In merging, if -R is specified, do not abort if the sequence dictionary is different.

When merging BAM headers, compare the list of target reference sequences
strictly (and fail/abort if there is a mismatch), but allow one list to be a
prefix of the other.  (i.e., check that the lists are identical up until the
shorter runs out, and add the excess targets from the longer to the output.)

 * samtools-0.1.10 (r841)
 * fixed a bug in pileup when the first CIGAR operation is D
 * fixed a bug in view with range query

 * samtools-0.1.10-4 (r840)

 * drop the MNP caller. It is slow while does not diliver too much
   benefit. Possibly I will work on it in future given more time.

 * there is a segfault in pileup

 * someone has reported segfault from view/index/sort

 * samtools-0.1.10-6 (r839)

 * call MNPs without realignment because it seems to me that it is not
   worthwhile to significantly slow down SNP calling.

 * the result looks quite different from the previous version. I have
   work to do...

Apply a patch by Rob Davis, which improves fault detection.

 * samtools-r836
 * initiate MNP realignment when the MNP has at least 0.2% frequency (otherwise too slow)

 * modify the filtering rule: also filter SNPs around filtered indels
 * added MNP filter

 * samtools-0.1.10-4 (r834)
 * fixed a silly bug in printing MNP
 * restrict to at most 1 alternative allele

fixed a bug in printing MNPs

minor change to how seqQ is applied

 * samtools-0.1.10 (r831)
 * initial MNP caller

Release samtools-0.1.10 (r829)

update version information: samtools-0.1.9-20 (r828)

bcftools: allow to skip indels

remove ZQ if both BQ and ZQ are present

 * samtools-0.1.9-18 (r825)
 * change the behaviour of calmd such that by default it does not change the base quality

 * samtools-0.1.9-17 (r824)
 * added command line options to change the default parameters in indel calling
 * update the manual

 * samtools-0.1.9-r823
 * the BQ tag is now 64 shifted, not 33 shifted

 * samtools-0.1.9-16 (r822)
 * keep the raw depth because in indel calling, DP4 may be way off the true depth

 * samtools-0.1.9-15 (r821)
 * calmd: write BQ
 * skip realignment if BQ is present

 * samtools-0.1.9-14 (r820)
 * penalize reads with excessive differences in indel calling

 * samtools-0.1.9-13 (r819)
 * fixed a bug in pileup given refskip

 * samtools-r818
 * for indel calling, do two rounds of probabilistic realignments

 * samtools-0.1.19-11 (r817)
 * only initiate indel calling when 0.2% of reads contain a gap

 * samtools-0.1.9-10 (r816)

 * I know why the forward method fails. it is because of zero base
   qualities. when that is fixed, the forward method seems to give
   better results than Viterbi, as it should be. I am tired...

effectively revert to the viterbi version. The forward realignment gives too many false positives.

 * samtools-0.1.9-9 (r810)
 * use forward, instead of viterbi, for realignment
 * realignment is now quality aware

 * prepare to replace kaln with kprobaln in realignment

fixed a typo

use zlib for direct reading when BCF_LITE is in use

 * do not use reads containing too many mismatches for indel calling
 * fixed a trivial bug in case of multi-allelic indels

 * samtools-0.1.9-8 (r809)
 * fixed a bug in the indel caller

minor change to makefile

 * samtools-0.1.9-8 (r807)
 * collect indel candidates only from specified platforms (@RG-PL)
 * merge varFilter and filter4vcf in vcfutils.pl

bcftools: compute equal-tail (Bayesian) credible interval

added a double-hit filter to avoid overestimated indel likelihood

 * samtools-0.1.9-7 (r804)
 * fixed a bug in the gap caller

 * samtools-0.1.9-6 (r803)
 * mpileup: apply homopolymer correction when calculating GL, instead of before
 * bcftools: apply a different prior to indels

 * samtools-0.1.9-5 (r802)
 * relax tandem penalty. this will be made a command-line option in future.

 * samtools-0.1.9-4 (r801)
 * fixed a minor issue in printing indel VCF

fixed another silly bug in mpileup's indel caller

fixed a silly bug in the indel caller

Incorporate patches by Marcel Martin for read counting.

 * samtools-0.1.9-2 (r797)
 * mpileup: indel calling seems to be working

indel calling is apparently working, but more information needs to be collected

fixed a few bugs in the indel caller. Probably there are more.

prepare for the indel caller. It is not ready yet.

Revert to r790. The recent changes are not good...

 * this revision is UNSTABLE

 * indel caller seems working, but it is very insensitive and has
   several things I do not quite understand.

for backup. no effective changes

fixed a minor problem in the example coming with kprobaln.c

Separate kaln and kprobaln as I am preparing further changes. At
present, the results should be identical to the previous.

Added -b option: read file names from a file

 * samtools-0.1.9-2 (r787)

 * Allow to set a maximum per-sample depth to reduce memory. However,
   BAQ computation is still applied to every read. The speed is not
   improved.

 * samtools-0.1.9-1 (r786)
 * samtools: optionally perform exact test for each sample

Optionally output "DP", the individual read depth

acknowledge Petr and John who have greatly contributed to the project.

Release samtools-0.1.9 (r783)

fixed a silly bug in pileup

 * samtools-0.1.8-22 (r781)
 * made BAQ the default behavior of mpileup
 * updated manual
 * in merge, force to exit given inconsistent header when "-R" is not in use.

 * samtools-0.1.8-21 (r780)
 * minor speedup to pileup

improve pileup a little bit

 * samtools-0.1.8-20 (r778)
 * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement

 * samtools-0.1.8-19 (r777)
 * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior

remove local realignment (probabilistic realignment is still there)

Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.

 * Minor code changes. No real effect.
 * change quality to 30 in toy.sam

added another toy example

improve the LD statistics

 * a minor fix to the -L option
 * add ldstats to vcfutils.pl

a minor change

forget to add the key file

 * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
 * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
 * calculate adjacent LD

added filter for samtools/bcftools genetated VCFs

 * removed a comment line in kaln.c
 * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field

Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file

 * samtools-0.1.8-18 (r763)
 * added bcftools manual page
 * minor fix to mpileup and view command lines

 * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
 * allow to call genotypes at variant sites

I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
being conservative here is a good thing...

 * samtools-0.1.8-17 (r760)
 * the default gap open penalty is too small (a typo)
 * added comments on hmm_realn
 * Java implementation

mark samtools-0.1.8-16 (r759)

round to the nearest integer

I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
multiplication. OK. I will stop.

this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac

minor changes

prob_realn() seems working!

minor

Convert phredQ to probabilities

Implement the glocal HMM; discard the extention HMM

improve numerical stability

more comments

fixed a bug in banded DP

 * fixed that weird issue.
 * the banded version is NOT working

More comments. This version seems working, but something is a little weird...

A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
nearly identical P(x), which means both are close to the correct
forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
the implementation may not be obvious.

...

Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.

Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
to samtools merge's exit status.

Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
call, so the cost is insignificant in the normal case.

Add bam_validate1().