resume.mdwn

   1 [[!meta title="Resumé"]]
   2
   3 # Experience
   4 ## Team Lead Data Engineering at Ginkgo Bioworks 2022–Present
   5 + Lead and manged team of data engineers, system administrators,
   6   statisticians, bioinformaticians, and scientists at the PhD level
   7   working within the AgBio unit of Ginkgo Bioworks.
   8 + Mentored and coached team members in data science, bioinformatics,
   9   data engineering, and statistics.
  10 + Key leadership role in successful merger of AgBio unit with Ginkgo,
  11   including all relevant R&D business applications and data-adjacent
  12   systems.
  13
  14 ## Team Lead Data Engineering at Bayer Crop Science 2018–2022
  15 + Hired, managed, and developed team of 5+ Data Engineers, Systems
  16   Administrators, and Business Analysts working within the Biologics
  17   R&D unit of Bayer Crop Science enabling data capture, data
  18   integration, and operationalization of data analysis pipelines
  19 + Developed and supervised implementation of data capture,
  20   integration, and analysis strategies to increase the value of
  21   genomics, metabolomics, transcriptomics, spectroscopic, phenotypic
  22   (/in vitro/ and /in planta/), and fermentation/formulation process
  23   data for discovery and development
  24 + Lead the development of multiple systems while coaching, mentoring,
  25   and developing developers and engineers
  26 + Served as a key collaborator on multiple cross-function and
  27   cross-divisional projects, including leading the architecture of a
  28   life science collaboration using serverless architecture to provide
  29   machine-learning estimates of critical parameters from
  30   spectrographic measurements
  31 + Established and developed network of internal and external contacts
  32   for technical implementation of Bayer program goals.
  33
  34 ## Debian Developer 2004–Present
  35 + Maintained, managed configurations, and resolved issues in multiple
  36   packages written in R, perl, python, scheme, C++, and C.
  37 + Resolved technical conflicts, developed technical standards, and
  38   provided leadership as the elected chair of the Technical Committee.
  39 + Developer of [Debbugs](https://bugs.debian.org), a perl and SQL-based issue-tracker with ≥ 100
  40   million entries with web, REST, and SOAP interfaces.
  41 + Provided vendor-level support for complex systems integration issues
  42   on Debian GNU/Linux systems.
  43
  44 ## Research Scientist at UIUC 2015–2017
  45 + Planning, design, organization, execution, and analysis of multiple
  46   complex epidemiological studies involving epigenomics,
  47   transcriptomics, and genomics of diseases of pregnancy and
  48   post-traumatic stress disorder.
  49 + Published results in scientific publications and presented results
  50   orally at major scientific conferences.
  51 + Wrote and completed grants, including budgeting, scientific
  52   direction, project management, and reporting.
  53 + Mentored graduate students and collaborated with internal and
  54   external scientists.
  55 + Performed literature review, training, and applied new techniques to
  56   maintain abreast of current scientific literature, principles of
  57   scientific research, and modern statistical methodology.
  58 + Wrote software and designed relational databases using R, perl, C,
  59   SQL, make, and very large computational systems ([Blue Waters](https://bluewaters.ncsa.illinois.edu/))
  60
  61 ## Postdoctoral Researcher at USC 2013–2015
  62 + Design, execution, and analysis of an epidemiological study to
  63   identify genomic variants associated with systemic lupus
  64   erythematosus using targeted deep sequencing.
  65 + Wrote multiple pieces of software to reproducibly analyze and
  66   archive large datasets resulting from genomic sequencing.
  67 + Coordinated with clinicians, molecular biologists, and biologists to
  68   produce analyses and major reports.
  69
  70 ## Postdoctoral Researcher at UCR 2010–2012
  71 + Executed and analyzed an epidemiological study to identify genomic
  72   variants associated with systemic lupus erythematosus using prior
  73   information and array based approaches in a trio and cross sectional
  74   study of individuals from the Los Angeles and greater United States.
  75 + Wrote and maintained multiple software components to reproducibly
  76   perform the analyses.
  77
  78 # Education
  79 + Doctor of Philosophy (PhD) in Cell, Molecular and Developmental Biology at UC Riverside
  80 + Batchelor of Science (BS) in Biology at UC Riverside
  81
  82 # Skills
  83 ## Leadership and Mentoring
  84 + Lead teams of PhD and MD scientists in multiple scientific and
  85   industrial programs
  86 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  87   interns
  88 + Former chair of Debian's Technical Committee
  89 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  90
  91 ## Bioinformatics, Genomics, and Epigenomics
  92 + NGS and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
  93   diseases using RNA-seq, targeted DNA sequencing, RRBS, Illumina
  94   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
  95   publication
  96 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
  97   nextflow, and cwl based workflows on cloud- and cluster-based
  98   systems on terabyte-scale datasets
  99 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
 100   software, including GATK, bwa, STAR, and kallisto
 101 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
 102
 103 ## Statistics
 104 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and machine
 105   learning in very large (> 1TB) datasets) using R and python.
 106 + Correcting & experimental design to overcome multiple testing,
 107   confounders, and batch effects (both Bayesian and frequentist)
 108 + Reproducible research
 109
 110 ## Software Development
 111 + Languages: python, R, perl, C, C++, python, groovy, sh (bash, POSIX,
 112   and zsh), make
 113 + Collaborative Development: git, Jira, gitlab CI/CD, github actions,
 114   Aha!, continuous integration & deployment, automated testing
 115 + Web, Mobile: Shiny, jQuery, JavaScript
 116 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql, NoSQL
 117
 118 ## Big Data
 119 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
 120 + Inter-process communication: MPI, OpenMP
 121 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
 122 + Linux system administration
 123
 124 ## Applications and Daemons
 125 + Web: apache, ngix, varnish (load balancing/caching), REST, SOAP,
 126   Tomcat
 127 + Build Tools: GNU make, cmake
 128 + Virtualization: libvirt, KVM, qemu, VMware, docker
 129 + VCS: git, mercurial, subversion
 130 + Mail: postfix, exim, sendmail, spamassassin
 131 + Configuration Infrastructure: puppet, hiera, etckeeper, git
 132 + Documentation: \LaTeX, confluence, emacs, MarkDown, MediaWiki, ikiwiki, trac
 133 + Monitoring: munin, nagios, icinga, prometheus
 134 + Issue Tracking: Debbugs, Request Tracker, Trac, JIRA
 135 + Office Software: Gnumeric, Libreoffice, \LaTeX, Word, Excel,
 136   Powerpoint
 137
 138 ## Networking
 139 + Hardware, Linux routing and firewall experience, ferm, DHCP,
 140   openvpn, bonding, NAT, DNHS, SNMP, IPv4, and IPv6.
 141
 142 ## Operating systems
 143 + GNU/Linux (Debian, Ubuntu, Red Hat)
 144 + Windows
 145 + MacOS
 146
 147 ## Communication
 148 + Strong written communication skills as evidenced by publication
 149   record
 150 + Strong verbal and presentation skills as evidenced by presentation,
 151   leadership, and teaching record
 152
 153 # Authored Open Source Software
 154 + *[Debbugs](http://bugs.debian.org)*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 155    distribution.
 156 + *[CairoHacks](http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git)*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 157 * Publications and Presentations
 158 + 24 peer-reviewed publications cited over 3000 times:
 159   https://dla2.us/pubs
 160 + Publication record in GWAS, transcriptomics, SLE, GBM, epigenetics,
 161   comparative evolution of mammals, and lipid membranes
 162 + H index >= 20
 163 + Multiple presentations on EWAS of PTSD, genetics of SLE, and Open
 164   Source: https://dla2.us/pres
 165
 166 # Funding and Awards
 167 ## Grants
 168 + 2017 R Consortium: *[Adding Linux Binary Builders to R-Hub](https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants)* Role:
 169   Co-PI
 170 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 171   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 172   Primary Investigator
 173 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 174   RFA-HD-16-037) Role: Key Personnel
 175 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 176   Role: Key Personnel
 177
 178 ## Scholarships and Fellowships
 179 + 2001–2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 180 + 1997–2001: Regents of the University of California Scholarship.
 181
 182 # Academic Information
 183
 184 You can also read my [Curriculum Vitæ](curriculum_vitae)
 185 ([pdf](dla-cv.pdf)), [Research Statement](research_statement)
 186 ([pdf](research_statement.pdf)),
 187 and [Teaching Statement](teaching_statement)
 188 ([pdf](teaching_statement.pdf)).
 189
 190 For my contact information or additional references, please e-mail
 191 <don@donarmstrong.com>
 192