* added zlib-1.2.3 as razip requires that
 * prepare to changed back to the Makefile building system
 * unfinished! (will be soon)

Unfinished

 * samtools-0.1.4-4 (r325)
 * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.

 * samtools-0.1.4-3 (r324)
 * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
 * allow filtering on mapQ at the pileup command line

 * samtools.pl-0.3.2 (r322)
 * indels and SNPs use different mapping quality threshold

fixed a typo

just typo. no real change

a little bit code cleanup

 * samtools.pl-0.3.1
 * change default parameters
 * optionally print filtered variants

 * samtools.pl-0.3.0
 * combine snpFilter and indelFilter

 * samtools.pl-0.2.3
 * change a default parameter

 * samtools-0.1.4-2 (r316)
 * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
 * pileup: always calculate RMS mapq
 * pileup: allow to output variant sites only

 * samtools.pl-0.2.2
 * added pileup2fq

 * in snpFilter, suppress non-SNP sites

 * samtools.pl-0.2.1
 * fixed a typo

 * samtools.pl-0.2.0
 * snpFilter

 * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
 * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk

Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.

 * samtools-0.1.4-1 (r304)
 * fixed a minor bug in printing headers

Release samtools-0.1.4

 * samtools-0.1.3-24 (r296)
 * another similar bug in the indel caller

 * samtools-0.1.3-23 (r295)
 * fixed a critical bug in the indel caller

added a missing header file

 * samtools-0.1.3-22 (r293)
 * open tview in the dot-view mode by default

Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
information. Also thank James Bonfields for pointing this out.

 * samtools-0.1.3-21 (286)
 * declare bam_aux_get_core() in bam.h

 * samtools-0.1.3-20 (r276)
 * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
   make it work with the latest SVN.
 * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index

 * samtools-0.1.3-19 (r275)
 * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
   backward compatibility with Bio::DB::Sam

 * samtools-0.1.3-18 (r273)
 * rmdupse: do not remove unmapped reads

change a parameter. It does nothing

 * samtools-0.1.3-17 (r271)
 * added 'rmdupse' command

 * samtools-0.1.3-16 (r267)
 * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs

 * samtools-0.1.3-15 (r266)
 * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent

 * samtools-0.1.3-14 (r262)
 * make samopen() recognize @SQ header lines

 * samtools-0.1.3-13 (r260)
 * report error for file I/O error

update Makefile.am

 * samtools-0.1.3-12 (r259)
 * use the new I/O interface in pileup

 * samtools-0.1.3-11 (r258)
 * unify the interface to BAM and SAM I/O

 * samtools-0.1.3-10 (r257)
 * allow hex with "pileup -m"

 * samtools-0.1.3-9 (r256)
 * fixed a bug in bam_lpileup.c
 * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview

 * samtools-0.1.3-8 (r251)
 * fixed a bug when there are reads without coordinates

added missing files

improve large file support in compilation

update INSTALL

fixed various issues about the GNU building scripts

 * samtools-0.1.3-7 (r246)
 * incorporated revisions from Nils Homer
 * enhanced support of displaying color-space reads

 * samtools-0.1.3-6 (r244)
 * fixed segfault for unmapped reads

 * samtools-0.1.3-5 (r243)
 * fixed a long existing bug which may cause memory leak
 * check MD
 * consensus calling now works with "=", but indel calling not

 * samtools-0.1.3-4 (r242)
 * fixed a memory leak

 * samtools-0.1.3-3 (r240)
 * generate MD tag
 * generate "=" bases
 * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail

 * samtools-0.1.3-2 (r239)
 * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
 * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
 * added tagview for testing bam_aux

 * samtools-0.1.3-1
 * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed

a missing file in Makefile.lite

Release samtools-0.1.3

 * samtools-0.1.2-28
 * make samtools more robust to weird input such as empty file

prepare for release 0.1.3

convert NCBI-BLASTN to SAM

 * samtools-0.1.2-27
 * fixed a small memory leak in tview

 * samtools-0.1.2-26
 * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads

proposed NEWS for the new release (have not yet)

 * samtools.pl-0.1.1
 * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
   on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25

 * samtools-0.1.2-25
 * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
   containing indels

update ChangeLog from "svn log"

 * samtools-0.1.2-24
 * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
 * allow empty header

 * samtools-0.1.2-23
 * recognize '*' at the QUAL field

 * samtools-0.1.2-22
 * the field separater is TAB only, now

 * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate

 * samtools-0.1.2-21
 * fixed a nasty bug in `fixmate'

make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7

 * samtools-0.1.2-20
 * check if file is truncated in flagstat

 * samtools-0.1.2-19
 * print the header if requested

 * samtools-0.1.2-18
 * fixed a minor bug reported by Nils Homer

rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...

 * samtools-0.1.2-17
 * incorporating Nils' changes
 * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)

 * samtools-0.1.2-16
 * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.

 * soap2sam.pl-0.1.2
 * more robust to truncated soap output

added bam_stat.o to Makefile.lite

 * samtools-0.1.2-15
 * generate RMS of mapQ instead of max mapQ

 * samtools-0.1.2-14
 * implemented GLFv3

 * samtools-0.1.2-13
 * fixed a minor bug in displaying pileup

 * samtools-0.1.2-12
 * optionally print SAM header

 * samtools-0.1.2-11
 * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files

 * samtools-0.1.2-10
 * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression

 * wgsim-0.2.3
 * fixed a bug in simulating indels

 * wgsim-0.2.2
 * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
   not like long read names.

 * wgsim-0.2.1
 * fixed a bug about color read coordinates
 * fixed a bug in read names
 * wgsim_eval.pl-0.1.3
 * make the script work with color reads

 * wgsim: added a note

 * wgsim-0.2.0
 * considerable code clean up
 * print number of substitutions/indels/errors on each read
 * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 * wgsim_eval.pl-0.1.2
 * change in accordant with wgsim

 * samtools-0.1.2-9
 * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks

Fix annoying segv when invalid region specified.

 * move indel_filter.pl to samtools.pl

 * samtools-0.1.2-7
 * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP

 * samtools-0.1.2-7
 * fixed a minor bug in flagstat

 * samtools-0.1.2-6
 * improve indel caller by setting maximum window size

 * output max mapping quality in indel line

fixed a bug in generating tag AM

fixed a potential memory problem in indexing

Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.

 * samtools-0.1.2-3
 * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 * improve flagstat report a little bit

 * samtools-0.1.2-1
 * added flagstat command