]> git.donarmstrong.com Git - emacs.git/blobdiff - .emacs
use latexmk for everything; fix package list
[emacs.git] / .emacs
diff --git a/.emacs b/.emacs
index 0c1310d83148fa5d0cb3d4d3d4b89ec7d3d61dab..d56140bc9f20880f371801fc87fe322df659313a 100644 (file)
--- a/.emacs
+++ b/.emacs
@@ -1,15 +1,15 @@
 (custom-set-variables
 ;; custom-set-variables was added by Custom.
 ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 ;; Your init file should contain only one such instance.
 ;; If there is more than one, they won't work right.
+ ;; custom-set-variables was added by Custom.
+ ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
+ ;; Your init file should contain only one such instance.
+ ;; If there is more than one, they won't work right.
  '(bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
  '(calendar-latitude [33 57 north])
  '(calendar-longitude [117 24 west])
  '(case-fold-search t)
  '(confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
  '(cperl-lazy-help-time nil)
- '(debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
+ '(debian-changelog-mailing-address "don@debian.org" t)
  '(display-time t)
  '(display-time-24hr-format t)
  '(display-time-day-and-date t)
@@ -27,7 +27,6 @@
  '(markdown-enable-math t)
  '(markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
  '(mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
- '(org-agenda-files (quote ("~/projects/debbugs/notes.org" "~/projects/notes/notes.org" "~/projects/origins_of_life/paper/figure_list.org" "~/projects/origins_of_life/ool.org" "~/projects/sysadmin/sndservers/sndservers.org" "~/projects/chaim/chaim.org" "~/projects/fh/fh.org" "~/projects/notes/library_books.org")))
  '(post-email-address "don@donarmstrong.com")
  '(post-kill-quoted-sig nil)
  '(post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
  '(user-mail-address "don@donarmstrong.com")
  '(vc-delete-logbuf-window nil)
  '(vc-follow-symlinks t))
+
+;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
+;; repositories inside of git directories
+(setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
+
+;; switch back to the old primary selection method
+(setq x-select-enable-clipboard nil)
+(setq x-select-enable-primary t)
+; (setq mouse-drag-copy-region t)
+
 (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
 ;;(load-file "cperl-mode.el")
 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
-(add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/tiny")
-(add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/other")
+;; this is the tiny-tools module from https://github.com/jaalto/project--emacs-tiny-tools.git
+(add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
+(add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
 ;;(add-to-list 'Tex-style-path '"~/lib/emacs_el/auctex/")
 
-(require 'tiny-setup)
+(setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
+(add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install)
 (require 'tinyprocmail)
 
+(require 'vcl-mode)
+
 (require 'tex-site)
 ;;(require 'psvn)
 (require 'cperl-mode)
 ;;(require 'fixme)
 (require 'google-weather)
 (require 'org-google-weather)
-(setq org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
+(setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
+
+; http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode
+; this colorizes color strings
+(require 'rainbow-mode)
+; add ess to the x major mode
+(add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
+(add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
+
+; org mode agenda files
+(setq org-agenda-files
+      (quote ("~/projects/debbugs/debbugs.org"
+             "~/projects/notes/notes.org"
+             "~/projects/origins_of_life/ool.org"
+             "~/projects/sysadmin/sndservers/sndservers.org"
+             "~/projects/chaim/chaim.org"
+             "~/projects/chaim/papers/gwas_paper_2012/gwas_paper.org"
+          "~/projects/reviews/reviews.org"
+             "~/projects/fh/fh.org")))
+
+(setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
+(setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %TAGS %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %6Effort{:}  %CLOCKSUM")
+
+(setq org-default-notes-file "~/projects/notes/notes.org")
+(setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
+      '(("m" "Mail" entry (file+headline "~/projects/notes/refile.org" "Mail")
+         "* %?\n\n  Source: %u, %c\n  %i")
+        ("t" "todo" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
+         "* TODO %?\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
+        ("r" "respond" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
+         "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
+        ("n" "note" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
+         "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
+        ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/notes/diary.org")
+         "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
+        ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
+         "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
+        ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
+         "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
+        ("h" "Habit" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
+         "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d %a .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n")
+        )
+      )
+
+;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
+(defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
+  (interactive)
+  (save-excursion
+    (beginning-of-line 0)
+    (org-remove-empty-drawer-at "LOGBOOK" (point))))
+
+(add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
+
+
+; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
+(setq org-clock-idle-time 10)
+(setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
+
+; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
+; use C-M-r for org mode capture
+(global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
+
+; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
+(setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
+                                 (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
+
+; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
+(setq org-refile-use-outline-path t)
+
+; Targets complete directly with IDO
+(setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
+
+; Allow refile to create parent tasks with confirmation
+(setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
+
+; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
+(setq org-completion-use-ido t)
+(setq ido-everywhere t)
+(setq ido-max-directory-size 100000)
+(ido-mode (quote both))
+
+;;;; Refile settings
+; Exclude DONE state tasks from refile targets
+(defun bh/verify-refile-target ()
+  "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
+  (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
+
+(setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
+
+;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
+;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
+;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
+(require 'org-protocol)
+(add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
+(setq my-org-protocol-flag nil)
+(defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
+  "Delete frame at remember finalization"
+  (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
+         (setq my-org-protocol-flag nil)))
+(defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
+  "Delete frame at remember refile"
+  (if my-org-protocol-flag
+      (progn
+        (setq my-org-protocol-flag nil)
+        ad-do-it
+        (delete-frame))
+    ad-do-it)
+  )
+(defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
+  "Delete frame at remember abort"
+  (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
+         (setq my-org-protocol-flag nil)))
+(defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
+  (setq my-org-protocol-flag t))
+
+
+;; org modules
+(add-to-list 'org-modules 'org-habit)
+
+; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
+(defun open-mail-in-mutt (message)
+  "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
+
+Message can be specified either by a path pointing inside a
+Maildir, or by Message-ID."
+  (interactive "MPath or Message-ID: ")
+  (shell-command
+   (format "xterm -e \"%s %s\""
+       (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
+
+;; add support for "mutt:ID" links
+(org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
 
 
 (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
 
-(setq auto-mode-alist (cons '("\.wml$" . 
+(setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" . 
                              (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
                            auto-mode-alist))
 
 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 
-(add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . post-mode))
+; use markdown mode for mdwn files
+(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
+
+
+
+
+; mail configuration
+(add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
 
-(add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . post-mode))
+(add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
+(defun my-message-mode-settings ()
+  (font-lock-add-keywords nil
+                          '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
+                             (0 'message-multiply-quoted-text-face))
+                            ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
+                             (0 'message-double-quoted-text-face))))
+  (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
+  )
+(add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
 
-(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
+(defun my-post-attach-file ()
+  "Prompt for an attachment."
+  (interactive)
+  (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
+        (description (string-read "Description: ")))
+    (my-header-attach-file file description)))
+
+(symbol-function 'my-post-attach-file)
 
+(defun my-header-attach-file (file description)
+  "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
+Argument DESCRIPTION MIME description."
+  (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
+  (when (> (length file) 0)
+    (save-excursion
+      (save-match-data
+        (save-restriction
+          (widen)
+          (goto-char (point-min))
+          (search-forward-regexp "^$")
+          (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
+                          description "\n"))
+          (message (concat "Attached '" file "'."))
+          (setq post-has-attachment t))))))
 
 
+
+(setq mail-yank-prefix "> ")
+
 (global-unset-key "\M-g")
 (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
 
 ;;   }
 (setq cperl-hairy t
       cperl-indent-level 4
-;;      cperl-auto-newline t
-;;      cperl-auto-newline-after-colon t
+      cperl-auto-newline nil
+      cperl-auto-newline-after-colon nil
       cperl-continued-statement-offset 4
-      cperl-brace-offset -4
+      cperl-brace-offset -1
+      cperl-continued-brace-offset 0
       cperl-label-offset -4
       cperl-highlight-variables-indiscriminately t
       cperl-electric-lbrace-space nil
-      )
-(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
+      cperl-indent-parens-as-block nil
+      cperl-close-paren-offset -1
+      cperl-tab-always-indent t)
+;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 
 
 
 ;(load-library "php-mode")
 
-(setq c-indent-level 8)
-(setq c-brace-imaginary-offset 0)
-(setq c-brace-offset -8)
-(setq c-argdecl-indent 8)
-(setq c-label-offset -8)
-(setq c-continued-statement-offset 8)
-(setq indent-tabs-mode nil)
-(setq tab-width 8)
+(setq-default c-indent-level 4)
+(setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
+(setq-default c-brace-offset -4)
+(setq-default c-argdecl-indent 4)
+(setq-default c-label-offset -4)
+(setq-default c-continued-statement-offset 4)
+; tabs are annoying
+(setq-default indent-tabs-mode nil)
+(setq-default tab-width 4)
 
 
 ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 
+; use smart quotes by default instead of `` and ''
+; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
+(setq TeX-open-quote "“")
+(setq TeX-close-quote "”")
+
 ;; (TeX-add-style-hook
 ;;  "latex"
 ;;  (lambda ()
 ;; ) 
 
 (require 'font-latex)
-(add-to-list 'font-latex-match-reference-keywords "fref")
-(add-to-list 'font-latex-match-reference-keywords "Fref")
-(add-to-list 'font-latex-match-reference-keywords "citep")
-(add-to-list 'font-latex-match-reference-keywords "citet")
-(font-latex-match-reference-make)
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "DLA")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "RZ")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "OM")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "DL")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "fixme")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acs")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acsp")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "ac")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acp")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acl")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "aclp")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acsu")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "aclu")
-(add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acused")
-(font-latex-match-function-make)
-(setq TeX-parse-self t)
-(setq TeX-auto-save t)
+(setq font-latex-match-reference-keywords
+      '(
+        ("fref" "{")
+        ("Fref" "{")
+        ("citep" "{")
+        ("citet" "{")
+        ("acs" "{")
+        ("acsp" "{")
+        ("ac" "{")
+        ("acp" "{")
+        ("acl" "{")
+        ("aclp" "{")
+        ("acsu" "{")
+        ("aclu" "{")
+        ("acused" "{")
+;         ))
+; (setq font-latex-match-warning-keywords
+;       '(
+        ("DLA" "{")
+        ("RZ" "{")
+        ("OM" "{")
+        ("DL" "{")
+        ("fixme" "{")))
+      
+(setq-default TeX-parse-self t)
+(setq-default TeX-auto-save t)
 (setq-default TeX-master nil)
 
+;; this doesn't seem to work; not currently sure why
+; (setq font-latex-user-keyword-classes
+;       '(("my-warning-commands"
+;          (("DLA" "{")
+;           ("RZ" "{")
+;           ("OM" "{")
+;           ("DL" "{")
+;           ("fixme" "{")
+;           )
+;          (:foreground "red" :weight bold :underline (:color foreground-color :style line)))
+;         ))
+
+
 (defun insert-date ()
   "Insert date at point."
   (interactive)
 ;(iswitchb-default-keybindings)
 
 (column-number-mode t)
-(setq reftex-plug-into-AUCTeX t)
+(setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 
 (server-start)
 
 (require 'mode-compile)
 
-(setq reftex-default-bibliography
+(setq-default reftex-default-bibliography
       '("references.bib"))
 
 (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
                                        ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
                                        ; number if you have a faster computer or read slower than me.
 '(font-lock-verbose 1000)
-;(setq server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
+;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
 ; (add-hook 'server-switch-hook 
 ;        (function (lambda()
 ;                    (cond ((string-match "Post" mode-name)
 (add-hook 'post-mode-hook
          (auto-fill-mode nil)
          )
+; abbrev mode settings
+; load abbreviations from 
+(setq abbrev-file-name       
+      "~/.emacs_abbrev_def")
 
-(fset 'insert-function-documentation
-   [?\C-x ?i home ?\C-k ?/ ?h ?o ?m ?e ?/ ?d ?o ?n ?/ ?l ?i ?b ?/ ?t ?e ?m ?p ?l ?a ?t ?e ?s ?/ ?p ?e ?r ?l ?_ ?f ?u ?n ?c ?t ?i ?o ?n ?_ ?d ?o ?c ?u ?m ?e ?n ?t ?a ?t ?i ?o ?n return])
+; read the abbrev file if it exists
+(if (file-exists-p abbrev-file-name)
+    (quietly-read-abbrev-file))
+
+; for now, use abbrev mode everywhere
+(setq default-abbrev-mode t)
+
+
+(defun insert-function-documentation ()
+  "Insert function documentation"
+  (interactive)
+  (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
 (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
 
 (eval-after-load "lilypond-mode" 
 (desktop-read)
 '(iswitchb-mode on)
 (custom-set-faces
 ;; custom-set-faces was added by Custom.
 ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 ;; Your init file should contain only one such instance.
 ;; If there is more than one, they won't work right.
+ ;; custom-set-faces was added by Custom.
+ ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
+ ;; Your init file should contain only one such instance.
+ ;; If there is more than one, they won't work right.
  '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
 
 (defun ess-change-directory (path)
     (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 
 (put 'upcase-region 'disabled nil)
-
 (put 'downcase-region 'disabled nil)
+(put 'narrow-to-region 'disabled nil)
 
 ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.org\\'" . org-mode))
 (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
-(setq org-log-done 'time)
-(setq org-agenda-ndays 5)
+(setq-default org-log-done 'time)
+(setq-default org-agenda-ndays 5)
 
 
 (autoload 'flyspell-mode "flyspell" "On-the-fly spelling checker." t)
 
 ;;; outlining support for ess modes
 (add-hook 'ess-mode-hook
-         '(lambda ()
-            (outline-minor-mode)
-            (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{\\)")
-            (defun outline-level
-              (lambda () (interactive) (cond ((looking-at "^##### ") 1)((looking-at "^#### ") 2)((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3) (t 1000)))
-               )))
+      '(lambda ()
+         (outline-minor-mode)
+         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
+         (defun outline-level ()
+           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
+             ((looking-at "^#### ") 2)
+             ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
+             (t 1000)))
+         ))
 
  ; Outline-minor-mode key map
  (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
  (global-set-key "\M-o" cm-map)
 
 (defun my-org-mode-setup ()
- (when (and (buffer-file-name)
-            (file-exists-p (buffer-file-name)))
   (load-library "reftex")
   (and (buffer-file-name)
-        (file-exists-p (buffer-file-name))
-        (reftex-parse-all))
-   (reftex-set-cite-format
-     '((?b . "[[bib::%l]]")
-       (?n . "[[note::%l]]"))))
-   (define-key org-mode-map "\C-c\C-g" 'reftex-citation)
-)
+       (file-exists-p (buffer-file-name))
+       (progn
+         (reftex-parse-all)
+         (reftex-set-cite-format
+          '((?b . "[[bib::%l][%l-bib]]")
+            (?n . "[[note::%l][%l-notes]]")
+            (?c . "\\cite{%l}")
+            (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l paper]]")))
+         ))
+  (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
+  (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
+  (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
+  (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
+  )
 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
 
-(setq org-mobile-directory "/rzlab.ucr.edu:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
-(setq org-directory "/home/don/org-mode/")
-(setq org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
+(defun org-mode-reftex-search ()
+  (interactive)
+  (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (reftex-citation t))))
+
+(defun open-research-paper (bibtexkey)
+  "Open a paper by bibtex key"
+  (interactive "bibtex key: ")
+  (shell-command
+   (format "%s %s"
+       (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
+(org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
+
+
+;; stolen from
+;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
+(defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
+  (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
+  (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
+                   (match-string 1 path)))
+         (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
+    (cond ((eq format 'latex)
+           (if (or (not desc) 
+                   (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
+               (format "\\cite{%s}" search)
+             (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
+
+(org-add-link-type "rtcite" 
+                   'org-bibtex-open
+                   'my-rtcite-export-handler)
+
+
+(setq-default org-mobile-directory "/rzlab.ucr.edu:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
+(setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
+(setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
+
+;; org mode ical export
+(setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
+(setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
+(setq org-icalendar-store-UID t)
+
+;; org babel support
+(org-babel-do-load-languages
+ 'org-babel-load-languages
+ '((emacs-lisp . t )
+   (R . t)
+   (latex . t)))
+;; org-babel-by-backend
+(defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
+   `(case (if (boundp 'backend) 
+              (org-export-backend-name backend)
+            nil) ,@body))
+
+
+
+;; org latex
+;; stolen from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
+(require 'org-latex)   
+;; Choose either listings or minted for exporting source code blocks.
+;; Using minted (as here) requires pygments be installed. To use the
+;; default listings package instead, use
+;; (setq org-latex-listings t)
+;; and change references to "minted" below to "listings"
+; (setq org-latex-listings 'minted)
+
+;; default settings for minted code blocks
+(setq org-latex-minted-options
+      '(;("frame" "single")
+        ("bgcolor" "bg") ; bg will need to be defined in the preamble of your document. It's defined in org-preamble-pdflatex.sty and org-preamble-xelatex.sty below.
+        ("fontsize" "\\small")
+        ))
+;; turn off the default toc behavior; deal with it properly in headers to files.
+(defun org-latex-no-toc (depth)  
+  (when depth
+    (format "%% Org-mode is exporting headings to %s levels.\n"
+            depth)))
+(setq org-latex-format-toc-function 'org-latex-no-toc)
+
+(require 'ox-latex)
+(add-to-list 'org-latex-classes
+             '("memarticle"
+               "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
+               ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
+               ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
+               ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
+               ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
+               ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
+
+(add-to-list 'org-latex-classes
+             '("membook"
+               "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
+               ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
+               ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
+               ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
+               ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
+
+(add-to-list 'org-latex-classes
+             '("letter"
+               "\\documentclass[11pt]{letter}"
+               ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
+               ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
+               ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
+               ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
+               ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
+
+;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
+;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.  
+(setq org-latex-pdf-process '("latexmk -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
+
+;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
+(setq org-latex-default-packages-alist
+      '(("" "fontspec" t)
+        ("" "xunicode" t)
+        ))
+(setq org-latex-packages-alist
+      '(("" "graphicx" t)
+        ("" "fontspec" t)
+        ("" "xunicode" t)
+        ("" "hyperref" t)
+        ("" "url" t)
+        ("" "rotating" t)
+        ("" "longtable" nil)
+        ("" "float" )))
+
+; support ignoring headers in org mode export to latex
+; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
+(defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
+                                      (headline contents info) activate)
+  (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
+      (setq ad-return-value contents)
+    ad-do-it))
 
 ; debian stuff
-(setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
-(setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
+(setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
+(setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
+
+; ediff configuration
+; don't use the multi-window configuration
+(setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
+
+; use iedit
+(require 'iedit)
+(define-key global-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
+(global-set-key  (kbd "C-;") 'iedit-mode)
+
+; fix up css mode to not be silly
+; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
+(setq cssm-indent-level 4)
+(setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
+(setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
+(setq cssm-mirror-mode nil)
+
+(require 'multi-web-mode)
+(setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
+(setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
+                  (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
+                  (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
+(setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
+(multi-web-global-mode 1)
+
+; clean-mode-line from http://www.masteringemacs.org/articles/2012/09/10/hiding-replacing-modeline-strings/
+(defvar mode-line-cleaner-alist
+  `((auto-complete-mode . " α")
+    (yas/minor-mode . " υ")
+    (paredit-mode . " π")
+    (eldoc-mode . "")
+    (abbrev-mode . "")
+    (my-keys-minor-mode . "")
+    ;; Major modes
+    (lisp-interaction-mode . "λ")
+    (hi-lock-mode . "")
+    (python-mode . "Py")
+    (cperl-mode . "ρ")
+    (auctex-mode . "Lχ")
+    (org-agenda-mode . "øα")
+    (org-mode . "ø")
+    (emacs-lisp-mode . "EL")
+    (nxhtml-mode . "nx"))
+  "Alist for `clean-mode-line'.
+When you add a new element to the alist, keep in mind that you
+must pass the correct minor/major mode symbol and a string you
+want to use in the modeline *in lieu of* the original.")
+(defun clean-mode-line ()
+  (interactive)
+  (loop for cleaner in mode-line-cleaner-alist
+        do (let* ((mode (car cleaner))
+                 (mode-str (cdr cleaner))
+                 (old-mode-str (cdr (assq mode minor-mode-alist))))
+             (when old-mode-str
+                 (setcar old-mode-str mode-str))
+               ;; major mode
+             (when (eq mode major-mode)
+               (setq mode-name mode-str)))))
+(add-hook 'after-change-major-mode-hook 'clean-mode-line)
+;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
+;;; `flymake-report-status'
+(defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
+(defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
+  "Show \"slim\" flymake status in mode line."
+  (when e-w
+    (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
+  (when status
+    (setq flymake-mode-line-status status))
+  (let* ((mode-line " Φ"))
+    (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
+      (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
+    (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
+    (setq flymake-mode-line mode-line)
+    (force-mode-line-update)))
+
+; load sql-indent when sql is loaded
+(eval-after-load "sql"
+  '(load-library "sql-indent"))
+
+; fix up tmux xterm keys
+; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
+(if (getenv "TMUX")
+    (progn
+      (let ((x 2) (tkey ""))
+        (while (<= x 8)
+          ;; shift
+          (if (= x 2)
+              (setq tkey "S-"))
+          ;; alt
+          (if (= x 3)
+              (setq tkey "M-"))
+          ;; alt + shift
+          (if (= x 4)
+              (setq tkey "M-S-"))
+          ;; ctrl
+          (if (= x 5)
+              (setq tkey "C-"))
+          ;; ctrl + shift
+          (if (= x 6)
+              (setq tkey "C-S-"))
+          ;; ctrl + alt
+          (if (= x 7)
+              (setq tkey "C-M-"))
+          ;; ctrl + alt + shift
+          (if (= x 8)
+              (setq tkey "C-M-S-"))
+          
+          ;; arrows
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
+          ;; home
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
+          ;; end
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
+          ;; page up
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
+          ;; page down
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
+          ;; insert
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
+          ;; delete
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
+          ;; f1
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
+          ;; f2
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
+          ;; f3
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
+          ;; f4
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
+          ;; f5
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
+          ;; f6
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
+          ;; f7
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
+          ;; f8
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
+          ;; f9
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
+          ;; f10
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
+          ;; f11
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
+          ;; f12
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
+          ;; f13
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
+          ;; f14
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
+          ;; f15
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
+          ;; f16
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
+          ;; f17
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
+          ;; f18
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
+          ;; f19
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
+          ;; f20
+          (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
+
+          (setq x (+ x 1))
+          ))
+      )
+  )
+
+; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
+; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
+
+(defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
+
+; use iedit everywhere
+(define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
+
+(define-minor-mode my-keys-minor-mode
+  "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
+  t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
+
+(my-keys-minor-mode 1)
+(defun my-minibuffer-setup-hook ()
+  (my-keys-minor-mode 0))
+
+(add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
+(defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
+  "Try to ensure that my keybindings always have priority."
+  (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
+      (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
+        (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
+        (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
+(ad-activate 'load)