resume.mdwn

   1 [[!meta title="Resumé"]]
   2
   3 # Experience
   4 ## Team Lead Data Engineering at Ginkgo Bioworks 2022--Present
   5 + Lead and manged team of data engineers, system administrators,
   6   statisticians, bioinformaticians, and scientists at the PhD level
   7   working within the AgBio unit of Ginkgo Bioworks.
   8 + Mentored and coached team members in data science, bioinformatics,
   9   data engineering, and statistics.
  10 + Key leadership role in successful merger of AgBio unit with Ginkgo,
  11   including all relevant R&D business applications and data-adjacent
  12   systems.
  13 ## Team Lead Data Engineering at Bayer Crop Science 2018--2022
  14 + Hired, managed, and developed team of 5+ Data Engineers, Systems
  15   Administrators, and Business Analysts working within the Biologics
  16   R&D unit of Bayer Crop Science enabling data capture, data
  17   integration, and operationalization of data analysis pipelines
  18 + Developed and supervised implementation of data capture,
  19   integration, and analysis strategies to increase the value of
  20   genomics, metabolomics, transcriptomics, spectroscopic, phenotypic
  21   (/in vitro/ and /in planta/), and fermentation/formulation process
  22   data for discovery and development
  23 + Lead the development of multiple systems while coaching, mentoring,
  24   and developing developers and engineers
  25 + Served as a key collaborator on multiple cross-function and
  26   cross-divisional projects, including leading the architecture of a
  27   life science collaboration using serverless architecture to provide
  28   machine-learning estimates of critical parameters from
  29   spectrographic measurements
  30 + Established and developed network of internal and external contacts
  31   for technical implementation of Bayer program goals.
  32 ## Debian Developer 2004--Present
  33 + Maintained, managed configurations, and resolved issues in multiple
  34   packages written in R, perl, python, scheme, C++, and C.
  35 + Resolved technical conflicts, developed technical standards, and
  36   provided leadership as the elected chair of the Technical Committee.
  37 + Developer of [Debbugs](https://bugs.debian.org), a perl and SQL-based issue-tracker with ≥ 100
  38   million entries with web, REST, and SOAP interfaces.
  39 + Provided vendor-level support for complex systems integration issues
  40   on Debian GNU/Linux systems.
  41 ## Research Scientist at UIUC \hfill 2015--2017
  42 + Planning, design, organization, execution, and analysis of multiple
  43   complex epidemiological studies involving epigenomics,
  44   transcriptomics, and genomics of diseases of pregnancy and
  45   post-traumatic stress disorder.
  46 + Published results in scientific publications and presented results
  47   orally at major scientific conferences.
  48 + Wrote and completed grants, including budgeting, scientific
  49   direction, project management, and reporting.
  50 + Mentored graduate students and collaborated with internal and
  51   external scientists.
  52 + Performed literature review, training, and applied new techniques to
  53   maintain abreast of current scientific literature, principles of
  54   scientific research, and modern statistical methodology.
  55 + Wrote software and designed relational databases using R, perl, C,
  56   SQL, make, and very large computational systems ([Blue Waters](https://bluewaters.ncsa.illinois.edu/))
  57 ## Postdoctoral Researcher at USC 2013--2015
  58 + Design, execution, and analysis of an epidemiological study to
  59   identify genomic variants associated with systemic lupus
  60   erythematosus using targeted deep sequencing.
  61 + Wrote multiple pieces of software to reproducibly analyze and
  62   archive large datasets resulting from genomic sequencing.
  63 + Coordinated with clinicians, molecular biologists, and biologists to
  64   produce analyses and major reports.
  65 ## Postdoctoral Researcher at UCR 2010--2012
  66 + Executed and analyzed an epidemiological study to identify genomic
  67   variants associated with systemic lupus erythematosus using prior
  68   information and array based approaches in a trio and cross sectional
  69   study of individuals from the Los Angeles and greater United States.
  70 + Wrote and maintained multiple software components to reproducibly
  71   perform the analyses.
  72 # Education
  73 + Doctor of Philosophy (PhD) in Cell, Molecular and Developmental Biology at UC Riverside
  74 + Batchelor of Science (BS) in Biology at UC Riverside
  75
  76 # Skills
  77 ## Leadership and Mentoring
  78 + Lead teams of PhD and MD scientists in multiple scientific and
  79   industrial programs
  80 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  81   interns
  82 + Former chair of Debian's Technical Committee
  83 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  84 ## Bioinformatics, Genomics, and Epigenomics
  85 + NGS and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
  86   diseases using RNA-seq, targeted DNA sequencing, RRBS, Illumina
  87   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
  88   publication
  89 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
  90   nextflow, and cwl based workflows on cloud- and cluster-based
  91   systems on terabyte-scale datasets
  92 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
  93   software, including GATK, bwa, STAR, and kallisto
  94 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
  95 ## Statistics
  96 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and machine
  97   learning in very large (> 1TB) datasets) using R and python.
  98 + Correcting & experimental design to overcome multiple testing,
  99   confounders, and batch effects (both Bayesian and frequentist)
 100 + Reproducible research
 101 ## Software Development
 102 + Languages: python, R, perl, C, C++, python, groovy, sh (bash, POSIX,
 103   and zsh), make
 104 + Collaborative Development: git, Jira, gitlab CI/CD, github actions,
 105   Aha!, continuous integration & deployment, automated testing
 106 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
 107 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
 108 ## Big Data
 109 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
 110 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
 111 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
 112 + Linux system administration
 113 ## Applications and Daemons
 114 + Web: apache, ngix, varnish (load balancing/caching), REST, SOAP,
 115   Tomcat
 116 + Build Tools: GNU make, cmake
 117 + Virtualization: libvirt, KVM, qemu, VMware, docker
 118 + VCS: git, mercurial, subversion
 119 + Mail: postfix, exim, sendmail, spamassassin
 120 + Configuration Infrastructure: puppet, hiera, etckeeper, git
 121 + Documentation: \LaTeX, confluence, emacs, MarkDown, MediaWiki, ikiwiki, trac
 122 + Monitoring: munin, nagios, icinga, prometheus
 123 + Issue Tracking: Debbugs, Request Tracker, Trac, JIRA
 124 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
 125   Powerpoint
 126 ## Networking
 127 + Hardware, Linux routing and firewall experience, ferm, DHCP,
 128   openvpn, bonding, NAT, DNHS, SNMP, IPv4, and IPv6.
 129 ## Operating systems
 130 + GNU/Linux (Debian, Ubuntu, Red Hat)
 131 + Windows
 132 + MacOS
 133 ## Communication
 134 + Strong written communication skills as evidenced by publication
 135   record
 136 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation,
 137   leadership, and teaching record
 138 # Authored Open Source Software
 139 + *[Debbugs](http://bugs.debian.org)*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 140    distribution.
 141 + *[CairoHacks](http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git)*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 142 * Publications and Presentations
 143 + 24 peer-reviewed publications cited over 3000 times:
 144   https://dla2.us/pubs
 145 + Publication record in GWAS, transcriptomics, SLE, GBM, epigenetics,
 146   comparative evolution of mammals, and lipid membranes
 147 + H index >= 20
 148 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
 149   Source: https://dla2.us/pres
 150
 151 # Funding and Awards
 152 ## Grants
 153 + 2017 R Consortium: *[Adding Linux Binary Builders to R-Hub](https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants)* Role:
 154   Co-PI
 155 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 156   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 157   Primary Investigator
 158 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 159   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 160 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 161   Role: Key Personnel
 162
 163 ## Scholarships and Fellowships
 164 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 165 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 166
 167 # Academic Information
 168
 169 You can also read my [Curriculum Vitæ](curriculum_vitae)
 170 ([pdf](dla-cv.pdf)), [Research Statement](research_statement)
 171 ([pdf](research_statement.pdf)),
 172 and [Teaching Statement](teaching_statement)
 173 ([pdf](teaching_statement.pdf)).
 174
 175 For my contact information or additional references, please e-mail
 176 <don@donarmstrong.com>
 177