.emacs

   1 (custom-set-variables
   2  ;; custom-set-variables was added by Custom.
   3  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
   4  ;; Your init file should contain only one such instance.
   5  ;; If there is more than one, they won't work right.
   6  '(bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
   7  '(calendar-latitude [33 57 north])
   8  '(calendar-longitude [117 24 west])
   9  '(case-fold-search t)
  10  '(confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
  11  '(cperl-lazy-help-time nil)
  12  '(debian-changelog-mailing-address "don@debian.org" t)
  13  '(display-time t)
  14  '(display-time-24hr-format t)
  15  '(display-time-day-and-date t)
  16  '(display-time-mode t)
  17  '(font-latex-fontify-script nil)
  18  '(font-latex-fontify-sectioning (quote color))
  19  '(font-latex-script-display (quote (nil)))
  20  '(global-auto-revert-mode t)
  21  '(global-font-lock-mode t nil (font-lock))
  22  '(global-set-key "\347" t)
  23  '(iswitchb-mode t)
  24  '(iswitchb-prompt-newbuffer nil)
  25  '(log-edit-keep-buffer t)
  26  '(mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
  27  '(markdown-enable-math t)
  28  '(markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
  29  '(mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
  30  '(post-email-address "don@donarmstrong.com")
  31  '(post-kill-quoted-sig nil)
  32  '(post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
  33  '(post-uses-fill-mode nil)
  34  '(ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
  35  '(ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
  36  '(ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
  37  '(ps-line-number-color "blue")
  38  '(ps-print-footer t)
  39  '(ps-print-footer-frame nil)
  40  '(ps-print-only-one-header t)
  41  '(safe-local-variable-values (quote ((auto-save-default) (make-backup-files))))
  42  '(sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
  43 ]*")
  44  '(sentence-end-double-space nil)
  45  '(show-paren-mode t)
  46  '(tool-bar-mode nil nil (tool-bar))
  47  '(user-mail-address "don@donarmstrong.com")
  48  '(vc-delete-logbuf-window nil)
  49  '(vc-follow-symlinks t))
  50
  51 ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
  52 ;; repositories inside of git directories
  53 (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
  54
  55 ;; switch back to the old primary selection method
  56 (setq x-select-enable-clipboard nil)
  57 (setq x-select-enable-primary t)
  58 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
  59
  60 (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
  61 ;;(load-file "cperl-mode.el")
  62 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  63 ;; this is the tiny-tools module from https://github.com/jaalto/project--emacs-tiny-tools.git
  64 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
  65 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
  66 ;;(add-to-list 'Tex-style-path '"~/lib/emacs_el/auctex/")
  67
  68 (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
  69 (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install)
  70 (require 'tinyprocmail)
  71
  72 (require 'vcl-mode)
  73
  74 (require 'tex-site)
  75 ;;(require 'psvn)
  76 (require 'cperl-mode)
  77 ;;(require 'ecasound)
  78 ;;(require 'emacs-wiki)
  79 (require 'bibtex)
  80 (require 'post)
  81 ;;(require 'fixme)
  82 (require 'google-weather)
  83 (require 'org-google-weather)
  84 (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
  85
  86 ; http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode
  87 ; this colorizes color strings
  88 (require 'rainbow-mode)
  89 ; add ess to the x major mode
  90 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
  91 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
  92
  93 ; org mode agenda files
  94 (setq org-agenda-files
  95       (quote ("~/projects/debbugs/debbugs.org"
  96               "~/projects/notes/notes.org"
  97               "~/projects/origins_of_life/ool.org"
  98               "~/projects/sysadmin/sndservers/sndservers.org"
  99               "~/projects/chaim/chaim.org"
 100               "~/projects/chaim/papers/gwas_paper_2012/gwas_paper.org"
 101               "~/projects/fh/fh.org")))
 102
 103 (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
 104 (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %TAGS %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %17Effort(Estimated Effort){:} %CLOCKSUM")
 105
 106 (setq org-default-notes-file "~/projects/notes/notes.org")
 107 (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
 108       '(("m" "Mail" entry (file+headline "~/projects/notes/refile.org" "Mail")
 109          "* %?\n\n  Source: %u, %c\n  %i")
 110         ("t" "todo" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 111          "* TODO %?\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 112         ("r" "respond" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 113          "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
 114         ("n" "note" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 115          "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 116         ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/notes/diary.org")
 117          "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
 118         ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 119          "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
 120         ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 121          "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 122         ("h" "Habit" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 123          "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d %a .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n")
 124         )
 125       )
 126
 127 ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
 128 (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
 129   (interactive)
 130   (save-excursion
 131     (beginning-of-line 0)
 132     (org-remove-empty-drawer-at "LOGBOOK" (point))))
 133
 134 (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
 135
 136
 137 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
 138 ; use C-M-r for org mode capture
 139 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
 140
 141 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
 142 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
 143                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
 144
 145 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
 146 (setq org-refile-use-outline-path t)
 147
 148 ; Targets complete directly with IDO
 149 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
 150
 151 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
 152 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
 153
 154 ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
 155 (setq org-completion-use-ido t)
 156 (setq ido-everywhere t)
 157 (setq ido-max-directory-size 100000)
 158 (ido-mode (quote both))
 159
 160 ;;;; Refile settings
 161 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
 162 (defun bh/verify-refile-target ()
 163   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
 164   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
 165
 166 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
 167
 168 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
 169 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
 170 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
 171 (require 'org-protocol)
 172 (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
 173 (setq my-org-protocol-flag nil)
 174 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
 175   "Delete frame at remember finalization"
 176   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 177          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 178 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
 179   "Delete frame at remember abort"
 180   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 181          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 182 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
 183   (setq my-org-protocol-flag t))
 184
 185
 186 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
 187 (defun open-mail-in-mutt (message)
 188   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
 189
 190 Message can be specified either by a path pointing inside a
 191 Maildir, or by Message-ID."
 192   (interactive "MPath or Message-ID: ")
 193   (shell-command
 194    (format "xterm -e \"%s %s\""
 195        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
 196
 197 ;; add support for "mutt:ID" links
 198 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
 199
 200
 201 (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
 202
 203 (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" .
 204                               (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
 205                             auto-mode-alist))
 206
 207 ;; Use c-mode for perl .xs files
 208 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 209 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 210 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 211 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 212 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 213
 214 ; use markdown mode for mdwn files
 215 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
 216
 217
 218
 219
 220 ; mail configuration
 221 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 222 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
 223
 224 (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 225 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
 226 (defun my-message-mode-settings ()
 227   (font-lock-add-keywords nil
 228                           '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 229                              (0 'message-multiply-quoted-text-face))
 230                             ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 231                              (0 'message-double-quoted-text-face))))
 232   (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
 233   )
 234 (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
 235
 236 (defun my-post-attach-file ()
 237   "Prompt for an attachment."
 238   (interactive)
 239   (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
 240         (description (string-read "Description: ")))
 241     (my-header-attach-file file description)))
 242
 243 (symbol-function 'my-post-attach-file)
 244
 245 (defun my-header-attach-file (file description)
 246   "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
 247 Argument DESCRIPTION MIME description."
 248   (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
 249   (when (> (length file) 0)
 250     (save-excursion
 251       (save-match-data
 252         (save-restriction
 253           (widen)
 254           (goto-char (point-min))
 255           (search-forward-regexp "^$")
 256           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
 257                           description "\n"))
 258           (message (concat "Attached '" file "'."))
 259           (setq post-has-attachment t))))))
 260
 261
 262
 263 (setq mail-yank-prefix "> ")
 264
 265 (global-unset-key "\M-g")
 266 (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
 267
 268 ;;(autoload 'perl-mode "cperl-mode"
 269 ;;  "alternate mode for editing Perl programs" t)
 270
 271 ;; self-insert-command hack.
 272 ;;   Without this, "if<SP>" expands to
 273 ;;   if ( -!-) {
 274 ;;   }
 275 ;;   which really should be,
 276 ;;   if (-!-) {
 277 ;;   }
 278 (setq cperl-hairy t
 279       cperl-indent-level 4
 280       cperl-auto-newline nil
 281       cperl-auto-newline-after-colon nil
 282       cperl-continued-statement-offset 4
 283       cperl-brace-offset -4
 284       cperl-continued-brace-offset 0
 285       cperl-label-offset -4
 286       cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 287       cperl-electric-lbrace-space nil
 288       cperl-indent-parens-as-block t
 289       cperl-tab-always-indent t)
 290 ;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 291
 292
 293
 294 ;(load-library "php-mode")
 295
 296 (setq-default c-indent-level 4)
 297 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
 298 (setq-default c-brace-offset -4)
 299 (setq-default c-argdecl-indent 4)
 300 (setq-default c-label-offset -4)
 301 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
 302 ; tabs are annoying
 303 (setq-default indent-tabs-mode nil)
 304 (setq-default tab-width 4)
 305
 306
 307 ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
 308 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
 309 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
 310 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
 311 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
 312
 313 ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
 314 ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
 315 (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
 316 (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
 317 (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
 318 (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
 319 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 320 (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
 321 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 322 (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 323
 324 ; use smart quotes by default instead of `` and ''
 325 ; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 326 (setq TeX-open-quote "“")
 327 (setq TeX-close-quote "”")
 328
 329 ;; (TeX-add-style-hook
 330 ;;  "latex"
 331 ;;  (lambda ()
 332 ;;    (TeX-add-symbols
 333 ;;     '("DLA" 1))))
 334 ;; (custom-set-variables
 335 ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
 336 ;;    '(("fixme"
 337 ;;       ("DLA" "RZ")
 338 ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
 339 ;; )
 340
 341 (require 'font-latex)
 342 (setq font-latex-match-reference-keywords
 343       '(
 344         ("fref" "{")
 345         ("Fref" "{")
 346         ("citep" "{")
 347         ("citet" "{")
 348         ("acs" "{")
 349         ("acsp" "{")
 350         ("ac" "{")
 351         ("acp" "{")
 352         ("acl" "{")
 353         ("aclp" "{")
 354         ("acsu" "{")
 355         ("aclu" "{")
 356         ("acused" "{")
 357 ;         ))
 358 ; (setq font-latex-match-warning-keywords
 359 ;       '(
 360         ("DLA" "{")
 361         ("RZ" "{")
 362         ("OM" "{")
 363         ("DL" "{")
 364         ("fixme" "{")))
 365
 366 (setq-default TeX-parse-self t)
 367 (setq-default TeX-auto-save t)
 368 (setq-default TeX-master nil)
 369
 370 ;; this doesn't seem to work; not currently sure why
 371 ; (setq font-latex-user-keyword-classes
 372 ;       '(("my-warning-commands"
 373 ;          (("DLA" "{")
 374 ;           ("RZ" "{")
 375 ;           ("OM" "{")
 376 ;           ("DL" "{")
 377 ;           ("fixme" "{")
 378 ;           )
 379 ;          (:foreground "red" :weight bold :underline (:color foreground-color :style line)))
 380 ;         ))
 381
 382
 383 (defun insert-date ()
 384   "Insert date at point."
 385   (interactive)
 386   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
 387 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
 388
 389 (defun unfill-paragraph (arg)
 390   "Pull this whole paragraph up onto one line."
 391   (interactive "*p")
 392   (let ((fill-column 10000))
 393     (fill-paragraph arg))
 394   )
 395
 396 ;(iswitchb-default-keybindings)
 397
 398 (column-number-mode t)
 399 (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 400
 401 (server-start)
 402
 403 (require 'mode-compile)
 404
 405 (setq-default reftex-default-bibliography
 406       '("references.bib"))
 407
 408 (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
 409   "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
 410     message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
 411   (if (eq major-mode 'post-mode)
 412       (message
 413        (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
 414                                         ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
 415                                         ; number if you have a faster computer or read slower than me.
 416 '(font-lock-verbose 1000)
 417 ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
 418 ; (add-hook 'server-switch-hook
 419 ;         (function (lambda()
 420 ;                     (cond ((string-match "Post" mode-name)
 421 ;                            (post-goto-body)))
 422 ;                     set-buffer-file-coding-system 'utf-8
 423 ;                     )))
 424 ;
 425
 426 (add-hook 'post-mode-hook
 427           (auto-fill-mode nil)
 428           )
 429 ; abbrev mode settings
 430 ; load abbreviations from
 431 (setq abbrev-file-name
 432       "~/.emacs_abbrev_def")
 433
 434 ; read the abbrev file if it exists
 435 (if (file-exists-p abbrev-file-name)
 436     (quietly-read-abbrev-file))
 437
 438 ; for now, use abbrev mode everywhere
 439 (setq default-abbrev-mode t)
 440
 441
 442 (defun insert-function-documentation ()
 443   "Insert function documentation"
 444   (interactive)
 445   (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
 446 (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
 447
 448 (eval-after-load "lilypond-mode"
 449   '(progn
 450      (load-library "lyqi-mode")
 451      (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
 452
 453 (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
 454
 455 (desktop-load-default)
 456 (desktop-read)
 457 '(iswitchb-mode on)
 458 (custom-set-faces
 459  ;; custom-set-faces was added by Custom.
 460  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 461  ;; Your init file should contain only one such instance.
 462  ;; If there is more than one, they won't work right.
 463  '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
 464
 465 (defun ess-change-directory (path)
 466   "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
 467   (interactive "DDirectory to change to: ")
 468
 469   (when (file-exists-p path)
 470     (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
 471     ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
 472     (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 473
 474 (put 'upcase-region 'disabled nil)
 475 (put 'downcase-region 'disabled nil)
 476 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
 477
 478 ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 479 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.org\\'" . org-mode))
 480 (add-hook 'org-mode-hook 'turn-on-font-lock) ; not needed when global-font-lock-mode is on
 481 (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 482 (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 483 (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
 484 (setq-default org-log-done 'time)
 485 (setq-default org-agenda-ndays 5)
 486
 487
 488 (autoload 'flyspell-mode "flyspell" "On-the-fly spelling checker." t)
 489 (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 490 (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 491 (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 492 (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 493 (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 494 (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 495 (defun turn-on-flyspell ()
 496    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
 497    (interactive)
 498    (flyspell-mode 1))
 499
 500 ;;; outlining support for ess modes
 501 (add-hook 'ess-mode-hook
 502       '(lambda ()
 503          (outline-minor-mode)
 504          (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
 505          (defun outline-level ()
 506            (cond ((looking-at "^##### ") 1)
 507              ((looking-at "^#### ") 2)
 508              ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
 509              (t 1000)))
 510          ))
 511
 512  ; Outline-minor-mode key map
 513  (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
 514  ; HIDE
 515  (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 516  (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 517  (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
 518  (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
 519  (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 520  (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 521  ; SHOW
 522  (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
 523  (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
 524  (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 525  (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 526  (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 527  ; MOVE
 528  (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
 529  (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
 530  (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
 531  (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
 532  (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
 533  (global-set-key "\M-o" cm-map)
 534
 535 (defun my-org-mode-setup ()
 536   (load-library "reftex")
 537   (and (buffer-file-name)
 538        (file-exists-p (buffer-file-name))
 539        (progn
 540          (reftex-parse-all)
 541          (reftex-set-cite-format
 542           '((?b . "[[bib::%l][%l-bib]]")
 543             (?n . "[[note::%l][%l-notes]]")
 544             (?c . "\\cite{%l}")
 545             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l paper]]")))
 546          ))
 547   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
 548   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
 549   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
 550   )
 551 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
 552
 553 (defun org-mode-reftex-search ()
 554   (interactive)
 555   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (reftex-citation t))))
 556
 557 (defun open-research-paper (bibtexkey)
 558   "Open a paper by bibtex key"
 559   (interactive "bibtex key: ")
 560   (shell-command
 561    (format "%s %s"
 562        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
 563
 564 ;; stolen from
 565 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
 566 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
 567   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
 568   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
 569                    (match-string 1 path)))
 570          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
 571     (cond ((eq format 'latex)
 572            (if (or (not desc)
 573                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
 574                (format "\\cite{%s}" search)
 575              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
 576
 577 (org-add-link-type "rtcite"
 578                    'org-bibtex-open
 579                    'my-rtcite-export-handler)
 580
 581
 582 (setq-default org-mobile-directory "/rzlab.ucr.edu:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
 583 (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
 584 (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
 585
 586 ;; org latex
 587 ;; stolen from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 588 (require 'org-latex)
 589 ;; Choose either listings or minted for exporting source code blocks.
 590 ;; Using minted (as here) requires pygments be installed. To use the
 591 ;; default listings package instead, use
 592 ;; (setq org-latex-listings t)
 593 ;; and change references to "minted" below to "listings"
 594 (setq org-latex-listings 'minted)
 595
 596 ;; default settings for minted code blocks
 597 (setq org-latex-minted-options
 598       '(;("frame" "single")
 599         ("bgcolor" "bg") ; bg will need to be defined in the preamble of your document. It's defined in org-preamble-pdflatex.sty and org-preamble-xelatex.sty below.
 600         ("fontsize" "\\small")
 601         ))
 602 ;; turn off the default toc behavior; deal with it properly in headers to files.
 603 (defun org-latex-no-toc (depth)
 604   (when depth
 605     (format "%% Org-mode is exporting headings to %s levels.\n"
 606             depth)))
 607 (setq org-latex-format-toc-function 'org-latex-no-toc)
 608
 609 (require 'ox-latex)
 610 (add-to-list 'org-latex-classes
 611              '("memarticle"
 612                "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
 613                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 614                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 615                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 616                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 617                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 618
 619 (add-to-list 'org-latex-classes
 620              '("membook"
 621                "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
 622                ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
 623                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 624                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 625                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
 626
 627 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
 628 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
 629 (defun my-auto-tex-cmd ()
 630   "When exporting from .org with latex, automatically run latex,
 631                      pdflatex, or xelatex as appropriate, using latexmk."
 632   (let ((texcmd)))
 633   ;; default command: pdflatex
 634   (setq texcmd "latexmk -pdflatex='pdflatex -synctex=1 --shell-escape --' -pdf %f")
 635   ;; pdflatex -> .pdf
 636   (if (string-match "LATEX_CMD: pdflatex" (buffer-string))
 637       (setq texcmd "latexmk -pdflatex='pdflatex -synctex=1 --shell-escape' -pdf %f"))
 638   ;; xelatex -> .pdf
 639   (if (string-match "LATEX_CMD: xelatex" (buffer-string))
 640       (setq texcmd "latexmk -pdflatex='xelatex -syntex=1 --shell-escape' -pdf %f"))
 641   ;; LaTeX compilation command
 642   (setq org-latex-to-pdf-process (list texcmd)))
 643
 644 (add-hook 'org-latex-after-initial-vars-hook 'my-auto-tex-cmd)
 645
 646 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
 647 (setq org-latex-packages-alist
 648       '(("" "graphicx" t)
 649         ("" "longtable" nil)
 650         ("" "float" )))
 651
 652 ;; Custom packages
 653 (defun my-auto-tex-parameters ()
 654   "Automatically select the tex packages to include. See https://github.com/kjhealy/latex-custom-kjh for the support files included here."
 655   ;; default packages for ordinary latex or pdflatex export
 656   (setq org-latex-default-packages-alist
 657         '(("AUTO" "inputenc" t)
 658           ("minted,minion" "org-preamble-pdflatex" t)))
 659   ;; Packages to include when xelatex is used
 660   (if (string-match "LATEX_CMD: xelatex" (buffer-string))
 661       (setq org-latex-default-packages-alist
 662             '(("minted" "org-preamble-xelatex" t) ))))
 663
 664 (add-hook 'org-latex-after-initial-vars-hook 'my-auto-tex-parameters)
 665
 666 ; debian stuff
 667 (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
 668 (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
 669
 670 ; use iedit
 671 (require 'iedit)
 672 (define-key global-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 673 (global-set-key  (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 674
 675 ; fix up css mode to not be silly
 676 ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
 677 (setq cssm-indent-level 4)
 678 (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
 679 (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
 680 (setq cssm-mirror-mode nil)
 681
 682 (require 'multi-web-mode)
 683 (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
 684 (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
 685                   (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
 686                   (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
 687 (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
 688 (multi-web-global-mode 1)
 689
 690 ; clean-mode-line from http://www.masteringemacs.org/articles/2012/09/10/hiding-replacing-modeline-strings/
 691 (defvar mode-line-cleaner-alist
 692   `((auto-complete-mode . " α")
 693     (yas/minor-mode . " υ")
 694     (paredit-mode . " π")
 695     (eldoc-mode . "")
 696     (abbrev-mode . "")
 697     (my-keys-minor-mode . "")
 698     ;; Major modes
 699     (lisp-interaction-mode . "λ")
 700     (hi-lock-mode . "")
 701     (python-mode . "Py")
 702     (cperl-mode . "ρ")
 703     (auctex-mode . "Lχ")
 704     (org-agenda-mode . "øα")
 705     (org-mode . "ø")
 706     (emacs-lisp-mode . "EL")
 707     (nxhtml-mode . "nx"))
 708   "Alist for `clean-mode-line'.
 709
 710 When you add a new element to the alist, keep in mind that you
 711 must pass the correct minor/major mode symbol and a string you
 712 want to use in the modeline *in lieu of* the original.")
 713
 714
 715 (defun clean-mode-line ()
 716   (interactive)
 717   (loop for cleaner in mode-line-cleaner-alist
 718         do (let* ((mode (car cleaner))
 719                  (mode-str (cdr cleaner))
 720                  (old-mode-str (cdr (assq mode minor-mode-alist))))
 721              (when old-mode-str
 722                  (setcar old-mode-str mode-str))
 723                ;; major mode
 724              (when (eq mode major-mode)
 725                (setq mode-name mode-str)))))
 726
 727
 728 (add-hook 'after-change-major-mode-hook 'clean-mode-line)
 729
 730 ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
 731 ;;; `flymake-report-status'
 732 (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
 733 (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
 734   "Show \"slim\" flymake status in mode line."
 735   (when e-w
 736     (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
 737   (when status
 738     (setq flymake-mode-line-status status))
 739   (let* ((mode-line " Φ"))
 740     (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
 741       (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
 742     (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
 743     (setq flymake-mode-line mode-line)
 744     (force-mode-line-update)))
 745
 746 ; fix up tmux xterm keys
 747 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
 748 (if (getenv "TMUX")
 749     (progn
 750       (let ((x 2) (tkey ""))
 751         (while (<= x 8)
 752           ;; shift
 753           (if (= x 2)
 754               (setq tkey "S-"))
 755           ;; alt
 756           (if (= x 3)
 757               (setq tkey "M-"))
 758           ;; alt + shift
 759           (if (= x 4)
 760               (setq tkey "M-S-"))
 761           ;; ctrl
 762           (if (= x 5)
 763               (setq tkey "C-"))
 764           ;; ctrl + shift
 765           (if (= x 6)
 766               (setq tkey "C-S-"))
 767           ;; ctrl + alt
 768           (if (= x 7)
 769               (setq tkey "C-M-"))
 770           ;; ctrl + alt + shift
 771           (if (= x 8)
 772               (setq tkey "C-M-S-"))
 773
 774           ;; arrows
 775           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
 776           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
 777           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
 778           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
 779           ;; home
 780           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
 781           ;; end
 782           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
 783           ;; page up
 784           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
 785           ;; page down
 786           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
 787           ;; insert
 788           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 789           ;; delete
 790           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 791           ;; f1
 792           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
 793           ;; f2
 794           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
 795           ;; f3
 796           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
 797           ;; f4
 798           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
 799           ;; f5
 800           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
 801           ;; f6
 802           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
 803           ;; f7
 804           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
 805           ;; f8
 806           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
 807           ;; f9
 808           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
 809           ;; f10
 810           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
 811           ;; f11
 812           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
 813           ;; f12
 814           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
 815           ;; f13
 816           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
 817           ;; f14
 818           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
 819           ;; f15
 820           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
 821           ;; f16
 822           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
 823           ;; f17
 824           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
 825           ;; f18
 826           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
 827           ;; f19
 828           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
 829           ;; f20
 830           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
 831
 832           (setq x (+ x 1))
 833           ))
 834       )
 835   )
 836
 837 ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
 838 ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
 839
 840 (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
 841
 842 ; use iedit everywhere
 843 (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 844
 845 (define-minor-mode my-keys-minor-mode
 846   "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
 847   t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
 848
 849 (my-keys-minor-mode 1)
 850 (defun my-minibuffer-setup-hook ()
 851   (my-keys-minor-mode 0))
 852
 853 (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
 854 (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
 855   "Try to ensure that my keybindings always have priority."
 856   (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
 857       (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
 858         (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
 859         (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
 860 (ad-activate 'load)