utils/load_extra_data.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 DATA_DIR=/srv/ncbi/refseq/
   4 SCHEMA_DIR=/srv/ncbi/db_snp_utils/schema
   5 UTIL_DIR=${SCHEMA_DIR}/../utils/
   6
   7
   8 psql snp < ${SCHEMA_DIR}/extra_schema/mrna_cds_table.sql
   9 psql snp < ${SCHEMA_DIR}/extra_schema/intron_exon_schema.sql
  10
  11 zcat ${DATA_DIR}/human.rna.gbff.gz | \
  12     ${UTIL_DIR}/human_mrna_cds_insert.pl | \
  13     psql snp -c "COPY mrna_cds_table FROM STDIN WITH DELIMITER '        ' NULL AS 'NULL'";
  14
  15 zcat ${DATA_DIR}/seq_contig.md.gz | \
  16     ${UTIL_DIR}/import_seq_component_md.pl | \
  17     psql snp -c "COPY contigs FROM STDIN WITH DELIMITER '       ' NULL AS 'NULL'";
  18
  19 zcat ${DATA_DIR}/CHR_*/hs_ref_GRCh37.p*_*.gbs.gz | \
  20     ${UTIL_DIR}/intron_exon_loader.pl --type mrna| \
  21     psql snp -c "COPY mrna FROM STDIN WITH DELIMITER '  ' NULL AS 'NULL'";
  22
  23 zcat ${DATA_DIR}/CHR_*/hs_ref_GRCh37.p*_*.gbs.gz | \
  24     ${UTIL_DIR}/intron_exon_loader.pl --type cds| \
  25     psql snp -c "COPY cds FROM STDIN WITH DELIMITER '   ' NULL AS 'NULL'";