-match t
 830                 helm-ag-use-temp-buffer t
 831                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 832                 helm-ag-use-agignore t))
 833 #+END_SRC
 834 *** Helm Descbinds
 835 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 836   (use-package helm-descbinds
 837     :ensure t
 838     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 839     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 840 #+END_SRC
 841
 842 *** Helm YaSnippet
 843 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 844   (use-package helm-c-yasnippet
 845     :ensure t
 846     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 847     :config (progn
 848               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 849 #+END_SRC
 850 *** Helm Org Rifle
 851 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 852   (use-package helm-org-rifle
 853     :ensure t
 854     :config (progn
 855               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 856                 (interactive "p")
 857                 (let ((current-prefix-arg nil))
 858                   (cond
 859                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 860                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 861                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 862 #+END_SRC
 863 *** Helm Google
 864 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 865 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 866   (use-package helm-google
 867     :ensure t
 868     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 869     :config
 870     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 871                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 872                                          (let ((url
 873                                                 (replace-regexp-in-string
 874                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 875                                                  "\\1" candidate)))
 876                                            (kill-new url))))
 877                         t
 878                         )
 879
 880            (add-to-list 'helm-google-actions
 881                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 882                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 883                                                      (url
 884                                                       (replace-regexp-in-string
 885                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 886                                                        "\\1" candidate)))
 887                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 888                         t)
 889            ))
 890 #+END_SRC
 891
 892 ** Projectile -- Project management
 893 #+begin_src emacs-lisp
 894   (use-package projectile
 895     :ensure t
 896     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 897            ("<f6>" . next-error))
 898     :config (progn
 899               (use-package magit :ensure t)
 900               (require 'helm-projectile)
 901               (helm-projectile-on)
 902
 903               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 904                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 905                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 906
 907               (projectile-global-mode)))
 908 #+end_src
 909
 910 *** helm integration
 911 #+begin_src emacs-lisp
 912   (use-package helm-projectile
 913     :ensure t
 914     :config (progn
 915               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 916                 (helm-build-dummy-source
 917                     "Create file"
 918                   :action 'find-file))
 919
 920               (add-to-list
 921                'helm-projectile-sources-list
 922                malb/helm-source-file-not-found t)
 923
 924               (helm-delete-action-from-source
 925                "Grep in projects `C-s'"
 926                helm-source-projectile-projects)
 927
 928               (helm-add-action-to-source
 929                "Grep in projects `C-s'"
 930                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 931 #+end_src
 932 ** Zap to char
 933 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 934   (use-package avy-zap
 935     :ensure t
 936     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 937 #+END_SRC
 938 ** Hydra
 939 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 940   (use-package hydra
 941     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 942            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 943            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 944            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 945            )
 946     :config
 947     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 948     "
 949   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 950   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 951   _p_: read papers      _R_: paper notes
 952   _h_: hpcbio
 953   _q_: quit
 954   _z_: quit
 955   "
 956     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 957     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 958     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 959     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 960     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 961     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 962     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 963     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 964     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 965     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 966     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 967     ("q" nil "quit")
 968     ("z" nil "quit")
 969     )
 970
 971     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 972     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 973     "
 974   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 975   ^^^^^^------------------------------------------------------
 976   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 977   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 978   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
 979   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
 980   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
 981   _d_: subtree
 982
 983   "
 984     ;; Hide
 985     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 986     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 987     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
 988     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
 989     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 990     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 991     ;; Show
 992     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
 993     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
 994     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 995     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 996     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 997     ;; Move
 998     ("u" outline-up-heading)                ; Up
 999     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1000     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1001     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1002     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1003     ("z" nil "leave"))
1004   )
1005 #+END_SRC
1006
1007 ** Tramp
1008 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1009   (use-package tramp
1010     :config
1011     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1012                                   (tramp-login-program "vcsh")
1013                                   (tramp-login-args
1014                                    (("enter")
1015                                     ("%h")))
1016                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1017                                   (tramp-remote-shell-args
1018                                    ("-c")))))
1019 #+END_SRC
1020 ** Reftex
1021 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1022   (use-package reftex
1023     :ensure t
1024     :config
1025     (setq-default reftex-default-bibliography
1026                     '("~/projects/research/references.bib")))
1027 #+END_SRC
1028 ** BibTex
1029 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1030   (use-package bibtex
1031     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1032                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1033                           ("abstract" "")
1034                   ("pmid" "")
1035                   ("doi" ""))))
1036     )
1037
1038 #+END_SRC
1039 ** LaTeX
1040 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1041   (use-package tex
1042     :defer t
1043     :ensure auctex
1044     :config
1045     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1046     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1047     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1048     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1049     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1050     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1051     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1052     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1053     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1054     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1055     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1056
1057     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1058     ;; support fake section headers
1059     (setq TeX-outline-extra
1060           '(("%chapter" 1)
1061             ("%section" 2)
1062             ("%subsection" 3)
1063             ("%subsubsection" 4)
1064             ("%paragraph" 5)))
1065     ;; add font locking to the headers
1066     (font-lock-add-keywords
1067      'latex-mode
1068      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1069         0 'font-lock-keyword-face t)
1070        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1071        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1072        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1073        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1074        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1075
1076     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1077     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1078     (setq TeX-open-quote "“")
1079     (setq TeX-close-quote "”")
1080
1081     ;; (TeX-add-style-hook
1082     ;;  "latex"
1083     ;;  (lambda ()
1084     ;;    (TeX-add-symbols
1085     ;;     '("DLA" 1))))
1086     ;; (custom-set-variables
1087     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1088     ;;    '(("fixme"
1089     ;;       ("DLA" "RZ")
1090     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1091     ;; )
1092     (setq-default TeX-parse-self t)
1093     (setq-default TeX-auto-save t)
1094     (setq-default TeX-master nil)
1095     (eval-after-load
1096         "latex"
1097       '(TeX-add-style-hook
1098         "cleveref"
1099         (lambda ()
1100           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1101               (add-to-list
1102                'reftex-ref-style-alist
1103                '("Cleveref" "cleveref"
1104                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1105           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1106           (TeX-add-symbols
1107            '("cref" TeX-arg-ref)
1108            '("Cref" TeX-arg-ref)
1109            '("cpageref" TeX-arg-ref)
1110            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1111     (eval-after-load
1112         "latex"
1113       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1114                     '("Sexpr")))
1115
1116     (use-package font-latex
1117       :config
1118       (setq font-latex-match-reference-keywords
1119             '(
1120               ("fref" "{")
1121               ("Fref" "{")
1122               ("citep" "{")
1123               ("citet" "{")
1124               ("acs" "{")
1125               ("acsp" "{")
1126               ("ac" "{")
1127               ("acp" "{")
1128               ("acl" "{")
1129               ("aclp" "{")
1130               ("acsu" "{")
1131               ("aclu" "{")
1132               ("acused" "{")
1133               ("DLA" "{")
1134               ("RZ" "{")
1135               ("OM" "{")
1136               ("DL" "{")
1137               ("fixme" "{"))
1138             )
1139       )
1140     (setq font-latex-fontify-script nil)
1141     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1142     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1143   )
1144
1145 #+END_SRC
1146 ** ESS
1147 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1148   (use-package ess
1149     :ensure t
1150     :commands R
1151     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1152     :bind (:map ess-mode-map
1153                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1154     :init
1155     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1156     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1157     :config
1158     ; actually load the rest of ess
1159     (require 'ess-site)
1160     (defun ess-change-directory (path)
1161       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1162       (interactive "Directory to change to: ")
1163
1164       (when (file-exists-p path)
1165         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1166         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1167         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1168     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1169     ;; outlining support for ess modes
1170     (add-hook
1171      'ess-mode-hook
1172      '(lambda ()
1173         (outline-minor-mode)
1174         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1175         (defun outline-level ()
1176           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1177                 ((looking-at "^#### ") 2)
1178                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1179                 (t 1000)))
1180         ))
1181     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1182       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1183       (interactive "r")
1184       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1185       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1186     ;; Don't restore history or save workspace image
1187     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1188     )
1189 #+END_SRC
1190
1191 ** Rainbowmode
1192 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1193
1194 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1195   (use-package rainbow-mode
1196     ;; add ess to the x major mode
1197     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1198     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1199   )
1200 #+END_SRC
1201
1202 ** Polymode
1203 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1204   (use-package polymode
1205     :config
1206     (use-package poly-R)
1207     (use-package poly-noweb)
1208     (use-package poly-markdown)
1209     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1210     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1211     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1212     )
1213 #+END_SRC
1214
1215 ** Outlining
1216 *** Outline magic
1217 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1218   (use-package outline-magic)
1219 #+END_SRC
1220 *** Outline mode
1221 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1222 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1223 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1224 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1225 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1226 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1227
1228 #+END_SRC
1229 ** Writeroom Mode
1230 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1231   (use-package writeroom-mode
1232     :config
1233     (defun my/writing-mode ()
1234       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1235       (interactive)
1236       (if writeroom-mode
1237           (progn
1238             (writeroom-mode -1)
1239             (visual-line-mode -1)
1240             (auto-fill-mode -1)
1241             (visual-fill-column-mode -1)
1242             )
1243         (visual-line-mode 1)
1244         (auto-fill-mode 1)
1245         (visual-fill-column-mode 1)
1246         (writeroom-mode 1))
1247       )
1248     )
1249 #+END_SRC
1250 ** GhostText/Atomic Chrome
1251 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1252   (use-package atomic-chrome
1253     :config
1254     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1255     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1256     )
1257 #+END_SRC
1258 ** Multiple Cursors
1259    :PROPERTIES:
1260    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1261    :END:
1262 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1263 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1264   (use-package multiple-cursors
1265     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1266             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1267             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1268             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1269     )
1270 #+END_SRC
1271 ** Web Mode
1272 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1273   (use-package web-mode
1274     :config
1275     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1276     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1277     (setq web-mode-engines-alist
1278           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1279     )
1280 #+END_SRC
1281 ** Spamassassin Mode
1282 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1283   (use-package spamassassin-mode
1284     :commands spamassassin-mode
1285     :ensure f
1286     )
1287 #+END_SRC
1288 ** Password Store
1289 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1290   (use-package password-store
1291     :ensure f
1292     :commands password-store-edit password-store-generate
1293     )
1294 #+END_SRC
1295 ** CSS mode
1296 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1297   (use-package css
1298     :mode "\\.css'"
1299     :config
1300     ;; fix up css mode to not be silly
1301     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1302     (setq cssm-indent-level 4)
1303     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1304     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1305     (setq cssm-mirror-mode nil))
1306 #+END_SRC
1307 ** Abbrev Mode
1308 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1309   (use-package abbrev
1310     :diminish abbrev-mode
1311     :config
1312     ;; load abbreviations from
1313     (setq abbrev-file-name
1314           "~/.emacs_abbrev_def")
1315
1316     ;; read the abbrev file if it exists
1317     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1318         (quietly-read-abbrev-file))
1319
1320     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1321     (setq default-abbrev-mode t))
1322 #+END_SRC
1323
1324 * Email
1325 ** Mutt
1326 *** Message-mode
1327 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1328   (use-package message
1329     :ensure f
1330     :diminish (message "✉")
1331     :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1332     :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1333     :hook 'my/message-mode-settings
1334     :hook 'turn-on-flyspell
1335     :bind (:map message-mode-map
1336         ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1337     :delight (message-mode "✉")
1338     :config
1339     (defun my/message-mode-settings ()
1340       (font-lock-add-keywords nil
1341                   '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1342                  (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1343                 ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1344                  (0 'message-double-quoted-text-face))))
1345       )
1346
1347     (defun my/post-attach-file ()
1348       "Prompt for an attachment."
1349       (interactive)
1350       (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1351         (my/header-attach-file file "")))
1352
1353     (defun my/header-attach-file (file description)
1354       "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1355     Argument DESCRIPTION MIME description."
1356       (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1357       (when (> (length file) 0)
1358     (save-excursion
1359       (save-match-data
1360         (save-restriction
1361           (widen)
1362           (goto-char (point-min))
1363           (search-forward-regexp "^$")
1364           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1365                   description "\n"))
1366           (message (concat "Attached '" file "'."))
1367           (setq post-has-attachment t))))))
1368
1369     (setq mail-yank-prefix "> ")
1370   )
1371 #+END_SRC
1372 *** Muttrc mode
1373 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1374   (use-package muttrc-mode
1375     :mode "muttngrc"
1376     :mode "muttrc"
1377   )
1378
1379 #+END_SRC
1380 * Base emacs
1381 ** Reverting buffers
1382 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1383   (use-package autorevert
1384     :diminish auto-revert-mode
1385     :config
1386     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1387           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1388           auto-revert-verbose nil)
1389     (global-auto-revert-mode 1))
1390 #+END_SRC
1391 * Org Mode
1392 ** Use-package and load things
1393 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1394
1395   (use-package org
1396     :delight (org-mode "ø")
1397     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1398     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1399            ("C-c a"  . org-agenda)
1400            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1401 #+END_SRC
1402 ** Agenda Configuration
1403 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1404   :config
1405   (setq-default org-log-done 'time)
1406   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1407
1408   ;; agenda configuration
1409   ;; Do not dim blocked tasks
1410   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1411   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1412   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1413
1414   ;; Compact the block agenda view
1415   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1416
1417   ;; Custom agenda command definitions
1418   (setq org-agenda-custom-commands
1419         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1420                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1421                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1422                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1423                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1424                   (org-agenda-sorting-strategy
1425                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1426                 (" " "Agenda"
1427                  ((agenda "" nil)
1428                   (tags "REFILE"
1429                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1430                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1431                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1432                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1433                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1434                               (org-agenda-sorting-strategy
1435                                '(category-keep))))
1436                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1437                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1438                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1439                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1440                               (org-agenda-sorting-strategy
1441                                '(category-keep))))
1442                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1443                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1444                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1445                                                                         ""
1446                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1447                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1448                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1449                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1450                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1451                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1452                               (org-agenda-sorting-strategy
1453                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1454                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1455                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1456                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1457                                                                         ""
1458                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1459                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1460                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1461                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1462                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1463                               (org-agenda-sorting-strategy
1464                                '(category-keep))))
1465                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1466                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1467                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1468                                                                         ""
1469                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1470                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1471                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1472                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1473                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1474                               (org-agenda-sorting-strategy
1475                                '(category-keep))))
1476                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1477                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1478                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1479                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1480                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1481                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1482                   (tags "-REFILE/"
1483                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1484                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1485                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1486                  nil))))
1487
1488   ; org mode agenda files
1489   (setq org-agenda-files
1490         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1491             "~/projects/org-notes/notes.org"
1492             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1493             "~/projects/org-notes/refile.org"
1494             "~/projects/org-notes/diary.org"
1495             "~/projects/org-notes/ool.org"
1496             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1497             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1498             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1499             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1500             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1501             "~/org-mode/from-mobile.org"
1502             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1503
1504   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1505   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1506   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1507   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1508   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1509   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1510   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1511   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1512   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1513   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1514   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1515     (interactive "P")
1516     (with-temp-buffer
1517       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1518         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1519         (goto-char (point-max))
1520         (newline))
1521       (write-file "/tmp/timeline.org")
1522       (org-agenda arg "L")))
1523   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1524
1525 #+END_SRC
1526 ** General config
1527 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1528   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1529   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1530
1531   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1532   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1533 #+END_SRC
1534 ** Capture Templates
1535 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1536   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1537         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1538            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1539           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1540            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1541           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1542            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1543           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1544            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1545           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1546            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1547           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1548            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1549           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1550            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1551           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1552            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1553           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1554            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1555           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1556            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1557           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1558            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1559            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1560                                        "Jobs"
1561                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1562            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1563           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1564            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1565           )
1566         )
1567
1568   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1569   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1570     (interactive)
1571     (save-excursion
1572       (beginning-of-line 0)
1573       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1574
1575   (defun my/org-add-id ()
1576     (interactive)
1577     (save-excursion
1578       (if (org-current-level)
1579           ()
1580         (forward-char 1)
1581         )
1582       (org-id-get-create)
1583       )
1584   )
1585
1586 #+END_SRC
1587 ** Org mode key bindings
1588 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1589   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1590   ;; Custom Key Bindings
1591   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1592           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1593           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1594           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1595           ("<f12>" . org-agenda)
1596           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1597           ("<S-f5>" . bh/widen)
1598           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1599           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1600           ("<f9> <f9>" . org-agenda)
1601           ("<f9> b" . bbdb)
1602           ("<f9> c" . calendar)
1603           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1604           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1605           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1606           ("<f9> w" . widen)
1607
1608           ("<f9> r" . boxquote-region)
1609           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1610
1611           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1612           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1613
1614           ("<f9> v" . visible-mode)
1615           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1616           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1617           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1618           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1619           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1620           ("C-<f10>" . next-buffer)
1621           ("<f11>" . org-clock-goto)
1622           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1623           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1624           ("C-c c" . org-capture))
1625   :config
1626 #+END_SRC
1627 ** Utility Functions
1628 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1629   (defun bh/hide-other ()
1630     (interactive)
1631     (save-excursion
1632       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1633       (hide-other)
1634       (org-cycle)
1635       (org-cycle)
1636       (org-cycle)))
1637
1638   (defun bh/set-truncate-lines ()
1639     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1640     (interactive)
1641     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1642     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1643     (save-excursion
1644       (set-window-start (selected-window)
1645                         (window-start (selected-window)))))
1646
1647   (defun bh/switch-to-scratch ()
1648     (interactive)
1649     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1650
1651   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1652   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1653
1654   ; create function to create headlines in file. This comes from
1655   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1656   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1657     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1658   do not already have one."
1659     (interactive)
1660     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1661   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1662     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1663   (or narrowed region)."
1664     (interactive)
1665     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1666   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1667   ; (add-hook 'org-mode-hook
1668   ;           (lambda ()
1669   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1670 #+END_SRC
1671 ** Keywords (TODO)
1672 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1673   (setq org-todo-keywords
1674         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1675                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1676
1677   (setq org-todo-keyword-faces
1678         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1679                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1680                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1681                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1682                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1683                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1684                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1685                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1686
1687   (setq org-todo-state-tags-triggers
1688         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1689                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1690                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1691                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1692                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1693                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1694                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1695
1696
1697
1698   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1699   ; add ids on creation of nodes
1700   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1701
1702
1703   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1704   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1705   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1706
1707   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1708   ; use C-M-r for org mode capture
1709   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1710
1711   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1712   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1713                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1714
1715   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1716   (setq org-refile-use-outline-path t)
1717
1718   ; Targets complete directly with IDO
1719   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1720
1721   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1722   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1723
1724   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1725   ; (setq org-completion-use-ido t)
1726   ; (setq ido-everywhere t)
1727   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1728   ; (ido-mode (quote both))
1729   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1730   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1731   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1732   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1733   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1734
1735
1736   ;;;; Refile settings
1737   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1738   (defun bh/verify-refile-target ()
1739     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1740     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1741
1742   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1743
1744   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1745   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1746   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1747   (require 'org-protocol)
1748   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1749   (setq my-org-protocol-flag nil)
1750   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1751     "Delete frame at remember finalization"
1752     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1753            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1754   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1755     "Delete frame at remember refile"
1756     (if my-org-protocol-flag
1757         (progn
1758           (setq my-org-protocol-flag nil)
1759           ad-do-it
1760           (delete-frame))
1761       ad-do-it)
1762     )
1763   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1764     "Delete frame at remember abort"
1765     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1766            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1767   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1768     (setq my-org-protocol-flag t))
1769
1770   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1771     (unless (org-in-item-p)
1772       (org-id-get-create)
1773       )
1774     )
1775
1776   ;; org modules
1777   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1778
1779   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1780   (defun open-mail-in-mutt (message)
1781     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1782
1783   Message can be specified either by a path pointing inside a
1784   Maildir, or by Message-ID."
1785     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1786     (shell-command
1787      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1788          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1789
1790   ;; add support for "mutt:ID" links
1791   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1792
1793   (defun my-org-mode-setup ()
1794     ; (load-library "reftex")
1795     (and (buffer-file-name)
1796          (file-exists-p (buffer-file-name))
1797          (progn
1798            ; (reftex-parse-all)
1799            (reftex-set-cite-format
1800             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1801               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1802               (?c . "\\cite{%l}")
1803               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1804            ))
1805     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1806     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1807     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1808     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1809     )
1810   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1811
1812   (defun org-mode-reftex-search ()
1813     (interactive)
1814     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1815
1816   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1817     "Open a paper by bibtex key"
1818     (interactive "bibtex key: ")
1819     (shell-command
1820      (format "%s %s"
1821          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1822   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1823   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1824     "Open a paper pdf by bibtex key"
1825     (interactive "bibtex key: ")
1826     (shell-command
1827      (format "%s -p evince_annot %s"
1828          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1829   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1830
1831   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1832                '("notes" .
1833                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1834
1835   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1836   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1837
1838   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1839   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1840                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1841
1842    ;; stolen from
1843   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1844   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1845     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1846     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1847                      (match-string 1 path)))
1848            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1849       (cond ((eq format 'latex)
1850              (if (or (not desc)
1851                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1852                  (format "\\cite{%s}" search)
1853                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1854
1855   (org-add-link-type "rtcite"
1856                      'org-bibtex-open
1857                      'my-rtcite-export-handler)
1858
1859
1860 #+END_SRC
1861 ** Org Mobile Configuration
1862 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1863   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1864   (when (string= system-name "linnode")
1865     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1866   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1867   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1868
1869 #+END_SRC
1870 ** Org iCal Support
1871 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1872   ;; org mode ical export
1873   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1874   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1875   ;; we already add the id manually
1876   (setq org-icalendar-store-UID t)
1877
1878 #+END_SRC
1879 ** General Org Babel Configuration
1880 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1881   ;; org babel support
1882   (org-babel-do-load-languages
1883    'org-babel-load-languages
1884    '((emacs-lisp . t )
1885      (R . t)
1886      (latex . t)
1887      (ditaa . t)
1888      (dot . t)
1889      ))
1890   ;; use graphviz-dot for dot things
1891   (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1892   ;; org-babel-by-backend
1893   (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1894      `(case (if (boundp 'backend)
1895                 (org-export-backend-name backend)
1896               nil) ,@body))
1897
1898   (defun my/fix-inline-images ()
1899     (when org-inline-image-overlays
1900       (org-redisplay-inline-images)))
1901
1902   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1903              'my/fix-inline-images)
1904
1905 #+END_SRC
1906 ** LaTeX configuration
1907    :PROPERTIES:
1908    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1909    :END:
1910 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1911   (require 'ox-latex)
1912   (add-to-list 'org-latex-classes
1913            '("memarticle"
1914          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1915          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1916          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1917          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1918          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1919          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1920
1921   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1922   (add-to-list 'org-latex-classes
1923            '("beamer"
1924          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1925   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1926   [PACKAGES]
1927   [EXTRA]"
1928          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1929          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1930          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1931          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1932          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1933
1934   (add-to-list 'org-latex-classes
1935            '("membook"
1936          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1937          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1938          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1939          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1940          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1941
1942   (add-to-list 'org-latex-classes
1943            '("letter"
1944          "\\documentclass[11pt]{letter}
1945   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1946   [PACKAGES]
1947   [EXTRA]"
1948      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1949          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1950          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1951          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1952          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1953
1954   (add-to-list 'org-latex-classes
1955            '("dlacv"
1956          "\\documentclass{dlacv}
1957   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1958   [NO-PACKAGES]
1959   [NO-EXTRA]"
1960          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1961          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1962          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1963          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1964          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1965
1966
1967   (add-to-list 'org-latex-classes
1968            '("dlaresume"
1969          "\\documentclass{dlaresume}
1970   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1971   [NO-PACKAGES]
1972   [NO-EXTRA]"
1973          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1974          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1975          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1976          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1977          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1978
1979
1980   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
1981   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
1982   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
1983
1984   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
1985   (setq org-latex-default-packages-alist
1986     '(("" "amsmath" t)
1987       ("" "unicode-math" t)
1988       ))
1989   (setq org-latex-packages-alist
1990     '(("" "graphicx" t)
1991       ("" "fontspec" t)
1992       ("" "xunicode" t)
1993       ("" "hyperref" t)
1994       ("" "url" t)
1995       ("" "rotating" t)
1996       ("" "longtable" nil)
1997       ("" "float" )))
1998
1999   ;; make equations larger
2000   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2001
2002   (defun org-create-formula--latex-header ()
2003     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2004     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2005              (org-export-get-backend 'latex))
2006             (org-export--get-inbuffer-options
2007              (org-export-get-backend 'latex)))))
2008       (org-latex-guess-babel-language
2009        (org-latex-guess-inputenc
2010     (org-splice-latex-header
2011      org-format-latex-header
2012      org-latex-default-packages-alist
2013      nil t
2014      (plist-get info :latex-header)))
2015        info)))
2016
2017
2018   ; support ignoring headers in org mode export to latex
2019   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2020   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2021                     (headline contents info) activate)
2022     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2023     (setq ad-return-value contents)
2024       ad-do-it))
2025
2026   ;; keep latex logfiles
2027
2028   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2029
2030   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2031   (org-clock-persistence-insinuate)
2032   ;;
2033   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2034   (setq org-clock-history-length 23)
2035   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2036   (setq org-clock-in-resume t)
2037   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2038   ;; there are things like PHONE calls
2039   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2040   ;; Separate drawers for clocking and logs
2041   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2042   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2043   (setq org-clock-into-drawer t)
2044   (setq org-log-into-drawer t)
2045   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2046   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2047   ;; Clock out when moving task to a done state
2048   (setq org-clock-out-when-done t)
2049   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2050   (setq org-clock-persist t)
2051   ;; Do not prompt to resume an active clock
2052   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2053   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2054   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2055   ;; Include current clocking task in clock reports
2056   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2057
2058   ;; the cache seems to be broken
2059   (setq org-element-use-cache nil)
2060
2061   (defvar bh/keep-clock-running nil)
2062
2063   (defun bh/is-task-p ()
2064     "Any task with a todo keyword and no subtask"
2065     (save-restriction
2066       (widen)
2067       (let ((has-subtask)
2068             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2069             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2070         (save-excursion
2071           (forward-line 1)
2072           (while (and (not has-subtask)
2073                       (< (point) subtree-end)
2074                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2075             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2076               (setq has-subtask t))))
2077         (and is-a-task (not has-subtask)))))
2078   (defun bh/is-project-p ()
2079     "Any task with a todo keyword subtask"
2080     (save-restriction
2081       (widen)
2082       (let ((has-subtask)
2083             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2084             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2085         (save-excursion
2086           (forward-line 1)
2087           (while (and (not has-subtask)
2088                       (< (point) subtree-end)
2089                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2090             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2091               (setq has-subtask t))))
2092         (and is-a-task has-subtask))))
2093
2094   (defun bh/is-subproject-p ()
2095     "Any task which is a subtask of another project"
2096     (let ((is-subproject)
2097           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2098       (save-excursion
2099         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2100           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2101             (setq is-subproject t))))
2102       (and is-a-task is-subproject)))
2103
2104
2105   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2106     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2107   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2108   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2109     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2110       (cond
2111        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2112          (bh/is-task-p))
2113     "NEXT")
2114        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2115          (bh/is-project-p))
2116     "TODO"))))
2117
2118   (defun bh/punch-in (arg)
2119     "Start continuous clocking and set the default task to the
2120   selected task.  If no task is selected set the Organization task
2121   as the default task."
2122     (interactive "p")
2123     (setq bh/keep-clock-running t)
2124     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2125     ;;
2126     ;; We're in the agenda
2127     ;;
2128     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2129            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2130       (if (and (eq arg 4) tags)
2131           (org-agenda-clock-in '(16))
2132         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2133       ;;
2134       ;; We are not in the agenda
2135       ;;
2136       (save-restriction
2137     (widen)
2138     ; Find the tags on the current task
2139     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2140         (org-clock-in '(16))
2141       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2142
2143   (defun bh/punch-out ()
2144     (interactive)
2145     (setq bh/keep-clock-running nil)
2146     (when (org-clock-is-active)
2147       (org-clock-out))
2148     (org-agenda-remove-restriction-lock))
2149
2150   (defun bh/clock-in-default-task ()
2151     (save-excursion
2152       (org-with-point-at org-clock-default-task
2153     (org-clock-in))))
2154
2155   (defun bh/clock-in-parent-task ()
2156     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2157     (let ((parent-task))
2158       (save-excursion
2159     (save-restriction
2160       (widen)
2161       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2162         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2163           (setq parent-task (point))))
2164       (if parent-task
2165           (org-with-point-at parent-task
2166         (org-clock-in))
2167         (when bh/keep-clock-running
2168           (bh/clock-in-default-task)))))))
2169
2170   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2171
2172   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2173     (interactive)
2174     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2175       (org-clock-in '(16))))
2176
2177   (defun bh/clock-out-maybe ()
2178     (when (and bh/keep-clock-running
2179            (not org-clock-clocking-in)
2180            (marker-buffer org-clock-default-task)
2181            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2182       (bh/clock-in-parent-task)))
2183
2184   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2185
2186   (require 'org-id)
2187   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2188     "Clock in a task by id"
2189     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2190       (org-clock-in nil)))
2191
2192   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2193     "Clock in the interrupted task if there is one
2194   Skip the default task and get the next one.
2195   A prefix arg forces clock in of the default task."
2196     (interactive "p")
2197     (let ((clock-in-to-task
2198        (cond
2199         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2200         ((and (org-clock-is-active)
2201           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2202          (caddr org-clock-history))
2203         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2204         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2205         (t (car org-clock-history)))))
2206       (widen)
2207       (org-with-point-at clock-in-to-task
2208     (org-clock-in nil))))
2209
2210
2211   (defun org-export-to-ods ()
2212     (interactive)
2213     (let ((csv-file "data.csv"))
2214       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2215       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2216
2217   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2218   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2219   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2220   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2221
2222   ;; support inserting screen shots
2223   (defun my/org-insert-screenshot ()
2224     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2225   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2226     (interactive)
2227     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2228     (setq my/org-insert-screenshot/filename
2229       (read-file-name
2230        "Screenshot to insert: "
2231        nil
2232        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2233        )
2234       )
2235     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2236     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2237     (org-display-inline-images))
2238
2239   (defun my/fix-inline-images ()
2240     (when org-inline-image-overlays
2241       (org-redisplay-inline-images)))
2242
2243   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2244
2245   ;; use xelatex to preview with imagemagick
2246   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2247            '(xelateximagemagick
2248         :programs ("xelatex" "convert")
2249         :description "pdf > png"
2250         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2251         :use-xcolor t
2252         :image-input-type "pdf"
2253         :image-output-type "png"
2254         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2255         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2256         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2257            )
2258   ;; use xelatex by default
2259   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2260
2261   ; from http://orgmode.org/Changes.html
2262   (defun my/org-repair-property-drawers ()
2263     "Fix properties drawers in current buffer.
2264    Ignore non Org buffers."
2265     (interactive)
2266     (when (eq major-mode 'org-mode)
2267       (org-with-wide-buffer
2268        (goto-char (point-min))
2269        (let ((case-fold-search t)
2270          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2271                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2272                      "END[ \t]*$"))))
2273      (org-map-entries
2274       (lambda ()
2275         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2276           (save-excursion
2277         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2278           (forward-line)
2279           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2280           (when (and (< (point) end)
2281                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2282                  (save-excursion
2283                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2284                     (eq (org-element-type
2285                      (save-match-data (org-element-at-point)))
2286                     'drawer))))
2287             (insert (delete-and-extract-region
2288                  (match-beginning 0)
2289                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
2290             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2291
2292 #+END_SRC
2293 ** Org-Gcal
2294 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2295   (use-package calfw
2296     :ensure f
2297     )
2298   (use-package calfw-org
2299     :ensure f
2300     )
2301   (use-package org-gcal
2302     :ensure f
2303     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2304                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2305               )
2306     )
2307 #+END_SRC
2308 ** appt integration
2309 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2310   (use-package appt
2311     :ensure f
2312     :config
2313     ;; Show notification 10 minutes before event
2314     (setq appt-message-warning-time 10)
2315     ;; Disable multiple reminders
2316     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2317     (setq appt-display-mode-line nil)
2318
2319     ;; add automatic reminders for appointments
2320     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2321       (interactive)
2322       (setq appt-time-msg-list nil)
2323       (org-agenda-to-appt))
2324     ;; add reminders when starting emacs
2325     (my/org-agenda-to-appt)
2326     ;; when rebuilding the agenda
2327     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2328       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2329       (my/org-agenda-to-appt)
2330       )
2331     ;; when saving all org buffers
2332     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2333       "Re-add appts after saving all org buffers"
2334       (my/org-agenda-to-appt))
2335     ;; Display appointments as a window manager notification
2336     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2337     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2338
2339     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2340
2341     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2342       (if (atom min-to-app)
2343       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2344     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2345       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2346                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2347       )
2348     )
2349
2350
2351 #+END_SRC
2352 ** End use-package
2353 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2354   )
2355 #+END_SRC
2356 * Keybindings
2357 ** Goto line
2358 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2359   (global-unset-key "\M-g")
2360   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2361 #+END_SRC
2362 * Debian
2363 ** debian-changelog
2364 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2365   (use-package debian-changelog-mode
2366     :mode "debian/changelog"
2367     :config
2368     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2369     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2370 #+END_SRC
2371 * Misc (uncharacterized)
2372 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2373   (setq calendar-latitude 38.6)
2374   (setq calendar-longitude -121.5)
2375   (setq case-fold-search t)
2376   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2377   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2378   (global-font-lock-mode 1)
2379   (icomplete-mode 1)
2380   (setq log-edit-keep-buffer t)
2381   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2382   (setq markdown-enable-math t)
2383   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2384   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2385   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2386   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2387   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2388   (setq ps-line-number-color "blue")
2389   (setq ps-print-footer t)
2390   (setq ps-print-footer-frame nil)
2391   (setq ps-print-only-one-header t)
2392   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2393   ]*")
2394   (setq sentence-end-double-space nil)
2395   ; enable matching parenthesis
2396   (show-paren-mode 1)
2397   (tool-bar-mode -1)
2398   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2399   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2400   (setq vc-follow-symlinks t)
2401
2402   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2403   ;; repositories inside of git directories
2404   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2405
2406   ;; switch back to the old primary selection method
2407   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2408   (setq x-select-enable-primary t)
2409   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2410
2411   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2412   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2413
2414   ;; tramp configuration
2415   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2416
2417   (setq-default c-indent-level 4)
2418   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2419   (setq-default c-brace-offset -4)
2420   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2421   (setq-default c-label-offset -4)
2422   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2423   ; tabs are annoying
2424   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2425   (setq-default tab-width 4)
2426
2427
2428   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2429   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2430   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2431   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2432   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2433
2434
2435   (defun insert-date ()
2436     "Insert date at point."
2437     (interactive)
2438     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2439   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2440
2441   (defun unfill-paragraph (arg)
2442     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2443     (interactive "*p")
2444     (let ((fill-column 10000))
2445       (fill-paragraph arg))
2446     )
2447
2448   (column-number-mode t)
2449
2450 #+END_SRC
2451 ** Desktop-save-mode
2452 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2453 emacs, and use a different desktop file to restore history
2454 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2455   (use-package desktop
2456     :demand
2457     :config
2458     (setq desktop-base-file-name
2459           (convert-standard-filename
2460            (concat ".emacs"
2461                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2462                        "")
2463                    ".desktop")
2464            ))
2465     (setq desktop-base-lock-name
2466           (convert-standard-filename
2467            (concat desktop-base-file-name
2468                    ".lock")))
2469     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2470     (setq desktop-restore-eager 5)
2471     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2472     (desktop-save-mode 1)
2473     ; (desktop-read)
2474   )
2475 #+END_SRC
2476 ** Misc (Uncharacterized)
2477 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2478   '(icomplete-mode on)
2479   (custom-set-faces
2480    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2481    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2482    ;; Your init file should contain only one such instance.
2483    ;; If there is more than one, they won't work right.
2484    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2485
2486
2487   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2488   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2489   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2490
2491   ; (defun turn-on-flyspell ()
2492   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2493   ;    (interactive)
2494   ;    (flyspell-mode 1))
2495
2496
2497    ; Outline-minor-mode key map
2498    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2499    ; HIDE
2500    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2501    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2502    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2503    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2504    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2505    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2506    ; SHOW
2507    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2508    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2509    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2510    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2511    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2512    ; MOVE
2513    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2514    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2515    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2516    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2517    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2518    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2519   ; fix up tmux xterm keys
2520   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2521   (defun fix-up-tmux-keys ()
2522       "Fix up tmux xterm keys"
2523       (if (getenv "TMUX")
2524           (progn
2525             (let ((x 2) (tkey ""))
2526               (while (<= x 8)
2527                 ;; shift
2528                 (if (= x 2)
2529                     (setq tkey "S-"))
2530                 ;; alt
2531                 (if (= x 3)
2532                     (setq tkey "M-"))
2533                 ;; alt + shift
2534                 (if (= x 4)
2535                     (setq tkey "M-S-"))
2536                 ;; ctrl
2537                 (if (= x 5)
2538                     (setq tkey "C-"))
2539                 ;; ctrl + shift
2540                 (if (= x 6)
2541                     (setq tkey "C-S-"))
2542                 ;; ctrl + alt
2543                 (if (= x 7)
2544                     (setq tkey "C-M-"))
2545                 ;; ctrl + alt + shift
2546                 (if (= x 8)
2547                     (setq tkey "C-M-S-"))
2548
2549                 ;; arrows
2550                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2551                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2552                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2553                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2554                 ;; home
2555                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2556                 ;; end
2557                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2558                 ;; page up
2559                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2560                 ;; page down
2561                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2562                 ;; insert
2563                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2564                 ;; delete
2565                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2566                 ;; f1
2567                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2568                 ;; f2
2569                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2570                 ;; f3
2571                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2572                 ;; f4
2573                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2574                 ;; f5
2575                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2576                 ;; f6
2577                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2578                 ;; f7
2579                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2580                 ;; f8
2581                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2582                 ;; f9
2583                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2584                 ;; f10
2585                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2586                 ;; f11
2587                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2588                 ;; f12
2589                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2590                 ;; f13
2591                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2592                 ;; f14
2593                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2594                 ;; f15
2595                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2596                 ;; f16
2597                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2598                 ;; f17
2599                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2600                 ;; f18
2601                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2602                 ;; f19
2603                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2604                 ;; f20
2605                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2606
2607                 (setq x (+ x 1))
2608                 ))
2609             )
2610         )
2611       )
2612   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2613
2614   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2615     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2616     (if (or (buffer-modified-p)
2617             (verify-visited-file-modtime)
2618             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2619             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2620         ad-do-it
2621       (clear-visited-file-modtime)
2622       (not-modified)))
2623   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2624 #+END_SRC
2625
2626 * Start Server
2627 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2628   (use-package server
2629     :config
2630     (setq server-name
2631           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2632               "server"))
2633     (unless (server-running-p)
2634       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2635       (server-start)))
2636 #+END_SRC
2637
2638
2639
2640 * END
2641 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2642   (provide 'don-configuration)
2643 #+END_SRC