.emacs

   1 (custom-set-variables
   2  ;; custom-set-variables was added by Custom.
   3  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
   4  ;; Your init file should contain only one such instance.
   5  ;; If there is more than one, they won't work right.
   6  '(bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
   7  '(calendar-latitude [33 57 north])
   8  '(calendar-longitude [117 24 west])
   9  '(case-fold-search t)
  10  '(confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
  11  '(cperl-lazy-help-time nil)
  12  '(debian-changelog-mailing-address "don@debian.org" t)
  13  '(display-time t)
  14  '(display-time-24hr-format t)
  15  '(display-time-day-and-date t)
  16  '(display-time-mode t)
  17  '(font-latex-fontify-script nil)
  18  '(font-latex-fontify-sectioning (quote color))
  19  '(font-latex-script-display (quote (nil)))
  20  '(global-auto-revert-mode t)
  21  '(global-font-lock-mode t nil (font-lock))
  22  '(global-set-key "\347" t)
  23  '(iswitchb-mode t)
  24  '(iswitchb-prompt-newbuffer nil)
  25  '(log-edit-keep-buffer t)
  26  '(mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
  27  '(markdown-enable-math t)
  28  '(markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
  29  '(mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
  30  '(post-email-address "don@donarmstrong.com")
  31  '(post-kill-quoted-sig nil)
  32  '(post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
  33  '(post-uses-fill-mode nil)
  34  '(ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
  35  '(ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
  36  '(ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
  37  '(ps-line-number-color "blue")
  38  '(ps-print-footer t)
  39  '(ps-print-footer-frame nil)
  40  '(ps-print-only-one-header t)
  41  '(safe-local-variable-values (quote ((auto-save-default) (make-backup-files))))
  42  '(sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
  43 ]*")
  44  '(sentence-end-double-space nil)
  45  '(show-paren-mode t)
  46  '(tool-bar-mode nil nil (tool-bar))
  47  '(user-mail-address "don@donarmstrong.com")
  48  '(vc-delete-logbuf-window nil)
  49  '(vc-follow-symlinks t))
  50
  51 ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
  52 ;; repositories inside of git directories
  53 (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
  54
  55 ;; switch back to the old primary selection method
  56 (setq x-select-enable-clipboard nil)
  57 (setq x-select-enable-primary t)
  58 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
  59
  60 (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
  61 ;;(load-file "cperl-mode.el")
  62 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  63 ;; this is the tiny-tools module from https://github.com/jaalto/project--emacs-tiny-tools.git
  64 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
  65 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
  66 ;;(add-to-list 'Tex-style-path '"~/lib/emacs_el/auctex/")
  67
  68 (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
  69 (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install)
  70 (require 'tinyprocmail)
  71
  72 (require 'vcl-mode)
  73
  74 (require 'tex-site)
  75 ;;(require 'psvn)
  76 (require 'cperl-mode)
  77 ;;(require 'ecasound)
  78 ;;(require 'emacs-wiki)
  79 (require 'bibtex)
  80 (require 'post)
  81 ;;(require 'fixme)
  82 (require 'google-weather)
  83 (require 'org-google-weather)
  84 (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
  85
  86 ; http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode
  87 ; this colorizes color strings
  88 (require 'rainbow-mode)
  89 ; add ess to the x major mode
  90 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
  91 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
  92
  93 ; org mode agenda files
  94 (setq org-agenda-files
  95       (quote ("~/projects/debbugs/debbugs.org"
  96               "~/projects/notes/notes.org"
  97               "~/projects/origins_of_life/ool.org"
  98               "~/projects/sysadmin/sndservers/sndservers.org"
  99               "~/projects/chaim/chaim.org"
 100               "~/projects/chaim/papers/gwas_paper_2012/gwas_paper.org"
 101           "~/projects/reviews/reviews.org"
 102               "~/projects/fh/fh.org")))
 103
 104 (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
 105 (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %TAGS %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %6Effort{:}  %CLOCKSUM")
 106
 107 (setq org-default-notes-file "~/projects/notes/notes.org")
 108 (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
 109       '(("m" "Mail" entry (file+headline "~/projects/notes/refile.org" "Mail")
 110          "* %?\n\n  Source: %u, %c\n  %i")
 111         ("t" "todo" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 112          "* TODO %?\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 113         ("r" "respond" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 114          "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
 115         ("n" "note" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 116          "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 117         ("s" "schedule" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 118          "* %? \n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 119         ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/notes/diary.org")
 120          "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
 121         ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 122          "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
 123         ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 124          "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 125         ("h" "Habit" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 126          "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d %a .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n")
 127         )
 128       )
 129
 130 ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
 131 (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
 132   (interactive)
 133   (save-excursion
 134     (beginning-of-line 0)
 135     (org-remove-empty-drawer-at "LOGBOOK" (point))))
 136
 137 (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
 138 ; add ids on creation of nodes
 139 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'org-id-get-create)
 140 ; create function to create headlines in file. This comes from
 141 ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
 142 (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
 143   "Add ID properties to all headlines in the current file which
 144 do not already have one."
 145   (interactive)
 146   (org-map-entries 'org-id-get-create))
 147 ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
 148 ; (add-hook 'org-mode-hook
 149 ;           (lambda ()
 150 ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
 151
 152
 153 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
 154 (setq org-clock-idle-time 10)
 155 (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
 156
 157 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
 158 ; use C-M-r for org mode capture
 159 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
 160
 161 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
 162 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
 163                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
 164
 165 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
 166 (setq org-refile-use-outline-path t)
 167
 168 ; Targets complete directly with IDO
 169 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
 170
 171 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
 172 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
 173
 174 ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
 175 (setq org-completion-use-ido t)
 176 (setq ido-everywhere t)
 177 (setq ido-max-directory-size 100000)
 178 (ido-mode (quote both))
 179
 180 ;;;; Refile settings
 181 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
 182 (defun bh/verify-refile-target ()
 183   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
 184   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
 185
 186 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
 187
 188 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
 189 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
 190 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
 191 (require 'org-protocol)
 192 (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
 193 (setq my-org-protocol-flag nil)
 194 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
 195   "Delete frame at remember finalization"
 196   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 197          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 198 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
 199   "Delete frame at remember refile"
 200   (if my-org-protocol-flag
 201       (progn
 202         (setq my-org-protocol-flag nil)
 203         ad-do-it
 204         (delete-frame))
 205     ad-do-it)
 206   )
 207 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
 208   "Delete frame at remember abort"
 209   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 210          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 211 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
 212   (setq my-org-protocol-flag t))
 213
 214
 215 ;; org modules
 216 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
 217
 218 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
 219 (defun open-mail-in-mutt (message)
 220   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
 221
 222 Message can be specified either by a path pointing inside a
 223 Maildir, or by Message-ID."
 224   (interactive "MPath or Message-ID: ")
 225   (shell-command
 226    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
 227        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
 228
 229 ;; add support for "mutt:ID" links
 230 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
 231
 232
 233 (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
 234
 235 (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" .
 236                               (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
 237                             auto-mode-alist))
 238
 239 ;; Use c-mode for perl .xs files
 240 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 241 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 242 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 243 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 244 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 245
 246 ; use markdown mode for mdwn files
 247 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
 248
 249
 250
 251
 252 ; mail configuration
 253 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 254 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
 255
 256 (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 257 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
 258 (defun my-message-mode-settings ()
 259   (font-lock-add-keywords nil
 260                           '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 261                              (0 'message-multiply-quoted-text-face))
 262                             ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 263                              (0 'message-double-quoted-text-face))))
 264   (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
 265   )
 266 (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
 267
 268 (defun my-post-attach-file ()
 269   "Prompt for an attachment."
 270   (interactive)
 271   (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
 272         (description (string-read "Description: ")))
 273     (my-header-attach-file file description)))
 274
 275 (symbol-function 'my-post-attach-file)
 276
 277 (defun my-header-attach-file (file description)
 278   "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
 279 Argument DESCRIPTION MIME description."
 280   (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
 281   (when (> (length file) 0)
 282     (save-excursion
 283       (save-match-data
 284         (save-restriction
 285           (widen)
 286           (goto-char (point-min))
 287           (search-forward-regexp "^$")
 288           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
 289                           description "\n"))
 290           (message (concat "Attached '" file "'."))
 291           (setq post-has-attachment t))))))
 292
 293
 294
 295 (setq mail-yank-prefix "> ")
 296
 297 (global-unset-key "\M-g")
 298 (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
 299
 300 ;;(autoload 'perl-mode "cperl-mode"
 301 ;;  "alternate mode for editing Perl programs" t)
 302
 303 ;; self-insert-command hack.
 304 ;;   Without this, "if<SP>" expands to
 305 ;;   if ( -!-) {
 306 ;;   }
 307 ;;   which really should be,
 308 ;;   if (-!-) {
 309 ;;   }
 310 (setq cperl-hairy t
 311       cperl-indent-level 4
 312       cperl-auto-newline nil
 313       cperl-auto-newline-after-colon nil
 314       cperl-continued-statement-offset 4
 315       cperl-brace-offset -1
 316       cperl-continued-brace-offset 0
 317       cperl-label-offset -4
 318       cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 319       cperl-electric-lbrace-space nil
 320       cperl-indent-parens-as-block nil
 321       cperl-close-paren-offset -1
 322       cperl-tab-always-indent t)
 323 ;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 324
 325
 326
 327 ;(load-library "php-mode")
 328
 329 (setq-default c-indent-level 4)
 330 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
 331 (setq-default c-brace-offset -4)
 332 (setq-default c-argdecl-indent 4)
 333 (setq-default c-label-offset -4)
 334 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
 335 ; tabs are annoying
 336 (setq-default indent-tabs-mode nil)
 337 (setq-default tab-width 4)
 338
 339
 340 ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
 341 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
 342 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
 343 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
 344 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
 345
 346 ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
 347 ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
 348 (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
 349 (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
 350 (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
 351 (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
 352 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 353 (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
 354 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 355 (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 356
 357 ; use smart quotes by default instead of `` and ''
 358 ; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 359 (setq TeX-open-quote "“")
 360 (setq TeX-close-quote "”")
 361
 362 ;; (TeX-add-style-hook
 363 ;;  "latex"
 364 ;;  (lambda ()
 365 ;;    (TeX-add-symbols
 366 ;;     '("DLA" 1))))
 367 ;; (custom-set-variables
 368 ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
 369 ;;    '(("fixme"
 370 ;;       ("DLA" "RZ")
 371 ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
 372 ;; )
 373
 374 (require 'font-latex)
 375 (setq font-latex-match-reference-keywords
 376       '(
 377         ("fref" "{")
 378         ("Fref" "{")
 379         ("citep" "{")
 380         ("citet" "{")
 381         ("acs" "{")
 382         ("acsp" "{")
 383         ("ac" "{")
 384         ("acp" "{")
 385         ("acl" "{")
 386         ("aclp" "{")
 387         ("acsu" "{")
 388         ("aclu" "{")
 389         ("acused" "{")
 390 ;         ))
 391 ; (setq font-latex-match-warning-keywords
 392 ;       '(
 393         ("DLA" "{")
 394         ("RZ" "{")
 395         ("OM" "{")
 396         ("DL" "{")
 397         ("fixme" "{")))
 398
 399 (setq-default TeX-parse-self t)
 400 (setq-default TeX-auto-save t)
 401 (setq-default TeX-master nil)
 402
 403 ;; this doesn't seem to work; not currently sure why
 404 ; (setq font-latex-user-keyword-classes
 405 ;       '(("my-warning-commands"
 406 ;          (("DLA" "{")
 407 ;           ("RZ" "{")
 408 ;           ("OM" "{")
 409 ;           ("DL" "{")
 410 ;           ("fixme" "{")
 411 ;           )
 412 ;          (:foreground "red" :weight bold :underline (:color foreground-color :style line)))
 413 ;         ))
 414
 415
 416 (defun insert-date ()
 417   "Insert date at point."
 418   (interactive)
 419   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
 420 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
 421
 422 (defun unfill-paragraph (arg)
 423   "Pull this whole paragraph up onto one line."
 424   (interactive "*p")
 425   (let ((fill-column 10000))
 426     (fill-paragraph arg))
 427   )
 428
 429 ;(iswitchb-default-keybindings)
 430
 431 (column-number-mode t)
 432 (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 433
 434 (server-start)
 435
 436 (require 'mode-compile)
 437
 438 (setq-default reftex-default-bibliography
 439       '("references.bib"))
 440
 441 (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
 442   "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
 443     message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
 444   (if (eq major-mode 'post-mode)
 445       (message
 446        (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
 447                                         ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
 448                                         ; number if you have a faster computer or read slower than me.
 449 '(font-lock-verbose 1000)
 450 ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
 451 ; (add-hook 'server-switch-hook
 452 ;         (function (lambda()
 453 ;                     (cond ((string-match "Post" mode-name)
 454 ;                            (post-goto-body)))
 455 ;                     set-buffer-file-coding-system 'utf-8
 456 ;                     )))
 457 ;
 458
 459 (add-hook 'post-mode-hook
 460           (auto-fill-mode nil)
 461           )
 462 ; abbrev mode settings
 463 ; load abbreviations from
 464 (setq abbrev-file-name
 465       "~/.emacs_abbrev_def")
 466
 467 ; read the abbrev file if it exists
 468 (if (file-exists-p abbrev-file-name)
 469     (quietly-read-abbrev-file))
 470
 471 ; for now, use abbrev mode everywhere
 472 (setq default-abbrev-mode t)
 473
 474
 475 (defun insert-function-documentation ()
 476   "Insert function documentation"
 477   (interactive)
 478   (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
 479 (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
 480
 481 (eval-after-load "lilypond-mode"
 482   '(progn
 483      (load-library "lyqi-mode")
 484      (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
 485
 486 (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
 487
 488 (desktop-load-default)
 489 (desktop-read)
 490 '(iswitchb-mode on)
 491 (custom-set-faces
 492  ;; custom-set-faces was added by Custom.
 493  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 494  ;; Your init file should contain only one such instance.
 495  ;; If there is more than one, they won't work right.
 496  '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
 497
 498 (defun ess-change-directory (path)
 499   "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
 500   (interactive "DDirectory to change to: ")
 501
 502   (when (file-exists-p path)
 503     (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
 504     ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
 505     (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 506
 507 (put 'upcase-region 'disabled nil)
 508 (put 'downcase-region 'disabled nil)
 509 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
 510
 511 ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 512 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.org\\'" . org-mode))
 513 (add-hook 'org-mode-hook 'turn-on-font-lock) ; not needed when global-font-lock-mode is on
 514 (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 515 (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 516 (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
 517 (setq-default org-log-done 'time)
 518 (setq-default org-agenda-ndays 5)
 519
 520
 521 (autoload 'flyspell-mode "flyspell" "On-the-fly spelling checker." t)
 522 (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 523 (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 524 (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 525 (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 526 (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 527 (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 528 (defun turn-on-flyspell ()
 529    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
 530    (interactive)
 531    (flyspell-mode 1))
 532
 533 ;;; outlining support for ess modes
 534 (add-hook 'ess-mode-hook
 535       '(lambda ()
 536          (outline-minor-mode)
 537          (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
 538          (defun outline-level ()
 539            (cond ((looking-at "^##### ") 1)
 540              ((looking-at "^#### ") 2)
 541              ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
 542              (t 1000)))
 543          ))
 544
 545  ; Outline-minor-mode key map
 546  (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
 547  ; HIDE
 548  (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 549  (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 550  (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
 551  (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
 552  (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 553  (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 554  ; SHOW
 555  (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
 556  (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
 557  (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 558  (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 559  (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 560  ; MOVE
 561  (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
 562  (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
 563  (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
 564  (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
 565  (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
 566  (global-set-key "\M-o" cm-map)
 567
 568 (defun my-org-mode-setup ()
 569   (load-library "reftex")
 570   (and (buffer-file-name)
 571        (file-exists-p (buffer-file-name))
 572        (progn
 573          (reftex-parse-all)
 574          (reftex-set-cite-format
 575           '((?b . "[[bib::%l][%l-bib]]")
 576             (?n . "[[note::%l][%l-notes]]")
 577             (?c . "\\cite{%l}")
 578             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l paper]]")))
 579          ))
 580   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
 581   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
 582   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
 583   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
 584   )
 585 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
 586
 587 (defun org-mode-reftex-search ()
 588   (interactive)
 589   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (reftex-citation t))))
 590
 591 (defun open-research-paper (bibtexkey)
 592   "Open a paper by bibtex key"
 593   (interactive "bibtex key: ")
 594   (shell-command
 595    (format "%s %s"
 596        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
 597 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
 598
 599 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
 600 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
 601
 602 ;; stolen from
 603 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
 604 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
 605   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
 606   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
 607                    (match-string 1 path)))
 608          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
 609     (cond ((eq format 'latex)
 610            (if (or (not desc)
 611                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
 612                (format "\\cite{%s}" search)
 613              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
 614
 615 (org-add-link-type "rtcite"
 616                    'org-bibtex-open
 617                    'my-rtcite-export-handler)
 618
 619
 620 (setq-default org-mobile-directory "/rzlab.ucr.edu:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
 621 (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
 622 (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
 623
 624 ;; org mode ical export
 625 (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
 626 (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
 627 (setq org-icalendar-store-UID t)
 628
 629 ;; org babel support
 630 (org-babel-do-load-languages
 631  'org-babel-load-languages
 632  '((emacs-lisp . t )
 633    (R . t)
 634    (latex . t)))
 635 ;; org-babel-by-backend
 636 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
 637    `(case (if (boundp 'backend)
 638               (org-export-backend-name backend)
 639             nil) ,@body))
 640
 641
 642
 643 ;; org latex
 644 ;; stolen from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 645 (require 'org-latex)
 646 ;; Choose either listings or minted for exporting source code blocks.
 647 ;; Using minted (as here) requires pygments be installed. To use the
 648 ;; default listings package instead, use
 649 ;; (setq org-latex-listings t)
 650 ;; and change references to "minted" below to "listings"
 651 ; (setq org-latex-listings 'minted)
 652
 653 ;; default settings for minted code blocks
 654 (setq org-latex-minted-options
 655       '(;("frame" "single")
 656         ("bgcolor" "bg") ; bg will need to be defined in the preamble of your document. It's defined in org-preamble-pdflatex.sty and org-preamble-xelatex.sty below.
 657         ("fontsize" "\\small")
 658         ))
 659 ;; turn off the default toc behavior; deal with it properly in headers to files.
 660 (defun org-latex-no-toc (depth)
 661   (when depth
 662     (format "%% Org-mode is exporting headings to %s levels.\n"
 663             depth)))
 664 (setq org-latex-format-toc-function 'org-latex-no-toc)
 665
 666 (require 'ox-latex)
 667 (add-to-list 'org-latex-classes
 668              '("memarticle"
 669                "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
 670                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 671                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 672                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 673                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 674                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 675
 676 (add-to-list 'org-latex-classes
 677              '("membook"
 678                "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
 679                ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
 680                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 681                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 682                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
 683
 684 (add-to-list 'org-latex-classes
 685              '("letter"
 686                "\\documentclass[11pt]{letter}
 687 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
 688 [PACKAGES]
 689 [EXTRA]"
 690        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 691                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 692                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 693                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 694                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 695
 696 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
 697 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
 698 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
 699
 700 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
 701 (setq org-latex-default-packages-alist
 702       '())
 703 (setq org-latex-packages-alist
 704       '(("" "graphicx" t)
 705         ("" "fontspec" t)
 706         ("" "xunicode" t)
 707         ("" "hyperref" t)
 708         ("" "url" t)
 709         ("" "rotating" t)
 710         ("" "longtable" nil)
 711         ("" "float" )))
 712
 713 (defun org-create-formula--latex-header ()
 714   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
 715   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
 716                                    (org-export-get-backend 'latex))
 717                                   (org-export--get-inbuffer-options
 718                                    (org-export-get-backend 'latex)))))
 719     (org-latex-guess-babel-language
 720      (org-latex-guess-inputenc
 721       (org-splice-latex-header
 722        org-format-latex-header
 723        org-latex-default-packages-alist
 724        nil t
 725        (plist-get info :latex-header)))
 726      info)))
 727
 728
 729 ; support ignoring headers in org mode export to latex
 730 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
 731 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
 732                                       (headline contents info) activate)
 733   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
 734       (setq ad-return-value contents)
 735     ad-do-it))
 736
 737 ; debian stuff
 738 (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
 739 (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
 740
 741 ; ediff configuration
 742 ; don't use the multi-window configuration
 743 (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 744
 745 ; use iedit
 746 (require 'iedit)
 747 (define-key global-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 748 (global-set-key  (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 749
 750 ; fix up css mode to not be silly
 751 ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
 752 (setq cssm-indent-level 4)
 753 (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
 754 (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
 755 (setq cssm-mirror-mode nil)
 756
 757 (require 'multi-web-mode)
 758 (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
 759 (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
 760                   (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
 761                   (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
 762 (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
 763 (multi-web-global-mode 1)
 764
 765 ; clean-mode-line from http://www.masteringemacs.org/articles/2012/09/10/hiding-replacing-modeline-strings/
 766 (defvar mode-line-cleaner-alist
 767   `((auto-complete-mode . " α")
 768     (yas/minor-mode . " υ")
 769     (paredit-mode . " π")
 770     (eldoc-mode . "")
 771     (abbrev-mode . "")
 772     (my-keys-minor-mode . "")
 773     ;; Major modes
 774     (lisp-interaction-mode . "λ")
 775     (hi-lock-mode . "")
 776     (python-mode . "Py")
 777     (cperl-mode . "ρ")
 778     (auctex-mode . "Lχ")
 779     (org-agenda-mode . "øα")
 780     (org-mode . "ø")
 781     (emacs-lisp-mode . "EL")
 782     (nxhtml-mode . "nx"))
 783   "Alist for `clean-mode-line'.
 784
 785 When you add a new element to the alist, keep in mind that you
 786 must pass the correct minor/major mode symbol and a string you
 787 want to use in the modeline *in lieu of* the original.")
 788
 789
 790 (defun clean-mode-line ()
 791   (interactive)
 792   (loop for cleaner in mode-line-cleaner-alist
 793         do (let* ((mode (car cleaner))
 794                  (mode-str (cdr cleaner))
 795                  (old-mode-str (cdr (assq mode minor-mode-alist))))
 796              (when old-mode-str
 797                  (setcar old-mode-str mode-str))
 798                ;; major mode
 799              (when (eq mode major-mode)
 800                (setq mode-name mode-str)))))
 801
 802
 803 (add-hook 'after-change-major-mode-hook 'clean-mode-line)
 804
 805 ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
 806 ;;; `flymake-report-status'
 807 (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
 808 (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
 809   "Show \"slim\" flymake status in mode line."
 810   (when e-w
 811     (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
 812   (when status
 813     (setq flymake-mode-line-status status))
 814   (let* ((mode-line " Φ"))
 815     (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
 816       (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
 817     (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
 818     (setq flymake-mode-line mode-line)
 819     (force-mode-line-update)))
 820
 821 ; load sql-indent when sql is loaded
 822 (eval-after-load "sql"
 823   '(load-library "sql-indent"))
 824
 825 ; fix up tmux xterm keys
 826 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
 827 (if (getenv "TMUX")
 828     (progn
 829       (let ((x 2) (tkey ""))
 830         (while (<= x 8)
 831           ;; shift
 832           (if (= x 2)
 833               (setq tkey "S-"))
 834           ;; alt
 835           (if (= x 3)
 836               (setq tkey "M-"))
 837           ;; alt + shift
 838           (if (= x 4)
 839               (setq tkey "M-S-"))
 840           ;; ctrl
 841           (if (= x 5)
 842               (setq tkey "C-"))
 843           ;; ctrl + shift
 844           (if (= x 6)
 845               (setq tkey "C-S-"))
 846           ;; ctrl + alt
 847           (if (= x 7)
 848               (setq tkey "C-M-"))
 849           ;; ctrl + alt + shift
 850           (if (= x 8)
 851               (setq tkey "C-M-S-"))
 852
 853           ;; arrows
 854           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
 855           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
 856           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
 857           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
 858           ;; home
 859           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
 860           ;; end
 861           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
 862           ;; page up
 863           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
 864           ;; page down
 865           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
 866           ;; insert
 867           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 868           ;; delete
 869           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 870           ;; f1
 871           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
 872           ;; f2
 873           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
 874           ;; f3
 875           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
 876           ;; f4
 877           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
 878           ;; f5
 879           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
 880           ;; f6
 881           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
 882           ;; f7
 883           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
 884           ;; f8
 885           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
 886           ;; f9
 887           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
 888           ;; f10
 889           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
 890           ;; f11
 891           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
 892           ;; f12
 893           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
 894           ;; f13
 895           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
 896           ;; f14
 897           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
 898           ;; f15
 899           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
 900           ;; f16
 901           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
 902           ;; f17
 903           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
 904           ;; f18
 905           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
 906           ;; f19
 907           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
 908           ;; f20
 909           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
 910
 911           (setq x (+ x 1))
 912           ))
 913       )
 914   )
 915
 916 ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
 917 ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
 918
 919 (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
 920
 921 ; use iedit everywhere
 922 (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 923
 924 (define-minor-mode my-keys-minor-mode
 925   "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
 926   t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
 927
 928 (my-keys-minor-mode 1)
 929 (defun my-minibuffer-setup-hook ()
 930   (my-keys-minor-mode 0))
 931
 932 (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
 933 (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
 934   "Try to ensure that my keybindings always have priority."
 935   (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
 936       (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
 937         (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
 938         (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
 939 (ad-activate 'load)