Provided initialization values for previously unspecified (potentially
garbage) integer fields in default-constructed BamAlignments

Fixed: error in BamWriter metadata output on big-endian systems

Fixed regression: missing EOF empty block on BgzfStream::Close()

Fixed: const-related typo in last commit

Removed use of std::map::at() in HttpHeader, not a standard STL method

Fixed: bad_alloc in socket buffer on some machines

Nonstandard, user-defined tags now allowed in SAM header text

Added support for custom reference prefix in split tool

Fixed: split tool crash when trying to split unmapped reads by reference

Fixed: premature EOF issues & updated Windows implementation

Rolled back test suite code from master until it's ready for full merge

Fixed EOF issues on *nix platforms

Reorganized test suite source tree

Post-merge cleanup

merge with remoteio branch

Updated CMakeLists.txt files

Initial test suite commit

Basic Windows implementation

Removed spurious assert

Updated file headers (filename, license, description, etc)

Added generic I/O device to BamIndex side of things
 * Remote BAM access (now w/ random access) seems to be working with the
simple test cases so far
 * Major TODO: not yet implemented for Windows

Added FTP support (text-tested, not BAM)

Implemented basic TCP support layer
 * buffered I/O
 * design should support future expansion of protocols, proxies, etc
 * so far, HTTP range requests working well (on plain HTML text tests,
not yet BAM-tested)

Organized api/internal into subdirs

Removed some debugging 'error string' messages that snuck into last
commit

Regression fixed: error in BamAlignment tag access methods

Removed data duplication in last update to Sam*Dictionaries

Fixed regression: improper @SQ line ordering in SamHeader output

Regression fixed: wasn't properly merging from multiple BAMs

Minor cleanup in FilterTool

Added GetSoftClips() method to BamAlignment

Major speedup in SamSequenceDictionary & SamReadGroupDictionary classes
 * Please note that this does introduce a minor source-incompatibility,
only affecting those working directly with the provided Sam*Iterator
typedefs. The short answer is that the iterator now references a
std::pair instead of the 'plain old' data. Use the pair's "second" field
to access the desired SamSequence or SamReadGroup.
 * Doxygen docs have been updated to reflect this and provide a bit more
explanation/examples (in docs folder run 'doxygen Doxyfile' to get the
updated API pages).

Cleanup in SortTool
 * Now using the new BamTools::Algorithms::Sort function objects
 * Special handling of unmapped alignments should no longer be necessary
as the sorting function objects (also used by multi-reader merging
strategy) handles those cases.

Bug fix in BgzfStream I/O

Fixed typo

Cleanup missed by earlier "includes cleanup" commit

Updated Doxyfile to reflect version 2.0.0

Removed index cache mode

Cleaned up intra-API includes & moved version numbers to 2.0.0

Updated Doxygen comments

Converted intervals from 0-based, CLOSED to 0-based, HALF-OPEN

Cleaned up output/exception/asserts, etc after last merge

Merge with earlier IODevice work
 * This commit still has some console pollution. I need to work in the
recent Exception/ErrorString approach, but wanted to go ahead and do the
merge-conflict resolution now before diving into remote file support.

Removed STDERR pollution by API
  * Accomplished this by introducing a GetErrorString() on most API
objects. When a method returns false, you can ignore it, parse the error
string to decide what to do next, prompt the user, make a sandwich,
whatever. But nothing should leak out to the console.
 * Internally the error messages are passed by a new BamException class.
This new exception should not cross the library boundary. The exception
should be caught "under the hood" and its what() string should be
(possibly formatted and) stored as the error string in one of the high-

First stab at templated tag access in BamAlignment
 * Seems to work OK, but will definitely need further testing to be sure

Removed duplicated method that snuck past a prior merge conflict resolution

merge conflict

MultiReader (&MultiMerger) now using Algorithms::Sort objects

Initial test run of new BamAlgorithms

Fix: unmapped reads now pushed to end of coordinate-sorted BAM

Fixed typo in error messages

Merge pull request #16 from gabeiscoding/patch-2

Fixed: Crash in BamStandardIndex::GetOffset for small BAM files

In standard indexed BAM files with with sparce coverage (our test case was a roughly 1M read RNAseq BAM file), queries made to intervals may not have any of the candidate offesets present in the index as the BAM index only contains bins that have reads.

Without this bail out, we would get a crash. Returning false silently is the preferred behavior in our view as it allows our read logic to go to the next query and does not add noise to stderr.

Merge branches 'master' and 'iodevice' into iodevice

Minor cleanup
 * Removed SourceForge URL from README
 * Removed phrase "All rights reserved." from all files

Removed unnecessary peek-and-rewind behavior in BamMultiReader
 * Fixes some piping issues

Removed 'core mode' concept from BamMultiReader internals
 * Now char data is only generated if needed by multi-merger
implementation or on-demand by client call to
BamMultiReader::GetNextAlignment()

Refactored shared pipe/file behavior into ILocalIODevice

Merge branches 'master' and 'iodevice' into iodevice

Basic internal implementation of BamFile & BamPipe
 * BgzfStream now working on IBamIODevice instead of FILE*
 * BamReaderPrivate now queries stream's IsOpen() method instead of
touching member variable directly
 * Empty implementations of BamHttp & BamFtp
 * Added global BT_ASSERT_X macro for convenience

Merge pull request #15 from gabeiscoding/patch-1

Bug discovered. The chunkStop was not being read from the correct offset

Bug discovered. The chunkStop was not being read from the correct offset (rather always being read as the first chunkStart value for the # alignment chunks in that bin of the index.

The result of this is that chunkStop will never be >= minOffset (or maybe rarely, since it always equals the first chunkStart for the first chunk) and thus the linear index doesn't really help in reducing the number of seeks performed.

Added empty IBamIODevice.h

Added support for "-" as indicator for stdin/stdout
* Thanks to Aaron Quinlan for suggestion

Added "isSingleton" property to filter tool

Implemented binary search through bins in BAI

Added a -minMQ (minimum map quality) option to ResolveTool

Merge pull request #13 from alecchap/master

Fixes for Visual Studio

Added unique-alignment checks for ResolveTool
 * Unique-ness determined by comparing MapQuality to 0
 * Only pairs with both mates unique are used for the 'makeStats' median
fragment size calculation.

Fix Visual Studio compiler errors.

Don't use dynamic stack allocation (variable length arrays).
Rename bamtools target to bamtools_cmd to not conflict with BamTools target (they differ only in case).
bamtools_cmd only compiles if I remove bamtools_filter.cpp, which I haven't committed.
I also had to manually configure the include directory for zlib,
but that's probably due to having multiple copies floating around my machine.

Fixed -fPIC issue for CentOS users.

 * Forced compiler flag that was not being automatically set by CMake on
that OS. Had previously set this on API library. Got feedback that it
worked there, so I added the flag to Utils & JsonCPP libs as well.

Removed pessimistic warnings when jumping to regions with no data, using
the standard index format (not actually an error case, so no need to
alarm users with scary messages)

Added re-calculation of BamAlignment's BinID during
BamWriter::SaveAlignment() in all cases

 * Previously, the bin IDs of purely "core-only" alignments were simply
written directly out to output BAM. However, in cases where alignment
Position is changed (re-alignment), the original bin ID may no longer be
correct.

Implemented better coupling of unmapped reads with mates during sorting
(assuming assigned same coordinates)
 * Used std::stable_sort instead of std::sort, to preserve order
 * Add checks at buffer boundary to keep mates from being split into
different temp files. This makes the buffer boundary "softer", but in
practice, shouldn't differ much if at all.

Further fixes for ISIZE-handling in ResolveTool

Fixed some signed/unsigned InsertSize bugs in ResolveTool

ConvertTool fix: removed extra space in (BAM->FASTA) header lines

Created 3 modes for ResolveTool: makeStats, markPairs, & twoPass
 * "TwoPass" mode (the initial implementation of the tool) effectively
eliminates piped BAMs as an input option, since you can't exactly rewind
stdin and start reading from the beginning.
 * To get around this, I separated the two passes into separate "modes"
(-makeStats & -markPairs), that communicate via a simple, human-readable
stats summary file. Data can then be merged, filtered, etc and piped
into each mode if you don't mind the runtime of preprocessing twice but
don't want to physically store the unresolved intermediate BAM file.

Cleaned up help formatting & added some string utilities

Added new ResolveTool - for paired-end resolution. Similar to functionality provided inthe deprecated (or soon to be) MosaikSort tool

Minor cleanup to toolkit code formatting.

Fixed minimum offset error in BAI jumping

Merge pull request #9 from bookest/patch-1

'make install' should install bin/bamtools

'make install' should install bin/bamtools

Removed debug statements that snuck into last commit

Fixed regression bug in index formats. Wasn't properly handling empty references

Additional attempt to force -fPIC on CentOS

Modified BamAlignment in attempt to resolve symbol issues on 64-bit systems.

Brought API up to compliance with recent SAM Format Spec (v1.4-r962)

 * Added support for new "binary array" tag type
 * Added support for '=' and 'X' CIGAR ops
 * Added support for multiple PG entries in header
 * Added support for new RG fields

Rolled back the BGZF buffer size to the original 64K. 256K was causing
crashes on some systems.

Major performance boost to startup & random-access - especially for the
use cases involving multiple (hundreds) of BAMs with BAI index files.

 * This did require some changes to the BamIndex interface. I doubt man
y people are writing custom index format classes, but if you are one of
them and have any problems, feel free to contact me with questions.

Updated Doxyfile, attempt to fix online file access

Major update to BamTools version 1.0

Attempt to fix SamHeaderVersion compile bug

Bug fix in SamHeaderVersion::SetVersion()

Missed bug fix in BamMultiMerger in early commit. Fixed now.

Added ExportHeader command for BamConstants.h

Removed SamHeaderValidatorPrivate pimpl. No real need for it since not exposed to API, and harder to test

Added UNSORTED to BamMultiReader::SortOrder types. Unsorted BAMs are 'merged' through a simple reader queue.

Minor formatting cleanup