.emacs

   1 (custom-set-variables
   2  ;; custom-set-variables was added by Custom.
   3  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
   4  ;; Your init file should contain only one such instance.
   5  ;; If there is more than one, they won't work right.
   6  '(bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
   7  '(calendar-latitude [33 57 north])
   8  '(calendar-longitude [117 24 west])
   9  '(case-fold-search t)
  10  '(confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
  11  '(cperl-lazy-help-time nil)
  12  '(debian-changelog-mailing-address "don@debian.org" t)
  13  '(display-time t)
  14  '(display-time-24hr-format t)
  15  '(display-time-day-and-date t)
  16  '(display-time-mode t)
  17  '(font-latex-fontify-script nil)
  18  '(font-latex-fontify-sectioning (quote color))
  19  '(font-latex-script-display (quote (nil)))
  20  '(global-auto-revert-mode t)
  21  '(global-font-lock-mode t nil (font-lock))
  22  '(global-set-key "\347" t)
  23  '(iswitchb-mode t)
  24  '(iswitchb-prompt-newbuffer nil)
  25  '(log-edit-keep-buffer t)
  26  '(mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
  27  '(markdown-enable-math t)
  28  '(markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
  29  '(mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
  30  '(post-email-address "don@donarmstrong.com")
  31  '(post-kill-quoted-sig nil)
  32  '(post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
  33  '(post-uses-fill-mode nil)
  34  '(ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
  35  '(ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
  36  '(ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
  37  '(ps-line-number-color "blue")
  38  '(ps-print-footer t)
  39  '(ps-print-footer-frame nil)
  40  '(ps-print-only-one-header t)
  41  '(safe-local-variable-values (quote ((auto-save-default) (make-backup-files))))
  42  '(sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
  43 ]*")
  44  '(sentence-end-double-space nil)
  45  '(show-paren-mode t)
  46  '(tool-bar-mode nil nil (tool-bar))
  47  '(user-mail-address "don@donarmstrong.com")
  48  '(vc-delete-logbuf-window nil)
  49  '(vc-follow-symlinks t))
  50
  51 ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
  52 ;; repositories inside of git directories
  53 (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
  54
  55 ;; switch back to the old primary selection method
  56 (setq x-select-enable-clipboard nil)
  57 (setq x-select-enable-primary t)
  58 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
  59
  60 (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
  61 ;;(load-file "cperl-mode.el")
  62 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  63 ;; this is the tiny-tools module from https://github.com/jaalto/project--emacs-tiny-tools.git
  64 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
  65 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
  66 ;;(add-to-list 'Tex-style-path '"~/lib/emacs_el/auctex/")
  67
  68 (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
  69 (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install)
  70 (require 'tinyprocmail)
  71
  72 (require 'vcl-mode)
  73
  74 (require 'tex-site)
  75 ;;(require 'psvn)
  76 (require 'cperl-mode)
  77 ;;(require 'ecasound)
  78 ;;(require 'emacs-wiki)
  79 (require 'bibtex)
  80 (require 'post)
  81 ;;(require 'fixme)
  82 (require 'google-weather)
  83 (require 'org-google-weather)
  84 (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
  85
  86 ; http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode
  87 ; this colorizes color strings
  88 (require 'rainbow-mode)
  89 ; add ess to the x major mode
  90 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
  91 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
  92
  93 ; org mode agenda files
  94 (setq org-agenda-files
  95       (quote ("~/projects/debbugs/debbugs.org"
  96               "~/projects/notes/notes.org"
  97               "~/projects/origins_of_life/ool.org"
  98               "~/projects/sysadmin/sndservers/sndservers.org"
  99               "~/projects/chaim/chaim.org"
 100               "~/projects/chaim/papers/gwas_paper_2012/gwas_paper.org"
 101               "~/projects/fh/fh.org")))
 102
 103 (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
 104 (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %TAGS %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %17Effort(Estimated Effort){:} %CLOCKSUM")
 105
 106 (setq org-default-notes-file "~/projects/notes/notes.org")
 107 (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
 108       '(("m" "Mail" entry (file+headline "~/projects/notes/refile.org" "Mail")
 109          "* %?\n\n  Source: %u, %c\n  %i")
 110         ("t" "todo" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 111          "* TODO %?\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 112         ("r" "respond" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 113          "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
 114         ("n" "note" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 115          "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 116         ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/notes/diary.org")
 117          "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
 118         ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 119          "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
 120         ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 121          "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 122         ("h" "Habit" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 123          "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d %a .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n")
 124         )
 125       )
 126
 127 ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
 128 (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
 129   (interactive)
 130   (save-excursion
 131     (beginning-of-line 0)
 132     (org-remove-empty-drawer-at "LOGBOOK" (point))))
 133
 134 (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
 135
 136
 137 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
 138 ; use C-M-r for org mode capture
 139 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
 140
 141 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
 142 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
 143                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
 144
 145 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
 146 (setq org-refile-use-outline-path t)
 147
 148 ; Targets complete directly with IDO
 149 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
 150
 151 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
 152 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
 153
 154 ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
 155 (setq org-completion-use-ido t)
 156 (setq ido-everywhere t)
 157 (setq ido-max-directory-size 100000)
 158 (ido-mode (quote both))
 159
 160 ;;;; Refile settings
 161 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
 162 (defun bh/verify-refile-target ()
 163   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
 164   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
 165
 166 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
 167
 168 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
 169 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
 170 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
 171 (require 'org-protocol)
 172 (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
 173 (setq my-org-protocol-flag nil)
 174 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
 175   "Delete frame at remember finalization"
 176   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 177          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 178 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
 179   "Delete frame at remember refile"
 180   (if my-org-protocol-flag
 181       (progn
 182         (setq my-org-protocol-flag nil)
 183         ad-do-it
 184         (delete-frame))
 185     ad-do-it)
 186   )
 187 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
 188   "Delete frame at remember abort"
 189   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 190          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 191 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
 192   (setq my-org-protocol-flag t))
 193
 194
 195 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
 196 (defun open-mail-in-mutt (message)
 197   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
 198
 199 Message can be specified either by a path pointing inside a
 200 Maildir, or by Message-ID."
 201   (interactive "MPath or Message-ID: ")
 202   (shell-command
 203    (format "xterm -e \"%s %s\""
 204        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
 205
 206 ;; add support for "mutt:ID" links
 207 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
 208
 209
 210 (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
 211
 212 (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" .
 213                               (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
 214                             auto-mode-alist))
 215
 216 ;; Use c-mode for perl .xs files
 217 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 218 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 219 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 220 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 221 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 222
 223 ; use markdown mode for mdwn files
 224 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
 225
 226
 227
 228
 229 ; mail configuration
 230 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 231 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
 232
 233 (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 234 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
 235 (defun my-message-mode-settings ()
 236   (font-lock-add-keywords nil
 237                           '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 238                              (0 'message-multiply-quoted-text-face))
 239                             ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 240                              (0 'message-double-quoted-text-face))))
 241   (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
 242   )
 243 (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
 244
 245 (defun my-post-attach-file ()
 246   "Prompt for an attachment."
 247   (interactive)
 248   (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
 249         (description (string-read "Description: ")))
 250     (my-header-attach-file file description)))
 251
 252 (symbol-function 'my-post-attach-file)
 253
 254 (defun my-header-attach-file (file description)
 255   "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
 256 Argument DESCRIPTION MIME description."
 257   (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
 258   (when (> (length file) 0)
 259     (save-excursion
 260       (save-match-data
 261         (save-restriction
 262           (widen)
 263           (goto-char (point-min))
 264           (search-forward-regexp "^$")
 265           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
 266                           description "\n"))
 267           (message (concat "Attached '" file "'."))
 268           (setq post-has-attachment t))))))
 269
 270
 271
 272 (setq mail-yank-prefix "> ")
 273
 274 (global-unset-key "\M-g")
 275 (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
 276
 277 ;;(autoload 'perl-mode "cperl-mode"
 278 ;;  "alternate mode for editing Perl programs" t)
 279
 280 ;; self-insert-command hack.
 281 ;;   Without this, "if<SP>" expands to
 282 ;;   if ( -!-) {
 283 ;;   }
 284 ;;   which really should be,
 285 ;;   if (-!-) {
 286 ;;   }
 287 (setq cperl-hairy t
 288       cperl-indent-level 4
 289       cperl-auto-newline nil
 290       cperl-auto-newline-after-colon nil
 291       cperl-continued-statement-offset 4
 292       cperl-brace-offset -4
 293       cperl-continued-brace-offset 0
 294       cperl-label-offset -4
 295       cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 296       cperl-electric-lbrace-space nil
 297       cperl-indent-parens-as-block t
 298       cperl-tab-always-indent t)
 299 ;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 300
 301
 302
 303 ;(load-library "php-mode")
 304
 305 (setq-default c-indent-level 4)
 306 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
 307 (setq-default c-brace-offset -4)
 308 (setq-default c-argdecl-indent 4)
 309 (setq-default c-label-offset -4)
 310 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
 311 ; tabs are annoying
 312 (setq-default indent-tabs-mode nil)
 313 (setq-default tab-width 4)
 314
 315
 316 ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
 317 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
 318 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
 319 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
 320 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
 321
 322 ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
 323 ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
 324 (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
 325 (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
 326 (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
 327 (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
 328 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 329 (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
 330 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 331 (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 332
 333 ; use smart quotes by default instead of `` and ''
 334 ; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 335 (setq TeX-open-quote "“")
 336 (setq TeX-close-quote "”")
 337
 338 ;; (TeX-add-style-hook
 339 ;;  "latex"
 340 ;;  (lambda ()
 341 ;;    (TeX-add-symbols
 342 ;;     '("DLA" 1))))
 343 ;; (custom-set-variables
 344 ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
 345 ;;    '(("fixme"
 346 ;;       ("DLA" "RZ")
 347 ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
 348 ;; )
 349
 350 (require 'font-latex)
 351 (setq font-latex-match-reference-keywords
 352       '(
 353         ("fref" "{")
 354         ("Fref" "{")
 355         ("citep" "{")
 356         ("citet" "{")
 357         ("acs" "{")
 358         ("acsp" "{")
 359         ("ac" "{")
 360         ("acp" "{")
 361         ("acl" "{")
 362         ("aclp" "{")
 363         ("acsu" "{")
 364         ("aclu" "{")
 365         ("acused" "{")
 366 ;         ))
 367 ; (setq font-latex-match-warning-keywords
 368 ;       '(
 369         ("DLA" "{")
 370         ("RZ" "{")
 371         ("OM" "{")
 372         ("DL" "{")
 373         ("fixme" "{")))
 374
 375 (setq-default TeX-parse-self t)
 376 (setq-default TeX-auto-save t)
 377 (setq-default TeX-master nil)
 378
 379 ;; this doesn't seem to work; not currently sure why
 380 ; (setq font-latex-user-keyword-classes
 381 ;       '(("my-warning-commands"
 382 ;          (("DLA" "{")
 383 ;           ("RZ" "{")
 384 ;           ("OM" "{")
 385 ;           ("DL" "{")
 386 ;           ("fixme" "{")
 387 ;           )
 388 ;          (:foreground "red" :weight bold :underline (:color foreground-color :style line)))
 389 ;         ))
 390
 391
 392 (defun insert-date ()
 393   "Insert date at point."
 394   (interactive)
 395   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
 396 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
 397
 398 (defun unfill-paragraph (arg)
 399   "Pull this whole paragraph up onto one line."
 400   (interactive "*p")
 401   (let ((fill-column 10000))
 402     (fill-paragraph arg))
 403   )
 404
 405 ;(iswitchb-default-keybindings)
 406
 407 (column-number-mode t)
 408 (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 409
 410 (server-start)
 411
 412 (require 'mode-compile)
 413
 414 (setq-default reftex-default-bibliography
 415       '("references.bib"))
 416
 417 (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
 418   "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
 419     message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
 420   (if (eq major-mode 'post-mode)
 421       (message
 422        (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
 423                                         ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
 424                                         ; number if you have a faster computer or read slower than me.
 425 '(font-lock-verbose 1000)
 426 ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
 427 ; (add-hook 'server-switch-hook
 428 ;         (function (lambda()
 429 ;                     (cond ((string-match "Post" mode-name)
 430 ;                            (post-goto-body)))
 431 ;                     set-buffer-file-coding-system 'utf-8
 432 ;                     )))
 433 ;
 434
 435 (add-hook 'post-mode-hook
 436           (auto-fill-mode nil)
 437           )
 438 ; abbrev mode settings
 439 ; load abbreviations from
 440 (setq abbrev-file-name
 441       "~/.emacs_abbrev_def")
 442
 443 ; read the abbrev file if it exists
 444 (if (file-exists-p abbrev-file-name)
 445     (quietly-read-abbrev-file))
 446
 447 ; for now, use abbrev mode everywhere
 448 (setq default-abbrev-mode t)
 449
 450
 451 (defun insert-function-documentation ()
 452   "Insert function documentation"
 453   (interactive)
 454   (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
 455 (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
 456
 457 (eval-after-load "lilypond-mode"
 458   '(progn
 459      (load-library "lyqi-mode")
 460      (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
 461
 462 (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
 463
 464 (desktop-load-default)
 465 (desktop-read)
 466 '(iswitchb-mode on)
 467 (custom-set-faces
 468  ;; custom-set-faces was added by Custom.
 469  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 470  ;; Your init file should contain only one such instance.
 471  ;; If there is more than one, they won't work right.
 472  '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
 473
 474 (defun ess-change-directory (path)
 475   "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
 476   (interactive "DDirectory to change to: ")
 477
 478   (when (file-exists-p path)
 479     (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
 480     ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
 481     (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 482
 483 (put 'upcase-region 'disabled nil)
 484 (put 'downcase-region 'disabled nil)
 485 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
 486
 487 ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 488 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.org\\'" . org-mode))
 489 (add-hook 'org-mode-hook 'turn-on-font-lock) ; not needed when global-font-lock-mode is on
 490 (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 491 (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 492 (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
 493 (setq-default org-log-done 'time)
 494 (setq-default org-agenda-ndays 5)
 495
 496
 497 (autoload 'flyspell-mode "flyspell" "On-the-fly spelling checker." t)
 498 (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 499 (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 500 (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 501 (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 502 (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 503 (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 504 (defun turn-on-flyspell ()
 505    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
 506    (interactive)
 507    (flyspell-mode 1))
 508
 509 ;;; outlining support for ess modes
 510 (add-hook 'ess-mode-hook
 511       '(lambda ()
 512          (outline-minor-mode)
 513          (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
 514          (defun outline-level ()
 515            (cond ((looking-at "^##### ") 1)
 516              ((looking-at "^#### ") 2)
 517              ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
 518              (t 1000)))
 519          ))
 520
 521  ; Outline-minor-mode key map
 522  (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
 523  ; HIDE
 524  (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 525  (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 526  (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
 527  (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
 528  (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 529  (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 530  ; SHOW
 531  (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
 532  (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
 533  (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 534  (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 535  (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 536  ; MOVE
 537  (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
 538  (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
 539  (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
 540  (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
 541  (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
 542  (global-set-key "\M-o" cm-map)
 543
 544 (defun my-org-mode-setup ()
 545   (load-library "reftex")
 546   (and (buffer-file-name)
 547        (file-exists-p (buffer-file-name))
 548        (progn
 549          (reftex-parse-all)
 550          (reftex-set-cite-format
 551           '((?b . "[[bib::%l][%l-bib]]")
 552             (?n . "[[note::%l][%l-notes]]")
 553             (?c . "\\cite{%l}")
 554             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l paper]]")))
 555          ))
 556   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
 557   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
 558   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
 559   )
 560 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
 561
 562 (defun org-mode-reftex-search ()
 563   (interactive)
 564   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (reftex-citation t))))
 565
 566 (defun open-research-paper (bibtexkey)
 567   "Open a paper by bibtex key"
 568   (interactive "bibtex key: ")
 569   (shell-command
 570    (format "%s %s"
 571        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
 572
 573 ;; stolen from
 574 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
 575 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
 576   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
 577   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
 578                    (match-string 1 path)))
 579          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
 580     (cond ((eq format 'latex)
 581            (if (or (not desc)
 582                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
 583                (format "\\cite{%s}" search)
 584              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
 585
 586 (org-add-link-type "rtcite"
 587                    'org-bibtex-open
 588                    'my-rtcite-export-handler)
 589
 590
 591 (setq-default org-mobile-directory "/rzlab.ucr.edu:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
 592 (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
 593 (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
 594
 595 ;; org latex
 596 ;; stolen from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 597 (require 'org-latex)
 598 ;; Choose either listings or minted for exporting source code blocks.
 599 ;; Using minted (as here) requires pygments be installed. To use the
 600 ;; default listings package instead, use
 601 ;; (setq org-latex-listings t)
 602 ;; and change references to "minted" below to "listings"
 603 (setq org-latex-listings 'minted)
 604
 605 ;; default settings for minted code blocks
 606 (setq org-latex-minted-options
 607       '(;("frame" "single")
 608         ("bgcolor" "bg") ; bg will need to be defined in the preamble of your document. It's defined in org-preamble-pdflatex.sty and org-preamble-xelatex.sty below.
 609         ("fontsize" "\\small")
 610         ))
 611 ;; turn off the default toc behavior; deal with it properly in headers to files.
 612 (defun org-latex-no-toc (depth)
 613   (when depth
 614     (format "%% Org-mode is exporting headings to %s levels.\n"
 615             depth)))
 616 (setq org-latex-format-toc-function 'org-latex-no-toc)
 617
 618 (require 'ox-latex)
 619 (add-to-list 'org-latex-classes
 620              '("memarticle"
 621                "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
 622                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 623                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 624                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 625                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 626                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 627
 628 (add-to-list 'org-latex-classes
 629              '("membook"
 630                "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
 631                ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
 632                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 633                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 634                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
 635
 636 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
 637 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
 638 (defun my-auto-tex-cmd ()
 639   "When exporting from .org with latex, automatically run latex,
 640                      pdflatex, or xelatex as appropriate, using latexmk."
 641   (let ((texcmd)))
 642   ;; default command: pdflatex
 643   (setq texcmd "latexmk -pdflatex='pdflatex -synctex=1 --shell-escape --' -pdf %f")
 644   ;; pdflatex -> .pdf
 645   (if (string-match "LATEX_CMD: pdflatex" (buffer-string))
 646       (setq texcmd "latexmk -pdflatex='pdflatex -synctex=1 --shell-escape' -pdf %f"))
 647   ;; xelatex -> .pdf
 648   (if (string-match "LATEX_CMD: xelatex" (buffer-string))
 649       (setq texcmd "latexmk -pdflatex='xelatex -syntex=1 --shell-escape' -bibtex -use-make -pdf %f"))
 650   ;; LaTeX compilation command
 651   (setq org-latex-to-pdf-process (list texcmd)))
 652
 653 (add-hook 'org-latex-after-initial-vars-hook 'my-auto-tex-cmd)
 654
 655 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
 656 (setq org-latex-packages-alist
 657       '(("" "graphicx" t)
 658         ("" "longtable" nil)
 659         ("" "float" )))
 660
 661 ;; Custom packages
 662 (defun my-auto-tex-parameters ()
 663   "Automatically select the tex packages to include. See https://github.com/kjhealy/latex-custom-kjh for the support files included here."
 664   ;; default packages for ordinary latex or pdflatex export
 665   (setq org-latex-default-packages-alist
 666         '(("AUTO" "inputenc" t)
 667           ("minted,minion" "org-preamble-pdflatex" t)))
 668   ;; Packages to include when xelatex is used
 669   (if (string-match "LATEX_CMD: xelatex" (buffer-string))
 670       (setq org-latex-default-packages-alist
 671             '(("minted" "org-preamble-xelatex" t) ))))
 672
 673 (add-hook 'org-latex-after-initial-vars-hook 'my-auto-tex-parameters)
 674
 675 ; debian stuff
 676 (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
 677 (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
 678
 679 ; use iedit
 680 (require 'iedit)
 681 (define-key global-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 682 (global-set-key  (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 683
 684 ; fix up css mode to not be silly
 685 ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
 686 (setq cssm-indent-level 4)
 687 (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
 688 (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
 689 (setq cssm-mirror-mode nil)
 690
 691 (require 'multi-web-mode)
 692 (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
 693 (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
 694                   (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
 695                   (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
 696 (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
 697 (multi-web-global-mode 1)
 698
 699 ; clean-mode-line from http://www.masteringemacs.org/articles/2012/09/10/hiding-replacing-modeline-strings/
 700 (defvar mode-line-cleaner-alist
 701   `((auto-complete-mode . " α")
 702     (yas/minor-mode . " υ")
 703     (paredit-mode . " π")
 704     (eldoc-mode . "")
 705     (abbrev-mode . "")
 706     (my-keys-minor-mode . "")
 707     ;; Major modes
 708     (lisp-interaction-mode . "λ")
 709     (hi-lock-mode . "")
 710     (python-mode . "Py")
 711     (cperl-mode . "ρ")
 712     (auctex-mode . "Lχ")
 713     (org-agenda-mode . "øα")
 714     (org-mode . "ø")
 715     (emacs-lisp-mode . "EL")
 716     (nxhtml-mode . "nx"))
 717   "Alist for `clean-mode-line'.
 718
 719 When you add a new element to the alist, keep in mind that you
 720 must pass the correct minor/major mode symbol and a string you
 721 want to use in the modeline *in lieu of* the original.")
 722
 723
 724 (defun clean-mode-line ()
 725   (interactive)
 726   (loop for cleaner in mode-line-cleaner-alist
 727         do (let* ((mode (car cleaner))
 728                  (mode-str (cdr cleaner))
 729                  (old-mode-str (cdr (assq mode minor-mode-alist))))
 730              (when old-mode-str
 731                  (setcar old-mode-str mode-str))
 732                ;; major mode
 733              (when (eq mode major-mode)
 734                (setq mode-name mode-str)))))
 735
 736
 737 (add-hook 'after-change-major-mode-hook 'clean-mode-line)
 738
 739 ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
 740 ;;; `flymake-report-status'
 741 (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
 742 (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
 743   "Show \"slim\" flymake status in mode line."
 744   (when e-w
 745     (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
 746   (when status
 747     (setq flymake-mode-line-status status))
 748   (let* ((mode-line " Φ"))
 749     (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
 750       (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
 751     (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
 752     (setq flymake-mode-line mode-line)
 753     (force-mode-line-update)))
 754
 755 ; fix up tmux xterm keys
 756 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
 757 (if (getenv "TMUX")
 758     (progn
 759       (let ((x 2) (tkey ""))
 760         (while (<= x 8)
 761           ;; shift
 762           (if (= x 2)
 763               (setq tkey "S-"))
 764           ;; alt
 765           (if (= x 3)
 766               (setq tkey "M-"))
 767           ;; alt + shift
 768           (if (= x 4)
 769               (setq tkey "M-S-"))
 770           ;; ctrl
 771           (if (= x 5)
 772               (setq tkey "C-"))
 773           ;; ctrl + shift
 774           (if (= x 6)
 775               (setq tkey "C-S-"))
 776           ;; ctrl + alt
 777           (if (= x 7)
 778               (setq tkey "C-M-"))
 779           ;; ctrl + alt + shift
 780           (if (= x 8)
 781               (setq tkey "C-M-S-"))
 782
 783           ;; arrows
 784           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
 785           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
 786           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
 787           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
 788           ;; home
 789           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
 790           ;; end
 791           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
 792           ;; page up
 793           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
 794           ;; page down
 795           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
 796           ;; insert
 797           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 798           ;; delete
 799           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 800           ;; f1
 801           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
 802           ;; f2
 803           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
 804           ;; f3
 805           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
 806           ;; f4
 807           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
 808           ;; f5
 809           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
 810           ;; f6
 811           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
 812           ;; f7
 813           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
 814           ;; f8
 815           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
 816           ;; f9
 817           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
 818           ;; f10
 819           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
 820           ;; f11
 821           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
 822           ;; f12
 823           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
 824           ;; f13
 825           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
 826           ;; f14
 827           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
 828           ;; f15
 829           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
 830           ;; f16
 831           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
 832           ;; f17
 833           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
 834           ;; f18
 835           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
 836           ;; f19
 837           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
 838           ;; f20
 839           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
 840
 841           (setq x (+ x 1))
 842           ))
 843       )
 844   )
 845
 846 ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
 847 ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
 848
 849 (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
 850
 851 ; use iedit everywhere
 852 (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 853
 854 (define-minor-mode my-keys-minor-mode
 855   "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
 856   t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
 857
 858 (my-keys-minor-mode 1)
 859 (defun my-minibuffer-setup-hook ()
 860   (my-keys-minor-mode 0))
 861
 862 (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
 863 (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
 864   "Try to ensure that my keybindings always have priority."
 865   (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
 866       (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
 867         (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
 868         (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
 869 (ad-activate 'load)