.emacs

   1 (custom-set-variables
   2  ;; custom-set-variables was added by Custom.
   3  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
   4  ;; Your init file should contain only one such instance.
   5  ;; If there is more than one, they won't work right.
   6  '(bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
   7  '(calendar-latitude [33 57 north])
   8  '(calendar-longitude [117 24 west])
   9  '(case-fold-search t)
  10  '(confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
  11  '(cperl-lazy-help-time nil)
  12  '(debian-changelog-mailing-address "don@debian.org" t)
  13  '(display-time t)
  14  '(display-time-24hr-format t)
  15  '(display-time-day-and-date t)
  16  '(display-time-mode t)
  17  '(font-latex-fontify-script nil)
  18  '(font-latex-fontify-sectioning (quote color))
  19  '(font-latex-script-display (quote (nil)))
  20  '(global-auto-revert-mode t)
  21  '(global-font-lock-mode t nil (font-lock))
  22  '(global-set-key "\347" t)
  23  '(iswitchb-mode t)
  24  '(iswitchb-prompt-newbuffer nil)
  25  '(log-edit-keep-buffer t)
  26  '(mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
  27  '(markdown-enable-math t)
  28  '(markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
  29  '(mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
  30  '(post-email-address "don@donarmstrong.com")
  31  '(post-kill-quoted-sig nil)
  32  '(post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
  33  '(post-uses-fill-mode nil)
  34  '(ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
  35  '(ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
  36  '(ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
  37  '(ps-line-number-color "blue")
  38  '(ps-print-footer t)
  39  '(ps-print-footer-frame nil)
  40  '(ps-print-only-one-header t)
  41  '(safe-local-variable-values (quote ((auto-save-default) (make-backup-files))))
  42  '(sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
  43 ]*")
  44  '(sentence-end-double-space nil)
  45  '(show-paren-mode t)
  46  '(tool-bar-mode nil nil (tool-bar))
  47  '(user-mail-address "don@donarmstrong.com")
  48  '(vc-delete-logbuf-window nil)
  49  '(vc-follow-symlinks t))
  50
  51 ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
  52 ;; repositories inside of git directories
  53 (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
  54
  55 ;; switch back to the old primary selection method
  56 (setq x-select-enable-clipboard nil)
  57 (setq x-select-enable-primary t)
  58 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
  59
  60 (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
  61 ;;(load-file "cperl-mode.el")
  62 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  63 ;; this is the tiny-tools module from https://github.com/jaalto/project--emacs-tiny-tools.git
  64 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
  65 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
  66 ;;(add-to-list 'Tex-style-path '"~/lib/emacs_el/auctex/")
  67
  68 (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
  69 (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install)
  70 (require 'tinyprocmail)
  71
  72 (require 'vcl-mode)
  73
  74 (require 'tex-site)
  75 ;;(require 'psvn)
  76 (require 'cperl-mode)
  77 ;;(require 'ecasound)
  78 ;;(require 'emacs-wiki)
  79 (require 'bibtex)
  80 (require 'post)
  81 ;;(require 'fixme)
  82 (require 'google-weather)
  83 (require 'org-google-weather)
  84 (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
  85
  86 ; http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode
  87 ; this colorizes color strings
  88 (require 'rainbow-mode)
  89 ; add ess to the x major mode
  90 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
  91 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
  92
  93 ; org mode agenda files
  94 (setq org-agenda-files
  95       (quote ("~/projects/debbugs/debbugs.org"
  96               "~/projects/notes/notes.org"
  97               "~/projects/origins_of_life/ool.org"
  98               "~/projects/sysadmin/sndservers/sndservers.org"
  99               "~/projects/chaim/chaim.org"
 100               "~/projects/chaim/papers/gwas_paper_2012/gwas_paper.org"
 101               "~/projects/fh/fh.org")))
 102
 103 (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
 104 (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %TAGS %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %17Effort(Estimated Effort){:} %CLOCKSUM")
 105
 106 (setq org-default-notes-file "~/projects/notes/notes.org")
 107 (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
 108       '(("m" "Mail" entry (file+headline "~/projects/notes/refile.org" "Mail")
 109          "* %?\n\n  Source: %u, %c\n  %i")
 110         ("t" "todo" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 111          "* TODO %?\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 112         ("r" "respond" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 113          "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
 114         ("n" "note" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 115          "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 116         ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/notes/diary.org")
 117          "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
 118         ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 119          "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
 120         ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 121          "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 122         ("h" "Habit" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 123          "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d %a .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n")
 124         )
 125       )
 126
 127 ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
 128 (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
 129   (interactive)
 130   (save-excursion
 131     (beginning-of-line 0)
 132     (org-remove-empty-drawer-at "LOGBOOK" (point))))
 133
 134 (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
 135
 136
 137 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
 138 ; use C-M-r for org mode capture
 139 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
 140
 141 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
 142 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
 143                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
 144
 145 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
 146 (setq org-refile-use-outline-path t)
 147
 148 ; Targets complete directly with IDO
 149 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
 150
 151 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
 152 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
 153
 154 ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
 155 (setq org-completion-use-ido t)
 156 (setq ido-everywhere t)
 157 (setq ido-max-directory-size 100000)
 158 (ido-mode (quote both))
 159
 160 ;;;; Refile settings
 161 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
 162 (defun bh/verify-refile-target ()
 163   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
 164   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
 165
 166 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
 167
 168 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
 169 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
 170 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
 171 (require 'org-protocol)
 172 (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
 173 (setq my-org-protocol-flag nil)
 174 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
 175   "Delete frame at remember finalization"
 176   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 177          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 178 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
 179   "Delete frame at remember abort"
 180   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 181          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 182 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
 183   (setq my-org-protocol-flag t))
 184
 185
 186 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
 187 (defun open-mail-in-mutt (message)
 188   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
 189
 190 Message can be specified either by a path pointing inside a
 191 Maildir, or by Message-ID."
 192   (interactive "MPath or Message-ID: ")
 193   (shell-command
 194    (format "xterm -e \"%s %s\""
 195        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
 196
 197 ;; add support for "mutt:ID" links
 198 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
 199
 200
 201 (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
 202
 203 (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" .
 204                               (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
 205                             auto-mode-alist))
 206
 207 ;; Use c-mode for perl .xs files
 208 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 209 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 210 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 211 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 212 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 213
 214 ; use markdown mode for mdwn files
 215 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
 216
 217
 218
 219
 220 ; mail configuration
 221 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 222 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
 223
 224 (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 225 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
 226 (defun my-message-mode-settings ()
 227   (font-lock-add-keywords nil
 228                           '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 229                              (0 'message-multiply-quoted-text-face))
 230                             ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 231                              (0 'message-double-quoted-text-face))))
 232   (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
 233   )
 234 (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
 235
 236 (defun my-post-attach-file ()
 237   "Prompt for an attachment."
 238   (interactive)
 239   (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
 240         (description (string-read "Description: ")))
 241     (my-header-attach-file file description)))
 242
 243 (symbol-function 'my-post-attach-file)
 244
 245 (defun my-header-attach-file (file description)
 246   "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
 247 Argument DESCRIPTION MIME description."
 248   (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
 249   (when (> (length file) 0)
 250     (save-excursion
 251       (save-match-data
 252         (save-restriction
 253           (widen)
 254           (goto-char (point-min))
 255           (search-forward-regexp "^$")
 256           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
 257                           description "\n"))
 258           (message (concat "Attached '" file "'."))
 259           (setq post-has-attachment t))))))
 260
 261
 262
 263 (setq mail-yank-prefix "> ")
 264
 265 (global-unset-key "\M-g")
 266 (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
 267
 268 ;;(autoload 'perl-mode "cperl-mode"
 269 ;;  "alternate mode for editing Perl programs" t)
 270
 271 ;; self-insert-command hack.
 272 ;;   Without this, "if<SP>" expands to
 273 ;;   if ( -!-) {
 274 ;;   }
 275 ;;   which really should be,
 276 ;;   if (-!-) {
 277 ;;   }
 278 (setq cperl-hairy t
 279       cperl-indent-level 4
 280       cperl-auto-newline nil
 281       cperl-auto-newline-after-colon nil
 282       cperl-continued-statement-offset 4
 283       cperl-brace-offset -4
 284       cperl-label-offset -4
 285       cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 286       cperl-electric-lbrace-space nil
 287       )
 288 (add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 289
 290
 291
 292 ;(load-library "php-mode")
 293
 294 (setq-default c-indent-level 4)
 295 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
 296 (setq-default c-brace-offset -4)
 297 (setq-default c-argdecl-indent 4)
 298 (setq-default c-label-offset -4)
 299 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
 300 ; tabs are annoying
 301 (setq-default indent-tabs-mode nil)
 302 (setq-default tab-width 4)
 303
 304
 305 ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
 306 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
 307 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
 308 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
 309 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
 310
 311 ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
 312 ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
 313 (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
 314 (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
 315 (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
 316 (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
 317 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 318 (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
 319 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 320 (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 321
 322 ;; (TeX-add-style-hook
 323 ;;  "latex"
 324 ;;  (lambda ()
 325 ;;    (TeX-add-symbols
 326 ;;     '("DLA" 1))))
 327 ;; (custom-set-variables
 328 ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
 329 ;;    '(("fixme"
 330 ;;       ("DLA" "RZ")
 331 ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
 332 ;; )
 333
 334 (require 'font-latex)
 335 (add-to-list 'font-latex-match-reference-keywords "fref")
 336 (add-to-list 'font-latex-match-reference-keywords "Fref")
 337 (add-to-list 'font-latex-match-reference-keywords "citep")
 338 (add-to-list 'font-latex-match-reference-keywords "citet")
 339 (font-latex-match-reference-make)
 340 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "DLA")
 341 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "RZ")
 342 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "OM")
 343 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "DL")
 344 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "fixme")
 345 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acs")
 346 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acsp")
 347 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "ac")
 348 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acp")
 349 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acl")
 350 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "aclp")
 351 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acsu")
 352 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "aclu")
 353 (add-to-list 'font-latex-match-function-keywords "acused")
 354 (font-latex-match-function-make)
 355 (setq-default TeX-parse-self t)
 356 (setq-default TeX-auto-save t)
 357 (setq-default TeX-master nil)
 358
 359 (defun insert-date ()
 360   "Insert date at point."
 361   (interactive)
 362   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
 363 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
 364
 365 (defun unfill-paragraph (arg)
 366   "Pull this whole paragraph up onto one line."
 367   (interactive "*p")
 368   (let ((fill-column 10000))
 369     (fill-paragraph arg))
 370   )
 371
 372 ;(iswitchb-default-keybindings)
 373
 374 (column-number-mode t)
 375 (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 376
 377 (server-start)
 378
 379 (require 'mode-compile)
 380
 381 (setq-default reftex-default-bibliography
 382       '("references.bib"))
 383
 384 (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
 385   "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
 386     message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
 387   (if (eq major-mode 'post-mode)
 388       (message
 389        (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
 390                                         ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
 391                                         ; number if you have a faster computer or read slower than me.
 392 '(font-lock-verbose 1000)
 393 ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
 394 ; (add-hook 'server-switch-hook
 395 ;         (function (lambda()
 396 ;                     (cond ((string-match "Post" mode-name)
 397 ;                            (post-goto-body)))
 398 ;                     set-buffer-file-coding-system 'utf-8
 399 ;                     )))
 400 ;
 401
 402 (add-hook 'post-mode-hook
 403           (auto-fill-mode nil)
 404           )
 405 ; abbrev mode settings
 406 ; load abbreviations from
 407 (setq abbrev-file-name
 408       "~/.emacs_abbrev_def")
 409
 410 ; read the abbrev file if it exists
 411 (if (file-exists-p abbrev-file-name)
 412     (quietly-read-abbrev-file))
 413
 414 ; for now, use abbrev mode everywhere
 415 (setq default-abbrev-mode t)
 416
 417
 418 (defun insert-function-documentation ()
 419   "Insert function documentation"
 420   (interactive)
 421   (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
 422 (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
 423
 424 (eval-after-load "lilypond-mode"
 425   '(progn
 426      (load-library "lyqi-mode")
 427      (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
 428
 429 (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
 430
 431 (desktop-load-default)
 432 (desktop-read)
 433 '(iswitchb-mode on)
 434 (custom-set-faces
 435  ;; custom-set-faces was added by Custom.
 436  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 437  ;; Your init file should contain only one such instance.
 438  ;; If there is more than one, they won't work right.
 439  '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
 440
 441 (defun ess-change-directory (path)
 442   "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
 443   (interactive "DDirectory to change to: ")
 444
 445   (when (file-exists-p path)
 446     (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
 447     ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
 448     (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 449
 450 (put 'upcase-region 'disabled nil)
 451 (put 'downcase-region 'disabled nil)
 452 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
 453
 454 ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 455 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.org\\'" . org-mode))
 456 (add-hook 'org-mode-hook 'turn-on-font-lock) ; not needed when global-font-lock-mode is on
 457 (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 458 (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 459 (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
 460 (setq-default org-log-done 'time)
 461 (setq-default org-agenda-ndays 5)
 462
 463
 464 (autoload 'flyspell-mode "flyspell" "On-the-fly spelling checker." t)
 465 (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 466 (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 467 (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 468 (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 469 (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 470 (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 471 (defun turn-on-flyspell ()
 472    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
 473    (interactive)
 474    (flyspell-mode 1))
 475
 476 ;;; outlining support for ess modes
 477 (add-hook 'ess-mode-hook
 478       '(lambda ()
 479          (outline-minor-mode)
 480          (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
 481          (defun outline-level ()
 482            (cond ((looking-at "^##### ") 1)
 483              ((looking-at "^#### ") 2)
 484              ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
 485              (t 1000)))
 486          ))
 487
 488  ; Outline-minor-mode key map
 489  (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
 490  ; HIDE
 491  (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 492  (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 493  (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
 494  (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
 495  (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 496  (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 497  ; SHOW
 498  (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
 499  (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
 500  (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 501  (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 502  (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 503  ; MOVE
 504  (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
 505  (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
 506  (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
 507  (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
 508  (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
 509  (global-set-key "\M-o" cm-map)
 510
 511 (defun my-org-mode-setup ()
 512   (load-library "reftex")
 513   (and (buffer-file-name)
 514        (file-exists-p (buffer-file-name))
 515        (progn
 516          (reftex-parse-all)
 517          (reftex-set-cite-format
 518           '((?b . "[[bib::%l][%l-bib]]")
 519             (?n . "[[note::%l][%l-notes]]")
 520             (?c . "\\cite{%l}")
 521             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l paper]]")))
 522          ))
 523   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
 524   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
 525   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
 526   )
 527 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
 528
 529 (defun org-mode-reftex-search ()
 530   (interactive)
 531   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (reftex-citation t))))
 532
 533
 534 (defun open-research-paper (bibtexkey)
 535   "Open a paper by bibtex key"
 536   (interactive "bibtex key: ")
 537   (shell-command
 538    (format "%s %s"
 539        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
 540
 541 ;; stolen from
 542 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
 543 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
 544   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
 545   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
 546                    (match-string 1 path)))
 547          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
 548     (cond ((eq format 'latex)
 549            (if (or (not desc)
 550                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
 551                (format "\\cite{%s}" search)
 552              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
 553
 554 (org-add-link-type "rtcite"
 555                    'org-bibtex-open
 556                    'my-rtcite-export-handler)
 557
 558
 559 (setq-default org-mobile-directory "/rzlab.ucr.edu:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
 560 (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
 561 (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
 562
 563 ; debian stuff
 564 (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
 565 (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
 566
 567 ; use iedit
 568 (require 'iedit)
 569 (define-key global-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 570 (global-set-key  (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 571
 572 ; fix up css mode to not be silly
 573 ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
 574 (setq cssm-indent-level 4)
 575 (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
 576 (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
 577 (setq cssm-mirror-mode nil)
 578
 579 (require 'multi-web-mode)
 580 (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
 581 (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
 582                   (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
 583                   (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
 584 (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
 585 (multi-web-global-mode 1)
 586
 587 ; clean-mode-line from http://www.masteringemacs.org/articles/2012/09/10/hiding-replacing-modeline-strings/
 588 (defvar mode-line-cleaner-alist
 589   `((auto-complete-mode . " α")
 590     (yas/minor-mode . " υ")
 591     (paredit-mode . " π")
 592     (eldoc-mode . "")
 593     (abbrev-mode . "")
 594     (my-keys-minor-mode . "")
 595     ;; Major modes
 596     (lisp-interaction-mode . "λ")
 597     (hi-lock-mode . "")
 598     (python-mode . "Py")
 599     (cperl-mode . "ρ")
 600     (auctex-mode . "Lχ")
 601     (org-agenda-mode . "øα")
 602     (org-mode . "ø")
 603     (emacs-lisp-mode . "EL")
 604     (nxhtml-mode . "nx"))
 605   "Alist for `clean-mode-line'.
 606
 607 When you add a new element to the alist, keep in mind that you
 608 must pass the correct minor/major mode symbol and a string you
 609 want to use in the modeline *in lieu of* the original.")
 610
 611
 612 (defun clean-mode-line ()
 613   (interactive)
 614   (loop for cleaner in mode-line-cleaner-alist
 615         do (let* ((mode (car cleaner))
 616                  (mode-str (cdr cleaner))
 617                  (old-mode-str (cdr (assq mode minor-mode-alist))))
 618              (when old-mode-str
 619                  (setcar old-mode-str mode-str))
 620                ;; major mode
 621              (when (eq mode major-mode)
 622                (setq mode-name mode-str)))))
 623
 624
 625 (add-hook 'after-change-major-mode-hook 'clean-mode-line)
 626
 627 ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
 628 ;;; `flymake-report-status'
 629 (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
 630 (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
 631   "Show \"slim\" flymake status in mode line."
 632   (when e-w
 633     (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
 634   (when status
 635     (setq flymake-mode-line-status status))
 636   (let* ((mode-line " Φ"))
 637     (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
 638       (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
 639     (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
 640     (setq flymake-mode-line mode-line)
 641     (force-mode-line-update)))
 642
 643 ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
 644 ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
 645
 646 (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
 647
 648 ; use iedit everywhere
 649 (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 650
 651 (define-minor-mode my-keys-minor-mode
 652   "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
 653   t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
 654
 655 (my-keys-minor-mode 1)
 656 (defun my-minibuffer-setup-hook ()
 657   (my-keys-minor-mode 0))
 658
 659 (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
 660 (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
 661   "Try to ensure that my keybindings always have priority."
 662   (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
 663       (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
 664         (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
 665         (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
 666 (ad-activate 'load)