.emacs

   1 (custom-set-variables
   2  ;; custom-set-variables was added by Custom.
   3  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
   4  ;; Your init file should contain only one such instance.
   5  ;; If there is more than one, they won't work right.
   6  '(bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
   7  '(calendar-latitude [33 57 north])
   8  '(calendar-longitude [117 24 west])
   9  '(case-fold-search t)
  10  '(confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
  11  '(cperl-lazy-help-time nil)
  12  '(debian-changelog-mailing-address "don@debian.org" t)
  13  '(display-time t)
  14  '(display-time-24hr-format t)
  15  '(display-time-day-and-date t)
  16  '(display-time-mode t)
  17  '(font-latex-fontify-script nil)
  18  '(font-latex-fontify-sectioning (quote color))
  19  '(font-latex-script-display (quote (nil)))
  20  '(global-auto-revert-mode t)
  21  '(global-font-lock-mode t nil (font-lock))
  22  '(global-set-key "\347" t)
  23  '(iswitchb-mode t)
  24  '(iswitchb-prompt-newbuffer nil)
  25  '(log-edit-keep-buffer t)
  26  '(mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
  27  '(markdown-enable-math t)
  28  '(markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
  29  '(mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
  30  '(post-email-address "don@donarmstrong.com")
  31  '(post-kill-quoted-sig nil)
  32  '(post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
  33  '(post-uses-fill-mode nil)
  34  '(ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
  35  '(ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
  36  '(ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
  37  '(ps-line-number-color "blue")
  38  '(ps-print-footer t)
  39  '(ps-print-footer-frame nil)
  40  '(ps-print-only-one-header t)
  41  '(safe-local-variable-values (quote ((auto-save-default) (make-backup-files))))
  42  '(sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
  43 ]*")
  44  '(sentence-end-double-space nil)
  45  '(show-paren-mode t)
  46  '(tool-bar-mode nil nil (tool-bar))
  47  '(user-mail-address "don@donarmstrong.com")
  48  '(vc-delete-logbuf-window nil)
  49  '(vc-follow-symlinks t))
  50
  51 ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
  52 ;; repositories inside of git directories
  53 (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
  54
  55 ;; switch back to the old primary selection method
  56 (setq x-select-enable-clipboard nil)
  57 (setq x-select-enable-primary t)
  58 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
  59
  60 (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
  61 ;;(load-file "cperl-mode.el")
  62 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  63 ;; this is the tiny-tools module from https://github.com/jaalto/project--emacs-tiny-tools.git
  64 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
  65 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
  66 ;;(add-to-list 'Tex-style-path '"~/lib/emacs_el/auctex/")
  67
  68 (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
  69 (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install)
  70 (require 'tinyprocmail)
  71
  72 (require 'vcl-mode)
  73
  74 (require 'tex-site)
  75 ;;(require 'psvn)
  76 (require 'cperl-mode)
  77 ;;(require 'ecasound)
  78 ;;(require 'emacs-wiki)
  79 (require 'bibtex)
  80 (require 'post)
  81 ;;(require 'fixme)
  82 (require 'google-weather)
  83 (require 'org-google-weather)
  84 (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
  85
  86 ; http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode
  87 ; this colorizes color strings
  88 (require 'rainbow-mode)
  89 ; add ess to the x major mode
  90 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
  91 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
  92
  93 ; org mode agenda files
  94 (setq org-agenda-files
  95       (quote ("~/projects/debbugs/debbugs.org"
  96               "~/projects/notes/notes.org"
  97               "~/projects/origins_of_life/ool.org"
  98               "~/projects/sysadmin/sndservers/sndservers.org"
  99               "~/projects/chaim/chaim.org"
 100               "~/projects/chaim/papers/gwas_paper_2012/gwas_paper.org"
 101           "~/projects/reviews/reviews.org"
 102               "~/projects/fh/fh.org")))
 103
 104 (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
 105 (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %TAGS %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %6Effort{:}  %CLOCKSUM")
 106
 107 (setq org-default-notes-file "~/projects/notes/notes.org")
 108 (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
 109       '(("m" "Mail" entry (file+headline "~/projects/notes/refile.org" "Mail")
 110          "* %?\n\n  Source: %u, %c\n  %i")
 111         ("t" "todo" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 112          "* TODO %?\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 113         ("r" "respond" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 114          "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
 115         ("n" "note" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 116          "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 117         ("s" "schedule" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 118          "* %? \n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 119         ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/notes/diary.org")
 120          "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
 121         ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 122          "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
 123         ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 124          "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 125         ("h" "Habit" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 126          "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d %a .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n")
 127         )
 128       )
 129
 130 ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
 131 (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
 132   (interactive)
 133   (save-excursion
 134     (beginning-of-line 0)
 135     (org-remove-empty-drawer-at "LOGBOOK" (point))))
 136
 137 (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
 138
 139
 140 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
 141 (setq org-clock-idle-time 10)
 142 (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
 143
 144 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
 145 ; use C-M-r for org mode capture
 146 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
 147
 148 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
 149 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
 150                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
 151
 152 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
 153 (setq org-refile-use-outline-path t)
 154
 155 ; Targets complete directly with IDO
 156 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
 157
 158 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
 159 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
 160
 161 ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
 162 (setq org-completion-use-ido t)
 163 (setq ido-everywhere t)
 164 (setq ido-max-directory-size 100000)
 165 (ido-mode (quote both))
 166
 167 ;;;; Refile settings
 168 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
 169 (defun bh/verify-refile-target ()
 170   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
 171   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
 172
 173 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
 174
 175 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
 176 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
 177 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
 178 (require 'org-protocol)
 179 (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
 180 (setq my-org-protocol-flag nil)
 181 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
 182   "Delete frame at remember finalization"
 183   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 184          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 185 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
 186   "Delete frame at remember refile"
 187   (if my-org-protocol-flag
 188       (progn
 189         (setq my-org-protocol-flag nil)
 190         ad-do-it
 191         (delete-frame))
 192     ad-do-it)
 193   )
 194 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
 195   "Delete frame at remember abort"
 196   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 197          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 198 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
 199   (setq my-org-protocol-flag t))
 200
 201
 202 ;; org modules
 203 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
 204
 205 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
 206 (defun open-mail-in-mutt (message)
 207   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
 208
 209 Message can be specified either by a path pointing inside a
 210 Maildir, or by Message-ID."
 211   (interactive "MPath or Message-ID: ")
 212   (shell-command
 213    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
 214        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
 215
 216 ;; add support for "mutt:ID" links
 217 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
 218
 219
 220 (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
 221
 222 (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" .
 223                               (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
 224                             auto-mode-alist))
 225
 226 ;; Use c-mode for perl .xs files
 227 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 228 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 229 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 230 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 231 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 232
 233 ; use markdown mode for mdwn files
 234 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
 235
 236
 237
 238
 239 ; mail configuration
 240 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 241 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
 242
 243 (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 244 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
 245 (defun my-message-mode-settings ()
 246   (font-lock-add-keywords nil
 247                           '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 248                              (0 'message-multiply-quoted-text-face))
 249                             ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 250                              (0 'message-double-quoted-text-face))))
 251   (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
 252   )
 253 (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
 254
 255 (defun my-post-attach-file ()
 256   "Prompt for an attachment."
 257   (interactive)
 258   (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
 259         (description (string-read "Description: ")))
 260     (my-header-attach-file file description)))
 261
 262 (symbol-function 'my-post-attach-file)
 263
 264 (defun my-header-attach-file (file description)
 265   "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
 266 Argument DESCRIPTION MIME description."
 267   (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
 268   (when (> (length file) 0)
 269     (save-excursion
 270       (save-match-data
 271         (save-restriction
 272           (widen)
 273           (goto-char (point-min))
 274           (search-forward-regexp "^$")
 275           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
 276                           description "\n"))
 277           (message (concat "Attached '" file "'."))
 278           (setq post-has-attachment t))))))
 279
 280
 281
 282 (setq mail-yank-prefix "> ")
 283
 284 (global-unset-key "\M-g")
 285 (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
 286
 287 ;;(autoload 'perl-mode "cperl-mode"
 288 ;;  "alternate mode for editing Perl programs" t)
 289
 290 ;; self-insert-command hack.
 291 ;;   Without this, "if<SP>" expands to
 292 ;;   if ( -!-) {
 293 ;;   }
 294 ;;   which really should be,
 295 ;;   if (-!-) {
 296 ;;   }
 297 (setq cperl-hairy t
 298       cperl-indent-level 4
 299       cperl-auto-newline nil
 300       cperl-auto-newline-after-colon nil
 301       cperl-continued-statement-offset 4
 302       cperl-brace-offset -1
 303       cperl-continued-brace-offset 0
 304       cperl-label-offset -4
 305       cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 306       cperl-electric-lbrace-space nil
 307       cperl-indent-parens-as-block nil
 308       cperl-close-paren-offset -1
 309       cperl-tab-always-indent t)
 310 ;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 311
 312
 313
 314 ;(load-library "php-mode")
 315
 316 (setq-default c-indent-level 4)
 317 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
 318 (setq-default c-brace-offset -4)
 319 (setq-default c-argdecl-indent 4)
 320 (setq-default c-label-offset -4)
 321 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
 322 ; tabs are annoying
 323 (setq-default indent-tabs-mode nil)
 324 (setq-default tab-width 4)
 325
 326
 327 ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
 328 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
 329 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
 330 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
 331 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
 332
 333 ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
 334 ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
 335 (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
 336 (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
 337 (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
 338 (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
 339 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 340 (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
 341 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 342 (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 343
 344 ; use smart quotes by default instead of `` and ''
 345 ; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 346 (setq TeX-open-quote "“")
 347 (setq TeX-close-quote "”")
 348
 349 ;; (TeX-add-style-hook
 350 ;;  "latex"
 351 ;;  (lambda ()
 352 ;;    (TeX-add-symbols
 353 ;;     '("DLA" 1))))
 354 ;; (custom-set-variables
 355 ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
 356 ;;    '(("fixme"
 357 ;;       ("DLA" "RZ")
 358 ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
 359 ;; )
 360
 361 (require 'font-latex)
 362 (setq font-latex-match-reference-keywords
 363       '(
 364         ("fref" "{")
 365         ("Fref" "{")
 366         ("citep" "{")
 367         ("citet" "{")
 368         ("acs" "{")
 369         ("acsp" "{")
 370         ("ac" "{")
 371         ("acp" "{")
 372         ("acl" "{")
 373         ("aclp" "{")
 374         ("acsu" "{")
 375         ("aclu" "{")
 376         ("acused" "{")
 377 ;         ))
 378 ; (setq font-latex-match-warning-keywords
 379 ;       '(
 380         ("DLA" "{")
 381         ("RZ" "{")
 382         ("OM" "{")
 383         ("DL" "{")
 384         ("fixme" "{")))
 385
 386 (setq-default TeX-parse-self t)
 387 (setq-default TeX-auto-save t)
 388 (setq-default TeX-master nil)
 389
 390 ;; this doesn't seem to work; not currently sure why
 391 ; (setq font-latex-user-keyword-classes
 392 ;       '(("my-warning-commands"
 393 ;          (("DLA" "{")
 394 ;           ("RZ" "{")
 395 ;           ("OM" "{")
 396 ;           ("DL" "{")
 397 ;           ("fixme" "{")
 398 ;           )
 399 ;          (:foreground "red" :weight bold :underline (:color foreground-color :style line)))
 400 ;         ))
 401
 402
 403 (defun insert-date ()
 404   "Insert date at point."
 405   (interactive)
 406   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
 407 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
 408
 409 (defun unfill-paragraph (arg)
 410   "Pull this whole paragraph up onto one line."
 411   (interactive "*p")
 412   (let ((fill-column 10000))
 413     (fill-paragraph arg))
 414   )
 415
 416 ;(iswitchb-default-keybindings)
 417
 418 (column-number-mode t)
 419 (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 420
 421 (server-start)
 422
 423 (require 'mode-compile)
 424
 425 (setq-default reftex-default-bibliography
 426       '("references.bib"))
 427
 428 (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
 429   "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
 430     message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
 431   (if (eq major-mode 'post-mode)
 432       (message
 433        (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
 434                                         ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
 435                                         ; number if you have a faster computer or read slower than me.
 436 '(font-lock-verbose 1000)
 437 ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
 438 ; (add-hook 'server-switch-hook
 439 ;         (function (lambda()
 440 ;                     (cond ((string-match "Post" mode-name)
 441 ;                            (post-goto-body)))
 442 ;                     set-buffer-file-coding-system 'utf-8
 443 ;                     )))
 444 ;
 445
 446 (add-hook 'post-mode-hook
 447           (auto-fill-mode nil)
 448           )
 449 ; abbrev mode settings
 450 ; load abbreviations from
 451 (setq abbrev-file-name
 452       "~/.emacs_abbrev_def")
 453
 454 ; read the abbrev file if it exists
 455 (if (file-exists-p abbrev-file-name)
 456     (quietly-read-abbrev-file))
 457
 458 ; for now, use abbrev mode everywhere
 459 (setq default-abbrev-mode t)
 460
 461
 462 (defun insert-function-documentation ()
 463   "Insert function documentation"
 464   (interactive)
 465   (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
 466 (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
 467
 468 (eval-after-load "lilypond-mode"
 469   '(progn
 470      (load-library "lyqi-mode")
 471      (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
 472
 473 (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
 474
 475 (desktop-load-default)
 476 (desktop-read)
 477 '(iswitchb-mode on)
 478 (custom-set-faces
 479  ;; custom-set-faces was added by Custom.
 480  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 481  ;; Your init file should contain only one such instance.
 482  ;; If there is more than one, they won't work right.
 483  '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
 484
 485 (defun ess-change-directory (path)
 486   "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
 487   (interactive "DDirectory to change to: ")
 488
 489   (when (file-exists-p path)
 490     (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
 491     ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
 492     (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 493
 494 (put 'upcase-region 'disabled nil)
 495 (put 'downcase-region 'disabled nil)
 496 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
 497
 498 ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 499 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.org\\'" . org-mode))
 500 (add-hook 'org-mode-hook 'turn-on-font-lock) ; not needed when global-font-lock-mode is on
 501 (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 502 (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 503 (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
 504 (setq-default org-log-done 'time)
 505 (setq-default org-agenda-ndays 5)
 506
 507
 508 (autoload 'flyspell-mode "flyspell" "On-the-fly spelling checker." t)
 509 (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 510 (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 511 (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 512 (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 513 (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 514 (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 515 (defun turn-on-flyspell ()
 516    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
 517    (interactive)
 518    (flyspell-mode 1))
 519
 520 ;;; outlining support for ess modes
 521 (add-hook 'ess-mode-hook
 522       '(lambda ()
 523          (outline-minor-mode)
 524          (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
 525          (defun outline-level ()
 526            (cond ((looking-at "^##### ") 1)
 527              ((looking-at "^#### ") 2)
 528              ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
 529              (t 1000)))
 530          ))
 531
 532  ; Outline-minor-mode key map
 533  (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
 534  ; HIDE
 535  (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 536  (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 537  (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
 538  (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
 539  (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 540  (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 541  ; SHOW
 542  (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
 543  (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
 544  (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 545  (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 546  (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 547  ; MOVE
 548  (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
 549  (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
 550  (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
 551  (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
 552  (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
 553  (global-set-key "\M-o" cm-map)
 554
 555 (defun my-org-mode-setup ()
 556   (load-library "reftex")
 557   (and (buffer-file-name)
 558        (file-exists-p (buffer-file-name))
 559        (progn
 560          (reftex-parse-all)
 561          (reftex-set-cite-format
 562           '((?b . "[[bib::%l][%l-bib]]")
 563             (?n . "[[note::%l][%l-notes]]")
 564             (?c . "\\cite{%l}")
 565             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l paper]]")))
 566          ))
 567   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
 568   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
 569   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
 570   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
 571   )
 572 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
 573
 574 (defun org-mode-reftex-search ()
 575   (interactive)
 576   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (reftex-citation t))))
 577
 578 (defun open-research-paper (bibtexkey)
 579   "Open a paper by bibtex key"
 580   (interactive "bibtex key: ")
 581   (shell-command
 582    (format "%s %s"
 583        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
 584 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
 585
 586 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
 587 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
 588
 589 ;; stolen from
 590 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
 591 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
 592   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
 593   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
 594                    (match-string 1 path)))
 595          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
 596     (cond ((eq format 'latex)
 597            (if (or (not desc)
 598                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
 599                (format "\\cite{%s}" search)
 600              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
 601
 602 (org-add-link-type "rtcite"
 603                    'org-bibtex-open
 604                    'my-rtcite-export-handler)
 605
 606
 607 (setq-default org-mobile-directory "/rzlab.ucr.edu:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
 608 (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
 609 (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
 610
 611 ;; org mode ical export
 612 (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
 613 (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
 614 (setq org-icalendar-store-UID t)
 615
 616 ;; org babel support
 617 (org-babel-do-load-languages
 618  'org-babel-load-languages
 619  '((emacs-lisp . t )
 620    (R . t)
 621    (latex . t)))
 622 ;; org-babel-by-backend
 623 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
 624    `(case (if (boundp 'backend)
 625               (org-export-backend-name backend)
 626             nil) ,@body))
 627
 628
 629
 630 ;; org latex
 631 ;; stolen from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 632 (require 'org-latex)
 633 ;; Choose either listings or minted for exporting source code blocks.
 634 ;; Using minted (as here) requires pygments be installed. To use the
 635 ;; default listings package instead, use
 636 ;; (setq org-latex-listings t)
 637 ;; and change references to "minted" below to "listings"
 638 ; (setq org-latex-listings 'minted)
 639
 640 ;; default settings for minted code blocks
 641 (setq org-latex-minted-options
 642       '(;("frame" "single")
 643         ("bgcolor" "bg") ; bg will need to be defined in the preamble of your document. It's defined in org-preamble-pdflatex.sty and org-preamble-xelatex.sty below.
 644         ("fontsize" "\\small")
 645         ))
 646 ;; turn off the default toc behavior; deal with it properly in headers to files.
 647 (defun org-latex-no-toc (depth)
 648   (when depth
 649     (format "%% Org-mode is exporting headings to %s levels.\n"
 650             depth)))
 651 (setq org-latex-format-toc-function 'org-latex-no-toc)
 652
 653 (require 'ox-latex)
 654 (add-to-list 'org-latex-classes
 655              '("memarticle"
 656                "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
 657                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 658                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 659                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 660                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 661                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 662
 663 (add-to-list 'org-latex-classes
 664              '("membook"
 665                "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
 666                ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
 667                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 668                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 669                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
 670
 671 (add-to-list 'org-latex-classes
 672              '("letter"
 673                "\\documentclass[11pt]{letter}"
 674                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 675                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 676                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 677                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 678                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 679
 680 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
 681 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
 682 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
 683
 684 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
 685 (setq org-latex-default-packages-alist
 686       '())
 687 (setq org-latex-packages-alist
 688       '(("" "graphicx" t)
 689         ("" "fontspec" t)
 690         ("" "xunicode" t)
 691         ("" "hyperref" t)
 692         ("" "url" t)
 693         ("" "rotating" t)
 694         ("" "longtable" nil)
 695         ("" "float" )))
 696
 697 (defun org-create-formula--latex-header ()
 698   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
 699   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
 700                                    (org-export-get-backend 'latex))
 701                                   (org-export--get-inbuffer-options
 702                                    (org-export-get-backend 'latex)))))
 703     (org-latex-guess-babel-language
 704      (org-latex-guess-inputenc
 705       (org-splice-latex-header
 706        org-format-latex-header
 707        org-latex-default-packages-alist
 708        nil t
 709        (plist-get info :latex-header)))
 710      info)))
 711
 712
 713 ; support ignoring headers in org mode export to latex
 714 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
 715 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
 716                                       (headline contents info) activate)
 717   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
 718       (setq ad-return-value contents)
 719     ad-do-it))
 720
 721 ; debian stuff
 722 (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
 723 (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
 724
 725 ; ediff configuration
 726 ; don't use the multi-window configuration
 727 (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 728
 729 ; use iedit
 730 (require 'iedit)
 731 (define-key global-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 732 (global-set-key  (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 733
 734 ; fix up css mode to not be silly
 735 ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
 736 (setq cssm-indent-level 4)
 737 (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
 738 (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
 739 (setq cssm-mirror-mode nil)
 740
 741 (require 'multi-web-mode)
 742 (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
 743 (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
 744                   (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
 745                   (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
 746 (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
 747 (multi-web-global-mode 1)
 748
 749 ; clean-mode-line from http://www.masteringemacs.org/articles/2012/09/10/hiding-replacing-modeline-strings/
 750 (defvar mode-line-cleaner-alist
 751   `((auto-complete-mode . " α")
 752     (yas/minor-mode . " υ")
 753     (paredit-mode . " π")
 754     (eldoc-mode . "")
 755     (abbrev-mode . "")
 756     (my-keys-minor-mode . "")
 757     ;; Major modes
 758     (lisp-interaction-mode . "λ")
 759     (hi-lock-mode . "")
 760     (python-mode . "Py")
 761     (cperl-mode . "ρ")
 762     (auctex-mode . "Lχ")
 763     (org-agenda-mode . "øα")
 764     (org-mode . "ø")
 765     (emacs-lisp-mode . "EL")
 766     (nxhtml-mode . "nx"))
 767   "Alist for `clean-mode-line'.
 768
 769 When you add a new element to the alist, keep in mind that you
 770 must pass the correct minor/major mode symbol and a string you
 771 want to use in the modeline *in lieu of* the original.")
 772
 773
 774 (defun clean-mode-line ()
 775   (interactive)
 776   (loop for cleaner in mode-line-cleaner-alist
 777         do (let* ((mode (car cleaner))
 778                  (mode-str (cdr cleaner))
 779                  (old-mode-str (cdr (assq mode minor-mode-alist))))
 780              (when old-mode-str
 781                  (setcar old-mode-str mode-str))
 782                ;; major mode
 783              (when (eq mode major-mode)
 784                (setq mode-name mode-str)))))
 785
 786
 787 (add-hook 'after-change-major-mode-hook 'clean-mode-line)
 788
 789 ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
 790 ;;; `flymake-report-status'
 791 (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
 792 (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
 793   "Show \"slim\" flymake status in mode line."
 794   (when e-w
 795     (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
 796   (when status
 797     (setq flymake-mode-line-status status))
 798   (let* ((mode-line " Φ"))
 799     (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
 800       (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
 801     (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
 802     (setq flymake-mode-line mode-line)
 803     (force-mode-line-update)))
 804
 805 ; load sql-indent when sql is loaded
 806 (eval-after-load "sql"
 807   '(load-library "sql-indent"))
 808
 809 ; fix up tmux xterm keys
 810 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
 811 (if (getenv "TMUX")
 812     (progn
 813       (let ((x 2) (tkey ""))
 814         (while (<= x 8)
 815           ;; shift
 816           (if (= x 2)
 817               (setq tkey "S-"))
 818           ;; alt
 819           (if (= x 3)
 820               (setq tkey "M-"))
 821           ;; alt + shift
 822           (if (= x 4)
 823               (setq tkey "M-S-"))
 824           ;; ctrl
 825           (if (= x 5)
 826               (setq tkey "C-"))
 827           ;; ctrl + shift
 828           (if (= x 6)
 829               (setq tkey "C-S-"))
 830           ;; ctrl + alt
 831           (if (= x 7)
 832               (setq tkey "C-M-"))
 833           ;; ctrl + alt + shift
 834           (if (= x 8)
 835               (setq tkey "C-M-S-"))
 836
 837           ;; arrows
 838           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
 839           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
 840           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
 841           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
 842           ;; home
 843           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
 844           ;; end
 845           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
 846           ;; page up
 847           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
 848           ;; page down
 849           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
 850           ;; insert
 851           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 852           ;; delete
 853           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 854           ;; f1
 855           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
 856           ;; f2
 857           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
 858           ;; f3
 859           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
 860           ;; f4
 861           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
 862           ;; f5
 863           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
 864           ;; f6
 865           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
 866           ;; f7
 867           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
 868           ;; f8
 869           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
 870           ;; f9
 871           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
 872           ;; f10
 873           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
 874           ;; f11
 875           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
 876           ;; f12
 877           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
 878           ;; f13
 879           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
 880           ;; f14
 881           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
 882           ;; f15
 883           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
 884           ;; f16
 885           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
 886           ;; f17
 887           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
 888           ;; f18
 889           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
 890           ;; f19
 891           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
 892           ;; f20
 893           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
 894
 895           (setq x (+ x 1))
 896           ))
 897       )
 898   )
 899
 900 ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
 901 ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
 902
 903 (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
 904
 905 ; use iedit everywhere
 906 (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 907
 908 (define-minor-mode my-keys-minor-mode
 909   "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
 910   t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
 911
 912 (my-keys-minor-mode 1)
 913 (defun my-minibuffer-setup-hook ()
 914   (my-keys-minor-mode 0))
 915
 916 (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
 917 (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
 918   "Try to ensure that my keybindings always have priority."
 919   (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
 920       (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
 921         (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
 922         (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
 923 (ad-activate 'load)