README.md

   1 # Don's Cluster Scripts
   2
   3 This repo contains three tools which you might find useful; but
   4 really, you probably just want it for `dqsub`.
   5
   6 ## dqsub -- qsub or sbatch generator
   7
   8 Use this script to generate qsub scripts. You can run it like:
   9
  10 `dqsub -q default --mem 40G --ppn 12 make foo`
  11
  12 or
  13
  14 `ls -1 */|dqsub -q budget --mem 5 --ppn 6 --array chdir make`
  15
  16 See its documentation for more details.
  17
  18 ## fpkm_from_srr
  19
  20 Quick script to get FPKMs from an SRR. Don't actually use this
  21 anymore.
  22
  23 ## run_make
  24
  25 Run make with some wrapper options; mainly useful so you can do
  26
  27 `qsub -v MAKE_OPTS=foo -l ppn:5,mem:40G run_make`
  28
  29 but this is largely superseded by `dqsub`.