src/fastq-match.c

   1
   2 /*
   3  * This file is part of fastq-tools.
   4  *
   5  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   6  *
   7  * fastq-match :
   8  * Smith-Waterman alignments against sequences within a fastq file.
   9  *
  10  */
  11
  12
  13 #include "fastq-common.h"
  14 #include "fastq-parse.h"
  15 #include "fastq-sw.h"
  16 #include <stdlib.h>
  17 #include <string.h>
  18 #include <zlib.h>
  19 #include <getopt.h>
  20
  21 #if defined(MSDOS) || defined(OS2) || defined(WIN32) || defined(__CYGWIN__)
  22 #  include <fcntl.h>
  23 #  include <io.h>
  24 #  define SET_BINARY_MODE(file) setmode(fileno(file), O_BINARY)
  25 #else
  26 #  define SET_BINARY_MODE(file)
  27 #endif
  28
  29
  30 static int help_flag;
  31
  32
  33 void print_help()
  34 {
  35     fprintf( stderr,
  36 "fastq-match [OPTION]... QUERY [FILE]...\n"
  37 "Perform Smith-Waterman local alignment of a query sequence\n"
  38 "against each sequence in a fastq file.\n\n"
  39 "Options:\n"
  40 "  -h, --help              print this message\n"
  41     );
  42 }
  43
  44
  45
  46
  47 void fastq_match(FILE* fin, FILE* fout,
  48                  sw_t* sw,
  49                  unsigned char* query, int n)
  50 {
  51     int score;
  52
  53     fastq_t* fqf = fastq_open(fin);
  54     seq_t* seq = fastq_alloc_seq();
  55
  56     while (fastq_next(fqf, seq)) {
  57         fprintf(fout, "%s\t", seq->seq.s);
  58
  59         fastq_sw_conv_seq((unsigned char*)seq->seq.s, seq->seq.n);
  60         score = fastq_sw(sw, (unsigned char*)seq->seq.s, seq->seq.n);
  61
  62         fprintf(fout, "%d\n", score);
  63     }
  64
  65     fastq_free_seq(seq);
  66     fastq_close(fqf);
  67 }
  68
  69
  70
  71 int main(int argc, char* argv[])
  72 {
  73     SET_BINARY_MODE(stdin);
  74     SET_BINARY_MODE(stdout);
  75
  76     unsigned char* query;
  77     int query_len;
  78
  79     sw_t* sw;
  80
  81     FILE*  fin;
  82
  83     help_flag = 0;
  84
  85     int opt;
  86     int opt_idx;
  87
  88     static struct option long_options[] =
  89         {
  90           {"help",       no_argument, &help_flag, 1},
  91           {"gap-init",   required_argument, NULL, 0},
  92           {"gap-extend", required_argument, NULL, 0},
  93           {0, 0, 0, 0}
  94         };
  95
  96
  97     while (1) {
  98         opt = getopt_long(argc, argv, "h", long_options, &opt_idx);
  99
 100         if( opt == -1 ) break;
 101
 102         switch (opt) {
 103             case 0:
 104                 if (long_options[opt_idx].flag != 0) break;
 105                 if (optarg) {
 106                 }
 107                 break;
 108
 109             case 'h':
 110                 help_flag = 1;
 111                 break;
 112
 113             case '?':
 114                 return 1;
 115
 116             default:
 117                 abort();
 118         }
 119     }
 120
 121     if (help_flag) {
 122         print_help();
 123         return 0;
 124     }
 125
 126     if (optind >= argc) {
 127         fprintf(stderr, "A query sequence must be specified.\n");
 128         return 1;
 129     }
 130
 131     query = (unsigned char*)argv[optind++];
 132     query_len = strlen((char*)query);
 133     fastq_sw_conv_seq(query, query_len);
 134
 135     sw = fastq_alloc_sw(query, query_len);
 136
 137     if (optind >= argc || (argc - optind == 1 && strcmp(argv[optind],"-") == 0)) {
 138         fastq_match(stdin, stdout, sw, query, query_len);
 139     }
 140     else {
 141         for (; optind < argc; optind++) {
 142             fin = fopen(argv[optind], "rb");
 143             if (fin == NULL) {
 144                 fprintf(stderr, "No such file '%s'.\n", argv[optind]);
 145                 continue;
 146             }
 147
 148             fastq_match(fin, stdout, sw, query, query_len);
 149         }
 150     }
 151
 152     fastq_free_sw(sw);
 153
 154     return 0;
 155 }
 156
 157
 158