schema/human_9606_schema/human_9606_table.sql

   1 CREATE TABLE [AlleleFreqBySsPop]
   2 (
   3 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
   4 [pop_id] [int] NOT NULL ,
   5 [allele_id] [int] NOT NULL ,
   6 [source] [varchar](2) NOT NULL ,
   7 [cnt] [real] NULL ,
   8 [freq] [real] NULL ,
   9 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
  10 )\r
  11 GO
  12
  13 CREATE TABLE [Batch]
  14 (
  15 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  16 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
  17 [loc_batch_id] [varchar](64) NOT NULL ,
  18 [loc_batch_id_upp] [varchar](64) NOT NULL ,
  19 [batch_type] [char](3) NOT NULL ,
  20 [status] [tinyint] NULL ,
  21 [simul_sts_status] [tinyint] NOT NULL ,
  22 [moltype] [varchar](8) NOT NULL ,
  23 [method_id] [int] NOT NULL ,
  24 [samplesize] [int] NULL ,
  25 [synonym_type] [varchar](255) NULL ,
  26 [submitted_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
  27 [linkout_url] [varchar](255) NULL ,
  28 [pop_id] [int] NULL ,
  29 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
  30 [success_rate_int] [int] NULL ,
  31 [build_id] [int] NULL ,
  32 [tax_id] [int] NOT NULL ,
  33 [ss_cnt] [int] NULL
  34 )\r
  35 GO
  36
  37 CREATE TABLE [BatchCita]
  38 (
  39 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  40 [position] [int] NOT NULL ,
  41 [pub_id] [int] NOT NULL ,
  42 [citation] [varchar](255) NOT NULL ,
  43 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  44 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  45 )\r
  46 GO
  47
  48 CREATE TABLE [BatchCommLine]
  49 (
  50 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  51 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  52 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
  53 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  54 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  55 )\r
  56 GO
  57
  58 CREATE TABLE [BatchCultivar]
  59 (
  60 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  61 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  62 [line] [varchar](255) NULL ,
  63 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  64 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  65 )\r
  66 GO
  67
  68 CREATE TABLE [BatchMeExLine]
  69 (
  70 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  71 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  72 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
  73 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  74 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  75 )\r
  76 GO
  77
  78 CREATE TABLE [BatchStrain]
  79 (
  80 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  81 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  82 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
  83 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  84 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  85 )\r
  86 GO
  87
  88 CREATE TABLE [BatchValCode]
  89 (
  90 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  91 [validation_status] [tinyint] NOT NULL
  92 )\r
  93 GO
  94
  95 CREATE TABLE [ClinSigCode]
  96 (
  97 [code] [int] NOT NULL ,
  98 [abbrev] [varchar](64) NULL ,
  99 [descrip] [varchar](255) NULL ,
 100 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 101 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 102 [severity_level] [tinyint] NOT NULL
 103 )\r
 104 GO
 105
 106 CREATE TABLE [Contact]
 107 (
 108 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 109 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
 110 [name] [varchar](255) NOT NULL ,
 111 [fax] [varchar](255) NULL ,
 112 [phone] [varchar](255) NULL ,
 113 [email] [varchar](255) NULL ,
 114 [lab] [varchar](255) NULL ,
 115 [institution] [varchar](255) NULL ,
 116 [address] [varchar](255) NULL ,
 117 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 118 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 119 )\r
 120 GO
 121
 122 CREATE TABLE [FreqSummaryBySsPop]
 123 (
 124 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 125 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 126 [source] [varchar](1) NOT NULL ,
 127 [chr_cnt] [float] NULL ,
 128 [ind_cnt] [float] NULL ,
 129 [non_founder_ind_cnt] [int] NOT NULL ,
 130 [chisq] [float] NULL ,
 131 [df] [int] NULL ,
 132 [hwp] [float] NOT NULL ,
 133 [het] [int] NULL ,
 134 [het_se] [int] NULL ,
 135 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 136 )\r
 137 GO
 138
 139 CREATE TABLE [GeneIdToName]
 140 (
 141 [gene_id] [int] NOT NULL ,
 142 [gene_symbol] [varchar](64) NOT NULL ,
 143 [gene_name] [varchar](255) NULL ,
 144 [gene_type] [varchar](255) NULL ,
 145 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 146 [last_update_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 147 [ref_tax_id] [int] NOT NULL ,
 148 [dbSNP_tax_id] [int] NOT NULL ,
 149 [ins_time] [smalldatetime] NULL
 150 )\r
 151 GO
 152
 153 CREATE TABLE [GtyFreqBySsPop]
 154 (
 155 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 156 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 157 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 158 [source] [varchar](1) NULL ,
 159 [cnt] [real] NULL ,
 160 [freq] [real] NULL ,
 161 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 162 )\r
 163 GO
 164
 165 CREATE TABLE [IndGrpCode]
 166 (
 167 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 168 [name] [varchar](32) NOT NULL ,
 169 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
 170 )\r
 171 GO
 172
 173 CREATE TABLE [IndivBySource]
 174 (
 175 [ind_id] [int] NOT NULL ,
 176 [src_id] [int] NOT NULL ,
 177 [src_ind_id] [varchar](64) NOT NULL ,
 178 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 179 [src_ind_grp] [varchar](64) NULL
 180 )\r
 181 GO
 182
 183 CREATE TABLE [IndivSourceCode]
 184 (
 185 [code] [int] NOT NULL ,
 186 [name] [varchar](22) NOT NULL ,
 187 [descrip] [varchar](255) NULL ,
 188 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 189 [src_type] [varchar](10) NULL ,
 190 [display_order] [tinyint] NULL
 191 )\r
 192 GO
 193
 194 CREATE TABLE [Individual]
 195 (
 196 [ind_id] [int] NOT NULL ,
 197 [descrip] [varchar](255) NULL ,
 198 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 199 [tax_id] [int] NULL ,
 200 [ind_grp] [tinyint] NULL
 201 )\r
 202 GO
 203
 204 CREATE TABLE [OmimVarLocusIdSNP]
 205 (
 206 [omim_id] [int] NOT NULL ,
 207 [locus_id] [int] NULL ,
 208 [omimvar_id] [char](4) NULL ,
 209 [locus_symbol] [char](10) NULL ,
 210 [var1] [char](20) NULL ,
 211 [aa_position] [int] NULL ,
 212 [var2] [char](20) NULL ,
 213 [var_class] [int] NOT NULL ,
 214 [snp_id] [int] NOT NULL
 215 )\r
 216 GO
 217
 218 CREATE TABLE [Pedigree]
 219 (
 220 [ped_id] [numeric] NOT NULL ,
 221 [curator] [varchar](12) NOT NULL ,
 222 [curator_ped_id] [varchar](12) NOT NULL ,
 223 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 224 )\r
 225 GO
 226
 227 CREATE TABLE [PedigreeIndividual]
 228 (
 229 [ped_id] [decimal] NOT NULL ,
 230 [ind_id] [int] NOT NULL ,
 231 [ma_ind_id] [int] NULL ,
 232 [pa_ind_id] [int] NULL ,
 233 [sex] [char](1) NULL ,
 234 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 235 )\r
 236 GO
 237
 238 CREATE TABLE [PopLine]
 239 (
 240 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 241 [line_num] [int] NOT NULL ,
 242 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
 243 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 244 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 245 )\r
 246 GO
 247
 248 CREATE TABLE [PopMandLine]
 249 (
 250 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 251 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 252 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
 253 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 254 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 255 )\r
 256 GO
 257
 258 CREATE TABLE [Population]
 259 (
 260 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 261 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
 262 [loc_pop_id] [varchar](64) NOT NULL ,
 263 [loc_pop_id_upp] [varchar](64) NOT NULL ,
 264 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 265 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 266 [src_id] [int] NULL
 267 )\r
 268 GO
 269
 270 CREATE TABLE [RsMergeArch]
 271 (
 272 [rsHigh] [int] NULL ,
 273 [rsLow] [int] NULL ,
 274 [build_id] [int] NULL ,
 275 [orien] [tinyint] NULL ,
 276 [create_time] [datetime] NOT NULL ,
 277 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL ,
 278 [rsCurrent] [int] NULL ,
 279 [orien2Current] [tinyint] NULL ,
 280 [comment] [varchar](255) NULL
 281 )\r
 282 GO
 283
 284 CREATE TABLE [SNP]
 285 (
 286 [snp_id] [int] NULL ,
 287 [avg_heterozygosity] [real] NULL ,
 288 [het_se] [real] NULL ,
 289 [create_time] [datetime] NULL ,
 290 [last_updated_time] [datetime] NULL ,
 291 [CpG_code] [tinyint] NULL ,
 292 [tax_id] [int] NULL ,
 293 [validation_status] [tinyint] NULL ,
 294 [exemplar_subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 295 [univar_id] [int] NULL ,
 296 [cnt_subsnp] [int] NULL ,
 297 [map_property] [tinyint] NULL
 298 )\r
 299 GO
 300
 301 CREATE TABLE [SNP3D]
 302 (
 303 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 304 [protein_acc] [char](50) NOT NULL ,
 305 [master_gi] [int] NOT NULL ,
 306 [neighbor_gi] [int] NOT NULL ,
 307 [aa_position] [int] NOT NULL ,
 308 [var_res] [char](1) NOT NULL ,
 309 [contig_res] [char](1) NOT NULL ,
 310 [neighbor_res] [char](1) NOT NULL ,
 311 [neighbor_pos] [int] NOT NULL ,
 312 [var_color] [int] NOT NULL ,
 313 [var_label] [int] NOT NULL
 314 )\r
 315 GO
 316
 317 CREATE TABLE [SNPAlleleFreq]
 318 (
 319 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 320 [allele_id] [int] NOT NULL ,
 321 [chr_cnt] [float] NULL ,
 322 [freq] [float] NULL ,
 323 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 324 )\r
 325 GO
 326
 327 CREATE TABLE [SNPAlleleFreq_TGP]
 328 (
 329 [snp_id] [int] NULL ,
 330 [allele_id] [int] NOT NULL ,
 331 [freq] [float] NOT NULL ,
 332 [count] [int] NOT NULL ,
 333 [is_minor_allele] [int] NOT NULL
 334 )\r
 335 GO
 336
 337 CREATE TABLE [SNPAncestralAllele]
 338 (
 339 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 340 [ancestral_allele_id] [int] NOT NULL ,
 341 [batch_id] [int] NOT NULL
 342 )\r
 343 GO
 344
 345 CREATE TABLE [SNPClinSig]
 346 (
 347 [hgvs_g] [varchar](255) NULL ,
 348 [snp_id] [int] NULL ,
 349 [tested] [char](1) NULL ,
 350 [clin_sig_id] [int] NOT NULL ,
 351 [upd_time] [datetime] NOT NULL ,
 352 [clin_sig_id_by_rs] [int] NOT NULL
 353 )\r
 354 GO
 355
 356 CREATE TABLE [SNPGtyFreq]
 357 (
 358 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 359 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 360 [ind_cnt] [float] NULL ,
 361 [freq] [float] NULL ,
 362 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 363 )\r
 364 GO
 365
 366 CREATE TABLE [SNPHWProb]
 367 (
 368 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 369 [df] [tinyint] NULL ,
 370 [chisq] [real] NULL ,
 371 [hwp] [real] NULL ,
 372 [ind_cnt] [smallint] NULL ,
 373 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 374 )\r
 375 GO
 376
 377 CREATE TABLE [SNPHistory]
 378 (
 379 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 380 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 381 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 382 [history_create_time] [smalldatetime] NULL ,
 383 [comment] [varchar](255) NULL ,
 384 [reactivated_time] [smalldatetime] NULL
 385 )\r
 386 GO
 387
 388 CREATE TABLE [SNPPubmed]
 389 (
 390 [snp_id] [int] NULL ,
 391 [subsnp_id] [int] NULL ,
 392 [pubmed_id] [int] NULL ,
 393 [type] [varchar](16) NULL ,
 394 [score] [int] NOT NULL ,
 395 [upd_time] [datetime] NOT NULL
 396 )\r
 397 GO
 398
 399 CREATE TABLE [SNPSubSNPLink]
 400 (
 401 [subsnp_id] [int] NULL ,
 402 [snp_id] [int] NULL ,
 403 [substrand_reversed_flag] [tinyint] NULL ,
 404 [create_time] [datetime] NULL ,
 405 [last_updated_time] [datetime] NULL ,
 406 [build_id] [int] NULL ,
 407 [comment] [varchar](255) NULL
 408 )\r
 409 GO
 410
 411 CREATE TABLE [SNPSubSNPLinkHistory]
 412 (
 413 [subsnp_id] [int] NULL ,
 414 [snp_id] [int] NULL ,
 415 [build_id] [int] NULL ,
 416 [history_create_time] [datetime] NOT NULL ,
 417 [link_create_time] [datetime] NULL ,
 418 [link_last_updated_time] [datetime] NULL ,
 419 [orien] [tinyint] NULL ,
 420 [build_id_when_history_made] [int] NULL ,
 421 [comment] [varchar](255) NULL
 422 )\r
 423 GO
 424
 425 CREATE TABLE [SNPSuspect]
 426 (
 427 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 428 [reason_code] [int] NULL ,
 429 [upd_time] [smalldatetime] NULL
 430 )\r
 431 GO
 432
 433 CREATE TABLE [SNPVal]
 434 (
 435 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 436 [snp_id] [int] NOT NULL
 437 )\r
 438 GO
 439
 440 CREATE TABLE [SNP_HGVS]
 441 (
 442 [snp_id] [int] NULL ,
 443 [hgvs_name] [varchar](4000) NULL ,
 444 [source] [varchar](3) NOT NULL ,
 445 [upd_time] [datetime] NOT NULL
 446 )\r
 447 GO
 448
 449 CREATE TABLE [SNP_bitfield]
 450 (
 451 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 452 [ver_code] [tinyint] NULL ,
 453 [link_prop_b1] [tinyint] NULL ,
 454 [link_prop_b2] [tinyint] NULL ,
 455 [gene_prop_b1] [tinyint] NULL ,
 456 [gene_prop_b2] [tinyint] NULL ,
 457 [map_prop] [tinyint] NULL ,
 458 [freq_prop] [tinyint] NULL ,
 459 [gty_prop] [tinyint] NULL ,
 460 [hapmap_prop] [tinyint] NULL ,
 461 [pheno_prop] [tinyint] NULL ,
 462 [variation_class] [tinyint] NOT NULL ,
 463 [quality_check] [tinyint] NULL ,
 464 [upd_time] [datetime] NOT NULL ,
 465 [encoding] [binary] NULL
 466 )\r
 467 GO
 468
 469 CREATE TABLE [SubPop]
 470 (
 471 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 472 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 473 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 474 [type] [char](3) NOT NULL ,
 475 [samplesize] [int] NOT NULL ,
 476 [submitted_strand_code] [tinyint] NULL ,
 477 [submitted_rs] [int] NULL ,
 478 [allele_flag] [tinyint] NULL ,
 479 [ambiguity_status] [tinyint] NULL ,
 480 [sub_heterozygosity] [real] NULL ,
 481 [est_heterozygosity] [real] NULL ,
 482 [est_het_se_sq] [real] NULL ,
 483 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 484 [observed] [varchar](1000) NULL ,
 485 [sub_het_se_sq] [real] NULL ,
 486 [subpop_id] [int] IDENTITY(1,1) NOT NULL
 487 )\r
 488 GO
 489
 490 CREATE TABLE [SubPopAllele]
 491 (
 492 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 493 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 494 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 495 [allele] [char](1) NOT NULL ,
 496 [other] [varchar](255) NULL ,
 497 [freq] [real] NULL ,
 498 [cnt_int] [int] NULL ,
 499 [freq_min] [real] NULL ,
 500 [freq_max] [real] NULL ,
 501 [data_src] [varchar](6) NULL ,
 502 [type] [char](3) NULL ,
 503 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 504 [allele_flag] [tinyint] NULL ,
 505 [cnt] [real] NULL ,
 506 [allele_id] [int] NULL ,
 507 [subpop_id] [int] NOT NULL
 508 )\r
 509 GO
 510
 511 CREATE TABLE [SubPopGty]
 512 (
 513 [subpop_id] [int] NOT NULL ,
 514 [gty_id] [int] NOT NULL ,
 515 [gty_str] [varchar](255) NULL ,
 516 [cnt] [real] NULL ,
 517 [freq] [real] NULL ,
 518 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 519 )\r
 520 GO
 521
 522 CREATE TABLE [SubSNP]
 523 (
 524 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 525 [known_snp_handle] [varchar](20) NULL ,
 526 [known_snp_loc_id] [varchar](64) NULL ,
 527 [known_snp_loc_id_upp] [varchar](64) NULL ,
 528 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 529 [loc_snp_id] [varchar](64) NULL ,
 530 [loc_snp_id_upp] [varchar](64) NULL ,
 531 [synonym_names] [varchar](255) NULL ,
 532 [loc_sts_id] [varchar](64) NULL ,
 533 [loc_sts_id_upp] [varchar](64) NULL ,
 534 [segregate] [char](1) NOT NULL ,
 535 [indiv_homozygosity_detected] [char](1) NULL ,
 536 [PCR_confirmed_ind] [char](1) NULL ,
 537 [gene_name] [varchar](64) NULL ,
 538 [sequence_len] [int] NULL ,
 539 [samplesize] [int] NULL ,
 540 [EXPRESSED_SEQUENCE_ind] [char](1) NULL ,
 541 [SOMATIC_ind] [char](1) NULL ,
 542 [sub_locus_id] [int] NULL ,
 543 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 544 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 545 [ancestral_allele] [varchar](255) NULL ,
 546 [CpG_code] [tinyint] NULL ,
 547 [variation_id] [int] NULL ,
 548 [top_or_bot_strand] [char](1) NULL ,
 549 [validation_status] [tinyint] NULL ,
 550 [snp_id] [int] NULL ,
 551 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 552 [chr_id] [tinyint] NULL
 553 )\r
 554 GO
 555
 556 CREATE TABLE [SubSNPAcc_ins]
 557 (
 558 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 559 [acc_type_ind] [char](1) NOT NULL ,
 560 [acc_part] [varchar](16) NOT NULL ,
 561 [acc_ver] [int] NULL
 562 )\r
 563 GO
 564
 565 CREATE TABLE [SubSNPCommLine_ins]
 566 (
 567 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 568 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 569 [line] [varchar](255) NOT NULL
 570 )\r
 571 GO
 572
 573 CREATE TABLE [SubSNPHGVS]
 574 (
 575 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 576 [sub_hgvs_c] [varchar](255) NULL ,
 577 [sub_hgvs_g] [varchar](255) NULL ,
 578 [sub_hgvs_p] [varchar](255) NULL ,
 579 [cal_hgvs_c] [varchar](255) NULL ,
 580 [cal_hgvs_g] [varchar](255) NULL ,
 581 [cal_hgvs_p] [varchar](255) NULL ,
 582 [upd_time] [smalldatetime] NULL ,
 583 [gene_id] [int] NULL
 584 )\r
 585 GO
 586
 587 CREATE TABLE [SubSNPLinkout]
 588 (
 589 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 590 [url_val] [varchar](255) NOT NULL ,
 591 [updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 592 [link_type] [varchar](3) NOT NULL
 593 )\r
 594 GO
 595
 596 CREATE TABLE [SubSNPMdFailLn]
 597 (
 598 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 599 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 600 [line] [varchar](255) NOT NULL
 601 )\r
 602 GO
 603
 604 CREATE TABLE [SubSNPNoVariSeq]
 605 (
 606 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 607 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 608 [line] [varchar](255) NOT NULL
 609 )\r
 610 GO
 611
 612 CREATE TABLE [SubSNPOmim]
 613 (
 614 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 615 [omim_id] [varchar](128) NOT NULL ,
 616 [allele_variant_id] [varchar](32) NULL ,
 617 [update_time] [smalldatetime] NULL ,
 618 [mutObsCount] [int] NULL
 619 )\r
 620 GO
 621
 622 CREATE TABLE [SubSNPPubmed]
 623 (
 624 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 625 [line_num] [int] NOT NULL ,
 626 [pubmed_id] [int] NOT NULL ,
 627 [updated_time] [smalldatetime] NULL
 628 )\r
 629 GO
 630
 631 CREATE TABLE [SubSNPSeq3_ins]
 632 (
 633 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 634 [type] [tinyint] NOT NULL ,
 635 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 636 [line] [varchar](255) NOT NULL
 637 )\r
 638 GO
 639
 640 CREATE TABLE [SubSNPSeq5_ins]
 641 (
 642 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 643 [type] [tinyint] NOT NULL ,
 644 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 645 [line] [varchar](255) NOT NULL
 646 )\r
 647 GO
 648
 649 CREATE TABLE [SubSNPSeqPos]
 650 (
 651 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 652 [contig_acc] [varchar](20) NOT NULL ,
 653 [contig_pos] [int] NOT NULL ,
 654 [chr] [varchar](2) NULL ,
 655 [upstream_len] [int] NOT NULL ,
 656 [downstream_len] [int] NOT NULL ,
 657 [last_update_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 658 [mrna_acc] [varchar](24) NULL
 659 )\r
 660 GO
 661
 662 CREATE TABLE [SubSNP_top_or_bot]
 663 (
 664 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 665 [top_or_bot] [char](1) NULL ,
 666 [step] [tinyint] NULL ,
 667 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 668 )\r
 669 GO
 670
 671 CREATE TABLE [SubmittedIndividual]
 672 (
 673 [submitted_ind_id] [int] NOT NULL ,
 674 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 675 [loc_ind_id_upp] [varchar](64) NOT NULL ,
 676 [ind_id] [int] NULL ,
 677 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 678 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 679 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 680 [loc_ind_alias] [varchar](64) NULL ,
 681 [loc_ind_id] [varchar](64) NULL ,
 682 [loc_ind_grp] [varchar](64) NULL ,
 683 [ploidy] [tinyint] NULL
 684 )\r
 685 GO
 686
 687 CREATE TABLE [SuspectReasonCode]
 688 (
 689 [code] [int] NOT NULL ,
 690 [abbrev] [varchar](64) NULL ,
 691 [descrip] [varchar](255) NULL ,
 692 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 693 [last_update_time] [smalldatetime] NULL
 694 )\r
 695 GO
 696
 697 CREATE TABLE [Synonym]
 698 (
 699 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 700 [type] [varchar](64) NOT NULL ,
 701 [name] [varchar](64) NULL
 702 )\r
 703 GO
 704
 705 CREATE TABLE [b137_ContigInfo]
 706 (
 707 [ctg_id] [int] NOT NULL ,
 708 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 709 [contig_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 710 [contig_ver] [smallint] NOT NULL ,
 711 [contig_name] [varchar](63) NULL ,
 712 [contig_chr] [varchar](32) NULL ,
 713 [contig_start] [int] NULL ,
 714 [contig_end] [int] NULL ,
 715 [orient] [tinyint] NULL ,
 716 [contig_gi] [int] NOT NULL ,
 717 [group_term] [varchar](32) NULL ,
 718 [group_label] [varchar](32) NULL ,
 719 [contig_label] [varchar](32) NULL ,
 720 [primary_fl] [tinyint] NOT NULL ,
 721 [genbank_gi] [int] NULL ,
 722 [genbank_acc] [varchar](32) NULL ,
 723 [genbank_ver] [smallint] NULL ,
 724 [build_id] [int] NOT NULL ,
 725 [build_ver] [int] NOT NULL ,
 726 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL ,
 727 [placement_status] [tinyint] NOT NULL ,
 728 [asm_acc] [varchar](32) NULL ,
 729 [asm_version] [smallint] NULL ,
 730 [chr_gi] [int] NULL ,
 731 [par_fl] [tinyint] NULL ,
 732 [top_level_fl] [tinyint] NOT NULL ,
 733 [gen_rgn] [varchar](32) NULL
 734 )\r
 735 GO
 736
 737 CREATE TABLE [b137_MapLink]
 738 (
 739 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 740 [snp_id] [int] NULL ,
 741 [gi] [int] NULL ,
 742 [accession_how_cd] [int] NULL ,
 743 [offset] [int] NULL ,
 744 [asn_to] [int] NULL ,
 745 [lf_ngbr] [int] NULL ,
 746 [rf_ngbr] [int] NULL ,
 747 [lc_ngbr] [int] NULL ,
 748 [rc_ngbr] [int] NULL ,
 749 [loc_type] [tinyint] NOT NULL ,
 750 [build_id] [int] NULL ,
 751 [process_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 752 [process_status] [int] NOT NULL ,
 753 [orientation] [tinyint] NULL ,
 754 [allele] [varchar](1024) NULL ,
 755 [aln_quality] [real] NULL ,
 756 [num_mism] [int] NULL ,
 757 [num_ins] [int] NULL ,
 758 [num_del] [int] NULL ,
 759 [tier] [tinyint] NULL ,
 760 [ctg_gi] [int] NULL ,
 761 [ctg_from] [int] NULL ,
 762 [ctg_to] [int] NULL ,
 763 [ctg_orient] [tinyint] NULL ,
 764 [source] [varchar](5) NOT NULL
 765 )\r
 766 GO
 767
 768 CREATE TABLE [b137_MapLinkHGVS]
 769 (
 770 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 771 [snp_id] [int] NULL ,
 772 [gi] [int] NULL ,
 773 [accession_how_cd] [int] NOT NULL ,
 774 [offset] [int] NULL ,
 775 [asn_to] [int] NULL ,
 776 [lf_ngbr] [int] NULL ,
 777 [rf_ngbr] [int] NULL ,
 778 [lc_ngbr] [int] NULL ,
 779 [rc_ngbr] [int] NULL ,
 780 [loc_type] [tinyint] NULL ,
 781 [build_id] [int] NULL ,
 782 [process_time] [smalldatetime] NULL ,
 783 [process_status] [int] NOT NULL ,
 784 [orientation] [tinyint] NULL ,
 785 [allele] [varchar](255) NULL ,
 786 [aln_quality] [real] NULL ,
 787 [num_mism] [int] NULL ,
 788 [num_del] [int] NULL ,
 789 [num_ins] [int] NULL ,
 790 [tier] [tinyint] NULL ,
 791 [ctg_gi] [int] NULL ,
 792 [ctg_from] [int] NULL ,
 793 [ctg_to] [int] NULL ,
 794 [ctg_orient] [tinyint] NULL
 795 )\r
 796 GO
 797
 798 CREATE TABLE [b137_MapLinkInfo]
 799 (
 800 [gi] [int] NOT NULL ,
 801 [accession] [varchar](32) NOT NULL ,
 802 [accession_ver] [smallint] NOT NULL ,
 803 [acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 804 [version] [smallint] NOT NULL ,
 805 [status] [varchar](32) NULL ,
 806 [create_dt] [smalldatetime] NULL ,
 807 [update_dt] [smalldatetime] NULL ,
 808 [cds_from] [int] NULL ,
 809 [cds_to] [int] NULL
 810 )\r
 811 GO
 812
 813 CREATE TABLE [b137_ProteinInfo]
 814 (
 815 [gi] [int] NOT NULL ,
 816 [acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 817 [version] [smallint] NOT NULL ,
 818 [prot_gi] [int] NOT NULL ,
 819 [prot_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 820 [prot_ver] [smallint] NOT NULL ,
 821 [status] [varchar](32) NULL ,
 822 [create_dt] [smalldatetime] NULL ,
 823 [update_dt] [smalldatetime] NULL
 824 )\r
 825 GO
 826
 827 CREATE TABLE [b137_Remapped]
 828 (
 829 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 830 [snp_id] [int] NULL ,
 831 [src_gi] [int] NOT NULL ,
 832 [src_from] [int] NOT NULL ,
 833 [src_to] [int] NOT NULL ,
 834 [src_l_ngbr] [int] NOT NULL ,
 835 [src_r_ngbr] [int] NOT NULL ,
 836 [src_orientation] [tinyint] NULL ,
 837 [src_aln_quality] [real] NULL ,
 838 [tgt_gi] [int] NULL ,
 839 [tgt_from] [int] NULL ,
 840 [tgt_to] [int] NULL ,
 841 [tgt_l_ngbr] [int] NULL ,
 842 [tgt_r_ngbr] [int] NULL ,
 843 [tgt_loc_type] [tinyint] NOT NULL ,
 844 [tgt_orientation] [tinyint] NULL ,
 845 [tgt_allele] [varchar](1024) NULL ,
 846 [tgt_aln_quality] [real] NULL ,
 847 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 848 [comment] [varchar](255) NULL
 849 )\r
 850 GO
 851
 852 CREATE TABLE [b137_SNPChrPosOnRef]
 853 (
 854 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 855 [chr] [varchar](32) NOT NULL ,
 856 [pos] [int] NULL ,
 857 [orien] [int] NULL ,
 858 [neighbor_snp_list] [int] NULL ,
 859 [isPAR] [varchar](1) NOT NULL
 860 )\r
 861 GO
 862
 863 CREATE TABLE [b137_SNPContigLoc]
 864 (
 865 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 866 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 867 [ctg_id] [int] NOT NULL ,
 868 [asn_from] [int] NOT NULL ,
 869 [asn_to] [int] NOT NULL ,
 870 [lf_ngbr] [int] NULL ,
 871 [rf_ngbr] [int] NULL ,
 872 [lc_ngbr] [int] NOT NULL ,
 873 [rc_ngbr] [int] NOT NULL ,
 874 [loc_type] [tinyint] NOT NULL ,
 875 [phys_pos_from] [int] NULL ,
 876 [snp_bld_id] [int] NOT NULL ,
 877 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 878 [process_status] [tinyint] NOT NULL ,
 879 [orientation] [tinyint] NULL ,
 880 [allele] [varchar](1024) NULL ,
 881 [loc_sts_uid] [int] NULL ,
 882 [aln_quality] [real] NULL ,
 883 [num_mism] [int] NULL ,
 884 [num_del] [int] NULL ,
 885 [num_ins] [int] NULL ,
 886 [tier] [tinyint] NULL
 887 )\r
 888 GO
 889
 890 CREATE TABLE [b137_SNPContigLocusId]
 891 (
 892 [snp_id] [int] NULL ,
 893 [contig_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 894 [contig_ver] [tinyint] NULL ,
 895 [asn_from] [int] NULL ,
 896 [asn_to] [int] NULL ,
 897 [locus_id] [int] NULL ,
 898 [locus_symbol] [varchar](64) NULL ,
 899 [mrna_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 900 [mrna_ver] [smallint] NOT NULL ,
 901 [protein_acc] [varchar](32) NULL ,
 902 [protein_ver] [smallint] NULL ,
 903 [fxn_class] [int] NULL ,
 904 [reading_frame] [int] NULL ,
 905 [allele] [varchar](255) NULL ,
 906 [residue] [varchar](1000) NULL ,
 907 [aa_position] [int] NULL ,
 908 [build_id] [varchar](4) NOT NULL ,
 909 [ctg_id] [int] NULL ,
 910 [mrna_start] [int] NULL ,
 911 [mrna_stop] [int] NULL ,
 912 [codon] [varchar](1000) NULL ,
 913 [protRes] [char](3) NULL ,
 914 [contig_gi] [int] NULL ,
 915 [mrna_gi] [int] NULL ,
 916 [mrna_orien] [tinyint] NULL ,
 917 [cp_mrna_ver] [int] NULL ,
 918 [cp_mrna_gi] [int] NULL ,
 919 [verComp] [int] NULL
 920 )\r
 921 GO
 922
 923 CREATE TABLE [b137_SNPContigProtein]
 924 (
 925 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 926 [contig_gi] [int] NOT NULL ,
 927 [contig_start] [int] NOT NULL ,
 928 [contig_stop] [int] NOT NULL ,
 929 [contig_orien] [tinyint] NOT NULL ,
 930 [contig_allele] [varchar](1024) NULL ,
 931 [mrna_gi] [int] NOT NULL ,
 932 [mrna_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 933 [mrna_ver] [smallint] NOT NULL ,
 934 [mrna_start] [int] NULL ,
 935 [mrna_stop] [int] NULL ,
 936 [mrna_orien] [tinyint] NULL ,
 937 [gene_symbol] [varchar](128) NULL ,
 938 [gene_id] [int] NULL ,
 939 [prot_gi] [int] NULL ,
 940 [prot_acc] [varchar](32) NULL ,
 941 [prot_ver] [smallint] NULL ,
 942 [prot_start] [int] NULL ,
 943 [prot_stop] [int] NULL ,
 944 [frame] [tinyint] NULL ,
 945 [var_allele] [varchar](1024) NULL ,
 946 [residue] [varchar](1024) NULL ,
 947 [mrna_codon] [varchar](1024) NULL ,
 948 [codon] [varchar](1024) NULL ,
 949 [fxn_class] [int] NOT NULL ,
 950 [in_stop_codon] [tinyint] NULL
 951 )\r
 952 GO
 953
 954 CREATE TABLE [b137_SNPMapInfo]
 955 (
 956 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 957 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 958 [chr_cnt] [int] NOT NULL ,
 959 [contig_cnt] [int] NOT NULL ,
 960 [loc_cnt] [int] NOT NULL ,
 961 [weight] [int] NOT NULL ,
 962 [hap_cnt] [int] NULL ,
 963 [placed_cnt] [int] NOT NULL ,
 964 [unlocalized_cnt] [int] NOT NULL ,
 965 [unplaced_cnt] [int] NOT NULL ,
 966 [aligned_cnt] [int] NOT NULL ,
 967 [md5] [char](32) NULL ,
 968 [asm_acc] [varchar](32) NULL ,
 969 [asm_version] [smallint] NULL ,
 970 [assembly] [varchar](32) NULL
 971 )\r
 972 GO
 973
 974 CREATE TABLE [b137_SNPMapLinkProtein]
 975 (
 976 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 977 [mrna_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 978 [mrna_ver] [smallint] NOT NULL ,
 979 [mrna_gi] [int] NOT NULL ,
 980 [mrna_start] [int] NULL ,
 981 [mrna_stop] [int] NULL ,
 982 [mrna_orien] [tinyint] NULL ,
 983 [allele] [varchar](1024) NULL ,
 984 [gene_symbol] [varchar](128) NULL ,
 985 [gene_id] [int] NULL ,
 986 [prot_gi] [int] NULL ,
 987 [prot_acc] [varchar](32) NULL ,
 988 [prot_ver] [smallint] NULL ,
 989 [prot_start] [int] NULL ,
 990 [prot_stop] [int] NULL ,
 991 [frame] [tinyint] NULL ,
 992 [var_allele] [varchar](1024) NULL ,
 993 [residue] [varchar](1024) NULL ,
 994 [mrna_codon] [varchar](1024) NULL ,
 995 [codon] [varchar](1024) NULL ,
 996 [fxn_class] [int] NOT NULL ,
 997 [ctg_gi] [int] NULL ,
 998 [ctg_from] [int] NULL ,
 999 [ctg_to] [int] NULL ,
1000 [ctg_orientation] [tinyint] NULL ,
1001 [source] [varchar](7) NULL
1002 )\r
1003 GO
1004
1005 CREATE TABLE [dn_IND_batchCount]
1006 (
1007 [batch_id] [int] NOT NULL ,
1008 [pop_id] [int] NOT NULL ,
1009 [ss_cnt] [int] NOT NULL ,
1010 [rs_cnt] [int] NOT NULL ,
1011 [ind_cnt] [int] NOT NULL ,
1012 [create_time] [datetime] NOT NULL
1013 )\r
1014 GO
1015
1016 CREATE TABLE [dn_IND_batch_pop]
1017 (
1018 [batch_id] [smallint] NOT NULL ,
1019 [pop_id] [int] NOT NULL ,
1020 [update_time] [datetime] NOT NULL
1021 )\r
1022 GO
1023
1024 CREATE TABLE [dn_PopulationIndGrp]
1025 (
1026 [pop_id] [int] NOT NULL ,
1027 [ind_grp_name] [varchar](32) NOT NULL ,
1028 [ind_grp_code] [tinyint] NOT NULL
1029 )\r
1030 GO
1031
1032 CREATE TABLE [dn_batchCount]
1033 (
1034 [batch_id] [int] NOT NULL ,
1035 [ss_cnt] [int] NOT NULL ,
1036 [rs_cnt] [int] NOT NULL ,
1037 [rs_validated_cnt] [int] NOT NULL ,
1038 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
1039 [pop_cnt] [int] NULL ,
1040 [ind_cnt] [int] NULL
1041 )\r
1042 GO
1043
1044 CREATE TABLE [dn_handleCount]
1045 (
1046 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
1047 [batch_type] [char](3) NOT NULL ,
1048 [ss_cnt] [int] NOT NULL ,
1049 [rs_cnt] [int] NULL ,
1050 [rs_validated_cnt] [int] NULL ,
1051 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
1052 )\r
1053 GO
1054
1055 CREATE TABLE [dn_snpFxnCnt]
1056 (
1057 [build_id] [int] NOT NULL ,
1058 [fxn_class] [tinyint] NULL ,
1059 [snp_cnt] [int] NOT NULL ,
1060 [gene_cnt] [int] NOT NULL ,
1061 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
1062 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
1063 [tax_id] [int] NOT NULL
1064 )\r
1065 GO
1066
1067 CREATE TABLE [dn_table_rowcount]
1068 (
1069 [tabname] [varchar](64) NOT NULL ,
1070 [row_cnt] [int] NOT NULL ,
1071 [build_id] [int] NOT NULL ,
1072 [update_time] [datetime] NOT NULL ,
1073 [rows_in_spaceused] [int] NULL ,
1074 [reserved_KB_spaceused] [int] NULL ,
1075 [data_KB_spaceused] [int] NULL ,
1076 [index_size_KB_spaceused] [int] NULL ,
1077 [unused_KB_spaceused] [int] NULL
1078 )\r
1079 GO
1080